TUGAS BIOINFORMATIKA

MENDESAIN PRIMER DENGAN MENGUNAKAN PRIMER3,

FASTPCR DAN DNA CALCULATOR

Disusun Untuk Memenuhi Tugas Bioinformatika

Dosen Pengampu : Dr. Ari Susilowati, M.Si.

WAHID SULAIMAN
NIM S901408003

PASCASARJANA
PROGAM STUDI BIOSAINS
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
2014

Gen green fluorescent protein

Gen gfp yang diperoleh dari ubur-ubur (Aequorea victoria) telah menjadi gen reporter
favorit untuk transformasi genetika pada tanaman. Gen ini banyak dipadukan dengan gen
penanda selektif untuk menambah kekuatan seleksi sel dan jaringan transgenik. Keuntungan
dari gen ini adalah karena aktivitasnya berupa protein yang berwarna hijau dapat langsung
dipantau secara visual dengan prosedur yang sederhana. Identifikasi sel trasngenik bisa
segera diketahui segera setelah proses transformasi, dan selanjutnya untuk mengetahui proses
pemisahan kromosom ketika sel tersebut membelah (mitosis). Menggunakan gen reporter ini,
jaringan transgenik dapat dipisah secara manual sebelum perlakuan seleksi dengan antibiotik
atau herbisida. Dengan demikian dapat meningkatkan efisiensi transformasi serta menghemat
waktu dalam menghasilkan tanaman bioteknologi. Gen ini telah digunakan pada berbagai
jenis tanaman dikotil dan monokotil, serta studi untuk memantau perpindahan serbuk sari dari
tanaman tansgenik ke tanaman lain atau gulma.

Aequorea victoria green-fluorescent protein mRNA,

complete cds
GenBank: M62654.1
GenBank Graphics
>gi|155662|gb|M62654.1|AEVGFPB Aequorea victoria green-fluorescent protein
mRNA, complete cds
AAGCTTCAAATTAAGTCAGCTCCTTAAATGAAAGATAATAAAGTGTAGTTCAAGAACTATATGAATGATG
TGTTTTCAGATAACCAAAATGGGGAAAAACATGCTAAAGTCAGCATATTTTTGGAAAATTGATGACGTCA
TCATGACGTCGTTTTGATGACAAAACTTATTATAAGCGAATTCTTATATTTTTACAGGATAACAAAGATG
AGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGC
ACAAATTCTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAAATTTATTTG
CACTACTGGAAAGCTACCTGTTCCATGGCCAACACTTGTCACTACTTTCTCTTATGGTGTTCAGTAAGTG
CATTTTATACTCTTTTAATATCAGTGTTAAGAAAATCAAGTGTCTTGCTATTTTTTCGATTATTGGTGCA
ATTCTAGTCAAATTATTGCGTTTTTTTACCCAAAATGTTAATGTAAAACTGAAATTTGGCACACTTGCGC
AAATATATACAGGGTATTTTGAAAAAATTAAACAGGATGATAAAAGTTGCACAGAAACTTATCTCAAGAT
TTACCCGCAGAAAGATGCTTNAAAAATTGATATTTGACAGAGCAAAACCTGAGATTCACGTCTTTTAGTT
GTTTGACTTGAAATTTTGGTGACAGGTAGGTATCATGAAAAACAAACAAAACGTAAAAATATCACGTGAT
TAAAGTGTATCTTACAGACCAGAAACAGTTTTATTAACTTCTATTATTCTATTTTGCAATATACACATTG
TATCAATTTCTTGAGTTACTCGAAGTAATACCGACCTATCATCAGAATTTCAAGTCAACACAACATTATA
TGGGGCTGATTAGGGAATGATTTTGTCTCTTTTAGATGCTTTTCAAGATACCCAGATCATATGAAACAGC
ATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTACAAAGATGACGG
GAACTACAAATCACGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTCGTTAATAGAATTGAGTTAAAAGGT
ATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAAATGGAATACAACTATAACTCACACAATGTAT
ACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGTTAACTTCAAAATTGTATGTATACGTTAAGGGCA
TAAATTTTTGCGGGCATAAAATCTTGCGAAATTTATTATCGCGAATAGGTTACGCAAAATCTATAATTAA
AATGTATTTTTTTCTGCTGATTTTCTAAATAACAACTCAACCCGTCATTTTTATATCGCAAAAATAAATT
CCGAAATAATTTATGCTCGCAAAAATTTAGGCCCATAAGTAGACTTTTGATATCTGCGTGCTCTGCAATG

