A Novel Method for Rapid Hybridization of DNA to a Solid Support

Endah Permata Sari1

Jurusan Biologi (Bioteknologi), Fakultas Sains dan Teknologi
Universitas Al Azhar Indonesia
Jl. Sisingamangaraja, Kebayoran Baru, Jakarta Selatan 12110

PENDAHULUAN
Seiring

teknologi sensor. aplikasi ini digunakan

berjalannya

waktu,

kemajuan ilmu pengetahuan terutama di

bidang

teknologi

telah

mengalami

untuk

biosensor

magnetoresitive

dan

biochip yang merekam semua kejadian

biologis

perkembangan yang signifikan. Hal ini

Pergerakkan

partikel

magnetik

dapat terlihat dari perkembangan industri

tergantung pada diameter partikel dan

perdagangan yang menawarkan berbagai

kekuatan magnet serta kerentanan bahan

macam

bentuk

magnetik. Secara umum, diameter tertentu

perkembangan dari ilmu pengetahuan.

partikel magnetik dan kekuatan magnet

Salah satu perkembangan yang terjadi

pada partikel mengatasi kekuatan partikel

selama sepuluh tahun belakang adalah

yang dibuat oleh difusi umum. Maka, saat

perkembangan

bidang

sebuah partikel magnetik diharuskan untuk

bioteknologi dan teknologi kesehatan.

bergerak dari titik acak dalam sebuah

Yaitu dengan mengabungkan tekanan

tetesan larutan ke permukaan di mana

magnetik

tetesan tersebut telah diterapkan dan dapat

produk

sebagai

elektromagnet

dengan

micro-

dan

nanoteknologi yang dapat diaplikasikan

sangat

mempersingkat

wktu

dengan

dalam bentuk miniature.

menerapkan magnet di bawah permukaan

tertentu.
Untai DNA telah dimanfaatkan

Partikel magnetik yang digunakan

untuk

tujuan

mengangkut,

yang

berbeda

membawa

seperti
atau

mengumpulkan biomolekul dalam larutan.

Misalnya magnet terbukti berguna dalam
protokol untuk amplifikasi dan sekuensing
DNA. Untuk mendeteksi hibridisasi DNA
dengan menggunakan partikel magnetik
juga telah dilakukan dengan menggunakan

dalam

berbagai

tes

hibridisasi

yang

berbeda dan untuk berbagai tujuan . Dua

contoh adalah Southern blotting (aplikasi
pertama) untuk mengidentifikasi urutan
DNA sasaran, dan spesifik alel hibridisasi
oligonukleotida

(ASOH)

untuk

membedakan antara dua alel yang berbeda

hanya dalam posisi basa tunggal.

Beberapa
mengandalkan

pendekatan

lain

hibridisasi

sebagai

mekanisme utama untuk membedakan

antara alel . Dalam dinamis hibridisasi
spesifik alel ( DASH ) stabilitas template,
duplex oligonukleotida dipantau karena
suhu

yang

meningkat

sehingga

menyebabkan denaturasi. Oligonukleotida

digunakan

untuk

sepenuhnya

cocok

dengan salah satu alel dan membentuk

mismatch berlokasi ke yang lain , sehingga
perbedaan suhu leleh bergantung pada
urutan target . Oligonukleotida berlabel
fluorescently atau pewarna intercalasi yang
berfluoresensi hanya terikat pada DNA

degradasi probe dan label dipisahkan ,

yang meningkatkan fluoresensi .
Beberapa
berprinsip

sama

platform
dengan

microarray
menganalisis

DNA dan RNA. DNA microarray terpisah

yang berbeda, DNA beruntai tunggal atau
RNA dengan hibridisasi ke sejumlah
sekuens DNA komplementer dan spesifik
yang dilekatkan pada penyangga yang
kokoh (Selatan, 1975). Sekuens sampel
(fluorescently) dapat diukur dalam scanner
dengan menarik label dengan laser dan
mengukur

cahaya

yang

dipancarkan.

Sinyal dari sekuens DNA individu dapat

diidentifikasi sesuai dengan posisi sinyal.

duplex dan dapat digunakan untuk deteksi.

METODOLOGI
TaqMan ( atau 5' - nuklease assay )
adalah

metode

untuk

memantau

amplifikasi DNA secara real-time dan

dapat digunakan untuk kuantifikasi DNA
(Livak et al , 1995) . Oligonukleotida
spesifik alel digunakan yang memiliki
donor dan label akseptor di kedua ujung
probe . Bila label yang dekat satu sama
fluoresensi

resonansi

transfer

energi

lainnya ( fret ) dari cahaya neon dari donor

dipadamkan oleh akseptor / pemadam .
Hal

ini

terjadi

ketika

probe

telah

hibridisasi dengan target diperkuat setelah

langkah denaturasi . Dalam fase berikutnya
dari PCR , DNA polimerase Taq mencapai
probe , yang aktivitas 5' - nuklease

