ISOLASI DAN IDENTIFIKASI PATOGEN

Nama : Risdan Miftahul Huda

NIM : B1A016121
Kelompok :3
Rombongan :I
Asisten : Wira Dhyaksa Pradana

LAPORAN PRAKTIKUM FITOPATOLOGI

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2018
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Penyakit adalah suatu aktivitas fisiologis yang merugikan yang disebabkan oleh
gangguan secara terus menerus oleh faktor penyebab primer. Terjadinya penyakit pada
umumnya diawali dengan adanya tanda atau gejala pada tumbuhan yang disebabkan
oleh serangan patogen. Patogen merupakan penyebab penyakit yang bersifat menular,
dapat berupa jamur, bakteri, virus, nematoda ataupun tumbuhan tingkat tinggi yang
parasitik. Tumbuhan yang diganggu oleh patogen dan salah satu fungsi fisiologisnya
terganggu maka akan terjadi penyimpangan dari keadaan normal yang menyebabkan
tumbuhan menjadi sakit (Agrios, 1996).
Tanaman yang terserang penyakit terkadang tidak dapat terdeteksi karena rasa
sakit dan ketidaknyamanan suatu tanaman tidak dapat terlihat. Selain itu, tanaman juga
tidak dapat berbicara atau berkomunikasi dengan manusia sehingga ini menjadi titik
kesulitan dalam mengetahui suatu tanaman sakit (Agrios, 2005). Penyakit tumbuhan
ditunjukan oleh keadaan patologis yang khas yang disebut gejala. Tanaman yang
terserang penyakit biasanya memiliki gejala maupun tanda-tanda alam..
Tanda-tanda penyakit merupakan bagian atau keseluruhan morfologi patogen
yang terlihat pada bagian tumbuhan yang terserang penyakit. Apabila tanaman diganggu
oleh patogen atau oleh kondisi lingkungan tertentu dan satu atau lebih fungsi-fungsi
fisiologisnya terganggu sehingga terjadi penyimpangan tertentu dari normal, maka
tanaman itu menjadi sakit. Mekanisme terjadinya sakit berbeda-beda sesuai dengan
agensia penyebabnya dan kadang- kadang dengan tanamannya (Agrios, 1996).

B. Tujuan

Tujuan praktikum kali ini yaitu untuk mengetahui penyebab penyakit dengan cara
mengisolasi dan mengidentifikasi patogen yang menyebabkan penyakit pada tumbuhan.
 II. TELAAH PUSTAKA