AAGTAAAAATACGATATTTTCATTGAAATACACGGGTTCAAAGTTATTTGTTAATTCAATAAGCGTGCGC
AGAAATTAAAGGACGTATAAAGATACGAACACATCAAACCATTCATGCGTAAATAATGTTCTATTTTTAA
AATTCACCAAAGCTTAAATATTCTTAAGAATTATTCATGTGCCATGGGAGCAACAATATAGTTATGGACA
AAAATTTCTGAGTTCACTTTTATTTCTGCGCGCCCGCATCAAAGTTCAAACAACTGTGAACCCGAGTTTT
TTCCAGCTTGCAATTTTAATAAGAGACAAAAAGCAAATTGCAGTTCAAGAAAATCGAGATATTGCCAGAT
GTAAACATTTAATAAGAGACAAAAAGTTCATAAGCGTTCTAAAGAACAGCAACAAAATAATAATTAGAAT
TAAACGAGTTCTCAAACAAAATAAAAACTGAAGTCAAAGAGTCAGTAAGGAATTTAGTTAACGATGCTTT
ATAATCAAAGTTTTAATTCCAGTTCATGTATGCAATTAACAATAAGATCTTGGAGAATTGAATATGTTTC
GAAATTTTATAAATTCGGATTTAATTTCTAAAGTTGTGTATCAAAAATAGTTCAAACTATTTTCATGAAA
AGATGATAAATTACGGTAATAAGTATATAATATAATCAATTAAAATTAATTTTAGGCTCAAATTACAGAA
TCCACGTTTTTTTTCTCTAGACATAGCACAGTGTTTAGATGTTTGTTTTATTTCATCCATCCTTATTACA
GTTTTCCTCTGAACTTTAATACTAGCGTACAATTTGAATAATAATCTGAAATGATTCAACTTTTCAGAGA
CACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCC
CTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCCAAAGATCCCAACGAAAAGAG
AGATCACATGATCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAA
TAAATGTCCAGACTTCCAATTGACACTAAAGTGTCCGAACAATTACTAAAATCTCAGGGTTCCTGGTTAA
ATTCAGGCTGAGATATTATTTATATATTTATAGATTCATTAAAATTTTATGAATAATTTATTGATGTTAT
TAATAGGGGTTATTTTCTTATTAAATAGGCTACTGGAGTGCATTCCTAATTCTATATTAATTACAATTTG
ATTTGACTTGCTCAGAATCCCGCTTCATTGCTTTTCCACTTGCATTATCCTTATTTAGTATTAATTTGTA
TTTTGGTTTGGCTACATTGAGTGCAAAAAACCTAATTTTCGGACGAATTTTCGAACGAATTTTTTTGACG
GAATTTTCTTCATTCTATTTACTCCTCTAGCTAAATTATTTTACCTTTTTGTTAATTTGGTTAAATTATT
CTCTGAGCCGATGATTGAGAAATTAATGGATTAAAAGTGAGTACCTTACATGTTGTCAACTTGTAACGAA
TGGAAAAAGAAATTACGTTTCAAGAGTTTGAAAGGTAATACAGTTACAGTTAACCGCAGAAAAATTGCAT
GATGATTGATAAATTCGATTTTTGTTATCCTAAAATTTTCCAAACGTCAGTGGCCGACGACTTTATCAGG
GACTTCTAAAAGTGAAAAATAATCAGGTGCGGATTTCGAAGGCGCAAAACTATAGGAAGAGAGCGAAATG
TCATTAAATTATCATATTCTATTAACTGATGACAATAGATGATGAAAAGTTTATGATTATTCACTCTCCT
