ToxWatch

​ 019, 32, 345​-​347 pubs.acs.org/crt

Mengutip Ini: ​Chem. Res. Toxicol. 2 ​ ​ Dampak Oksidasi DNA pada
Toksikologi: Dari Kuanti​fi​kasi ke ​Genomik Junzhou
​ Wu,​† ​Shana J.

Sturla,​† ​Cynthia J. Burrows,​‡ ​dan Aaron M. Fleming​*,​​ ‡

†​
Departemen Ilmu Pengetahuan dan Teknologi Kesehatan, ETH Zurich, Schmelzbergstrasse 9, 8092 Zurich, Swiss
‡​
Departemen Kimia, Universitas Utah, Salt Lake City, Utah 84112-0850, Amerika Serikat
ABSTRAK: ​Memahami implikasi toksikologis asam deoksiribonukleat (DNA) ) oksidasi yang timbul dari stres
oksidatif seluler tergantung pada pengidentifikasian produk oksidasi DNA, lokasi mereka dalam genom, dan
interaksinya dengan perbaikan, replikasi, dan ekspresi gen.

D​ eoksiribonukleat ​
oksidasi ​© 2019 American Chemical Society 3​ 45 ​DOI: ​10.1021 / acs.chemrestox.9b00046 ​Chem. Res. Toxicol. 2​ 019, 32, 345−347

asam (DNA) adalah target dariseluler ​

prosesyang mengarah pada pembentukan produk oksidasi DNA mutagenik

yang mencakup 8-oxo-7,8 ​-dihydro-2​′​-deoxyguanosine (OG). OG danteroksidasi lainnya basaadalah

​ e​FFI​sien
dihapus oleh perbaikan dasar eksisi (BER) jalur, dimana penghapusan dasar dikatalisis oleh glycosylases DNA,
misalnya, 8-oxoguanine DNA glikosilase (OGG1) target teroksidasi purin dan N-seperti DNA glikosilase 1
(NTHL1) menargetkan pirimidin teroksidasi. OG yang tidak diperbaiki rentan terhadap mutasi transversi G> T. Tiga
dekade penelitian dengan menggunakan uji komet telah memberikan akses cepat untuk menentukan tingkat
kerusakan DNA yang mengarah keuntai ​istirahat, termasuk istirahat untai yang diinduksi glikosilase. Namun, uji
​
komet tidak memberikan informasi tentang lokasi lesi dalam genom, yang membatasi kesimpulan yang diambil dari
data. Kemajuan dalam Etry massa kuantitatif spectrom- telah diizinkan lebih
selektif​identifikasi​dan​kuantifikasi​darispesifik;​yang​lesi namun, seperti uji komet, informasi urutan hilang selama
analisis. Lebih jauh ​lagi, kesalahan dapat diperkenalkan oleh oksidasi artifaktual selama pemeriksaan
​ sampel,
terutama untuk OG. Ada banyak pertanyaan genom yang tidak dapat kita atasi dengan metode urutan-agnostik ini.
Sejauh mana kerusakan DNA tersebar secara acak dalam genom? Bagaimana fitur genom memengaruhi fungsi
perbaikan? Apa interaksi antara kerusakan DNA dan perbaikan e​FFI​efisiensi dalam genom yang mengarah ke
mutasi penyebab kanker? Bagaimana kerusakan DNA mendorong ekspresi gen ​dan proliferasi sel? Justru
​ di mana
oksidasi DNA tetap dalam genom dihipotesiskan​pengaruh​seluler ​fi​kebugaran dan penyakit mengembangkan- ment
oleh berdampak mutagenesis dan transkripsi gen. Sebuah tanda tangan mutasi telah diekstraksi dari sel-sel pasien
kanker kolorektal dengandedefisiensidi mutY DNA glikosilase (MUTYH), suatu enzim yang bertanggung jawab
untuk penghapusan A OG berlawanan. Tanda tangan ini mirip dengan Cosmic tanda tangan 18, yang ​GCA adalah
​

