EUKARIOTIK

MEMBRAN INTI

SENTRIOL

RIBOSOM MENEMPEL DI ENDOPLASMA

PROKARIOTIK

BLUM ADA MEMBRAN INTI GENNYA TESEBAR SITOPLASMA

TIDAK SENTRIOL

MEMBRAN PLASMA DIAPISI PEPTIDOGLIKAN

PROTEIN YG BERIKTAN DGN GULA

ARCHAEBACTERIA

BAGIAN SEL BELUM KOMPLEKS SEPERTI EUKARIOTIK

Apa perbedaan antara DNA prokariotik dan DNA eukariotik ?

1. Pada eukariota, DNA kebanyakan ditemukan dalam inti sel, tetapi beberapa pada
mitokondria dan kloroplas sementara pada prokariota, ditemukan dalam sitoplasma.
2. DNA biasanya terjadi dalam kromosom yang melingkar pada Prokariota sedangkan
kromosom linear pada Eukariota.
3. DNA eukariot memiliki protein histon, tapi prokariota tidak memiliki itu.
4. Prokariota hanya berisi satu loop DNA kromosom, sedangkan DNA eukariot
ditemukan pada kromosom terikat erat dan terorganisir.
5. Dalam Prokariota, banyak gen penting yang disimpan dalam DNA satelit, yang
disebut sebagai plasmid, tetapi hanya beberapa eukariota memiliki plasmid ini.

prokariotik
DNA berada dalam daerah nukleoid
Molekul DNA tunggal (sirkuler), terkonsentrasi pada suatu daerah di sitoplasma yang
disebut nukleoid.
DNA tidak dikelilingi oleh protein. Bakteri mungkin memiliki lebih dari satu kopi dari
molekul DNA
Materi genetik bakteri berupa DNA atau kromosom bakteri atau genophore terdapat dalam
sitoplasma, di daerah inti yang tidak dibatasi oleh sistem membran,yang disebut nucleoid.
Eukariotik

DNA berada dalam daerah nukleolus

Nukleus mengandung material genetik dalam bentuk DNA kromosom.

Prokariotik eukaariotik
DNA tidak terikat dengan DNA terikat dengan protein di dalam
protein di dalam kromosom. kromosom.
Sistem genetik
Nukleoid tidak terbungkus
membran. Nukleus terbungkus oleh mebran.

Memiliki DNA yang lebih

Memiliki DNA yang lebih
sederhana, lebih sedikit
mengandung pasangan basa
nukleotida, berbentuk sirkuler
kompleks, lebih banyak
mengandung pasangan basa
nukleotida, sehingga harus
digulung pada protein histon (ada
histonnya)

Prokariotik

a. Dinding Sel
Dinding sel bakteri tersusun atas peptidoglika, polisakarida, lemak, dan protein. Dinding sel berfungsi
sebagai pelinding dan pemberi bentuk yang tetap. Pada dinding sel terdapat pori-pori sebagai jalan
keluar masuknya molekul-molekul.
b. Membran Plasma
Membran sel atau membran plasma tersusun atas molekul lemak dan protein. Fungsinya sebagai
pelindung molekuler sel terhadap lingkungan di sekitarnya, dari dan ke dalam sel.

c. Mesosom
Pada tempat tertentu, membran plasma melekuk ke dalam membentuk mesosom. Mesosom
berfungsi dalam pembelahan sel dan sebagai penghasil energi. Biasanya mesosom terletak dekat
dinding sel yang baru terbentuk pada saat pembelahan biner sel bakteri. Pada membran mesosom
terdapat enzim-enzim pernapasan yang berperan dalam reaksi-reaksi oksidasi untuk menhasilkan
energi.

d. Sitoplasma
Sitoplasma tersusun atas air, protein, lemak, mineral, dan enzim-enzim. Enzim-enzim digunakan
untuk mencerna makanan secara ekstraseluler dan untuk melakukan proses metabolisme sel.
Metabolisme terdiri dari proses penyusun (anabolisme) dan penguraian (katabolisme) zat-zat.

