PROTEIN

DEFINISI
Protein adalah polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain
oleh peptide sehingga menjadi senyawa organic kompleks berbobot molekul tinggi.
Polipeptida
Oligopeptida
Untuk protein sendiri adalah molekul yang paling kompleks dari asam amino, apabila berikatan
sampai 10 dapat dikatakan sebagai peptide. Menjadi lebih banyak lagi, di atas 10-100, bisa
dikatakan sebagai oligopeptide / polipeptida. Kalo di atas itu = protein.

GUGUS ASAM AMINO

Asam amino terdiri dari 3 gugus utama: gugus amino, gugus karboksil, dan gugus lain yang
membedakan asam amino yang satu dengan asam amino lainnya. Biasa dikatakan sebagai R’.
Ketika 2 asam amino berikatan, maka ikatannya disebut ikatan peptide.
Kalo lihat di sini, gugus amin dengan gugus karboksil  ikatan peptide.
Pada umumnya, polimer dari asam amino ini adalah ikatan antara gugus amine dan karboksil
N terminal dan C terminal  penamaan protein dimulai dari N terminal

APG
Kalo diberi kode hanya seperti itu, di awal adalah N terminal dan akhirnya adalah C terminal

ISOMERASI
Kalo melihat karakteristik asam amino, karena atom alfa karbon dari semua asam amino kecuali
glisin berikatan dengan empat gugus yang berbeda, sehingga setiap asam amino dapat
menghasilkan dua stereoisomerasi atau isomer optic yang dapat muncul baik bentuk D atau L.
Asam amino umum

KLASIFIKASI ASAM AMINO

 Tidak dapat disintesis
Esensial sel, membutuhkan
asupan dari luar
Pembentukan
Dapat disintesis sel,
Non Esensial tidak membutuhkan
asupan dari luar
Klasifikasi Polar
Protein
Non Polar
Gugus Fungsi R
Aromatik
(Side Chain)
Gugus Basa

Gugus Asam

IKATAN PEPTIDA
Ikatan yang terbentuk ketika atom karbon pada gugus karboksil suatu molekul berbagai electron
dengan atom nitrogen pada gugus amina molekul lainnya.

Apa yang membedakan struktur pirmer, sekunder, dan tersier  ikatan peptida

Struktur
Primer
Struktur
Ikatan Sekunder
Peptida Struktur
Tersier
Struktur
Kuartener
Protein primer  struktur yang sederhana dengan urutan urutan asam amino yang tersusun secara
linear yang mirip seperti tatanan huruf dalma sebuah kata dan tidak terjadi percabangan rantai.
Asam amino dapat ditulis dalam tulisan lengkap atau 3 huruf THE, GLU, MET (Metionin), atau
berdasarkan 1 huruf (simbol huruf), misalnya A = Alanin, G = Glisin, dll. Ini yang disebut dengan
struktur primer  dihasilkan ketika proses pembuatan di ribosom, maka hanya untai asam amino
yang keluar dari ribosom, belum terbentuk struktur berikutnya.

Protein sekunder  Kombinasi antar astruktur primer yang linear distabilkan oleh ikatan hidrogen
antara gugus =CO (gugus karboksil) dan =NH (gugus amino)
Struktur sekunder alfa heliks
Struktur sekunder beta pleated  Ada dua

Struktur tersier  lapisan yang tumpeng tindih di atas pola struktur sekunder yang terdiri atas
pemutarbalikan tak berturan dari ikatan antara rantai samping gugus R berbagai asam amino.

Ikatah hidrogen, ikatan disulfide, ikatan interaksi hidrofobik, asam basa (interaksi ionic), segala
macam interaksi bisa muncul di struktur tersier. Struktur tersier ini struktur paling berat atau
membutuhkan energi yang paling banyak.

Struktur kuartener  Gambaran dari pengaturan sub unit atau promoter protein dalam ruang.
Struktur ini memiliki dua atau lebih dari sub unit protein dengan struktur teries yang kaan
membentuk protein kompleks yang fungsional.
Dua struktur tersier yang saling berikatan atau berinteraksi  menjadi struktur kuartener. Interaksi
yang biasanya adalah interaksi hidrofobik atau ikatan hidrogen dan selain kovalen. Tidak ada
ikatan disulfide karena ada pada saat struktur tersier.

Ada ‘mesin pelipat protein’, jadi ada protein yang bisa melipat sendiri dan ada yang tidak bisa
melipat sendiri. Yang tidak bisa melipat sendiri bisa dibantu dengan protein pelipat lainnya.

