Pada pencernaan fermentasi terdapat induk semang dan mikroba yang
mengalami simbiosis mutualisme. Kondisi yang diberikan oleh induk semang dalam membantu mikroba diantaranya, proses pengadukan, proses pengecilan partikel dengan memamah Biak. Mengeliminasi produk dengan mengeluarkan gas. Penyerapan dan pengeluaran. Mengontrol suhu panas sekitar 39°C serta menjaga ph tetap netral. Melakukan proses anaerobiosis dengan melakukan reduksi sehingga seolah olah tidak ada oksigen. Sedangkan kondisi yang diberikan oleh mikroba pada induk semang yaitu dengan menghasilkan sumber energi yaitu perombakan kharbohidrat hingga menjadi ATP. Selain itu juga menghasilkan sumber protein akibat pertumbuhan dengan baik menuju abomasum dan dicerna sebagai sumber makanan. Terdapat berbagai jenis mikroba diantaranya bakhteri, fungi, virus. Mikroba bekerja secara bersama sama yang dikenal dengan istilah konsorsium. Konsorsium terjadi karena sifat mikroba yang tergantung antar sesama. Akibat adanya konsorsium mikroba dapat bekerja lebih cepat dan efisien. Contoh dari konsorsium terjadi pada fungi dan metanobachterium. Fungi menghasilkan enzim selulolitik, sedangkan selulolitik menghasilkan hidrogen yang dapat menyebabkan turunnya aktivitas fungi. Oleh karena itu metanobacterium membantu merubah hidrogen menjadi metan. Mikroba juga berperan dalam rekayasa dalam menghasilkan nutrisi untuk ternak. Pada sapi perah mikroba lebih anyak menghasilkan asetat untuk produksi lemak susu. Asetat mampu didapatkan dari konsumsi hijauan yang banyak. Sedangkan pada sapi pedaging mikroba lebih menghasilkan banyak propionat yang didapat dari konsentrat. Manipulasi seperti ini banyak dimanfaatkan dalam dunia peternakan. Salah satu yang paling banyak dibicarakan saat ini mengenai manipulasi gas methan. Hal ini disebabkan gas metan sangat merugikan karena bersifat seperti gas rumah kaca yang dapat membuat ozon menipis. Sebenernya ada cara-cara untuk mengurangi gas metan pada peternakan, yaitu pemberian pakan konsentrat pada ternak, penambahan bahan makanan yang memiliki ikatan rangkap yaitu lemak tak jenuh, menipu metanobachterium dengan menambahkan sedikit kloroform, dan memperbaiki kecernaan ransum. Resume Jurnal : Penghambatan Methanogenesis Rumen oleh Methane Analogues
Ilmu mikrobiologi berperan dalam manipulasi dalam dunia peternakan.
Salah satu yang paling banyak dibicarakan saat ini mengenai manipulasi gas methan. Hal ini disebabkan gas metan sangat merugikan karena bersifat seperti gas rumah kaca yang dapat membuat ozon menipis. Sebenernya ada cara-cara untuk mengurangi gas metan pada peternakan, salahsatunya adalah dengan menggunakan kloroform. Konsentrasi kloroform dan karbon tetraklorida yang sangat rendah dapat menghambat pembentukan metana oleh mikrobiota rumen dengan adanya atau tidak adanya substrat tambahan. Akumulasi hidrogen pada konsentrasi rendah ini menunjukkan penghambatan selektif metanogenesis. Penghambat ini mempengaruhi satu atau lebih reaksi dimana metana terbentuk dari hidrogen dan karbon dioksida. Produksi metana sangat sensitif terhadap penghambatan dengan oksigen, ditemukan produksi metana dari sel bebas Methanobacillus omelianskii yang juga dipengaruhi oleh oksigen. Penghambatan oleh pewarna viologen menunjukkan konsentrasi rendah metil atau benzil viologen menghambat pembentukan metana dari etil alkohol dan campuran gas hidrogen dan karbon dioksida. Hidrogen biasanya terbentuk dari etil alkohol terakumulasi dalam jumlah yang lebih besar ketika pembentukan metana terhambat oleh pewarna viologen Penambahan benzil viologen ke cairan rumen yang dihasilkan efek serupa Dalam satu percobaan dengan aparatus sirkulasi gas, benzil viologen ditambahkan ke campuran reaksi 36 menit setelah dimulainya percobaan. Tingkat Produksi metana pun segera tertekan, dan pada saat bersamaan laju produksi hidrogen meningkat. Meningkatnya konsentrasi karbon tetraklorida, laju produksi metana menurun dan disertai dengan kenaikan laju produksi hidrogen.