e. Ribosom
Ribosom merupakan organel tak bermembran tempat berlangsungnya sintesis protein. Ukurannya
sangat kecil, berdiameter antara 15-20nm (1 nanometer = 10 -9 meter). Di dalam sel bakteri
terkandung 15.000 butir ribosom, atau sekitar 25% dari massa total sel bakteri.

f. DNA
Asam deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid, disingkat DNA) merupakan persenyawaan yang
tersusun atas gula deoksiribosa, fosfat, dan basa-basa nitrogen. DNA berfungsi sebagai pembawa
informasi genetik, yakni sifat-sifat yang harus diwariskan kepada keturunnya. Karena itu DNA disebut
pula sebagai materi genetik.

g. RNA
Asam ribonukleat (ribonucleic acid, disingkat RNA) merupakan persenyawaan hasil transkripsi (hasil
cetakan, hasil kopian) DNA. Jadi, bagian tertentu DNA melakukan transkripsi (mengkopi diri)
membentuk RNA. RNA membawa kode-kode genetik sesuai dengan pesanan DNA. Selanjutnya,
kode-kode genetik itu akan diterjemahkan dalam bentuk urutan asam amino dalam proses sintesis
protein.

h. Flagela dan Pill

Beberapa bakteri mempunyai flagela yang berfungsi untuk pergerakan. Hal ini dibuktikan dengan
percobaan, yaitu jika flagelanya dipotong, bakteri tidak dapat bergerak. Beberapa bakteri memiliki
pili di permukaan tubuhnya. Pili lebih pendek dari flagela, bentuknya seperti benang. Fungsi pili bagi
bakteri adalah untuk nempel saat melakukan reproduksi.

Eukariotik

a. Membran Plasma
Membran plasma atau membran sel tersusun atas molekul lemak dan protein. Molekul lemak
tersusun atas dua lapis terdapat di bagian tengah membran.
Molekul protein dan lemak tidak bersifat statis, melainkan senantiasa bergerak. Lemak membran
tersusun atas fosfolipid (lemak yang bersenyawa dengan fosfat), glikolipid (lemak yang bersenyawa
dengan karbohidrat), dan sterol (lemak alkohol, misalnya kolestrol). Sedangkan protein membran
tersusun atas glikoprotein (protein yang bersenyawa dengan karbohidrat).

Fungsi membran plasma

Membran plasma sangat penting untuk menjaga kehidupan sel. Fungsi membran plasma adalah
sebagai berikut:

1. Melindungi isi sel

Membran plasma berfungsi mempertahankan isi sel.

2. Mengatur keluar masuknya molekul-molekul

Membran plasma bersifat semipermeabel (selektif permeabel), artinya ada zat-zat tertentu yang
dapat melewati membran dan ada pula yang tidak. Molekul-molekul tersebut berguna untuk
mempertahankan kehidupan sel. Zat-zat yang tidak berguna dikeluarkan dari sel.

3. Menerima rangsangan dari luar sel (sebagai reseptor)

Rangsangan itu berupa zat-zat kimia, misalnya hormon, racun, rangsangan listrik, dan rangsangan
mekanik, misalnya tusukan dan tekanan.

b. Sitoplasma
Sitoplasma atau plasma sel, meliputi isi sel, kecuali (inti sel). Sitoplasma tersusun atas cairan dan
padatan. Padatan sitoplasma terdiri atas organel-organel. Organle adalah bagian sel yang memiliki
fungsi khusus, misalnya ribosom, mitokondria, dan kompleks Golgi. Cairan sitoplasma disebut sitosol.
Sitosol tersusun atas air, protein asam amino, vitamin, nukleotida, asam lemak, gula, dan ion-ion.
Sitosol disebut pula matriks sitoplasma.

Sifat-sifat sitoplasma

Sifat fisik sitosol dapat berubah-ubah karena mengandung protein. Pada kondisi tertentu, sitosol
berada dalam fase sol (cair) dan pada saat yang lain berada dalam fase gel (gelatin, padat). Fase sol
atau gel tergantung kondisi sel. Sitosol dapat berubah dari fase sol ke gel atau sebaliknya dari gel ke
sol.

