1.

Kulit
Kulit secara konstan berhubungan dengan bakteri dari udara atau dari benda-benda,

tetapi kebanyakan bakteri ini tidak tumbuh pada kulit karena kulit tidak sesuai untuk
pertumbuhannya. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mikrobiologi, 2008:
548)

Kulit manusia terlihat lebih mudah pecah atau rusak bila dibandingkan dengan kulit
hewan, seperti badak, gajah, dan kura-kura. Namun kulit manusia memiliki sifat sebagai
pertahanan (barier) yang sangat efektif terhadap infeksi. Dalam kenyataanya, tidak ada
bakteri

yang

dapat

menembus

kulit

utuh

yang

telanjang

tanpa

pelindung.

(www.scrib.com/melanie87)

Kulit bersifat sedikit asam dengan pH 5 % dan memiliki temperatur kurang dari 37C.
Lapisan sel-sel yang mati akan membuat permukaan kulit secara konstan berganti sehingga
bakteri yang berada dibawah permukaan kulit tersebut akan juga dengan konstan terbuang
dengan sel mati. Lubang-lubang alami yang terdapat di kulit, seperti pori-pori, folikel rambut,
atau kelenjar keringat memberikan suatu lingkungan yang mendukung pertumbuhan bakteri.
Namun lubang-lubang tersebut secara alami dilindungi oleh lisozim (enzim yang dapat
merusak peptidoglikan bakteri yang merupakan unsur utama pembentuk dinding sel bakteri
gram positif) dan lipida toksik. (www.scrib.com/melanie87)

Pelindung lain terhadap kolonialisasi kulit oleh bakteri patogen adalah mikroflora normal
kulit. Mikroflora tersebut merupakan suatu kumpulan dari bakteri nonpatogen yang normal
berkolonisasi pada setiap area kulit yang mampu mendukung pertumbuhan bakteri. Bakteri
patogen yang akan menginfeksi kulit harus mampu bersaing dengan mikroflora normal yang
ada untuk mendapatkan tempat kolonisasi serta nutrien untuk tumbuh dan berkembang.
Mikroflora normal kulit terutama terdiri dari bakteri gram positif. Tetapi bakteri gram negatif
seperti Escherichia coli yang habitatnya ada di dalam usus manusia, juga bisa terdapat pada
kulit manusia karena adanya kontaminasi kotoran manusia. (www.scrib.com/melanie87)

Walaupun ada pertahanan tersebut di atas, beberapa bakteri patogen dapat berkolonisasi
sementara pada kulit dan dapat mengambil manfaat dari luka yang ada pada permukaan kulit
untuk memperoleh jalan masuk ke jaringan yang ada di bawah kulit. Di bawah kulit, mereka

akan menghadapi sejumlah sel yang telah terspesifikasi yang disebut dengan skin-associated
lymphoid tissue (SALT). Fungsi SALT adalah mencegah bakteri patogen tidak sampai ke
area yang lebih jauh di bawah kulit dan mencegah mereka tidak sampai ke aliran darah.
Relatif sedikit yang diketahui tentang sel-sel yang menyusun SALT. Salah satu tipe selnya
adalah sel yang memaparkan antigen yang terspesialisasi yang membantu tipe sel yang lain,
specialized skin- seeking lymphocyte, untuk memproduksi antibodi. Sel-sel limfosit tersebut
juga memproduksi sitokin, protein yang merangsang sel-sel dari sistem imun dan memiliki
sejumlah efek lain. Komponen SALT yang lain adalah keratinosit yang banyak terdapat pada
lapisan epidemis dan bertanggung jawab untuk memelihara lingkungan mikrokulit yang
bersifat asam. Keratinosit memproduksi sitokin dan juga mampu untuk ingesti dan
membunuh bakteri.. (www.scrib.com/melanie87)

Pentingnya pertahanan kulit ini diilustrasikan paling baik dengan pengaruh luka bakar yang
parah, yang akan mengeliminasi semua bentuk pertahanan kulit termasuk SALT. Seseorang
yang mengalami luka bakar tingkat dua dan tiga yang ekstensif dan orang yang bertahan
hidup dari trauma inisial yang berhubungan dengan luka bakar masih belum terbebas dari
bahaya. Banyak korban luka bakar mati karena infeksi bakterial yang terjadi sebelum kulit
terbakar mengalami penyembuhan. Hilangnya pertahanan kulit dan tereksposnya lapisan
jaringan di bawah kulit yang basah dan kaya nutrien merupakan hal yang ideal untuk
kolonisasi bakteri pada area yang terbakar. Penyebab yang paling umum pada infeksi kulit
yang terbakar adalah Pseudomonas aeruginosa dan Staphylococcus aureus, dua spesies
bakteri yang terdapat di mana-mana pada lingkungan rumah sakit. Kedua spesies juga dikenal
resisten terhadap antibiotik. Antibiotik paling efektif bila aksi antibakterial mereka didukung
dengan aktivitas pembunuhan oleh sistem imun. Efek kombinasi dari kerusakan SALT dan
resistensi alami bakteri telah membuat infeksi luka bakar sulit untuk ditangani dengan efektif.
Infeksi tersebut merupakan suatu penyebab utama kematian di antara penderita luka bakar.
Bahkan, bila tidak bersifat fatal, infeksi bakterial pada jaringan yang terbakar meningkatkan
jumlah kerusakan jaringan dan mencegah penyembuhan area kulit yang terbakar.
(www.scrib.com/melanie87)

