PENDAHULUAN
BAB II
PEMBAHASAN
Zaman rekayasa genetika dimulai ketika Dr. Paul Berg dari Stranford University di California
USA dan usaha sekelompok peneliti lainnya, yaitu Dr Stanley Cohen dan Dr Annie Chang dari
Stranford University serta Dr Herbert Boyer dan Dr Robert Helling dari University of California
di San Fransisco menemukan bahwa bahan-bahan tertentu yang dinamakan enzim pembatas
mampu bertindak sebagai “gunting biologi”, yaitu dapat mengenal dan kemudian secara kimia
memotong tempat-tempat khusus sepanjang molekul DNA. Enzim-enzim yang mampu
menggunting suatu gen dari DNA suatu makhluk tersebut ternyata dapat pula memotong tempat-
tempat serupa dalam molekul DNA dari mahkluk berkaitan.
Sebuah penemuan penting lainnya ialah suatu enzim disebut ligase, membiarkan suatu gen yang
digunting dari suatu molekul DNA ditempelkan pada tempat serupa dalam DNA mahkluk tak
berkaitan. Hibrid yang terbentuk dari cara ini disebut DNA rekombinan. Selama ini lebih dari
200 enzim pembatas telah ditemukan, dan dengan demikian tersedialah beraneka ragam gunting
biologi untuk memotong gen-gen yang diinginkan dan mencangkokkannya ke rumah-rumah
baru. Para ahli genetika kini dimungkinkan untuk membongkar sel-sel bakteri, virus, hewan, dan
tumbuhan untuk diambil DNA-nya dengan menggunakan enzim-enzim pembatas. Akan tetapi
mengambil DNA dari suatu mahkluk dan memasukkannya ke dalam makhluk lain bukanlah
sekedar pekerjaan memotong dan menempel. Suatu gen harus diikutsertakan untuk dipindahkan
ke suatu pengangkut khusus, yaitu vektor. Sekelompok vektor yang bermanfaat adalah plasmid-
plasmid, yaitu ikalan-ikalan DNA kecil yang terdapat dalam sel bakteri diluar kromosomnya.
Sebuah plasmid dapat diambil dari bakteri, ikalan dibuka dengan enzim pemotong, fragmen
DNA baru dapat dimasukkan dan plasmid itu dikembalikan ke bakteri. Selanjutnya setiap kali
bakteri itu membelah diri menjadi dua, dan plastid rekombinan juga membelah diri. Dengan
demikian DNA rekombinan itu terus membuat klon-klon DNA dari dirinya.
Secara singkat prinsip rekayasa genetika dapat dijelaskan sebagai suatu proses penyematan
segmen DNA dari organisme apapun ke dalam genom plasmid atau replikon virus untuk
membentuk rekombinan DNA baru. Sebagai sel inang molekul baru ini dapat berupa “sel
prokariotik” atau sel eukariotik tergantung dari titik awal replikasi yang ada pada vektor. Enzim
endonuklease restriksi memungkinkan pemotongan rantai DNA, yang menghasilkan ujung-ujung
bersifat lekat atau kohesif dan dapat digabungkan lagi dengan perantaraan enzim ligase DNA.
2.3 DNA polimerase adalah enzim penting dalam replikasi DNA maupun dalam reparasi DNA.
[1]
DNA polimerase merupakan sebuah enzim yang mengkatalisasi reaksi polimerisasi
deoksiribonukleotida menjadi rantai DNA, dengan kata lain enzim ini mengkatalisasi reaksi
[2]
pembentukan DNA. DNA polimerase pertama kali ditemukan pada tahun 1957 oleh Arthur
Kornberg.[3] DNA polimerase membaca rantai DNA utuh sebagai cetakan (templat) dan
menggunakannya untuk membentuk rantai baru. Molekul polimer yang baru terbentuk
merupakan komplemen atau pasangan dari rantai yang digunakan sebagai cetakan, dan identik
dengan pasangan dari rantai cetakan sebelum terjadi reaksi.
