KELOMPOK 3

Samson Patar Sipangkar

Immanuel Agapao
Arnan Kuncoro
M. Nuh Firdaus
Ardiansyah
STRUKTUR
Definisi

• Asam nukleat adalah sebuah polimer yang terdiri dari monomer-

monomer nukleotida dan tersusun atas senyawa-senyawa C,

H, O, N, dan P Asam nukleat berfungsi dalam penyimpanan serta
pemindahan informasi genetik
 Sifat Fisika – Kimia
1 Stabilitas asam nukleat
Asam Nukleat
2 Pengaruh asam

3 Pengaruh alkali

4 Denaturasi kimia

5 Viskositas

6 Kerapatan Apung
Sifat Spektroskopi 1
Absorpsi UV
Termal Asam Nukleat
Hipokromisitas 2

Penghitungan konsentrasi asam nukleat 3

Kemurnian asam nukleat 4

Denaturasi termal dan renaturasi 5

Superkoiling DNA 6

Interkalator 7
UNIT ASAM NUKLEAT

Gula
Pentosa
Nukleosida
Basa
Nukleotida
Nitrogen
Fosfat
 NUKLEOTIDA
• Nukleosida adalah senyawa yang
terdiri dari satu gula pentosa
dan satu basa nitrogen
• Antara tiap nukelotida dihubungkan
oleh ikatan fosfodiester
• Gula pentose berikatan dengan basa
nitrogen diikat oleh ikatan
glikosidik
 Ikatan Fosfodiester

Ikatan Glikosidik
GULA PENTOSA
• Gula pentosa adalah gula
monosakarida yang mempunyai
5 atoM karbon dan membentuk
cincin segilima
• Terdapat 2 jenis gula pentosa,
yaitu:
• Gula deoksiribosa (DNA)
• Gula ribosa (RNA)
 BASA NITROGEN
• Basa nitrogen merupakan senyawa yang memiliki
struktur berupa cincin aromatik heterosilklik
yang mengandung atom karbon (C) dan nitrogen
(N)
• Dibedakan menjadi 2 jenis berdasarkan
strukturnya, yaitu basa purin dan basa pirimidin
• Basa purin memiliki struktur berupa dua buah
cincin (bisiklik)
• Basa pirimidin hanya memiliki struktur berupa
satu buah cincin (monosiklik)
• Memiliki struktur 2 sehingga
termasuk golongan basa purin
• Berpasangan dengan timin (T) pada
DNA dan dengan urasil (U) pada
RNA
• Berpasangan dengan basa pirimidin
dengan 3 ikatan hidrogen
• Berperan dalam pembuatan bagian
dari ATP (molekul energi) dan
pembawa elektron FAD dan NAD
(respirasi seluler)
• Memiliki struktur 2 sehingga
termasuk golongan basa purin
• Berpasangan dengan sitosin (C)
pada DNA maupun RNA
• Berpasangan dengan basa pirimidin
dengan 2 ikatan hidrogen
• Dapat ditemukan dalam GTP untuk
membantu proses seluler dalam hal
transduksi sinyal, transportasi
protein, serta regulasi pertumbuhan
• Memiliki struktur 1 cincin sehingga
tergolong pirimidin
• Hanya terdapat pada DNA
• Berpasangan dengan adenin (A)
pada DNA dengan 3 ikatan hidrogen
• Berikatan dengan deoksiribosa
menghasilkan thymadine nukleosida
yang terlibat dalam transfer dan
preservasi informasi genetis
• Memiliki 1 cincin sehingga termasuk
golongan pirimidin
• Berpasangan dengan guanin (G)
pada DNA maupun RNA
• Bepasangan dengan basa purin
dengan 2 ikatan hidrogen
• Bersifat tidak stabil dan dapat
berubah menjadi urasil
• Dapat mengubah ADP menjadi ATP
dengan mentransfer fosfat
• Sitosin trifosfat dapat berfungsi
sebagai ko-enzim
• Memiliki struktur 1 cincin sehingga
tergolong pirimidin
• Hanya terdapat pada RNA
• Berpasangan dengan adenin (A)
pada RNA dengan 3 ikatan hidrogen
• Bersifat lebih sederhana dan lebih
cepat dibuat daripada timin
GUGUS FOSFAT
• Fosfat (PO43-) adalah anion yang terbentuk
akibat penguraian asam anorganik yang disebut
asam fosfat (H3PO4).
• Hilangnya ion hidrogen akibat penguraian
menyebabkan fosfat bermuatan negatif. Ini
merupakan penyebab pemberian nama “asam”
pada molekul polinukleotida, walaupun
didalamnya juga terkandung juga basa nitrogen.
• Salah satu fungsi gugus fosfat adalah dalam
transfer energi di antara molekul organik.
 JENIS STRUKTUR ASAM NUKLEAT

• Struktur primer asam nukleat adalah urutan

linear nukleotida, yang dihubungkan satu sama
lain dengan sambungan fosfodiester.
 JENIS STRUKTUR ASAM NUKLEAT

• Struktur sekunder adalah interaksi antara

basa nitrogen.
• Struktur ini menunjukkan bagian mana helai
terikat satu sama lain.
• DNA akan membentuk struktur double helix
• RNA akan membentuk struktur single helix
JENIS STRUKTUR ASAM NUKLEAT

• Struktur tersier adalah bentuk tiga dimensi di

mana seluruh rantai dilipat.
• Pengaturan struktur tersier berbeda dalam
empat bentuk struktural:
• Tangan kiri atau kanan
• Panjang pergantian heliks.
• Jumlah pasangan basa per giliran.
• Perbedaan ukuran antara utama dan alur kecil.
JENIS STRUKTUR ASAM NUKLEAT

