Offering G / Kelompok 14
Plasmid merupakan unit materi genetik yang mampu melakukan replikasi dengan mandiri atau
bisa disebut replicon. plasmid adalah replika (satuan bahan genetik yang mampu melakukan
replikasi independen) yang diturunkan secara stabil (dipertahankan tanpa seleksi spesifik)
dalam keadaan ekstra kromosomal. Plasmid merupakan DNA yang membawa sejumlah gen
dengan bentuk sirkular dan melakukan replikasi sendiri. Plasmid berada di dalam sel dan
replikasinya seperti replikasi DNA seluler. Plasmid telah diidentifikasi dalam hampir seluruh
strain bakteri yang diuji.
Tiga tipe utama plasmid bakteri antara lain, (1) F dan F’ F dan F’ plasmid, factor fertilitas
konjugasi. terdiri dari sekitar 25 gen, sebagian besar diperlukan untuk memproduksi pili seks.
(2) R plasmid disebut juga RTF atau Resisten Transfer Factor plasmid membawa beberapa gen
untuk resistensi terhadap antibiotic atau obat antibiotic yg lain. (3) Col plasmid disebut juga
colicinogenic, plasmid yang mengkode untuk colisin, protein yang membunuh secara sensitive
sel E. Coli.
Berdasarkan keterlibatannya dalam proses konjugasi, plasmid dibagi menjadi dua kelompok,
yaitu kelompok F dan F’ plasmid, merupakan kelompok yang memperantarai transfer DNA
melalui konjugasi yang disebut dengan transmissible plasmid contohnya adalah beberapa R
plasmid dan Col-Plasmid. Sedangkan kelompok yang kedua merupakan kelompok yang tidak
memperantarai transfer DNA melalui konjugasi.
Episom adalah unsur- unsur genetika bebas, berupa virus atau jasad renik lainnya, yang telah
dapat berkembang dalam sel bakteri baik dalam keadaan autonom (menggandakan diri dan
dipindahkan tanpa bergantung kepada kromosom bakteri) maupun pada keadaan terintegrasi
(melekat pada kromosom bakteri, berperan serta bersamanya dalam rekombinasi genetika dan
dipindahkan bersama kromosom bakteri tersebut).
TRANSPOSABEL MATERI GENETIK
Adalah Sekuen DNA yang dapat bergerak (sequence mobile) disebut sebagai transposable
genetic elements atau transposon sederhana
Mutasi diakibatkan oleh adanya elemen kontrol yang berubah. Antara lain Contohnya adalah
mutasi pada lokus bronze bz-m2. Mutasi tersebut diakibatkan oleh adanya insersi dari elemen
AC dan akan kembali ke sebelumnya jika elemen AC dihilangkan. Sedangkan mutasi lainnya,
contohnya pada bz-ml, disebabkan oleh insersi DS, reversi tersebut akan terjadi jika elemen
AC terdapat pada salah satu bagian genom. Elemen AC dapat aktif sendiri sedangkan DS tidak.
Transposon yang dapat mengaktifkan dirinya sendiri, hal ini disebut berfungsi secara autonom,
sedangkan jika tidak maka disebut nonautonom
Transposon bakteri yang paling sederhana adalah penyisipan sekuen atau IS yang homolog,
dan terkadang berkombinasi dengan gen lain untuk membentuk transposon gabungan, yang
ditandai dengan simbol Tn. Simbol ini digunakan untuk menandai transposon yang tidak
mengandung elemen IS, seperti elemen yang disebut sebagai Tn3. Seperti transposon
gabungan, elemen Tn3 juga mengandung gen yang yang tidak berguna dalam transposisi.
bakteriofag yang terintegrasi juga dianggap sebagai elemen transposable karena dapat
memasukkan diri ke dalam kromosom bakteri. Namun, fag ini mewakili batas atas ukuran
transposon dan jelas mengandung banyak gen yang tidak diperlukan untuk penyisipan.
