Protein dan Amino ACIDS1

Dwight E. Matthews
Protein dikaitkan dengan semua bentuk kehidupan, dan sebagian besar upaya untuk
menentukan bagaimana kehidupan dimulai berpusat pada bagaimana protein pertama kali
diproduksi. Asam amino bergabung bersama dalam ikatan panjang dengan ikatan peptida
membentuk protein yang berputar dan melipat di pusat produksi ruang tiga dimensi untuk
memfasilitasi reaksi biokimia kehidupan yang entah akan lepas kendali atau tidak berjalan
sama sekali tanpa mereka. Kehidupan tidak mungkin dimulai tanpa enzim-enzim ini, ribuan
jenis yang berbeda ditemukan dalam tubuh. Protein disiapkan dan disekresikan untuk
bertindak sebagai sinyal sel-sel dalam bentuk hormon dan sitokin. Protein plasma diproduksi
dan disekresikan oleh hati menstabilkan darah dengan membentuk larutan viskositas dan
osmolaritas yang sesuai. Protein yang disekresikan ini juga mengangkut berbagai senyawa
melalui darah.
Sumber protein terbesar pada hewan yang lebih tinggi berada di otot. Melalui interaksi yang
kompleks, seluruh lembaran protein bergerak maju mundur untuk membentuk dasar kontraksi
otot dan semua aspek mobilitas kita. Kontraksi otot memberikan pemompaan oksigen dan
nutrisi ke seluruh tubuh, untuk menghirup dan menghirup paru-paru kita, dan untuk
pergerakan. Banyak penyebab penyakit tidak menular yang mendasari adalah akibat dari
kekacauan dalam urutan protein. Kemajuan luar biasa dalam biologi molekuler telah
memberikan informasi yang luar biasa tentang DNA dan RNA dan telah memperkenalkan
bidang genomik. Penelitian ini tidak didorong untuk memahami DNA semata, melainkan
untuk memahami tujuan dan fungsi protein yang diterjemahkan dari kode genetik. Sekarang
kita memiliki bidang proteomik baru yang mempelajari ekspresi, modifikasi, dan regulasi
protein.
Tiga kelas utama substrat digunakan untuk energi: karbohidrat, lemak, dan protein. Protein
berbeda dari dua sumber utama energi makanan lainnya dengan memasukkan nitrogen (N).
Protein rata-rata adalah 16% dari berat N. Komponen asam amino dari protein mengandung
satu N dalam bentuk kelompok amino dan N tambahan, tergantung pada asam amino. Ketika
asam amino dioksidasi menjadi karbon dioksida (CO2) dan air untuk menghasilkan energi, N
juga diproduksi sebagai produk limbah yang harus dihilangkan melalui penggabungan ke
urea. Sebaliknya, N harus tersedia ketika tubuh mensintesis asam amino de novo. Rute
sintetik dari senyawa yang mengandung N lainnya di dalam tubuh (mis., Asam nukleat untuk
sintesis DNA dan RNA) memperoleh N mereka selama sintesis dari sumbangan N dari
P.24

asam amino. Karena itu, ketika kita memikirkan metabolisme asam amino dalam tubuh, yang
kita maksud adalah metabolisme N.
TABEL 2.1. KOMPOSISI TUBUH MANUSIA NORMAL DALAM PERSYARATAN
KOMPONEN ENERGI
MASS KOMPONEN (kg) KETERSEDIAAN ENERGI (kkal) A (d)
Air dan mineral tubuh 49 0 0
Protein 6 24.000 13
Glikogen 0,2 800 0,4
Gendut 15 140.000 78
Total: 70.2 164.800 91,4
Ketersediaan ketersediaan adalah durasi di mana pasokan energi akan bertahan berdasarkan
konsumsi energi istirahat 1800 kkal / hari.
Data dari Cahill GF. N Engl J Med 1970; 282: 668â € “75.

