ESTIMASI PANJANG CABANG

Metode Fitch dan Margoliash (1967) digunakan untuk memperkirakan panjang cabang.
Pertama mari kita perhatikan kasus yang paling sederhana, yaitu, pohon tanpa akar dengan tiga
OTU (A, B, dan C) dan satu simpul (Gambar 5.22a). Misalkan x, y, dan z adalah panjang cabang
yang masing-masing mengarah ke A, B, dan C. Sangat mudah untuk melihat bahwa persamaan
berikut berlaku.

Dari persamaan ini, kami mendapatkan solusi berikut:

Mari kita sekarang menangani kasus lebih dari tiga OTU. Untuk mempermudah, mari
kita asumsikan ada lima OTU (1, 2, 3, 4, dan 5) dan bahwa topologi dan panjang cabang seperti
pada Gambar 5.22b. Misalkan OTU I dan 2 adalah OTU pertama yang dikelompokkan bersama
dalam proses rekonstruksi pohon. Kami kemudian menggunakan A dan B untuk menunjukkan
OTU 1 dan 2, masing-masing, dan menempatkan semua OTU lainnya (3, 4, dan 5) ke dalam
OTU komposit yang dilambangkan sebagai C. Dengan pengaturan ini, kita dapat menerapkan
Persamaan 5.14ac untuk memperkirakan panjang cabang yang mengarah ke A, B, dan C, kecuali
sekarang dAc = dl (34 5) = (d13 + d14 + d15) / 3, dan dBc = d2 (345) = (d 23 + d24 + d25) / 3.
Maka kita memiliki a = x dan b = y. OTU 1 dan 2 selanjutnya dianggap sebagai OTU komposit
tunggal. Pada langkah berikutnya, anggaplah bahwa OTU komposit (12) dan OTU 3 sederhana
adalah pasangan berikutnya yang akan disatukan. Kemudian kami menunjukkan OTU (12) dan 3
dengan A dan B, masing-masing, dan menempatkan OTU lainnya (yaitu, 4 dan 5) ke dalam OTU
komposit baru C. Dengan cara yang sama seperti di atas, kami memperoleh x, y, dan z .
Perhatikan bahwa d = y dan c + (a + b) / 2 = x. Dari nilai-nilai untuk a dan b, yang telah
diperoleh sebelumnya, kita dapat menghitung c. Proses dilanjutkan sampai semua panjang
cabang diperoleh. untuk memperkirakan panjang cabang yang mengarah ke A, B, dan C, kecuali
sekarang dAc = dl (34 5) = (d13 + d14 + d15) / 3, dan dBc = d2 (345) = (d 23 + d24 + d25) / 3.
Maka kita memiliki a = x dan b = y. OTU 1 dan 2 selanjutnya dianggap sebagai OTU komposit
tunggal. Pada langkah berikutnya, anggaplah bahwa OTU komposit (12) dan OTU 3 sederhana
adalah pasangan berikutnya yang akan disatukan. Kemudian kami menunjukkan OTU (12) dan 3
dengan A dan B, masing-masing, dan menempatkan OTU lainnya (yaitu, 4 dan 5) ke dalam OTU
komposit baru C. Dengan cara yang sama seperti di atas, kami memperoleh x, y, dan z .
Perhatikan bahwa d = y dan c + (a + b) / 2 = x. Dari nilai-nilai untuk a dan b, yang telah
diperoleh sebelumnya, kita dapat menghitung c. Proses dilanjutkan sampai semua panjang
cabang diperoleh.
Perhatikan bahwa kadang-kadang panjang cabang yang diperkirakan bisa negatif. Karena
panjang sebenarnya tidak pernah bisa negatif, lebih baik untuk mengganti perkiraan seperti itu
dengan 0.
Sebagai contoh menggunakan metode di atas, mari kita hitung cabang panjang pohon
pada Gambar 5.11c. Untuk kenyamanan, kami sekali lagi menyajikan matriks jarak yang
digunakan untuk menyimpulkan topologi pohon ini. Untuk menghindari kebingungan dengan
notasi dalam Persamaan 5.13a-c, kami mengganti nama OTU A, B, C, dan D masing-masing
sebagai OTU 1, 2, 3, dan 4.
 Karena OTU 1 dan 2 dikelompokkan terlebih dahulu, pertama-tama kami menghitung
panjang (a dan b) dari cabang yang mengarah ke dua OTU ini dengan menempatkan OTU 3 dan
4 ke dalam OTU komposit C. Kami kemudian memiliki dAB = d1 2 = 8, dAc = (d13 + d14) / 2 =
(7 + 12) / 2 = 9.5, dan dBC = (d 2 3 + d24) / 2 = 11.5.
Dari Persamaan 5.14ac, kita memiliki a = x = (8 + 9.5 - 11.5) / 2 = 3, dan b = y = (8 +
11.5 - 9.5) / 2 = 5. Selanjutnya kita memperlakukan OTU 1 dan 2 sebagai satu. OTU (12) dan
menyatakannya dengan A. Karena kita hanya memiliki tiga OTU, kita menyatakan OTU 3 oleh
B dan OTU 4 oleh C. Kita kemudian memiliki dAB = d (12) 3 = (d13 + d23) / 2 = (7 + 9) / 2 = 8;
dAC = d (12) 4 = (d14 + d2 4) / 2 = (12 + 14) / 2 = 13; dan dBc = d 34 = 11. Dari Persamaan
5.14a-c kita memiliki x = (8 + 13 - 11) / 2 = 5; d = y = (8 + 11 - 13) / 2 = 3; dan e = z = (13 + 11
- 8) / 2 = 8. Kami mencatat dari Gambar 5.11c bahwa (a + b) / 2 + c = x, dan c = 1. Ini
melengkapi perhitungan
Namun, perlu diketahui bahwa karena kita tidak tahu lokasi pasti dari root, kita tidak
dapat memperkirakan panjang cabang yang menghubungkan root dan OTU D tetapi hanya bisa
memperkirakan panjang dari simpul leluhur umum OTU A, B, dan C melalui root ke OTU D,
yaitu, e = 8