Gambar 1. Prinsip kerja Magnetic Force

Hibridisasi (MFH).

a. Untai ganda dari hasil PCR primer

a) Perkiraan pola berdasarkan teori

yang mengandung molekul biotin

dengan

akan

defective array respectively

saling

streptavidin

berikatan:
bergabung

biotindengan

complete

array

dan

b) Hasil dengan MHF

magnetic beads
b. Manipulasi dengan cara melakukan
treatment menggunakan treatment,
sehingga berubah menjadi single
strand
c. Persiapan sequencing
d. Bead yang mengandung solution
ditempelkan ke permukaan array c.
yang akan di MFH dengan bantuan
neodymiun magnet
e. Magnetic bead yang sudah masuk
ke dalam permukaan deteksi array
yang berikatan dengan oligo tag
untuk

mendapatkan

hasil

visualisasi yang baik.

Gambar

3.

Prinsip

Hybridization

Magnetic

(MFH)

pada

Force
saat

genotyping

dengan

penggabungan

Multiplex

Competitive

Hybridization

(MUCH).
a. Terdapat dua probe yang memiliki
karakteristik

berbeda.

Lalu

dimasukan hasil dari MFH ke dua

probe tersebut.
b. Hasil dari penempelan tersebut
Gambar 2. Uji kontrol kualitas.

dimasukan ke dalam permukaan

array yang ditambahkan dengan
neodymiun magnet.

c. Produk dari MUCH ini akan

berhibridisasi secara MFH

yang

berikata dengan oligo tag dan

hibridisasi

berlangsung

dengan

cepat

dalam waktu 15 detik dengan keadaan

suhu kamar.

akan menghasilkan hasil yang baik.

MFH juga dapat dikombinasikan

dengan metode lainnya seperti MUCH.
Metode MUCH ini memiliki dua probe
yang akan menyelaraskan ke wilayah L1
dari 8 jenis HPV yaitu HPV 6 , 11 , 16 , 18
, 31 , 33 , 40 dan 45. Pada gambar 3
diketahui
berbeda

MUCH
beda

memilki

yang

tag

memilki

yang
urutan

tersendiri dari urutan komplementer pada

permukaan aray. Medan magnet langsung
memandu manik-manik ke permukaan ,
memungkinkan untuk hibridisasi cepat tag
Gambar 4. Uji diagnostik HPV

tanda tangan karena konsentrasi lokal

a. Diagnosis secara teoritis.

tinggi dari target DNA .

b. Array scanner.

Pada gambar 4 dapat dilihat hasil

c. Kamera digital.

dari penggabungan metode MUCH dengan

HASIL

MFH dilihat ari magnetik HPV 18 dan 45

Prinsip

dari

MFH

yaitu

menggunakan manik manik magnetik

yang dilapisi stretavidin. Kemudian untai
ganda DNA akan diubah menjadi untai
tunggal yang akan diberikan perlakuan
oleh larutan alkali yang akan dipindahkan
ke permukaan yang mengandung probe.
Selanjutnya medan magnet akan menarik
manik amnik magnetik yang akan ditarik
menuju permukaan dengan waktu yang
cepat yang menyebabkan konsentrasi pada
permukaan

menjadi

tinggi

sehingga

dimana genotipnya dapat dilihat secara

visual. Dengan menggunakan dua atau
lebih ari probe MUCH memungkinkan
utnuk melihat dari beberapa karakteristik
HPV, sedangkan uji HPV membutuhkan
probe yang sesuai dengan jenis HPV yang
diberikan untuk mendapatkan hasil yang
positif.
PEMBAHASAN
Gambar

diatas

menjelaskan

tentang MFH. Yaitu terjadinya peristiwa

perikatan amplikon biotinilasi dengan

molekul streptavidin yang terlapisi oleh

kanan bawah array tidak ada. Hal ini dapat

magnet di dalam larutan. Lalu larutan

menunjukkan bahwa hibridisasi langsung

ditambahkan kedalam permukaan yang

yang dilakukan menggunakan metode ini

mengandung probe komplementer dan

adanya perbedaan level yang cukup untuk

single

Dengan

membedakan anatara sequen probe yang

menggunakan alat yang dipasangi oleh alat

unik dan lebih lanjut didemonstrasikan

pendeteksi

Molekul-

oleh kerja sequen tag universal pada

molekul tersebut digiring ke permukaan

skenario diagnostik HPV. Pengenambahan

menggunakan

metode

strand

amplicon.

medan

magnet.

dorongan

magnet

dan

dengan cepat menghasilkan konsentrasi

tersebut.