Peran
Mekanisme kerja
DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida-nukleotida bebas hanya pada ujung 3' dari
rantai yang baru terbentuk. Hal ini menyebabkan terjadinya elongasi atau pemanjangan pada
rantai baru dengan arah dari ujung 5' ke ujung 3'. DNA polimerase tidak bisa memulai rantai
baru. DNA polimerase hanya bisa menambahkan nukleotida ke ujung 3' yang sudah ada, oleh
karena itu membutuhkan primer sehingga nukleotida dapat ditambahkan. Nukleotida yang
ditambahkan yaitu salah satu dari empat deoksiribonukleosidatrifosfat (dNTP) yang terdiri atas
deoksiadenintrifosfat(dATP), deoksisitosintrifosfat (dCTP), deoksiguanintrifosfat (dGTP), dan
deoksitimidintrifosfat (dTTP), yang kemudian setelah reaksi pembentukan DNA oleh DNA
polimerase, berubah menjadi nukleotida monofosfat.[7]
DNA polimerase menggunakan satu situs aktif tunggal dalam reaksi katalisasi penambahan satu
dari empat deoksiribonukleosidatrifosfat (dNTP) pada rantai tunggal DNA yang digunakan
sebagai cetakan untuk membentuk DNA utuh, dalam hal ini menjadi DNA rantai ganda. DNA
polimerase mengenali kemampuan nukleotida yang datang untuk membentuk pasangan basa A
dan T atau G dan C dengan DNA rantai tunggal yang menjadi cetakannya, kemudian jika
nukleotida tersebut merupakan pasangan basa yang sesuai maka terjadilah reaksi katalisasi
pembentukan DNA baru.
Struktur
Struktur DNA Polimerase diketahui melalui kristalografi menyerupai tangan kanan. DNA
polimerase dianalogikan terbagi atas tiga bagian yaitu ibu jari, jari-jari tangan lainnya, serta
telapak tangan.[8][9]
1. Daerah telapak tangan dari DNA polimerase tersusun atas helai beta serta situs katalis
utama pada DNA polimerase. Daerah ini mengikat dua ion logam secara terpisah dari
bagian enzim lainnya, biasanya ion logam yang diikat adalah ion Magnesium atau Seng.
[10]
Daerah ini berperan dalam katalisis reaksi transfer gugus fosfor. [8]
2. Daerah jari-jari tangan lainnya dari DNA polimerase berperan penting saat suatu
pasangan basa yang sesuai terbentuk antara nukleotida dengan cetakannya. Daerah ini
bergerak mengurung nukleotida tersebut, kemudian memicu terjadinya reaksi katalisis
dengan mendekatkan nukleotida tersebut dengan ion-ion logam katalis yang ada di
daerah telapak tangan.[11]
3. Daerah ibu jari dari DNA polimerase tidak secara langsung terlibat dalam dalam reaksi
katalisis, melainkan hanya berinteraksi dengan DNA yang baru saja terbentuk. Hal ini
berfungsi untuk mempertahankan posisi primer dengan situs aktif dari enzim DNA
polimerase ini tetap dekat serta membantu DNA polimerase tetap bergabung dengan
substratnya.[12] Daerah ini juga berperan dalam prosesivitas DNA polimerase.[8]
Teknologi rekombinasi DNA menjadi alat penelitian yang essensial pada genetika molekul
modern. Mutasi dihasilkan dalam klon gen dan memungkinkan mengisolasi suatu gen dan
memasukkan kembali dalam sel hidup atau bahkan dalam sel germinal. Disamping menghemat
waktu dan tenaga, mutasi genetik mampu mengkonstruksi mutan yang secara praktis tidak dapat
dibuat dengan berbagai cara.
Perkembangan teknik gene cloning pada tahun 1970-an memberikan motivasi kuat bagi dunia
riset untuk mempelajari gen dan aktivitasnya dengan teknik atau prosedur kedua terjadi pada
akhir tahun 1980-an dengan ditemukannya teknologi PCR (Polymerase Chain Reaction. Dengan
teknik ini kita dapat memperbanyak DNA dalam tabung reaksi sehinga memberikan kemudahan
aplikasi di berbagai bidang, mialnya mengamplifikasi gen tertentu untuk sequencing, cloning,
fingerprinting dan mendeteksi pathogen. Ditemukannya enzim Taq polymerase pada bakteri
termofilik (Thermus aquaticus) yang dapat bekerja pada suhu tinggi (96 0C) merupakan dasar
teknik PCR karena enzim ini dapat mensintesis molekul DNA dalam tabung reaksi dengan cara
mengatur temperature dari alat yang disebut thermocycler.
Salah satu aplikasi PCR yang mencengangkan adalah dalam bidang kedokteran forensik. Teknik
PCR dapat digunakan untuk mengamplifikais DNA dari suatu sampel yang jumlahnya sangat
sedikit, misalnya sehelai rambut, cairan tubuh seperti sperma atau darah bahkan dari tulang
manusia yang sudah berumur ratusan tahun. Hasil amplifikasi tersebut selanjutnya dapat
dianalisis dengan DNA fingerprinting (sidik jari DNA) sehingga dapat dijadikan sebagai bukti
dalam menentukan pelaku kejahatan, misalnya perkosaan.