PERKIRAAN WAKTU DIVERGENSI SPESIES

Karena catatan paleontologis masih jauh dari lengkap, kita sering tidak mengetahui waktu
divergensi antara taksa. Data urutan DNA dapat sangat membantu dalam hal ini. Mari kita
asumsikan bahwa laju evolusi untuk sekuens DNA diketahui dari penelitian sebelumnya menjadi
r substitusi per situs per tahun. Untuk mendapatkan waktu divergensi, T, antara spesies A dan B,
kami membandingkan urutan dari kedua spesies dan menghitung jumlah substitusi per situs, K.
Seperti yang ditunjukkan pada Bab 4 (Persamaan 4.1), laju substitusi adalah r = K / 2T. Oleh
karena itu, T diperkirakan sebagai

Sebagaimana dicatat dalam Bab 4, laju penggantian nukleotida yang diperoleh dari satu
kelompok organisme mungkin tidak berlaku untuk kelompok lain. Untuk menghindari masalah
ini, kami memperkirakan laju substitusi dengan menambahkan spesies ketiga, C, yang waktu
perbedaannya (T1) dari pasangan spesies A dan B yang diketahui (Gambar 5.23). Kij adalah
jumlah substitusi nukleotida per situs antara spesies i dan j. Kemudian, laju substitusi nukleotida
diperkirakan oleh

Kemudian, laju substitusi nukleotida diperkirakan oleh

Waktu divergensi yang tidak diketahui antara spesies A dan B (T2) diperkirakan oleh

Sebaliknya, dalam hal T2 diketahui tetapi T1 tidak, T1 diberikan oleh

Formulasi di atas mengasumsikan konstanta laju. Seperti dibahas dalam bab sebelumnya,
asumsi ini sering tidak berlaku, dan perkiraan waktu divergensi harus diperlakukan dengan hati-
hati. Metode yang dapat mengurangi efek dari tingkat substitusi yang tidak sama terhadap
perkiraan waktu divergensi telah diusulkan (misalnya, Li dan Tanimura 1987b; Steel 1994;
Lockhart et al. 1994; Danau 1994; Takezaki et al. 1995; Sanderson 1997). Kami juga mencatat
sebelumnya bahwa waktu divergensi antara dua sekuens dapat pra-tanggal divergensi antara
spesies dari mana sekuens diperoleh. Namun, kesalahan ini biasanya tidak terlalu serius jika kita
khawatir dengan peristiwa divergensi yang sangat kuno. Perhatikan juga bahwa perkiraan waktu
divergensi biasanya mengalami kesalahan stokastik besar. Untuk mengurangi kesalahan seperti
itu, banyak urutan harus digunakan dalam estimasi

PERBANDINGAN TOPOLOGIS

Kadang-kadang perlu untuk mengukur kesamaan atau ketidaksamaan di antara beberapa

topologi pohon. Kebutuhan seperti itu mungkin timbul ketika berhadapan dengan pohon itu telah
disimpulkan dari analisis set data yang berbeda atau dari yang berbeda jenis analisis dari
kumpulan data yang sama. Selain itu, beberapa metode rekonstruksi pohon (parsimoni
maksimum, misalnya) dapat menghasilkan banyak pohon daripada filogeni unik. Dalam kasus
seperti itu, mungkin disarankan untuk menggambar pohon yang merangkum poin-poin
kesepakatan di antara semua pohon. Ketika dua pohon yang berasal dari kumpulan data yang
berbeda atau metodologi yang berbeda identik, mereka dikatakan kongruen. Kadang-kadang
kongruensi sebagian, yaitu terbatas pada beberapa bagian pohon, bagian lain tidak selaras.

JARAK TOPOLOGI PENNY DAN HENDY

Ukuran perbedaan yang umum digunakan antara dua topologi pohon adalah jarak topologi
Penny dan Hendy (1985). Ukurannya didasarkan pada partisi pohon, dan sama dengan dua kali
jumlah cara berbeda untuk mempartisi OTU antara dua pohon.

di mana dT adalah jarak topologi dan c adalah jumlah partisi yang menghasilkan pembagian
OTU yang berbeda di dua pohon yang sedang dipertimbangkan. (Dalam perbandingan antara
pohon bifurkasi, dT selalu bilangan bulat genap.)

POHON KONSENSUS

Pohon yang disimpulkan dari analisis kumpulan data tertentu juga disebut pohon
fundamental, yaitu, mereka merangkum informasi filogenetik dalam kumpulan data. Pohon
konsensus adalah pohon yang berasal dari satu set pohon, yaitu, mereka merangkum informasi
filogenetik dalam satu set pohon. Tujuan dari pohon konsensus adalah untuk merangkum
beberapa pohon sebagai pohon tunggal.

Dalam pohon konsensus, titik-titik kesepakatan di antara pohon-pohon mendasar

ditunjukkan sebagai bifurkasi, sedangkan titik-titik ketidaksetujuan diruntuhkan menjadi politisi.
Ada beberapa jenis pohon konsensus, tetapi yang paling banyak yang biasa digunakan adalah
pohon konsensus yang ketat dan aturan mayoritas.

MENILAI REALIBILITAS POHON

Rekonstruksi filogenetik adalah masalah inferensi statistik (Edwards dan Cavalli-Sforza

1964). Oleh karena itu, seseorang harus menilai keandalan filogeni yang disimpulkan dan
bagian-bagian komponennya. Setelah menyimpulkan pohon filogenetik, dua pertanyaan dapat
diajukan: (1) Seberapa andalkah pohon itu? atau, lebih khusus lagi, bagian pohon mana yang
dapat diandalkan? dan (2) Apakah pohon ini jauh lebih baik daripada pohon lain? Untuk
menjawab pertanyaan pertama, kita perlu menilai keandalan cabang internal pohon. Ini dapat
dicapai dengan beberapa metode analitik atau resampling. Dalam studi filogenetik, satu metode
resampling, bootstrap, telah menjadi sangat populer dan dibahas di bagian selanjutnya. Untuk
menjawab pertanyaan kedua, kita perlu uji statistik untuk perbedaan antara dua pohon
filogenetik; dengan kata lain, apakah pohon A secara signifikan lebih baik atau lebih buruk
daripada pohon B, atau apakah perbedaannya sesuai dengan harapan kesalahan acak?

