Sintesis Protein
Sintesis Protein
Gen adalah segmen DNA yang mengkode sebuah protein tertentu / segmen DNA yang dapat ditranskripsi
DNA
Nontemplate/sense/coding strand
Template/antisense/noncoding strand
Biosel 2006
Sekuen DNA selalu ditulis 5 - 3 Sekuen DNA biasanya adalah dari Nontemplate/coding/sense strand
Biosel 2006
mRNA
protein translasi
Sifat
ekspresi
transkripsi
Biosel 2006
Kode genetika: 43 = 64 kodons Hanya 20 asam amino, sehingga 1 asam dikodekan oleh lebih dari satu kodon; dikenal dengan Degenerasi/redundansi Kodon berbeda yang mengkode Asam amino yang sama disebut sinonim Variasi kodon tersebut terjadi pada basa ketiga. Gejala ini disebut Wobble position
Biosel 2006
ORF (Open Reading Frame) adalah satu set kodon yang berjalan berturutan, yang dimulai dengan start kodon dan diakhiri dengan stop kodon
Biosel 2006
Promoter
coding sequence
Termination sequence
Promoter initiates transcription; affects when, where, and how much gene product is produced. Termination sequence marks end of gene
Biosel 2006 8
TRANSKRIPSI
Adalah proses sintesis RNA dari sekuen DNA sebuah gen oleh ensim RNA polymerase (I, II, III)
RNA diproduksi dengan menggunakan template/anti-sense/non-coding strand RNA merupakan copy dari nontemplate/sense/coding strand mRNA, tRNA, rRNA (5S; 5,8S; 16S: 28S, snRNA
Biosel 2006 9
Selama proses transkripsi, RNA disintesis melalui polimerasi NTPs 3-OH dari satu nukleotida bereaksi dengan 5-fosfat dari nukleotida yang lain sehingga membentuk ikatan fosfodiesther
Biosel 2006
10
TRANSKRIPSI PROKARIOTIK
Fase : inisiasi, elongasi, terminasi
Biosel 2006
11
RNA polymerase mengenali sebuah konsensus sekuen (-10 dan -35) Sub unit dari RNA polymerase berperan dalam mengenali dan mengikatkan diri dengan promoter pada titik -35. Ikatan antara ensim dengan promoter tersebut membentuk sebuah closed promoter complex dimana promoter tetap double helix)
Biosel 2006
12
Double helix kemudian terbuka sedikit pada titik -10, yang kaya akan ikatan yang lemah antara A-T, dan membentuk open promoter complex
Biosel 2006
13
5
DNA
Promoter
3
5
-35
-10
+1
Biosel 2006
14
RNA polymerase
3
Subunit
+1
Biosel 2006
15
Biosel 2006
16
Subunit
5 3 5
RNA
3 5
Biosel 2006
17
5 3 5
RNA
3 5
Biosel 2006
18
TRANSKRIPSI EUKARIOTIK
Fase : inisiasi, elongasi, terminasi RNA polymerase II Transkripsi dimulai dari sekuen Promoter Promoter mengandung sekuen DNA khusus (TATA) yang dikenal dengan TATA box, dan terletak pada 25 bp upstream TATA box berperan untuk meletakkan RNA polymerase II pada tempat yang tepat sebelum transkripsi
Biosel 2006 19
Pengikatan RNA Polymerase II dengan promoter memerlukan beberapa protein yang disebut Transcription Factor II
Biosel 2006
20
Promoter
5 DNA TATA
3 5
-25
+1
Biosel 2006
21
TFIID
5 DNA
3 5
+1
Biosel 2006
22
TFIIA, TFIIB
5 DNA
3 5
+1
Biosel 2006
23
RNAPol II
5 DNA
3 5
+1
Biosel 2006
24
TFII F,E,H,J
5 DNA
3 5
+1
Biosel 2006
25
5 3 5
RNA
3 5
Biosel 2006
26
mRNA PROCESSING
Hasil proses transkripsi sebuah gen yang mengkode protein adalah sebuah pre-mRNA (hnRNA/mRNA precursor)
Pre-mRNA (pada eukariotik) terdiri dari intron dan exon
Biosel 2006
27
mRNA PROCESSING
1. Langkah pertama: Splicing, yaitu menghilangkan sekuen non-coding (intron), sehingga menghasilkan mRNA tanpa intron 2. Langkah kedua: 5Capping, yaitu menambahkan 7-methylguanosin (GTP + CH3), pada ujung 5 untuk menghindari degradasi exonuklease pada ujung 5
Biosel 2006 28
mRNA PROCESSING
3. Langkah ketiga: 3 Polyadenilatin, yaitu menambahkan 250 Adenin pada ujung 3, sehingga membentuk ekor poli-A, untuk menghindari degradasi exonuklease pada ujung 3 Setiap mRNA pasti mengandung ekor poli-A.
Biosel 2006
29
Biosel 2006
30
tRNA PROCESSING Sebanyak 74 95 nukleotida RNA membentuk struktur berbentuk daun cengkih (cloverleaf structure)
Biosel 2006
31
tRNA
3 A
C
5 C
Acceptor arm
Anticodon arm
Biosel 2006
32
Acceptor arm: memiliki ujung CCA3, yang tidak berpasangan, dan merupakan titik pengikatan tRNA dengan Asam Amino Anticodon arm: berperan untuk mengenali dan melekatkan diri pada codon dalam mRNA
Biosel 2006
33
rRNA PROCESSING
rRNA terbentuk dari asosiasi antara ribosom dengan RNA Ribosom Prokariotik 70S
Ribosom Eukariotik 80S
Biosel 2006
34
TRANSLASI
Adalah proses sintesis protein dalam sel mRNA akan menentukan sekuen AA dalam sebuah protein
Biosel 2006
35
Biosel 2006
36
PROSES TRANSLASI
1. AA akan berikatan dengan tRNA pada proses yang disebut Aminoacylation/charging, yang kemudian akan mengenali kodon pada mRNA 2. Pengenalan antikodon (tRNA) dengan kodon (mRNA) dengan prinsip komplementaritas pasangan basa
Biosel 2006 37
3. Tahapan translasi: a. Inisiasi (Initiation): adalah pengikatan Ribosom dengan mRNA membentuk sebuah inisiation complex Proses ini dimulai dari AUG (met) sehingga kodon ini disebut translation initiation codon
Biosel 2006
38
Pada prokariotik, translasi dimulai pada sekuen yang terletak 10 dari AUG yaitu dengan sekuen 5AGGAGGU3, yang disebut Shine-Dalgarno Sequence
Biosel 2006
39
b. Pemanjangan/elongation:
Dimulai dengan penggabungan Ribosom pada inisiation complex Sehingga terbentuk 2 buah ruangan pada kompleks, dimana satu ruangan telah diisi oleh tRNA Met, dan ruangan yang kedua diisi oleh tRNA yang ditentukan oleh kodon kedua dari mRNA.
Biosel 2006
40
Kompleks ini kemudian akan bergeser kearah 3 (downstream) sehingga ruangan pertama akan disi oleh tRNA kedua, dan ruangan kedua akan diisi oleh tRNA ketiga yang ditentukan oleh kodon ketiga dst.
Biosel 2006
41
c. Terminasi (termination): tRNA tidak akan mampu berikatan dengan termination codon Terdapat beberapa protein yang disebut Release Factors yang akan mengenali kodon stop (UAA, UAG, UGA), dan akan menambahkan air pada polipeptida, sehingga terjadi pelepasan polipeptida.
Biosel 2006 42
Biosel 2006
43
Biosel 2006
44