Molecular docking merupakan suatu teknik yang digunakan untuk mempelajari interaksi yang terjadi dari

suatu kompleks molekul. Molecular docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke
molekul yang lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil. Fokus penambatan molekul untuk
mensimulasikan secara komputasi proses pengenalan molekul. Tujuan dari penambatan molekul adalah
untuk mencapai konformasi yang optimal untuk kedua protein dan ligan serra orientasi relative antara
protein dan ligan sehingga energy bebas dari sistem secara keseluruhan diminimalkan. Proses komputasi
mencari ligan yang cocok baik secara geometris dan energy ke situs protein ini disebut penambatan
molekul. Penambatan molekul membantu dalam mempelajari obat/ ligan atau interaksi reseptor/ protein
dengan mengidentifikasi situs aktif yang cocok pada protein, mendapatkan geommetri terbaik dari ligan-
kompleks reseptor, dan menghitung energy interaksi dari ligan yang berbeda untuk merancang ligand
yang lebih efektif.

Untuk melakukan penambatan syarat pertama adalah menentukan protein yang dikehendaki. Untuk
mencari struktur protein nya dapat didownload di pdb.org atau Pubchem dengan memasukkan nama
protein yang diinginkan lalu didownload dalam format file PDB atau SDF. Molecular docking dilakukan
untuk menguji interaksi antara ligand dengan proteinnya. Ligan yang ada didalam pdb.org semua ligand
sudah terikat pada reseptornya maka terlebih dahulu ligand dan protein dipisahkan dengan menggunakan
aplikasi BIOVIA. Sedangkan ligan yang diunduh dari Pubchem tidak terikat dengan reseptor sehingga tidak
perlu dipisahkan dengan aplikasi BIOVIA. Ligan dan reseptor kemudian dipreparasi dengan aplikasi
Autodock. Setelah ligan dan reseptor dipreparasi dilakukan penentuan parameter grid dan simulasi
docking dengan aplikasi Autodock. Lalu setelah simulasi docking dilakukan maka dilakukan interpretasi
hasil dengan aplikasi BIOVIA dan menentukan nilai energy ikatan bebas.

Setelah dilakukan molecular docking didapat nilai energy ikatan bisakuron dengan
reseptor ER-α sebesar -7.05. Energi ikatan yang lebih tinggi dari -8 pada bisakuron menunjukkan
ikatan dengan ER-α tidak stabil dan tidak selaras jika dibandingkan dengan ikatan tamoxifen
dengan ER-α. Energi pada proses docking ini berkaitan dengan daya afinitas ikatan ligan terhadap
reseptor.