C. Elemen IS
Adalah elemen dengan urutan sandi tunggal yang sama atau hampir sama dan pendek pada
kedua ujungnya. Elemen IS akan membuat duplikasi dari urutan DNA pada lokasi insersi
ketika masuk kedalam kromosom atau plasmid. Hasil duplikasi akan terletak pada sisi elemen
dan disebut sebagai duplikasi lokasi target. Elemen IS membantu episome dalam kromosom
bakteri. Sedangkan transposon gabungan akan terbentuk ketika dua elemen IS saling
menginsersi. Kadang elemen IS pengapit pada transposon gabungan tidak identik. Pada Tn5,
elemen yang terletak di kiri, disebut IS50L tidak mampu untuk menstimulasi transposisi namun
elemen yang berada di kanan yaitu IS50R mampu melakukannya. Perbedaannya adalah
perubahan pasangan nukleotida tunggal menghalangi IS50L untuk mensintesis faktor
transposisi yang penting. Faktor ini merupakan protein yang disebut transposase yang disintesis
oleh IS50R.
Ketika sel bakteri terinfeksi dengan bakteriofage nonlytic yang membawa Tn5 pada
kromosom. Maka frekuensi Tn5 akan berkurang secara drastis, karena sel yang terinfeksi sudah
membawa salinan Tn5. Pengurangan tersebut menunjukkan bahwa transpon yang menduduki
bagian tersebut mencegah transposon yang masuk, kemungkinan hal ini diakibatkan oleh
sintesis represor. Elemen IS5OR yang benar-benar menghasilkan dua protein Tn5. Satu,
transposase, mengkatalisis transposisi, sedangkan yang lain, versi singkat dari transposase,
mencegah transposisi. Karena protein pendek yang lebih berlimpah, transposisi Tn5 akan
diturunkan.
D. Tn3
Tn3 adalah elemen yang memiliki ulangan dengan ujung terbalik sepanjang 38-40 pasang
nukleotida. Tn3 memiliki ukuran yang lebih besar daripada IS dan memiliki gen yang
dibutuhkan untuk transposisi. Terdapat tiga gen diantaranya gen tnpA, tnpR dan bla yang akan
mengkodekan sebuah transpose. Resolve atau represor dan enzim disebut sebagai beta
laktamase. Beta laktamase akan memberi resistensi terhaap antibiotik ampisilin. Transposisi
pada Tn3 berlangsung dalam dua tahap. Tahap pertama adalah transposase membantu
penggabungan antara dua molekul sehingga membentuk struktur yang disebut cointegrate.
Selama proses ini, transposon mengalami replikasi dan masing-masing membentuk sambungan
pada cointegrate. Pada tahap kedua, pengkode tnpR menengahi rekombinasi pada lokasi yang
spesifik antara dua Tn3 elemen. tahapan ini muncul pada urutan di Tn3 yang disebut res, lokasi
resolusi, dan menyebabkan timbulnya dua molekul, masing-masing dengan kopian dari
transposon. produk transposisi Tn3 berfungsi untuk menekan sintesis antara kedua transposase
dan resolvase protein.
Meskipun beberapa studi elemen transpons berasal dari bakteri, ternyata berdasarkah penelitian
lebih lanjut terdapat juga transpos pada eukariota yang yaitu dengan ragi, jagung, dan
drosopilla.
Ragi Saccharomyces cerevisiae membawa sekitar 35 kopi elemen transpos bernaa Ty yang
merupakan genome haploid, transpons ini memiliki rantai nukleotida yang panjang dan saling
berikatan dengan ujung yang disebut ikatan ð yang mana dari setiap ikatannya terbuat long
terminal repeats atau LTR. Genetik dari elemen Ty menyerupai retrovirus eukariotik. Satu
ikatan virus RNA yang terabaikan mensintesis RNA setelah masuk ke dalam sel lalu DNA
memasukkan dirinya sendiri kedalam genom dan melakukan duplikasi. Materi yang masuk
memiliki bentuk keseluruhan yang sama deperti elemen ragi Ty yang disebut juga provirus.
