Tugas Biokimia

Nama : Tanty Wulan Jayanti

NIM : 0120840264

Angkatan 11 (tahun 2012)

MITOKONDRIA

Struktur Komposisi Kimia:

Mitokondria merupakan organel sel yang berisi protein yang hampir dijumpai
pada semua sel eukariotik dan sebagai tempat mengoksidasi makanan juga mengubah
energy menjadi adenosine trifosfat (ATP). Bentuk dari mitokondria beraneka ragam,
ada yang bulat, oval, silindris, dan adapula yang tidak beraturan.
Secara umum, mitokondria dapat dikatakan memiliki bentuk butiran atau benang.
Mitokondria memiliki sifat plastik, artinya bentuknya mudah berubah, juga memiliki
ukuran dengan diameter 0,2-1,0 µm dan mencapai panjang 1-4µm. jumlah
mitokondria dalam sel hati mamalia sekitar 1.500 buah atau 15-20% dari volume sel.
Jumlah mitokondria yang besar terdapat pula dalam sel otot. Hal ini disebabkan oleh
karena sel otot membutuhkan jumlah ATP yang besar untuk kontraksi.
Mitokondria merupakan organel berupa kantung yang memiliki membrane
lipid bilayer ganda diselaputi oleh dua membrane, yaitu membrane luar dan
membrane dalam, sehingga mitokondria memiliki dua kompartemen, yaitu ruang
antar membrane (intermembrane) dan matriks mitokondria yang diselimuti langsng
oleh membrane dalam.
Pada mitokondria utuh, secara kuantitatif air merupakan komponen paling
dominan. Air berperan dalam reaksi enzimatik, selain sebagai medium fisis agar
metabolit dapat berdifusi diantar sistem enzim.
Komponen utama berat kering mitokondria adalah protein. Presentase protein
berkaitan dengan jumlah membrane dalam yang ada, karena banyak protein enzimatis
dan structural terdapat membrane dalam. Pada beberapa mitokondria, membrane
dalam dapat mengandung 60% protein total organel. Protein mitokndria dapat
dikelompokkan dalam da bentuk, yaitu protein arut dan protein tidak dapat larut.
Protein larut terutama adalah enzim matriks dan beberapa protein membrane perifer
(ekstirnsik). Protein tidak dapat larut biasanya adalah protein integral dan protein
enzim lainnya.
Komposisi lipid mitokondria sangat bervariasi bergantung pada sumbernya,
tetapi pada semua keadaan fosfopolida adalah bentuk yang sangat dominan, umunya
lebih dari ¾ total lipida adalah fosfolipida. Fosfatidikolin dan fosfatidiletanolamin
umum terdapat dalam jumlah banyak, tetapi kardiolipin dan sedikitya kolesterol
secara komposisi, membedakan membrane mitokondria dari membrane sel yang lain.
Selain lipida, sejumlah molekul organic kecil yang brbeda terdapat berasosiasi
dengan membrane mitokondria antara lain molekul redoks yang berpartisipasi dalam
transport electron. Ubikinon (konzim o), flavin (FMN dan FAD) dan piridin
nukleotida (NA) biasanya terikat membrane yaitu berasosiasi dengan membrane
dalam.
Kurang lebih 120 macam enzim telah diidentifikasi terasosiasi dengan
mitokondria. Kira-kira 37% merupakan enzim oksidoreduktase, 10 % adalah ligase
dan kurang dari 9 % adalah hydrolase. Monoaminoksidase merupakan enzim marker
membrane luar. Membrane dalam lebih kompleks daripada membrane luar. Suksinat
dehydrogenase adalah enzim marker membrane dalam. Enzim-enzim transport
electron dan fosforilasi oksidatif terasosiasi dengan membrane dalam.
Matriks mengandung sekumpulan enzim daur asam sitrat (daur krebs) dan
enzim yang terlibat dalam sintesis protein, asam nukleat dan asam lemak. Semua
enzim sitrat terdapat terdapat bebas dalam matriks kecuali suksinat dehidogease, yang
merupakan komponen membrane dalam. Jadi agar piruvat dapat terokidasi sempurna
menjadi CO2 dan H2O dengan bantuan enzim-enzim matriks, suksinat harus
mengadakan kontak dengan membrane dalam sebelum dapat dioksidasi menjadi
fumarat
Peran Mitokondria dalam Sistem Subseluler Sel:
Fungsi utama mitokondria adalah untuk metabolisme atau memecah
karbohidrat dan asam lemak untuk menghasilkan energy. Sel eukariotik
menggunakan energy dalam bentuk molekul kimia yang disebut adenosine trifofat
(ATP).
Generasi ATP terjadi dalam matriks mitokondria, meskipun langkah-langkah
awal metabolism karbohidrat (glukosa) terjadi di luar organel. Menurut Geoffrey
Cooper di “Sel: Sebuah Pendekatan Molekuler edisi ke 2” glukosa pertama diubah
menjadi piruvat dan kemudian diangkut ke dalam matriks. ATP dihasilkan melalui
