TRANSLASI

SINTESIS PROTEIN DAN PENGATURANNYA

Penemuan Awal Yang Membuka Jalan
Ada tiga penemuan utama pada tahun 1950 yang membuka jalan pengetahuan tentang biosintesis
protein. Pada awal 1950 Paul Zamecnik dan koleganya di Rumah Sakit Umum Massachusetts
bertanya mengenai masalah dimanakah sistesis protein di dalam sel dilakukan. Untuk menjawab
pertanyaan tersebut, mereka menginjeksikan asam amino radioaktif ked ala tikus. Pada berbagai
selang waktu setelah injeksi, hati hewan diangkat, dihomogenisasi, dan difraksionasi oleh
sentrifugasi. Setelah dibiarkan selama berjam-jam atau beberapa hari setelah injeksi asam amino
radioaktif, semua fraksi intraseluler mengandung protein radioaktif. Akan tetapi, bilamana hati
diangkat dan difraksionasi beberapa menit setelah injeksi asam amino radioaktif, protein baru
berlabel radioaktif ditemukan hanya pada fraksi yang mengandung partikel ribonukleoprotein
kecil. Diidentifikasi sebagai tempat sintesis protein dari asam amino kemudian partikel ini
dinamakan ribosom.
Penemuan kedua diperoleh oleh Mahlon Hoagland dan Zamecnik, pada saat mereka
menemukan bahwa inkubasi asam amino dengan ATP dan fraksi sitosol sel hati mengaktifkan
asam amino tersebut. Pada proses enzimatik ini, asam amino dikaitkan dengan bentuk khusus,
RNA larut yang tahan terhadap panas, yang kemudian dinamakan RNA pemindah.
Penemuan ketiga oleh Francis Crick mengemukakan pemikirannya bahwa RNA
pemindah harus memainkan peranannya sebagai suatu adaptor, sehingga satu bagian molekul
tRNA dapat mengikat asam amino tertentu, dan bagian lain dari tRNA dapat mengenali urutan
nukleotida pendek pada RNA pembawa pesan yang menyandi asam amino tersebut.
Sintesis Protein Terjadi dalam Lima Tahap Utama
Sintesis protein terjadi dalam lima tahap utama, masing-masing memerlukan sejumlah
komponen. Berikut ini beberapa tahapannya :
1. Tahap 1 : Aktivasi asam amino
Pada tahap ini, yang terjadi di dalam sitosol dan bukan pada ribosom, masing-masing
dari 20 asam amino ini diikat secara kovalen dengan suatu RNA pemindah spesifik, dengan
memanfaatkan energi ATP. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim pengaktif yang memerlukan Mg 2+
sebagai kofaktor, masing-masing spesifik bagi satu asam amino dan bagi tRNA-nya.
2. Tahap 2 : Inisiasi rantai polipeptida
RNA pembawa pesan yang membawa sandi bagi polipeptida yang akan dibuat diikat
oleh subunit ribosom yang berukuran lebih kecil, diikuti oleh inisiasi asam amino yang diikat
 oleh tRNA-nya, membentuk suatu kompleks inisiasi. tRNA asam amino penginisiasi ini
berpasangan dengan triplet nukleotida spesifik atau kodon pada mRNA yang menyandi
permulaan rantai polipeptida. Proses ini, yang memrlukan guanosin trifosfat (GTP),
dilangsungkan oleh tiga protein sitosol spesifik yang dinamakan faktor inisiasi.
3. Tahap 3 : Pemanjangan
Rantai polipeptida diperpanjang oleh pengikatan kovalen unit asam amino berturut-
turut, masing-masing diangkut menuju ribosom dan diletakkan ke tempatnya secara benar
oleh tRNA masing-masing yang berpasangan dengan kodonnya pada molekul RNA pembawa
pesan. Pemanjangan digiatkan oleh protein sitosol yang dinamakan faktor pemanjangan.
Energi yang diperlukan untuk mengikat setiap aminoasil t-RNA yang datang dan untuk
pergerakan ribosom di sepanjang RNA pembawa pesan satu kodon diperoleh dari hidrolisis
dua molekul GTP bagi setiap residu yang ditambahkan ke polipeptida yang sedang tumbuh.
4. Tahap 4 : Terminasi dan pembebasan
Penyempurnaan rantai polipetida, yang dicirikan oleh suatu kodon terminasi (pengakhir)
pada mRNA diikuti oleh pembebasannya dari ribosom, yang dilangsungkan oleh faktor
pembebas.
5. Tahap 5 : Pelipatan dan pengolahan
Polipeptida harus mengalami pelipatan menjadi konfirmasi tiga dimensi yang benar.
Sebelum atau setelah pelipatan, polipeptida baru dapat mengalami pengolahan oleh kerja
enzimatik untuk melepaskan asam amino penginisiasi, dan mengikat gugus fosfat, metil,
karboksil atau gugus lain pada residu asam amino tertentu, atau untuk mengikat gugus
oligosakarida atau gugus prostetik.
RNA Pemindah Diperlukan bagi Aktivasi Asam Amino
RNA pemindah terdiri dari satu molekul dan berukuran relatif kecil. Pada bakteri dan
sitosol ekstramitokondrion, t-RNA-nya memiliki antara 73 dan 93 residu nukleotida, dengan
berat molekul antara 24.000 dan 31.000. Sedikitnya ada satu jenis tRNA bagi setiap asam amino;
beberapa asam amino memiliki dua atau lebih tRNA spesifik. Minimal 32 tRNA dieprlukan
untuk mengenali semua kodon asam amino, tetapi beberapa sel memiliki lebih dari 32.
Pada tahun 1965, setelah bebrapa tahun menneliti, Robert W. Holley dan koleganya di
Universitas Cornell berhasil mendapatkan urutan nukleotida tRNA alanin dari ragi secara
sempurna. Ini merupakan asam nukleat pertama yang keseluruhannya dapat diurut dan
ditemukan mengandung 76 residu nukleotida. 10 di antarannya dalam bentuk termodifikasi.
Urutan basa tRNA lain bagi berbagai asam amino dan spesies lain telah berhasil diperoleh dan
telah membuka sejumlah denominator struktur. Delapan atau lebih residu nukleotida semua
tRNA memiliki basa termodifikasi yang tidak umum dijumpai, banyak diantaranya yang
merupakan turunan metil dari basa utamanya. Hampir semua tRNA memiliki residu asam
guanilat (pG) pada ujung 5, dan semua memiliki urutan trinukleotida C-C-A(3) pada ujung 3.
tRNA memiliki empat tangan dan membentuk daun semanggi.
a. Tangan asam amino atau tangan AA membawa asam amino spesifik yang berikatan ester pada
gugus karboksilnya dengan gugus 2 atau 3 hidroksil residu pada ujung 3 tRNA.
b. Tangan antikodon mengandung antikodon yaitu nukleotida triplet spesifik yang bersifat
komplementer pada, dan dapat membuat pasangan basa secara antiparalel dengan triplet-
kodon yang bersangkutan pada RNA pembawa persen. Setiap tRNA memiliki triplet anti
modon yang khas.
c. Tangan DHU atau tangan dihidrouridin yang mengandung nukleosida dihidrouridin yang
bukan merupakan nukleosida biasa.
d. Tangan TyX yang mengandung nukleosida ribotimidin (T), yang biasanya tida ada pada RNA,
dan nukleosida pseudouridin (), yang memiliki ikatan karbon yang tidak lazim di antara basa
dan pentosannya.
Gambar 1. Urutan nukleotida tRNA alanin ragi seperti yang disimpulkan oleh Holley dan
koleganya, dituliskan dalam konformasi seperti daun semanggi. Selain A, G, U, dan C,

