Klasifikasi Mikroorganisme

Perbedaan bakteri, arkea dan eukariot

Fitur Archaea Bacteria Eukarya
membran sel lipid ikatan ether, lipid ikatan ester, lipid ikatan ester, struktur
pseudopeptidoglycan peptidoglycan bervariasi
struktur gen kromosom sirkular, kromosom sirkular, kromosom linier, banyak,
transkripsi dan translasi transkripsi dan translasi unik transkripsi dan translasi
mirip eukariot mirip archaea
struktur internal sel tidak ada nukleus, atau tidak ada nukleus, atau terdapat nukleus, atau
organel terbungkus organel terbungkus organel terbungkus
membran membran membran
metabolisme bervariasi, dengan bervariasi termasuk fotosintesis dan respirasi
metagenesis yang unik pada fotosintesis, respirasi seluler
archaea aerobik dan anaerobik,
fermentasi dan autotrophy
reproduksi reproduksi aseksual, transfer reproduksi aseksual, transfer reproduksi seksual dan
gen horizontal gen horizontal aseksual
Bakteri Archaea
 Prokaryota  Prokayota
 Memiliki dinding sel  Tidak memiliki
peptidoglycan peptidoglycan
 Binary fission  Hidup pada lingkungan
 Menggunakan bahan kimia yang ekstrim
organik/inorganik atau  Termasuk:
fotosintesis untuk - Methanogens
memperoleh energi - Extreme halophiles
- Extreme thermophiles
 Jenis-Jenis Eukaryota

Protozoa Algae
• Eukaryota bersel tunggal • Eukaryote bersel
• Menyerap bahan kimia tunggal/banyak
organik • Memiliki dinding sel
• Dapat pindah menggunakan bersellulosa
pseudopods, cilia atau • Mendapatkan energi
flagella melalui fotosintesis
• Cth. Amoeba • Menghasilkan bahan
molekuler and organik
Jamur
 Eukaryota
 Dinding sel mengandung chitin
Menggunakan bahan kimia organik
untuk menghasilkan energi
Lumut dan jamur adalah multiselluler,
mengandung miselia (yang terdiri dari
benang-benang yang disebut hifa)
Yeasts adalah bersel tunggal
(unicellular)
 Klasifikasi dan Hierarki Taksonomis:
Hierarki Taksonomis
Domain Eukarya Bakteria Arkhaea
Dunia Plantae Bakteria Arkhaea
Phylum Anthophyta Proteobacteria Crenarcheota
Classis Monocotyledoneae Gamma Thermoprotei
Proteobacteria
Ordo Commelinales Enterobacteriales Sulfolobales

Familia Poaceae Enterobacteriaceae Sulfolobaceae

Genus Zea Salmonella Sulfolobus

Species Zea mays S. dysenteriae Slf. Metallicus

 Dasar klasifikasi:

Aristoteles ( 400 SM – 1800-an) : kenampakan morfologi luar

E. Haeckel (1866): morfologi (mikroskopis) dan fisiologi

E. Chatton (1937) : struktur organisasi interna sel (prokaryotik &

eukaryotik)

R.H. Whittaker (1969) : organisasi internal sel;

nutrisi; struktur
organisasi selular

Carl. Woese (1978) : molekul RNA ribosomal (biologi molekular)

16S rRNA (Arkhaea & Bakteria)
18S rRNA (Eukarya)
 Sistem klasifikasi:

 Fenetik: berdasarkan kemiripan sifat

 Genetik: berdasarkan kemiripan gen
 Filogenetik: berdasarkan hubungan evolusi
 Pendekatan/Metode klasifikasi:
 Klasifikasi klasik monotetik
 Klasifikasi numerik-fenetik- politetik (berdasarkan kesamaan
morfologi)
 Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi)
 Klasifikasi molekular (taksonomi molekular)
 Klasifikasi polifasik
 Sistematika Mikrobia
Sistematika: ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk hidup
serta hubungan kekerabatan antar sesamanya.

Taksonomi : ilmu yang mempelajari teori klasifikasi yang mencakup dasar,

prinsip serta aturan klasifikasi

Takson: Kelompok mahluk yang anggotanya memiliki banyak persamaan ciri

Tiga bidang kajian sistematika:

 Klasifikasi
 Tatanama (Nomenklatur)
 Identifikasi
 Tiga Aspek Utama Dalam Taksonomi

1. Klasifikasi (pengelompokkan organisme dalam taxa)

2. Nomenklatur (pengalokasian nama) yang mengacu ke taxa

sesuai seri hierarchial yang tepat

3. Identifikasi dari isolasi yang baru sesuai istilah yang berlaku

dalam klasifikasi.