Pada umumnya beberapa bakteri yang ada pada kulit tidak mampu bertahan hidup lama
karena kulit mengeluarkan substansi bakterisida. Sebagai contoh, kelenjar keringat
mengekskresikan lisozim, suatu enzim yang dapat menghancurkan dinding sel bakteri.

Kelenjar lemak mengekskresikan lipid yang kompleks, yang mungkin diuraikan sebagian
oleh beberapa bakteri; asam-asam lemak yang dihasilkannya sangat beracun bagi bakteribakteri lain. (www.scrib.com/melanie87)

Kebanyakan bakteri kulit di jumpai pada epitelium yang seakan-akan bersisik (lapisan luar
epidermis), membentuk koloni pada permukaan sel-sel mati. Kebanyakan bakteri ini adalah
spesies Staphylococcus (kebanyakan S. epidermidis dan S. aureus) dan sianobakteri aerobik,
atau difteroid. Jauh di dalam kelenjar lemak dijumpai bakteri-bakteri anaerobik lipofilik,
seperti Propionibacterium acnes, penyebab jerawat. Jumlahnya tidak dipengaruhi oleh
pencucian. Timbulnya organisme ini diperlihatkan pada Tabel 1 ; Gambar 6 Melukiskan
morfologi dan sifat-sifat mikroorganisme yang predominan di dalam mikrobiota. Letak
bakteri-bakteri ini pada atau di dalam kulit diperlihatkan pada Gambar 2. (Michael J. Pelczar,
Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 549)

Gambar 2. Letak-letak bakteri dalam kulit. (sumber: (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan,
Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 548)
Staphylococcus epidermidis yang bersifat nonpatogen pada kulit namun dapat menimbulkan
penyakit saat mencapai tempat-tempat tertentu seperti katup jantung buatan dan sendi
prostetik (sendi buatan). Bakteri ini lebih sering ditemui pada kulit dibandingkan dengan
kerabatnya yang bersifat patogen yaitu Staphylococcus aureus. Secara keseluruhan ada

sekitar 103-104 mikroorganisme/cm2 yang kebanyakan terletak pada stratum (lapisan)

korneum. (Wikipedia.org)

Dibawah ini adalah gambar bakteri Staphylococcus epidermidis (sumber: Wikipedia.org)

Gambar 3. Staphylococcus epidermidis dilihat dengan mikroskop elektron.

(sumber: Wikipedia.org)

Faktor-faktor yang berperan menghilangkan flora sementara pada kulit adalah pH rendah,
asam lemak pada sekresi sebasea dan adanya lisozim. Berkeringat yang berlebihan atau
pencucian dan mandi tidak menghilangkan atau mengubah secara signifikan flora tetap.
Jumlah mikroorganisme permukaan mungkin berkurang dengan menggosok secara kuat
setiap hari dengan sabun yang mengandung heksakloforen atau desinfektan lain, namun flora
secara cepat muncul kembali dari kelenjar sebasea dan keringat, meskipun tidak ada
hubungan secara total terhadap kulit bagian lain maupun lingkungan. Penggunaan tutup rapat
pada kulit cenderung menyebabkan populasi mikrobiota secara keseluruhan sangat meningkat
dan dapat menimbulkan perubahan kualitatif flora kulit. (Jawetz, Melnick, dan Adelbergs,
Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology), 2005: 279)

Bakteri anaerob dan aerob sering bersama-sama menyebabkan infeksi sinergistik (gangrene,
fasciitis nekrotik = necrotizing fasciitis), selulitis dari kulit dan jaringan lunak. Bakteribakteri tersebut merupakan bagian dari flora normal. Sering sulit menentukan suatu
organisme yang spesifik bertanggung jawab terhadap lesi progresif, karena terdapat banyak
organisme yang berperan. (Jawetz, Melnick, dan Adelbergs, Mikrobiologi Kedokteran
(Medical Microbiology), 2005: 279-280)

2.