• Struktur kuartener dari asam nukelat mengacu pada

interaksi asam nukleat dengan molekul lain
• Organisasi yang paling sering terlihat adalah bentuk
kromatin yang menunjukkan interaksi dengan protein
histon kecil.
KLASIFIKASI ASAM NUKLEAT

DNA
• DNA merupakan struktur yang dibangun oleh gula pentosa
(deoksiribosa), fosfat, dan suatu basa
• DNA merupakan salah satu jenis asam nukleat dengan struktur
polinukleotida rantai ganda yang berpilin (double helix).
MODEL DNA OLEH Watson dan crick

• Molekul DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida berpilin

menjadi helix dengan arah pilinan mengikuti putaran tangan
kanan. Rantai polinukleotida terdiri dari gula deoksiribosa
yang tergabung dengan ikatan internukleotida yang disebut juga
sebagai ikatan 3’,5’-fosfodiester. Ikatan gula dan fosfat
membentuk sisi luar dari helix dan basa nitrogen membentuk
bagian tegak lurus di sisi dalam helix.
ATURAN CHARGAFF
• Komposisi basa dari DNA dari suatu organisme adalah tetap pada
semua selnya dan mempunyai karakteristik tertentu
• Komposisi basa dari DNA bervariasi dari suatu organisme dengan
organisme lainnya, yang dinyatakan dengan dissymmetry ratio, yaitu (A
+ T) ≠ (G + C)
• Komposisi basa dari suatu spesies tidak berubah oleh umur, nutrisi,
ataupun lingkungan
• Jumlah adenin dalam DNA suatu organisme selalu sama dengan
jumlah timin (A = T)
Tipe-Tipe Daya DNA
 RNA
• RNA (Asam Ribonukleat) adalah rangkaian nukleotida
yang saling terikat seperti rantai. RNA merupakan hasil
dari transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA
sebagai polimer yang jauh lebih pendek jika
dibandingkan DNA. Berbeda dengan DNA yang
umumnya dijumpai dalam inti sel, Kebanyak dari RNA
terdapat dalam sitoplasma, khususnya di ribosom.
• RNA merupakan salah satu asam nukleat dengan
struktur polinukleotida rantai tunggal yang berpilin
(single helix).
RNA Genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu
sebagai pembawa keterangan genetik. RNA genetik hanya
ditemukan pada makhluk hidup tertentu yang tidak memiliki DNA,
misalnya virus. Dalam hal ini fungsi RNA menjadi sama dengan
DNA, baik sebagai materi genetic maupun dalam mengatur
aktivitas sel.
mRNA / ARNd
• RNA messenger merupakan RNA satu rantai tunggal yang panjang.
• Terdiri dari kodon-kodon yang terbentuk dari transkripsi dengan DNA dan nantinya
akan di translasi dengan RNA-t
• Daerah koding biasanya dimulai dengan kodon AUG (kodon start) dan diakhiri
dengan kodon UAA, UAG atau UGA (kodon stop).
• Untranslated Region (UTR) yaitu daerah yang tidak di translasi dari awal sampai akhir
(5’UTR dan 3’UTR)
• Ujung Poly(A) yaitu ujung RNA-m yang terdiri daru adenin yang membantu dalam
translasi.
 tRNA / ARNt
• RNA transfer adalah RNA yang berfungsi menerjemahkan kode genetik dari RNA messenger
(mRNA) dan membawa asam amino spesifik ke ribosom dalam proses sintesis protein
• tRNA disebut juga antikodon yang memiliki kodon komplemen dari mRNA atau kodon.
• Struktur tRNA sekunder berbentuk menyerupai clover
• Struktur tRNA terdiri dari du struktur, yaitu:
• Double helical stem domains terbentuk dari ikatan pasangan basa nitrogen yang saling
berkomplemen dalam satu untaian yang sama
• Loop domains terbentuk ketika pasangan basa nitrogen tidak saling berkomplemen
sehingga tidak terbentuk ikatan atau dapat disebabkan adanya basa termodifikasi yang
mencegah terbentuknya pasangan basa.
rRNA / ARNr
• RNA ribosomal merupakan RNA yang
merupakan bagian dari ribosom dan
berfungsi untuk mensinesis protein
pada makhluk hidup
• Terdapat dua jenis RNA-r yaitu Large
Sub Unit (LSU) dan Small Sub Unit
(SSU) yang terletak berhimpitan,
dengan mRNA diantaranya
Fungsi Asam Nukleat
 SECARA
SPESIFIK
Berdasarkan sifat
SECARA Informasi Genetik
DNA Berdasarkan letak

UMUM Penyusun kofaktor Berdasarkan struktur

enzim
RNA Berdasarkan jenisnya
Energi

Sintesis Protein
Nukletotida
Duplikasi sel
Informasi Genetik DNA dan RNA
• DNA dan RNA berperan dalam menyimpan
Informasi materi genetik di dalam sel.
• DNA mewarisi materi genetik dari generasi
sel ke generasi berikutnya.
• Pada kebanyakan organisme, DNA adalah
asam nukleat yang paling berperan dalam
penyimpan materi genetik.
• Pada organisme yang tidak memiliki DNA
(virus), RNA yang berperan dalam
menyimpan materi genetik.
• Materi genetik ditentukan sesuai urutan
basa nitrogen untaian DNA.
Duplikasi DNA
• Autokatalis: DNA mampu
membentuk dirinya sendiri yang
dilakukan melalui replikasi,
pengkopian rangkaian molekul bahan
genetik sehingga dihasilkan molekul
anakan yang sangat identik.
• Heterokatalis: DNA dapat melakukan
sintesis pada molekul lainnya, seperti
membentuk RNA.
Sintesis Protein
• Ada dua kelompok protein yang dibuat yaitu
protein struktural dan protein katalis.
• Protein struktural akan membentuk sel,
jaringan, dan organ hingga penampakan fisik
suatu individu
• Protein katalis membentuk enzim dan
hormon yang berpengaruh besar terhadap
proses metabolisme.
• Proses sintesis protein dapat dibedakan
menjadi dua tahap, yaitu pencetakan RNAd
oleh DNA yang berlangsung di dalam inti dan
translasi yaitu penerjemahan kode genetik.
Penyusun Kofaktor Enzim
• Penghilangan adenosin menyebabkan penurunan drastis aktivitas kofaktor.
• Bagian nukleotida pada koenzim A membantu substrat (asetoasetil KoA) tetap
terikat pada sisi aktifnya
Energi
• Adenosine 5-triphosphate, ATP, adalah
bentuk energi kimia yang paling banyak
digunakan.
• Hidrolisis tiga fosfat menyediakan energi
kimia untuk melakukan berbagai reaksi
selular.
• ATP disintesis dari ADP dan Pi (PO43-)
melalui proses fosforilasi oksidatif
(mitokondria) dan fotofosforilasi
oksidatif (kloroplas).
• Kemudian, ATP dihidrolisis untuk dapat
menghasilkan energi bagi reaksi selular.
Fungsi DNA secara umum
Mengontrol sintesis
protein