FUNGSI PROTEIN!!!
 Structural Protein

Enzyme Protein

Storage Protein

Contractile Protein
Fungsi Protein
Signaling Protein

Transport Protein

Regulatory Protein

Defense Protein

Structural protein, enzyme protein, storage protein, contractile protein, signaling protein, transport
protein, regulatory protein, defense protein
1. Kolagen dalam sel
Keratin
- Protien struktur sekunder berserat
- Mengandung alfa heliks dan beta sheet
- Terdiri dari dua jenis: Keratin dan keratin
- Ditemukan pada kuku, kulit, dan paruh serta bulu ungags
- Fungsi: memberi dan mempertahankan bentuk sel, pemberi fleksiilitas pada
sitoskeleton, pelindung dari tekanan.
Kolagen
- Protein structural inti dari bberbagai jenis jaringan ikat pada binatang.
- Protein yang paling banyak dijumpai di mamalia  25% - 35%
- PFungsi: pembentuk jaringan ikat, komponen penyusun tulang, gigi, dll
Elastin:
- Semakin tua maka elastin berkurang  kulit kurang elastis  muncul keriput
- Mirip dengan kolagen
2. Enzim  katalis
Enzim disebut sebagai biokatalis. Enzi mini sama dengan perannya katalis. Adanya katalis,
ia mengurangi energi tersebut maka sesuatu akan lebih mudah bereaksi.
Fungsi: mempercepat laju reaksi
Ciri-ciri enzim: Bekerja spesifik, berupa koloid, bekerja bolak-balik, bekerja dalam asam
maupun basa.
Enzim bekerja pada suhu rendah
Lock and key  pada teori ini enzim bekerja spesifik  enzim hanya bekerja dengan
substansi tertentu
Induced fit  pada teori ini sisi aktif enzim dapat berubah  enzim tidak spesifik biasanya
ada kofaktor
Oksidureduktase  mengkatalisis reaksi oksidasi atau reduksi
Berperan penting dalam metabolism aerob maupun anaerob
Contoh: Hidroksilase, oksidase, peroksidase, reductase, oksigenase, dan dehidrogenase

Transferase  mengkatalis gerakan gugus fungsi

Beberapa jenis: Kinase (katalis perpindahan gugus fosfat) dan deaminase katalis
perpindahan gugus amina
Beberapa protein punya gugus fosfat, biasanya dihilangkan dengan ditambahkan dengan
enzim transferase

Hidrolase  mengkatalisis proses hidrokisis

Salah satunya ditemukan di enzim pencernaan
Contoh  protease, lipase, nuclease, karboksilesterase, amilase (menghidrolisis senyawa
amilum)

Liase
Menambahkan atau memindahkan unsur unsur air ammonia atau karbon dioksida
 Kadan gjuga mengkatalis rekasi lisis
Contoh: Karboksilase, aldolase, dehidratase

Isomerase
Enzim yang mengubah molekul dari satu isomer ke isomer lainnya
Dapat mengubah susunan intramolekul pada iaktan yang putus maupun mengkatalis
perubahan konformasional
Contoh: Alanin racemase, epimerase (ADP-D-glycero-D-mannoheptose  ADP-L-
glycero-D-mannoheptose)

Ligase  mengkatalis proses ligase (penyambungan dua substansi)

DNA ligase  menghubungkan fragmen okazaki
Membutuhkan ATP yang ditinggi dan dihasilkan dari metabolism lainnya.

3. Storage  penyimpan, contoohnya: menyimpan zat besi di dalam sel

Contoh: Dalam telur bagian putihnya

Penyimpan, zat yang disimpan seperti zat besi oksigen dll
Mendukung pengembangan sel dengan cara menyimpan sumber daya untuk pertumbuhan
dan perkembangan

Ferritin
Kompleks rantai 24 buah polipeptida yang dapat menyimpan besi. Merupakan buffer tubuh
terhadap defisiensi zat besi. Memiliki 2 jenis channel: 3 fold channel dan 4 fold channel.

Kasein  protein biasa tapi bisa menyimpan apa saja tergantung kandungan gizi dari orang
tuanya, saat diminum anaknya nanti proteinnnya didegradasi dalam usus dan lambung
kemudian zatnya dikeluarkan
Protein yang ditemukan dalam susu atau bahan pengikat pada makanan
Protein yang tidak dapat larut dalam air
Dapat membentuk gelatin saat dipanaskan
 Ovalbumin  bagian dari jenis protein albumin yang mudah larut dalam air dan garam
Teridiri dari 385 asam amino

Mioglobin  penyimpan zat besi

Protein ikatan besi oksigen ditemukan di jaringan otot
Berbentuk protein globular
Keluar saat ada luka otot
Dapat menjadi racun ketika jumlah dikeluarkan berlebih.

