Tugas Bioteknologi Dasar

Manipulasi/Rekayasa Genetika Sel

Eksplorasi Teknik Isolasi dan Peranan
Mikroba dalam Bioteknologi Dasar

Oleh:

Kelompok 3

1. Dea Lusiana Hudjuli

2. Nurul Ainsyah Suleman
3. Siti Hadijah L. Bempa
4. Sri Rahmatia
5. Wisna Taniyo

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN IPA
UNIVERSITAS NEGERI GOROTALO
2018
 i

DAFTAR ISI

DAFTAR ISI .................................................................................................... i

BAB I PEMBAHASAN ................................................................................... 1
1.1. Manipulasi/Rekayasa Genetika Sel ........................................................... 1
1.2. Eksplorasi Teknik Isolasi dan Peranan Mikroba Bioteknologi Dasar ...... 10
BAB II PENUTUP ........................................................................................... 17
2.1. Kesimpulan ............................................................................................... 17
DAFTAR PUSTAKA ...................................................................................... 19
 1

BAB I
PEMBAHASAN

1.1 Manipulasi/Rekayasa Genetika Sel

Rekayasa genetika (genetic engineering) pencangkokan gen atau rekombinan
DNA. Penelitian tentang rekayasa genetika telah dimulai pada awal 1950-an.
Sebelumnya, rekayasa genetika dianggap sebagai suatu impian saja. akan tetapi,
kini kemampuan untuk mencangkokkan bahan genetik dan membongkar kembali
informasi keturunan memberikan hasil nyata dan telah terbukti manfaat.
Rekayasa genetika dapat diartikan sebagai kegiatan manipulasi gen untuk
mendapatkan produk baru dengan cara membuat DNA rekombinan melalui
penyisipan gen. DNA rekombinan adalah DNA yang urutannya telah
direkombinasikan agar memiliki sifat-sifat atau fungsi yang kita inginkan
sehingga organisme penerimanya mengekspresikan sifat atau melakukan fungsi
yang kita inginkan. Obyek rekayasa genetika mencakup hampir semua golongan
organisme, mulai dari bakteri, fungi, hewan tingkat rendah, hewan tingkat tinggi,
hingga tumbuh-tumbuhan.
Bahan genetik DNA mengandung informasi keturunan yang dimiliki oleh
makhluk hidup. Bahan genetik DNA berupa pita ganda yang berbentuk spiral
(double helix). Jika diumpamakan, salah satu pita ini menyerupai sebuah pita
kaset rekaman. Pita dapat dihapus untuk kemudian di ganti dengan rekaman yang
lain (Karmana, Oman. 2005).
Prosedur-prosedur DNA rekombinan (penjalinan gen, gene splicing) adalah
contoh rekayasa genetika yang paling dikenal. DNA dari organisme asing,
biasanya merupakan spesies yang benar-benar berbeda, diintroduksi dan
diintegrasi dengan genom organisme tertentu. Genom hibrid yang baru pun
diperoleh dengan karakteristik-karakteristik organisme penyumbang DNA
diekspresikan pada organisme penerima (Fried, George H., dkk. 2006).

1.1.1 Teknologi Rekayasa Genetika

Teknologi Rekayasa Genetika merupakan inti dari bioteknologididefinisikan

sebagai teknik in-vitro asam nukleat, termasuk DNA rekombinandan injeksi
langsung DNA ke dalam sel atau organel atau fusi sel di luar keluargataksonomi
yang dapat menembus rintangan reproduksi dan rekombinasi alami,dan bukan
teknik yang digunakan dalam pemuliaan dan seleksi tradisional.
Prinsip dasar teknologi rekayasa genetika adalah memanipulasi
ataumelakukan perubahan susunan asam nukleat dari DNA (gen) atau
menyelipkangen baru ke dalam struktur DNA organisme penerima. Gen yang
diselipkan danorganisme penerima dapat berasal dari organisme apa saja.
Misalnya, gen daribakteri bisa diselipkan di kromosom tanaman, sebaliknya gen
 2

tanaman dapatdiselipkan pada kromosom bakteri. Gen serangga dapat diselipkan

pada tanamanatau gen dari babi dapat diselipkan pada bakteri, atau bahkan gen
dari manusiadapat diselipkan pada kromosom bakteri (Rangkuti, Rahmayani.
2011).

1.1.2 Teknik yang Digunakan dalam Rekayasa Genetika

Pada dasarnya upaya untuk mendapatkan suatu produk yang diinginkan
melalui teknologi DNA rekombinan melibatkan beberapa tahapan tertentu.
Tahapan-tahapan tersebut adalah isolasi DNA genomik/ kromosom yang akan
diklon, pemotongan molekul DNA menjadi sejumlah flagmen dengan berbagai
ukuran, penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk menghasilkan molekul
DNA rekombinan, transformasi sel inang menggunakan molekul DNA
rekombinan, pengklonaan vektor pembawa DNA rekombinan, dan identifikasi
klon sel yang membawa gen yang diinginkan (Almustanir. 2010).
Individu hasil rekayasa genetika disebut transgenik. Rekayasa genetika
memiliki beberapa cara, yaitu sebagai berikut
1) Fusi Sel
Cara ini bisa diterapkan untuk tumbuhan, hewan, dan manusia. Metode ini
adalah cara menggabungkan dua sel yang berbeda untuk mendapatkan sel
baru seperti yang diinginkan. Cara ini sudah diterapkan untuk menghasilkan
antibodi monoklonal dengan memfusikan sel leukosit (menghasilkan
antibodi) manusia dengan sel kanker tikus. Hasil fusi dari kedua sel tersebut
dikultur dan menghasilkan antibodi monoklonal.
2) Transgenik Inti (Somatic Cell Nuclear Transfer)
Metode ini biasa diterapkan pada manusia dan hewan. Metode ini dilakukan
dengan memindahkan inti sel telur dari satu individu dan menggantinya
dengan inti sel somatis dari sel somatis individu lain. Setelah menjadi embrio,
dimasukkan kembali ke dalam rahim yang sudah dipersiapkan. Individu dari
hasil metode ini akan memiliki sifat yang sama persis dengan individu yang
menyumbangkan inti sel somatis
3) Rekombinan DNA
Metode ini bias disebut dengan metode penyipan gen. Caranya adalah
memasukkan potongan DNA ke dalam sel vektor. Vektor ini biasanya adalah
plasmid atau bakteriophage. Gabungan antara vektor dengan potongan DNA
ini disebut Rekombinan DNA. Metode ini biasanya digunakan dalam dunia
kedokteran, contohnya untuk menghasilkan hormon insulin. Caranya untuk
menghasilkan insulin dengan teknik rekombinan DNA adalah sebagai berikut
 DNA penghasil insulin pada manusia dipotong dengan menggunakan
enzim restriksi
 Hasil potongan DNA dimasukkan ke dalam bakteri Escherichia coli
sebagai vektor
 Plasmid tersebut dimasukkan ke dalam bakteri escherichia coli
 3