CCTGTAATTATGCGACCCTTCTAGATTCACGCCTGAAAGTATAGCTACCTGGGATGAAGTACTAGTCTGA
GGACTCTTCACCTAAAAATTAAATTCTTATAAGAGTAAACAAGAAACTTAGCAGTTACAAACGGGAGAGC
GATGAGAAACAAAAACAATTACGTTGCCACTATGAATATCGATGTTCAATCAATTTTGTTCCTTACTTAT
AAGAACGAGATCGTCTTAACTTAAAATAGTAAAATGTTATCAAGATAATAGCAATTTTTTACCGACACAG
CGAAGACTCACTACTGAAATGATCAGTTTTAATCAGGCAAATAATCCGTGGCACATAATAGTGACCGAAA
ATAATTAATCGGCATTAAGACTACCGAAATAATAATGTTTTTTCTACTGCGTATACGCGTGAGAAATTTT
CAATAAGCTCATCATCTTCAGCATAGTTATACTTTTATGTAAAGTATCAATTCCGACATAAAATAACGGC
TTATTATCGAAATAATAGCGTTTTCTCTACTCCATGCGCGTCAAAAGTTCTCTCTAGGCTCATCATCTTC
AGCATAATTATAATTTTTGTAAAGTACCAGTTCCGGTCGAAAATAATGACTAATTACCGAAATTATAGTG
TTTTTCTATTGCCATGCGCGTGAAAAATTTTGATTGAATCATCATCTTCAGCATAGGCATAATTCTTTGT
AAAATATCGATTCCGACATAAAATAATGGCCTATTACCGAAATAATCGCGTTTTTCCTACTGCGCATGCG
CGTCAAAAATTATATTTTTATTCATCATCTTCAGCATAATTATATTTTTTTGTAAAGTACCAGTTCCGGT
AGAAAATAATGACTTGTTACTGAAATAATAGCGTTTTTCTATTGCGCATGCGCTATAAAAATTAAAGTAA
CGTCATCATATTCAGCATGGTATTGAAATTTTCAAATTTAATTAACCTATTGAACAAGAATGTACACTTG
CATCAAAATAGGTGAAATTCGCCAATATCGCTAAATGTGACGCGCGGGAGCAATACTACGCATGTAGCTT
CAGGTAAAGCATGTAGAAACTCGGAGGAGTAGGAGTCCACCGTCGAAACTAAAACGGGATACACTACGCT
ATGGCCTTCGCTCTCCCGTAAAAAGGGACTAACAATACGACCTAATTGAAATACTAAAAAAAACAAGAGA
AATTTAACCCCTTTGTTAACACTTTTCAAAAGTGGGATTTTTTAGCCAACCATCTGGTATATATGGTTGC
TCATTTTATTATTATCTCTTTCTTTATTGTTGGTACAACGTAGTCAAAATACAAATTAGGTTAATAAAAA
GCAACATTATAATGTATAAAATCTAATTGTGTCTAATTACCGACAAATTTTACAGGAACAGTTTTCACCA
GACCGAGTCTTAATTTTAGTTTTAAAAGAAATTATGTTTCTACTGTTCTGACAATCTGAAGACAATTAGT
TCTAGTGTAACAATGCTCTGAATTGAATATATTCAGCAATATTTTGTTTGTAAGAATTGGATGAATGTAC
GAACCTTCAGCAGATTTATACCAAGTGTTAGATTTAACAAGATTTGCAAGCTGATGAGTTTCGAGAAAAT
TCAACATATCTGGATTTGAGGGTGGAACATTAAAATCTCCTAAGATAATAATTCTATCATAATTAGAATA
TAAATTATCAATGATGTCATTTAAGTGATCTAGAAAAATATTGATAGTAACAGTTGGATGTTTGTATATA
GAAATAGTAAGCCATCTATTTTTCCCAAATGCGAGTTCAAAAACCAAAATTGGATTCCTTCAAAGAAAAA
AGACATTAAGAAACTTGATGGAATCCCTTCTCGACTGTAAACAAGCAGTCTCTGGGATCC

