Halaman 1

Evolusi Genom Manusia

Corinne N. Simonti 1 dan John A. Capra 1,2, *
1 Vanderbilt Genetics Institute, Vanderbilt University, Nashville, TN, 37235, USA
2 Departemen Ilmu Biologi dan Informatika Biomedis, Vanderbilt University, Nashville,
TN, 37235, AS
Abstrak
Genom manusia memegang rekor kekuatan evolusi yang telah membentuk spesies kita. Rayuan
dalam sekuensing DNA, genomik fungsional, dan pemodelan genetika populasi telah memperdalam kita
pemahaman tentang sejarah demografi manusia, seleksi alam, dan banyak lainnya yang telah lama dipelajari
topik. Kemajuan ini juga mengungkapkan banyak faktor yang sebelumnya kurang dihargai yang memengaruhi
evolusi genom manusia, termasuk modifikasi fungsional untuk DNA dan histones,
domain kromatin topologi 3D dilestarikan, variasi struktural, dan mutasi heterogen
pola di sepanjang genom. Menggunakan teori evolusi sebagai lensa untuk mempelajari fenomena ini akan mengarah
untuk terobosan signifikan dalam memahami apa yang membuat kita menjadi manusia dan mengapa kita sakit.
Kata kunci
evolusi manusia; genetika populasi; evolusi regulasi gen; obat evolusi
pengantar
Memahami evolusi genom manusia adalah tujuan yang menggiurkan. Penguraian secara akurat
program biologis yang dikodekan dalam genom manusia akan mengungkapkan jawaban molekuler
pertanyaan mendasar tentang asal-usul manusia dan dasar genetik untuk sifat-sifat spesifik manusia.
Mempelajari sejarah evolusi dan demografis spesies kita juga sangat menjanjikan
mengungkapkan bagaimana dan mengapa manusia modern jatuh sakit. Genom manusia telah dibentuk oleh
tekanan evolusioner yang, dalam banyak kasus, tidak lagi mencerminkan keadaan kebanyakan
manusia, dan ketidakcocokan ini antara gen kita dan lingkungan kita dapat menyebabkan penyakit
[1,2].
Meskipun ada kemajuan besar sejak pengurutan genom manusia pertama lebih dari 10
tahun lalu, masih banyak yang kita tidak mengerti tentang evolusi manusia
genom. Kemajuan statistik dan eksperimental terbaru dan pengurutan ribuan
genom manusia dari beragam populasi telah mengungkapkan kompleksitas signifikan dalam klasik
Penulis yang sesuai: tony.capra@vanderbilt.edu.
* 
Penafian Penerbit: Ini adalah file PDF dari manuskrip yang belum diedit yang telah diterima untuk publikasi. Sebagai layanan untuk kami
pelanggan kami menyediakan naskah versi awal ini. Naskah akan menjalani copyediting, penyusunan huruf, dan ulasan
bukti yang dihasilkan sebelum diterbitkan dalam bentuk citable terakhirnya. Harap dicatat bahwa selama proses produksi mungkin terjadi kesalahan
ditemukan yang dapat memengaruhi konten, dan semua penafian hukum yang berlaku untuk jurnal tersebut.

Akses Publik HHS

Naskah penulis
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Diterbitkan dalam bentuk yang diedit akhir sebagai:
Curr Opin Genet Dev . 2015 Desember; 35: 9–15. doi: 10.1016 / j.gde.2015.08.005.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 2
topik dalam genetika populasi manusia, termasuk dinamika seleksi lintas manusia
populasi dan spesies terkait erat [3-6], penentu variasi dalam tingkat mutasi
[7,8], kesimpulan sejarah populasi manusia purba [9,10], dan bagaimana varian, khususnya
varian langka, berkontribusi terhadap fenotipe [11-13]. Mungkin hasil yang paling dramatis di bidang ini
selama lima tahun terakhir telah menjadi urutan DNA purba dari hominin purba, seperti
Neanderthal dan Denisova [14,15], dan demonstrasi pencampuran yang komprehensif
antara nenek moyang manusia modern dan beberapa kelompok hominin purba [16-20]. Setiap
dari topik-topik ini telah dibahas dalam ulasan komprehensif terkini (direferensikan di atas) dan a
edisi terbaru jurnal ini [21], jadi di sini kami menyoroti beberapa genetik tambahan,
faktor lingkungan, dan demografis yang memengaruhi evolusi genom manusia yang kita miliki
percaya pantas mendapatkan perhatian lebih lanjut (Gambar 1).