Fungsi sitoplasma
 1. Sitoplasma berfungsi sebagai tempat penyimpanan bahan-bahan kimia yang penting bagi
metabolisme sel, seperti enzim-enzim, ion-ion, gula, lemak dan protein.
2. Di dalam sitoplasma itulah berlangsung kegiatan pembongkaran dan penyusunan zat-zat
melalui reaksi-reaksi kimia.
3. Sitoplasma "mengalir" di dalam sel untuk menjamin berlangsungnya pertukaran zat agar
metabolisme berlangsung dengan baik. Gerakan organel-organel tertentu sebagai akibat
aliran sitoplasma tersebut dapat diamati dengan mikroskop.

c. Nukleus
Inti sel atau nukleus merupakan organel terbesar yang berada di dalam sel, memiliki diameter
sekitar 10um (mikrometer). Nukleus biasanya terletak di tengah sel dan berbentuk bulat atau oval.
Setiap sel mempunyai satu inti, kecuali beberapa organisme yang berinti dua (dikariotik), misalnya
Paramecium. Ada juga organisme berinti banyak (Polikariotik), misalnya jamur. Di dalam inti sel
terdapat matriks yang disebut nukleoplasma, nukleolus, RNA, dan kromosom. Kromosom tersusun
atas protein dan DNA. DNA berfungsi untuk menyampaikan informaso genetik dan sintesis protein.
RNA berfungsi untuk sintesis protein.

Membran nukleus

Membran rangkap nukleus terdiri atas membran luar dan membran dalam. Membran luar
berhubungan langsung dengan retikulum endoplasma dan akhirnya ke membran sel. Jadi, antara
membran sel dengan membran nukleus terdapat hubungan secara langsung melalui membran
retikulum endoplasma.

Nukleoplasma

Matriks nukleus disebut nukleoplasma. Nukleoplasma tersusun atas air, protein, ion, enzim, dan
asam inti. Nukleoplasma bersifat gel. Di dalamnya terdapat benang-benang kromatin (benang
penyerap warna). Pada proses mitosis, benang kromatin itu tampak memendek dan disebut
kromosom. Benang kromatin tersusun atas protein dan DNA. Di dalam benang DNA inilah tersimpan
informasi kehidupan. DNA akan mentranskripsi diri (menkopi diri) mejadi RNA, yang selanjutnya
akan dikeluarkan ke sitoplasma.

Nukleolus

Nekleolus (anak inti) terbentuk pada saat terjadi proses transkripsi (sintesis RNA) di dalam nukleus.
Jika proses transkripsi berhenti, nukleolus menghilang atau mengecil. Jadi, nukleolus buka
merupakan organel yang tetap, melainkan suatu tanda bahwa sel sedang melakukan transkripsi
untuk menghasilkan RNA.

Fungsi nukleus
Nukleus memiliki arti penting bagi sel. Fungsi nukleus antara lain sebagai berikut:

1. Mengendalikan seluruh kegiatan sel, misalnya metabolisme.

2. Mengeluarkan RNA dan unit ribosom dari inti ke sitoplasma.

3. Mengatur pembelahan sel.

4. Membawa informasi genetik.

d. Sentriol
Sentriol merupakan organel yang dapat dilihat ketika sel mengadakan pembelahan. Pada fase
tertentu dalam daur hidupnya sentriol memiliki silia atau flagela. Sentril hanya dijumpai pada sel
hewan, sedangkan pada sel tumbuhan tidak. Sentril berjumlah sepasang, terletak saling tegak lurus
antarsesamanya di dekat nukleus. Pada saat pembelahan mitosis, sentriol terbagi menjadi dua,
masing-masing menuju ke kutub sel yang berbeda. Kemudian terbentuklah benang-benang spindel
yang menghubungkan kedua kutub. Benang spindel berfungsi "menarik" kromosom menuju ke
kutub masing-masing.

e. Retikulum Endoplasma
Retikulum berasal dari kata reticula yang berarti anyaman benang atau jala. Oleh karena itu letaknya
memusat pada bagian dalam sitoplasma (endoplasma), maka disebut sebagai retikulum endoplasma
(disingkat RE). RE hanya dijumpai di dalam sel eukariotik, baik sel hewan maupun sel tumbuhan. Sel-
sel kelenjar mengandung banyak RE dibandingkan dengan sel bukan kelenjar.

