Rencana Penelitian DIsertasi

PENGARUH METILASI DNA GEN 5-LTR TERHADAP

HITUNG SEL T CD4 DAN VIRAL LOAD VIRUS HIV PADA
PASIEN HIV/AIDS DI RSUP DR. MOHAMMAD HOESIN
PALEMBANG

Dr. Harun Hudari, SpPD, K-PTI, FINASIM

PENDAHULUAN
 LATAR BELAKANG

• Infeksi HIV merupakan infeksi kronik virus RNA yang

dapat berintegrasi dengan DNA manusia, sehingga
terjadi kerusakan sel T CD4 dan supresi kekebalan
jangka panjang
• Menyebabkan disfungsi sistem imun, replikasi virus
progresif, persistensi virus dalam tubuh  pejamu
mudah mengalami infeksi oportunistik
• Saat ini di seluruh dunia diperkirakan prevalensi HIV
sebesar 36.9 juta jiwa dengan angka kasus baru pada
tahun 2014 sebesar 2 juta jiwa.

Corley MJ, et.al. Abrupt and altered cell-type specific DNA methylation profiles in blood during acute HIV infection persists despite prompt initiation of ART. PLoS Pathogens. 2021 Aug 1;17(8):1–29.
 LATAR BELAKANG

• Salah satu kendala dalam pengobatan HIV adalah

tingginya angka mutasi dan turnover gen virus pada
DNA pejamu  virus dapat beradaptasi, bereplikasi
sehingga terjadi resistensi obat antiretroviral
• Adanya proviral DNA dan microRNA virus yang berada
dalam kondisi laten akibat metilasi DNA  sulit
dijangkau oleh obat ARV saat ini
• Corley dkk (2021) : Terapi ARV hanya mampu
memperbaiki sekitar 1% dari metilasi DNA pada sel
monosit dan CD4

Corley MJ, et.al. Abrupt and altered cell-type specific DNA methylation profiles in blood during acute HIV infection persists despite prompt initiation of ART. PLoS Pathogens. 2021 Aug 1;17(8):1–29.
Kauder SE, et.al. Epigenetic regulation of HIV-1 latency by cytosine methylation. PLoS Pathogens. 2009 Jun;5(6).
Kumar A, et,al. Epigenetic control of HIV-1 post integration latency: Implications for therapy. Clinical Epigenetics. 2015 Sep 24;7(1).
 LATAR BELAKANG

• Modifikasi epigenetik : perubahan reversibel dan

diwariskan dari susunan genom dan ekspresi gen suatu
organisme, akibat perubahan struktur kromatin tanpa
mempengaruhi susunan nukleotida
• Meliputi metilasi DNA, modifikasi histon dan post
translational modification
• Terdapat peran modifikasi epigenetik pada berbagai
infeksi virus seperti Hepatitis B, Epstein Barr Virus dan
COVID-19

Sen S, et.al. Recent advancement toward significant association between disordered transcripts and virus-infected diseases: A survey. Briefings in Functional Genomics. 2018 Nov 1;17(6):458–70.
Kaneko S, et al. Epigenetic mechanisms underlying covid-19 pathogenesis. Biomedicines. 2021 Sep 1;9(9).
Nelson KN, et al. Identification of HIV infection-related DNA methylation sites and advanced epigenetic aging in HIV-positive, treatment-naive U.S. veterans. AIDS. 2017 Feb 20;31(4):571–5.
 LATAR BELAKANG

• Metilasi DNA pada CpG island : perlekatan gugus metil

kepada rantai karbon no.5 pada cincin sitosin pirimidin
susunan DNA  menyebabkan perubahan ekspresi
gen, di antaranya Interleukin-2, IGFBP6, dan SATB2
• Metilasi pada cis-regulatory gen CCR-5  berkaitan
dengan progresifitas penyakit
• Nelson dkk: Pasien HIV memiliki tingkat metilasi DNA
lebih tinggi dibanding subyek normal, khususnya pada
lokus CpG, gen VPS37B kromosom 12
• Pada kondisi HIV-related cognitive impairment, didapati
metilasi DNA yang lebih tinggi dibanding tanpa
gangguan fungsi kognitif