 E.coli yang sudah mengandung rekombinan DNA dikultur dalam

medium khusus sehingga bakteri tersebut bisa menghasilkan insulin
(Matrix. 2009).

(Sudjadi. 2008)

1.1.3 Tujuan dan Manfaat Rekayasa Genetika

1) Meningkatnya derajat kesehatan manusia, dengan diproduksinya
berbagai hormone manusia seperti insulin dan hormone pertumbuhan.
2) Tersedianya bahan makanan yang lebih melimpah.
3) Tersedianya sumber energy yang terbaharui.
4) Proses industry yang lebih murah.
5) Berkurangnya polusi (Siregar, 2011)

1.1.4 Rekayasa Genetika Dalam Bidang Peternakan dan Pangan

1.1.4.1 Peternakan
Organisme dan produksi hasil rekayasa genetika disebut Organisme Hasil
Modifikasi Genetika (OHMG) atau Genetically Modified Organism (GMO).
Organisme hasil modifikasi genetika dalam bidang peternakan meliputi
peningkatan produksi peternakan ditempuh dengan cara penurunan morbiditas
 4

ternak, perbaikan pakan, dan perbaikan bibit. Hampir seluruh faktor produksi
peternakan telah disentuh oleh teknologi rekayasa genetika.
Vaksin yang diproduksi bagi dunia kedokteran hewan sama dengan vaksin
pada manusia, yaitu sebagai berikut :
1) Vaksin penyakit mulut dan kuku (PMK) adalah gen virus antigen PMK yang
dikloning ke E. coli sehingga diperoleh antigen virus PMK dalam jumlah
besar.
2) Vaksin rabies juga diproduksi dengan teknologi rekayasa genetika
3) Vaksin Blue-tongue khusus pada domba
4) Vaksin white diarrhea pada babi
5) Vaksin fish-fibrosis, vaksin yang diproduksi dengan teknologi rekayasa
genetika yang digunakan untuk vaksin ikan atau aquakultur.
Hormon pertumbuhan pada manusia (Human Growth Hormone = HGH) saat
ini sudah dapat diproduksi dengan teknologi rekayasa genetika yang
menggunakan E. coli sebagai vektor plasmidnya. Selain itu, juga dijumpai Bovide
Growth Hormone (BGH), Porcine Growth Hormone (PGH), dan Chicken Growth
Hormone (CGH).
Penyuntikan hormon BGH pada sapi ternyata dapat meningkatkan produksi
susu selain meningkatkan produksi daging (Kadaryanto, dkk. 2006).
1.1.4.2 Pangan
Pangan hasil rekayasa genetika merupakan pangan yang diturunkan dari
makhluk hidup hasil rekayasa genetika. Pada umumnya pangan bersumber dari
tanaman, dan tanamanlah yang sekarang ini paling banyak dimuliakan melalui
teknik rekayasa genetika. Tanaman hasil rekayasa genetika dikembangkan
menggunakan alat bioteknologi modern. Berbeda dengan metode pertanian
tradisional/konvensional. Keduanya mempunyai maksud yang sama yaitu
menghasilkan varietas tanaman unggul dengan sifat yang telah diperbaiki, yang
menjadikannya lebih baik untuk ditanam, dan lebih menarik untuk dimakan serta
manfaat lainnya. Perbedaannya terletak pada bagaimana hasil itu diperoleh.
“Pemuliaan tradisional memerlukan persilangan yang mencampur ribuan gen dari
dua jenis tanaman dengan harapan akan mendapatkan sifat yang diinginkan.
Dengan bioteknologi modern, seseorang dapat memilih sifat yang diinginkan dan
menyisipkan sifat tersebut ke dalam biji. Sama halnya dengan menambahkan satu
kata Spanyol ke dalam kamus bahasa Inggris. Dengan pemuliaan tanaman
tradisional seseorang harus mencampur kedua kamus tersebut menjadi satu dan
mengharapkan kata yang diinginkan berakhir dalam bahasa Inggris. Tentu saja
akan banyak kata lain yang tidak diinginkan mulus, efisien dan memberikan hasil
yang lebih baik”.
Pada tahun 1994, tanaman pangan hasil rekayasa genetika pertama, tomat
dengan sifat kemasakan tertunda, ditanam dan dikonsumsi di Negara maju. Sejak
saat itu jumlah pangan yang berasal dari tanaman hasil rekayasa genetika kian hari
kian bertambah.
 5

Pangan yang berasal dari tanaman hasil rekayasa genetika telah mengalami
lebih banyak pengujian dibandingkan dengan pangan lainnya dalam sejarah.
Sebelum dipasarkan pangan tersebut dikaji sesuai dengan pedoman yang telah
dikeluarkan oleh berbagai lembaga ilmiah internasional seperti World Health
Organization (WHO), Food And Agriculture Organization (FAO) dan
Organization for Economic Cooperation and Development (OECD).
Pedoman tersebut adalah sebagai berikut :

1. Pangan hasil rekayasa genetika harus diatur seperti halnya dengan

pengaturan pangan yang dihasilkan dengan metode selain rekayasa
genetika. Resiko yang terkait dengan pangan yang berasal dari hasil
rekayasa pada dasarnya sama dengan pangan yang dihasilkan secara
konvensional
2. Produk-produk tersebut akan dinilai berdasarkan keamanan, alergenisitas,
toksisitas, dan nutrisinya masing-masing, bukan atas dasar metode atau
teknik yang digunakan untuk menghasilkan produk tersebut.
3. Setiap penambahan unsur baru ke dalam pangan melalui rekayasa genetika
akan dimintakan persetujuan sebelum dipasarkan seperti halnya
penambahan bahan tambahan pangan (misalnya pengawet dan pewarna)
untuk makanan yang harus mendapat izin sebelum diedarkan (Publikasi,
2003).