Fungsi retikulum endoplasma:

1. Sebagai penamung sintesis protein, untuk disalurkan ke kompleks Golgi dan akhirnya dikeluarkan
dari sel.

2. Mensintesis lemak dan kolestrol.

3. Menawarkan racun (detoksifikasi), misalnya RE yang ada dalam sel-sel hati.

4. Jalan transpor dalam memindahkan molekul-molekul dari bagian sel yang satu ke bagian sel yang
lain.

f. Ribosom
Ribosom tersusun atas RNA-ribosom (RNA-r) dan protein. Ribosom tidak memiliki membran.

Ribosom ada yang menempel pada membran RE, ada pula yang melayang-layang di dalam
sitoplasma. Fungsi kedua ribosom itu sama, yaitu untuk mensintesis protei.

g. Kompleks Golgi
Kompleks Golgi sering disebut Golgi saja. Pada sel tumbuhan, kompleks Golgi disebut diktiosom.
Organel ini terletak di antara RE dan membran plasma. Jumlahnya beragam, dari satu sampai
ratusan untuk tiap sel, enderung bersambung-sambungan pada sel hewan namun tidak pada sel
tumbuhan.
Kompleks Golgi merupakan organel polimorfik, tersusun atas membran berbentuk kantong pipih
(disebut sisterna), berupa pembuluh, gelembung kecil, atau bentukan seperti mengakuk.

h. Lisosom
Lisosom (lyso=pencernaan, soma= tubuh) merupakan membran berbentuk kantong kecil yang berisi
enzim hidrolitik yang disebut lisozim. Enzim ini berfungsi dalam pencernaan intrasel, yaitu mencerna
zat-zat yang masuk ke dalam sel.

i. Badan Mikro
Disebut badan mikro karena ukurannya kecil, hanya bergaris tengah 0,3-1,5um. Badan mikro terdiri
atas peroksisom dan glioksisom.

j. Mitokondria
Mitokondria merupakan penghasil energi (ATP) karena berfungsi respirasi. Bentuk mitokondria
beraneka ragam. Ada yang bulat, oval, silindris, seperti gada, seperti raket, dan ada pula yang
bentuknya tidak beraturan.

Penyebaran dan jumlah mitokondria di dalam tiap sel tidak sama, dari hanya satu sampai beberapa
ribu. Pada sel sperma, mitokondria tampak berderet-deret pada bagian ekor yang digunakan untuk
bergerak.

k. Mikrotubulus dan Mikrofilamen

Mikrotubulus dan mikrofilamen menyusun struktur rangka sel yang disebut sitoskeleton. Pada
organisme multiseluler, sitoskeleton disusun oleh mikrotubulus, mikrofilamen, dan filamen
intermedit.

Mikrotubulus terdapat pada gelendong sel, yaitu berupa benang-benang spindel yang
menghubungkan dua kutub sel pada waktu sel membelah.

Genom nuclear eukariotik memiliki molekul DNA linear yang terdapat di dalam
kromosom. Semua eukariot juga memiliki genom yang lebih kecil yang berbentuk sirkular
yaitu genom mitokondria. Pada tumbuhan, terdapat genom lain yaitu genom kloroplas.
Walaupun struktur dasar eukariot mirip tetapi satu hal penting yang sangat berbeda
adalah ukuran genom. Genom eukariot yang terkecil berukuran kurang dari 10Mb
panjangnya. Sedangkan genom yang terbesar berukuran lebih dari 100 000 Mb. Variasi
ukuran genom dapat dilihat pada tabel di bawah ini.