THE BOOTSTRAP

Bootstrap adalah teknik komputasi untuk memperkirakan statistik yang distribusi

dasarnya tidak diketahui atau sulit diperoleh secara analitis (Efron 1982). Sejak diperkenalkan ke
dalam studi filogenetik oleh Felsenstein (1985), teknik bootstrap telah sering digunakan sebagai
sarana untuk memperkirakan tingkat kepercayaan hipotesis filogenetik. Sifat statistik dari teknik
ini dalam konteks filogenetik cukup kompleks, tetapi studi teoritis telah mengarah pada
pemahaman yang lebih baik tentang teknik ini. Bootstrap milik kelas metode yang disebut teknik
resampling karena ia memperkirakan distribusi sampling dengan berulang kali melakukan
resampling data dari kumpulan data sampel asli Gambar 5.26a menggambarkan prosedur
bootstrap pada filogenetik.
 Sampel data terdiri dari lima urutan yang selaras dari lima OTU. Dari data ini, pohon
filogenetik dibangun, dalam hal ini dengan metode parsimoni maksimum. Pohon yang
disimpulkan adalah hipotesis nol yang akan diuji oleh bootstrap. Perhatikan bahwa hipotesis nol
khusus ini terdiri dari dua subhypotheses: (1) OTU 3 dan 4 milik satu clade, dan (2) OTU 2 dan 5
milik yang lain (Gambar 5.26b).

TES UNTUK DUA POHON YANG BERKOMPETISI

Beberapa tes telah dirancang untuk menguji apakah satu filogeni secara signifikan lebih
baik daripada yang lain. Tes semacam itu ada untuk masing-masing dari tiga jenis metode
rekonstruksi pohon (matriks jarak, parsimoni maksimum, dan kemungkinan maksimum). Berikut
ini kami menyajikan tes sederhana untuk menguji pohon parsimoni maksimum terhadap filogeni
alternatif.
Kishino dan Hasegawa (1989) menyusun uji parametrik untuk membandingkan dua
pohon dengan asumsi bahwa semua situs nukleotida independen dan setara. Tes ini
menggunakan perbedaan dalam jumlah penggantian nukleotida di situs informatif antara dua
pohon, D, sebagai statistik uji; di mana D = ID i, dan Di adalah perbedaan dalam jumlah
minimum penggantian nukleotida antara dua pohon di situs informatif engan. Varians sampel
dari D adalah

MASALAH YANG BERHUBUNGAN DENGAN REKONSTRUKSI FILOGENETIK

Tidak ada metode rekonstruksi filogenetik yang dapat diklaim lebih baik daripada yang
lain dalam semua kondisi. Setiap metode rekonstruksi filogenetik memiliki kelebihan dan
kekurangan, dan masing-masing metode dapat berhasil atau gagal tergantung pada sifat proses
evolusi, yang pada umumnya tidak diketahui. Berikut ini kami akan meninjau kekuatan dan
kelemahan dari berbagai metode dan menguraikan beberapa strategi untuk meminimalkan
kesalahan dalam analisis filogenetik.

KEKUATAN DAN KELEMAHAN DARI BERBAGAI METODE

 UPGMA bekerja dengan baik hanya jika konstanta laju memegang setidaknya sekitar.
Keuntungan utamanya adalah kecepatan komputasi yang tinggi. Namun, algoritma cepat saat ini
tersedia untuk metode matriks jarak lain, dan UPGMA jarang digunakan saat ini, kecuali untuk
tujuan pedagogik.
Metode pohon tambahan, termasuk metode jarak yang ditransformasikan, metode
hubungan tetangga, dan metode sambungan tetangga, bebas dari kesalahan sistematis jika data
jarak memenuhi kondisi empat poin. Kinerja metode ini, bagaimanapun, tergantung pada metode
yang digunakan untuk mengubah data keadaan karakter mentah menjadi jarak. Sejauh metode
yang digunakan tidak memberikan kompensasi yang memadai untuk beberapa pergantian di
suatu lokasi, kinerja metode pohon tambahan dapat dikompromikan. Ketika jaraknya kecil dan
urutan yang digunakan panjang, perkiraan jarak yang cukup akurat dapat diperoleh, dan metode
ini dapat bekerja dengan baik bahkan di bawah laju evolusi yang tidak konstan.
Metode parsimoni maksimum tidak membuat asumsi eksplisit kecuali bahwa pohon yang
membutuhkan lebih sedikit penggantian lebih baik daripada pohon yang membutuhkan lebih
banyak. Perhatikan bahwa pohon yang meminimalkan jumlah pengganti juga meminimalkan
jumlah homoplasi, yaitu substitusi paralel, konvergen, dan kembali (Bab 3). Ketika tingkat
divergensi antara sekuens kecil sehingga homoplasi jarang terjadi, kriteria kekikiran biasanya
bekerja dengan baik. Namun, ketika tingkat divergensi besar sehingga homoplasi adalah umum,
metode parsimoni maksimum dapat menghasilkan kesimpulan filogenetik yang salah.
 Secara khusus, jika beberapa sekuens telah berevolusi jauh lebih cepat daripada yang
lain, homoplasi cenderung terjadi lebih sering di antara cabang-cabang yang mengarah ke
sekuens ini daripada di antara yang lain, dan kekikiran dapat menyebabkan pohon yang salah.
Dengan kata lain, metode parsimoni maksimum mungkin berkinerja buruk setiap kali beberapa
cabang pohon jauh lebih lama dari cabang lainnya, karena kekikiran cenderung untuk
mengelompokkan cabang-cabang panjang bersama-sama

MEMINIMALKAN KESALAHAN DALAM ANALISIS FILOGENETIK

Beberapa strategi tersedia untuk meminimalkan kesalahan acak dan sistematis dalam
analisis filogenetik. Namun, tidak selalu mungkin untuk mengidentifikasi sumber kesalahan atau
bias potensial. Berikut ini, kami mencantumkan beberapa hal yang harus dan tidak boleh
dilakukan yang dapat meningkatkan peluang kami memulihkan pohon filogenetik yang
sebenarnya.
Cara terbaik untuk meminimalkan kesalahan acak adalah dengan menggunakan data
dalam jumlah besar. Semua hal lain dianggap sama, sebuah pohon berdasarkan sejumlah besar
data molekuler hampir selalu lebih dapat diandalkan daripada yang didasarkan pada jumlah data
yang lebih terbatas. Ketika sekuens tidak memberikan informasi filogenetik yang cukup (mis.,
Karena terlalu pendek atau kurang variasi), tidak ada metode filogenetik yang akan
menghasilkan hasil yang masuk akal. Ini mengatakan, orang hanya harus memasukkan data yang
dapat diandalkan dalam analisis. Maksud kami analisis harus dibatasi pada urutan yang telah
ditentukan secara andal, dan yang pasti homologi posisinya. (Namun, kami mencatat bahwa
penghapusan data yang dianggap "tidak dapat diandalkan" dapat bersifat subyektif dan
sewenang-wenang.)
Selain itu, kami hanya boleh menggunakan urutan yang berkembang pada tingkat yang
sesuai untuk pertanyaan filogenetik yang sedang diselidiki. Urutan yang berevolusi cepat (atau
bagian dari sekuens, seperti posisi kodon ketiga) harus digunakan untuk pertanyaan terkait
hubungan filogenetik yang dekat, dan urutan yang berevolusi secara perlahan harus digunakan
untuk hubungan filogenetik yang jauh. Memilih yang salah dapat menyebabkan kurangnya
informasi filogenetik dalam kasus urutan yang berevolusi perlahan, atau efek saturasi dalam
kasus urutan yang berkembang cepat