tiga langkah terkait. Pertama menggunakan enzim yang terdapat dalam matriks,
piruvat dan asam lemak diubah menjadi molekul yang dikenal sebagai asetil co-A. hal
ini kemudian menjadi bahan awal untu reaksi kimia kedua dikenal sebagai siklus
asam sitrat atau siklus krebs. Langkah ini menghasilkan banyak karbondioksida dan
dua molekul tambahan NADH dan FADH2 yang kaya electron.da molekul bergerak
ke membrane mitokondria bagian dalam dan mulai langkah ketiga: fosforilasi
oksidatif. Dalam reaksi kimia terakhir ini, NADH dan FADH2 menyumbangkan
electron mereka untuk oksigen yang mengarah ke kondisi yang cocok untuk
pembentukan ATP.
Fungsi sekunder mitokondria adalah untuk mensintesis protein untuk mereka
gunakan sendiri. Mereka bekerja secara independen dan melaksanakan transkripsi
DNA ke RNA da translasi dari RNA menjadi asam amino (bahan penyusun protein)
tanpa menggunakan komponen sel. Namun disini juga, ada perbedaan dalam
eukariotika. Urutan tiga nukleotida DNA UAG (Urasil-adenin-guanin) adalah
instruksi untuk tranlasi untuk berhenti di inti eukariotik.
A. Jalur produksi ATP
Peran utama mitokondria adalah sebagai pabrik energy sel yang
menghasilkanenergi dalam bentuk ATP. Metabolisme karbohidrat akan
berakhir di mitokondria ketika piruvat ditransport dan dioksidasi oleh O
menjadi CO2 dan air. Energy yang dihasilkan sangat efisien yaitu sekitar tiga
puluh molekul ATP yang diproduksi untuk setiap molekul glukosa yang
 dioksidasi, sedangkan dalam proses glikolisis hanya dihasilkan dua molekul
ATP. Proses pembentukan energy terdiri dari lima tahapan reaksi enzimatis
yang melibatkan kompleks enzim yang terdapat pada membrane bagian dalam
mitokondria.
B. Reaksi oksidatif dan Transport electron
Saat ion hydrogen atau electron diambil dari sebuah molkul, maka molekul
dikatakan dioksidasi. Ketika ion hydrogen atau electron diberikan kepada
sebuah molekul maka molekul tersebut dikatakan difosforilasi. Jadi,
fosforilasi oksidatif bearti proses yang melibatkan penghilangan ion hydrogen
(yang membawa electron) dari satu molekul dan penambahan molekul fosfat
ke molekul lainnya. Lebih khusus, reaksi kimia yang melibatkan perpindahan
electron dari satu molekul ke molekul lain yang diebut dengan reaksi oksidasi
reduksi molekul pemberi electron pada tersebut disebut preduksiatu reduktor,
sedangkan molekul penerima electron disebut pengoksidasi atau oksidator.
Senyawa preduksi dan oksidasi berfungsi sebagai pasangan reduktor oksidator
konjugat (pasangan redoks) sama seperti asam dan basa yang berfungsi
sebagai pasangan asam basa.
C. Sistem transport elektron mitokondria
Transport electron disebut juga sebagai sistem rantai respirasi atau sistem
oksidasi terminal. Transport electron berlangsung pada krista mitokondria.
Pada setiap putaran siklus asam sitrat, empat pasang atom hydrogen
dipindahkan dari isositrat, a-ketoglutaat, suksinat, dan malat melalui aktivitas
dehydrogenase spesifik. Atom hidrogen ini pada beberapa tahap memberikan
elektronnya kepada rantai transport electron dan menjadi ion H+, yang
terlepaas ke dalam medium cair. Electron tersebut diangkut sepanjang rantai
molekul pembawa electron, sampai electron-elektron ini mencapai oksidase
sitokrom, yang menybabkanpemindahan electron ke oksigen, yakni molekul
penerima electron terakhir pada organisme aerobic.
D. Sintesis protein
 Respirasi sel pada organisme eukariotik adalah serangkaian proes perubahan
glukosa menjadi energy. Proses etabolisme terjadi antara lain glikolis yang
terjadi disitosol, siklus krebs dan fosforilasi oksidatif yang terjadi pada
mitokondria. Selama glikolisis, molekul glukosa diubah menjadi 2 molekul
senyawa piruvat. Piruvat melintasi membrabe dalam mitokondria untuk
memasuki matriksnya dimana siklus krebs meecahnya menjadi karbndioksida.
NADH mentransfer electron dari glikolisis dan siklus krebs kerantai transport
elektron yang ada di membrane krista rantai transport electron ini mengubah
energy kimiawi menjadi energi yang dapat digunakan untuk foforilasi
oksidatif, yang bertanggung jawab atas sebagian besar elektron ATP yang
dihasilkan oleh respirasi seluler. Sejumlah kecil ATP dibentuk langsung
selama glikolisis dan siklus krebs oleh fosforilasi tingkat substrat. Pada
hakikatnya ATP terbentuk dari ADP + Pi.

