BIOKIMIA

L I S A N A S I D Q I A L I YA , M . B I O M E D . , A P T.
P R O G R A M S T U D I FA R M A S I
INSTITUT SAINS DAN TEKNOLOGI NASIONAL

Referensi
Lehninger AL. Principles of Biochemistry, 2nd ed. 1993. Worth
Murray RK. Harpers Biochemistry, 24th ed. 1996. Appleton and Lange
Stryer L. Biochemistry, 4th ed. 1995. Freeman
Alberts B. Molecular Biology of The Cell, 3rd Ed. 1994. Garland
Sadikin M. Biokimia Enzim. 2002. Widya Medika.

Introduction to Biochemistry
2

Biokimia adalah ilmu yang mempelajari struktur dan sifat biomolekul dan

bagaimana molekul-molekul tersebut dibuat, diubahbentuk dan dipecah

Molekul apapun yang disintesis di dalam organisme hidup dinamakan

biomolekul
Molekul adalah kumpulan atom yang bergabung dan diikat oleh ikatan kovalen
Atom adalah unit terkecil dari materi yang menentukan struktur suatu elemen.

Atom terdiri dari tiga partikel, yakni proton, neutron and electron

Water molecule

Carbon dioxide molecule

Synthesized in
Living organism

Biomolecules
4

Biomolecules:
Any molecule synthesized in living organisms is called biomolecule, including small
molecules such as primary metabolites, secondary metabolites, and natural products as well
as large macromolecules such as carbohydrates, proteins, lipids and nucleic acids.
Many biomolecules are polymers.
Monomers are relatively small micromolecules that are linked together to create large
macromolecules known as polymers.
There are four major classes of biomolecules
Carbohydrates
Lipids
Proteins
Nucleic acids

Monomers

Small organic
molecules are
building blocks of
biological
macromolecules

Polymers

Sugars
(monosaccharides)

Polysaccharides

Amino acids

Proteins

Nucleotides

Nucleic acids
(DNA/RNA)

Fatty acids

Fats/lipids/
membranes

Structural hierarchy
of an organism

1. Atom

2.Biomolekul
(unit
monomer)

3. Makromolekul
(polymer)

6. Cell

5. Organel

4. Kompleks
supramolekuler

7. Jaringan

8. Organ

9.
Organisme

43

Keywords
Sifat fisiologis
biomolekul
ditentukan
oleh
bentuknya

Bentuk
biomolekul
ditentukan
oleh interaksi
(ikatan) antar
atomnya

Interaksi ditentukan
oleh gugus fungsinya

Why C?
9

Struktur inti dari hampir semua biomolekul adalah suatu hidrokarbon (C-H)

Keunikan Atom Karbon (C)

10

Struktur inti dari hampir semua biomolekul adalah suatu hidrokarbon (C-H)

Atom karbon yang terikat secara kovalen dapat membentuk struktur linier, rantai

bercabang dan siklik serta dapat mengikat berbagai macam gugus fungsi
Molekul yang dapat dibentuk oleh rantai atom C sangat bervariasi ukuran & bentuknya
Bentuk molekul memiliki arti fisiologis yang penting
Contoh: anemia sel sabit (sickle cell anemia) akibat perubahan bentuk hemoglobin

Keunikan Atom Karbon (C)

11

Gugus Fungsi dalam Biomolekul

12

Struktur inti dari hampir semua biomolekul adalah suatu hidrokarbon (C-H)

Atom karbon dapat berikatan dengan beberapa gugus fungsi

Gugus fungsi adalah sekelompok atom yang terikat dalam susunan tertentu yang

menentukan sifat fisik dan reaksi kimiawi dari suatu senyawa

Contoh: Gugus fungsi hidroksil (alkohol) OH

Metana (g)

Metanol (liq)

13

14

TUGAS!!
Cari

nama dan struktur gugus fungsi lainnya

dengan lengkap

Dibuat

di buku ukuran bigboss, sampul

coklat/putih/seragam

Judul

buku di sampul: Buku Tugas Biokimia

Dikumpulkan

minggu depan

Interaksi (ikatan)
Non Kovalen

Elektrostatik
(ionik)

Kovalen

Van der
waals

Hidrogen

15

Interaksi pada biomolekul

Interaksi Kovalen
Interaksi kovalen merupakan interaksi yang kuat
Membutukan energi 100kcal/mol untuk memisahkan ikatan kovalen
Interaksi kovalen mengikat biomolekul melalui penggunaan elektron bersama
Interaksi Nonkovalen
Interaksi nonkovalen merupakan interaksi yang lemah
Membutukan energi 1-5kcal/mol untuk disosiasi ikatan kovalen
Merupakan interaksi elektromagnetik dan tidak menggunakan elektron bersama
Berperan penting dalam menentukan bentuk konformasi 3D biomolekul

Interaksi kovalen dan nonkovalen molekul air

17

18

Interaksi nonkovalen pada biomolekul

Interaksi Elektrostatik
Ikatan hidrogen
Ikatan ionik
Interaksi van der Waals

Interaksi hidrofobik

Ikatan Hidrogen
Interaksi yang terjadi antara atom yang elektronegatif (O atau N)

dengan atom hidrogen yang berikatan kovalen dengan atom yang

elektronegatif

Ikatan Hidrogen (lanj...)

Biomolekul yang tidak bermuatan namun polar (seperti: gula) dapat

larut didalam air karena distabilkan oleh beberapa ikatan hidrogen

Ikatan hidrogen akan semakin kuat jika orientasi atom-atomnya
maksimal

Interaksi ionik
Interaksi antara atom yang bermuatan positif dan atom yang

bermuatan negatif

Interaksi van der Waals

Jika 2 atom tidak bermuatan saling berdekatan, awan elektron

disekitar atom tsb saling berinteraksi menyebabkan salah satu atom

memiliki dipol positif dan yang lainnya memiliki dipol negatif
Interaksi antara kedua dipol ini disebut interaksi van der Waals

Interaksi Hidrofobik
Molekul non polar seperti benzena, heksana, etana disebut

hidrofobik
Dalam pelarut polar seperti air, bagian bagian yang non polar dari
biomolekul akan bergabung.
Interaksi antar bagian - bagian nonpolar tersebut dinamakan
interaksi hidrofobik

Interaksi Hidrofobik (lanj...)

Summary
26

Sifat fisiologis biomolekul ditentukan oleh bentuknya

Bentuk biomolekul dihasilkan dari pelipatan-pelipatan molekul itu sendiri

Pelipatan molekul merupakan
Bentuk biomolekul menentukan sifat fisiologisnya

Bentuk biomolekul ditentukan oleh interaksi antar atomnya

Keywords
27

Sifat fisiologis biomolekul ditentukan oleh bentuknya

Bentuk biomolekul ditentukan oleh interaksi (ikatan) antar atomnya
Interaksi ditentukan oleh gugus fungsinya