1 Anindya Shafira Putri (06211540000058)

Practice Exercises of Survival Analysis

Data berikut adalah sampel dari Studi Evans County tahun 1967-1980. Waktu bertahan hidup
atau survival times (dalam tahun) dibedakan menjadi dua kelompok, dengan masing-masing
kelompok terdapat 25 orang. Kelompok 1 tidak memiliki riwayat penyakit kronis (CHR=0), dan
kelompok 2 memiliki riwayat penyakit kronis yang positif (CHR=1):
Kelompok 1 (CHR=0): 12.3+, 5.4, 8.2, 12.2+, 11.7, 10.0, 5.7, 9.8, 2.6, 11.0, 9.2, 12.1+,6.6, 2.2, 1.8,
10.2, 10.7, 11.1, 5.3, 3.5, 9.2, 2.5, 8.7, 3.8, 3.0
Kelompok 2 (CHR=1): 5.8, 2.9, 8.4, 8.3, 9.1, 4.2, 4.1, 1.8, 3.1, 11.4, 2.4, 1.4, 5.9, 1.6, 2.8, 4.9, 3.5,
6.5, 9.9, 3.6, 5.2, 8.8, 7.8, 4.7, 3.9
Dalam penelitian ini, interval waktu sejak subjek mengikuti penelitian sampai terjadinya
event atau sampai subjek bertahan hidup melebihi waktu (t) yang telah ditentkan yang dicatat pada
variabel Time. Analisis dilakukan pada dua kelompok yaitu subjek dengan riwayat penyakit kronis
dan subjek dengan riwayat penyakit kronis yang positif. Maka, pada penelitian ini dilakukan analisis
Kaplan-Meier untuk melihat perbedaan waktu ketahanan hidup (Ordered Failure Times) antara subjek
pada kelompok 1 dan kelompok 2 atau dapat dinotasikan dengan S(t) yaitu peluang bertahan hidup
subjek (pasien) lebih dari waktu (t). Hasil analisis dengan SPSS adalah sebagai berikut.
 Table of ordered failure times group 1

Cumulative Proportion Surviving at N of Remaining

Time N of Cumulative
Group Status the Time Cases
t(f) Events
Estimate/ S(t) Std. Error n(f)-m(f)
1 1,800 1 ,960 ,039 1 24
2 2,200 1 ,920 ,054 2 23
3 2,500 1 ,880 ,065 3 22
4 2,600 1 ,840 ,073 4 21
5 3,000 1 ,800 ,080 5 20
6 3,500 1 ,760 ,085 6 19
7 3,800 1 ,720 ,090 7 18
8 5,300 1 ,680 ,093 8 17
9 5,400 1 ,640 ,096 9 16
1 10 5,700 1 ,600 ,098 10 15
11 6,600 1 ,560 ,099 11 14
12 8,200 1 ,520 ,100 12 13
13 8,700 1 ,480 ,100 13 12
14 9,200 1 . . 14 11
15 9,200 1 ,400 ,098 15 10
16 9,800 1 ,360 ,096 16 9
17 10,000 1 ,320 ,093 17 8
18 10,200 1 ,280 ,090 18 7
19 10,700 1 ,240 ,085 19 6
2 Anindya Shafira Putri (06211540000058)

20 11,000 1 ,200 ,080 20 5

21 11,100 1 ,160 ,073 21 4
22 11,700 1 ,120 ,065 22 3
23 12,100 0 . . 22 2
24 12,200 0 . . 22 1
25 12,300 0 . . 22 0