Protein dan asam amino juga penting dalam metabolisme energi tubuh. Seperti yang erkait
Cahill (1), protein adalah penyimpan energi terbesar kedua dalam tubuh setelah simpanan lemak
jaringan adiposa (Tabel 2.1). Karbohidrat disimpan sebagai glikogen, dan penting untuk jangka
pendek.
istilah kebutuhan energi, itu adalah kapasitas yang sangat terbatas untuk menyediakan kebutuhan
energi melebihi beberapa jam. Asam amino dari protein dikonversi menjadi glukosa oleh proses yang
disebut glukoneogenesis untuk menyediakan pasokan glukosa yang berkelanjutan setelah glikogen
dikonsumsi selama puasa. Namun, penyimpanan protein harus dilestarikan untuk berbagai peran
penting di mana protein berfungsi dalam tubuh. Kehilangan lebih dari sekitar 30% protein tubuh
menyebabkan penurunan kekuatan otot untuk bernafas, fungsi kekebalan tubuh, dan fungsi organ
dan, pada akhirnya, dalam kematian. Oleh karena itu, tubuh harus beradaptasi dengan puasa
dengan menghemat protein, seperti yang terlihat oleh penurunan dramatis dalam ekskresi N dalam
minggu pertama timbulnya kelaparan.
Protein tubuh terdiri dari 20 asam amino yang berbeda, masing-masing dengan nasib metabolik yang
berbeda dalam tubuh, dengan aktivitas yang berbeda dalam jalur metabolisme yang berbeda di
organ yang berbeda, dan dengan komposisi berbeda dalam protein yang berbeda. Ketika asam
amino dibebaskan setelah penyerapan protein makanan, tubuh membuat serangkaian keputusan
kompleks mengenai nasib asam amino tersebut: untuk mengoksidasi mereka menjadi energi, untuk
memasukkannya ke dalam protein dalam tubuh, atau menggunakannya dalam pembentukan
sejumlah senyawa yang mengandung N lainnya. Tujuan bab ini adalah untuk menjelaskan jalur
kompleks dan peran asam amino dalam tubuh, dengan fokus pada nutrisi.
ASAM AMINO
Definisi Dasar
Asam amino yang kita kenal dan semua yang tergabung dalam protein mamalia adalah "asam
amino". Menurut definisi, mereka memiliki gugus karbon-karboksil dan gugus amino-N yang melekat
pada karbon Î ±-karbon (Gbr. 2.1). Asam amino berbeda dalam struktur oleh substitusi salah satu
dari dua hidrogen pada Î -carbon dengan kelompok fungsional lain. Asam amino dapat dicirikan oleh
gugus fungsi mereka, yang sering diatur pada pH netral ke dalam kelas (a) nonpolar, (b) tidak
bermuatan tetapi polar, (c) asam (bermuatan negatif), dan (d) basa (bermuatan positif) ) grup. Di
dalam kelas apa pun terdapat perbedaan besar dalam bentuk dan sifat fisik. Dengan demikian, asam
amino sering dikelompokkan menjadi subkelompok fungsional lainnya. Misalnya, asam amino
dengan gugus aromatik, fenilalanin, tirosin, triptofan, dan histidin, sering dikaitkan bersama,
meskipun tirosin jelas polar dan histidin juga basa. Pengelompokan umum lainnya adalah asam
amino alifatik atau netral (glisin, alanin, isoleusin, leusin, valin, serin, treonin, dan prolin). Prolin
berbeda karena gugus fungsinya juga melekat pada gugus amino, membentuk cincin beranggota
lima. Karena cincin itu, prolin sebenarnya adalah asam imino, bukan asam amino. Serin dan treonin
mengandung gugus hidroksil. Ada juga subkelompok penting lainnya: asam amino rantai cabang
([BCAA] isoleusin, leusin, dan valin), yang berbagi enzim umum untuk dua langkah pertama
degradasi mereka. Asam amino asam, asam aspartat dan asam glutamat, sering disebut sebagai
bentuk garam terionisasi: aspartat dan glutamat. Asam amino ini menjadi asparagin dan glutamin
ketika suatu gugus amino ditambahkan dalam bentuk gugus amida ke dalam ekor karboksilnya.
