Struktur Organisasi Direktorat Kepolisian Perairan berdasarkan kepada :
1.
Keputusan Kapolri No.Pol.: Kep/53/X/2002 tanggal 17 Oktober 2002
tentang Organisasi pada Tingkat Markas Besar Kepolisian Negara Republik Indonesia.
2.
Keputusan Kapolri No.Pol.: Kep/6/I/2005 tanggal 31 Januari 2005
tentang Perubahan atas Keputusan Kapolri No.Pol.: Kep/53/X/2002 tanggal 17 Oktober 2002 tentang Organisasi dan tata kerja Satuansatuan Organisasi pada tingkat Markas Besar Kepolisian Negara Repulik Indonesia (lampiran W Babinkam Polri).
3.
Keputusan Kapolri No.Pol.: Kep/40/XI/2008 tanggal 2 November 2008
tentang Perubahan atas Keputusan Kapolri No.Pol.: Kep/06/XII/2005 tanggal 31 Desember 2005 tentang Organisasi dan tata kerja Satuansatuan Organisasi pada tingkat Markas Besar Kepolisian Negara Repulik Indonesia (lampiran W Babinkam Polri) .