Berdasarkan hasil analisis diatas, diperoleh probabilitas bertahan hidup S(t) subjek pada
kelompok tanpa riwayat penyakit kronis. Secara matematis dengan menggunakan KM formula,
perkiraan kelangsungan hidup subjek pada kelompok tersebut dapat dihitung dengan cara mengalikan
nilai estimasi dari waktu kegagalan sebelumnya dengan fraction (peluang) pada tiap waktu (t). Misal,
diperoleh probabilitas subjek bertahan hidup yaitu 0,76 pada tahun ke 3,5 atau 3 tahun 5 bulan dimana
pada tahun tersebut didapatkan peluang (fraction) yaitu 19/20 untuk bertahan hidup selama 3,5 tahun
terakhir. Pada 3,5 tahun terakhir, terdapat 20 subjek yang masih bertahan dan 1 subjek yang gagal
untuk bertahan hidup atau meninggal sehingga pada tahun berikutnya hanya tersisa 19 subjek yang
masih bertahan hidup. Hasil S(3,5) didapatkan dengan mengalikan hasil S(t) sebelumnya dengan nilai
peluang (fraction) pada saat t=3,5. Begitu pula, pada tahun-tahun selanjutnya. Hingga didapatkan nilai
probabilitas bertahan hidup selama 11,7 tahun terakhir yaitu 0,12 dimana terdapat 3 subjek tanpa
riwayat penyakit kronis yang tersensor atau masih bertahan hidup diluar waktu yang telah ditentukan
pada penelitian ini.
 Table of ordered failure times group 2

Cumulative Proportion Surviving at N of Remaining

Time N of Cumulative
Group Status the Time Cases
t(f) Events
Estimate/ S(t) Std. Error n(f)-m(f)
1 1,400 1 ,960 ,039 1 24
2 1,600 1 ,920 ,054 2 23
3 1,800 1 ,880 ,065 3 22
4 2,400 1 ,840 ,073 4 21
5 2,800 1 ,800 ,080 5 20
6 2,900 1 ,760 ,085 6 19
7 3,100 1 ,720 ,090 7 18
8 3,500 1 ,680 ,093 8 17
2
9 3,600 1 ,640 ,096 9 16
10 3,900 1 ,600 ,098 10 15
11 4,100 1 ,560 ,099 11 14
12 4,200 1 ,520 ,100 12 13
13 4,700 1 ,480 ,100 13 12
14 4,900 1 ,440 ,099 14 11
15 5,200 1 ,400 ,098 15 10
16 5,800 1 ,360 ,096 16 9
3 Anindya Shafira Putri (06211540000058)

17 5,900 1 ,320 ,093 17 8

18 6,500 1 ,280 ,090 18 7
19 7,800 1 ,240 ,085 19 6
20 8,300 1 ,200 ,080 20 5
21 8,400 1 ,160 ,073 21 4
22 8,800 1 ,120 ,065 22 3
23 9,100 1 ,080 ,054 23 2
24 9,900 1 ,040 ,039 24 1
25 11,400 1 ,000 ,000 25 0

Tabel diatas merupakan hasil analisis untuk subjek dengan riwayat penyakit kronis, sehingga
didapatkan probabilitas subjek bertahan hidup pada t waktu. Karena pada kelompok ini tidak terdapat
data tersensor, maka secara matematis nilai probabilitas bertahan hidup dapat dihitung dari jumlah
subjek yang masih bertahan hidup pada t waktu dan dikurangi dengan subjek yang gagal bertahan
hidup untuk selanjutnya dibagi dengan jumlah subjek pada saat awal penelitian dimulai. Misal, pada
t=3,9 tahun terakhir didapatkan nilai probabilitas bertahan hidup S(t)sebesar 0,6 karena pada 3,9 tahun
terakhir terdapat 1 subjek yang gagal bertahan hidup, yang dimana sebelumnya terdapat 16 subjek
yang masih bertahan sehingga didapatkan probabilitas yaitu 15/25 untuk t=3,9 tahun. Dan begitu pula
untuk tahun-tahun selanjutnya. Hingga pada waktu (t) yang telah ditentukan yaitu t=11,4 tahun
diketahui bahwa tidak terdapat subjek yang bertahan hidup. Sehingga, hal tersebut menunjukkan
bahwa peluang bertahan hidup subjek yang memiliki riwayat penyakit kronis lebih rendah
dibandingkan dengan subjek yang tidak memiliki riwayat penyakit kronis.
Secara visual, perbandingan peluang bertahan hidup pada subjek dengan riwayat penyakit
kronis dan subjek tanpa riwayat penyakit kronis dapat dilihat melalui hasil KM curves sebagai berikut.
4 Anindya Shafira Putri (06211540000058)