Asam amino yang mengandung sulfur adalah metionin dan sistein. Sistein sering ditemukan dalam
tubuh sebagai dimer asam amino yang disebut sistin di mana gugus tiol (dua atom belerang)
dihubungkan untuk membentuk ikatan disulfida. Perhatian khusus harus diberikan ketika membaca
literatur untuk mencatat perbedaan antara nama sistein dan sistin, karena yang pertama adalah
asam amino tunggal, dan yang terakhir adalah dimer dengan sifat yang berbeda. Asam amino lain
yang mengandung belerang, seperti homocysteine, tidak dimasukkan ke dalam protein.
Semua asam amino ada sebagai partikel bermuatan dalam larutan: dalam air, gugus karboksil
dengan cepat kehilangan hidrogen untuk membentuk anion karboksil (bermuatan negatif),
sedangkan gugus amino memperoleh hidrogen untuk menjadi bermuatan positif. Asam amino,
karenanya, menjadi
"bipolar" (sering disebut zwitterion) dalam larutan, tetapi tanpa muatan neto (muatan positif dan
negatif membatalkan). Namun, kelompok fungsional terlampir dapat merusak keseimbangan itu.
Asam amino asam akan kehilangan hidrogen pada gugus karboksil kedua dan menjadi bermuatan
negatif dalam larutan. Sebaliknya, asam amino kelompok basa sebagian akan menerima hidrogen
pada N kedua dan membentuk molekul dengan muatan positif bersih. Meskipun asam amino lainnya
tidak secara khusus menerima atau menyumbangkan hidrogen tambahan dalam larutan netral,
gugus fungsi mereka memang mempengaruhi polaritas relatif dan sifat asam-basa dari bagian
bipolar dari asam amino dan memberikan masing-masing sifat asam amino yang berbeda dalam
larutan.

Gambar 2.1. Rumus struktural dari 21 asam am -amino yang umum. Asam am ± -amino semuanya
memiliki gugus karboksil, gugus amino, dan gugus fungsi pembeda yang melekat pada Î -karbon.
Struktur generik dari asam amino ditunjukkan di sudut kiri atas dengan fungsi pembeda yang
ditandai oleh R. Kelompok fungsional untuk setiap asam amino ditunjukkan di bawah ini. Asam
amino telah dikelompokkan berdasarkan kelas fungsional. Prolin sebenarnya adalah asam imino
karena struktur sikliknya yang melibatkan nitrogen N.
P.25

Kelompok fungsional asam amino juga bervariasi berdasarkan ukuran. Berat molekul asam amino
ditunjukkan pada Tabel 2.2. Asam amino berkisar dari yang terkecil, glisin, hingga yang terbesar,
molekul besar (mis., Triptofan). Sebagian besar asam amino mengkristal sebagai molekul yang tidak
bermuatan saat dimurnikan dan dikeringkan. Berat molekul yang ditunjukkan pada Tabel 2.2 adalah
reflektif dari berat molekulnya sebagai asam amino kristal. Namun, asam amino basa dan asam
cenderung membentuk kristal yang jauh lebih stabil sebagai garam, daripada sebagai asam amino
bebas. Asam glutamat dapat diperoleh sebagai asam amino bebas dengan berat molekul 147 dan
sebagai garam natriumnya, monosodium glutamat, yang memiliki berat kristal 169. Lisin biasanya
ditemukan sebagai garam yang mengandung hidrogen klorida. Karena itu, ketika asam amino
diwakili oleh berat, penting untuk mengetahui apakah berat didasarkan pada asam amino bebas
atau pada garamnya.
