BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

Klasifikasi Bakteri Berdasarkan Kebutuhan Oksigen

Mikroorganisme yang menggunakan oksigen menghasilkan lebih banyak energi dari
nutrien yang diperoleh daripada mikroba yang tidak menggunakan oksigen (anaerob). Bakteri
yang membutuhkan oksigen untuk hidup disebut bakteri aerob obligat. Bakteri aerob obligat
memiliki kelemahan, yaitu jika oksigen sangat sedikit terlarut di dalam media dan air di lingkungan
bakteri tersebut. Oleh sebab itu, kebanyakan bakteri aerob telah berkembang sehingga mempunyai
kemampuan untuk bertumbuh tanpa ada oksigen. Mikroorganisme seperti ini disebut anaerob
fakultatif. Dengan kata lain, bakteri anaerob fakultatif dapat menggunakan oksigen bila ada
oksigen, tetapi dapat terus bertumbuh dengan menggunakan proses fermentasi atau respirasi
anaerob apabila oksigen tidak cukup tersedia. Walaupun demikian, efisiensi produksi energi
berkurang ketika tidak ada oksigen. Contoh bakteri anaerob fakultatif adalah Escherichia coli yang
dapat ditemukan di dalam intestin manusia dan pada beberapa jenis ragi.2
Bakteri anaerob obligat adalah bakteri yang tidak menggunakan oksigen untuk
menghasilkan energi. Sebagian besar bakteri ini bahkan akan mati bila ada oksigen. Contoh bakteri
anaerob obligat adalah genus klostridium yang dapat menyebabkan ; tetanus dan botulisme.2
Anaerob aerotoleran tidak menggunakan oksigen untuk pertumbuhan, tetapi dapat
mengatasi kondisi beroksigen dengan cukup baik. Pada umumnya, bakteri aerotoleran dapat
memfermentasi karbohidrat menjadi asam laktat. Asam laktat yang terakumulasi akan
menghambat pertumbuhan kompetitor aerobik lain dan menciptakan lingkungan yang cocok dan
diperlukan oleh bakteri penghasil asam laktat. Contoh paling umum adalah Laktobasilus yang
digunakan untuk memproduksi makanan fermentasi, seperti acar, yogurt, dan keju. Bakteri ini
mampu tumbuh dalam kondisi ada oksigen karena memiliki enzim superoksida disemutase (SOD)
atau mekanisme lain yang setara yang dapat menetralkan bentuk oksigen yang bersifat toksik.2
Beberapa bakteri dapat tumbuh hanya jika kadar oksigen di lingkungannya lebih rendah
daripada kadar oksigen di udara. Di dalam tabung reaksi berisi media nutrisi padat, bakteri ini akan
tumbuh di bagian media yang lebih dalam dari permukaan, di area oksigen telah berdifusi ke dalam
media, tidak pada permukaan yang kaya akan oksigen, atau di bawah zona yang cukup oksigen.
Toleransi yang terbatas ini kemungkinan disebabkan oleh kepekaan terhadap radikal bebas

2
superoksida dan peroksida yang dihasilkan dalam konsentrasi mematikan pada kondisi kaya akan
oksigen. 2