Hasil gambar diatas, menjelaskan bahwa kurva ketahanan hidup subjek yang tidak memiliki
riwayat penyakit kronis (kelompok 1) cenderung berada diatas kurva ketahanan hidup subjek dengan
riwayat penyakit kronis (kelompok 2). Dapat dilihat pula, bahwa kurva ketahanan hidup subjek tanpa
riwayat penyakit kronis turun lambat dibandingkan dengan subjek dengan penyakit riwayat kronis
yang cenderung turun lebih cepat. Meskipun, pada 4 tahun awal kurva dari kedua kelompok
berdekatan namun kembali terpisah setelah 4 tahun dan kembali berdekatan pada 12 tahun terakhir.
Hal tersebut menunjukkan bahwa peluang peluang bertahan hidup subjek tanpa riwayat penyakit
kronis lebih tinggi dibandingkan dengan pasien yang memiliki riwayat penyakit kronis.
Selanjutnya, dilakukan uji Log Rank untuk mengetahui apakah terdapat perbedaan antar kurva
survival pada subjek yang memiliki riwayat penyakit kronis dengan subjek tanpa riwayat penyakit
kronis. Dalam melakukan uji log rank secara manual pada dua kelompok yang dijadikan satu
(compared) maka dibutuhkan total dari selisih nilai observasi dengan nilai hasil ekpektasi dari tiap
waktu kegagalan pada kelompok 1 maupun 2. Pada uji log rank ini, digunakan hasil selisih pada
kelompok 2 untuk menentukan nilai statistik. Berikut merupakan hasil expanded table dengan bantuan
Ms. Excel.
t(f) m1f m2f n1f n2f e1f e2f m1f-e1f m2f-e2f
1.4 0 1 25 25 0.500 0.500 -0.500 0.500
1.6 0 1 25 24 0.510 0.490 -0.510 0.510
1.8 1 1 25 23 1.042 0.958 -0.042 0.042
2.2 1 0 24 22 0.522 0.478 0.478 -0.478
2.4 0 1 23 22 0.511 0.489 -0.511 0.511
2.5 1 0 23 21 0.523 0.477 0.477 -0.477
2.6 1 0 22 21 0.512 0.488 0.488 -0.488
2.8 0 1 21 21 0.500 0.500 -0.500 0.500
2.9 0 1 21 20 0.512 0.488 -0.512 0.512
3 1 0 21 19 0.525 0.475 0.475 -0.475
3.1 0 1 20 19 0.513 0.487 -0.513 0.513
3.5 1 1 20 18 1.053 0.947 -0.053 0.053
3.6 0 1 19 17 0.528 0.472 -0.528 0.528
3.8 1 0 19 16 0.543 0.457 0.457 -0.457
3.9 0 1 18 16 0.529 0.471 -0.529 0.529
4.1 0 1 18 15 0.545 0.455 -0.545 0.545
4.2 0 1 18 14 0.563 0.438 -0.563 0.563
4.7 0 1 18 13 0.581 0.419 -0.581 0.581
4.9 0 1 18 12 0.600 0.400 -0.600 0.600
5.2 0 1 18 11 0.621 0.379 -0.621 0.621
5.3 1 0 18 10 0.643 0.357 0.357 -0.357
5.4 1 0 17 10 0.630 0.370 0.370 -0.370
5.7 1 0 16 10 0.615 0.385 0.385 -0.385
5.8 0 1 15 10 0.600 0.400 -0.600 0.600
5.9 0 1 15 9 0.625 0.375 -0.625 0.625
5 Anindya Shafira Putri (06211540000058)