Bagaimana proses pengaturan gen memengaruhi evolusi genom manusia?
Dalam 40 tahun sejak King dan Wilson berhipotesis bahwa perbedaan fenotipik antara
Spesies yang terkait erat didorong oleh perubahan regulasi gen, dukungan yang cukup
telah ditemukan untuk pentingnya unsur pengatur cis (CRE), seperti promotor dan
peningkat, dalam evolusi manusia [22,23] dan penyakit [24,25]. Kemampuan terbaru untuk memetakan gen
ekspresi, situs pengikatan faktor transkripsi (TF), dan modifikasi histone-lebar genom
dalam banyak jaringan dan spesies [26-28] telah mengungkapkan itu, sedangkan ekspresi gen pada umumnya
dilestarikan dalam jaringan serupa di seluruh spesies [29], CREs mengalami pergantian cepat [30-
32]. Sebagai contoh, sebuah studi terbaru tentang promotor hati dan peningkat di 20 mamalia
spesies menemukan bahwa 25% dari peningkat spesies dan 10% promotornya adalah unik, bahkan
ketika urutan yang mendasarinya sangat dilestarikan [33]; hasil serupa ditemukan untuk
ekstremitas CRE pada manusia, kera, dan tikus [34].
Masih banyak yang harus dipelajari tentang evolusi urutan regulasi, khususnya
tentang dinamika lintas jaringan, spesies, dan kelas CRE yang berbeda, dan bagaimana pemilihannya
bertindak berdasarkan elemen-elemen ini. Misalnya, elemen transposable (TEs) telah membantu memprogram ulang
jaringan pengatur gen dalam jaringan yang relevan dengan kehamilan pada manusia dan mamalia lainnya
[35] Sebaliknya, TE hanya membuat kontribusi sederhana untuk evolusi CRE baru
di hati [33]. Ini menunjukkan bahwa, sementara pergantian cepat CRE dan gen yang dipertahankan
Ekspresi adalah fitur umum dari evolusi genom mamalia, evolusi yang berbeda
dinamika dan tekanan bekerja pada CRE yang aktif di jaringan yang berbeda. Sangat mungkin bahwa peraturan
lanskap beberapa jaringan lebih kondusif untuk pergantian daripada yang lain; misalnya, tisu
dengan keragaman fenotip yang lebih besar di seluruh spesies, seperti yang terlibat dalam kehamilan, mungkin
lebih rentan terhadap rewiring berbasis TE. Pemeliharaan dan modifikasi ini
proses pengaturan dan pengaruhnya terhadap evolusi genom membutuhkan penyelidikan lebih lanjut.
Mengintegrasikan peta CRE yang luas genome, pengikatan TF, dan ekspresi dengan kemajuan terkini
dalam teknik untuk menentukan konformasi kromatin in vivo DNA [36] dapat memberikan a
kerangka kerja yang menjanjikan untuk memodelkan pengaruh regulasi gen pada evolusi genom. SEBUAH
Studi terbaru tentang chromatin looping pada beberapa jaringan manusia dan tikus ditemukan signifikan
konservasi aktivitas gen dalam domain topologi lokal di seluruh sel dan spesies [37].
Hasil ini menunjukkan bahwa, seperti halnya untuk protein, struktur regulasi 3D
lingkungan mungkin lebih dilestarikan dan penting untuk fungsi daripada urutan-
Simonti dan Capra
Halaman 2
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 3
tingkat konservasi CRE individu. Mengintegrasikan data tentang struktur genom dan CRE
di banyak individu kemungkinan akan mengarah pada model yang lebih baik dari evolusi urutan regulasi
dan bagaimana seleksi bertindak pada ekspresi gen sepanjang waktu dan jaringan evolusioner.
Bagaimana modifikasi kimiawi pada DNA dan histones membatasi manusia
evolusi genom?