link : (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/155662?report=fasta)

Fast PCR

Sequences :1 :5100
>aagcttcaaattaagtcagctccttaaatgaaagataataaagtgtagttcaagaactatatgaatgatg
tgttttcagataaccaaaatggggaaaaacatgctaaagtcagcatatttttggaaaattgatgacgtcatcatgacgtcgtt
ttgatgacaaaacttattataagcgaattcttatatttttacaggataacaaagatgagtaaaggagaagaacttttcactgg
agttgtcccaattcttgttgaattagatggtgatgttaatgggcacaaattctctgtcagtggagagggtgaaggtgatgcaa
catacggaaaacttacccttaaatttatttgcactactggaaagctacctgttccatggccaacacttgtcactactttctct
tatggtgttcagtaagtgcattttatactcttttaatatcagtgttaagaaaatcaagtgtcttgctattttttcgattattg
gtgcaattctagtcaaattattgcgtttttttacccaaaatgttaatgtaaaactgaaatttggcacacttgcgcaaatatat
acagggtattttgaaaaaattaaacaggatgataaaagttgcacagaaacttatctcaagatttacccgcagaaagatgcttn
aaaaattgatatttgacagagcaaaacctgagattcacgtcttttagttgtttgacttgaaattttggtgacaggtaggtatc
atgaaaaacaaacaaaacgtaaaaatatcacgtgattaaagtgtatcttacagaccagaaacagttttattaacttctattat
tctattttgcaatatacacattgtatcaatttcttgagttactcgaagtaataccgacctatcatcagaatttcaagtcaaca
caacattatatggggctgattagggaatgattttgtctcttttagatgcttttcaagatacccagatcatatgaaacagcatg
actttttcaagagtgccatgcccgaaggttatgtacaggaaagaactatattttacaaagatgacgggaactacaaatcacgt
gctgaagtcaagtttgaaggtgataccctcgttaatagaattgagttaaaaggtattgattttaaagaagatggaaacattct
tggacacaaaatggaatacaactataactcacacaatgtatacatcatggcagacaaacaaaagaatggaatcaaagttaact
tcaaaattgtatgtatacgttaagggcataaatttttgcgggcataaaatcttgcgaaatttattatcgcgaataggttacgc
aaaatctataattaaaatgtatttttttctgctgattttctaaataacaactcaacccgtcatttttatatcgcaaaaataaa
ttccgaaataatttatgctcgcaaaaatttaggcccataagtagacttTTGATATCTGCGTGCTCTGCaatgaagtaaaaata
cgatattttcattgaaatacacgggttcaaagttatttgttaattcaataagcgtgcgcagaaattaaaggacgtataaagat
acgaacacatcaaaccattcatgcgtaaataatgttctatttttaaaattcaccaaagcttaaatattcttaagaattattca
tgtgccatgggagcaacaatatagttatggacaaaaatttctgagttcacttttatttctgcgcgcccgcatcaaagttcaaa
caactgtgaacccgagttttttccagcttgcaattttaataagagacaaaaagcaaattgcagttcaagaaaatcgagatatt
gccagatgtaaacatttaataagagacaaaaagttcataagcgttctaaagaacagcaacaaaataataattagaattaaacg
agttctcaaacaaaataaaaactgaagtcaaagagtcagtaaggaatttagttaacgatgctttataatcaaagttttaattc
cagttcatgtatgcaattaacaataagatcttggagaattgaatatgtttcgaaattttataaattcggatttaatttctaaa
gttgtgtatcaaaaatagttcaaactattttcatgaaaagatgataaattacggtaataagtatataatataatcaattaaaa
ttaattttaggctcaaattacagaatccacgttttttttctctagacatagcacagtgtttagatgtttgttttatttcatcc
atccttattacagttttcctctgaactttaatactagcgtacaatttgaataataatctgaaatgattcaacttttcagagac
acaacattgaagatggaagcgttcaactagcagaccattatcaacaaaatactccaattggcgatggccctgtccttttacca
gacaaccattacctGTCCACACAATCTGCCCTTTccaaagatcccaacgaaaagagagatcacatgatccttcttgagtttgt
aacagctgctgggattacacatggcatggatgaactatacaaataaatgtccagacttccaattgacactaaagtgtccgaac