lambang berikut ini dipergunakan untuk nukleosida yang telah termodifikasi: =

pseudoridin, I = ionisin, T = ribotimidin, DHU= 5,6-dihidrouridin, m 1 I= 1-metilinosin,

m1G = I = metilguanosin, m2G = N2-dimetilguanosin. Antikodon mampu mengenali kodon
bagi alanin pada mRNA. G dapat berpasangan dengan U, demikian pula dengan C,
walaupun pasangan G-U tidak demikian stabil seperti pasangan G-C Watson-Crick.
 Inosin
Pseudouridin

Dihidrouridin 1-metilguanosin

Gambar 2. Beberapa nukleosida yang tidak lazim atau yang termodifikasi yang terdapat pada
tRNA

Gambar 3. Konformasi tiga

dimensi tRNA fenilalanindari
ragi. Konformasi ini menyerupai
bentuk L yang terbalik.
Sintetase Aminoasil tRNA Melekatkan Asam Amino yang Benar pada tRNA-nya
Pada tahap pertama biosintesis protein, yang terjadi di dalam sitosol sel, ke 20 jenis asam
amino berikatan ester dengan tRNA masing-masing dengan dikatalisis oleh 20 jenis enzim
pengaktif, yang dinamakan aminoasil-tRNA sintetase. Masing-masing spesifik bagi satu asam
amino dan tRNA-nya. Hampir semua aminosil-tRNA sintetase E.coli telah diisolasi dan jenis lain
telah berhasil dikristalisasi. Reaksi keseluruhan adalah :