trinucleotide didominasi
​ oleh ​konteks.​G> T 1​ ​transversi, terutama dalam ​Selain mutagenesis, bukti
​ yang mendukung
bahwa oksidasi DNA memfasilitasi aktivasi perlindungan terhadap atau​manfaat​gen resmi di respon model
konvensional kerusakan DNA oksidatif.​2 ​stres, Mekanisme molekuler yang digunakan untuk ekspresi gen yang
diinduksi oksidasi DNA melibatkan beberapa jalur potensial, termasuk interaksi langsung OGG1 dengan
faktor-faktor transkripsi (TF)
atau perombak kromatin, transisi alosterik dari sekuen pembentuk G-quadruplex-forming (G4), dan transduksi
sinyal oleh OGG1 pasca-perbaikan​·​kompleks OG. Mengingat bio relevansi logis dan kesehatan yang sangat tinggi
dari stres oksidatif dan integritas genom, pengetahuan ditingkatkan diperlukan untuk memahami faktor-faktor
yang​memengaruhi​kegigihan oksidasi DNA dalam genom dan hubungannya dengan mutagenesis dan ekspresi gen.
Namun, kejadian ini sangat jarang, dan kerusakan bahan kimia tidak dapat dibaca dengan sekuensing berbasis
polimerase standar.
Terbaru oksidasi bertarget perpustakaan protokol persiapan dikombinasikan dengan teknik sequencing generasi
a​ff​ord peluang baru untuk pemetaan genome oksidasi DNA. Salah satu strategi yang dikembangkan oleh
laboratorium Burrows memanfaatkan sensitivitas OG terhadap hiperoksidasi yang mengarah ke biotinilasi kovalen
OG (OG-Seq).​3 ​Ketika diterapkan pada genom mamalia yang terfragmentasi, oligomer yang mengandung OG dapat
diperkaya secara selektif dan diserahkan ke pengurutan generasi berikutnya. Atau, Amente et al. diperkaya
terfragmentasi mamalia genom dengan OG-selektif helai OG yang mengandung untuk sequencing antibodi
(OxiDIP-Seq) .to ​ikan​keluar 4​ ​Kedua strategi membawa data sequencing yang mengidentifikasi lokasi dari OG pada
resolusi panjang fragmentasi (​∼​0,1-kb), dan keduanya memberikan hasil yang sama, mengenai daerah genom yang
diperkaya dalam OG. Memang, OG terjadi pada frekuensi yang lebih besar dalamtertentu.​fi​c elemen genom Dengan
menganalisis daerah-daerah yang berurutan dalam urutan bacaan, daerah-daerah kaya OG jelas muncul dari
frekuensi satu-dalam-sejuta basa teroksidasi. Promotor gen mamalia dengan potensi G4 ditemukan menyimpan OG
pada frekuensi yang lebih besar.ini tunggal Temuanpenting karena oksidatif modi​fi​kasi dari promotor
transcription.G4 2​ ​Jadi, di setiap lokasi di urutan dapat mengatur sequencing untuk OG pada ​~​resolusi0,1-kb dapat
mengungkapkan jawaban atas pertanyaan yang mendalam mengenai bagaimana gen diatur selama oksidatif stres,
tetapi wawasan tentang hubungan distribusi ini dengan sekuens atau tanda tangan DNA khusus membutuhkan
pendekatan resolusi nukleotida tunggal yang saling melengkapi.
Sebuah strategi untuk mencari basis teroksidasi pada resolusi nukleotida tunggal adalah dengan
menggunakan​alam,​s sistem pengenalan sendiri untuk mengidentifikasi
Edisi Khusus: ​Persiapan Redox di Kimia Toxicology
Diterbitkan: ​26 Februari 2019
Chemical Research in Toxicology ​ToxWatch
Penelitian Kimia dalam Toksikologi ​OG, yaitu eksisi basa memperbaiki glikosilase seperti OGG1 atau
formamidopyrimidine DNA glycosylase (Fpg) untuk membuat celah nukleotida tunggal, diikuti dengan
penyisipanmodifikasi kimia​yang​basadigunakan untuk​penguat​kasi atau penandaan dari posisi oksidasi.​5​,​6 ​Dengan
memasukkan nukleotida alkynylated setelah eksisi kerusakan oksidatif, misalnya, kode oligonukleotida dapat
dimasukkan melalui kimia klik di situs oksidasi (Click-code-seq).​6 ​Dengan pendekatan ini, urutan kode berfungsi
sebagai tag untuk​ffi​pengayaannity, adaptor untuk PCR

■ ​ UCAPAN TERIMA KASIH

ToxWatch
Kami berterima kasih kepada Yayasan Ilmu Pengetahuan Nasional Swiss (hibah 156280 ke SJS) dan Institut
Kesehatan Nasional (hibah R01 GM129267 kepada CJB dan AMF) untukmereka ​keuangan​dukungan dari

pekerjaan. Kami juga berterima kasih kepada O​,​Reilly Science Art untuk ​gambarnya. ​
■ ​ PUSTAKA ​(1)

