Pemeriksaan yang paling ideal untuk deteksi adanya ISK adalah kultur urin.

Untuk menegakkan
diagnosis ISK bergejala (sistitis akut dan pielonefritis), nilai ambang batas yang digunakan
adalah 103 colony forming units/ml (cfu/mL). Untuk ISK tak bergejala (bakteriuria asimtomatik),
nilai ambang batas yang digunakan adalah 105 cfu/mL. Dalam diagnosis bakteriuria asimtomatik
pada perempuan, termasuk ibu hamil, harus digunakan sampel yang berasal dari urin pancar
tengah yang diambil secara bersih (midstream, clean-catch urine sample).