Metabolisme Bakteri Aerob Dan Anaerob

Bakteri anaerob tidak akan rumbuh bila ada oksigen dan dapat dibunuh dengan oksigen
atau radikal oksigen toksik. pH dan potensial oksidasi-reduksi (Eh) juga penting dalam membuat
kondisi yang membantu pertumbuhan bakteri anaerob. Anaerob tumbuh pada Eh rendah atau
negatif.1
Bakteri aerob dan anaerob fakultatif sering mempunyai sistem metabolik seperti di bawah
ini, sementara bakteri anaerob seringnya tidak demikian. 1
(1) Sistem sitokrom untuk merabolisme O2.
(2) Superoksida dismutase, yang mengatalisis reaksi: O-2 + O-2 + 2H+ → H2 O2 + O2
(3) Katalase, yang mengatalisis reaksi : 2H2 O2 → 2H2 O + O2 (gelembung gas)
Bakteri anaerob tidak mempunyai sistem sitokrom untuk metabolisme oksigen. Bakteri
anaerob yang tidak begitu aktif bergerak dapat mempunyai superoksida dismutase (SOD) dengan
kadar rendah dan dapat atau tidak mempunyai katalase. Sebagian besar kelompok bakteri
Bacteroides fragilis-patogen anaerob yang paling penting-mempunyai sejumlah kecil katalase dan
SOD. Pada bakteri ini, tampaknya terdapat berbagai macam mekanisme untuk toksisitas oksigen.
Agaknya, apabila bakteri anaerob mempunyai SOD atau katalase (atau keduanya), mereka mampu
mengatasi efek toksik radikal oksigen dan hidrogen peroksida, sehingga dapat menoleransi
oksigen. Bakteri obligat anaerob biasanya tidak mempunyai superoksida dismutase dan katalase
serta sensitif terhadap efek mematikan oksigen; bakteri anaerob obligat seperti itu jarang dapat
diisolasi dari infeksi manusia, dan sebagian besar infeksi anaerob pada manusia disebabkan oieh
bakteri anaerob obligat moderat.1

3
 Gambar.1 Efek Oksigen Pada Bakteri Anaerob, Aerob Dan Fakultatif

Sumber : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7638/figure/A1030/?report=objectonly

Kemampuan bakteri anaerob untuk menoleransi oksigen atau untuk tumbuh pada
kondisinya bervariasi pada satu spesies dengan spesies lainnya. Begitu pula dengan strainnya,
terdapat variasi pada strain yang satu dengan strain lainnya dalam suatu spesies (misalnya, satu
strain Prevotella melaninogenica dapat tumbuh pada konsentrasi O2 0,1% tetapi tidak pada 1%;
strain lainnya dapat tumbuh pada konsentrasi 2% terapi tidak 4%). Juga, bila tidak ada oksigen,
beberapa bakteri anaerob akan tumbuh pada Eh yang lebih positif. 1
Sejak 1990-an, klasifikasi taksonomi bakteri anaerob telah berubah secara signifikan
karena penerapan sekuensing molekul DNA dan teknologi hibridisasi DNA. Bakteri anaerob yang
biasa ditemukan pada infeksi manusia tercantum pada Tabel 1. 1
Tabel.1 Bakteri-Bakteri Anaerob Klinik Yang Penting

Sumber : Jawetz Melnick & Adelbergs Medical Microbiology

4
 Sebagian besar infeksi anaerob dikaitkan dengan kontaminasi jaringan oleh mikrobiota
normal mukosa mulut, faring, saluran pencernaan, atau saluran genital. Biasanya, banyak spesies
(lima atau enam spesies atau lebih ketika kondisi budaya standar digunakan) ditemukan, termasuk
anaerob dan anaerob fakultatif. Infeksi panggul Oropharyngeal, pleuropulmonary, abdominal, dan
wanita yang berhubungan dengan kontaminasi oleh mikrobiota mukosa normal memiliki distribusi
anaerob yang relatif sama dan anaerob fakultatif sebagai agen penyebab; sekitar 25% memiliki
anaerob saja, sekitar 25% memiliki anaerob fakultatif saja, dan sekitar 50% memiliki anaerob dan
anaerob fakultatif. Bakteri aerob juga dapat ditemukan, tetapi aerob obligat jauh lebih jarang
daripada anaerob dan anaerob fakultatif. Bakteri anaerob dan infeksi yang terkait terdaftar
tercantum pada Tabel 2. 1