aattactaaaatctcagggttcctggttaaattcaggctgagatattatttatatatttatagattcattaaaattttatgaa
taatttattgatgttattaataggggttattttcttattaaataggctactggagtgcattcctaattctatattaattacaa
tttgatttgacttgctcagaatcccgcttcattgcttttccacttgcattatccttatttagtattaatttgtattttggttt
ggctacattgagtgcaaaaaacctaattttcggacgaattttcgaacgaatttttttgacggaattttcttcattctatttac
tcctctagctaaattattttacctttttgttaatttggttaaattattctctgagccgatgattgagaaattaatggattaaa
agtgagtaccttacatgttgtcaacttgtaacgaatggaaaaagaaattacgtttcaagagtttgaaaggtaatacagttaca
gttaaccgcagaaaaattgcatgatgattgataaattcgatttttgttatcctaaaattttccaaacgtcagtggccgacgac
tttatcagggacttctaaaagtgaaaaataatcaggtgcggatttcgaaggcgcaaaactataggaagagagcgaaatgtcat
taaattatcatattctattaactgatgacaatagatgatgaaaagtttatgattattcactctcctcctgtaattatgcgacc
cttctagattcacgcctgaaagtatagctacctgggatgaagtactagtctgaggactcttcacctaaaaattaaattcttat
aagagtaaacaagaaacttagcagttacaaacgggagagcgatgagaaacaaaaacaattacgttgccactatgaatatcgat
gttcaatcaattttgttccttacttataagaacgagatcgtcttaacttaaaatagtaaaatgttatcaagataatagcaatt
ttttaccgacacagcgaagactcactactgaaatgatcagttttaatcaggcaaataatccgtggcacataatagtgaccgaa
aataattaatcggcattaagactaccgaaataataatgttttttctactgcgtatacgcgtgagaaattttcaataagctcat
catcttcagcatagttatacttttatgtaaagtatcaattccgacataaaataacggcttattatcgaaataatagcgttttc
tctactccatgcgcgtcaaaagttctctctaggctcatcatcttcagcataattataatttttgtaaagtaccagttccggtc
gaaaataatgactaattaccgaaattatagtgtttttctattgccatgcgcgtgaaaaattttgattgaatcatcatcttcag
cataggcataattctttgtaaaatatcgattccgacataaaataatggcctattaccgaaataatcgcgtttttcctactgcg
catgcgcgtcaaaaattatatttttattcatcatcttcagcataattatatttttttgtaaagtaccagttccggtagaaaat
aatgacttgttactgaaataatagcgtttttctattgcgcatgcgctataaaaattaaagtaacgtcatcatattcagcatgg
tattgaaattttcaaatttaattaacctattgaacaagaatgtacacttgcatcaaaataggtgaaattcgccaatatcgcta
aatgtgacgcgcgggagcaatactacgcatgtagcttcaggtaaagcatgtagaaactcggaggagtaggagtccaccgtcga
aactaaaacgggatacactacgctatggccttcgctctcccgtaaaaagggactaacaatacgacctaattgaaatactaaaa
aaaacaagagaaatttaacccctttgttaacacttttcaaaagtgggattttttagccaaccatctggtatatatggttgctc
attttattattatctctttctttattgttggtacaacgtagtcaaaatacaaattaggttaataaaaagcaacattataatgt
ataaaatctaattgtgtctaattaccgacaaattttacaggaacagttttcaccagaccgagtcttaattttagttttaaaag
aaattatgtttctactgttctgacaatctgaagacaattagttctagtgtaacaatgctctgaattgaatatattcagcaata
ttttgtttgtaagaattggatgaatgtacgaaccttcagcagatttataccaagtgttagatttaacaagatttgcaagctga

tgagtttcgagaaaattcaacatatctggatttgagggtggaacattaaaatctcctaagataataattctatcataattaga
atataaattatcaatgatgtcatttaagtgatctagaaaaatattgatagtaacagttggatgtttgtatatagaaatagtaa
gccatctatttttcccaaatgcgagttcaaaaaccaaaattggattccttcaaagaaaaaagacattaagaaacttgatggaa
tcccttctcgactgtaaacaagcagtctctgggatcc