Nelson KN, et al. Identification of HIV infection-related DNA methylation sites and advanced epigenetic aging in HIV-positive, treatment-naive U.S. veterans. AIDS. 2017 Feb 20;31(4):571–5.
Kint S, et al. Underestimated effect of intragenic HIV-1 DNA methylation on viral transcription in infected individuals. Clinical Epigenetics. 2020 Feb 28;12(1):1–11.
Corley MJ, et al. Comparative DNA Methylation Profiling Reveals an Immunoepigenetic Signature of HIV-related Cognitive Impairment. Scientific Reports. 2016 Sep 15;6
 LATAR BELAKANG

• Verdikt dkk : adanya silencing mechanism pada gen

HIV-1 , melibatkan 1-LTR circle yang muncul akibat
proses perbaikan DNA, sehingga virus dipertahankan
dalam kondisi laten dan persisten  menjadi reservoir
materi genetik virus di dalam sel T CD4 yang sulit
dijangkau obat ARV
• Trejbalova dkk, Blazkova dkk: ada keterkaitan antara
modifikasi epigenetik metilasi DNA 5-LTR dengan
provirus HIV-1 yang laten  menjadi hambatan dalam
pengobatan HIV

Verdikt R, et.al. Epigenetic Mechanisms of HIV-1 Persistence. Vaccines. 2021;9:1–23.

Trejbalová K, et al. Development of 5‘ LTR DNA methylation of latent HIV-1 provirus in cell line models and in long-term-infected individuals. Clinical Epigenetics. 2016 Feb 19;8(1):1–20.
Blazkova J, et al. CpG methylation controls reactivation of HIV from latency. PLoS Pathogens. 2009;5(8).
 LATAR BELAKANG

Saat ini pemantauan keberhasilan pengobatan HIV berdasarkan

kepada:
 pemeriksaan klinis
 adanya infeksi oportunistik
 hitung sel T CD4
 hitung Viral Load.
Adanya Viral Load >1000 kopi dalam 6 bulan setelah mulai
pengobatan secara teratur, mengindikasikan adanya resistensi obat
antiretroviral.
 LATAR BELAKANG

Metilasi DNA Gen 5-LTR

Nilai CD4
Nilai CD4 Viral Load
Viral Load HIV
HIV

Belum ada publikasi

 RUMUSAN MASALAH

Berdasarkan uraian diatas, timbul pertanyaan sbb:

1. Apakah metilasi DNA gen 5-LTR berhubungan dengan hitung sel T

CD4 pada pasien HIV yang mendapatkan terapi antiretroviral di
RSUP Dr. Mohammad Hoesin Palembang?

2. Apakah metilasi DNA gen 5-LTR berhubungan dengan kadar Viral

Load pada pasien HIV yang mendapatkan terapi antiretroviral di
RSUP Dr. Mohammad Hoesin Palembang?
 TUJUAN PENELITIAN

• Mengetahui hubungan antara metilasi DNA gen 5-LTR dengan kadar

UMUM
CD4 dan Viral Load pasien HIV yang mendapatkan terapi
antiretroviral di RSMH Palembang

1. Mengukur dan mengetahui status metilasi DNA gen 5-LTR pada

pasien HIV di RSMH Palembang

2. Mengukur dan mengetahui kadar CD4 pasien HIV yang

KHUSUS
mendapatkan terapi antiretroviral di RSMH Palembang

3. Mengukur dan mengetahui Viral Load pasien HIV yang

mendapatkan terapi antiretroviral di RSMH Palembang

4. Menganalisis hubungan antara status metilasi DNA gen 5-LTR

dengan kadar CD4 dan Viral Load pasien HIV yang mendapatkan
terapi antiretroviral di RSMH Palembang.
 MANFAAT PENELITIAN