Tubuh manusia mengandung ratusan jenis sel yang berbeda dengan beragam bentuk dan fungsi,
namun setiap sel mengandung (pada dasarnya) genom yang sama. Dekade terakhir terlihat meningkat
penghargaan atas peran modifikasi DNA dan histone, seperti metilasi dan
asetilasi, dalam program ekspresi gen beragam diamati di berbagai jenis sel
dalam organisme kompleks [38-40]. Modifikasi ini dapat dipengaruhi oleh
faktor lingkungan [41] dan dalam beberapa kasus diwariskan dari generasi ke generasi, meskipun luasnya
warisan trans-generasi pada manusia masih belum jelas [42].
Meskipun banyak pekerjaan yang menghubungkan modifikasi ini dengan hampir semua proses
pengembangan, penuaan, dan penyakit [39,43-45], pengaruh modifikasi ini pada pola
evolusi urutan genom telah menerima perhatian yang relatif sedikit. Misalnya,
sejauh mana potensi modifikasi kimia menempatkan batasan pada urutan DNA
pola, misalnya, situs CpG, tidak diselesaikan. Beberapa penelitian baru-baru ini telah mengeksplorasi tingkat
konservasi modifikasi DNA dan histone pada manusia dan spesies yang terkait erat
[31,33,34,46-48]; perubahan pada status modifikasi pada daerah ortologis sering terjadi
antara spesies yang berkaitan erat dan, untuk metilasi DNA, ada korelasi positif
antara variasi urutan dan perubahan metilasi promotor. Namun, bahkan di
Kehadiran konservasi urutan dalam, banyak situs menunjukkan modifikasi diferensial. Banyak
pekerjaan tetap untuk memodelkan evolusi modifikasi ini antara individu dan spesies
dan untuk mengidentifikasi kendala urutan terkait (atau ketiadaan). Memahami
evolusi modifikasi ini dapat membantu menyelesaikan perdebatan tentang apakah spesifik
modifikasi bersifat kausal atau merupakan hasil dari proses lain seperti pengikatan dan transkripsi TF
[49].
Bagaimana seharusnya interaksi antara berbagai varian genetik dan fenotip
dimodelkan?
Mayoritas fenotip manusia dari minat klinis dan evolusi ditentukan oleh
beberapa lokus melintasi genom manusia. Mengembangkan model yang memperhitungkan hubungan
antara beberapa varian genetik dan fenotip akan sangat penting untuk sepenuhnya membedah
evolusi dan arsitektur genetika yang kompleks dari sebagian besar sifat manusia. Misalnya, pleiotropi—
ketika lokus memengaruhi banyak sifat independen — ditemukan di seluruh manusia
genom; Namun, masih ada ketidakpastian tentang prevalensi dan pengaruhnya
tentang evolusi genom [50-53]. Demikian pula, epistasis — interaksi non-aditif di antara keduanya
varian genetik — umum terjadi pada organisme model, tetapi pengaruhnya terhadap sifat manusia telah terjadi
kontroversial karena sejumlah faktor teknis dan biologis yang dapat membingungkan saat ini
tes untuk interaksi antar varian [54,55]. Masing-masing bidang ini membutuhkan yang baru
Simonti dan Capra
Halaman 3
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 4
pendekatan statistik yang memperbarui model yang ada untuk memanfaatkan sepenuhnya kekayaan genotipe
dan data fenotip yang telah tersedia dalam lima tahun terakhir.
Apa penyebab dan efek bias mutasi sepanjang manusia
genom?
Ada banyak variasi dalam tingkat dan pola substitusi di sepanjang manusia
genom. Kegagalan untuk memperhitungkan bias ini dapat mengacaukan tes untuk seleksi, rumit
inferensi demografis, dan melemahkan kekuatan dalam tes asosiasi [7]. Salah satunya
bias mutasi yang berpotensi berpengaruh adalah proses rekombinasi yang disebut GC-
konversi gen bias (gBGC). gBGC dihasilkan dari sedikit preferensi untuk alel G / C di
mesin perbaikan mismatch yang memiliki potensi untuk mempromosikan pemeliharaan merusak
alel [57]. Tindakan gBGC tersebar luas di populasi manusia dan beragam
spesies [58–60]. Pemodelan genome-lebar gBGC telah menunjukkan perbedaan dalam hal ini
kekuatan melintasi garis keturunan manusia dan simpanse [59] dan antara manusia yang berbeda
populasi [61,62].