Penyakit pada tumbuhan didefinisakan sebagai serangkaian respon baik yang

terlihat maupun tak terlihat dari sel dan jaringan tumbuhan terhadap organisme patogen
atau faktor lingkungan yang menyebabkan perubahan bentuk, fungsi, atau integritas
tanaman dan memicu terjadinya ketidakstabilan parsial atau kematian bagian tanaman
atau keseluruhan (Agrios, 2005). Penyakit tumbuhan merupakan suatu kondisi pada
tumbuhan yang bertentangan dengan struktur dan fungsi yang normal atau nilai
ekonomis. Menurut Brown & Ogle (1997), mendefinisikan penyakit tumbuhan sebagai
sutau penyimpangan dari kondisi pertumbuhan dan struktur normal yang cukup nyata
dan jelas dengan suatu gejala terlihat atau mengurangi nilai ekonomis. Tumbuhan sering
menunjukkan gangguan atau perubahan fisiologis ini dalam bentuk gejala yang terlihat.
Diagnosis yang cepat dan tepat dari penyakit yang menyerang tumbuhan sangat
penting sebelum dilakukan suatu tindakan pengendalian. Jenis penyakit tumbuhan
dalam beberapa hal dapat mudah diidentifikasi dengan cara pengamatan gejala dan
tanda pada tumbuhan tersebut atau dibantu dengan pengamatan mikroskopis dengan
membuat preparat dari bagian tumbuhan yang sakit secara langsung. Penyebab penyakit
yang tidak langsung teridentifikasi, di perlukan beberapa perlakuan seperti isolasi
patogen pada media buatan hingga diperoleh biakan murni. Postulat Koch merupakan
tahap yang sangat penting dalam proses identifikasi patogen untuk mengetahui patogen
tersebut benar-benar merupakan penyebab utama timbulnya penyakit (Utami et al.,
2008).
Isolasi adalah proses pemisahan mikroorganisme yang diinginkan dari populasi
campuran ke media biakan (buatan) untuk mendapatkan kultur murni. Inokulasi
merupakan perpindahan inokulum dari sumbernya ke dalam tanaman inang. Dengan
dilakukannya inokulasi, berarti patogen memiliki peluang yang besar untuk menyerang
inangnya dan menimbulkan penyakit. Hal ini dapat menjelaskan pengaruh inokulasi
yang nyata terhadap intensitas dan luas serangan penyakit hawar daun. Sedangkan
identifikasi adalah membandingkan gejala yang ada atau yang ditemukan dengan yang
terdapat di dalam buku atau pustaka (Perhutani, 2001)
Prinsip kerja isolasi mikroorganisme (patogen) cukup sederhana yakni dengan
menginokulasikan sejumlah kecil mikroorganisme pada suatu medium tertentu yang
dapat menyusung kehidupan mikroorganisme. Sejumlah kecil mikroorganisme ini
didapat dari bermacam-macam tempat tergantung dari tujuan inokulasi (Talaro, 1999).
Teknik isolasi mikroorganisme adalah suatu usaha untuk menumbuhkan
mikroorganisme diluar dari lingkungan alamiahnya. Mikroorganisme dapat diperoleh
dari lingkungan air, tanah, udara, substrat yang berupa bahan pangan, tanaman dan
hewan. Jenis mikroorganisme dapat berupa bakteri, khamir, jamur dan jamur. Populasi
mikroorganisme di lingkungan sangan beranekaragam sehingga dalam mengisolasi di
perlukan beberapa tahap penanaman sehingga berhasil di peroleh koloni tunggal
(Fardiaz, 1992).
Hasil dari identifikasi, dapat diperoleh suatu kesimpulan mengenai jenis patogen
yang menyerang tumbuhan yang kemudian lebih lanjut upaya tersebut juga dapat
diarahkan untuk mempelajari upaya – upaya pengendalian yang tepat untuk mencegah
serangan patogen tersebut. Salah satunya melalui uji antagonism dari jamur antagonis.
Proses identifikasi petogen tumbuhan menjadi sangat penting untuk memastikan jenis
patogen yang menyerang tumbuhan secara akurat. Proses identifikasi dapat dilakukan
dengan pengamatan sifat-sifat mikroskopis (hifa, tubuh buah dan konidia) dan
makroskopis (gejala penyakit dan tanda penyakit di lapangan). Berdasarkan ciri-ciri
tersebut patogen diidentifikasi dengan menggunakan kunci identifikasi atau yang
dideskripsikan dengan pustaka (Utami et al., 2008).
 III. MATERI DAN METODE

A. Materi

Alat yang digunakan pada praktikum kali ini adalah LAF (laminar air flow),
cawan petri, bunsen, scalpel, tisu, wrapper, pipet tetes, mikroskop, object glass, cover
glass, hand sprayer, lebel, pinset, dan jarum ose.
Bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah alkohol 70%, medium
PDA, akuades, daun dan buah cabai (Capsicum annum), buah pisang (Musa sp), buah
pepaya (Carica papaya), daun tomat (Solanum lycopersicum), daun nangka (Artocarpus
heterophyllus), dan bulir padi (Oryza sativa).