CONTOH DARI MOLECULAR PHILOGENIK

Penerapan teknik biologi molecular yang terus mengalami kemajuan menyiratkan tiga
rekomendasi metodologi yang dimiliki untuk kemajuan didalam penelitian filogenetik sehingga
dihasilkan pemahaman yang lebih baik dari sejarah evolusioner dari beberapa kelompok
taksonomi. Pada bagian ini, kami akan menyajikan beberapa contoh didalam penelitian
molecular, yakni (1) memecahkan permasalah yang dianggap sangat rumit, (2) melakukan revisi
yang perbaikan dari pandangan sederhana, (3) menghasilkan sebuah petunjuk baru dari
penelitian.

filogenik dari manusia dan Kera

Permasalahan dari evolusioner hubungan kedekatan dari manusia selalu memberikan

dayatarik lebih untuk para ahli peneliti di bidang biologi. Contohnya yaitu Darwin, mengatakan
bahwa kera amerika, simpanse (pan), dan gorilla (Gorilla), merupakan bentuk keluarga yang
memiliki hubungan kekerabatan terdekat bagi manusia, oleh sebab itu Darwin menyatakan
bahwa asal-usul evolusioner manusia telah ditemukan didaerah Afrika (Darwin, 1871). Banyak
yang tidak setuju dengan usulan Darwin terseut dengan bermacam alasan, dan untuk waktu yang
lama ahli taksonomi percaya bahwa genus Homo memiliki jarak kekerabatan yang jauh dengan
kera. Dengan demikian, Homo memiliki keluarga dari mereka sendiri, Hominidae. Simpanse,
gorilla dan orang-utans (pongon) disisi lain pada umumnya memiliki keluarga sendiri, yaitu
Pongidae (gambar 5.29a). Siamang (Hylobates) diklasifikasikan secara terpisah (Hylobatidae)
atau bersamaan dengan Pongidae (Gambar 5.29b, lihat Simpson 1961). Goodman (1963)
mengakui bahwa pengaturan yang sistematis ini mengandaikan secara antroposentris bahwa
manusia merupakan "kelas baru dalam perkembangan filogenetik, salah satu yang 'lebih tinggi'
dari pongids dan seluruh tingkatan lain sebelumnya." Memang, menempatkan berbagai kera
menjadi satu keluarga dan manusia ke lain menyiratkan bahwa kera berbagi nenek moyang yang
sama yang lebih baru dengan satu sama lain dengan manusia. Ketika Homo dimasukkan dalam
clade yang sama dengan kera yang masih ada, itu biasanya dikelompokkan dengan orang-utan
Asia (Gambar 5.29c; Schultz 1963; Schwartz 1984).
 Dengan menggunakan metode presipitasi serologi, Goodman (1962) mampu
menunjukkan bahwa manusia, simpanse, dan gorila merupakan clade alami (Gambar 5.29d),
dengan orangutan dan siamang mengalami penyimpang dari kera lainnya dilebih awal. Dari data
yang fiksasi komplemen mikro, Sarich dan Wilson (1967) memperkirakan waktu perbedaan
antara manusia dan simpanse atau gorila menjadi seperti sekitar 5 juta tahun yang lalu, bukan
bukan pernyataan bahwa terjadi pada 15 juta tahun yang lalu, seperti yang umum diterima oleh
ahli paleontologi di waktu itu.
Namun, serologi, electrophoretical, dan studi hibridisasi DNA-DNA, serta sekuens asam
amino, tidak bisa menyelesaikan hubungan evolusi manusia dan kera Afrika, dan yang disebut
manusia-gorilla-simpanse trikotomi tetap belum terpecahkan dan terus menjadi isu yang sangat
kontroversial (Gambar 5.30), dengan beberapa data mendukung clade simpanse-gorila (Ferris et
al 1981;. Brown et al 1982;. Hixon dan Brown 1986), dan lain-lain mendukung clade manusia-
simpanse (Sibley dan Ahlquist 1984 ; Caccone dan Powell 1989;. Sibley et al 1990).
 Berikut ini, kita akan menggunakan urutan data DNA oleh Miyamoto et al. (1987) dan
Maeda et al. (1988) yang menunjukkan bahwa bukti molekuler mendukung clade manusia-
simpanse dan pada saat yang sama ujga untuk menggambarkan beberapa metode pohon-
membuat dibahas di bagian sebelumnya.
Tabel 5.2 menunjukkan jumlah substitusi nukleotida per 100 situs antara setiap pasangan
dari OTUs berikut: manusia (H), simpanse (C), gorila (C), orangutan (0) dan monyet rhesus (R).
Mari kita terapkan UPGMA untuk jarak tersebut. Jarak antara manusia dan simpanse adalah
terpendek (DHC = 1,45). Oleh karena itu, kami bergabung dengan dua Otus pertama ini, dan
menempatkan node di 1.45 / 2 = 0,73 (Gambar 5.31a). Kami kemudian menghitung jarak antara
OTU komposit (HC) dan masing-masing dari spesies lain, dan memperoleh matriks jarak yang
baru:
 Sejak (HX) dan G dipisahkan dengan jarak terpendek, mereka kemudian bergabung
kembali dan menghubungkan node pada lokasi 1.54/2=o.77. Melanjutkan proses ini, kami
mengambarkan pada bagan 5.31a. Kami mencatat bahwa perkiraan percabangan node untuk H
dan C sangat dekat untuk (HC) dan G. Berdasarkan fakta tersebut, jarak antara kedua node
tersebut sangat pendek dari semua strandar eror untuk estimasi dari jarak pasangan H, C dan G
(table 5.2). Dengan demikian, walaupun data menyatakan bahwa kita memiliki kedekatan
kekerabatan dengan simpanse, data tersebut tidak menyediakan sebuah pemecahan yang
meyakinkan dari percabangan tersebut. Kedudukan orang-utan, bagaimanapun dengan tegas
terdapat diluarkelompok dari manusia-simpanse-gorila.
Selanjutnya, kami menggunakan metode relation-neighbors Sattath dan Tversky. Kami
mengangap bahwa empat OTUs dalam satu waktu. Sejak itu disana ada 5 OTUs, disana 5![4!(5-
4)!] = 5 mungkin berlipat empat. Kami memulai dengan OTUs H, C, G dan O dan mengikuti
perhitungan penjumlahan dari jarak ( data dari table 5.2) : dHC+dGO= 1.45+3.04 = 4.49. dHG +
dco = 4.45, and dHo + dcG = 4.55. sejak penjumlahan kedua merupakan yang paling kecil,
kami memilih H dan G sebagai salah satu pasangan dari tetangga C dan O sebagai yang lainnya.
Dengan cara yang sama, kami menganggap bahwa terdapat empat kemungkinan berlipat empat;
hasilnya ditunjukkan pada table 5.3. catatan dari bawah menyatakan bahwa (OR) merupakan
hubungan-tetangga paling tinggi dari semua pasangan tetangga, kami memilik (OR) sebagai
pasanga tetangga yang pertama. Perlakuan pada sepasang sebagai gabungan tunggal OTUu, kami
menghasilkan mengikuti matrik jarak baru :