Pembawa informasi Mengontrol aktivitas

genetik sel

Penurunan sifat
Fungsi DNA berdasarkan sifat
• Untuk replikasi, menyimpan, dan mengekspresikan
DNA genetik informasi genetik.
• DNA mengontrol aktivitas pada sel itu sendiri dan mengatur
sintesis protein dan enzim.

• DNA-non genetik, atau junk DNA merupakan bagian-bagian

DNA non genetik dari DNA yang tidak memberikan kode untuk protein.
• DNA non-genetik memiliki fungsi dalam control ekspresi gen
dan struktur kromosom.
Fungsi DNA berdasarkan letak

• Dalam DNA inti, informasi genetik disimpan di dalam

DNA inti sel seperangkat informasi lengkap yang disebut genom.
• Genom inti ini diwariskan dari kedua orangtua dan
berisi 46 kromosom.

• Plasmid merupakan kromosom ekstra berbentuk

DNA plasmid DNA sirkuler.
• Entitas genetik stabil yang dapat mereplikasi dirinya
sendiri secara otonom, independen dari DNA
kromosom dari organisme inang.
Fungsi DNA berdasarkan letak

• Mitokondria memiliki materi genetik sendiri, mtDNA.

DNA mitokondria • mtDNA berpilin ganda, sirkular, dan tidak terlindungi
membran.
• Memberikan instruksi untuk pembuatan enzim yang
terlibat di fosforilasi oksidatif serta untuk pembuatan
tRNA dan rRNA yang membantu menyusun asam
amino menjadi protein.
• Seluruh genom kloroplas terdapat di dalam satu
DNA kloroplas molekul DNA kloroplas(ctDNA) yang sirkular.
• ctDNA mengkode lebih dari 150 protein, baik protein
strukturalmaupun enzim yang penting untuk
fotosintesis, sintesis karbohidrat, lipid dan protein.
Fungsi DNA berdasarkan struktur

• B-DNA adalah bentuk yang umumnya

B-DNA diamati pada kromosom.
• Digunakan dalam transkripsi dan
translasi dalam sintesis protein.
• Langkah pertama dalam replikasi DNA
dalam sel.

• A-DNA mirip dengan B-DNA dengan

A-DNA struktur yang lebih kompak.
• Biologis aktif dalam sel, dan
membentuk struktur mengkristal
dalam percobaan laboratorium.
Fungsi DNA berdasarkan struktur

• Z-DNA berperan dalam transkripsi RNA,

Z-DNA yang merupakan proses sintesis protein
untuk menciptakan mRNA dari untai
DNA.
Pembagian RNA berdasarkan jenisnya
Coding
Jenis molekul RNA yang diterjemahkan.

Non-coding
Jenis molekul RNA yang tidak diterjemahkan.

RNA genetik umumnya terdapat pada virus, dan

Genetik berfungsi layaknya DNA. RNA virus bertanggung
jawab dalam membawa unsur genetik virus

RNA yang tidak berfungsi sebagai membawa segala

Non-genetik materi genetis dan tidak berperan dalam pewarisan
sifat, karena pada umumnya RNA non-genetik
dimiliki oleh makhluk hidup yang memiliki DNA. RNA
ini biasanya berperan dalam sintesis protein.
Fungsi RNA secara umum
• Sebagai penyimpan informasi genetik
• Sebagai enzim (ribozim) yang dapat menkatalis formasi RNA-nya sendiri atau
molekul RNA lain
• Penyalur informasi genetik, misalnya pada proses translasi untuk sintesis protein
• sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik
• Katalis reaksi biokimia
• Molekul struktural dalam organel sel
• Pada virus, memiliki peranan penting dalam menyebabkan infeksi
 Fungsi RNA dalam sintesis protein
NO JENIS FUNGSI
1 m RNA • pembawa informasi genetik dari salinan kode
DNA
• pola cetakan pembentuk polipeptida
• membawa kode-kode genetik dari DNA di inti sel
menuju ke ribosom di sitoplasma
2 hn RNA • prekursor mRNA
• seutas RNA yang mengandung kodon dan
merupakan transkripsi dari DNA
3 t RNA • penerjemah kode genetik yang dibawa m-RNA
4 r RNA • katalis penyusunan dan pengikatan molekul
untuk sintesis protein
• mesin perakit dalam sintesis protein yang
bergerak ke satu arah sepanjang mRNA
• tempat menempelnya mRNA di ribosom
Fungsi RNA pada sisntesis protein
NO JENIS FUNGSI
5 mi RNA • mengatur reaksi kimia di dalam sel-sel kita terutama pada tahap
embrio
RNA interference

