BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Protein merupakan komponen penting atau komponen utama sel hewan ataumanusia.
Oleh karena sel itu merupakan pembentuk tubuh kita, maka protein yangterdapat dalam
makanan berfungsi sebagai zat utama dalam pembentukan dan pertumbuhan tubuh. Kita
memperoleh protein dari makanan yang berasal dari hewan atau tumbuhan.

Ketika berada di luar makhluk hidup atau sel, protein sangat tidak stabil.Untuk
mempertahankan fungsi dan nya, setiap jenis protein membutuhkan kondisi tertentu ketika
diekstraksi dari normal biological milieu.Protein yang diekstraksi hendaknya dihindarkan dari
proteolisis atau dipertahankan aktivitas enzimatiknya. Untuk menganalisa protein yang ada di
dalam sel tersebut, diperlukan prosedur fraksinasi sel yaitu :

(1) memisahkan sel dari jaringannya,

(2) menghancurkan membran sel untuk mengambil kandungan sitoplasma dan organelnya
serta (3) memisahkan organelorganel dan molekul penyusunnya.

1
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1. Pengertian Protein

Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama") adalah
senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-
monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul
protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor.
Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.

Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain berperan
dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk batang dan
sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem
kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam
transportasi hara. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam
amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).

Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida, lipid, dan
polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu, protein
merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia. Protein ditemukan
oleh Jöns Jakob Berzelius pada tahun 1838.

Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang dibawa
DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi yang
dilakukan ribosom. Sampai tahap ini, protein masih "mentah", hanya tersusun dari asam
amino proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki
fungsi penuh secara biologi.

Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat satu),
sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat):

 struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang
dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Frederick Sanger merupakan ilmuwan
yang berjasa dengan temuan metode penentuan deret asam amino pada protein,

2
 dengan penggunaan beberapa enzim protease yang mengiris ikatan antara asam amino
tertentu, menjadi fragmen peptida yang lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut
dengan bantuan kertas kromatografik. Urutan asam amino menentukan fungsi protein,
pada tahun 1957, Vernon Ingram menemukan bahwa translokasi asam amino akan
mengubah fungsi protein, dan lebih lanjut memicu mutasi genetik.

 struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian
asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk
struktur sekunder misalnya ialah sebagai berikut:
o alpha helix (α-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam amino
berbentuk seperti spiral;
o beta-sheet (β-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang
tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan
hidrogen atau ikatan tiol (S-H);
o beta-turn, (β-turn, "lekukan-beta"); dan
o gamma-turn, (γ-turn, "lekukan-gamma").

 struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder.
Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat
berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil
(misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.

 contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.

Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis protein
dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino ditentukan
dengan instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N dengan
menggunakan degradasi Edman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri
massa, dan (4) penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.

Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular dichroism

(CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari puntiran-alfa menunjukkan
dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-beta menunjukkan satu puncak
negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari protein bisa

3
dikalkulasi dari spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiran-alfa berbeda
dibandingkan dengan pita amida-I dari lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari
protein juga bisa diestimasi dari spektrum inframerah.

Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari 40-350
asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada protein yang
lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai polipeptida
yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda dengan komponen
penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis
masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang membedakan
struktur domain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah struktur
kompleksnya berpisah, protein tersebut tidak fungsional.

2.2 Sejarah Protein

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk

mengacu pada penerapan komputer dalam biologi.Namun demikian, penerapan bidang-
bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma
untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.

Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein
(sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data
dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada
tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada
akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology
Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA
yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah
sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi salah satu
pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan
pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Perkembangan Internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika.Basis data

bioinformatika yang terhubung melalui Internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil
sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan
analisis.Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui Internet

4
memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan
pengembangannya.

Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens biologis
dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun
protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur
untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat.

Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika
Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ(Inggris) (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga
basis data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan
cakupan masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi
langsung dari periset individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain
berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya
mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), namaorganisme sumber
asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer
protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan
TrEMBL (Eropa).Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai
terutama oleh Amerika Serikat). Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens
protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang
umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

5
2.3. Sintese protein

Dari makanan kita memperoleh Protein. Di sistem pencernaan protein akan diuraikan
menjadi peptid peptid yang strukturnya lebih sederhana terdiri dari asam amino. Hal ini
dilakukan dengan bantuan enzim. Tubuh manusia memerlukan 9 asam amino. Artinya
kesembilan asam amino ini tidak dapat disintesa sendiri oleh tubuh esensiil, sedangkan
sebagian asam amino dapat disintesa sendiri atau tidak esensiil oleh tubuh. Keseluruhan
berjumlah 21 asam amino. Setelah penyerapan di usus maka akan diberikan ke darah. Darah
membawa asam amino itu ke setiap sel tubuh. Kode untuk asam amino tidak esensiil dapat
disintesa oleh DNA. Ini disebut dengan DNAtranskripsi. Kemudian karena hasil transkripsi
di proses lebih lanjut di ribosom atau retikulum endoplasma, disebut sebagai translasi.