4. Contractile  pergerakan, contohnya myosin dalam otot

Tropomyosin, myosin, actin  dalam otot  bagaimana proses otot bekerja dan
bagaimana mereka membantu proses kontraktil otot

Berfungsi sebagai pergerakan sel dan kontraksi otot

Sistem pergerakan sel  sitoskeleton
Sitoskeleton  mikrotubulus : Terdiri dari mikrotubulin
Mikrofilamen -0> protein filament kecil yang tersusund ari 2 rantai aktin

Aktin
Protein untuk mempertahankan bentuk sel dan menghasilkan pergerakan bagi sel
Terdiri dari 2 jenis: G aktin (globular, menyusun 25% berat otot) dan F aktin

Miosin
Protein fibrosa berbentuk serat terdiri dari 2 bagian kepala (tempat menempel f aktin dan
hidrolisis atp dan ekor interaksi antar unit myosin
Bersama dengan aktin menjadi protein otot

Tropomiosin
Bagian dari filament aktin untuk regulasi fungsi
 Tropomiosin menghalangi myosin untuk berikatan dengan aktin
Apabila kandungan tinggi, troponin akan mengikat Ca2+ tropomisoisn akan bergeser
sehingga myosin dapat menempel pada aktin.  tidak mempelajari detail untuk
mekanismenya.

Troponin filament serat tipis bekerja sama dengan otot untuk kontraksi terdiri dari 3 jenis:
Troponin T, Troponin I, troponin C

5. Signaling  sinyal, ketika ada zat asing, maka sis el akan merespon. Respon dari awal
masuk sampai ke DNA, DNA harus mengekspresikan protein tertentu, proses signaling itu
yang melakukan protein

6. Transport  Khususnya saraf, transmitter

Menghantarkan zat dari satu tempat ke zat lainnya contoh

Hemoglobin
Berbentuk globular
Berfungsi untuk mengangkut molekul dalam sel maupun antar sel dalma tubuh
Metalprotein (protein yang mengandung logam) dalam aliran darah
Pengangkut oksigen dari paru-paru ke seluruh tubuh

7. Regulator  Termasuk DNA polimerase, membentuk bagaimana ini diekspresikan atau

tidak, distop atau tidak

Contoh: Insulin dan glucagon  mengatur kadar gula dalam darah

Protein sebagai pengatur aktivitas dalam tubuh disebut dengan hormonal protein
Hormon adalah zat kimi ayna gidproduksi oleh kelenjar endokrin dan mempunyai peranan
strategis bagi kelangsungnan hidup
 Insulin  Hormon peptide dihasilkan oleh sel beta pada pankreas
regulasi karbohidrat dan metabolism lemak, berfungsi untuk menurunkan gula darah dan
menghambat penggunaan glucagon
Penderita diabetes mellitus kekurangan hormone insulin.

Glukagon
Kebalikan dari insulin menaikkan gula darah dihasilkan oleh sel alfa dalam pancreas
menyebabkan hati mengubah glikogen menjadi glukosa
Glucagon bersama sama dengan insulin menjaga keseimbangan kadar gula dalam darah

Prolaktin
Mengaktifkan kelenjar susu pada betina mamalia
Sekresi diatur oleh neuron endokrin dalam hipotalamus

Gastrin
Hormon peptide yang mensekresikan HCL oleh sel parietal dalam perut
Mobilitas otot antral dan kontraksi perut

8. Defense  Kita kenal sebagai antibody. Kalo ada senyawa sing tidak dikenal, maka protein
yang melindungi (antibody).

Antibodi
Protein terdiri atas satu atau lebih molekul yang berbentuk huruf Y
Empat rantai proteinnya disusun oleh ikatan disulfide
Terdiri dari 2 rantai polipeptida identik: Rantai berat dan ringan
Dihasilkan oleh sel B atau limfosit B

ImM
Signalling  ada sistem dari mulai reseptor, kemudian masuk ke sitoplasma, nanti masuk ked
alma intis el, nanti masuk ke signal terjadinya ekspresi dalam DNA
Di DNA tidak akan semuanya diekspresikan, kalo semuanya diekspresikan

Inisiasi

Translasi Elongasi

Terminasi
Sintesis
Protein
Pelipatan

Post-
Pemotongan
Translasi

Modifikasi
Kimia

Modifikasi kimia  proses yang melibatkan penambahan gugus fungsi pada satu rantai asam
amino atau gugus karboksil dari asam amino terminal di polipeptida. Memiliki peran regulator
penting, sebgai contoh

DETEKSI
Struktur sekunder make apa  CD Spectorscopy
Tersier / kuartener  1. Kristalogafi x ray 2. MMI
 Asam Amino

Analisis Struktur

Kualitatif Sequencing

Western Blotting

SDS Page
Analisis
Spektroskopi Massa

Spektroskopi UV-Vis

Kuantitatif Kromatografi

Metode Kjeldhal

Metode Dumas

DUMAS
Netralisasi  Titrasi

APLIKASI
Energi
Farmasi
Pangan
 Pelumas
Energi
Biodiesel

Cairan Albumin
Farmasi
Protein Theropetic

Protein Whey
Pangan
Protein Sel Tunggal
Aplikasi
Forensik Analisis Saliva dan Darah

Kulit Buatan

Industri Kimia Paper

Deterjen

Kosmetik Kosmetik

Lingkungan Bioremediasi