Hidung dan Nasofaring (nasopharynx)

Flora utama hidung terdiri dari korinebakteria, stafilokokus (S. epidermidis, S. aureus) dan
streptokokus. (Jawetz, Melnick, dan Adelbergs, Mikrobiologi Kedokteran (Medical
Microbiology), 2005: 280)

Didalam hulu kerongkongan hidung, dapat juga dijumpai bakteri Branhamella catarrhalis
(suatu kokus gram negatif) dan Haemophilus influenzae (suatu batang gram negatif).
(Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 549)
(Lihat Tabel 1, Gambar 5, dan Gambar 6)

Pemusnahan flora normal faring dengan penisilin dosis tinggi dapat menyebabkan over
growth: bakteria negatif Gram seperti Escherichia coli, Klebsiella, Proteus, Pseudomonas
atau jamur. (Staf Pengajar Fakultas Kedokteran UI, Mikrobiologi Kedokteran, 1994: 31)

4.

Orofaring (oropharinx)
Orofaring (bagian belakang mulut) juga dihuni sejumlah besar bakteri Staphylococcus aureus
dan S. epidermidis dan juga difteroid. Tetapi kelompok bakteri terpenting yang merupakan
penghuni asli orofaring ialah streptokokus -hemolitik, yang juga dinamakan Streptokokus
viridans. Biakan yang ditumbuhkan dari orofaring juga akan memperlihatkan adanya
Branchamella catarrhalis, spesies Haemophilus, serta gular-galur pneumokokus avirulen
(Streptococcus pneumonia).
(Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 554-555)

(Lihat Tabel 1, Gambar 5, dan Gambar 6)

Bagian terdalam saluran pernapasan (ranting tenggorok atau bronkiole yang lebih halus serta
alveoli atau gelembung paru-paru) tidak mengandung mikroorganisme. Hal ini disebabkan
karena saluran pernapasan berlapiskan silia, yaitu embel-embel seperti rambut, yang
menyapu mikroorganisme dan bahan-bahan lain dari bagian sebelah dalam saluran ke bagian
sebelah atas untuk dibuang. Rambut bersama dengan lendir di dalam lubang hidung itulah
yang pertama-tama membantu melindungi saluran pernapasan dengan cara menyaring bakteri
dari udara yang dihirup. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi,
2008: 555)

5.

Perut
Isi perut yang sehat pada praktisnya steril karena adanya asam hidroklorat di dalam sekresi
lambung. Setelah ditelannya makanan, jumlah bakteri bertambah tetapi segera menurun
kembali dengan disekresikannya getah lambung dan pH zat alir perut pun menurun. (Michael
J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 556)

6.

Usus Kecil
Usus kecil bagian atas (atau usus dua belas jari) mengandung beberapa bakteri. Di antara
yang ada, sebagian besar adalah kokus dan basilus gram positif. Di dalam jejunum atau usus
halus kosong (bagian kedua usus kecil, di antara usus dua belas jari dan ileum atau usus
halus gelung) kadang kala dijumpai spesies-spesies enterokokus, laktobasilus, dan difteroid.
Khamir Candida albicans dapat juga dijumpai pada bagian usus kecil ini. (Michael J. Pelczar,
Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 556)

Pada bagian usus kecil yang jauh (ileum), mikrobiota mulai menyerupai yang dijumpai pada
usus besar. Bakteri anaerobik dan enterobakteri mulai nampak dalam jumlah besar. (Michael
J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 555)

7.

Usus Besar
Di dalam tubuh manusia, kolon atau usus besar, mengandung populasi mikrobe yang
terbanyak. Telah diperkirakan bahwa jumlah mikroorganisme di dalam spesimen tinja adalah
kurang lebih 1012 organisme per gram. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar
Mirobiologi, 2008: 556)

Basilus gram negatif anaerobik yang ada meliputi spesies Bacteroides (B. fragilis, B.
melaninogenicus, B. oralis) dan Fusobacterium. Basilus gram positif diwakili oleh spesiesspesies Clostridium (termasuk Cl. Perfringens yang mempunyai kaitan dengan kelemayuh,
suatu infeksi jaringan disertai gelembung gas dan keluar nanah) serta spesies-spesies
Lactobacillus. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 557)

Sangatlah menarik perhatian bahwa mikrobiota usus seorang bayi yang disusui oleh ibunya
hampir seluruhnya terdiri dari laktobasilus. Dengan diberikan susu botol, jumlah laktobasilus
menurun dan akhirnya, dengan diberikannya makanan padat serta nutrisi tipe dewasa, maka
mikrobiota gram negatif menjadi predominan. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan,
Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 557)

Spesies-spesies anaerobik fakultatif yang dijumpai di dalam usus tergolong dalam genus
Escherichia, Proteus, Klebsiella, dan Enterobacter. Peptostreptokokus (streptokokus
anaerobik) juga umum. Khamir Candida albicans juga dijumpai. (Michael J. Pelczar, Jr. dan
E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 552)

Flora saluran pencernaan berperan dalam sintesis vitamin K, konversi pigmen empedu dan
asam empedu, absorpsi zat makanan serta antagonis mikroba patogen.