Evolusi dan efek gBGC terkait erat dengan dinamika rekombinasi,
yang bervariasi dalam tingkat sepanjang genom dalam populasi manusia dan antara
spesies terkait erat [63]. Pola rekombinasi memengaruhi banyak pendorong genom
evolusi, termasuk kemanjuran seleksi, tingkat mutasi, dan akumulasi
mutasi yang merusak [64,65]. Pada manusia, protein PRDM9 yang berkembang cepat mengarahkan
rekombinasi ke hotspot spesifik berdasarkan kemunculan motif kaya-GC [66]. Menggunakan
urutan genom modern dan kuno, pemodelan menunjukkan bahwa gBGC menurunkan PRDM9
motif dari waktu ke waktu dan ini dapat mendorong pergantian lanskap rekombinasi yang cepat di Indonesia
populasi manusia [67].
gBGC hanyalah satu dari beberapa sumber variasi laju mutasi yang tidak dipahami dengan baik
[7]. Perkiraan langsung terbaru dari trio menunjukkan bahwa tingkat mutasi germline manusia hanya
setengah dari apa yang diharapkan dari perkiraan filogenetik [68], dan analisis seluruh genom
data sekuens menunjukkan evolusi tingkat mutasi spesifik populasi sejak
perbedaan orang Eropa dan orang Asia [69]. Hasil ini menggarisbawahi perlunya lebih jauh
studi tentang dinamika dan penyebab variasi tingkat mutasi manusia sepanjang waktu evolusi
dan ruang genomik. Kita perlu mengembangkan peta tingkat mutasi resolusi tinggi di berbagai tempat
populasi, model yang lebih baik tentang bagaimana interaksi dengan seleksi dan rekombinasi, dan sebagian besar
penting, pemahaman yang lebih dalam tentang efeknya pada kebugaran organisme.
Apa model yang tepat untuk evolusi dan dampak fungsional
variasi struktural?
Perbandingan awal dari rancangan genom manusia dan simpanse diidentifikasi
sekitar 35 juta polimorfisme nukleotida tunggal (SNP), 5 juta kecil
penyisipan dan penghapusan (indels), dan ratusan varian struktural yang lebih besar (SV). Indel dan
akun SV besar untuk perbedaan nukleotida yang jauh lebih banyak antara manusia dan simpanse
genom dari SNPs [70] dan telah merestrukturisasi genom kera besar [71]. Pekerjaan terbaru
pada tingkat de novo indels dan SVs dalam populasi manusia menemukan bahwa perubahan struktural
Simonti dan Capra
Halaman 4
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 5
jauh lebih jarang dan terjadi pada frekuensi yang lebih rendah daripada SNP; Meskipun demikian, mereka mempengaruhi suatu
rata-rata 4,1 kilobase per generasi, yang 91 kali lebih banyak daripada substitusi de novo
[72]. Indel dan SV besar (termasuk varian nomor salinan, inversi, dan genomik lainnya
penataan ulang) lebih mungkin menyebabkan penyakit dan telah dihipotesiskan memiliki penyakit a
pengaruh yang lebih besar pada evolusi manusia baru-baru ini daripada SNP [73,74]. Memang, banyak manusia dan manusia
SV spesifik-populasi telah dikaitkan dengan fenotipe spesifik manusia [75], misalnya, manusia
penghapusan spesifik dari peningkat gen reseptor androgen yang dikonservasi mungkin bertanggung jawab
karena kurangnya duri penis pada manusia [76]. Juga telah disarankan bahwa penciptaan de novo
gen baru lebih umum dari yang sebelumnya dihargai; puluhan khusus manusia baru
gen telah terdeteksi, dengan pengayaan khusus untuk ekspresi di otak dan testis
[77,78].