• menghambat proses translasi tertentu

• meregulasi ekspresi gen pada tingkat translasi dengan cara
mengadakan base pairing dengan mRNA sehingga memblok proses
translasinya oleh ribosom
6 si RNA • mengatur ekspresi gen berukuran kecil
• menginterferensi ekspresi gen dan melakukan sintesis gen yang
memiliki fungsi mendegradasi mRNA
• melindungi sel dari RNA berbahaya
7 sn RNA • terlibat dalam pematangan transkrip primer messenger RNA (mRNA)
• penyambungan RNA
• melakukan proses pre-mRNA atau hnRNA di dalam nukleus

8 sno RNA • modifikasi kimia pada RNA lainnya, terutama rRNA dan tRNA.
Fungsi RNA pada sisntesis protein
NO JENIS FUNGSI
9 RNA-P • mengtranskrip mRNA dari DNA
10 xist RNA • gen pada kromosom X yang berperan sebagai inaktivasi kromosom X
11 g RNA • memandu penyisipan atau penghapusan RNA (editing)
RNA switch • bagian pengatur mRNA yang mengikat molekul kecil untuk
meghasilkanproduk protein yang berbeda pada protein yang dikode
mRNA
• sensor RNA yang mendeteksi dan merespons terhadap lingkungan
atau metabolik
12 RNA katalitik • sebagai katalis sering disebut dengan ribozymes
• replikasi, pemrosessan mRNA, dan splicing
13 scaRNA • pemandu dalam modifikasi snRNA yang disalin oleh RNA polimerase
II
• mengarahkan modifikasi rRNA dalam nucleolus
BIOSINTESIS ASAM NUKLEAT
Sintesis Purin & Pirimidin
 1. Reaksi pembentukan molekul PRPP (5-phospho ribosil pyro

Sintesis Purin phosphate) yang berasal dari ribosa-5P yang mengkaitkan

ATP dan ion Mg²+ sebagai aktivator.
2. Pembentukan senyawa 5-Phosphoribosilamin dari hasil
reaksi PRPP dengan glutamin. Reaksi ini menghasilkan pula
asam amino glutamat + Ppi.
3. Pembentukan senyawa GAR (glycin amid ribosil-5P) dari
hasil reaksi ribosilamin-5P dengan glisin yang mengaktifkan
ATP dan Mg²+ sebagai aktivator dan dikatalisis oleh enzim
GAR syn-thetase.
4. GAR melakukan reaksi formilasi yang dikatalisis oleh
enzim transformilase dengan koenzim FH4 (tetrahidrofolat)
dan senyawa donor gugus formil, membentuk senyawa
formil glisin amid ribosil-5P nya. Atom karbon gugus formil
tersebut menempati posisi atom C-8 inti purin.
Sintesis Purin 5. Senyawa formil glisin amid ribosil 5P melakukan reaksi
aminasi (pada atom karbon ke-4 nya) dengan senyawa donor
amino (berupa glutamin) dan terbentuknya senyawa formil-
glisinamidin- ribosil-5P.atom N gugus amino yang baru
menempati posisi N-3 inti purin.

6. Reaksi penutupan rantai dan terbentuknya senyawa amino-

imidazole- ribosil-5P, selanjutnya senyawa-senyawa amino-
imidazole- ribosil-5P melakukan fiksasi CO2 dengan biotin
sebagai koenzim dan atom karbon yang difiksasi tersebut
menempati atom C (6) inti purin. Dilanjutkan reaksinya
dengan aspartat membentuk senyawa 5-amino- 4-
imidazole- N- suksinil karboksamid ribosil-5P.
Sintesis Purin
7. Senyawa 5-amino- 4- amidazole- karboksamid- ribosil- 5P,
melakukan reaksi formilasi yang dikatalisis oleh enzim
transformilase dengan koenzim FH4 (tetrahidrofolat) dan
senyawa donor gugus formil, maka terbentukny senyawa 5-
formamido- 4- imidazole karboksamide- ribosil-5P.

8. Terjadi reaksi penutupan cincin yang ke-2 kalinya

terbentuklah derivat purin yang pertama berupa IMP (inosin
monophosphate= inosinic acid) yaitu derivat hiposantin atau
6- oksipurin. Sedangkan AMP dan GMP diturunkan dari
IMP.
 1. Reaksi pembentukan karbamoil-P yang dihasilkan dari
Sintesis Pirimidin reaksi antara glutamin, ATP dan CO2 yang dikatalisis oleh
enzim karbamoil-P sintetase yang berlangsung didalam
sitosol.

2. Berikutnya karbamoil-P berkondensasi dengan asam

aspartat menghasilkan senyawa karbamoil-asparta. Reaksi
ini dikatalisis oleh enzim aspartat transkarbamoilase.

3. Berikutnya terjadi reaksi penutupan rantai sambil

membebaskan H2O dari molekul karbamoil-aspartat
sehingga dihasilkan asam dehidro orotat (DHOA=
dihidroorotic acid). Reaksi tersebut dikatalisis oleh enzim
dihidroorotase.
Sintesis Pirimidin 4. Berikutnya melalui reaksi yang dikatalisis oleh enzim
DHOA dehidrogenase dengan koenzim NAD+, DHOA
menghasilkan asam arotat (OA=orotic acid).

5. Selanjutnya terjadi reaksi penambahan gugus ribosa-P pada

asam orotat. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim orotat
fosforibosil transferase dan dihasilkan orotidilat OMP
(orotidin mono posphate).