A. Metode

1. Isolasi

Tanaman sehat Tanaman sakit

Sampel daun yang sakit Dipotong ukuran 1x1 cm Alkohol 70%

pada bagian yang sehat
dan yang sakit

Inkubasi 3 x 24 jam

Media PDA Akuades steril

2. Peremajaan

Inkubasi 4 x 24 jam

Isolat Media PDA baru

Diambil 1 plug

3. Identifikasi

Isolat hasil diletakkan di ditetesi kuades dan

Peremajaan object glass ditutup dengan

diambil 1 ose cover glass

Diamati di mikroskop

Hasil difoto
 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Tabel 3.1. Hasil Pengamatan Isolasi dan Identifikasi Patogen

Makroskopis
1 2 3 4

WK Hijau Putih Hitam Hijau

kehitaman

WSK Hitam Putih Hitam Hijau

PK Cottony Seperti Seperti kapas Seperti Kapas

Kapas

TK Rata Rata Rata Bergerigi

PP Konsentris Konsentris Acak Konsentris

Mikroskopis

Hifa Septat Septat Bersekat Aseptat

Konidia Ada Ada Ada -

Rhizoid - Ada Ada -

Hasil Cercospora Fusarium Asperigillus Trichoderma sp.
sapsici oxsporum niger

Gambar 1. Hasil Isolasi Gambar 2. Hasil Peremajaan

Gambar 3. Hasil Identifikasi
Aspergillus niger
B. Pembahasan

Pengisolasian merupakan suatu teknik atau cara untuk memisahkan atau

memindahkan mikroorganisme tertentu dari lingkungannya, sehingga diperoleh kultur
murni. Kultur murni ialah kultur sel-sel mikroba yang berasal dari pembelahan dari satu
sel tunggal. Manfaat kultur murni adalah untuk menelaah atau mengidentifikasi
mikroba, termasuk penelaahan ciri-ciri kultural, morfologis, fisiologis, maupun
serologis, yang memerlukan suatu populasi yang terdiri dari satu macam
mikroorganisme saja (Soni, 2010). Isolasi jamur patogen dilakukan di dalam laminar
air flow cabinet dengan cara mengambil sampel tumbuhan. Setelah itu sampel daun
sehat dan sakit diletakkan pada bagian kanan dan kiri medium PDA steril di dalam
cawan petri dan diinkubasi pada suhu kamar selama 7 hari. Setelah diperoleh biakan
murni, isolat direisolasi pada medium PDA, kemudian jamur tersebut diidentifikasi.
(Saqidul, 2010).
Identifikasi dilakukan dengan mengamati ciri makroskopis dan mikroskopis
jamur. Ciri makroskopis yang diamati adalah warna jamur, koloni jamur dan bentuk
tubuh buah jamur. Pengamatan ciri mikroskopis mencakup hifa, spora, sporangium,
konidia dan konidiofor dan ciri khusus yang akan menentukan jenis jamur tersebut (Arif
et al., 2008). Identifikasi patogen secara makroskopis dilakukan dengan mengamati warna
koloni, tipe koloni, dan lama pertumbuhan cendawan pada medium (Retnosari et al., 2014).
Peremajaan biakan adalah upaya yang dilakukan untuk mempertahankan sifat
alami patogen yang diisolasi. Patogen yang diremajakan adalah jenis patogen biakan
murni yaitu patogen yang terdiri dari satu jenis patogen yang dibutuhkan tanpa adanya
kontaminasi. Perlakuan aseptik dibutuhkan untuk mendapatkan biakan murni.
Peremajaan mikroba bertujuan untuk memperoleh biakan yang baru sehingga
diharapkan dapat berkembang biak dengan baik. Peremajaan penting karena mencegah
terjadinya kerusakan sel patogen. Kerusakan yang dapat terjadi meliputi penurunan
viabilitas dan stabilitas sel bahkan suatu patogen akan kehilangan potensinya sebagai
suatu patogen (Black, 1999).
Berdasarkan hasil pengamatan kelompok 3 yang menggunakan daun pepaya
(Carica papaya) karakter makroskopis yang terdiri dari koloni berwarna putih, tepi
