I.

JUDUL PERCOBAAN : Isolasi DNA Ephitelial Mulut

II. TANGGAL PERCOBAAN : Kamis / 9 November 2017
III. SELESAI PERCOBAAN : Kamis / 9 november 2017
IV. TUJUAN PERCOBAAN : Mampu mengerjakan isolasi DNA sesuai prosedur, dengan
sel DNA diambil dari sel epithelial mulut
V. DASAR TEORI :
Jaringan epitel adalah jaringan yang melapisi permukaan tubuh, organ tubuh atau
permukaan saluran tubuh hewan. Bentuk jaringan epitel berupa lembaran selapis atau
beberapa lapis. Jaringan epitel terdiri atas sel-sel yang bentuknya sama, yang berkumpul
dengan sangat erat dengan bahan ekstraseluler atau matriks yang sangat sedikit. Jaringan
epitel adalah salah satu dari empat jaringan dasar yaitu jaringan otot, jaringan ikat dan
jaringan saraf. Jaringan epitel terdiri dari sel-sel polihedral yang berkumpul dengan erat
dengan sangat sedikit zat intersel. Pelekatan diantara sel-sel ini kuat, Jadi terbentuk
lapisan-lapisan yang menutupi permukaan tubuh dan melapisi rongga-rongganya (Umar,
2011).
Jaringan epitel terdiri dari sel-sel polyhedral yang berkumpul dengan erat
dengan sangat sedikit zat intersel. Pelekatan diantara sel-sel ini kuat. Jadi, terbentuk
lapisan-lapisan yang menutupi permukaan tubuh dan melapisi rongga-rongganya.
Jaringan epitel mempunyai fungsi utama, yaitu: menutupi dan melapisi permukaan (misal
kulit), absorbsi (misal usus), sekresi (misal sel epitel kelenjar), sensoris (misal
neuroepitel), dan kontraktil (misal sel mioepitel) (Yusminah, 2007).
Menurut Syamsul Huda (1998), Berdasarkan lapisan penyusunnya, jaringan epitel
dibagi menjadi beberapa jenis, yaitu sebagai berikut:
1. Epitel Pipih Selapis
Jaringan epitel pipih selapis disusun oleh selapis sel yang
berbentuk pipih. Sel-selnyatersusun sangat rapat. Terdapat pada jaringan
epitelium pembuluh limfe, pembuluh darah kapiler dan ginjal. Berfungsi
dalam proses filtrasi dan sekresi.
2. Epitel Pipih Berlapis Banyak
Jaringan epitel pipih berlapis banyak disusun oleh lebih dari satu sel yang
berbentuk pipih. Sel-selnya tersusun sangat rapat. Terdapat pada jaringan
epitelium rongga mulut dan vagina. Berfungsi sebagai pelindung.
3. Epitel Silindris Selapis
 Jaringan epitel silindris selapis disusun oleh selapis sel yang berbentuk
silindris. Terdapat pada epitelium kelenjar pencernaan, kantung empedu,
lambung dan usus. Berfungsi untuk penyerapan nutrisi di usus dan sekresi.
4. Epitel Silindris Berlapis Banyak
Berlapis Banyak Jaringan epitel silindris berlapis banyak disusun oleh
lebih dari satu lapis sel berbentuk silindria. Terdapat pada jaringan epitelium
laring, trakea, dan kelenjar ludah.Berfungsi dalam sekresi dan sebagai
pelindung.
5. Epitel Silindris Bersilia
Epitel silindris bersilia berbentuk silindris banyak lapis dengan silia.
Terletak pada rongga hidung. Berfungsi sebagai proteksi dan sekresi.
6. Epitel Transisi
Jaringan epitel transisi disusun oleh berlapis-lapis sel. Jaringan ini tidak
dapat dikelompokkan, Terdapat pada epitelium ureter, uretra, dan kantung
kemih.

Deoxyribonucleic acid atau yang sering disebut dengan DNA adalah suatu materi
yang terdapat pada tubuh manusia dan semua makhluk hidup yang diwarisi secara turun
menurun. Semua sel pada tubuh memiliki DNA yang sama dan sebagian besar terdapat
pada nukleus. DNA juga dapat ditemukan pada mitokondria (Campbell et al., 2004).
Struktur dari DNA terdiri dari gugus fosfat, gula deoksiribosa dan basa nitrogen.
Informasi yang dibawa oleh DNA bergantung pada urutan basa nitrogen yang terdiri dari
Adenin (A), Timin (T), Guanin (G) dan Sitosin (C). Basa pada DNA selalu berpasangan
yaitu A-T dan G-C. Masing-masing pasangan basa melekat pada molekul gula
(deoksiribosa) dan fosfat membentuk unit nukleotida. Nukleotida tersusun berpasangan
pada baris panjang yang berbentuk spiral yang sering disebut double helix (Suryo, 2011).
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat
pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus
berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.
Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan
sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan
sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak
memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk
linier dan memiliki protein histon (Kirsman, 2010). Struktur DNA dapat dilihat seperti
pada gambar dibawah ini:

Gambar 1. Struktur DNA

DNA dapat bereplikasi dan memperbanyak jumlahnya ketika akan terjadi

pembelahan sel sehingga tiap sel baru akan memiliki DNA yang sama seperti sel yang
lama. Proses replikasi DNA dimulai ketika untaian DNA dibuka dan dipisahkan oleh
enzim helikase sehingga terjadi pemisahan antara untaian satu dengan untaian lainya.
Selanjutnya, tiap untaian DNA yang terpisah tersebut menjadi dasar cetakan (template)
pasangan basa baru yang prosesnya dibantu oleh enzim DNA-polymerase. Enzim ini
akan memasangkan basa-basa yang sesuai dengan templatnya (Yuwono, 2005). Fungsi
DNA adalah untuk bereplikasi dan mensintesis protein. Replikasi diperlukan untuk 2
memberikan informasi yang sama pada tiap sel baru ketika terjadi pembelahan. Dalam
proses sintesis protein, DNA menyediakan informasi genetik yang diperlukan oleh sel
untuk dapat berfungsi secara fungsional dan struktural. Informasi dari DNA diturunkan
dari generasi ke generasi dan merupakan kombinasi dari ayah dan ibu (Butler, 2005).
Dibawah ini merupakan gambaran dari replikasi DNA:
 Gambar 2. Replikasi DNA