6.5 0 1 15 8 0.652 0.348 -0.652 0.652

6.6 1 0 15 7 0.682 0.318 0.318 -0.318
7.8 0 1 14 7 0.667 0.333 -0.667 0.667
8.2 1 0 14 6 0.700 0.300 0.300 -0.300
8.3 0 1 13 6 0.684 0.316 -0.684 0.684
8.4 0 1 13 5 0.722 0.278 -0.722 0.722
8.7 1 0 13 4 0.765 0.235 0.235 -0.235
8.8 0 1 12 4 0.750 0.250 -0.750 0.750
9.1 0 1 12 3 0.800 0.200 -0.800 0.800
9.2 2 0 12 2 1.714 0.286 0.286 -0.286
9.8 1 0 10 2 0.833 0.167 0.167 -0.167
9.9 0 1 9 2 0.818 0.182 -0.818 0.818
10 1 0 9 1 0.900 0.100 0.100 -0.100
10.2 1 0 8 1 0.889 0.111 0.111 -0.111
10.7 1 0 7 1 0.875 0.125 0.125 -0.125
11 1 0 6 1 0.857 0.143 0.143 -0.143
11.1 1 0 5 1 0.833 0.167 0.167 -0.167
11.4 0 1 4 1 0.800 0.200 -0.800 0.800
11.7 1 0 4 0 1.000 0.000 0.000 0.000
Total 22 25 30.786 16.214 -8.786 8.786

Namun, pada latihan kali ini tidak dilakukan perhitungan secara manual sehingga dengan
bantuan software SPSS didapatkan hasil uji log rank sebagai berikut.

Chi-Square df Sig.

Log Rank (Mantel-Cox) 7,993 1 ,005

Hipotesis :
H0 = Tidak terdapat perbedaan antara kurva survival subjek kelompok 1 dan 2
H1 = Terdapat perbedaan antara kurva survival subjek kelompok 1 dan 2

Berdasarkan hasil uji log rank didapatkan keputusan tolak H0, karena didapatkan nilai statistik uji log
2
rank sebesar 7,993 yang dimana nilai tersebut lebih besar jika dibandingkan dengan nilai 𝜒(𝛼,1) yaitu
3,841 sehingga dapat disimpulkan bahwa terdapat perbedaan waktu bertahan hidup (survival) yang
signifikan antara subjek yang memiliki riwayat penyakit kronis dengan subjek tanpa riwayat penyakit
kronis. Hal tersebut juga dapat dilihat dari nilai p-value yang tidak lebih dari nilai alpha 5%.
Berdasarkan analisis Kaplan-Meier, didapatkan pula output mean dan median dari waktu
ketahanan hidup tiap kelompok. Berikut merupakan output dengan bantuan software SPSS.
6 Anindya Shafira Putri (06211540000058)

Meana Median

group 95% Confidence Interval 95% Confidence Interval

Estimate Std. Error Estimate Std. Error
Lower Bound Upper Bound Lower Bound Upper Bound

1 7,564 ,717 6,158 8,970 8,700 1,624 5,518 11,882

2 5,280 ,562 4,178 6,382 4,700 ,666 3,394 6,006

Overall 6,422 ,480 5,481 7,363 5,700 ,766 4,199 7,201

Dari tabel diatas, didapatkan rata-rata waktu bertahan hidup dari subjek pada kelompok 1 dan
2. Pada kelompok subjek tanpa riwayat penyakit kronis (kelompok 1) didapatkan waktu rata-rata
7,564 tahun untuk bertahan hidup yang dimana lebih besar daripada rata-rata waktu bertahan hidup
pada subjek kelompok dengan riwayat penyakit kronis yaitu 5,280 tahun. Begitu pula dengan nilai
median, dimana sekitar 50% subjek pada kelompok 1 memiliki waktu bertahan hidup diatas 8,7 dan
waktu bertahan hidup lebih lama jika dibandingkan dengan nilai median pada kelompok 2. Sehingga,
dapat disimpulkan bahwa peluang waktu bertahan hidup subjek kelompok tanpa riwayat penyakit
kronis lebih baik dibandingkan dengan subjek kelompok yang memiliki riwayat penyakit kronis.