Pre-designed primer list:2:40

>primer forward
TTGATATCTGCGTGCTCTGC
>primer reverse
AAAGGGCAGATTGTGTGGAC

In silico PCR result

_______________________________
In silico Primer(s) search for:
aagcttcaaattaagtcagctccttaaatgaaagataataaagtgtagttcaagaactatatgaatgatg
primer forward 5'-ttgatatctgcgtgctctgc
Position: 1377->1396

100%

Tm = 53,7C

5-ttgatatctgcgtgctctgc->
||||||||||||||||||||
ttttgatatctgcgtgctctgcaatg
primer reverse

5'-aaagggcagattgtgtggac

Position: 2339<-2358

100%

<-caggtgtgttagacgggaaa-5
||||||||||||||||||||
ctgtccacacaatctgccctttccaa
>primer forward 1377->1396
5'-ttgatatctgcgtgctctgc
>primer reverse 2339<-2358
5'-aaagggcagattgtgtggac
PCR product size: 982bp Ta=63C

Tm = 54,5C

DNA calculator
Primer Forward

Primer Forward Result

Primer Reverse

Primer Reverse Result

Primer3 Output
No mispriming library specified
Using 1-based sequence positions
OLIGO
start len
tm
LEFT PRIMER
1447
20
60.13
RIGHT PRIMER
2428
20
59.97
SEQUENCE SIZE: 5170
INCLUDED REGION SIZE: 5170

gc%
50.00
50.00

any
6.00
3.00

3' seq
2.00 TTGATATCTGCGTGCTCTGC
2.00 AAAGGGCAGATTGTGTGGAC

PRODUCT SIZE: 982, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
1 AAGCTTCAAATTAAGTCAGCTCCTTAAATGAAAGATAATAAAGTGTAGTTCAAGAACTAT
61 ATGAATGATGTGTTTTCAGATAACCAAAATGGGGAAAAACATGCTAAAGTCAGCATATTT
121 TTGGAAAATTGATGACGTCATCATGACGTCGTTTTGATGACAAAACTTATTATAAGCGAA
181 TTCTTATATTTTTACAGGATAACAAAGATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTT
241 GTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGCACAAATTCTCTGTCAGTGGA
301 GAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGA
361 AAGCTACCTGTTCCATGGCCAACACTTGTCACTACTTTCTCTTATGGTGTTCAGTAAGTG
421 CATTTTATACTCTTTTAATATCAGTGTTAAGAAAATCAAGTGTCTTGCTATTTTTTCGAT
481 TATTGGTGCAATTCTAGTCAAATTATTGCGTTTTTTTACCCAAAATGTTAATGTAAAACT
541 GAAATTTGGCACACTTGCGCAAATATATACAGGGTATTTTGAAAAAATTAAACAGGATGA
601 TAAAAGTTGCACAGAAACTTATCTCAAGATTTACCCGCAGAAAGATGCTTNAAAAATTGA
661 TATTTGACAGAGCAAAACCTGAGATTCACGTCTTTTAGTTGTTTGACTTGAAATTTTGGT
721 GACAGGTAGGTATCATGAAAAACAAACAAAACGTAAAAATATCACGTGATTAAAGTGTAT
781 CTTACAGACCAGAAACAGTTTTATTAACTTCTATTATTCTATTTTGCAATATACACATTG
841 TATCAATTTCTTGAGTTACTCGAAGTAATACCGACCTATCATCAGAATTTCAAGTCAACA
901 CAACATTATATGGGGCTGATTAGGGAATGATTTTGTCTCTTTTAGATGCTTTTCAAGATA
961 CCCAGATCATATGAAACAGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACA
1021 GGAAAGAACTATATTTTACAAAGATGACGGGAACTACAAATCACGTGCTGAAGTCAAGTT