Tabel 1 Ukuran genom eukariot

Ukuran genom
Spesies
(Mb)
Fungi
Saccharomyces cerevisiae 12.1
Aspergillus nidulans 25.4
Protozoa
Tetrahymena pyriformis 190
Invertebrates
Caenorhabditis elegans 97
Drosophila melanogaster 180
Bombyx mori (silkworm) 490
Strongylocentrotus purpuratus (sea
845
urchin)
Locusta migratoria (locust) 5000
Vertebrates
Takifugu rubripes (pufferfish) 400
Homo sapiens 3200
Mus musculus (mouse) 3300
Plants
Arabidopsis thaliana (vetch) 125
Oryza sativa (rice) 430
Zea mays (maize) 2500
Pisum sativum (pea) 4800
Triticum aestivum (wheat) 16 000
Fritillaria assyriaca (fritillary) 120 000

Seperti terlihat pada tabel, ukuran genom bervariasi dan berhubungan dengan
kekompleksan organisme. Eukariot yang lebih sederhana seperti fungi memiliki genom yang
paling kecil, dan eukariot yang lebih tinggi seperti vertebrata dan tanaman berbunga memiliki
genome yang lebih besar. Hal ini mungkin terlihat masuk akal, karena kompleksitas organism
diharapkan berhubungan dengan jumlah gen dalam genom eukariot yang lebih tinggi
memerlukan genom yang lebih besar untuk mengakomodasi gen ekstra. Tetapi korelasi ini
jauh dari sempurna, jika korelasinya baik, maka genom nuklear yeast S. cerevisiae, yang
berukuran 12 Mb adalah 0.004 kali ukuran genom nuklear manusia, akan mengandung 0.004
35 000 gen yaitu hanya 140. Padahal kenyataannya genom S. cerevisiae mengandung 5800
gen.
Tidak adanya korelasi antara kompleksitas suatu organism dengan ukuran genomnya,
disebut sebagai C-value paradox. Jawabannya sederhana yaitu: tempat disiapkan di genom
organisme yang kurang kompleks karena gen terpak bersama. Genom S. cerevisiae yang
sekuensnya selesai dikerjakan tahun 1996 menggambarkan hal ini seperti terlihat pada
gambar di bawah ini.
 Pada gambar di atas, segmen 50-kb dari genom manusia dibandingkan dengan
segmen 50-kb genom yeast. Segmen genom yeast yang berasal dari kromosom III memiliki
karakteristik sebagai berikut:
1. Memiliki lebih banyak gen dibandingkan segmen pada manusia. Daerah pada kromosom III
yeast ini mengandung 26 gen yang mengkode protein dan dua yang mengkode transfer RNA
(tRNA), molekul non-coding RNA terlibat dalam pembacaan kode genetic selama proses
sintesis protein.
2. Relatif sedikit gen yeast yang discontinuous. Pada segmen kromosom III ini, tidak ada gen
yang discontinuous. Dalam keseluruhan genom yeast hanya terdapat 239 introns,
dibandingkan dengan lebih dari 300 000 pada genom manusia.
3. Terdapat lebih sedikit genome-wide repeats. Bagian kromosom III ini mengandung elemen
sebuah repeat tunggal long terminal (LTR) element, disebut Ty2, dan empat truncated LTR
elements disebut delta sequences. Kelima genome-wide repeats membentuk 13.5% dari
segmen 50-kb, tetapi gambaran ini tidak secara keseluruhan khas pada genom yeast secara
keseluruhan. Ketika ke-16 kromosom yeast dipertimbangkan, jumlah total sekuens yang
diambil oleh genome-wide repeats hanya 3.4% dari total. Pada manusia, genome-wide
repeats membentuk 44% genom.
Gambaran yang muncul adalah bahwa organisasi genetik pada genom yeast lebih
ekonomis dibandingkan pada manusia. Gen-gen lebih kompak/padat, memiliki lebih sedikit
intron dan ruang antara gen relative pendek, dengan jauh lebih sedikit ruang yang diambil
oleh genome-wide repeats dan sekuens-sekuens non-coding.
Hipotesis bahwa organism yang lebih komples mengandung genom yang kurang
kompak juga terdapat pada spesies-spesies lain yang diteliti. Gambar diatas juga
menunjukkan segmen 50 kb genom dari lalat buah. Jika kita sependapat bahwa lalat buah
lebih kompleks daripada sel yeast tetapi kurang kompleks dibandingkan genom manusia,
maka kita akan menduga bahwa organisasi genom lalat buah akan berada di antara yeast dan
manusia. Pada gambar, segmen 50 kb genom lalat buah memiliki 11 gen, lebih dari gen pada
segmen manusia, tetapi kurang dari gen pada lalat buah. Semua gen ini discontinuous. Hal ini
sesuai ketika keseluruhan sekuens genom dari 3 organisme dibandingkan (Tabel 2). Densitas
gen pada genom lalat buah adalah intermediet antara densitas genom pada yeast dan manusia.
Rata-rata gen lalat buah memiliki lebih banyak intron daripada rata-rata gen yeast tetapi tetap
tiga kali lebih sedikit dibandingkan rata-rata gen manusia.
Tabel 2 Kekompakan genom yeast, lalat buah dan manusia
Lalat
Karakteristik Yeast Manusia
buah
Gene density (average
479 76 11
number per Mb)
Introns per gene (average) 0.04 3 9
Amount of the genome that is
taken up by genome-wide 3.40% 12% 44%
repeats