Properti penting lain dari asam amino adalah aktivitas optik. Kecuali untuk glisin, yang memiliki
gugus fungsi sebagai hidrogen tunggal, semua asam amino memiliki setidaknya satu pusat kiral: Î ± -
karbon. Istilah "chiral" berasal dari bahasa Yunani yang berarti bahwa molekul-molekul ini memiliki
kiri (â € œlevoâ € atau â € œLâ) dan kanan (â € œdextroâ € atau â € œDâ €) diserahkan kepada
mereka sekitar Î ± atom karbon. Karena struktur tetrahedral dari ikatan karbon, ada dua
kemungkinan pengaturan pusat karbon dengan empat kelompok berbeda yang terikat padanya yang
tidak dapat ditumpangkan; dua konfigurasi, yang disebut stereoisomer, adalah gambar cermin satu
sama lain. Tubuh hanya mengenali bentuk asam amino "L" untuk sebagian besar
H.26

reaksi dalam tubuh, meskipun beberapa reaksi enzimatik beroperasi dengan efisiensi yang lebih
rendah ketika diberi bentuk "D". Karena kita memang menemukan beberapa asam amino "D" dalam
makanan yang kita makan, tubuh memiliki beberapa mekanisme untuk membersihkan asam amino
ini melalui penyaringan ginjal.
TABEL 2.2. ASAM AMINO UMUM DALAM TUBUH
STANDAR SINGKAT WEB MOLEKULER
3-SURAT 1-SURAT
Asam amino (esensial) yang sangat diperlukan
Isoleucine Ile I 131
Leucine Leu L 131
Lysine Lys K 146
 Methionine Met M 149
Phenylalanine Phe F 165
Threonine Thr T 119
Tryptophan Trp W 204
Valine Val V 117
Histidineb Nya H 155
Asam amino yang tidak dapat dibuang
Alanine Ala A 89
Arginine Arg R 174
Asam Aspartat Asp D 133
Asparagine Asn N 132
Asam glutamat Glu E 147
Glutamine Gln Q 146
Glycine Gly G 75
Proline Pro P 115
Serine Ser S 105
Asam amino yang dapat disingkirkan secara kondisional
Cysteine Cys C 121
Tyrosine Tyr Y 181
Beberapa asam amino khusus
Citrulline 175
Homocysteine Hcy 135
Hydroxylysine Hyl 162
Hydroxyproline Hyp 131
3â € “Methylhistidine 169
Ornithine Orn 132
a Berat molekul (dalton) dibulatkan ke bilangan bulat terdekat dan mewakili jumlah gram per mol
asam amino. Karena glutamin terdegradasi menjadi glutamat ketika protein dihidrolisis, jumlah
glutamin dan glutamat bersama sering disingkat Glx. Hal yang sama juga berlaku untuk jumlah
asparagin dan aspartat: Asx. Singkatan satu huruf sering digunakan untuk menunjukkan urutan
protein.
b Esensi untuk histidin hanya diperlihatkan untuk bayi, tetapi mungkin sejumlah kecil juga diperlukan
untuk orang dewasa (4).
Sejumlah molekul dapat dirancang yang melengkapi definisi dasar asam amino: molekul dengan
karbon pusat yang melekat pada kelompok amino, kelompok karboksil, dan kelompok fungsional.
Namun, varietas yang relatif terbatas muncul di alam; hanya 20 yang dimasukkan secara langsung ke
dalam protein mamalia. Asam amino dipilih untuk sintesis protein ketika digabungkan untuk
mentransfer RNA (tRNA). Untuk mensintesis protein, untaian DNA ditranskripsi menjadi messenger
RNA (mRNA). tRNA berikatan dengan mRNA dalam tiga kelompok basa. Kombinasi berbeda dari
molekul RNA tiga berturut-turut dalam kode mRNA untuk molekul tRNA yang berbeda. Namun,
kombinasi tiga basa mRNA hanya dikenali oleh 20 molekul tRNA yang berbeda, dan 20 asam amino
yang berbeda dimasukkan ke dalam protein selama sintesis protein.