2.4. Sumber Protein

 Daging
 Ikan
 Telur
 Susu, dan produk sejenis Quark
 Tumbuhan berbji
 Suku polong-polongan
 Kentang

Studi dari Biokimiawan USA Thomas Osborne Lafayete Mendel, Profesor untuk
biokimia di Yale, 1914, mengujicobakan protein konsumsi dari daging dan tumbuhan kepada
kelinci. Satu grup kelinci-kelinci tersebut diberikan makanan protein hewani, sedangkan grup
yang lain diberikan protein nabati. Dari eksperimennya didapati bahwa kelinci yang
memperoleh protein hewani lebih cepat bertambah beratnya dari kelinci yang memperoleh
protein nabati. Kemudian studi selanjutnya, oleh McCay dari Universitas Berkeley
menunjukkan how to get a six pack in a week bahwa kelinci yang memperoleh protein nabati,
lebih sehat dan hidup dua kali lebih lama.

6
2.5. Fungsi Protein

1. Sebagai enzim
2. Sebagai protein transpor
3. Sebagai protein struktural
4. Sebagai protein pertahanan
5. Sebagai protein pengatur
6. Memperbaiki dan membentuk jaringan

2.6. Kelebihan dan Kekurangan Protein

Keuntungan Protein

 Sumber energi
 Pembetukan dan perbaikan sel dan jaringan
 Sebagai sintesis hormon,enzim, dan antibodi
 Pengatur keseimbangan kadar asam basa dalam sel

Kekurangan Protein

Protein sendiri mempunyai banyak sekali fungsi di tubuh kita. Pada dasarnya protein
menunjang keberadaan setiap sel tubuh, proses kekebalan tubuh. Setiap orang dewasa harus
sedikitnya mengonsumsi 1 g protein per kg berat tubuhnya. Kebutuhan akan protein
bertambah pada perempuan yang mengandung dan atlet-atlet.

Kekurangan Protein bisa berakibat fatal:

 Kerontokan rambut (Rambut terdiri dari 97-100% dari Protein -Keratin)

 Yang paling buruk ada yang disebut dengan Kwasiorkor, penyakit kekurangan
protein. Biasanya pada anak-anak kecil yang menderitanya, dapat dilihat dari yang
namanya busung lapar, yang disebabkan oleh filtrasi air di dalam pembuluh darah
sehingga menimbulkan odem.Simptom yang lain dapat dikenali adalah:
o hipotonus
o gangguan pertumbuhan
o hati lemak
 Kekurangan yang terus menerus menyebabkan marasmus dan berkibat kematian

7
 BAB III
PENUTUP

3.1. Kesimpulan

1. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi
organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
2. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam
bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam
transportasi hara

8
 Daftar Pustaka

1. Ussery D. 1998. Gene Expression & Regulation.

http://www.cbs.dtu.dk/staff/dave/DNA_CenDog.html. Diakses pada 5 Mei 2010
2. Jolane Abrams. 2010. DNA, RNA, and Protein: Life at its simplest.
http://www.postmodern.com/~jka/rnaworld/nfrna/nf-rnadefed.html. Diakses pada 5
Mei 2010.
3. Crick F. 1970. Central dogma of molecular biology. Nature 227:561-563.
4. Paustian T. 2001. Protein Structure. University of Wisconsin-Madison.
http://lecturer.ukdw.ac.id/dhira/BacterialStructure/Proteins.html. Diakses pada 5 Mei
2010.
5. (Inggris)Anthony JF Griffiths, Jeffrey H Miller, David T Suzuki, Richard C
Lewontin, and William M Gelbart (2000). An Introduction to Genetic Analysis (edisi
ke-7). W. H. Freeman. hlm. Gene-protein relations. ISBN 0-7167-3520-2.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=iga&part=A1622. Diakses pada
15 Agustus 2010.
6. Pribic R, Stokkum van IH, Chapman D, Haris PI, Bloemendal M. 1993. Protein
secondary structure from Fourier transform infrared and/or circular dichroism spectra.
Anal Biochem 214(2):366-78.
7. Prasanna HA, Desai BLM, Rao MN. 1971. Detection of early protein-calorie
malnutrition (pre-kwashiorkor) in population groups. British J Nutr 26:71-74

9
10