koloni bergerigi, tekstur koloni halus dan pola penyebaran koloni konsentris. Karakter
mikroskopis yang terlihat terdiri atas hifa dan konidium. Hifa berseptat dan memiliki
konidia. Berdasarkan hasil identifikasi menggunakan buku identifikasi, kami
mendapatkan nama genus jamur yang sesuai dengan deskripsi diatas yaitu
Phymatotrichopsis. Phymatotrichum disebabkan oleh jamur yang ditularkan melalui
tanah. Rentang jamur yang luas mencakup berbagai tanaman. Phymatotrichum root rot
(PRR) adalah salah satu penyakit kapas (Gossypium spp.) yang paling merusak Dan
alfalfa (Medicago sativa), sumber serat alami yang paling penting dan salah satu
tanaman pakan ternak yang paling penting (Uppalapati et al., 2010). Busuk kapas sering
menyebabkan layu cepat dan kematian tuan rumah pada akhir musim semi, musim
panas dan awal musim gugur saat suhu tinggi (Olsen, 2015). Klasifikasi dari) P.
omnivora menurut Agrios (2005) yaitu.
Kingdom : Fungi
Divisi : Ascomycota
Kelas : Pezizomycetes
Ordo : Pezizales
Famili : Rhizinaceae
Genus : Phymatotrichopsis
Species : P. omnivora
Berdasarkan hasil pengamatan kelompok 1 yang menggunakan daun cabai
karakter makroskopis yang terdiri dari koloni berwarna Hijau kehitaman, tepi koloni
rata, tekstur koloni cottony dan pola penyebaran koloni konsentris. Karakter
mikroskopis yang terlihat terdiri atas hifa dan konidium. Hifa berseptat dan memiliki
konidia. Berdasarkan hasil identifikasi menggunakan buku identifikasi, kami
mendapatkan nama genus jamur yang sesuai dengan deskripsi diatas yaitu Cercospora.
Spesies Cercospora (Mycosphaerellaceae) sering dikaitkan dengan bintik daun, tetapi
juga menyebabkan nekrotik pada bunga, buah, bracts, biji dan pedikel dari banyak
tanaman yang dibudidayakan dan dari berbagai iklim di seluruh dunia (Bakshi et al.,
2015). Klasifikasi dari Cerospora menurut Agrios (2005) yaitu:
Kingdom: Fungi
Divisi : Acomycota
Kelas : Dothideomycetes
Ordo : Capnodiales
Family : Mycosphaerellaceae
Genus : Cerospora
Cendawan Fo tergolong kedalam kingdom: Mycetae, divisi: Mycota, subdivisi:
Deuteromycotina, klas: Hypomycetes, ordo: Hyphales(Moniliales), family:
Tubercularia-ceae, genus: Fusarium, spesies: F. oxysporum (Agrios, 1996). Miselium
cendawan ini bersekat terutama terdapat di dalam sel, khususnya di dalam
pembuluh kayu. Cendawan ini juga membentuk miselium yang terdapat diantara sel-
sel, yaitu dalam kulit dan di jaringan parenkim di dekat tempat terjadinya infeksi
Semangun 2004). Pada medium Potato Dextrose Agar (PDA) mula-mula miselium
berwarna putih, semakin tua warna menjadi krem atau kuning pucat, dalam keadaan
tertentu berwarna merah muda agak ungu. Miselium bersekat dan membentuk
percabangan. Beberapa isolat Fusarium akan membentuk pigmen biru atau merah di
dalam medium. Jamur ini merupakan parasit lemah artinya hanya dapat menyerang
tanaman yang sedang berada pada kondisi lemah (peka) karena kekeringan, kekurangan
unsur hara, terlalu banyak sinar matahari dan tanaman terlalu banyak buah (Semangun,
2000).
Aspergillus spp. merupakan fungi multiseluler dan membentuk filamen yang
terdiri dari benang hifa. Kumpulan dari hifa membentuk miselium pada ujung hifa,
terutama pada bagian yang tegak membesar merupakan konidiofornya yang di
dalamnya terdapat konidia. Berbagai warna Aspergillus sp. sebagai salah satu ciri
