Review Jurnal

Nama : Shintia Dwi Putri

NIM : 1601118
Kelas : VI A

The impact of different DNA extraction methods on the analysis of microbial diversity
of oral saliva from healthy youths by polymerase chain reaction-denaturing gradient gel
electrophoresis

Latar belakang

Elektroforesis gel gradien denaturasi-reaksi rantai polimer (PCR-DGGE), sebagai

teknik molekuler konvensional, digunakan untuk menganalisis keanekaragaman mikrobiota
oral. Namun, penelitian menemukan bahwa hasil PCR-DGGE dipengaruhi oleh metode
isolasi DNA. Studi ini membandingkan ekstraksi QIAamp DNA Micro Kit dengan metode
ekstraksi fenol dan kloroform untuk isolasi DNA saliva pemuda yang sehat dan menganalisis
finger print PCR-DGGE.

Material dan Metode

First Stage
 Partisipan
- Delapan pemuda yang sehat dipilih secara acak dari College of Stomatology,
Southern University Medical.
- Semua delapan dari mahasiswa memenuhi kriteria inklusi sebagai berikut: (1) usia
antara 21 sampai 25 tahun, tidak ada penyakit sistemik, peserta perempuan tidak
hamil atau menggunakan kontrasepsi oral, tidak ada antibiotik yang diambil dalam
3 bulan sebelumnya dan tidak merokok.
 Metode
- Peserta diminta untuk berkumur dengan air 30 menit sebelum pengumpulan
sampel.
- Peserta diminta mengeluarkan sampel saliva yang semuanya alami dari mulut.
- Setiap individu memberikan 2 ml. Kemudian, sampel dibagi dua (1 ml masing
masing) sehingga didapatkan 16 sampel saliva.
 - Dari 16 sampel, dibagi menjadi dua grup, yaitu grup A dan grup B.
- Sampel dari grup A untuk metode ekstraksi fenol dan kloroform (dibuat kit A1
sampai A8)
- Sampel dari grup B digunakan untuk QIAamp DNA Micro Kit (dibuat kit B1
sampai B8)
Second Stage
 Patisipan
- Enam belas pemuda yang sehat dipilih secara acak dari College of Stomatology,
Southern University Medical. Semua siswa memenuhi kriteria inklusi dijelaskan
dalam tahap pertama.
 Metode
- Semua peserta mengeluarkan 2 mL saliva dan total 14 sampel ini dialokasikan ke
Grup A (berlabel A1 sampai A14).
- Kemudian, dua peserta secara acak dipilih untuk memberikan 2 mL sampel air liur
lagi setelah 3 bulan dan kedua sampel ini dialokasikan sebagai Grup B (2 siswa yang
dipilih secara acak ini adalah peserta angka 2 dan 3, yang berhubungan dengan
sampel A2 dan A3, jadi dua sampel ini dikumpulkan pada waktu yang berbeda poin di
Grup B diberi label B2 dan B3). Semua sampel masuk tahap kedua diserahkan ke
QIAamp DNA Micro Metode ekstraksi kit
Uji yang akan dilakukan :
 Total genomic DNA extraction
1. Modified phenol-chloroform extraction method
2. QIAamp DNA Micro Kit extraction method
 PCR-DGGE assay
 Statistical analyses

Hasil dan Kesimpulan

 Dampak dari dua metode ekstraksi DNA yang berbeda pada PCR-DGGE
- The 16s rDNA was well-amplified with the universal primers pairs
(784DEG/880RDEG) in this study.
- Hasil menunjukkan bahwa The mean number of bands in Group A (phenol-
chloroform extraction method) was 6.63 ± 2.07, while that in Group B
(QIAamp DNA Micro Kit extraction method) was 10.50 ±1.41.
- Kesimpulannya, metode ekstraksi DNA berdampak analisis PCR-DGGE

untuk studi keanekaragaman mikroba oral. Studi kami menunjukkan bahwa

metode ekstraksi DNA harus dipertimbangkan dan dipilih sesuai dengan

mikrobiota yang berbeda sebelum analisis PCR-DGGE. Oleh karena itu, band-

band yang melimpah massa terdeteksi bisa diperoleh pada gel DGGE. Dalam

penelitian kami, metode QIAamp DNA Micro ekstraksi Kit sesuai untuk

ekstraksi sampel air liur oral. Selain itu, kami akan melakukan studi lebih

lanjut dari mikrobiota dominan dalam air liur mulut untuk memberikan bukti

untuk pencegahan dan pengobatan penyakit mulut.

- Hasil pada tahap pertama menunjukkan bahwa metode QIAamp DNA Micro

ekstraksi Kit adalah lebih cocok untuk ekstraksi DNA dari air liur daripada

metode ekstraksi fenol-kloroform. Pada tahap kedua, band diubah menjadi

angka “0”, “1”, dan “2” untuk menganalisis kesamaan sampel menurut ringan

band. Indeks kesamaan periode yang berbeda dari individu yang sama

menunjukkan bahwa komposisi mikrobiologi sangat mirip (> 0,95), sedangkan

yang dari individu yang berbeda sangat bervariasi (<0,90).