11
KLASIFIKASI
Klasifikasi:
Pembagian sistematika dari suatu organisme menjadi taksa
tertentu berdasarkan karakteristik yang sama/tertentu
 Klasifikasi secara konvensional
Karakteristik utama yang digunakan adalah:

• Bentuk sel • Bahan penyusun dinding sel

• Ukuran sel
• Morfologi koloni
• Karakteristik ultrastruktur
• Kebiasaan pewarnaan
• Mekanisme pergerakan
• Isi sel
• Sumber karbon & nitrogen
• Sumber energi
• Hasil Fermentasi
• Suhu pertumbuhan optimum &
kisarannya
• Toleransi osmosis
• Hubungan oksigen
• pH optimum & kisaran pertumbuhan
• Sensitivitas terhadap metabolic
inhibitors & antibiotics
 Klasifikasi Phylogeny
 Menunjukkan hubungan evolusioner dan sejarah di
antara organisme
 Beberapa diperoleh dari data fosil
 Hanya mungkin dengan menggunakan teknik molekuler:
- Genetic Homology:
Base composition (GC ratio)
Nucleic acid hybridisation.
Ribosomal RNA (rRNA) sequence analysis
Protein profiles and amino acid sequences
 Klasifikasi Intraspecies
Biotypes
Biochemical properties.

Serotypes
Antigenic features.

Phage Types
Bacteriophage susceptibility.

Colicin Types
Production of bacteriocins.
 Defenisi “Spesies”

Spesies

Taksonomi dari unit dasar, yang mewakili jenis organisme yang spesifik dan
dikenali

Bagi organisme yang bereproduksi secara seksual, definisi dasar dari spesies
adalah yang mampu bereproduksi secara sesuai.

 Definisi ini banyak yang gagal bagi banyak spesies mikroba (termsuk bakteri),
karena mereka tidak bereproduksi secara seksual.
 Defenisi “Spesies”
“Spesies” di dalam mikrobiologi:
- Koleksi strain mikroba yang berbagi banyak properti dan berbeda secara
nyata dari grup strain lainnya.
- Spesies diidentifikasi dengan membandingkan dengan “type strains” yang
telah diketahui.
“type strain” adalah kultur murni yang telah dikarakterisasi dengan
baik,sebagai referensi untuk identifikasi yang belum diketahui.
- Ada beberapa koleksi dari type strain; Contoh. American Type Culture
Collection (ATCC), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und
Zellkulturen GmbH (DSMZ)
Asal Usul Eukaryota oleh Proses
Endosimbiosis
 Asal Usul Eukaryota oleh Proses
Endosimbiosis

• Asal usul sel eukaryota yang pertama telah menjadi perdebatan

• Eukaryota modern memiliki DNA di dalam nukleus (inti sel), mitokondria and
chloroplasts
• Menganalisa properti DNA ini and prokaryota modern
• Baik Bakteri maupun Archaea saling berkontribusi nyata satu dan lainnya
– Hubunga Symbiosis – 2 spesies hidup dengan bersentuhan secara
langsung
– Endosimbiosis – satu organisme hidup di dalam organisme lain
• Data mendukung teori ini
 Klasifikasi virus?

• Tidak ditempatkan di Domain atau

Kingdom
• Kenapa?
• Spesies biasanya suatu populasi virus
dengan karakteristik yang sama yang
menempati suatu niche ekologi yang
tertentu
Nomenclature
 Nomenclature

 Penamaan ilmiah dari suatu mikroorganisme

 Diatur oleh Peraturan Internasional (The International Code of
Nomenclature of Prokaryotes).
 Species/genus baru divalidasi dan dipublikasi di The International
Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (former: The
International Journal of Bacteriology)
 Peraturan untuk Penamaan
Mikroorganisme
 Hanya ada 1 nama yang benar untuk 1 organisme
 Semua nama harus ditulis dalam huruf Latin
- Kata pertama (Genus) selalu ditulis dengan huruf besar
- Kata kedua (Species) tidak ditulis dengan huruf besar
- Nama genus dan species  Species, ditulis dengan digarisbawahi atau
dicetak miring
- Nama yang benar dari satu species atau taksa yang lebih
tinggi harus ditentukan oleh publikasi yang sah, dan nama harus sesuai
dengan peraturan penamaan
 Nama Ilmiah
 Mungkin merupakan suatu penghargaan bagi seorang ilmuwan
 Asal usul dalam bahasa Latin
Contoh. Escherichia coli (E. coli)
- penemu: Theodor Escherich
- menjelaskan tempat hidupnya (habitat) (colon/intestine)
Contoh. Staphylococcus aureus (S. aureus)
- Clustered (staphylo), spherical (cocci)
- Gold colored colonies (aureus)
Contoh. Ralstonia solanacearum (R. solanacearum)
- penemu : Ericka Ralston
- menginfeksi tanaman famili Solanaceae
 Nomenclature
Nama umum/nama deskriptif :