6. Akhirnya enzim orotidilat dikarboksilase mengkatalisis

reaksi dikarboksilasi orotidilat dan menghasilkan uridilat
(uridin mono phosphate)yaitu produk nukleotida pertama
pada biosintesis pirimidin.
Replikasi DNA
Metode Replikasi DNA
Metode Semikonservatif

• Dalam metode ini dua untai DNA parental terpisah

dan masing-masing helai kemudian berfungsi
sebagai template untuk sintesis untai DNA baru.
Hasilnya adalah dua heliks ganda DNA, yang terdiri
dari satu parental dan satu untai baru.
 Metode replikasi DNA
Metode Konservatif

• Dalam metode ini dua untai DNA parental kembali

seperti semula setelah replikasi berlangsung. Artinya,
salah satu material DNA mengandung kedua untai
DNA parental, dan material DNA lainnya mengandung
untai DNA yang baru saja disintesis.
Metode Replikasi DNA
Metode Dispersif

• Dalam metode ini DNA heliks ganda parental

terbuka menjadi segmen – segmen DNA
beruntai ganda seperti pada model
konservatif, segmen – segmen tadi berfungsi
sebagai template untuk sintesis untai DNA
baru. Segmen – segmen DNA parental
diselingi DNA keturunan berkumpul dan
menyatu membentuk DNA heliks ganda.
 Proses Replikasi DNA
1. Inisiasi
• Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal
replikasi, yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh
protein yang disebut inisiator DnaA. DnaA mengikat molekul
DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk perakitan
protein lain dan enzim penting pada replikasi DNA.
• Enzim helikase berfungsi untuk unwinding (proses
penguraian/seperti membuka resleting) heliks dalam alur
tunggal.
• Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu
replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur
yang terbentuk ketika DNA bereplikasi).
• Setelah heliks yang terbuka, protein yang disebut untai tunggal
mengikat protein (SSB) mengikat daerah terbuka dan mencegah
mereka untuk menempel kembali.
Proses Replikasi DNA
2. Sintesis Primer
• Untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA
polimerase.
• DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara langsung
dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan
nukleotida komplementer.
• Enzim yang disebut DNA primase yang merupakan jenis DNA
dependent-RNA polymerase dan berfungsi untuk mensintesis
bentangan pendek RNA ke untai DNA yang ada (primer).
• Setelah primer terbentuk pada kedua untai, DNA polimerase dapat
memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
 Proses Replikasi DNA
3. Sintesis Leading Strand
• DNA polimerase dapat menambahkan
nukleotida baru pada ujung 3′ dari untai yang
ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA
dalam arah 5′ → 3′ saja.
• DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3′ OH
ujung RNA primer, dan menambahkan
nukleotida komplementer baru. Saat garpu
replikasi berlangsung, nukleotida baru
ditambahkan secara terus menerus, sehingga
menghasilkan untai baru.
 Proses Replikasi DNA
4. Sintesis Lagging Strand
• Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus
dengan menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari
DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3’. Fragmen ini disebut
fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung
membentuk sebuah rantai terus menerus nukleotida.
Untai ini dikenal sebagai lagging Strand.

• Primase menambahkan primer di beberapa tempat

sepanjang untai terbuka. DNA pol III memperpanjang
primer dengan menambahkan nukleotida baru, dan
jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk
sebelumnya.
Proses Replikasi DNA
5. Penghapusan Primer
• Meskipun untai DNA baru telah disintesis, primer RNA pada untai baru
yang terbentuk harus digantikan oleh DNA. Hal ini dilakukan oleh enzim
DNA polimerase I (DNA pol I). DNA Pol I berfungsi untuk menghilangkan
primer RNA melalui ‘5→ 3’ aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan
mereka dengan deoksiribonukleotida baru dengan 5 ‘→ 3’ aktivitas
polimerase DNA.
Proses Replikasi DNA
6. Ligasi
• Setelah penghapusan primer selesai, lagging strand masih mengandung celah
antara fragmen Okazaki berdekatan.
• Enzim ligase mengidentifikasi dan menyumbat celah tersebut dengan
menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3’ gugus hidroksil
fragmen yang berdekatan.
Proses Replikasi DNA
7. Terminasi
• Replikasi akan terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan
nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus disebut tus
yang mengikat ke lokasi tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur
helikase.
Transkripsi
Transkripsi
• Transkripsi merupakan proses biosintesis RNA menggunakan salah
satu untai molekul DNA sebagai cetakannya (template). Proses
transkripsi ini memiliki banyak kesamaan dengan replikasi DNA dan
juga mengikuti prinsip pemasangan basa pada replikasi DNA.
 Proses Transkripsi
1. Inisiasi
• Pemisahan kedua untaian DNA pertama kali terjadi di
suatu tempat di dalam molekul DNA yang disebut
dengan promoter. Promoter ini nantinya merupakan
tempat melekatnya RNA polimerase untuk memulai
transkripsi.

• RNA polimerase melekat atau berikatan dengan

promoter dibantu oleh adanya kofaktor. Kumpulan
antara promoter, RNA polimerase, dan kofaktor-kofaktor
ini disebut kompleks inisiasi transkripsi. Selanjutnya,
RNA polimerase membuka rantai ganda DNA. Dengan
adanya kompleks terner ini RNA polimerase dapat
berjalan di sepanjang molekul DNA
Proses Transkripsi
2. Elongasi
• RNA mengalami pertumbuhan memanjang seiring dengan pembentukan
pasangan basa nitrogen DNA pada ujung 3’ nya. Sehingga, proses elongasi RNA
berlangsung dari arah 5’ ke 3’, sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak
dari arah 3’ ke 5’ di sepanjang untai DNA template.
• Pada RNA tidak terdapat basa pirimidin timin(T), melainkan urasil(U). Oleh karena
itu, RNA akan membentuk pasangan basa Adenin dengan urasil dan guanin
dengan sitosin.
 Proses Transkripsi
3. Terminasi
• Berakhirnya proses elongasi RNA ditandai oleh terlepasnya enzim RNA polimerase beserta
kofaktor-kofaktornya dari untai DNA template. Begitu pula halnya dengan molekul RNA
hasil sintesis. Terlepasnya RNA polymerase dan kofaktor-kofaktor tersebut dikarenakan
telah dicapainya suatu urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator.
• Inisiasi transkripsi berikutnya tidak harus menunggu selesainya tahapan transkripsi
sebelumnya. Hal ini dikarenakan, ketikaRNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50
hingga 60 nukleotida, promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain.
Fase Pasca Transkripsi