Provirus memiliki tiga gen yang sederhana yaitu gag, pol dan env. Ty elemen hanya memiliki
dua gen, A dan B, yang analog dengan retrovirus gag dan pol.berdasarkan kesamaannya dengan
retrovirus, elemen Ty pada ragi terkadang disebut retrotranspons
Transpons jagung
Pada penelitian pada jagung ini banyak diidentifikasi beberapa transpos famili. Yang pertama
yaitu elemen Ac dan Ds yang pertama kali dikenalkan oleh McClintock. Ia menemukan elemen
yang terpancar di dalam genome. Struktur Genom Ac jika tidak persis maka identik, sedangkan
jika Genom Ds adalah heterogen. Saat dua elemen Ds bergabung maka elemen tersebut mampu
mematahkan kromosom. Cara mengaktifkan fungsi elemen Ac yaitu dengan asosiasi dengan
protein yang mereka sintesis dan protein tersebut disebut dengan transposase famili Ac/Ds.
Karena elemen Ds merupakan mutasi atau delesi elemen Ac sehingga elemen Ds tidak mampu
aktif sendiri. Akan tetapi karena protein transpoase dapat didifusikan maka kadang kala elemen
Ac dapat mengenkover kegiatan elemen Da dan proses ini disebut trans-acting. Penelitian
selanjutnya menujukkan mekanisme transpos Ac. Setelah mereplikasi, elemen Ac maka akan
berpindah tempat ke daerah sekitarnya. Saat proses tersebut selesai maka akan terbentuk dua
kromatid baru, yang satu dengan satu kopi dari elemen Ac dan yang lainnya dengan dua kopian
elemen Ac, karena itu transpos Ac yang sesungguhnya dipertimbankan sebagai nonreplikasi.
Elemen Spm dan dSpm
Penemuan transpor jagung lain yang ditemukan oleh McClintock adalah suppressor dan
mutator. elemen autonomnya disebut spm dan elemen nonautonomnya disebut dSpm. Elemen
dSpm lebih kecil dari Spm karena bagian dari rantai DNAnya terpotong yang menyebabkan
kerusakan fungsi pembawa gen oleh Spm.
Spm, dinamai demikian karena mampu menekan fungsi dari dspm yang mana jika suatu
elemen dSpm masuk ke gen dan mengontrol pigmnetasi, menyebabkan kekurangan ekspresi
pignmen warna. Pada saat elemen Spm masuk ke genom tersebut, maka Spm akan menekan
fungsi dSpm yang menyebabkan munculnya bercak warna. Trans-acting mutator spm
menyebabkan gen yang mengatur pigmentasi yang sebelumnya hilang akibat dspm kembali
dan menjadi lebih pekat yang menyebabkan bercak warna.
Transpons Drosophila
Elemen transpons telah dtemukan pada banyak hewan tetapi informasi yang paling bagus
berasal dari penelitian terhadap Drosophila. Sekelompok besar Drosophila meliputi elemen
seperti retrovirus atau retrotransposons. Bentuk strukturnya sama seperti elemen TY yang
ememiliki rantai ulangan panjang yang dihubungkan oleh rantai yang berada di bagian
berlawanan. Saat retrotranspososm masuk ke sebuah kromosom, akan terdapat dua macam
duplikasi. Yang satu disebut elemen copia, dan satunya elemen gypsy yang berada pada arah
yang sama.
Retrotrasnpos bertanggung jawab terhadap mutasi klasik gen Drosophila yang melibatkan
copia elemen atau gypsy elemen yang prosesnya dapat kembali ke bentuk semula. Seperti pada
elemen TY ragi, transposisi dari retrotransposons drosophila juga melibatkan RNA intermediet
namun, prosesnya masih belum diketahui. Proses ini juga tidak diketahui apakah mampu
berpindah dari satu sel ke sel lain.