Asam amino + tRNA + ATP aminoasil-tRNA + AMP + PPi

Reaksi aktivasi terjadi dalam dua tahap yang terpisah pada tempat katalitik enzim. Pada
tahap pertama, suatu senyawa antara yang terikat oleh enzim aminoasil adenilat dibentuk oleh
reaksi ATP dan asam amino pada tempat aktif. Pada reaksi ini, gugus karboksil pada asam amino
terikat oleh ikatan anhidrida dengan gugus 5-fosfat AMP, dengan pelepasan pirofosfat.
Asam amino + ATP + E = = E [aminoasil adenilat] + PPi
Pada tahap terakhir, gugus aminoasil dipindahkan ke gugus 2 atau 3 hidroksil pada
residu terminal A molekul tRNA. Akan tetapi, sekali terikat, aminoasil ini dapat loncat (bolak-
balik) di antara gugus 2 atau 3 hidroksil.
E [aminoasil adenilat] + tRNA = = aminoasil-tRNA + adenilat + E

RNA Pemindah Merupakan Suatu Adaptor

Asam amino mengalami esterifikasi dengan tRNA yang bersangkutan, molekul ini tidak
berpartisipasi terhadap spesifitas aminoasil-tRNA, karena gugus aminoasil itu sendiri tidak
dikenali baik oleh ribosom maupun cetakan mRNA. Spesifitas aminoasil tRNA diberikan oleh
struktur tRNA itu sendiri. Hal ini dibuktikan secara konklusif dalam percobaan, di mana sisteinil-
tRNA yang telah terbentuk secara enzimatik diisolasi, dan kemudian diubah secara kimiawi
menjadi alanil-tRNAsis. Hybrid aminoasil-tRNA, yang mengangkut alanin, tetapi mengandung
antikodon bagi sistein. Kemudian di inkubasi dengan sistem sel bebas yang mempu melakukan
sintesis protein. Polipeptida yang baru disintesis ini ditemukan mengandung alanin pada posisi
yang seharusnya diisi oleh sistein. Percobaan ini memberikan bukti bagi hipotesis adaptor Crick.
Rantai Polipeptida Dimulai pada Ujung Terminal Amino
Bahwasanya rantai polipeptida dimulai dari ujung terminal amino dan diperpanjang
dengan penambahan residu asam amino sampai ujung terminal karboksil.

Ribosom adalah Mesin Molekular untuk Membuat Rantai Polipeptida

Urutan nukleotida pada RNA ribosomal beruntai tunggal E.coli juga telah dianalisis.
Masing-masing dari tiga rRNA-nya memiliki konformasi tiga dimensi spesifik yang diakibatkan
oleh pasangan basa antar rantai. RNA ribosomal berfungsi sebagai struktur kerangka tempat
subunit polipeptida terikat dalam susunan teratur yang spesifik. Bila ke 21 jenis polipeptida dan
rRNA 16S dari subunit 30S diisolasi dalam bentuk murni dan lalu dicampur dalam urutan
spesifik. Molekul-molekul ini secara spontan menyusun diri kembali membentuk subunit 30S
yang identik dalam struktur. Demikian pula subunit 50S dapat menyusun dirinya dari 34
polipeptidanya dan rRNA 5S serta rRNA 23S-nya. Masing-masing dari 55 protein di dalam
ribosom prokariotik diperkirakan memainkan peranan spesifik di dalam sintesis polipeptida, baik
sebagai enzim, maupun sebagai pembantu dalam keseluruhan proses. Akan tetapi, fungsi spesifik
hanya beberapa protein ribosom sajalah yang baru diketahui.
Walaupun ribosom biasanya digambarkan dengan subunit 30S sebagai topi di atas
bulatan 50S, keduanya tidak menunjukkan struktur yang simetris. Bahkan, kedua subunit
ternyata memiliki bentuk yang tidak beraturan. Gambar diatas memperlihatkan struktur tiga
dimensi subunit 30S dan 50S ribosom E.coli, disimpulkan dari analisis sinar X mikroskop
elektron. Kedua subunit dengan bentuk aneh ini bergabung bersama-sama sedemikian rupa
sehingga dibentuk suatu lekuk yang memungkinkan mRNA melewatinya pada saat ribosom
bergerak disepanjang mRNA selama proses translasi dan menghasilkan rantai polipeptida baru.

Ribosom Sitoplasmik Eukaryota Berukuran Lebih Besar dan Lebih Kompleks

Ribosom di luar mitokondrion pada sel eukariotik berukuran lebih besar dari ribosom
prokariotik.