Nama-nama mikroorganisme mungkin umum digunakan, tapi bukan

nama secara taksonomi
Contoh:
• Tubercle bacillus / disease = tuberculosis
 (Mycobacterium tuberculosis)
• Meningococcus/ disease = meningitis
(Neiserria meningitidis)
• Group A streptococcus
(Streptococcus pyogenes)
Identifikasi
Bergey's Manual
- Metode untuk membedakan dan mengidentifikasi bakteri yang
disusun dalam Bergey's Manual of Determinative
Bacteriology
- Bergey's Manual of Systematic Bacteriology
Menyediakan penjelasan mengenai karakteristik fisik dan kimia dan sistem
identifikasi dari bakteri yang penting
 Bergey’s Manual of Systematic
Bacteriology

• Morphological characteristics
• Presence of various enzymes
• Serological tests
• Phage typing
• Fatty acid profiles
• DNA finger printing
• Sequence of ribosomal RNA
• Is still very difficult
 Identifikasi dan Konsep spesies:
 Nomenspecies: share the same type strain

 Taxospecies : similarity index  70

(numerical taxonomy)
 Genospecies: genetic exchage

 Genomic species: DNA relatedness value 70%

 Identifikasi Mikrobia
 Identifikasi : “proses & hasil penentuan benar tidaknya suatu strain
yang diteliti merupakan anggota takson yang sudah dikenal sbelumnya”
 Penentuan identitas strain mikrobia
 Strain baru (isolate) tidak dapat diidentifikasi jika strain yang serupa
belum pernah dikarakterisasi, diklasifikasi dan diberinama.
 Identifikasi : aplikasi klasifikasi dan tatanama
 Tujuan identifikasi: memberi nama strain dengan cara memasukkannya
ke dalam suatu takson (genus& spesies) yang sudah ada sebelumnya,
berdasarkan sejumlah kecil karakter yang dipilih.
 Pada hakekatnya, identifikasi tidak pernah dicapai secara mutlak tetapi
bersifat probabilitas karena seungguhnya tidak ada strain yang identik.
 Kegagalan identifikasi:

(i) kekurang akuratan deskripsi publikasi yang dipakai sebagai dasar

(ii) kekeliruan dalam mengkarakterisasi strain yang diteliti
kurang memadainya sistem klasifikasi yang dipakai sebagai dasar
identifikasi
(iii) kurang memadainya karakterisasi strain yang diteliti
penemuan strain yang atypical dalam takson terkait
(iv) penemuan strain yang merupakan anggota novel taxon
 Faktor (i) dan (ii) dapat ditanggulangi dengan menerapkan teknik
karakterisasi yang terstandardisasi dan reproducible (handal).
 Pengalaman sangat menentukan dalam keberhasilan identifikasi !
 Strategi Identifikasi:
 Tidak ada metode yang berlaku universal untuk semua mikrobia
 Bervariasi teknik yang telah dikembangkan untuk masing-masing kelompok mikrobia
 Strain yang diteliti harus terjamin sebagai kultur murni
 Gunakan semua informasi yang tersedia terkait dengan strain yang diteliti
 Gunakan selalu kontrol positif dan kontrol negative dalam setiap pengujian
 Kesimpulan ditemukannya strain anggota novel taxon baru dapat dilakukan setelah
melalui pengujian yang menunjukkan tidak teridentifikasinya strain secra
meyakinkan.
• Morphological Metode Identification
characteristics:
Useful for
identifying
eukaryotes
• Differential
staining: Gram
staining, acid-
fast staining
• Biochemical
tests:
Determines
presence of
bacterial
enzymes
A dichotomous key
Contoh Identifikasi Bakteri dengan Menggunakan
Metode Klasik Mikrobiologi
 Contoh Tes Biokimia
untuk Identifikasi Bakteri
 Contoh Tes Biokimia
untuk Identifikasi Bakteri
 Design a rapid test for
a Staphylococcus aureus
 Serology
(ilmu yang mempelajari tentang serum dan respon imun nya)

Combine known
antiserum + unknown
bacterium
Slide agglutination
ELISA
Western blot
Southern Blot
DNA chip
Phage Typing

Menentukan kepekaan suatu

strain terhadap phage atau
virus bakteri tertentu
DNA Fingerprinting