Hanya ada empat OUT pada bagian kiri, ini dapat dilihat bahwa dHc + dG(OR) = 6.67
< dHG + dc(OR) = 6.76 < dH(OR) + dcG = 6.82. Oleh karena itu, kami memilih H dan C
sebagai sebuah pasangan tetangga, dan G beserta (OR) sebagai yang lain. Pada bagian akhir
pohon diperoleh dengan metode ini yang ditunjukkan pada gambar 5.31b. Topologi dari pohon
ini adalah sama seperti pada gambar 5.31a. Catatan : Bagaimanapun dapat dikatakan bahwa
metode O dan R lebih baik dari H dan C yang mana pada pasangan pertama digabungkan dengan
yang lainnya. Ini disebabkan, tidak ada percabangan pohon tersebut, O dan R merupakan sebuah
faktor tetangga. Cabang panjang didalam gambar 5.31b diperoleh dengan metode Fitch-
Morgoliash. Penggunaan metode neighbors-joined kami memperoleh pohon yang sama seperti
yang diperoleh dengan metode neighbors-relation (gambar5.31b).
Akhirnya, mari kita dipertimbangkan metode sifat maksimum. Untuk mempermudah,
mari kita mempertimbangkan bahwa didalamnya hanya manusia, simpanse, gorilla dan orang-
utan ( gambar 5.30b). Tabel 5.4 menunjukkan situs informative untuk wilayah 10,2 kb termasuk
pseudogene r1-globin dan daerah sekitarnya. Untuk setiap bagian, bantuan hipotesis diberikan
didalam kolom terakhir. Jika kita mempertimbangkan subtitusi nukleotida saja, ada 15 situs
informative, dimana delapan mendukung clade manusia-simpanse (hipotesis I), empat
mendukung simpanse-gorilla clade (hipotesis II), dan tiga dukungan manusia-gorila clade
(hipotesis III). Selain itu, terdapat empat situs informative yang menyertakan gap dan mereka
mendukung manusia-simpanse clade. Oleh karena itu, manusia-simpanse clade dipilih sebagai
gambaran terbaik dari filogeni yang benar. Didalam analisis lainnya dengan beberapa sequen
DNA, Wiliam dan Goodman (1989) menunjukkan bahwa dukungan untuk clade manusia-
simpanse secara statistic signifikan pada tingkat 1%.
Mengelompokkan manusia dan simpanse pada satu clade, bagaimanapun tidak
didukung oleh gene involucrin, yang sebaliknya mendukung clade simpanse-gorila, dan Y-linked
RPS4Y lokus yang mendukung clade manusia-gorilla. Bagaimanapun, memberikan pengetahuan
yang baik tentang phenomena kemungkinan kesuaian antara pohon gen dan pohon spesies,
penyetujuan diantara semua pohon gen tidak diharapkan. Bukti keseluruhan molecular sangat
kuat saat ini dan sangat sesuai dalam mendukung clade manusia-simpanse. Penambahan 10,2kb
data sequens diatas membahas pada clade ini didukung oleh hibridisasi DNA-DNA data yang
luas, pembatasan perbedaan lokasi didalam pengaturan jarak gen penentu RNA riboson, dan
terutama oleh luas DNA mitokondria dan data DNA sequens.
Dengan demikian, kedekatan family manusia dengan dua spesies simpanse (Pan
troglodytes dan P.paniscus), diikuti oleh mengurangi pergaulan dengan gorilla, orang-utan, clade
yang terdiri atas Owa dan siamang, generasi tua monyet (Ctarrhini) dan generasi baru monyet
(Platyrrini).perbedaan data molecular, morpologi, dan fisiologi yang membandingkan diantara
dunia monyet pada umumnya mendukung pengelompokan dari simpanse dan gorilla kedalam
monopiletik clade untuk dikeluarkan dari kelompok yang memiliki kedekatan dengan manusia.
Baru-baru ini data morpologi, anatomi, dan parasitology mulai dikumpulkan dalam mendukung
data, hal ini disebut Trogloditian hipotesis, seperti pada Pan dan homo merupakan taxa sejenis.
 Anehnya pada phylogenik dan keadaan taksonomi yang muncul dari data molecular
akan mengakibatkan didapatkan satu usulan tentang taksonomi induk, Carolus Linnaesus
menuliskan” sebagai ahli peneliti alam dan mengikuti metode naturalistic, saya tidak mampu
untuk menemukan karakter tunggal yang menjadi ciri khas seseorang dari antromorpis pada
specimen…. Ini menyerupai spesies manusia…. Sehingga tingkat ketidak cakapan dalam
meneliti ini mungkin akan mereka pertimbangkan dalam menentukan keanekaragaman
manusia”. Berdasarkan fakta, Linnaeus menetapkan manusia, simpanse dan orang-utans pada
genus yang sama, dan nama asli mereka secara berturut-turut dalah Homo sapiens, H. troglodytes
dan H. sylvestris. Orang-utan dan simpanse telah dihapuskan dari genus Homo oleh Lecepede
pada tahun 1799 dan oleh Oken 1816 secara berurut-turut. Dalam menyoroti hal tersebut,
penguraian molecular dari philogeni manusia dan para monyet besar akan menimbulkan
pertanyaan bahwa apakah tidak ada pengaturan dari urutan didalam taksonomi atau
memperbaiki terminology Linnaeus ?