Terlepas dari pentingnya pentingnya indels, SV besar, dan gen baru untuk fenotipik
perbedaan antara individu manusia dan antara spesies terkait erat, mereka miliki
menerima perhatian yang jauh lebih sedikit dalam pemodelan evolusi dan pengujian untuk asosiasi
dengan penyakit dibandingkan SNP. Mengembangkan model yang sesuai untuk evolusi indels dan SVs
menghadapi beberapa tantangan termasuk sulitnya mengidentifikasi mereka secara singkat
mengurutkan data, keragaman mekanisme yang menghasilkannya, dan sangat tinggi
tingkat mutasi heterogen dan distribusi sepanjang genom [72,79]. Namun demikian, itu benar
penting untuk mengembangkan model evolusi yang serupa dengan yang digunakan umum untuk menguji hipotesis
tentang pola evolusi varian nukleotida tunggal dan hubungan dengan penyakit untuk indels
dan SV. Peta yang cukup akurat dari peristiwa ini di ratusan manusia sekarang
menjadi tersedia [79,80]; data ini harus memfasilitasi pengembangan pemodelan baru
pendekatan.
Bagaimana kita bisa menghubungkan perubahan genomik spesifik manusia secara efisien
fenotip?
Mengurutkan genom ribuan manusia, beberapa manusia purba, dan terdekat kita
kerabat kera besar telah mengungkapkan ribuan lokus dalam genom manusia yang dimiliki
mengalami evolusi yang dipercepat pada garis keturunan manusia dan ratusan lainnya dengan tanda tangan
seleksi positif baru-baru ini [81-83]. Lokus ini memegang janji untuk menjelaskan banyak hal
biologi khusus manusia, dan banyak hipotesis telah diajukan tentang efeknya [75].
Namun, di luar segelintir keberhasilan yang melibatkan validasi eksperimental rinci
[76,84-88], menghubungkan mutasi ini dengan efek pada fenotipe manusia adalah sulit.
Rintangan pertama datang dari kenyataan bahwa sebagian besar wilayah ini adalah non-coding
dan memiliki anotasi fungsional minimal. Lebih jauh, sebagian besar sifat spesifik manusia memiliki
arsitektur genetika yang kompleks di mana banyak lokasi pengkodean dan non-pengkodean memengaruhi
fenotip [89]. Akhirnya, sistem model yang tepat untuk menguji efek potensial
mutasi tidak tersedia untuk banyak fenotipe, dan merupakan tantangan untuk menguji varian dalam
cara throughput tinggi dalam sistem yang tersedia.
Algoritma dan inovasi eksperimental dipasangkan dengan peningkatan fenotipe yang tersedia dan
data genom fungsional akan secara signifikan meningkatkan kecepatan yang spesifik manusia
varian dapat dicirikan. Misalnya, algoritma yang mengintegrasikan fungsi beragam,
evolusi, dan data urutan DNA telah menunjukkan bahwa banyak daerah dipercepat manusia
Simonti dan Capra
Halaman 5
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 6
peningkat regulasi gen perkembangan, dengan pengayaan khusus untuk aktivitas otak
[81,88,90]. Seperti pemahaman kita tentang bagaimana mutasi non-coding memengaruhi ekspresi gen
dan fungsi meningkat [91], demikian juga akurasi dan spesifisitas hipotesis tentang
efek dari daerah ini pada fenotipe spesifik manusia.
Selama sepuluh tahun terakhir, studi asosiasi genom (GWAS) telah mengidentifikasi ratusan
varian yang terkait dengan penyakit kompleks [92,93]. Studi-studi ini memberikan wawasan tentang
fungsi yang dikodekan dalam wilayah spesifik genom yang dapat menginformasikan pertanyaan evolusi.
Namun, mayoritas varian manusia dan populasi spesifik belum dikaitkan
dengan fungsi. Integrasi baru-baru ini dari database besar catatan kesehatan elektronik (EHRs)
terkait dengan genotipe pasien [94] menyediakan pendekatan baru untuk masalah ini. Ribuan
fenotip dapat secara algoritmik diturunkan dari EHR dan kemudian secara bersamaan diuji
hubungan dengan lokus minat di ribuan individu dalam fenome-lebar
studi asosiasi (PheWAS) [95]. Seiring bertambahnya basis data EHR dan pengurutan
harga, pendekatan PheWAS akan memungkinkan pengujian hipotesis yang efisien tentang efek
mutasi kepentingan evolusi.
Akhirnya, teknologi baru, termasuk diferensiasi sel induk terarah, paralel secara masif
pengujian reporter [96], dan pengeditan gen CRISPR [97], akan memfasilitasi eksplorasi yang lebih cepat
mekanisme yang mendorong asosiasi fenotipik dalam model yang sangat mirip dengan in vivo
konteks manusia.
