Pada September 2012, Ron Fouchier berspekulasi bahwa virus ini mungkin berasal dari kelelawar.

Penelitian dan analisis selanjutnya menunjukan bahwa korona virus baru ini memiliki kesamaan dengan
korona virus yang ada pada kelelawar. Pada tangal 21 juli 2013, organisasi dunia untuk kesehatan hewan
mengumumkan bahwa: saat ini tidak ada bukti kuat bahwa unta merupakan sumber infeksi bagi kasus
mers pada manusia. Beberapa korban memang telah diketahui pernah kontak dengan unta termasuk
unta yang sakit. Namun, pada 9 agustus 2013 laporan dalam lanset menunjukkan bahwa 50 dari 50
serum darah unta Oman dan 11 dari 105 dari unta spanyol memiliki protein spesifik antibody terhadap
mers