1. Menjadi sumbangan data terhadap penelitian HIV di RSMH Palembang,

dan pengetahuan mengenai pengaruh status metilasi DNA gen 5-LTR
dalam memprediksi hitung sel T CD4 dan Viral Load pada pasien yang
AKADEMIS
mendapatkan terapi antiretroviral

2. Menjadi dasar bagi penelitian selanjugnya mengenai hubungan metilasi

DNA 5-LTR pada pasien HIV di Palembang dan sebagai data dasar
untuk studi genetik lebih lanjut

Dengan diketahuinya status metilasi DNA gen 5-LTR dan kaitannya dengan

PRAKTIS nilai CD4 dan Viral Load pasien HIV yang telah mendapatkan antiretroviral,
maka dapat dijadikan pedoman dalam memprediksi luaran klinis dan
resistensi antiretroviral sehingga menjadi pertimbangan dalam pemilihan obat
bagi pasien HIV.
 KERANGKA KONSEP

Variabel bebas Variabel terikat

Status Metilasi DNA Gen 5-LTR Nilai CD4

pasien HIV
Viral Load

Variabel Perancu

• Komorbid Penyakit Ginjal Kronik, Diabetes Melitus yang tidak

terkontrol, Penyakit Hati berat, Kelainan Hematologik atau
malignansi
• Usia lanjut
• Pasien hamil

Gambar . Kerangka konsep

METODOLOGI
PENELITIAN
Jenis Penelitian
Jenis penelitian ini adalah penelitian observasional dengan rancangan uji
kohort prospektif

Tempat / Waktu Penelitian :

Penelitian dilakukan di Polklinik Rawat Jalan Divisi Tropik Infeksi
Departemen Ilmu Penyakit Dalam RSUP Dr. Moh. Hoesin Palembang
mulai bulan Januari 2022 sampai bulan Juni 2022
Populasi Target
Semua pasien HIV

Populasi Terjangkau

pasien HIV yang datang berobat di Poliklinik Divisi Tropik Infeksi Departemen Ilmu
Penyakit Dalam RSMH Palembang bulan Januari 2022 s/d Juni 2022

Sampel Penelitian

semua populasi terjangkau yang memenuhi kriteria penyertaan dan terpilih secara
konsekutif.
Kriteria Inklusi
1. Pasien yang berusia 18-60 tahun yang telah didiagnosa HIV dan bersedia
menjalani pengobatan antiretroviral
2. Bersedia untuk mengikuti penelitian dengan menandatangani formulir
informed consent
Kriteria Eksklusi
3. Pasien dengan komorbid seperti Penyakit Ginjal Kronik, Diabetes Melitus
yang tidak terkontrol, Penyakit Hati Berat, Kelainan Hematologik atau
Malignansi.
4. Pasien hamil
Kriteria Drop Out

1. Pasien putus obat antiretroviral

2. Meninggal dunia

Kriteria Withdrawal
Menghentikan keikutsertaannya sebelum penelitian usai.
 BESARAN SAMPEL

Besar sampel secara definitif dihitung berdasarkan rumus sampel untuk

uji hipotesis
 TEKNIK PENGAMBILAN SAMPEL

Pemilihan subjek penelitian dilakukan teknik consecutive sampling,

yaitu pasien yang memenuhi kriteria penyertaan dan kriteria
penolakan, diambil sebagai sampel sampai memenuhi jumlah yang
ditetapkan.
 VARIABEL PENELITIAN

Variabel Bebas : Status Metilasi DNA Gen 5-LTR pada pasien HIV

Variabel Terikat : Kadar CD4 dan Viral Load

Variabel perancu : komorbid, usia lanjut, lanjut

 CARA KERJA

1. Semua pasien yang memenuhi kriteria inklusi dan eklusi sampel dan
bersedia mengikuti penelitian dengan menandatangani informed
consent
2. Pengambilan data dasar: wawancara langsung, pemeriksaan darah
rutin, CD4 dan viral load di laboratorium klinik RSMH Palembang
3. Pemeriksaan status metilasi DNA gen 5-LTR dilakukan di laboratorium
Fakultas Kedokteran Universitas Sriwijaya Palembang
 PENGOLAHAN DAN ANALISIS DATA