• Karena adanya intron pada eukariot, mRNA yang dihasilkan dari

proses transkripsi tidak bias langsung dikeluarkan atau ditranslasi
langsung ke sitosol, melainkan harus diolah terlebih dahulu.
Fase Pasca Transkripsi
1. Trimming
• Proses ini menyebabkan residu nukelotida dihilangkan dari 3’ dan 5’ akhir dari
transkrip primer. Enzim yang berperan dalam proses ini adalah nuklease yang
mengkatalisasi hidrolisis dari ikatan fosfodiester dalam asam nukleat.
Nuklease yang mengkatalisasi hidrolisis RNA adalah RNase, sedangkan
substrat yang mengandung DNA disebut DNase.
Fase Pasca Transkripsi
2. Capping
• Capping adalah penambahan tudung dari mRNA berupa molekul7-
metilguanosin. Fungsi dari capping untukmelindungi mRNA dari degradasi,
meningkatkan efisiensi translasi mRNA, meningkatkan pengangkutan mRNA
dari nucleus ke sitoplasma dan meningkatkan efisiensi splicing
Fase Pasca Transkripsi
3. Poliadenilasi
• Poliadenilasi merupakan proses
penambahan poliA (rantai AMP) pada
ujung 3′ nukleotida mRNA. Fungsinya
adalah untuk meningkatkan stabilitas
mRNA dan meningkatkan efisiensi
translasinya.
Fase Pasca Transkripsi
4. Splicing
• Splicing merupakan proses pembuangan intron dan penyambungan ekson.
RNA precursor atau pre-RNA adalah RNA hasil dari transkripsi yang masih
mengandung intron yang tidak mengkodekan asam amino, sehingga perlu
dibuang. Pada proses ini, intron akan dipotong oleh spliceosome dan
penyambungan ekson dilakukan oleh enzim ligase
Perbedaan Transkripsi Eukariot dan Prokariot
EUKARIOTIK
• Transkripsi selesai
sempurna, kemudian baru
terjadi translasi dan
terdapat fase pasca
transkripsi
• Proses transkripsi terjadi di
dalam inti sel, sedangkan
translasi di sitoplasma,
karena adanya membran
yang membatasi keduanya
PROKARIOTIK
• Transkripsi belum selesai
secara sempurna,
namun proses translasi
sudah dimulai
(terlaksana hampir
serempak)
• Proses transkripsi dan
translasi terjadi di
sitoplasma karena tidak
ada membran inti
Perbedaan Transkripsi Eukariot dan Prokariot
EUKARIOTIK PROKARIOTIK
• Tidak ada sistem operon • Gen prokariot
diorganisiasikan dalam
dan bersifat spesifik suatu sistem operon (1
promoter untuk
• Sifat ekspresi gen mRNA mengendalikan seluruh
yaitu Monosistronik : 1 gen struktural)
transkrip yang dihasilkan • Sifat ekspresi gen mRNA
hanya mengkode macam yaitu Polisistronik : dalam
produk ekspresi gen. 1 satu transkrip terkandung
mRNA membawa 1 macam >1 rangkaian kodon
(sistron) polipeptida yang
rangkaian kodok untuk 1 berbeda.
macam polipeptida.
Perbedaan Transkripsi Eukariot dan Prokariot
EUKARIOTIK
• Terjadi splicing karena dalam
satu strand mRNA hasil
transkripsi yang akan
diterjemahkan, terdapat
intron dan ekson yang
berselang selling
• Karena transkripsi terjadi di
nukleus, maka perlu adanya
penambahan gugus, Methyl
pada ujung 5’ (Capping) dan
gugus Poly-A Tail pada ujung
3’ (Poliadenilasi), sebelm
berlanjut pada proses
translasi di sitoplasma.
PROKARIOTIK
• Tidak terjadi splicing
karena tidak terdapat
intron dalam satu strand
mRNA hasil transkripsi
(kecuali pada beberapa
Archaea tertentu)
• Tidak terjadi proses
Capping dan Poliadenilasi.
Hasil sintesis dari RNA
polimerase dapat langsung
melanjutkan proses
transkripsi.
Transkripsi Balik dan Retrovirus
• Reverse transcription adalah proses yang mentranskripsikan untai
tunggal RNA menjadi DNA komplemennya (cDNA) dengan katalisator
enzim reverse transcriptase, primer dNTPs dan enzim RNAase
Inhibitor.