Pada literatur banyak perkiraan dari perbedaan antara manusia, jenis-jenis spesies apes
dan monyet serta yang lainnya. Perkiraan yang berbeda antara satu dan yang lainnya bisa
dipertimbangkan. Sebagai contoh, penggunaan perbandingan sequens lokus pseudogen n-globin
(2,040 nukleotida) dengan keadaan tanggal dari perbedaan antara dunia lama monyet
(Catarrrhini) dan dunia baru monyet (Playtyrrhini) pada 38 juta tahun yang lalu, Hasegawa
(1987) memperkirakan perbedaan munculnyA antara manusi dan simpanse sekitar 5juta tahun
yang lalu (table 5.5). Beberapa alasan yang tepat untuk perbedaan luas antara dua perkiraan
adalah pertama, asumsi dari nilai konsistan (jam molecular) mungkin tidak terjadi. Kedua,
referensi waktu untuk kalibrasi mengkin tidak akurat dan ketiga setiap perkiraan subjek memiliki
kesalahan stokastik. Contoh ini menunjukkan bahwa perbedaan perkiraan tangga akan
menyebabkan perbedaan yang sangat ekstrim.

ARKEOLOGI FILOGENIK MOLEKULAR

DNA merupakan molekul yang tidak stabil dan secara spontan melalui hydrolysis dan
oksidasi. Perhitungan teoritis menunjukkan bahwa DNA tidak bisa bertahan selama lebih dari
10.000-100.000 tahun, dan hanya bentuk yang sangat terfragmentasi. Semua catatan dari
penemuaan DNA purba dari sumber yang dilindungi dan tidak dilindungi, seperti fosil tumbuhan
Miosine, tulang Cretacea dan organisme yang terkubur sekarang tidak dipercayai lagi. Meskipun
ini sebuah kekecewaan, meskipun informasi genetik dalam jumlah sedikit, tetapi hal ini mungkin
bisa dipertahankan sebagai materi biologis yang berusia 100.000 tahun atau lebih awal. Hal ini
memungkinkan kita untuk menggunakan teknik filogenetik molecular pada spesies yang punah.
DNA purba dapat dideteksi dengan pewarnaan pada gel elektroforesis dengan etidium
bromida dan dengan mengamati aktivitasnya sebagai template yang mampu mengarahkan
penggabungan nukleotida radioaktif ke DNA baru yang disintesis oleh polimerase DNA dan
campuran primer acak. Hibridisasi dengan DNA dari spesies yang masih ada yang dianggap
terkait erat dengan spesies punah yang diteliti biasanya digunakan untuk menentukan apakah
DNA yang ditemukan dalam sampel berasal dari spesies dari mana sampel telah diambil atau
dari sumber kontaminasi, seperti DNA bakteri. Sekarang mungkin untuk urutan segmen DNA
dari sampel unpurified berasal dari jaringan jaringan diawetkan. Metode yang digunakan adalah
polymerase chain reaction (PCR), yang melibatkan amplifikasi unik dari campuran urutan
melalui penggunaan dua primer (Kocher et Al. 1989; Mullis 1990). Dengan menggunakan
prosedur ini, memungkinkan untuk mensintesis banyak salinan dari sepotong dipilih dari DNA di
hadapan ekses besar urutan DNA lainnya.
Dengan menggunakan PCR kita dapat mengambil urutan DNA tertentu dari museum
spesimen, seperti bahan organik diawetkan (terutama kulit dan otot), dan bahkan tulang rusak
parah dari peninggalan (Tabel 5.6), dan menggunakan DNA ini untuk membangun afiliasi
filogenetik spesies punah dan populasi. contoh penting dari studi tersebut meliputi penentuan
bahwa Neandertal mungkin telah punah tanpa memberikan kontribusi ke kolam gen dari manusia
modern (Krings et al. 1997), dan pemulihan DNA unik untuk Mycobacterium TB pada orang
dewasa 1.000 tahun pra-Columbus female selatan Peru (Salo et al. 1994).
 Ketika berhadapan dengan materi genetic kuno hal terpenting untuk menilai apakah ada
atau tidak perubahan posmortem dalam DNA telah terjadi. Pada sambungan urutan 229-bp dari
sampel kulit beumur 140tahun, Heguchi er at (1987) mendeteksi ada dua modifikasi post-
mortem. Kedua modfikasi tersebut merupakan transisi dari hal yang terkait dengan deaminasi
post-mortem dari sitosin dan urasil. Oleh karean itu, sekitar 1% dari semua nukleotida pada
sampel ini telah berubah mengikuti kematian dan pelestarian

FILOGENI YANG UNIVERSAL

“Semua pernah hidup dibumi ini telah diturunkan dari satu bentuk primodial, dimana
pertama kali dalam hidup yaitu bernapas/menarik napas”. Dengan demikian Charles Darwin
meresmikan pandangan hidup monofiletik pada tahun 1859. Semua ahli biologi telah
mempelajari sejak tahun 1859 mendukung kesimpulan darwin ini. Ada satu pohon kehidupan,
satu filogeni universal yang menghubungkan manusia, bawang, jamur, jamur lendir dan bakteri.
Sebelum munculnya teknik filogenetik molekuler, pertanyaan yang berkaitan dengan cabang-
cabang terdalam dari pohon filogenetik yang universal bisa dijawab hanya sementara dan
terdapat banyak spekulasi. Alasannya adalah pada tingkat morfologi---tentu saja, pada tingkat
mikromorfologi sel—hampir tidak ada yang sebanding (homolog) karakter yang dapat digunakan
untuk menyelesaikan hubungan evolusi di antara organisme yang terkait sangat jauh.
Berikut ini, kita akan meninjau 3 topik yang terkait dengan masalah filogeni yang
universal : 1) Perakaran pohon yang universal (i.e., identifikasi peristiwa percabangan pertama
dalam sejarah kehidupan); 2) kemungkinan menyimpulkan beberapa karakteristik dari nenek
moyang dari semua bentuk kehidupan yang masih ada; dan 3) asal beberapa genom (nukleus,
mitokondria dan kloroplas) dalam sel eukariot.