Beberapa penelitian tentang Drosophila difokuskan kepada anggota dari famili P. Anggota
elemen P memiliki variasi ukuran. Elemen yang lengkap dapat bergerak secara autonom karena
membawa gen yang mengkode transpons protein. Survey langsung dari alam menunjukkan
bahwa Drosophila bertanggung jawab atas variasi elemen P yang ada pada genome. Populasi
Drosophila yang memiliki elemen P memiliki mekanisme untuk meregulasi pergerakan
mereka. Pada beberapa strain, regulasi ini bergantung pada pewarisan maternal yang disebut
Pcytotype.
Terdapat sedikit keraguan bahwa transpons elemen bertanggung jawab atas mutasi dari
berbagai variasi organisme, yang paling banyak datang dari Drosophila. Meskipun begitu,
berdasarkan penelitian yang berbeda, menunjukkan bahwa terjadinya mutasi masih merupakan
peristiwa yang langka. Transpons elemen juga dapat menimbulkan kerusakan kromosom yang
dilihat berdasarkan kebiasaan dari kedua elemen Ds pada jagung dan elemen P di Drosophila.
Isu Evolusi
Transpos elemen sangat berguna dalam proses evolusi. Kemampuan mereka dalam mengkopi,
transpose, dan menyusun ulang rantai DNA gen untuk resistensi antibiotik dapat diperoleh
keuntungan dari organisme yang membawa mereka.
Question & Answer
160342606259/G
Pertanyaan :
1. Apa perbedaan elemen Spm dan dSpm dengan elemen Ac dan Ds pada Transpos
jagung?
2. Mengapa transpos elemen Ac dianggap tidak replikatif?
Jawaban :
1. Elemen Ac memiliki gen yang mengkode transposase sehingga transposisi bisa terjadi.
Mutasi dari gen yang mengkode protein menghilangkan kemampuan transposisi, oleh
sebab itu Ds tidak aktif. Berbeda dengan Ac yang bisa mengaktifkan dirinya sendiri.
Sedangkan elemen Spm memiliki fungsi sebagai suppressor fungsi apabila berinteraksi
dengan dSpm pada salah satu posisi dalam genom.
2. Karena pada prosesnya suatu replikasi dapat melewati elemen Ac, hasil penggandaan
dari elemen tersebut dapat berpindah ke tempat di depan tempat replikasi tersebut.
Ketika proses replikasi berakhir, disini akan menjadi dua kromatid bersaudara, yang
satu dengan hanya satu elemen Ac (hanya di tempat baru), dan yang satu lagi dengan
dua elemen Ac (satu di tempat baru dan satu di tempat salnya). Hal perlu diingat dari
proses ini, elemen Ac tidak akan mereplikasi dirinya selama transposisi, selebihnya, dia
digandakan oleh mesin replikasi normal sebelum dan sesudah perpindahan.
Nina Bunga Anggraini
160342606206
Offering G
Jawab : Antara plasmid dan episom tidaklah sama, terdapat sebuah perbedaan mendasar
diantara keduanya. Plasmid merupakan molekul DNA ekstra kromosom, plasmid tidak dapat
bergabung dengan DNA kromosom, dan plasmid berisi informasi genetik yang diperlukan
untuk replikasi plasmid itu sendiri. Sedangkan episom adalah setiap jenis DNA ekstra-
kromosom yang dapat berhubungan dengan DNA kromosom. Episom biasanya lebih besar dari
DNA ekstra-kromosom lainnya. Contoh episom adalah virus, karena mereka mengintegrasikan
materi genetik mereka ke dalam DNA kromosom inang dan bereplikasi bersama dengan
replikasi DNA kromosom inangnya.
Jawab : karena colisin yang dihasilkan plasmid col mampu menghambat transkripsi pada
bakteri E.coli dengan mengikat reseptor spesifik pada permukaan sel E.coli yang kemudian
akan merusak permukaan sel nya.