Kesimpulan
Memahami bagaimana proses evolusi menghasilkan spesies manusia dan bagaimana caranya
program perkembangan yang dikodekan dalam genom manusia sangat penting untuk dasar
dan ilmu klinis. Sejarah evolusi genom manusia secara langsung relevan dengan
kemampuan kita untuk mengantisipasi dan mengobati penyakit manusia [1]. Dalam ulasan ini, kami telah menyoroti
beberapa area penelitian yang berpotensi untuk secara signifikan memperdalam pengetahuan kita tentang manusia
evolusi genom selama beberapa tahun ke depan, tetapi daftar kami tidak lengkap. Banyak daerah lain,
termasuk studi evolusi interaksi manusia-mikroba [98,99] dan eksperimental
evolusi [100], siap untuk terobosan. Kami juga ingin melihat bagaimana teknis terkini
kemajuan dalam sekuensing genom yang telah lama dibaca dan analisis sel tunggal akan mengubah kami
memahami proses evolusi. Akhirnya, analisis lanjutan manusia
genom dalam kerangka evolusi lebih lanjut akan mengungkapkan asal-usul genetik manusia
biologi spesifik dan meningkatkan pemahaman kita tentang etiologi penyakit manusia.
Ucapan Terima Kasih
CNS didukung oleh hibah pelatihan NIH 5T32EY021453. JAC didukung oleh dana institusional dari
Universitas Vanderbilt dan penghargaan March of Dimes Innovation Catalyst. Kami berterima kasih kepada Seth Bordenstein,
Alexandra Fish, Emily Hodges, Dennis Kostka, Katherine Pollard, dan Scott Williams untuk diskusi terkait
topik yang dibahas dalam ulasan ini.
DAFTAR PUSTAKA DAN DAFTAR PUSTAKA
1. Rodríguez JA, Marigorta UM, Navarro A. Mengintegrasikan genomik ke dalam kedokteran evolusi. Arus
Opini dalam Genetika & Pengembangan. 2014; 29: 97–102. [PubMed: 25218863]
Simonti dan Capra
Halaman 6
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 7
2. Gluckman, PD .; Beedle, A .; Hanson, MA. Prinsip kedokteran evolusi. Oxford: Oxford
Press Universitas; 2009
3. Fu W, Akey JM. Seleksi dan Adaptasi dalam Genom Manusia. Tinjauan Tahunan Genomik dan
Genetika Manusia. 2013; 14: 467–489.
4. Hernandez RD, JL Kelley, Elyashiv E, Melton S, Auton A, McVean G, Sella G, Przeworski M.
Sapuan selektif klasik jarang terjadi pada evolusi manusia baru-baru ini. Ilmu. 2011; 331: 920–924.
[PubMed: 21330547]
5. Jensen JD. Pada antusiasme tak berdasar untuk sapuan selektif lunak. Nat Commun. 2014; 5
6. Prado-Martinez J, PH Sudmant, Kidd JM, Li H, Kelley JL, Lorente-Galdos B, Veeramah KR,
Woerner AE, O'Connor TD, Santpere G, dkk. Keanekaragaman genetik dan sejarah populasi kera besar.
Alam. 2013; 499: 471–475. [PubMed: 23823723] * Studi ini melaporkan urutan 79 wild-
dan individu-individu yang dilahirkan dari semua enam spesies kera besar. Data ini mengungkapkan fluktuasi radikal
dalam ukuran populasi yang efektif dan keragaman genetik dan memberikan konteks yang lebih luas untuk ditafsirkan
evolusi manusia.
7. Ségurel L, Wyman MJ, Przeworski M. Penentu Variasi Tingkat Mutasi pada Manusia
Germline. Tinjauan Tahunan Genomik dan Genetika Manusia. 2014; 15: 47–70.
8. Henn BM, L Botigue, CD Bustamante, Clark AG, Gravel S. Memperkirakan beban mutasi dalam
genom manusia. Nat Rev Genet. 2015 memajukan publikasi online.