1.1.5 Contoh Hasil Rekayasa Genetika

1.1.5.1 Ternak
1) Sapi perah hasil Rekayasa Genetika

Hormon pertumbuhan sapi mulai direkayasa

agar dapat meningkatkan produksi air susu sapi.
Sapi yang diberi hormon tersebut diharapkan dapat
meningkatkan produksi air susunya sampai 20%
(Kadaryanto, dkk. 2006).

2) Kambing Dolly

Kloning yang dilakukan pada domba

dolly (1998), yang diambil dari sel kelenjar
susu kambing dan difertilisasikan pada sel
telur tanpa inti, lalu diimplankan ke rahim
kambing agar terjadi proses embryogenesis
alami dan kemudian lahir klon yang sangat
mirip dengan induknya (dolly) (Karmana ,
 6

Oman. 2005).
3) Monyet hasil kloning

(Karmana , Oman. 2005).

4) Lembu Transgenik - Penghasil Protein Susu

Rekombinan Teknologi transgenik ini

telah sukses dilakukan untuk kepentingan
di bidang agrikultur dalam meningkatkan
mutu kualitas pangan. Pada hewan uji yang
berupa lembu jarang sekali dilakukan
percobaan transgenik hal ini dikarenakan
banyak kendala seperti masa regenerasinya butuh waktu sekitar 2 tahun.
Namun para peneliti akhirnya bisa menyisipi gen penghasil α-lactalbumin
yang berasal dari manusia. Dari hasil uji produksi susu sebesar 91 ml,
ditemukan sekresi α–lactalbumin dengan konsentrasi 2,4 mg ml-1. Metode
yang digunakan adalah melakukan fertilisasi secara in vitro yang selanjutnya
akan dihasilkan zigot. Tahap berikutnya zigot akan diinjeksi dengan DNA
yang mengandung gen α–lactalbumin. Proses injeksi dengan menggunkan
teknik microinjection (Gambar 2). Selanjutnya zigot dikultur selama 6 atau 7
hari dengan menggunakan media sintetik yang menyerupai cairan oviduk.
Setelah itu akan tumbuh menjadi embrio dan ditransfer ke rahim lembu untuk
proses kehamilan.
5) Kelinci - Penghasil Bispesifik T-Cell Antibody
Salah satu penyakit pada manusia yang mematikan adalah kanker.Penyakit
ini dapat diatasi dengan meningkatkan antibodi sel T. Sekarang dengan
menggunakan rekayasa genetika, kelinci dapat dipakai sebagai hewan uji
untuk menghasilkan dua macam antibodi spesifik, yakni molekul CD28 dan
r28M yang mampu menginduksi TCR/CD3 yang mampu membunuh sel
kanker.Dengan ditemukannya antibodi bispesifik ini dapat diharapkan untuk
mendapatkan cukup banyak pengetahuan tentang antibodi bispesifik bagi
aplikasi medis.
 7

6) Ayam - Penghasil Tetrasiklin

Penemuan ini merupakan terobosan baru dalam mengembangkan
bioreaktor yang mampu menghasilkan biofarmasi dalam jumlah kuantitas
yang besar.Tetrasiklin merupakan antibiotik yang diperlukan dalam dunia
medis untuk men-treatment pasien.Selama ini tetrasiklin dihasilkan dari
mikroorganisme. Dengan terobosan baru ini, diharapkan ayam transgenik
mampu menghasilkan tetrasiklin dalam jumlah yang lebih banyak serta lebih
hemat dalam proses pembutannya. Dalam penelitian ini digunakan retrovirus
sebagai vektornya.Dimana retrovirus didesain untuk membawa materi genetik
berupa GFP (Green Flourescent Protein) dan rtTA (reverse tetracycline-
controlled transactivator) dibawah pengontrolan tetracycline-inducible
promoter dan PGK (Phosphoglycerate Kinase) promoter.Setelah itu, ayam
transgenik dihasilkan yang mana pada bagian telur ditemukan doxycycline
yang merupakan derivat dari tetrasiklin serta tidak ditemukan adanya
disfungsi fisiologis secara signifikan dari telur tersebut.
7) Tikus Transgenik - Resisten Terhadap Infeksi Bakteri
Resistensi suatu bakteri terhadap jenis antibiotik merupakan salah satu
masalah yang serius bagi dunia medis dan farmasi. Oleh karena itu diperlukan
suatu hewan ternak yang mampu menghasilkan protein antibiotik. Namun,
dalam hal ini tikus digunakan sebagai uji coba terlebih dahulu. Salah satu
protein penghasil antimikroba adalah Protegrin-1 (PG-1) yang meru-pakan
derivat dari neutrofil.
8) GlowFish – Ikan Bercahaya

GloFish merupakan salah satu contoh

hewan transgenik yang direkayasa secara
genetiknya. Ikan ini dikembagkan dari
Amerika Serikat yang merekayasa DNA dari
ikan zebra (Danio rerio) dengan gen
pengkode protein flourens warna hijau dari
gfp (green flourescent protein). Namun
secara fenotip, warna yang dihasilkan bukan
hanya warna hijau saja melainkan warna kuning hingga merah.
1.1.5.2 Pangan
1.) Kedelai toleran herbisida
Kedelai toleran herbisida mengandung gen yang resisten terhadap suatu
herbisida spektrum luas yang ramah lingkungan. Kedelai jenis ini lebih
memudahkan petani untuk mengontrol rumput dan mengurangi kerusakan
tanaman.
Keuntungan lain yaitu efisiensi ladang dengan hasil yang optimal, efisiensi
waktu serta meningkatkan fleksibilitas rotasi tanaman. Kedelai ini memiliki
nilai gizi dan komposisi yang sama dengan kedelai jenis lain.
 8

2.) Jagung Tahan Serangga

Jagung ini mengandung suatu protein pembunuh serangga yang berasal
dari mikroorganisme tanah (Bt) yang memberikan perlindungan dari serangga
pengorek jagung (corn borers). Protein Bt ini telah digunakan sebagai
insektisida organik yang aman selama lebih dari 40 tahun. Dengan menanam
jagung ini petani tidak perlu menggunakan insektisida. Jagung Bt juga dapat
mengurangi kontaminasi toksin yang disebabkan oleh serangan jamur pada
biji yang rusak.