Viel, A., Bruselles, A., Meccia, E., Fornasarig, M., Quaia, M., ​ampli​fi​kasi, dan penanda dari lokasi kerusakan
yang​diidentifikasi​oleh tinggi-throughput pengurutan. Dengan memetakan oksidasi DNA ​S. cerevisiae ​genomdengan
Click-code-seq, jutaan situs oksidasi DNA terungkap dengan pola berbeda terkait transkripsi, arsitektur kromatin,
dan potensi oksidasi kimia. Data resolusi nukleotida ini
Canzonieri, V., Policicchio, E., Urso, ED, Agostini, M., Genuardi, M., Lucci-Cordisco, E., Venesio, T., Martayan, A., Diodoro,
MG, Sanchez -Mete, L., Stigliano, V., Mazzei, F., Grasso, F., Giuliani, A., Baiocchi, M., Maestro, R., Giannini, G., Tartaglia, M.,
Alexandrov, LB, dan Bignami, M. (2017) Sebuah Tanda Tangan Mutasional Tertentu yang Terkait dengan DNA 8-Oxoguanine
Persistence pada Kanker Kolorektal yang cacat MUTYH. ​Ebiomedicine2​ 0,39​-​49. ​mengungkapkan bahwa ​pertama​G dalam
5​'-GG-3' ​dimer lebih mudah
(2) Fleming, AM, Zhu, J., Ding, Y., dan Burrows, CJ (2017) 8- ​teroksidasi pada tingkat genom. Hasil lebih lanjut
menunjukkan bahwa pembentukan oksidasi DNA tampaknya​dipengaruhi​oleh kimia lokal urutan DNA konteks dan
perbaikan lebih diatur oleh fitur genomik dan interaksi protein.
Dengan kekuatan genome pendekatan baru dikembangkan, kita dapat mengambil ​pertama​langkah-langkah untuk
mendapatkan yang lebih baik
Oxo-7,8-dihydroguanine dalam konteks promotor G-quadruplex adalah sebuah saklar on-off untuk transkripsi. ​ACS Chem. Biol.
12​, 2417​-​2426.
(3) Ding, Y., Fleming, AM, dan Burrows, CJ (2017) Mengurutkan genom tikus untuk basa yang dimodifikasi secara oksidatif
8-oxo-7,8- dihydroguanine oleh OG-Seq. ​Selai. Chem Soc. 139​, 2569​-​2572.Amente
(4), S., Di Palo, G., Scala, G., Castrignano, T., Gorini, F., Cocozza, S., Moresano, A., Pucci, P., Ma, B., Stepanov, I., Lania, L.,
pemahaman tentang kerusakan dan perbaikan oksidasi DNA dalam
Pelicci, PG, Dellino, GI, dan Majello, B. (2019)selebar ​skala genomgenom. Namun demikian, perbaikan lebih lanjut
diperlukan untuk menghindari bias yang melekat, mengurangi oksidasi DNA artifaktual selama persiapan sampel,
dan meningkatkan keandalan dan sensitivitas metode ini. Data mengenai pemetaan oksidasi DNA ini terbatas dan
tidak memberikan wawasan tentang dinamika yang diharapkan dan pola variabel oksidasi DNA dalam
pemetaan 8-oxo-7,8-dihydro-2​,​-deoxyguanosine mengungkapkan akumulasi kerusakan yang diakibatkan oksidatif yang
dihasilkan pada DNA asal replikasi dalam gen panjang transkripsi sel mamalia. ​Asam Nukleat Res. 47,​ 221​-​236.
(5) Riedl, J., Ding, Y., Fleming, AM, dan Burrows, CJ (2015) Identifikasi lesi DNA menggunakan pasangan basa ketiga untuk
amplifikasi dan sekuensing nanopore. ​Nat. Komunal. 6​, 8807. s​ el. Muncul bukti menunjukkan bahwa kegiatan perbaikan
DNA
(6) Wu, J., McKeague, M., dan Sturla, SJ (2018) Nucleotide- ​sangat bervariasi antar spesies, mengingatdi​ff​perbaikanerent
jalur, gaya hidup dan rentang hidup. Selain itu, pembentukan dan
resolusi pemetaan genom-lebar kerusakan DNA oksidatif oleh click-code-seq. ​Selai. Chem Soc. 140,​ 9783​-​9787. ​perbaikan
oksidasi DNA sangat tergantung pada struktur heterogen kromosom, yang terdiri dari daerah yang terikat protein,
daerah pengatur terbuka, dan gen yang ditranskripsi secara aktif. Selain itu, status metabolisme endogen abnormal
selama pemrosesan penyakit dan paparan bahan kimia / stres eksogen juga akan mengubah pola oksidasi DNA.
Selain pola oksidasi DNA, kami berharap aplikasi untuk memperluas untuk memperluas studi biologi dan
toksikologi, misalnya, koneksi genom oksidasi DNA selama pengembangan kanker, hubungan antara oksidasi DNA
dan tanda tangan mutasi, dan mekanisme adaptasi stres oksidatif ketika patogen dan tanaman merespons perubahan
lingkungan dalam tingkat stres oksidatif. Mengingat semua kesenjangan pengetahuan, metode yang kita telah

dijelaskan di sini o​ff​prospek menariker untuk mengatasi dampak toksikologi DNA ​

■ ​ oksidasi dalam skala

genom. ​INFORMASI PENULIS ​Penulis yang ​*​E-mail: ​a​fl​Berkaitaneming@chem.utah.edu​. ​ORCID ​Junzhou

Wu: ​0000-0002-9195-7910 ​Shana J. Sturla: ​0000-0001-6808-5950 C
​ ynthia J. Burrows: ​0000-0001-7253-8529 ​Aaron
M. Fleming: ​0000-0002-2000-0310 ​Catatan P ​ enulis menyatakan tidak adabersaing ​yang​kepentingan finansial.
347

DOI: ​10.1021 / acs.chemrestox.9b00046 ​Chem. Res. Toxicol. ​2019, 32, 345−347