1081 TGAAGGTGATACCCTCGTTAATAGAATTGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGG
1141 AAACATTCTTGGACACAAAATGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGC
1201 AGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGTTAACTTCAAAATTGTATGTATACGTTAAGGGCA
1261 TAAATTTTTGCGGGCATAAAATCTTGCGAAATTTATTATCGCGAATAGGTTACGCAAAAT
1321 CTATAATTAAAATGTATTTTTTTCTGCTGATTTTCTAAATAACAACTCAACCCGTCATTT
1381 TTATATCGCAAAAATAAATTCCGAAATAATTTATGCTCGCAAAAATTTAGGCCCATAAGT
1441 AGACTTTTGATATCTGCGTGCTCTGCAATGAAGTAAAAATACGATATTTTCATTGAAATA
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
1501 CACGGGTTCAAAGTTATTTGTTAATTCAATAAGCGTGCGCAGAAATTAAAGGACGTATAA
1561 AGATACGAACACATCAAACCATTCATGCGTAAATAATGTTCTATTTTTAAAATTCACCAA
1621 AGCTTAAATATTCTTAAGAATTATTCATGTGCCATGGGAGCAACAATATAGTTATGGACA
1681 AAAATTTCTGAGTTCACTTTTATTTCTGCGCGCCCGCATCAAAGTTCAAACAACTGTGAA
1741 CCCGAGTTTTTTCCAGCTTGCAATTTTAATAAGAGACAAAAAGCAAATTGCAGTTCAAGA
1801 AAATCGAGATATTGCCAGATGTAAACATTTAATAAGAGACAAAAAGTTCATAAGCGTTCT
1861 AAAGAACAGCAACAAAATAATAATTAGAATTAAACGAGTTCTCAAACAAAATAAAAACTG
1921 AAGTCAAAGAGTCAGTAAGGAATTTAGTTAACGATGCTTTATAATCAAAGTTTTAATTCC
1981 AGTTCATGTATGCAATTAACAATAAGATCTTGGAGAATTGAATATGTTTCGAAATTTTAT
2041 AAATTCGGATTTAATTTCTAAAGTTGTGTATCAAAAATAGTTCAAACTATTTTCATGAAA
2101 AGATGATAAATTACGGTAATAAGTATATAATATAATCAATTAAAATTAATTTTAGGCTCA
2161 AATTACAGAATCCACGTTTTTTTTCTCTAGACATAGCACAGTGTTTAGATGTTTGTTTTA
2221 TTTCATCCATCCTTATTACAGTTTTCCTCTGAACTTTAATACTAGCGTACAATTTGAATA
2281 ATAATCTGAAATGATTCAACTTTTCAGAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTA
2341 GCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAAC

2401 CATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCCAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGATCACATG
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2461 ATCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAA
2521 TAAATGTCCAGACTTCCAATTGACACTAAAGTGTCCGAACAATTACTAAAATCTCAGGGT
2581 TCCTGGTTAAATTCAGGCTGAGATATTATTTATATATTTATAGATTCATTAAAATTTTAT
2641 GAATAATTTATTGATGTTATTAATAGGGGTTATTTTCTTATTAAATAGGCTACTGGAGTG
2701 CATTCCTAATTCTATATTAATTACAATTTGATTTGACTTGCTCAGAATCCCGCTTCATTG
2761 CTTTTCCACTTGCATTATCCTTATTTAGTATTAATTTGTATTTTGGTTTGGCTACATTGA
2821 GTGCAAAAAACCTAATTTTCGGACGAATTTTCGAACGAATTTTTTTGACGGAATTTTCTT
2881 CATTCTATTTACTCCTCTAGCTAAATTATTTTACCTTTTTGTTAATTTGGTTAAATTATT
2941 CTCTGAGCCGATGATTGAGAAATTAATGGATTAAAAGTGAGTACCTTACATGTTGTCAAC
3001 TTGTAACGAATGGAAAAAGAAATTACGTTTCAAGAGTTTGAAAGGTAATACAGTTACAGT
3061 TAACCGCAGAAAAATTGCATGATGATTGATAAATTCGATTTTTGTTATCCTAAAATTTTC
3121 CAAACGTCAGTGGCCGACGACTTTATCAGGGACTTCTAAAAGTGAAAAATAATCAGGTGC
3181 GGATTTCGAAGGCGCAAAACTATAGGAAGAGAGCGAAATGTCATTAAATTATCATATTCT
3241 ATTAACTGATGACAATAGATGATGAAAAGTTTATGATTATTCACTCTCCTCCTGTAATTA
3301 TGCGACCCTTCTAGATTCACGCCTGAAAGTATAGCTACCTGGGATGAAGTACTAGTCTGA
3361 GGACTCTTCACCTAAAAATTAAATTCTTATAAGAGTAAACAAGAAACTTAGCAGTTACAA
3421 ACGGGAGAGCGATGAGAAACAAAAACAATTACGTTGCCACTATGAATATCGATGTTCAAT
3481 CAATTTTGTTCCTTACTTATAAGAACGAGATCGTCTTAACTTAAAATAGTAAAATGTTAT
3541 CAAGATAATAGCAATTTTTTACCGACACAGCGAAGACTCACTACTGAAATGATCAGTTTT
3601 AATCAGGCAAATAATCCGTGGCACATAATAGTGACCGAAAATAATTAATCGGCATTAAGA
3661 CTACCGAAATAATAATGTTTTTTCTACTGCGTATACGCGTGAGAAATTTTCAATAAGCTC

3721 ATCATCTTCAGCATAGTTATACTTTTATGTAAAGTATCAATTCCGACATAAAATAACGGC
3781 TTATTATCGAAATAATAGCGTTTTCTCTACTCCATGCGCGTCAAAAGTTCTCTCTAGGCT
3841 CATCATCTTCAGCATAATTATAATTTTTGTAAAGTACCAGTTCCGGTCGAAAATAATGAC
3901 TAATTACCGAAATTATAGTGTTTTTCTATTGCCATGCGCGTGAAAAATTTTGATTGAATC
3961 ATCATCTTCAGCATAGGCATAATTCTTTGTAAAATATCGATTCCGACATAAAATAATGGC
4021 CTATTACCGAAATAATCGCGTTTTTCCTACTGCGCATGCGCGTCAAAAATTATATTTTTA
4081 TTCATCATCTTCAGCATAATTATATTTTTTTGTAAAGTACCAGTTCCGGTAGAAAATAAT
4141 GACTTGTTACTGAAATAATAGCGTTTTTCTATTGCGCATGCGCTATAAAAATTAAAGTAA
4201 CGTCATCATATTCAGCATGGTATTGAAATTTTCAAATTTAATTAACCTATTGAACAAGAA
4261 TGTACACTTGCATCAAAATAGGTGAAATTCGCCAATATCGCTAAATGTGACGCGCGGGAG
4321 CAATACTACGCATGTAGCTTCAGGTAAAGCATGTAGAAACTCGGAGGAGTAGGAGTCCAC
4381 CGTCGAAACTAAAACGGGATACACTACGCTATGGCCTTCGCTCTCCCGTAAAAAGGGACT
4441 AACAATACGACCTAATTGAAATACTAAAAAAAACAAGAGAAATTTAACCCCTTTGTTAAC
4501 ACTTTTCAAAAGTGGGATTTTTTAGCCAACCATCTGGTATATATGGTTGCTCATTTTATT
4561 ATTATCTCTTTCTTTATTGTTGGTACAACGTAGTCAAAATACAAATTAGGTTAATAAAAA
4621 GCAACATTATAATGTATAAAATCTAATTGTGTCTAATTACCGACAAATTTTACAGGAACA
4681 GTTTTCACCAGACCGAGTCTTAATTTTAGTTTTAAAAGAAATTATGTTTCTACTGTTCTG
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