3.) Kentang Tahan Serangga

Sama halnya dengan jagung tahan serangga, kentang jenis ini juga
mengandung protein yang memberikan perlindungan terhadap serangan
kumbang kentang Colorado.

4.) Tomat dengan Kematangan Tertunda

Tomat jenis ini merupakan tanaman pangan rekayasa pertama yang
dihasilkan di sebuah Negara maju. Tomat jenis ini mempunyai masa simpan
lebih lama karena mengandung suatu gen yang dapat memperlambat proses
pelunakan. Tomat ini mempunyai rasa yang lebih enak dibandingkan tomat
jenis lain. Masa simpan yang lebih lama memberikan keuntungan yaitu
mengurangi biaya produksi selama proses panen dan distribusi.

5.) Pepaya Tahan Virus

Pepaya yang dihasilkan di Hawaii ini mempunyai gen yang mengkode
protein coat dari pepaya ringspot virus (PRSV). Protein ini memberikan
perlindungan ketahanan di dalam pepaya terhadap serangan virus PRSV
(Publikasi, 2003).

1.1.6 Dampak Rekayasa Genetika

1. Potensi toksisitas bahan pangan
Transfer genetik terjadi di dalam tubuh organisme transgenik akan muncul
bahan kimia baru yang berpotensi menimbulkan pengaruh toksisitas pada bahan
pangan. Sebagai contoh, transfer gen tertentu dari ikan ke dalam tomat, yang tidak
pernah berlangsung secara alami, berpotensi menimbulkan risiko toksisitas yang
membahayakan kesehatan. Rekayasa genetika bahan pangan dikhawatirkan dapat
mengintroduksi alergen atau toksin baru yang semula tidak pernah dijumpai pada
bahan pangan konvensional.
Di antara kedelai transgenik, misalnya, pernah dilaporkan adanya kasus reaksi
alergi yang serius. Begitu pula, pernah ditemukan kontaminan toksik dari bakteri
transgenik yang digunakan untuk menghasilkan pelengkap makanan (food
supplement) triptofan. Kemungkinan timbulnya risiko yang sebelumnya tidak
 9

pernah terbayangkan terkait dengan akumulasi hasil metabolisme tanaman,

hewan, atau mikroorganisme yang dapat memberikan kontribusi toksin, alergen,
dan bahaya genetik lainnya di dalam pangan manusia.

2. Potensi menimbulkan penyakit/gangguan kesehatan

WHO pada tahun 1996 menyatakan bahwa munculnya berbagai jenis bahan
kimia baru, baik yang terdapat di dalam organisme transgenik maupun produknya,
berpotensi menimbulkan penyakit baru atau pun menjadi faktor pemicu bagi
penyakit lain. Sebagai contoh, gen aad yang terdapat di dalam kapas transgenik
dapat berpindah ke bakteri penyebab kencing nanah (GO), Neisseria gonorrhoeae.
Akibatnya, bakteri ini menjadi kebal terhadap antibiotik streptomisin dan
spektinomisin.
Padahal, selama ini hanya dua macam antibiotik itulah yang dapat mematikan
bakteri tersebut. Oleh karena itu, penyakit GO dikhawatirkan tidak dapat diobati
lagi dengan adanya kapas transgenik. Dianjurkan pada wanita penderita GO untuk
tidak memakai pembalut dari bahan kapas transgenik. Contoh lainnya adalah karet
transgenik yang diketahui menghasilkan lateks dengan kadar protein tinggi
sehingga apabila digunakan dalam pembuatan sarung tangan dan kondom, dapat
diperoleh kualitas yang sangat baik.
Namun, di Amerika Serikat pada tahun 1999 dilaporkan ada sekitar 20 juta
penderita alergi akibat pemakaian sarung tangan dan kondom dari bahan karet
transgenik. Selain pada manusia, organisme transgenik juga diketahui dapat
menimbulkan penyakit pada hewan. A. Putzai di Inggris pada tahun 1998
melaporkan bahwa tikus percobaan yang diberi pakan kentang transgenik
memperlihatkan gejala kekerdilan dan imunodepresi.

3. Potensi erosi plasma nutfah

Penggunaan tembakau transgenik telah memupus kebanggaan Indonesia akan
tembakau Deli yang telah ditanam sejak tahun 1864. Tidak hanya plasma nutfah
tanaman, plasma nutfah hewan pun mengalami ancaman erosi serupa. Sebagai
contoh, dikembangkannya tanaman transgenik yang mempunyai gen dengan efek
pestisida, misalnya jagung Bt, ternyata dapat menyebabkan kematian larva spesies
kupu-kupu raja (Danaus plexippus) sehingga dikhawatirkan akan menimbulkan
gangguan keseimbangan ekosistem akibat musnahnya plasma nutfah kupu-kupu
tersebut.
Hal ini terjadi karena gen resisten pestisida yang terdapat di dalam jagung Bt
dapat dipindahkan kepada gulma milkweed (Asclepia curassavica) yang berada
pada jarak hingga 60 m darinya. Daun gulma ini merupakan pakan bagi larva
kupu-kupu raja sehingga larva kupu-kupu raja yang memakan daun gulma
milkweed yang telah kemasukan gen resisten pestisida tersebut akan mengalami
kematian. Dengan demikian, telah terjadi kematian organisme nontarget, yang
cepat atau lambat dapat memberikan ancaman bagi eksistensi plasma nutfahnya.
 10

4. Potensi pergeseran gen

Daun tanaman tomat transgenik yang resisten terhadap serangga Lepidoptera
setelah 10 tahun ternyata mempunyai akar yang dapat mematikan mikroorganisme
dan organisme tanah, misalnya cacing tanah. Tanaman tomat transgenik ini
dikatakan telah mengalami pergeseran gen karena semula hanya mematikan
Lepidoptera tetapi kemudian dapat juga mematikan organisme lainnya.
Pergeseran gen pada tanaman tomat transgenik semacam ini dapat mengakibatkan
perubahan struktur dan tekstur tanah di areal pertanamannya.