PERISTIWA DIVERGEN PERTAMA

Secara sederhana, ruang lingkup kehidupan dibagi menjadi eukariot dan prokariot.
Eukariot merupakan organisme dengan satu inti yang jelas dan sitoplasma. Organisme yang
kebalikannya tanpa membran dan nukleus disebut prokariot. Secara klasifikasi sederhana,
prokariot terdiri dari 1 kingdom, Bakteri, yang juga termasuk cyanobacteria, sebelumnya disebut
ganggang hijau-biru. Eukariot terdiri dari 1 kingdom uniseluler, Protista, yang termasuk
organisme seperti cillia, flagella dan amoeba; 2 kingdom yang keduanya terdiri dari organisme
uniseluler dan multiseluler, Fungi dan Plantae; dan kingdom multiseluler, Animalia. Semua
ruang lingkup kehidupan dibagi menjadi 5 kingdom (Margulis and Schwartz 1988).
Woese dan coworkers (Woese and Fox 1977; Fox et al. 1980) telah
menantang/mempertentangkan pandangan sederhana tsb. Sejak akhir tahun 1960, mereka telah
mempelajari hubungan bakteri dengan membandingkan urutan RNA (rRNA) ribosom dari
spesies yang berbeda. Woese dan coworkers sampai pada sebuah temuan yang sama sekali tidak
terduga ketika memeriksa rRNA bakteri metanogen. Organisme yang tidak biasa itu adalah
anaerob, i.e., mereka hanya hidup di lingkungan bebas oksigen, seperti pabrik pengolahan
limbah dan saluran usus hewan. Bakteri ini menghasilkan metana (CH4) oleh reduksi karbon
dioksida (CO2). Metanogen yang tanpa bakteri diragukan karena ukuran mereka, kurangnya
membran inti dan DNA rendah. Dengan demikian, mereka diharapkan lebih dekat dengan bakteri
yang lain dibandingkan dengan eukariot. Namun, berkenaan dengan ketidaksamaan rRNA,
metanogen ternyata sama-sama jauh dari kedua taksa. Berdasarkan temuan ini, dan fakta bahwa
metabolisme metanogen yang dianggap cocok untuk jenis atmosfer diyakini telah ada di bumi
primitif, (kaya akan CO2 tetapi hampir tanpa oksigen), Woese dan Fox (1977) mengusulkan
untuk menyertakan metanogen dan family mereka kedalam takson baru, Archaebacteria, nama
yang menyatakan bahwa kelompok bakteri ini adalah bakteri kuno yang paling sedikit
mengalami evolusioner seperti bakteri yang sebenarnya, yang meraka namakan kembali dengan
nama Eubacteria.
Ternyata, kelompok Archaebacteria ditemukan untuk dimasukkan, ditambahkan ke
metanogen, banyak bakteri yang hidup dilingkungan yang sangat ekstrim (extromophiles),
seperti thermophiles dan hyperthermophiles, yang hidup di sumber air panas pada suhu setinggi
110°C, dan halofili, yang sangat asin bergantung dan tumbuh di habitat seperti danau garam
besar dan laut mati. Saat ini, Archeabacteria didefinisikan oleh synapomorphy biokimia tunggal :
tidak adanya muramic dari dinding sel mereka.
Woese and Fox (1977) and Fox et al. (1980) menyatakan bahwa Archaebacteria,
Eubacteria, dan Eukariot berasal dari satu nenek moyang dan mewakili dari 3 baris utama
keturunan dalam pohon kehidupan, dan sama-sama jauh dari satu sama lain. Untuk
menggunakan sebuah tatanama taksonomi baru itu diusulkan oleh Woese et al. (1990). Satuan
taksonomi yang paling termasuk dalam kelompok ini adalah 3 urkingdoms (harfiah, “kerajaan
primordial”) atau domain, sesuai dengan garis-garis utama keturunan di pohon kehidupan :
Bacteria, Archae, Eucarya. (istilah eukarya yang salah sering digunakan dalam literatur).
Pohon filogenetik molekuler tidak berakar dari semua organisme hidup ditunjukan pada
Gambar 5.39. Diketahui bahwa dari 5 kingdom sederhana, hanya animalia tetap terpengaruh
oleh perubahan molekul. Jamur harus didefinisikan ulang oleh pengecualian dari taksa seperti
jamur lendir, dan plantae dengan pengecualian dari banyak kelompok alga. Ilustrasi paling
ekstrim dimulai dari kajian taksonomi sederhana yang dicontohkan oleh protista—sebuah
kingdom tunggal diklasifikasi sederhana—yang ternyata paraphyletic dan tersebar keseluruh
pohon eucaryan. Filogeni yang universal ini juga menunjukkan bahwa kingdom animalia
didefinisikan ulang bersama kingdom plantae dan fungi yang mungkin merupakan sebuah clade
monofiletik. Istilah Metakaryota telah digunakan untuk superkingdom ini. Cabang lain di
Eucarya yang tidak monofiletik dan diberi nama “Archezoa”. Menariknya, animals, plants dan
fungi (i.e., kingdom yang memiliki kesederhanaa nmenarik sebagian besar perhatian dalam studi
biologi) ternyata hanya menjadi “ranting” di ujung salah satu cabang dalam pohon kehidupan
(Olsen dan Woese, 1996).
 Mengidentifikasi peristiwa pertama percabangan dalam sejarah kehidupan membutuhkan
temuan akar dipohon kehidupan (i,e,. Pohon dari semua organisme). Kami mencatat,
bagaimanapun, bahwa dengan definisi, pohon evolusi dari semua organisme tidak memiliki
outgroup. Pada tahun 1989, 2 kelompok penelitian datang dengan metode cerdas untuk
menyimpulkan akar pohon (Gogarten et al. 1989; Iwabe et al. 1989). Ide ini, pertama kali
disarankan oleh Schwartz and Dayhoff (1978), dengan menggunakan sepasang gen yang ada di
semua organisme dan berasal dari peristiwa duplikasi gen (Bab 6) yang terjadi sebelum
pemisahan tiga domain. Ide ini digambarkan dalam Gambar 5.40.