Perbandingan antara genom yeast, lalat buah dan manusia dapat juga dilihat dari
genome-wide repeats. Hal ini membentuk 3.4% dari genom yeast, 12% genom lalat buah dan
44% genom manusia. Genome-wide repeats memainkan peranan penting dalam menentukan
kekompakan sebuah genom. Hanya sedikit daerah-daerah pada genom jagung yang telah
disekuen, tetapi hasil telah diperoleh yang menunjukkan genom didominasi oleh elemen
repetitive. Gambar 2.2D menunjukkan sebuah segmen 50-kb satu anggota dari family gen
yang mengkode enzim alcohol dehydrogenase. Gen ini adalah satu-satunya gen dalam daerah
50-kb ini. Walaupun ada gen kedua yang tidak diketahui fungsinya kira-kira 100kb sebelum
ujung akhir sekuens yang ditunjukkan disini. Karakteristik dominan segmen genom ini adalah
genome segment is the genome-wide repeats. Mayoritas adalah elemen LTR yang terdiri dari
bagian non-coding dan diperkirakan membentuk kira-kira 50% genom jagung. Satu atau lebih
famili dari genome-wide repeats telah mengalami proliferasi pada genom spesies tertentu.
Jadi ukuran genom tidak meningkat dengan semakin kompleksnya organism tetapi
organism yang sama dapat berbeda dalam ukuran genomnya. Contohnya pada Amoeba dubia
yang merupakan protozoa, diduga memiliki genom 100500 kb, sama dengan protozoa lain
seperti Tetrahymena pyriformis (seperti terlihat pada Tabel 1). Tetapi kenyataannya genom
Amoeba lebih dari 200 000 Mb. Sama halnya kita menduga jangkrik memiliki genom yang
sama dengan insekta lain, tetapi jangkrik memiliki genom berukuran 2000 Mb, yangmana 11
kali lebih besar dari genom lalat buah.