identifikasinya antara lain Aspergillus fumigatus berwarna hijau tua, Aspergillus flavus
berwarna hijau muda, putih atau kuning, dan Aspergillus niger berwarna hitam.
Sedangkan ciri-ciri Rhizopus sp. adalah hifa tidak bersepta dan mempunyai stolon serta
rhizoid yang warnanya gelap jika sudah tua. Spesies dari Aspergillus diketahui terdapat
dimana-mana dan tumbuh pada hampir semua substrat. Selain keduanya menyebabkan
penurunan perkecambahan akibat buruknya viabilitas benih, Aspergillus sp. juga
bersifat patogen karena aflatoksin yang dihasilkan menyebabkan karsinogen. Toksin
yang dihasilkan oleh Aspergillus sp. berupa mikotoksin yaitu senyawa hasil
metabolisme sekunder jamur. Mikotoksin yang dihasilkan oleh Aspergillus sp. adalah
aflatoksin yang dapat menyerang sistem saraf pusat yang beberapa diantaranya bersifat
karsinogenik menyebabkan kanker pada hati, ginjal, dan perut (Masniawati et al., 2013).
Klasifikasi Aspergillus sp. Menurut Alexopoulos dan Mims (1999) yaitu :
Kingdom : Fungi
Phylum : Ascomycota
Class : Eurotiomycetes
Ordo : Eurotiales
Famili : Trichocomaceae
Genus : Aspergillus
Spesies : Aspergillus niger.
Trichoderma spp. merupakan cendawan antagonis yang banyak terdapat di tanah
dan digunakan untuk mengendalikan patogen tanah. Trichoderma spp. mempunyai sifat
mikroparasitik yaitu kemampuan untuk menjadi parasit cendawan lain. Sifat inilah yang
dimanfaatkan sebagai biokontrol terhadap jenis-jenis cendawan fitopatogen.
Trichoderma spp. merupakan sejenis cendawan yang termasuk kelas ascomycetes, dan
memiliki aktivitas antifugal yang tinggi. Trichoderma spp. dapat memproduksi enzim
litik dan antibiotik antifugal. Selain itu Trichoderma spp. juga dapat berkompetisi
dengan patogen dan dapat membantu pertumbuhan tanaman, serta memiliki kisaran
penghambatan yang luas karena dapat menghambat berbagai jenis fungi. Trichoderma
spp. memproduksi metabolit seperti asam sitrat, etanol dan berbagai enzim seperti
urease, selulase, glukanase dan kitinase. Hasil metabolit ini dipengaruhi kandungan
nutrisi yang terdapat dalam media. Trichoderma spp. dapat memproduksi beberapa
pigmen yang bervariasi pada media tertentu seperti pigmen ungu yang dihasilkan pada
media yang mengandung amonium oksalat, dan pigmen jingga yang dihasilkan pada
media yang mengandung gelatin atau glukosa, serta pigmen merah pada medium cair
yang mengandung glisin dan urea. Saat berada pada kondisi yang kaya akan kitin,
Trichoderma spp. memproduksi protein kitinolitik dan enzim kitinase. Enzim ini
berguna untuk meningkatkan efisiensi aktivitas biokontrol terhadap patogen yang
mengandung kitin. ada Trichoderma spp. yang dikultur, morfologi koloninya bergantung
pada media tempat bertumbuh. Pada media yang nutrisinya terbatas, koloninya tampak
transparan, sedangkan pada media yang nutrisinya lebih banyak koloninya dapat terlihat
lebih putih. Konidia dapat terbentuk dalam satu minggu, warnanya dapat kuning, hijau
atau putih. Pada beberapa spesies dapat diproduksi semacam bau seperti permen atau
kacang. Klasifikasi Trichoderma spp. secara alami adalah sebagai berikut :
Kerajaan : Fungi
Divisi : Ascomycota
Upadivisi : Pezizomycotina
Kelas : Sordariomycetes
Ordo : Hypocreales
Famili : Hypocreaceae
Genus : Trichoderma
 V. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa isolasi dilakukan