 Seandainya gen A diduplikasi menjadi A1 dan A2 sebelum berbeda dari tiga garis
keturunan. Selanjutnya, sebagai tiga garis keturunan berbeda, A1 (dan A2) seharusnya juga
berbeda dalam urutan yang sama. Oleh karena itu, urutan A2 dapat berfungsi sebagai outgroups
pada akar pohon yang berasal dari urutan A1. Sama halnya, urutan A1 dapat digunakan untuk
akar pohon yang berasal dari urutan A2.
Iwabe et al (1989) menerapkan konsep ini untuk 2 gen faktor homolog elongasi, EF-Tu
dan EF-G, yang hadir didalam semua prokariot dan eukariot tentunya, karena itu, berasal dari
sebuah peristiwa duplikasi yang terjadi sebelum berbeda antara tiga domain. Urutan peristiwa
EF-Tu dapat digunakan sebagai outgroups untuk menyimpulkan akar pohon terhadap urutan
peristiwa EF-G dan sebaliknya. Cabang pohon EF-G pada Gambar 5.41 menunjukkan bahwa
eukaria (diwakili oleh jamur lendir dan mammalia) kerabat dari takson Archae (diwakili oleh
Methanococcus) dengan mengesampingkan bakteri (diwakili oleh Micrococcus dan Escherichia
coli). Urutan peristiwa EF-Tu menghasilkan topologi yang identik.
 Dari Gambar 5.40, kami mencatat bahwa dalam merekonstruksi pohon filogenetik gen
duplikat, kami harus yakin bahwa identifikasi kami tentang gen arthologous (gen yang homolog
karena peristiwa spesiasi) benar. Hal ini tidak selalu menjadi tugas yang mudah. Cara
penyelesaian menarik dari masalah ini ditunjukkan oleh Lawson et al (1996). Dalam studi
mereka tentang sintetase carbamoylphosphate, mereka mendapat keuntungan dari fakta bahwa
enzim ini berisi duplikasi gen internal yang kuno (Bab 6) umum untuk semua tiga domain. Oleh
karena itu, urutan peristiwa duplikasi tetap terhubung satu sama lain dalam orientasi yang sama,
dan identifikasi dari urutan orthologous yang sepele.
Gambar gabungan yang muncul dari studi tentang gen yang digandakan dan bagian gen,
seperti subunit dari α and β H+ - ATP (Gogarten et al, 1989), faktor pemanjangan (Baldauf et al,
1996), sintetase aminoasi-tRNA (Brown dan Doolittle, 1995), dan sintetase carbamylphosphate
(Lawson et al, 1996), bahwa peristiwa divergensi pertama adalah perpecahan dasar antara bakteri
dan nenek moyang dari eukariot dan archaea, yang kemudian menyimpang dari satu sama lain
(Gambar 5.42a). Saat ini, Bakteri monophylies dan Eucarya juga terbantahkan. Namun, ada
kemungkinan bahwa Archaea tidak monofiletik, dan bahwa Eucarya yang bersarang dalam
pohon Archaean sebagai kerabat dari Takson Crenarchaeota (Gambar 5.42b).
 Tetapi ada usulan bahwa genom eukariotik adalah Chimera yang berasal dari perpaduan
dari bakteri gram-negatif dan Archaebacterium (Zillig 1991; Gupta and Golding 1993; Golding
and Gupta 1995; Koonin et al. 1997). Dalam analisis kemungkinan maksimum dari 273 urutan
protein dari eukariota, Archaebacteria, dan Eubakteria gram-positif dan gram-negatif, Ribeiro
dan Golding (1998) menemukan 76 Topologi signifikan di tingkat 5%. Perhatikan, 59 (78%)
secara signifikan didukung Archaea/Eucarya clade, 14 (18%) secara signifikan didukung Gram
negatif/Eucarya clade, 3 (4%) didukung Gram-positif/Eucarya clade. Mereka berpendapat bahwa
sebagian besar peristiwa ini mendukung gram-negatif dan Eucarya clade tidak mungkin karena
evolusi konvergen atau kesalahan metodologi. Ribeiro dan Golding (1998), mengemukakan 2
penjelasan alternatif untuk asal genom eukariotik : baik beberapa peristiwa transfer gen
horizontal (Bab 7) dari bakteri gram negatif untuk nenek moyang Archaea dari Eukariota, atau
perpaduan dari genom Archaebacterial dan genom bakteri gram negatif. Dua alternatif ini tidak
mudah dibedakan dari satu sama lain karna (1) organel Eukariota berasal dari Eubacteria (lihat
hal 245), (2) transfer gen organel ke genom nucleus diketahui terjadi, dan (3) genom Archaea
mungkin berisi sebagian besar gen Eubacterial (Gambar 5.43).
 Di dalam Eukariota, ada banyak kandidat untuk julukan keturunan eukariotik pertama.
Pada dekade terakhir, beberapa parasit protista amitokondria (eukariota tanpa mitokondria)
seperti Giardia dianggap mewakili garis keturunan yang paling kuno. Mereka, bagaimanapun,
“diturunkan” oleh temuan yang mengatakan bahwa beberapa taksa Amitochondriate sebenarnya
berhubungan dengan jamur, dan setidaknya mitokondria paling mungkin mewakili bagian/tempat
asalnya—kehilangan organel sekunder dari garis keturunan organisme yang pernah dimiliki
mitikondria (Emblet dan Hirt, 1998). Saat ini, pencarian garis keturunan eukariotik pertama
berpusat di sekitar Palabiontida, sekelompok amitochondriates yang hidup bebas seperti
flagellate amoeboid raksasa Pelomyxa palustris (Stiller et al, 1998). Fokus pencarian pada
organisme Amitochoriate didorong/didukung oleh gagasan bahwa bagian eukaritok lebih bebas
dari bagian mitokondria, e.i., bahwa eukariotik memperoleh mitokondria setelah mereka sudah
memiliki sebuah membran inti tertutup. Kemungkinan bahwa mitokondria memiliki sifat yang
mendefinisikan eukariotik, yaitu prokariot yang terdapat mitokondria sehingga dapat
mengubahnya menjadi Eukariot.