Ekstraksi DNA merupakan suatu kegiatan untuk memisahkan DNA dari

kandungan lain dari sebuah sampel sehingga didapatkan DNA murni. DNA yang
diekstraksi dapat bersumber dari darah, sperma, tulang, gigi, rambut, air liur, urin, feses,
atau kuku. Ada beberapa metode ekstraksi DNA yang umum digunakan, namun prinsip
dasar dari semua metode tersebut sama yakni memisahkan protein serta materi-materi
lainnya dari molekul DNA. Selain itu langkah-langkah dasar pada ekstraksi DNA adalah,
pertama pelisisan sel untuk melepas molekul DNA, kedua memisahkan molekul DNA
dari materi seluler lainnya, ketiga pengisolasian DNA sehingga memungkinkan untuk
dilakukan amplifikasi Polymerase Chain Reaction (PCR) (Butler, 2005).
Beberapa metode yang umum dalam ekstraksi DNA terutama pada laboratorium
forensik diantaranya adalah metode fenol-kloroform, metode chelex dan metode FTA
(Flitzco/Flinder Technology Agreement). Prosedur dari tiap metode juga bisa bervariasi
tergantung dari mana sumber DNA yang akan diekstraksi. Misalnya sampel darah dapat
diperlakukan berbeda dengan sampel noda darah atau sampel tulang (Butler and Hill,
2012).
Metode yang paling umum dan telah dikenal sejak lama dalam ekstraksi DNA
adalah metode organik atau metode fenol-kloroform (Sambrook and Russell, 2001).
Beberapa bahan kimia digunakan dalam metode ini diantaranya sodium dedosilsulfat
(SDS) dan proteinase K yang digunakan untuk menghancurkan membran sel dan protein
yang menyelimuti molekul DNA di dalam kromosom. Selanjutnya campuran fenol-
kloroform ditambahan untuk memisahkan protein dari DNA itu sendiri. Proses
berikutnya adalah sentrifugasi yaitu pemisahan molekul DNA dengan molekul lainnya
dengan memberikan gaya sentrifugal sehingga molekul-molekul akan terpisah
berdasarkan berat jenisnya. Metode ini memiliki beberapa kelemahan diantaranya
memakan waktu yang lama sampai mendapatkan DNA murni, menggunakan banyak zat-
zat kimia berbahaya, dan memerlukan proses pemindahan sampel dari satu mikrotube ke
mikrotube lain berkali-kali sehingga meningkatkan resiko kontaminasi DNA dari zat-zat
lain (Butler and Hill, 2012).
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau
lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau
buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2005). Isolasi DNA merupakan
langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsip isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi.
Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian
bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung . Hasil
sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada
bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Rachmat, 2012).
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian DNA
secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan
membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi DNA merupakan suatu
teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari
suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan
pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi
dapat dilakukan dengan pemberian detergen. Penambahan sabun cair dan garam dapur
adalah untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA
(Rachmat, 2012).
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane
sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membrane membentuk senyawa “lipid proteindeterjen kompleks”. Senyawa tersebut
dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian
juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia (Kirsman, 2010).
Klorofrom dan isoamilalkohol berfungsi untuk mengekstrak dan dan mengendapkan
komponen polisakarida di dalam buffer ektraksi yang mengkontaminasi larutan DNA.
Pemberian isopropanol dan etanol dilakukan agar terjadi dehidrasi DNA sehingga terjadi
presipitasi. Setelah pemberian etanol, pellet yang dipeoleh dikeringanginkan. Hal ini
bertujuan untuk mengeringkan pellet dari sisa-sisa buffer maupun etanol.Tahapan terakhir
dari ektraksi ini adalah penambahan buffer TE. Buffer TE tris electrophoresis berfungsi
untuk melarutkan DNA yangdihasilkan dan menjaga DNA agar tidak mudah rusak. Dalam
buffer TE mengandung EDTA atau Ethylene Diamine Tetra Acid yang berfungsi sebagai
senyawa pengkelat yang mengikat ion Magnesium, yaitu kofaktor yang diperlukan untuk
altivtas berbagai enzim nuclease. Metode ekstraksi DNA dengan CTAB akan menghasilkan
pita DNA yang berukuran tebal dan dapat memisahkan DNA dari polisakarida karena
adanya perbedaan karakteristik kelarutan (differensial of solubility). Disamping deperoleh
fragmen DNA, dengan metode CTAB juga akan diperoleh RNA dengan pita tipis yang
terletak jauh berada di bawah pita DNA. Keberadaan pita RNA tergantung bahan yang
diekstraksi (Rachmat, 2012).
Menurut Surzycki (2000), prinsip-prinsip presipitasi antara lain pertama, menurunkan
kelarutan asam nukleat dalam air. Hal ini dikarenakan molekul air yang polar mengelilingi
molekul DNA di larutan aquoeus. Muatan dipole positif dari air berinteraksi dengan muatan
negatif pada gugus fosfodiester DNA. Interaksi ini meningkatkan kelarutan DNA dalam air.
Isopropanol dapat bercampur dengan air, namun kurang polar dibandingkan air. Molekul
isopropanol tidak dapat berinteraksi dengan gugus polar dari asam nukleat sehingga
isopropanol adalah pelarut yang lemah bagi asam nukleat; kedua, penambahan isopropanol
akan menghilangkan molekul air dalam larutan DNA sehingga DNA akan terpresipitasi;
ketiga, penggunaan isopropanol dingin akan menurunkan aktivitas molekul air sehingga
memudahkan presipitasi DNA.
Dalam penggunaan buffer CTAB seringkali ditambahkan reagen-reagen lain seperti
NaCl, EDTA, Tris-HCl, dan 2-mercaptoethanol. NaCl berfungsi untuk menghilangkan
polisakarida sementara 2-mercaptoethanol befungsi untuk menghilangkan kandungan
senyawa polifenol dalam sel tumbuhan (Ranjan et al., 2010). 2-mercaptoethanol dapat
menghilangkan polifenol dalam sel tanaman dengan cara membentuk ikatan hidrogen
dengan senyawa polifenol yang kemudian akan terpisah dengan DNA (Lodhi et al., 1994).
Setelah proses ekstraksi, DNA yang didapat dapat dipekatkan melalui presipitasi.
Pada umumnya digunakan etanol atau isopropanol dalam tahapan presipitasi. Kedua
senyawa tersebut akan mempresipitasi DNA pada fase aquoeus sehingga DNA menggumpal
membentuk struktur fiber dan terbentuk pellet setelah dilakukan sentrifugasi (Switzer,
1999).
VI. ALAT DAN BAHAN
 Alat
1. Tabung mikrosentrifus 3 buah
2. Tabung reaksi kecil 3 buah
3. Gelas kimia 250 mL 3 buah
4. Pipet tetes 3 buah
5. Mikropipet 1 buah
6. Vortex 1 buah
7. Mikrosentrifus 1 buah

 Bahan
1. Aquades
2. Air mineral
3. Minuman isotonik
4. Tris-EDTA
5. NaCl 2,5 M
6. Etanol dingin

VII. ALUR PERCOBAAN

1. Pengumpulan sel-sel
2. Pemecahan sel (lisis sel) dan pencernaan protein

3. Pengendapan DNA