dengan meletakkan secara aseptis potongan daun pepaya sakit dan sehat di medium
PDA. Identifikasi dilakukan dengan mengamati ciri makroskopis dan mikroskopis
jamur. Ciri makroskopis meiputi warna koloni, tepi koloni, tekstur koloni dan tipe
penyebaran miselium. Ciri mikroskopis mencakup hifa dan konidium. Jamur yang
menyerang daun pepaya berdasarkan hasil identifikasi termasuk ke dalam spesies
Aspergillus niger

B. Saran

Sebaiknya dalam mengambil preparat untuk diamati tidak terlalu tebal pada
object glass agar hasil pengamatan mikroskopis dapat maksimal.
 DAFTAR REFERENSI

Arif, A., Muin, M., Kuswinanti, T., dan Rahmawati. 2008. Isolasi dan Identifikasi Jamur
Kayu dari Hutan Pendidikan Universitas Hasanuddin di Bengo-Bengo
Kecamatan Cenrana Kabupaten Maros. Jurnal Perennial, 5(1): 15-22.

Agrios G. N. 1996. Plant Pathology. New York: Elsevier Academic Press

Agrios G. N. 2005. Plant Pathology 5th Edition. New York: Elsevier Academic Press.

Bakhshi, M., Arzanlou., Babai-ahari, A., Groenewald, J. Z., Braun, U & Crous, P. W.
2015. Application of Consolidates Species Concept to Cercospora spp. From
Iran. Persoonia, 34(1), pp. 65-86.

Brown, J.F., dan Ogle, H.J., 1997. Plant Pathogens and Plant Diseases. Australia:
Rockvale Publications.

Fardiaz, S. 1992. Mikrobiologi Pangan I. Jakarta: PT. Gramedia Pustaka Utama.

Perum Perhutani. 2001. Pengelolaan Sumberdaya Hutan Bersama Masyarakat.

Perhutani: Jakarta.

Olsen, M. 2015. Cotton (Texas) Root Rot. College of Agricultural & Life Science, 2(15),
pp. 2-7.

Retnosari, E., Henuk, J. B. D & Sinaga, M. S. 2014. Identifikasi Penyebab Penyakit

Busuk Pangkal Batang pada Jeruk. Jurnal Fitopatologi, 10(3), pp. 93-97.

Sadiqul, M. 2010. Isolasi Dan Pemurnian Mikrobia. Banjarbaru: Program Studi

Teknik Lingkungan Fakultas Teknik Universitas Lambung Mangkurat.

Soni, Ahmad. 2010. Isolasi Dan Pemurnian Mikroba, Teknik Pemeliharaan Kultur
Murni Dan Perhitungan Angka Lempeng Total (Total Plate Count/TPC).
Skripsi. Malang: Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Brawijaya.

Talaro, K. P. 1999. Foundation Mikrobiologi Third Edition. MC. Graw Hill

Company: Boston.

Utami, S., I. Anggraeni dan Sahwalita. 2008. Serangan Penyakit Daun pada
Jelatung Darat (Dyera costulata Hook.) dan Jelatung Rawa (Dyera lowii
Hook.) di Sumatera Utara. Tekno Hutan Tanama, 1(1): 45-52.
Uppalapati, S. R., Young, C. A., Marek, S. M & Mysore, K. S. 2010.
Phymatotrichum (Cotton) Root Rot Caused by Phymatotrichopsis omnivora:
Retrospect and Prospect. Molecular Plant Pathology, 11(3), pp. 325-334.

Masniawati, A., Tutik, K., Risco B., Gobel., and Risnawaty, R. 2013. Identifikasi
Cendawan Terbawa pada Benih Padi Lokal Aromatik Pulu Mandoti, Pulu Pinjan, dan
Pare Lambau asal Kabupaten Enrekang, Sulawesi Selatan. Biology Dept FMIPA Unhas,
51-59

Semangun, 2001. Pengantar Ilmu Penyakit Tumbuhan. Gadjah Mada University Press.
Yogyakarta.