Tabel.2 Bakteri Anaerob dan Infeksi Representatif Terkait

Sumber : Jawetz Melnick & Adelbergs Medical Microbiology

5
Diagnosis Infeksi Bakteri Anaerob
Tanda-tanda klinis yang menunjukkan kemungkinan infeksi dengan anaerob meliputi: 1
1) Sekret berbau busuk (disebabkan oleh produk asam lemak rantai pendek dari metabolisme
anaerob)
2) Infeksi yang dekat dengan permukaan mukosa (anaerob adalah bagian dari mikrobiota normal)
3) Gas dalam jaringan (produksi CO2 dan H2)
4) Hasil kultur aerob negative
Saat mengumpulkan spesimen dari pasien untuk isolasi dan identifikasi bakteri anaerob
yang berhubungan dengan infeksi, tindakan pencegahan harus diambil untuk mengeluarkan
udara. Bahan untuk kultur anaerob paling baik diperoleh dengan jarum dan jarum suntik. Kecuali
spesimen dapat dikirim ke laboratorium segera, spesimen ditempatkan dalam tabung
pengangkutan anaerob yang mengandung karbon dioksida atau nitrogen bebas oksigen. Spesimen
disuntikkan melalui penyumbat karet di tabung transportasi dan tabung tetap di lingkungan
anaerob sampai diproses di laboratorium bakteriologi. Jika spesimen dikumpulkan dengan swab,
digunakan sistem transportasi swab anaerob khusus yang tersedia.3

Gambar Isolasi Dan Identifikasi Bakteri Anaerob

Sumber :https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7638/figure/A1041/?report=objectonly

6
 Diagnosis infeksi anaerob ditegakkan dengan biakan anaerob dari spesimen yang diperoleh
dan dibawa dengan benar. Bakteri anaerob mudah tumbuh pada media kompleks seperti trypticase
soy agar, agar darah Schaedler, agar Brucella, agar infus otak-jantung, dan lain-lain, dimana
masing-masing agar tersebut mengandung nutrisi tambahan (misalnya, dengan hemin, vitamin K1,
dan darah). Media kompleks selektif yang mengandung kanamisin digunakan secara paralel.
Kanamycin (mirip dengan semua aminoglikosida) tidak menghambat pertumbuhan anaerob
obligat; dengan demikian, memungkinkan bakteri anaerob untuk berkembang biak tanpa dihambat
oleh anaerob fakultatif. Kultur diinkubasi pada 35-37°C dalam atmosfer anaerob yang
mengandung CO2.1
Bakteri anaerob obligat tidak dapat tumbuh dalam keberadaan oksigen; oleh karena itu, di
laboratorium, media yang mengandung zat pereduksi digunakan untuk pembiakan anaerob. Bahan
seperti natrium thioglycollate dan sistin menghilangkan banyak oksigen bebas yang ada dalam
media cair. Cooked Meat Broth (CMB) adalah media yang sangat baik karena mengandung banyak
zat pereduksi serta nutrisi.4
Pilihan media untuk digunakan di laboratorium bakteriologi anaerob adalah aspek yang
sangat penting dari bakteriologi anaerob yang berhasil. Anaerob memiliki persyaratan nutrisi
khusus untuk vitamin K, hemin, dan ekstrak ragi, dan semua media isolasi primer untuk anaerob
harus mengandung bahan-bahan ini. Tidak ada satu media yang mungkin mendukung
pertumbuhan semua bakteri anaerob; Namun, agar darah CDC memberikan hasil terbaik.
Meskipun media ini dirancang untuk anaerob, media ini juga mendukung pertumbuhan sebagian
besar aerob, sehingga media selektif berguna untuk menghambat anaerob fakultatif. Paling tidak,
spesimen untuk kultur anaerob harus dikultur ke agar darah non-selektif (mis., Agar Brucella atau
agar darah CDC), biplate yang mengandung Bacteroides bile esculin (BBE), dan kanamycin dan
vankomisin dengan laked sheep blood (KVLB).8