Dari 20 asam amino ini dalam protein, beberapa disintesis de novo dalam tubuh baik dari asam
amino lain atau dari prekursor yang lebih sederhana. Asam amino ini dapat dihapus dari diet kita
tanpa mengganggu kesehatan atau menghalangi pertumbuhan. Asam amino ini tidak penting dan
dapat dibuang dari makanan. Namun, tidak ada jalur untuk sintesis beberapa asam amino lain pada
manusia, dan karenanya asam amino ini sangat penting atau sangat diperlukan dalam makanan.
Klasifikasi asam amino sebagai nondispensable / dispensable atau essential / nonessential bagi
manusia ditunjukkan pada Tabel 2.2. Baik singkatan tiga huruf standar dan singkatan satu huruf yang
digunakan untuk mewakili sekuens asam amino dalam protein juga disajikan pada Tabel 2.2 untuk
masing-masing asam amino. Beberapa asam amino yang dapat dibuang dapat menjadi sangat
diperlukan secara kondisional dalam kondisi ketika sintesis menjadi terbatas atau ketika jumlah
prekursor yang memadai tidak tersedia untuk memenuhi kebutuhan tubuh (2,3,4). Sejarah dan dasar
pemikiran klasifikasi asam amino pada Tabel 2.2 dibahas secara lebih rinci nanti.
Selain 20 asam amino yang dikenali oleh tRNA untuk dimasukkan ke dalam protein, asam amino lain
muncul secara umum di dalam tubuh. Asam amino ini memiliki fungsi metabolisme yang penting.
Contohnya adalah ornithine dan citrulline, yang dihubungkan dengan arginin melalui
H.27

siklus urea. Asam amino lain muncul sebagai modifikasi asam amino setelah mereka dimasukkan ke
dalam protein. Contohnya adalah hidroksiprolin dan hidroksilysin, yang diproduksi ketika residu
prolin dan lisin dalam protein kolagen dihidroksilasi, dan 3-metiltistidin, yang dihasilkan oleh metilasi
pasca-translasional dari residu histidin pilih dari aktin dan protein myosin. Karena tidak ada tRNA
untuk mengkode asam amino ini, mereka tidak dapat digunakan kembali ketika protein yang
mengandung mereka dipecah (dihidrolisis) menjadi asam amino individu.
Kolam dan Distribusi Asam Amino
Distribusi asam amino sangat kompleks. Tidak hanya 20 asam amino yang berbeda dimasukkan ke
dalam berbagai protein yang berbeda di berbagai organ dalam tubuh, tetapi juga asam amino
dikonsumsi dalam makanan dari berbagai sumber protein. Selain itu, setiap asam amino
dipertahankan sebagian sebagai asam amino bebas dalam larutan dalam darah dan di dalam sel.
Secara keseluruhan, berbagai konsentrasi ditemukan di antara asam amino di berbagai protein dan
kolam gratis yang ada. Kami mengonsumsi protein dalam makanan yang dihidrolisis secara enzimatis
dalam saluran pencernaan, sehingga melepaskan asam amino individu bebas yang kemudian diserap
oleh lumen usus dan diangkut ke dalam darah portal. Asam amino kemudian masuk ke sirkulasi
sistemik dan diekstraksi oleh jaringan yang berbeda. Meskipun konsentrasi asam amino individu
bervariasi di antara berbagai kolam bebas seperti plasma dan otot intraseluler, kelimpahan asam
amino individu relatif konstan dalam berbagai protein di seluruh tubuh dan di alam. Tabel 2.3
menunjukkan komposisi asam amino dalam protein telur dan protein otot dan hati (5). Data
dinyatakan sebagai mol asam amino. Ekspresi historis asam amino berdasarkan berat (mis., Gram
asam amino). Membandingkan asam amino dengan berat cenderung membuat perbandingan
terhadap asam amino terberat dan membuatnya tampak lebih berlimpah daripada yang sebenarnya.
Sebagai contoh, tryptophan (berat molekul 204) muncul hampir tiga kali lebih banyak dari glisin
(berat molekul 75) ketika dikutip dalam hal berat