5. Potensi pergeserean ekologi

Organisme transgenik dapat pula mengalami pergeseran ekologi. Organisme
yang pada mulanya tidak tahan terhadap suhu tinggi, asam atau garam, serta tidak
dapat memecah selulosa atau lignin, setelah direkayasa berubah menjadi tahan
terhadap faktor-faktor lingkungan tersebut. Pergeseran ekologi organisme
transgenik dapat menimbulkan gangguan lingkungan yang dikenal sebagai
gangguan adaptasi (Siregar, 2011)

1.2 Eksplorasi Teknik Isolasi dan Peran Mikroba dalam Bioteknologi Dasar
1.2.1 Isolasi Mikroba dalam Bioteknologi Dasar

Isolasi adalah mengambil mikroorganisme yang terdapat di alam dan

menumbuhkannya dalam suatu medium buatan. Prinsip dari isolasi mikroba
adalah memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya yang berasal dari
campuran bermacam-macam mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan
menumbuhkannya dalam media padat sel-sel mikroba akan membentuk suatu
koloni sel yang tetap pada tempatnya. Isolasi bakteri atau biakan yang terdiri dari
satu jenis mikroorganisme (bakteri) dikenal sebagaibiakan murni atau biakan
aksenik. Biakan yang berisi lebih dari satu macam mikroorganisme (bakteri)
dikenal sebagai biakan campuran, jika hanya terdiri dari dua jenis
mikroorganisme, yang dengan sengaja dipelihara satu sama lain dalam asosiasi,
dikenal sebagai biakan dua-jenis (Alam dkk, 2013)
Mikroorganisme tidak memerlukan banyak ruangan untuk
perkembangannya, sebab itu media buatan (agar) dapat dimasukkan ke dalam
sebuah tabung percobaan labu atau cawan Petri. Pada permulaannya tabung atau
cawan Petri harus dalam keadaan steril (bebas dari setiap mikroorganisme hidup)
lalu setelah itu dimasukkan mikrobia yang diinginkan, tabung atau cawan harus
dilindungi terhadap kontaminasi dari luar. Sumber utama pencemaran dari luar
adalah udara, yang banyak mengandung mikroorganisme yang berterbangan.
Bentuk cawan petri, dengan tutup yang saling menyelubungi, dirancang untuk
mencegah pencemaran udara (Alam dkk, 2013)
 11

Media agar merupakan substrat yang sangat baik untuk memisahkan

campuran mikroorganisme sehingga masing-masing jenisnya menjadi terpisah-
pisah. Teknik yang digunakan untuk menumbuhkan mikroorganisme pada media
agar memungkinkannya tumbuh dengan agak berjauhan dari sesamanya, juga
memungkinkan setiap selnya berhimpun membentuk koloni, yaitu sekelompok
massa sel yang dapat dilihat dengan mata telanjang. Bahan yang diinokulasikan
pada medium disebut inokulum, dengan menginokulasi medium agar nutrient
dengan metode cawan gores atau media cawan tuang, sel-sel mikroorganisme
akan terpisah sendiri-sendiri. Setelah inkubasi, sel-sel mikroba individu
memperbanyak diri secara cepat sehingga dalam waktu 18-24 jam terbentuklah
massa sel yang dapat dilihat dan dinamakan koloni. Koloni dapat terlihat oleh
mata telanjang. Setiap koloni merupakan biakan murni satu macam
mikroorganisme (Joddi, 2006).

1.2.1.1 Cara Mengisolasi Mikroba

Pemindahan bakteri dari medium lama ke medium yang baru atau dikenal
dengan istilah inokulasi bakteri ini memerlukan banyak ketelitian. Terlebih dahulu
kita harus mengusahakan agar semua alat-alat yang akan digunakan untuk
pengerjaan medium dan pengenceran inokulasi benar-benar steril. Hal ini untuk
menghindari terjadinya kontaminasi, yaitu masuknya mikroba lain yang tidak
diinginkan sehingga biakan yang tumbuh di dalam medium adalah benar-benar
biakan murni.Isolasi mikroba dapat dilakukan dengan beberapa cara, yaitu:

1. Pengenceran
Cara ini pertama kali dilakukan oleh Lister pada tahun 1865. Ia berhasil
memelihara Streptococcus Laktis dalam piaraan murni yang diisolasi dalam
sempel susu yang sudah masam. Suatu sempel dari suatu suspensi yang berupa
campuran bermacam-macam spesies diencerkan dalam suatu tabung yang
tersendiri. Dari hasil pengenceran ini kemudian diambil kira-kira 1 ml untuk
diencerkan lebih lanjut. Jika dari pengenceran yang ketiga ini diambil 0,1 ml
untuk disebarkan pada suatu medium padat, kemungkinan besar akan didapatkan
beberapa koloni yang akan tumbuh dalam medium tersebut, akan tetapi mungkin
juga hanya akan memperoleh satu koloni saja. Dalam hal yang demikian ini dapat
dijadikan piaraan murni. Jika belum yakin, bahwa koloni tunggal yang diperoleh
tersebut merupakan koloni yang murni, maka dapat mengulang pengenceran
dengan menggunakan koloni sebagai sampel.

2. Penuangan
Robert Koch (1843-1905) mempunyai metode lain, yaitu dengan
mangambil sedikit sampel campuran bakteri yang mudah diencerkan dan sampel
ini kemudian disebarkan di dalam suatu medium yang terbuat dari kaldu dan
gelatin encer. Dengan demikian akan diperoleh suatu piaraan adukan. Setelah
 12

medium tersebut mengental maka selang beberapa jam kemudian nampaklah

koloni-koloni yang masing-masing dapat dianggap murni. Dengan mengulang
pekerjaan di atas maka akhirnya akan diperoleh piaraan murni yang lebih
terjamin (Schiegel, 1996).