8.

Saluran Kemih Kelamin

Pada orang sehat, ginjal, ureter (saluran dari ginjal ke kandung kemih), dan kandung kemih
bebas dari mikroorganisme, namun bakteri pada umunya dijumpai pada uretra (saluran dari
kandung kemih ke luar) bagian bawah baik pada pria maupun wanita. Tetapi jumlahnya
berkurang di dekat kandung kemih, agaknya disebabkan efek antibakterial yang dilancarkan
oleh selaput lendir uretra dan seringnya epitelium terbilas oleh air seni. Ciri populasi ini
berubah menurut variasi daur haid. Penghuni utama vagina dewasa adalah laktobasilus yang
toleran terhadap asam. Bakteri ini mengubah glikogen yang dihasilkan epitelium vagina, dan
di dalam proses tesebut menghasilkan asam. Penumpukan glikogen pada dinding vagina
disebakan oleh kegiatan indung telur; hal ini tidak dijumpai sebelum masa akil balig ataupun
setelah menopause (mati haid). Sebagai akibat perombakan glikogen, maka pH di dalam
vagina terpelihara pada sekitar 4.4 sampai 4,6. Mikrooganisme yang mampu berkembang
baik pada pH rendah ini dijumpai di dalam vagina dan mencakup enterokokus, Candida
albicans, dan sejumlah besar bakteri anaerobik. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan,
Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 557-558)

Sistem urinari dan genital secara anatomis terletak berdekatan, suatu penyakit yang
menginfeksi satu sistem akan mempengaruhi sistem yang lain khususnya pada laki-laki.

Saluran urine bagian atas dan kantong urine steril dalam keadaan normal. Saluran uretra
mengandung mikroorganisme seperti Streptococcus, Bacteriodes, Mycobacterium, Neisseria
dan enterik. Sebagian besar mikroorganisme yang ditemukan pada urin merupakan
kontaminasi dari flora normal yang terdapat pada kulit. Keberadaan bakteri dalam urine
belum dapat disimpulkan sebagai penyakit saluran urine kecuali jumlah mikroorganisme di
dalam urine melebihi 105 sel/ml. (www.scrib.com/melanie87)

9.

Mata (Konjungtiva) dan Telinga

Mikroorganisme konjungtiva terutama adalah difteroid (Coynebacterium xerosis), S.
epidermidis dan streptokukus non hemolitik. Neiseria dan basil gram negatif yang
menyerupai spesies Haemophilus (Moraxella) seringkali juga ada. Flora konjungtiva dalam
keadaan normal dikendalikan oleh aliran air mata, yang mengandung lisozim. (Jawetz,
Melnick, dan Adelbergs, Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology), 2005: 283)

Flora liang telinga luar biasanya merupakan gambaran flora kulit. Dapat dijumpai
Streptococcus pneumonia, batang gram negatif termasuk Pseudomonas aeruginosa,
Staphylococcus aureus dan kadang-kadang Mycobacteria saprofit. Telinga bagian tengah dan
dalam biasanya steril. (Staf Pengajar Fakultas Kedokteran UI, Mikrobiologi Kedokteran,
1994: 31)

10. Bakteri di Darah dan jaringan

Pada keadaan normal darah dan jaringan adalah steril. Kadang-kadang karena manipulasi
sederhana seperti mengunyah, menyikat gigi, ekstraksi gigi, flora komensal dari mulut dapat
masuk ke jaringan atau darah. Dalam keadaan normal mikroorganisme tersebut segera
dimusnahkan oleh sistem kekebalan tubuh. Hal seperti itu dapat terjadi pula dengan flora
faring, saluran cerna dan saluran kemih. Pada keadaan abnormal seperti adanya katup jantung
abnormal, atau protesa lain, bakteremia di atas dapat mengarah pada pembentukan koloni dan
infeksi. (Staf Pengajar Fakultas Kedokteran UI, Mikrobiologi Kedokteran, 1994: 32)

Uraian penyebaran bakteri di atas dapat dilihat dalam tabel di bawah ini.

Tabel 1. Spesies mikrobe predominan yang dijumpai di berbagai daerah anatomi

manusia
Sumber: Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 551

Gambar 5. Penyebaran mikrobiota normal tubuh manusia. (Sumber: Michael J. Pelczar,

Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 555)

Dan di bawah ini dapat kita lihat sifat-sifat organisme yang telah disebutkan di atas.

Gambar 6. Morfologi serta ciri-ciri utama spesies mikrobe predominan yang merupakan
mikrobiota normal tubuh manusia. (Sumber: Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, DasarDasar Mirobiologi, 2008: 554)