7
 Sumber : Mahon, 2019

Media ideal untuk digunakan dalam kultur anaerob adalah media yang tidak pernah terpapar
oksigen atau terpapar secara singkat. Media harus pada suhu kamar dan dikurangi suhunya
sebelum diinokulasi. Media yang terpapar udara dalam waktu lama dapat mengandung zat toksik,
yang diproduksi sebagai hasil dari pengurangan oksigen molekuler. Untuk memberikan
pertumbuhan terbaik dari anaerob, media harus disimpan dalam ruang anaerob atau sistem holding
sampai digunakan. Alternatifnya adalah menggunakan media komersial, seperti media PRAS (Pra-
Reduced Anaerobically Sterilized), yang telah disiapkan, dikemas, dikirim, dan disimpan dalam
kondisi anaerob. Dengan media PRAS, pertumbuhan dimulai dengan cepat. Banyak anaerob
menghasilkan pertumbuhan yang cukup setelah hanya 24 jam inkubasi. Penelitian telah
menunjukkan bahwa media PRAS berkinerja lebih baik daripada media lain yang tersedia secara
komersial.8

8
 Dalam kebanyakan kasus, permintaan untuk kultur anaerob pada spesimen juga disertai
dengan permintaan untuk kultur aerob. Selain media anaerob selektif yang akan diinkubasi secara
anaerob, berbagai medium disusun berlapis untuk diinkubasi dalam udara ruangan dan dalam
inkubator CO2 juga dilakukan inokulasi. Media spesifik agak berbeda di antara laboratorium dan
akan tergantung pada jenis spesimen; namun demikian, biasanya 5% darah domba, MacConkey,
dan cokelat agar disertakan. Beberapa laboratorium juga secara rutin memasukkan plat agar darah
CNA untuk memilih bakteri gram positif. 8
Untuk memastikan penghilangan oksigen dari lingkungan kultur, kultur kemudian
diinkubasi dalam Jar Anaerob. Ada dua jenis Jar Anaerob, satu jenis memiliki tutup yang
dilengkapi dengan outlet yang melalui outlet ini, gas dapat disingkirkan dengan pompa vakum dan
diganti dengan gas bebas oksigen. Katalis dalam tutupnya mengkatalisasi reduksi dan pembuangan
kimiawi dari oksigen yang mungkin masih tersisa. 4
Jenis lainnya juga membutuhkan penggunaan katalis dalam jar. Sebuah sachet yang
mengandung zat yang menghasilkan hidrogen dan CO2 dimasukkan ke dalam jar bersama dengan
kultur. Sachet lalu dibuka, dan 10 ml air kerang disalurkan ke dalamnya. Ketika tabung ditutup
(tutupnya dijepit dengan rapat), hidrogen yang dilepaskan akan bergabung dengan oksigen,
melalui mediasi katalis, untuk membentuk air. CO2 membantu mendukung pertumbuhan bakteri
anaerob. Sachet kedua yang diletakkan di tabung dengan yang pertama berisi bantalan yang
direndam dengan indikator reduksi oksidasi, misalnya, methylene blue. Ketika bantalan dibuka,
warna pewarna menunjukkan ada atau tidaknya oksigen dalam atmosfer tabung; methylen blue
tidak berwarna tanpa adanya oksigen, dan berwarna biru jika ada oksigen. Gambar 3
mengilustrasikan satu merek jar anaerob (GasPak, B-D Diagnostic Systems) yang digunakan.
Namun tipe lain dari sistem anaerobik terdiri dari kantong plastik yang dapat digunakan hingga 4
cawan petri. Sachet penghasil gas anaerob ditempatkan di dalam kantung dengan pelat. Sachet
menyerap oksigen dari kantong dan menghasilkan CO2 tanpa membutuhkan air. Jenis sistem ini
nyaman ketika hanya sejumlah kecil plate yang akan diinkubasi secara anaerob. Selain itu, plate
dapat dilihat untuk pertumbuhan melalui kantong plastik transparan tanpa membuat organisme
terpapar oksigen. Setelah pertumbuhan yang cukup diamati, plate dapat dibuka dan organisme
dapat diidentifikasi.4

9
 Sumber : Morello, 2003

Gambar.3 Sebuah Jar GasPak (Biosains BD) untuk kultur yang akan diinkubasi secara anaerob.