1.2.1.2 Jenis-Jenis Bakteri

1.) Bakteri Termofilik
Mikroorganisme termofilik merupakan mikroorganisme yang tahan
terhadap suhu tinggi dengan suhu optimum pertumbuhan mencapai lebih dari
60 OC. Salah satu pemanfaatan mikoorganisme termofilik yaitu sebagai
penghasil berbagai enzim yang bersifat termostabil. Enzim yang dapat dihasilkan
dari mikroorganisme termofilik antara lain selulase, amilase, kitinase dan lipase
(Rosliana, 2009)
Mikroorganisme termofilik mampu mensintesis molekul stabil pada
kondisi panas, termasuk molekul enzim. Bioteknologi umumnya tertarik pada
enzim dari mikroorganisme yang mendukung untuk bekerja dibawah kondisi
normal dimana enzim dari mikroorganisme mesofilik akan mengalami denaturasi.
Dengan alasan inilah enzim ini menjadi sasaran termasuk kelayakannya sebagai
model untuk penelitian dan penyelidikan protein-protein yang bersifat termostabil
dan kemampuannya sebagai biokatalis pada bioteknologi modern (Elfita, 2010).
2.) Bakteri Selulolitik Termofilik
Mikroorganisme selulolitik termofilik merupakan mikroorganisme
termofilik yang dapat menghasilkan selulase. Isolasi bakteri
penghasil selulase sangat penting untuk dilakukan, mengingat besarnya potensi
selulase pada industri antara lain industri makanan dan minuman, industri pulp
dan kertas, industri tekstil, industri deterjen, industri pakan ternak dan pertanian.
Bakteri penghasil selulase dapat diisolasi dari berbagai sumber, antara lain
lambung sapi, kompos pertanian, sumber air panas. Salah satu sumber isolasi
bakteri selulolitik termofilik alternatif aitu dari kompos pertanian, dimana
penelitian tentang eksplorasi bakteri selulolitik termofilik di Indonesia pada
umumnya dan di Jawa Tengah khususnya masih jarang dilakukan. Desa Bayat
Klaten merupakan desa dengan potensi kompos yang besar dan belum
dieksplorasi dengan maksimal. Pada penelitian ini dilakukan isolasi bakteri
termofilik penghasil selulase dari kompos pertanian desa Bayat, Klaten dan
dilakukan penentuan suhu optimum pertumbuhan bakteri selulolitik
termofilik (Elfita, 2010).
3.) Bakteri Mesofilik
Mikroba yang hidup pada suhu kamar sampai paling tinggi 45 OC. Contoh :
Methylococcus capsulatus, Azotobacter chroococcum, Clostridium pasteurianum,
Rhizobium leguminosarum, Rhodospirillum rubnum, Bacillus subtilis, L.
Bulgaricus, Clostridium butyricum, Bacillus mascerans, Clostridium sporongenes
(wati, 2013).
 13

4.) Bakteri Psikrofilik

Mikroba yang hidup pada suhu rendah sampai paling tinggi 25 OC.
Contoh :
Bakteri yang hidup di laut (Fototrof), bakteri besi (Gallionella), Bacillus
polymixa, Pseudomonas, Micrococcus, Clostridium botulinum E (Elfita, 2010).
Temperatur mempengeruhi pertumbuhan mikroorganisme dan kecepatan
reaksi dalam pembentukkan biogas. Proses produksi biogas dapat terjadi dalam
dua rentang temperatur, yaitu rentang temperatur mesofilik 25-45 OC dan rentang
temperatur termofilik 56-60 OC. Temperatur kerja yang lebih tinggi akan
memberikan hasil biogas yang lebih tinggi, namun pada temperatur yang terlalu
tinggi bakteri akan mudah mati (Wati, 2013).
Isolasi mikroba adalah proses yang dilakukan bertujuan untuk
memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya yang terdapat di alam
dan menumbuhkannya dalam satu medium buatan, sehingga diperoleh kultur
murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-sel mikrobanya berasal dari pembelahan
dari satu sel tunggal. Manfaat dilakukannya isolasi adalah untuk mengidentifikasi
mikroba, termasuk menelaah ciri-ciri kultural, morfologis, fisiologis, maupun
serologis, yang memerlukan suatu populasi yang terdiri dari satu macam
mikroorganisme saja. Prinsip isolasi mikroba adalah memisahkan satu jenis
mikroba dari mikroba lainnya yang berasal dari bermacam-macam spesies
mikroba.

1.2.2 Peranan Mikroba dalam Bioteknologi Dasar

Penerapan bioteknologi dalam kehidupan, biasanya menggunakan
mikroorganisme. Mikroorganisme memiliki peranan yang sangat penting dalam
pengembangan bioteknologi di berbagai bidang kehidupan (Chan, 2012). Peranan
mikroorganisme dalam berteknologi adalah sebagai berikut.

1. Penghasil Makanan atau Minuman

Mikroorganisme dapat dimanfaatkan untuk membuat tempe, oncom,
makanan, tuak, cuka, dan kecap. Saat ini, pembuatan bahan makanan tersebut
dikembangkan secara ilmiah dengan menggunakan teknologi yang lebih maju
sehingga menghasilkan produk yang berkualitas, seperti bir, anggur, yoghurt, roti,
keju, dan nata de coco. Proses pembuatan tempe masih perlu ditingkatkan dengan
berbagai penelitian karena tempe memiliki kandungan zat gizi tinggi, terutama
protein nabati dan memiliki beberapa khasiat antara lain menurunkan kolesterol
darah.
Beberapa jamur juga dapat digunakan menghasilkan zat warna, misalnya
jamur Neurospora sitophila sebagai penghasil warna merah dan orange,
digunakan untuk membuat oncom. Bahan pewarna yang alami untuk makanan
lebih aman dibandingkan pewarna sintetik karena pada umumnya pewarna
sintetik dapat menyebabkan keracunan.
 14

Contoh mikroorganisme yang berperan dalam pembuatan produk makanan, antara

lain:
a. Rhizopus oligospurus (pembuatan tempe)
b. Acetobacter xylinum (pembuatan nata de coco) c. Saccharomyces
cerevisiae (pembuatan roti dan tapai)
d. Penecilium camemberti dan Penecillium requeforti (keju)
e. Aspergillus wentii (pembuatan kecap)
f. Lactobacillus bulgaricus (keju dan yoghurt

