PRAKTIKUM BLOK 9

ELEKTROFORESIS GEL
Elektroforesis gel merupakan salah satu teknik utama dalam biologi molekuler. Prinsip
dasar teknik ini adalah bahwa DNA, RNA, atau protein dapat dipisahkan oleh medan listrik.
Dalam hal ini, molekul-molekul tersebut dipisahkan berdasarkan laju perpindahannya oleh gaya
gerak listrik di dalam matriks gel. Laju perpindahan tersebut bergantung pada ukuran molekul
bersangkutan. Elektroforesis gel biasanya dilakukan untuk tujuan analisis, namun dapat pula
digunakan sebagai teknik preparatif untuk memurnikan molekul sebelum digunakan dalam
metode-metode lain seperti spektrometer massa, PCR, kloning, sekuensing DNA, atau immunoblotting yang merupakan metode-metode karakterisasi lebih lanjut.
Untuk memisahkan protein atau asam nukleat berukuran kecil (DNA, RNA, atau
oligonukleotida), gel yang digunakan biasanya merupakan gel poliakrilamida, dibuat dengan
konsentrasi berbeda-beda. Untuk memisahkan asam nukleat yang lebih besar (lebih besar dari
beberapa ratus basa), gel yang digunakan adalah agarosa (dari ekstrak rumput laut) yang sudah
dimurnikan.
Dalam proses elektroforesis, sampel molekul ditempatkan ke dalam sumur (well) pada
gel yang ditempatkan di dalam larutan penyangga, dan listrik dialirkan kepadanya. Molekulmolekul sampel tersebut akan bergerak di dalam matriks gel ke arah salah satu kutub listrik
sesuai dengan muatannya. Dalam hal asam nukleat, arah pergerakan adalah menuju elektroda
positif, disebabkan oleh muatan negatif alami pada rangka gula-fosfat yang dimilikinya.
Penanda (marker) yang merupakan campuran molekul dengan ukuran berbeda-beda
dapat digunakan untuk menentukan ukuran molekul dalam pita sampel dengan mengelektroforesis marker tersebut pada lajur di gel yang paralel dengan sampel. Pita-pita pada lajur
marker tersebut dapat dibandingkan dengan pita sampel untuk menentukan ukurannya. DNA
dapat ditentukan ukurannya dengan melakukan migrasi didalam gel agarose atau gel
poliakrilamid. Migrasi DNA didalam gel ini biasa disebut dengan elektroforesis. Untuk dapat
divisualisasikan, maka DNA yang ada di gel harus diwarnai dengan ethidium bromida kemudian
dilihat diatas sinar UV. Hati-hati dalam penggunaan ethidium bromida karena bersifat mutagen.
Bahan yang diperlukan:
1. TBE/TAE 1x
2. Gel agarosa
3. Sampel DNA
4. DNA ladder/marker
5. Loading dye
6. Ethidium bromida

Langkah Kerja:

I. Pembuatan Agarose
1. Siapkan 1 X TBE/TAE (disiapkan dari 10X stok) artinya untuk 1 mL dari 10x stok, harus
ditambah 9 mL dari dH2O
2. Tambahkan 0,5 g agarose dan TAE 1x 50 mL
3. Panaskan larutan sampai mendidih untuk melarutkan agarose atau dalam microwave
4. Diamkan sampai suhu 50-60C kemudian tambahkan 1L etidium bromide dalam
campuran agarose, dikocok sampai homogen.
5. Tunggu sampai hangat, lalu tuangkan agarose pada tray yang telah dipasang comb.
6. Tunggu sampai dingin kira-kira 30 menit. Setelah gel mengeras, lepaskan comb secara
hati-hati.
II. Elektroforesis
1. Letakkan agarose pada alat elektroforesis. (Letakkan sumuran pada gel agarose dekat
anoda (-) biasanya warna hitam)
2. Tambahkan TBE/TAE 1x sampai menggenangi gel (+ 2 mm)
3. Ambil 3 L marker/sampel hasil PCR ditambah 2 L Loading buffer
Proses penambahannya:
Loading dye diletakkan pada parafilm
sampel hasil PCR ditambahkan pada loading dye diatas parafilm tersebut
dihomogenkan dengan cara dipipeting
4. Dengan hati-hati tempatkan sampel ke dalam sumuran menggunakan pipet.
5. Hidupkan power supply pada apparatus elektrofiresis
6. Atur pada tegangan 80-100V selama 30-60 menit.
7. Setelah selesai, matikan power supply. Gel selanjutnya divisualisasi dengan sinar UV.

Hasil elektroforesis gen TEM (1080bp)