• Proses transkripsi balik dimulai ketika RNA dari retrovirus memasuki

sel inang, RNA genomic dari retrovirus tersebut akan ditranskripsikan
menjadi DNA rantai ganda dan nantinya akan diinfeksikan ke DNA
inang.
Proses Transkripsi Balik
1. tRNA dari sebuah retrovirus akan
berhibridisasi dengan sebuah area
komplementer yang disebut dengan primer
binding site (PBS).
2. Sebuah segmen DNA diperpanjang dari
tRNA berdasarkan pada sekuens dari RNA
genomic retrovirus.
3. Sekuens R danU5 dari RNA virus akan
dihapuskan oleh Rnase H.
4. Lompatan pertama: DNA berhibridisasi
dengan sekuens R yang tersisa dari RNA
virus di ujung 3’
5. Sebuah rantai DNA diperpanjang dari
ujung3’.
 Proses Transkripsi Balik
6. Hampir seluruh RNA virus dihapus oleh
RNaseH.
7. Rantai kedua dari DNA diperpanjang dari
RNA virus
8. tRNA dan sisa dari RNA virus dihapuskan
oleh RNaseH.
9. Lompatan kedua: area PBS dari rantai kedua
berhibridisasi dengan area PBS dari rantai
pertama
10. Perpanjangan pada kedua rantai. LTR
merupakan "long terminal repeat".
ANALISIS ASAM NUKLEAT
Staining
• Staining adalah proses identifikasi adanya DNA atau RNA dengan
memperikan pewarna (dye) kedalam sampel dan menganalisa warna
untuk mengidentifikasi adanya DNA maupun RNA
 EtBr ( Ethidium Bromide )
• Ethidum bromide memiliki absorbansi sinar UV antara 300 -360 nm dan dapat
menyerap energi dari nukleotida degan absorbansi 260 nm.
• EtBr memandarkan warna kuning/ oranye dengan panjang gelombang 590 nm
• EtBr berikatan diantara basa hidrofobik pada nukleotida DNA dan merentangkan
fragment DNA sehingga meningkatkan daya pendar
 Acridine Orange (DNA)
• Pada DNA, acridine orange dapat bereksitasi pada 502 nm dengan
emisi 565 nm dan memancarkan warna hijau
• DNA berinterkalasi dengan AO dan menghasilkan warna hijau.
• AO berikatan dengan asam nukleat pada pH 3,5
 Acridine Orange (RNA)
• Analisa RNA menggunakan Acridin Orange
• AO akan bereksitasi pada 460 nm dan memancarkan emisi 650 nm
(merah)
DNA Staining
• Pengamatan sel staining berguna untuk :
1. Mengetahui letak nukleus dimana dapat didentifikasi dari warna pendar
2. Mengetahui siklus sel dengan menganalisa letak DNA
3. Untuk mengetahui sel tersebut termasuk sel hidup dengan menganalisa
adanya DNA
RNA Staining
• RNA staining berfungsi untuk mengetahui siklus sel dari sel yang
dianalisis, adanya RNA menunjukkan bahwa suatu sel hidup sedang
dalam proses sintesis protein
Molecular Probe / Hybridization
• Proses penghubungan DNA probe dengan DNA sampel untuk
mendeteksi kandungan basa nitrogen yang terdpat pada sampel
PROBE
• Probe adalah sekuens asam nukleat yang telah diberi label atau
penanda yang digunakan untuk mendeteksi basa nitrogen dalam
sekuens sampel DNA ataupun RNA
• Probe memiliki urutan basa nitrogen yang komplementer terhadap
urutan BASA nitrogen DNA dan RNA sampel
• Probe biasanya berupa mRNA atau single strained DNA (ssDNA)
• Probe biasanya terdiri dari 20-30 untaian basa dan diberi penanda
radioaktif atau penanda pendar
• Radioaktif isotop fosfor atau fosofdiester yang berikatan pada DNA
Proses Hibridisasi

1. Proses Denaturasi:
Proses ini dimana DNA sampel dipisahkan sehingga menjadi rantai tunggal.
DNA biasanya dipanaskan atau dengan enzim restriksi
2. Proses Renaturasi
Proses ini dimana Probe dipasangkan dengan DNA sampel dan kemudian dia
analisis
Elektroforesis Gel
• elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul
bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah
medan listrik. Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik
tergantung pada muatan, bentuk dan ukuran.
• Sebelum dilakukan
electroforesis, DNA terlebih
dahulu dipotong-potong
dengan enzim restriksi sesuai
dengan recognition site yang
diinginkan
• Sampel kemudian diletakkan
dalam media agar. Media agar
yang digunakan adalah media
agarose dan poliakrilamid
• Sampel diletakkan pada
kutub negatif sumbu-sumbu
agar
• Sebelum dimasukkan sampel diberi
pemberat berupa larutan buffer
seperti polietilenglikol atau gliserin,
bromofenol biru dan aquades agar
dapat masuk ke gel dengan baik
• Gel kemudian dialiri listrik, sampel
dna akan bergerak menuju kutub
positif
• Semakin panjang rantai DNA maka
semakin banyak pula waktu yang
dibutuhkan untuk menuju kutub
positif
• Kemudian sampel diberi warna
(staining) agar dapat terlihat jelas
Gel-transfer hybridization RFLP DNA & RNA
Sequencing

Gel-transfer hybridization
DNA : Southern blotting
RNA : Northern blotting
Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)

• Perbedaan urutan DNA pada

kromosom homolog menghasilkan
pola fragmen restriksi yang berbeda
• RFLP dapat ditekesi dengan Southern
Blotting
• RFLP diwariskan dengan pola
Mendelian, dapat digunakan untuk
analisis genetika.
DNA Sequencing – Metode Sanger Dideoxy Chain
Termination Method

1. DNA yang akan di-sequencing diinkubasi dalam tabung bersama

dengan bahan lain yang dibutuhkan untuk sintesis DNA.
DNA Sequencing – Metode Sanger Dideoxy Chain
Termination Method

2. Sintesis DNA akan berlangsung dan berhenti jika dideoksiribonukleotida

digunakan. Proses ini menghasilkan DNA dengan panjang yang
bervariasi sesuai urutan nukleotida.
DNA Sequencing – Metode Sanger Dideoxy Chain
Termination Method

3. Campuran kemudian dielektroforesis dengan gel polyacrilamide.

Fluoresensi dari dideoksiribonukleotida yang digunakan dideteksi oleh
detector.
DNA Sequencing – Metode Sanger Dideoxy Chain
Termination Method
• RNA bersifat relatif kurang stabil dibanding DNA
• Agar dapat di-sequencing dengan metode sanger, RNA perlu diubah menjadi cDNA
ANALISIA KUANTITATIF DNA DAN RNA
 Analisis Kuantitatif
Re a l - T i m e P C R

D N A M i c ro a r ray

S p e k t ro fo to m et r i

SAG E
Real-Time PCR (Quantitative PCR)
Teknik PCR untuk mengamplifikasi (memperbanyak) sekaligus menghitung
(kuantifikasi) jumlah target molekul DNA hasil amplifikasi.