Tahapan Reaksi Glikolisis:

Glikolisis adalah suatu proses penguraian molekul glukosa yang memiliki 6
atom karbon, secara enzimatik didalam urutan 10 reaksi enzimatik untuk
menghasilkan 2 molekul piruvat, yang memiliki 3 atom karbon. Selama reaksi-reaksi
glikolisis yang berurutan, banyak energy bebas yang diberikan oleh gukosa yang
disimpan dalam bentuk ATP, karena glikolisis merupakan lintas metabolic pusat yang
palaing dipahami.
1. Fase pertama glikolisis mengakibatkan pemotongan rantai heksosa.
a. Fosforilasi Gula
Pada tahap ini molekul D-glukosa diaktifkan bagi reaksi berikutnya
dengan fosforilasi pada posisi6, meghasilkan glukosa 6-fosfat dengan
memanfaatkan ATP. Reaksi ini bersifat tidak dapat balik pada kondisi
interseluler dikatalisis oleh heksokinase. Heksokinase adalah enzim
pengatur dengan glukosa 6-fosfat berfunsi sebaai produk reaksi dan
sekaligus sebagai inhibitor alosterik.
b. Pengubahan glukosa 6 fosfat menjadi fruktosa 6-fosfat.
 Cincin enam piranosa glukosa 6-fosfat. Aldehida pda C-1 berekasi
dengan gugus hideoksil pada C-5 membentuk cincin piranosa,
sedangkan gugusketo pada C-2 berekasi dengan C-5 membentuk
furanosa. Jadi isomerasi glukosa 6-fosfat menjadi fruktosa 6-fosfat
adalah konversi aldose menjadi ketosa.
c. Fosforilasi fruktosa 6-fosfat menjadi fruktosa 1,6 difosfat
Reaksi fosforilasi kedua mengikuti langkah isomerasi. Senyawa ini
dikenal sebagai fruktosa 1,6-bifosfat. Reaksi ini dikatalisis oleh
fosfofruktokinase suatu enzim alosterik.
d. Penguraian fruktosa 1,6-difosfat.
Ini adalah reaksi yang menjadi sumber nama glikolisis. Enzim
membelah molekul gula menjadi dua gula berkarbon tiga yang berbeda.
Reaksi ini dikatalisis oleh enzim aldose fruktosa difosfat yang sering
kali disebut aldolase.
e. Interkoversi triosa fosfat.
Hanya satu diantara dua triosa fosfat yang dibentuk oleh aldolase yang
dapat langsung diuraikan pada tahap reaksi glikolisis selanjutnya. Tetapi
diidroksiaseton fosfat dapat dengan cepat dan dalam reaksi balik
berubah menjadi gliseraldehida 3-fosfat oleh enzim ke lima pada urutan
glikolitik, yaitu isomerase triosa fosfat.
2. Fase kedua glikolisis merupakan reaksi penyimpanan energy.
a. Oksidasi gliseraldehida 3-fosfat menjadi 1,3-fosfogliseroil fosfat
Reaksi ini adalah reaksi glikolisis penyimpanan energy kedua yang
membentuk ATP. Enzim yang mengkatalisis tahap ini adalah
dehidrgenase gliseraldehida fosfat yang menyebabkan rekas dapat balik.
b. Pemindahan fosfat dari 3-fosforoil fosfat ke ADP
Enzim kinase fosfogliserat memindahkan gugus fosfat berenergi tinggi
dari gugus karboksil 1,3-fosfogliseroil fosfat ke ADP, jadi membentuk
ATP dan 3-fosfogliserat.hasil reaksi yang bersifat dapat balik pada
kondisi sel adalah bahwa energy yang dibebaskan pada oksidasi suatu
 gugus adehida menjadi gugus karboksil telah disimpan di dalam
pembentukan ATP dari ADP dan fosfat yang terjadi bersamaan.
c. Pengubahan 3-fosfogliserat menjadi 2-fosfogliserat
Reaksi ini melibatkan pergeseran dapat balik gugus fosfat di dalam
molekul substrat dikatalisis oleh enzim fosfogliserat mutase.
d. Dehidrasi 2-fosfogliserat menjadi fosfoenolpiruvat.
Pada reaksi ini dihasilkan senyawa fosfat berenergi tinggi. Dehidrasi 2-
fosfogliserat dikatalisis oleh enolase, yang menyebabkan pemindahan
dapat balik molekul air dari 2-fosfogliserat menjadi fosfoenolpiruvat.
e. Pemindahan gugus fosfat dari fsfoenolpiruvat ke ADP.
Reaksi terakhir glikolisis ini menghasilkan lagi ATP dengan mentransfer
gugus fosfat dari PEP ke ADP. Tahap terakhir dari glikolisis adalah
pemindahan gugus fosfat dari fosfoenolpiruvat ke ADP yang dikatalisis
oleh piruvat kinase, membutuhkan K+ dan Mg2+ atau Mn2+.