Berbagai macam bahan organik mudah terdegradasi dalam kondisi aerobik. Dalam
metabolisme aerobik, O2 adalah terminal akseptor elektron. Ketika biodegradasi berikut pola
ini, populasi mikroba cepat beradaptasi dan mencapai kepadatan tinggi. Akibatnya, laju
biodegradasi cepat menjadi terbatas oleh laju pasokan oksigen atau beberapa gizi, bukan
kapasitas mikroba yang melekat untuk menurunkan polimer atau kontaminan lainnya.
Beberapa senyawa organik juga bisa diturunkan dalam kondisi anaerobik. Ketika oksigen
tidak ada, nitrat (NO3), sulfat (SO4), ferric besi (Fe3+), mangan (Mn3+, Mn4+), dan bikarbonat
(HCO3-) dapat berfungsi sebagai akseptor elektron terminal, jika mikroba memiliki sistem
enzim yang sesuai
Mayoritas komponen seluler adalah karbon, oksigen, hidrogen, nitrogen, dan fosfor
dan elemen ini merupakan penyusun utama membran, protein, asam nukleat dan struktur
seluler lainnya. Elemen ini diperlukan paling banyak oleh mikroba untuk menyusun
komponen selulernya. Oleh karena itu disebut makronutrien. Makronutrien: merupakan
komponen utama sel meliputi karbon, oksigen, nitrogen, fosfor, sulfur, kalium, kalsium,
magnesium, dan besi • C, H, O, N, S dan P ada dalam bentuk karbohidrat, protein, lipid dan
asam nukleat • K dibutuhkan untuk aktivitas enzim, sintesis protein • Ca berfungsi dalam
resistensi endospora bakteri thd panas • Mg kofaktor pada banyak enzim, kompleks dg ATP,
stabilitas ribosom danmembran sel • Fe bagian dari sitokrom dan kofaktor untuk enzim.
Elemen lainnya yang sedikit diperlukan oleh mikroba untuk menyusun komponen
selulernya disebut mikronutrien. Elemen lainnya yang sangat sedikit (bahkan tidak terukur)
diperlukan sel untuk menyusun komponen seluler, tetapi harus hadir dalam nutrisinya disebut
trace elemen
Elemen Makro- dan makro-nutrien yang diperlukan oleh mikroba