2.3.2 Genom Prokariot

Genom prokariot berbeda dengan genom eukariot. Terdapat beberapa overlap dalam
ukuran antara genom prokariotik terbesar dengan prokariotik terkecil. Tetapi secara
keseluruhan prokarotik genom berukuran lebih kecil. Misalnya genom E. coli K12 adalah
4639 kb, hanya 2/5 dari genom yeast dan hanya memiliki 4405 gen. Organisasi fisik genom
juga berbeda antara eukariot dengan prokariot. Pandangan tradisional adalah bahwa seluruh
prokariot memiliki satu molekul DNA sirkular . Selain kromosom tunggal ini, prokariot
juga dapat memiliki gen tambahan yang independen, sirkular yang disebut plasmid.
 Gen yang dibawa oleh plasmid berguna, karena mengkode sifat-sifat ketahanan
terhadap antibiotik atau kemampuan untuk memanfaatkan komponen kompleks seperti
toluene sebagai sumber karbon. Tetapi prokariot dapat bertahan secara efektif tanpa plasmid.
Prokariot menunjukkan keragaman dalam organisasi genom. E. coli memiliki genom
unipartite, tetapi prokariot lainnya lebih kompleks. Misalnya Borrelia burgdorferi B31,
memiliki kromosom linier 911 kb, membawa 853 gen, dilengkapi dengan 17 atau 18 molekul
linier dan sirkuler, yang keseluruhannya menyumbangkan 533 kb dan paling tidak 430 gen.
Genom multipartite dikenal pada banyak bacteria dan arkaea.
Genom prokariotik lebih kompak dibandingkan genom yeast dal eukariot tingkat
bawah lainnya. Seperti terlihat pada Gambar 2.2E yang memperlihatkan segmen 50-kb
genom E. coli K12. Terlihat bahwa terdapat lebih banyak gen dan kurang ada ruang
diantaranya, dengan 43 gen mengambil tempat 85.9% segmen. Beberapa gen terlihat tidak
memiliki ruang diantaranya, thrA dan thrB, misalnya dipisahkan dengan sebuah nukleotida
tunggal, dan thrC mulai pada nukeotida segera sesudah nukleotida terakhir pada thrB. Ketiga
gen ini adalah contoh dari operon, sebuah kelompok gen yang terlibat dalam sebuah lintasan
biokimia (dalam hal ini sintesis asam amino threonine) dan diekspresikan bersama-sama
dengan yang lainnya. Operon digunakan sebagai model untuk memahami bagaimana ekspresi
gen diatur. Secara umum, gen prokariot lebih pendek dibandingkan eukariot, rata-rata
panjang sebauh gen bakteri berkisar 2/3 gen eukariot, bahkan setelah intron dihilangkan dari
eukariot. Gen bakteri sedikit lebih panjang dibandingkan gen arkaea.
Dua karakteristik genom prokariot yang dapat dilihat dari Gambar 2.2E adalah,
pertama, tidak ada intron pada gen pada segmen dari genom E. coli ini. Bahkan E. coli tidak
memiliki gen discontinuous. Karakteristik kedua adalah infrequency of repetitive sequences.
Genom prokariot tidak memiliki apapun yang ekivalen terhadap high-copy-number genome-
wide repeat families yang ditemukan pada genom eukariot. Mereka memiliki sekuen tertentu
yang mungkin berulang di dalam genom. Contohnya adalah insertion sequences IS1 dan
IS186yang dapat dilihat pada segmen 50-kb pada Gambar 2.2E. Terdapat contoh transposable
elements, yaitu sekuen yang dapat berpindah sekeliling genom. Posisi elemen IS1dan IS186
yang ditunjukkan pada Gambar 2.2E merujuk pada isolate E. coli tertentu. Jika isolate
berbeda yang diperiksa, maka sekuen IS dapat berbeda posisi atau dapat pula absen dari
genom. Sebagian besar genom prokariot lainnya memiliki sangat sedikit sekuen
berulang/repeat sequences secara virtual tidak terdapat pada genom 1.64 Mb dari
Campylobacter jejuni NCTC11168 tetapi terdapat perkecualian, pada bakteri meningitis
Neisseria meningitidis Z2491, yang memiliki lebih dari 3700 copi dari15 tipe berbeda repeat
sequence, secara kolektif membentuk hamper 11% dari genom 2.18 Mb.
Genom (Materi Genetik) Prokariot
Genom prokariot tentu saja tidaklah sama dengan genom eukariot. Secara umum genom
prokariot berukuran panjang lebih kecil disbanding genom eukariot. Sebagai contoh genom
Escherichia coli berukuran sekitar 4639 kb dengan 4405 gen. Ukuran genom ini diprediksi
hanya 2/5 dari genom yeast (jamur mikroskopik).
Pada awalnya, banyak ahli yang berpendapat bahwa prokariot hanya memiliki satu
molekul DNA sirkular, namun ternyata prokariot memiliki satu gen tambahan linier yang
independen. Gen ini disebut dengan plasmid. Apa fungsi plasmid? Jika DNA pada kromosom
berfungsi menurunkan sifat, maka gen pada plasmid berfungsi mengkode sifat-sifat
ketahanan terhadap antibiotik dan efektifitas meraih berbagai sumber karbon. Apakah
prokariot dapat bertahan hidup tanpa plasmid? Ternyata dalam banyak referensi disebut
bahwa tanpa plasmid, sel prokariot mampu tetap bertahan hidup.

Sitoplasma berbentuk koloid yang agak padat yang mengandung butiran-butiran ptotein,
glikogen, lemak dan berbagai jenis bahan lainnya.