Dua cara Q-PCR:

• Zat pewarna fluoresensi yang akan terinterkalasi dengan DNA rantai
ganda (dsDNA) misalnya SYBR Green
• Probe akan berpendar setiap terhibridisasi dengan DNA komplemen.
Real-Time PCR (Quantitative PCR)
Prinsip Kerja:
DNA yang telah diperbanyak dihitung setelah diakumulasikan dalam reaksi
secara real-time setiap siklus amplifikasi selesai.
Real-Time PCR
Siklus 1 = 2 potongan DNA panjang
Siklus 2 = 4 potongan DNA panjang
Siklus 3 = 6 potongan DNA panjang,
2 potongan DNA pendek

Nn = N0 x (1+E)n

± 5 menit tiap siklus selama 3 jam

Amplifikasi Potongan DNA

DNA Microarray
Microarray merupakan chip kecil dari lempengan kaca yang berisi ribuan /
puluhan ribu macam gen dalam bentuk fragmen DNA yang berasal dari
penggandaan cDNA.
DNA Microarray
Prinsip Kerja:
Mengukur jumlah hibridisasi mRNA pada
cDNA dalam chip tersebut.
DNA Microarray
Prinsip Kerja:
1. Produksi microarray
2. Persiapan target
3. Hibridisasi
4. Scanning dengan laser
5. Analisis Data
 DNA Microarray

Gen yang diekspresi Gen yang diekspresi Gen yang diekspresi

di sel normal di sel kanker di kedua sel
Spektrofotometri
Metode analisis pengukur konsentrasi senyawa berdasarkan
kemampuannya mengabsorbsi berkas sinar atau cahaya.

Alat ini terdiri dari

• Spektrofotometer
• Fotometer
Spektrofotometri
Spektrofotometri UV-Vis
Pita ganda DNA menyerap cahaya UV pada λ = 260 nm
Kontaminan protein (phenol) menyerap cahaya UV pada λ = 280 nm

𝑎𝑏𝑠𝑜𝑟𝑏𝑎𝑛𝑠𝑖 260 𝑛𝑚
𝐾𝑒𝑚𝑢𝑟𝑛𝑖𝑎𝑛 𝐷𝑁𝐴 =
𝑎𝑏𝑠𝑜𝑟𝑏𝑎𝑛𝑠𝑖 280 𝑛𝑚

Kemurnian bernilai 1,8 – 2,0

Spektrofotometri
Spektrofotometri Visible
Sumber cahaya adalah cahaya tampak (λ = 380-750 nm)
Sumber cahaya umumnya Wolfram.

Sampel harus memiliki warna.

Serial Anaysis of Gene Expression (SAGE)
Teknik mengekspresikan kode genetik dari mRNA secara digital.

Mengamati bagaimana gen sel atau jaringan diekspresikan dalam bentuk

kode-kode genetik.
Kode-kode genetik kemudian disimpan dalam database secara digital untuk
dapat dianalisis.
Serial Anaysis of Gene Expression (SAGE)
Langkah kerja:
1. Ekstraksi mRNA dari sampel.
2. mRNA dipotong kecil
3. Potongan pendek dirangkai menjadi
satu rantai panjang
4. Komputer mengurutkan rantai
panjang.
Aplikasi Asam Nukleat
Terapi Gen
Pengertian
• Terapi gen adalah suatu teknik terapi yang digunakan untuk
memperbaiki gen-gen mutan (abnormal/cacat) yang bertanggung
jawab terhadap terjadinya suatu penyakit.
• Secara umum teknik pelakasaan terapi gen dapat dilakukan dengan
dua cara berikut :
• Memasukkan gen normal ke dalam sel mutan
• Melakukan rekombinasi homolog untuk melenyapkan gen abnormal dengan
gen normal
Metode Terapi Gen
• Metode Ex Vivo
Dilakukan dgn jalan operasi dengan
mengeluarkan sel dari jaringan yang terkena,
menyuntikkan atau menyisipkan DNA baru ke dalam
sel tersebut .

Metode In Vivo
DNA yang baru diinjeksikan kedalam sel dengan
menggunakan vektor
Vektor Pembawa Gen
• Dalam terapi gen ini kita memerlukan satu molekul yang berfungsi
sebagai karier disebut sebagai vector.
• Vektor yang sering digunakan adalah bakteri (E. Coly) dan Virus
(Adenovirus)
• Kedua vector diubah materi genetiknya sesuai dengan yang di
inginkan.
Pengobatan dengan Terapi Gen
• Imunoterapi
Menggunakan sel yang telah dimodifikasi secara genetik dari partikel virus untuk
menstimulir sistem imun tubuh sehingga mampu mengalahkan keganasan sel
kanker.

• Viro onkolitik
Menggunakan partikel sel virus yang bereplikasi didalam sel kanker dan
menyebabkan sel kanker mati.

• Transfer gen
Teknik ini relatif baru, dengan cara memperkenalkan gen 2 baru yang dimasukan
kedalam sel kanker atau mengelilingi jaringan kanker sehingga dapat
menghentikan pertumbuhan dan menghancurkan sel kanker.
Target Terapi Gen
• Terapi gen sel somatik (somatic-cell gene therapy) atau gene therapy
non hereditable.
• Pada terapi gen sel somatik, gen yang normal atau telah dimodifikasi
ditransfer ke dalam sel-sel somatik pasien. Terapi gen ini hanya dapat
mengatasi penyakit atau kelainan pada pasien yang bersangkutan.
• Terdapat tiga jenis sumber sel somatic:
• Stem sel embryo (Embryonic Stem Cells/ES)
• Adult stem cell (stem sel dari orang dewasa)
• Stem sel umbilikus (umbilical cord stem cells)
Proses Pembuatan Insulin
Skema Pembuatan Insulin