Hal

ini

menyebabkan terjadinya annealing secara

cepat

dan

spesifik

pada

strand

komplementer ke permukaan selama 15

detik pada suhu ruang. Sehingga deteksi
dapat dilakukan karena molekul sudah
dapat terlihat jelas.
Metode

ini

digunakan

untuk

memperlihatkan perbedaan genetik.

tinggi lokal yang langsung menghibridisasi

molekul-molekul

MUCH

Jurnal

ini

menjelaskan

bahwa

adanya dua pasang probe MUCH spesifik

yang meluruskan wilayah L1 pada 8 tipe
HPV (HPVs 6, 11, 16, 18, 31, 33, 40 and
45) yang dipakai. Seperti yang dapat
dilihat pada [12] (Table S2). Probe MUCH
dapat menghibridisasi secara kompetitif
pada template. Seperti yang terlihat pada

dilakukan

untuk

Figure.3 bahwa terdapat 3 tipe probe

menghindari pembuangan waktu sekitar 1-

MUCH spesifik yang memiliki sidik jari

72 jam pada tahap hibridisasi konvensional

tag berupa 59-end. Setiap sequen ini

yang

difusi

memiliki sequen komplementer pada array

tradisional sedangkan metode ini dengan

di permukaan. Lalu arus magnet secara

yang terbaru sama-sama menggunakan

langsung membawa molekul-molekul ke

molekul yang sama di dalam seluruh

permukaan dan menyebabkan hibridisasi

protokol yang dijalankan.

secara langsung dari tag sidik jari karena

menggunakan

metode

Dengan metode MFH ini membuat

semua probe yang ada di semua array

adanya konsentrasi tinggi lokal pada DNA

target.

membawa sequen yang sama, sehingga

Karena perbedaan pada tipe HPV

metode ini dapat digunakan juga sebagai

sangatlah kecil, maka metode MUCH

tes kualitas produksi array. Pola dan hasil

sebagai salah satu protokol, sangatlah

dari tes kualitas dapat dilihat pada Gambar

dianjurkan untuk membedakan sequn HPV

2 dimana terlihat spot pada bagian ujung

dan menghasilkan hasil dari protokol

tersebut

yang

dapat

Metode MFH dapat mempercepat

dipertanggungjawabkan. Tetapi pada tag

proses hibridisasi, hal ini karena adanya

probe

perbedaan

perubahan konsentrasi pada manik-manik

minimum pada sequen yang digunakan di

magnetik yang berlangsung dengan cepat.

metode MFH pada saat suhu ruang.

Percobaan

MUCH

terdapat

Terlihat adanya sidik jari probe

pada pola array di Gambar 4 yang terlihat
bersamaan dengan hasil aktual pada typing
HPV 18 dan 45 dengan kombinasi metode
MUCH dan MFH. Genotip-nya dapat di
interpretasikan secara visual seperti yang
sudah dikembangkan [12,13]. Penggunaan
dua

pasang

probe

MUCH

dapat

mengkarakterisasi setiap tipe HPV dan

mengurangi resiko kesalahan pembacaan
positif. Assay HPV membutuhkan kedua
koresponden probe pada tipe HPV untuk
memberikan sinyal positif pada single
order dan identifikasi yang benar. Rasio
sinyal mean dan suara menunujukan
adanya empat assay yang terpisah untuk
probe koresbonden yang terisisa pada HPV
18 adalah 5.0, dengan maximum of 7.6 dan
nilai minimum of 3.4 kali pada latar
belakang yang tidak spesifik pada probe
koresponden HPV 33. Yang memiliki
rasio mean dan suara pada HPV18 adalah
4.4, dengan maximum 5.6 dan minimum
of 3.4. Dua probe untuk HPV45 memiliki
kesamaan hasil dengan nilai minimum 3.7

dengan

menunjukkan

metode

MFH

keberadaan

HPV

berdasarkan hasi quality control assay.

Penggabungan metode MFH dan MUCH
dapat menunjukan tipe HPV yang lebih
spesifik. Pengerjaan hibridisasi dengan
metode MFH dapat dilakukan di suhu
ruang,

sedangkan

pengerjaan

secara

konvensional harus dilakukan pada suhu

tinggi (sekitar 50C). Oleh karena itu
hibridisasi dengan metode MFH lebih
unggul

dibandingkan

dengan

metode

konvensional. Selain menghemat waktu,

metode MFH juga dapat meminimalisir
biaya pengerjaan, karena persiapan metode
ini sederhana dan reagen yang dibutuhkan
mudah didapat serta murah.
DAFTAR PUSTAKA
Livak, K.J., Flood, S.J., Marmaro, J.,
Giusti,

W.

and

Deetz,

K.:

Oligonucleotides with fluorescent

dyes at opposite ends provide a
quenched probe system useful for
detecting PCR product and nucleic
acid hybridization. PCR Methods
Appl 4 (1995) 357-62.

kali pada rasio sinyal dan suara di latar

belakang yang tidak spesifik.

Pettersson et al. 2013. A Novel Method for

Rapid Hybridization of DNA to a

KESIMPULAN

Solid Support. Journal of Magnetic

Forced Hybridization. Vol 8 : 1-5.
Willems, A et.al. 2001. DNADNA
hybridization

study

Bradyrhizobium

of
strains.

International Journal of Systematic

and

Evolutionary

Microbiology

(2001), 51 , 13151322.