Sumber : Morello, 2003

Gambar.4 Kantung anaerob adalah sistem yang baik untuk digunakan ketika hanya sejumlah kecil
piring yang diinkubasi secara anaerob. Pelat dimasukkan ke dalam kantong dengan sachet penghasil
gas dan indikator reduksi oksigen.

Lebih lanjut, pemeriksaan morfologi koloni, pigmentasi, dan fluoresensi sangat membantu
dalam mengidentifikasi anaerob. Selain itu, uji aktivitas biokimia dan produksi asam lemak rantai
pendek yang diukur dengan kromatografi gas-cair digunakan untuk konfirmasi laboratorium.3
Secara umum, diagnosis infeksi bakteri anaerob melibatkan langkah-langkah berikut:7
1. pemilihan, pengumpulan, dan transportasi spesimen;

10
 2. penolakan terhadap spesimen yang tidak dapat diterima; pemrosesan spesimen yang dapat
diterima dengan cepat;
3. pemeriksaan mikroskopis langsung dari bahan klinis;
4. pemilihan dan penggunaan media isolasi primer selektif dan non-selektif;
5. penggunaan sistem anaerob untuk inkubasi;
6. kondisi inkubasi yang tepat;
7. inspeksi dan subkultur koloni;
8. identifikasi isolat anaerob;
9. pengujian kerentanan antimikroba dari isolat yang signifikan;
10. pembuatan laporan pendahuluan pada waktu yang tepat (mis., Setelah langkah-langkah di
atas, 3, dan 7-9) sebelum laporan akhir.
Microsistem yang tersedia secara komersial dalam bentuk kit yang telah digunakan untuk
karakterisasi dan identifikasi anaerob termasuk inkubasi aerobik selama 4 jam termasuk yang
berikut:7
1. RapID‐ANA II (Remel/ThermoFisher)
2. Vitek 2 ANC (bioMérieux)
3. MicroScan Rapid Anaerobe Panel (Beckman Coulter)
4. Rapid ID 32A (bioMérieux)
5. BBL Crystal Anaerobe Identification System (Becton Dickinson Microbiology
Systems).
Instrumen Vitek 2 adalah sistem AST berbasis mikrodilution broth, yang menggunakan
kartu plastik 64 sumur yang berisi 17-20 agen antimikroba.

Sumber : Truant, 2016

11
 Kombinasi kartu kerentanan Gram-negatif primer dapat dikombinasikan dengan kartu
kerentanan ekstensi yang menghasilkan pengujian 18 atau 19 agen antimikroba tambahan pada
isolat yang sama. Uji Vitek 2 mengukur perubahan kekeruhan seiring waktu (kurva pertumbuhan),
membandingkan kontrol pertumbuhan dengan sumur yang mengandung berbagai konsentrasi obat.
Hasil yang dilaporkan pada 4-18 memiliki kategori MIC dan S-I-R, tergantung pada tingkat
pertumbuhan dan parameter kerentanan organisme. Instrumen Vitek 2 menggantikan instrumen
Vitek 1 (Vitek Legacy) yang kurang otomatis sebelumnya selama periode 1999-2010. Dua
instrumen Vitek 2 tersedia dengan kartu uji (ID dan AST) dengan kapasitas 60 kartu (Vitek 2) dan
120 kartu (Vitek 2 XL) dengan kemampuan yang diperluas untuk menghubungkan dua modul
Vitek 2 ke komputer yang sama. Selain itu, tiga instrumen Compact Vitek 2 tersedia dengan
kapasitas kartu uji 15, 30, dan 60 kartu.7

12