Teknik PCR juga dapat digunakan untuk mengungkap keanekaragaman genetik mikrobia tanpa
harus melakukan kultivasi terlebih dahulu. Hal ini membawa konsekuensi yang penting dalam
ekologi mikrobia karena aktivitas populasi mikrobia dalam suatu habitat dapat dipantau melalui
DNA fingerprinting dan sequencing terhadap DNA amplikon yang diperoleh dari sample tanah
atau air.
1. Mempercepat Produksi Zat anti Kanker. Teknik kultivasi bioreaktor ini juga telah
berhasil dilakukan untuk memproduksi zat anti kanker dari beberapa spesies tanaman
Taxus.
2. Menghasilkan Anti Bodi. Prinsip rekayasa genetika merupakan terobosan penting di
dalam pembuatan serangan virus, bakteri dan bahan-bahan protein lainnya. Anti-bodi
pada umumnya diperoleh dari darah binatang, tetapi sekarang dapat dibuat melalui cara
melebur sel-sel tumor yang potensial menghasilkan antibodi dengan sel-sel yang benar-
benar bisa membuat sebuah antibodi yang penting. Sel hibrida kemudian melanjutkan
pembelahan dan membentuk sebuah klona sel-sel yang berkembang cepat (seperti
layaknya sel-sel tumor) menghasilkan antibodi yang dibutuhkan. Teknik hibrida ini
menghasilkan antibodi monoklonal. Antibodi monoklonal ini sangat berguna untuk
mengembangkan produk diagnostik, immunoterapetik dan uji kehamilan
3. Dalam bidang kesehatan, industri farmasi adalah yang pertama kali memperkenalkan
potensi bioteknologi termasuk rekayasa genetik, dan telah membuka pendekatan bans
dalam pengembangan obat. Rekayasa genetilk mempunyai dampak terhadap perbaikan
dan keamanan produk, dan memberikan pemecahan teknis dalam penyebarluasan
pemakaian obat dengan bahan baku yang terbatas. Misalnya, sejak tahun 1982 telah
dipasarkan insulin sebagai hasil pemanfaatan rekayasa genetik dalam industri. Dengan
mengambil bagian yang mengatur pembuatan insulin pada sel-sel Langerhans manusia,
dimasukkan ke dalam kuman E.Coli. Kuman ini dapat menghasilkan insulin yang sama
dengan insulin manusia.
4. Pengembangan Antibiotik. Pada segi lain penerapan DNA rekombinan untuk pengobatan
terbuka bagi pengembangan antibiotik. Kepentingan untuk pengembangan antibiotik
dengan teknik ini didukung oleh kenyataan nilai penjualan dan keuntungan perdagangan
antibiotik yang menduduki tempat teratas dewasa ini. Suatu hal yang perlu dicatat adalah,
antibiotik bukan merupakan produk gen primer, tetapi lebih merupakan produk metabolit
sekunder, dimana pembentukan antibiotik dalam sel melalui reaksi yang dikatalisir oleh
enzim protein sebagai produk gen primer. Obat ini memiliki struktur kimia yang berbeda
satu dengan lain dan memiliki kesamaan aksi sebagai penghambat pertumbuhan bakteri.
Pada umumnya antibiotik dihasilkan oleh mikroba golongan aktinomisetes, dan biasanya
dari jenis streptomises. Dalam perdagangan, ada beberapa kelompok besar antibiotik
yang memegang peranan seperti penisilin,sefalosporin, dan tetrasiklin. Kelompok
antibiotik lainnya adalah yang termasuk makrolida polien, streptomisin, eritromisin,
rifampisin, bleomisin dan antrasiklin yang mempengaruhi segi-segi metabolisme sel yaitu
dari replikasi DNA sampai kepada pembentukan protein. Sekurangnya ada tiga saluran
penerapan DNA rekombinan dalam produksi antibiotik: melalui penyempurnaan produk,
modifikasi invivo, dan anti- biotik hibrida
5. Penyediaan Vaksin. Vaksin juga adalah suatu produk dalam bidang kesehatan yang bisa
didekati dengan rekayasa genetik. Kegiatan penelitian terhadap hepatitis B adalah sebuah
contoh. Melalui rekayasa genetik gen dari virus hepatitis B telah diklonakan, dan
strukturnya telah diketahui pada tingkat nukleotida, kendatipun virusnya belum dapat
dikembangkan di dalam sel jaringan biakan. Antigen permukaan yang diperlukan untuk
memproduksi vaksin ini adalah suatu masalah yang sulit untuk dipecahkan, dalam arti
sulit mencapai modifikasi yang cocok dari antigen, dan itu tidak akan terjadi pada
pembawa prokariotik. Jalan untuk mengelakkan diri dari masalah yang muncul akibat
penggunaan sistem pembawa eukariotik, adalah dengan menggunakan ragi atau sel
binatang sebagai pembawa, yang dalam beberapa segi lebih menguntungkan