2. Penghasil Protein Sel Tunggal (PST)

Mikroorganisme, seperti ganggang, jamur, maupun bakteri, dapat
menghasilkan protein. Protein ini berada di dalam sel, bukan merupakan bahan
yang disekresikan oleh sel.
a. Kelebihan PST
PST sangat menguntungkan karena dapat digunakan sebagai sumber protein.
Hal ini disebabkan karena:
1) Secara umum, organisme dapat membelah diri dengan cepat.
2) Tidak memerlukan lahan yang terlalu luas.
3) Dapat hidup di tempat limbah buangan, seperti selulosa, limbah minyak
bumi, atau limbah organik yang lain.
4) Mikroorganisme fotosintetik seperti ganggang dapat memanfaatkan energi
cahaya untuk digunakan sebagai penghasil PST.
Contoh protein sel tunggal adalah Spirulina dan Chorella.
b. Kekurangan PST
Ada beberapa kekurangan PST, antara lain:
1) PST mempunyai dinding sel yang terdiri atas selulosa, khususnya
ganggang, sedangkan manusia tidak dapat mencerna selulosa.
2) PST yang dihasilkan kurang menarik, seperti jeli.
3) Kandungan asam nukleat (DNA dan RNA) dari PST cukup tinggi dan sulit
dicerna serta dapat menimbulkan asam urat.

3. Penghasil Zat-Zat Organik

Beberapa mikroorganisme dapat menghasilkan zat-zat organik, seperti
etanol, asam cuka, asam sitrat, aseton, dan gliserol. Zat-zat organik itu dapat
digunakan untuk berbagai keperluan, misalnya sebagai bahan minuman.
Untuk menghasilkan etanol (alkohol) dibutuhkan sel-sel ragi dengan bahan baku
karbohidrat, seperti singkong dan beras. Adapun proses pembuatannya sering
disebut dengan istilah fermentasi (proses peragian). Proses ini berlangsung secara
anaerobik dan menghasilkan karbon dioksida dalam bentuk gelembung udara.
 15

4. Penghasil Obat
Berbagai macam mikroorganisme bermanfaat sebagai penghasil obat-
obatan, contohnya Penicillium menghasilkan zat antibiotik yang mematikan
mikroorganisme lain, disebut penisilin. Penisilin sangat penting karena dapat
memberantas berbagai penyakit infeksi. Namun, ada beberapa jenis bakteri yang
kebal terhadap penisilin karena dapat menghasilkan enzim yang dapat
menghambat kerja penisilin.

5. Pemisahan Logam dari Bijihnya

Bakteri kemolitotrof merupakan salah satu bakteri yang mampu
memisahkan logam dari bijihnya. Bakteri ini hidup dari zat-zat anorganik, seperti
besi dan belerang, dan memperoleh energi dari pemecahan bahan kimia tersebut.
Energi tersebut digunakan untuk sintesis karbon dioksida dan air menjadi zat-zat
organik. Proses sintesis ini dikenal dengan sebutan kemosintesis. Salah satu
contoh bakteri pemisah logam ini adalah bakteri Thiobacillus ferooxidans yang
digunakan untuk mengekstraksi tembaga dari bijih tembaga. Bakteri ini tumbuh
subur dalam suasana asam dan tanpa zat organik.
Proses pemisahannya sebagai berikut:
1) Bijih logam tembaga berkualitas rendah yang dikenal sebagai larutan
peluluh, ditimbun. Disinilah banyak ditemukan bakteri.
2) Kemudian, ke dalam larutan itu ditambahkan larutan asam sulfat sehingga
terjadi reaksi antara tembaga dan asam sulfat membentuk tembaga sulfat
(CuSO4).
3) Setelah itu, logam besi ditambahkan ke dalam larutan tersebut sehingga
besi akan bereaksi dengan tembaga sulfat untuk melepaskan tembaga
tersebut.
4) Melalui proses tersebut diperoleh tembaga murni yang telah terpisah dari
bijihnya. Seluruh proses itu dibantu oleh bakteri Thiobacillus ferrooxidans.

6. Penghasil Energi
Saat ini, persediaan bahan bakar makin menipis. Oleh karena itu, para ahli
berusaha mencari solusi untuk menyelesaikan masalah energi melalui
bioteknologi sehingga dapat diperoleh energi yang aman dan tersedia secara
lestari.
Salah satu energi yang dikembangkan melalui bioteknologi saat ini adalah
biogas. Biogas merupakan gas metana yang diproduksi oleh mikroorganisme di
dalam medium kotoran ternak.
Kotoran ternak dicerna oleh mikroorganisme menjadi gas metana yang
kemudian dialirkan ke rumah-rumah sebagai penghasil energi. Sedangkan,
limbahnya dapat digunakan sebagai pupuk.
 16

Cara pembuatannya adalah campuran kotoran ternak dan air dimasukkan

pada tangki pengumpul, kemudian diaduk. Setelah rata, tangki pengumpul
dimasukkan ke dalam tangki pencerna.

7. Pengurai Limbah
Pengolahan limbah secara biologis merupakan pengolahan limbah dengan
menggunakan bakteri untuk mencerna limbah tersebut. Pengolahan limbah
dengan cara ini tidak membutuhkan biaya yang besar dan lebih ramah lingkungan.
Limbah industri harus diolah terlebih dahulu melalui Unit Pengolahan Limbah
(UPL) sebelum dikeluarkan ke lingkungan agar tidak terjadi pencemaran. Dalam
UPL biologis, bakteri pencerna dimasukkan ke dalam bak berisi limbah yang
diberi aerator (alat pemasok udara) untuk memasukkan oksigen yang berguna
untuk pernapasan bakteri secara aerobik. Limbah akan terurai dan dapat dibuang
ke lingkungan setelah air dipisahkan dari endapan limbah yang tidak berbahaya
(Budiyanto, 2004).
 17