1. SPSS version 25.0 for windows.

2. Karakteristik subjek disajikan dalam jumlah dan proporsi.
3. Data numerik disajikan dengan mean ±SD / median (minimal –
maksimal) tergantung dari uji normalitas data
4. Data akan disajikan dalam bentuk narasi, tabel, dan grafik.
 PERSYARATAN ETIK

• Etika penelitian diperoleh dari Komite Etik Penelitian Kesehatan (KEPK)

RSMH Palembang.
• Subjek penelitian diberikan penjelasan tentang tujuan penelitian dan
prosedur yang berhubungan dengan penelitian serta menandatangani
tanda persetujuan untuk ikut dalam penelitian ini.
• Hasil yang didapatkan dari penelitian ini akan diinformasikan kepada
pihak RSMH Palembang.
JUSTIFIKASI ETIK
 PROSEDUR

• Etik penelitian dilaksanakan sesuai dengan prosedur dan kaidah yang

berlaku.
• Subyek penelitian diberi penjelasan tentang tujuan, manfaat, prosedur,
pelaksanaan, lama, risiko dan pengobatan, kerahasiaan dan kebebasan
untuk mengikuti / menolak ikut serta dalam penelitian
• Nama pasien tidak dicantumkan, hanya variabel yang penelitian yang
berhubungan dengan penelitian yang akan disampaikan.
• Penilaian aspek etik penelitian terhadap pelaksanaan penelitian diajukan
kepada Komite Etik Penelitian Kesehatan RSUP Dr Mohammad Hoesin
Palembang dengan presentasi proposal penelitian
 LANDASAN ILMIAH

• Penelitian ini berlandaskan pada ciri ilmiah, yaitu dapat

diamalkan/ logis dan dapat diamati atau diukur/ empiris,
original, mempunyai kontribusi dalam ilmu pengetahuan dan
manfaat praktis, serta diperoleh melalui metodologi yang benar
(scientific method) mengenai analisis hubungan metilasi DNA
5-LTR dengan kadar CD4 dan viral load pada pasien HIV di
RSUP Dr. Mohammad Hoesin Palembang
 PROSEDUR INFORMED CONSENT

• Informed consent dilakukan setelah menjelaskan tujuan

penelitian kepada pasien.
 LANGKAH PENELITIAN

Penelitian ini merupakan peneltian observational analytic dengan

pendekatan comparative study, membandingkan nilai CD4 dan viral load
pasien HIV berdasarkan status metilasi DNA 5-LTR.
 SELEKSI PENELITIAN

Semua pasien HIV yang berkunjung ke RSMH Palembang yang

memenuhi kriteria inklusi dan eksklusi.
 SELEKSI PENERIMAAN SAMPEL

Pasien HIV yang berkunjung ke RSMH palembang dilakukan kriteria

inklusi dan eksklusi serta menyetujui untuk berpartisipasi dalam
penelitian setelah mendapatkan penjelasan (informed consent)

Dilakukan anamnesis, pemeriksaan fisik dan pengisian status penelitian.

Setiap peserta penelitian diambil sampel darah dan pemeriksaan status

metilasi DNA 5-LTR serta penilaian CD4 dan Viral Load.

Semua biaya peneltian ditanggung peneliti

Hasil penelitian dirahasiakan dan akan akan diberitahukan kepada

pasien.
 RANGKUMAN ETIKA PENELITIAN

• Peneliti berpendapat bahwa penelitian ini mempunyai landasan

ilmiah yang kuat, memberikan kontribusi dalam
pengembangan ilmu dan keperluan praktis, serta diperoleh
dengan metodologi yang benar.
• Pada peserta penelitian yang terlibat, tidak terdapat hal yang
dapat merugikan atau membahayakan.
TERIMA KASIH