BAB II
PENUTUP

2.1 Kesimpulan

Berdasarkan pernyataan-pernyataan diatas, dapat diperileh simpulan bahwa

rekayasa genetika dapat diartikan sebagai kegiatan manipulasi gen untuk
mendapatkan produk baru dengan cara membuat DNA rekombinan melalui
penyisipan gen. DNA rekombinan adalah DNA yang urutannya telah
direkombinasikan agar memiliki sifat-sifat atau fungsi yang kita inginkan
sehingga organisme penerimanya mengekspresikan sifat atau melakukan fungsi
yang kita inginkan. Obyek rekayasa genetika mencakup hampir semua golongan
organisme, mulai dari bakteri, fungi, hewan tingkat rendah, hewan tingkat tinggi,
hingga tumbuh-tumbuhan. Prinsip dasar teknologi rekayasa genetika adalah
memanipulasi ataumelakukan perubahan susunan asam nukleat dari DNA (gen)
atau menyelipkangen baru ke dalam struktur DNA organisme penerima. Gen yang
diselipkan danorganisme penerima dapat berasal dari organisme apa saja.
Misalnya, gen daribakteri bisa diselipkan di kromosom tanaman, sebaliknya gen
tanaman dapatdiselipkan pada kromosom bakteri. Individu hasil rekayasa genetika
disebut transgenik. Rekayasa genetika memiliki beberapa cara, yaitu Fusi Sel,
Transgenik Inti (Somatic Cell Nuclear Transfer), Rekombinan DNA, dll.
Organisme hasil modifikasi genetika dalam bidang peternakan meliputi
peningkatan produksi peternakan ditempuh dengan cara penurunan morbiditas
ternak, perbaikan pakan, dan perbaikan bibit. Contoh ternak hasil Rekayasa
Genetika adalah Sapi perah hasil Rekayasa Genetika, Kambing Dolly, Monyet
hasil kloning, Sapi - Penghasil Omega 3, Lembu Transgenik - Penghasil Protein
Susu, Kelinci - Penghasil Bispesifik T-Cell Antibody, Ayam - Penghasil
Tetrasiklin, Tikus Transgenik - Resisten Terhadap Infeksi Bakteri, GlowFish –
Ikan Bercahaya, dll.
Isolasi suatu mikrobia ialah memisahkan mikrobia tersebut dari
lingkungannya di alam dan menumbuhkannya sebagai biakan murni dalam
medium buatan. Manfaat dilakukannya isolasi adalah untuk mengidentifikasi
mikroba, termasuk menelaah ciri-ciri kultural, morfologis, fisiologis, maupun
serologis, yang memerlukan suatu populasi yang terdiri dari satu macam
mikroorganisme saja. Prinsip isolasi mikroba adalah memisahkan satu jenis
mikroba dari mikroba lainnya yang berasal dari bermacam-macam spesies
mikroba. Mikroorganisme memiliki peranan yang sangat penting dalam
kehidupan sehari-hari. Hal ini dikarenakan kemampuan mikroorganisme dalam
mengubah susunan kimia suatu bahn atau unsur yang terdapat dilingkungan
sekitar. Kemampuan mikroba tersebut dimanfaatkan oleh manusia dalam berbagai
keperluan seperti pangan, industri, dan pertanian. Penerapan dalam bidang pangan
 18

berupa produk-produk pangan yang berkualitas dan tahan lama, serta

pengembangan teknik sterilisasi dan pengawetan bahan pangan.
 19

DAFTAR PUSTAKA
Afriyanto Eddy. 2005. Pakan Ikan dan Perkembangannya. Penerbit Kanisius
Jakarta

Alam, M.S, Sarjono P.R, Aminin, A.L.N. 2013. Isolasi Bakteri Selulolitik
Termofilik Kompos Pertanian Desa Bayat, Klaten, Jawa Tengah. Chem Info.
No.1(1) : 190-195

Almustanir. 2010. Rekayasa Genetika dan Sistem Imun.

http://www.slideshare.net/almustanir/makalah-rekayasa-genetika-dan-sistem-
imun (diakses Tgl 17 Februari 2019)

Budiyanto, Moch. Agus Krisno. 2004. Mikrobiologi Terapan. Malang : UMM

Press

Candra, Joddi Iryadi. 2006. Isolasi dan Karakteristik Bakteri Asam Laktat Dari
Produk Bekasam Ikan Bandeng (Chanos chanos).[Skripsi]. Institut Pertanian
Bogor : Bogor

Elfita, Muharni, Munawar, Salni, dan Ade Oktasari. 2010. Senyawa Antimalaria
dari Jamur Endofitik Tumbuhan Sambiloto (Andographis paniculata Nees).
Jurnal Natur Indonesia. No.13(2) : 123-129

Fried, George H., dkk. 2006. Biologi Edisi Kedua. Jakarta: PT Gelora Aksara
Pratama

Kadaryanto, dkk. 2006. Biologi Mengungkap Rahasia Alam Kehidupan.

Surabaya: Yudhistira

Karmana , Oman. 2005. Cerdas Belajar Biologi. Jakarta: Grafindo

Matrix. 2009. Panduan Belajar dan Evaluasi Biologi. Jakarta: Grasindo

Pelczar, Michael. J dan E.C.S. Chan. 2012. Dasar-Dasar Mikrobiologi 2. Jakarta :

UI Press

Publikasi WHO (2003) : “20 Question On Genetically Modified (GM) Foods

Rangkuti, Rahmayani. 2011. Rekayasa Genetika.

http://www.scribd.com/doc/66226705/MAKALAH-REKAYASA-
GENETIKA (diakses Tgl 17 Februari 2019)

Rosliana. 2009. Isolasi Bakteri dan Uji Aktivitas Protease Termofilik dari Sumber
Air Panas Sipoholon Tapanuli Utara Sumatera Utara. [Tesis]. Sekolah
Pascasarjana Universitas Sumatera Utara : Medan

Setiowati, Tetty, dkk. 2007. Biologi Interaktif. Jakarta: Azka Press

 20

Singleton Paul. 2006. Dictionary of Microbiology And Molecular Biology Third

Edition. John wiley & Sons Inc. : England

Siregar, Febriana, dkk. 2011. “Rekayasa Genetik: Manfaat dan Dampak

Negatifnya Terhadap Kehidupan Manusia”. Rekayasa Genetika

Skou Torben dan Sogaard Jensen Gunnar. 2007. Microbiologi. Forfattern Og

Systime : England

Sudjadi. 2008. Bioteknologi Kesehatan. Yogyakarta: Kanisius

Wati, Dwi Setiana, Rukmanasari Dwi Prasetyani. 2013. Pembuatan Biogas dari
Limbah Cair Industri Bioetanol Melalui Proses Anaerob
(Fermentasi). Universitas Diponegoro : Semarang.