9. Gronau I, Hubisz MJ, Gulko B, Danko CG, Siepel A. Bayesian inferensi manusia purba
demografi dari urutan genom individu. Genetika alam. 2011; 43: 1031-1034. [PubMed:
21926973]
10. Li H, Durbin R. Inferensi sejarah populasi manusia dari sekuens seluruh genom individu.
Alam. 2011; 475: 493–496. [PubMed: 21753753]
11. Lee S, Abecasis GR, Boehnke M, Lin X. Analisis asosiasi varian langka: desain studi dan
uji statistik. Am J Hum Genet. 2014; 95: 5–23. [PubMed: 24995866]
12. Gibson G. Varian langka dan umum: dua puluh argumen. Nat Rev Genet. 2012; 13: 135–145.
[PubMed: 22251874]
13. Sulem P, Helgason H, Oddson A, Stefansson H, Gudjonsson SA, Zink F, Hjartarson E, Sigurdsson
GT, Jonasdottir A, Jonasdottir A. Identifikasi sejumlah besar KO yang jarang terjadi.
Genetika alam. 2015; 47: 448–452. [PubMed: 25807282] * Studi ini mengungkapkan pola dan
prevalensi mutasi kehilangan fungsi pada populasi Islandia dengan mengurutkan keseluruhan
genom dari 2.636 Islandia dan memasukkan varian urutan diidentifikasi menjadi lebih dari 100.000
lebih banyak dengan data genotyping.
14. Fu Q, Li H, P Moorjani, Jay F, Slepchenko SM, Bondarev AA, Johnson PL, Aximu-Petri A, Prüfer
K, de Filippo C. Genom urutan manusia modern berusia 45.000 tahun dari Siberia barat.
Alam. 2014; 514: 445–449. [PubMed: 25341783] ** Makalah ini menyajikan urutan genom
manusia tertua secara anatomis modern diurutkan hingga saat ini. Ini memberikan wawasan tentang waktu
Neanderthal kawin silang dan perkiraan tingkat mutasi manusia.
15. Prüfer K, Racimo F, Patterson N, Jay F, Sankararaman S, Sawyer S, Heinze A, Renaud G,
Sudmant PH, de Filippo C. Urutan genom lengkap dari Neanderthal dari Altai
Pegunungan. Alam. 2014; 505: 43–49. [PubMed: 24352235] ** Penelitian ini menyajikan kualitas tinggi
Urutan genom Neanderthal dan menunjukkan beberapa peristiwa aliran gen antara kuno
hominin dan manusia modern secara anatomis.
16. Kelso J, Prüfer K. Manusia purba dan asal usul manusia modern. Pendapat saat ini dalam genetika
& pengembangan. 2014; 29: 133–138. [PubMed: 25286439]
17. Pääbo S. Kondisi Manusia — Suatu Pendekatan Molekuler. Sel. 2014; 157: 216–226. [PubMed:
24679537]
18. Racimo F, Sankararaman S, Nielsen R, Huerta-Sanchez E. Bukti untuk adaptif kuno
introgressi pada manusia. Nat Rev Genet. 2015
19. Sankararaman S, Mallick S, Dannemann M, Prüfer K, Kelso J, Pääbo S, Patterson N, Reich D. The
lanskap genom leluhur Neanderthal pada manusia saat ini. Alam. 2014; 507: 354–357.
[PubMed: 24476815]
20. Vernot B, Akey JM. Menghidupkan Kembali Silsilah Neandertal dari Genom Manusia Modern.
Ilmu. 2014; 343: 1017–1021. [PubMed: 24476670] * Penelitian ini menyajikan pendekatan untuk
Simonti dan Capra
Halaman 7
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 8
mengidentifikasi DNA Neanderthal yang disurvei dalam genom manusia modern dan memetakan keberadaannya
dan frekuensi DNA Neanderthal dalam genom individu non-Afrika.
21. Andrés AM, Nowick K. Tinjauan editorial: Genetika evolusi manusia: Genetika manusia
asal Opini Saat Ini dalam Genetika & Pengembangan. 2014; 29: v – vii. [PubMed: 25468516]
22. Siepel A, Arbiza L. Cis-elemen pengatur dan evolusi manusia. Pendapat saat ini dalam genetika &
pengembangan. 2014; 29: 81–89. [PubMed: 25218861]
23. Villar D, Flicek P, Odom DT. Evolusi pengikatan faktor transkripsi dalam metazoans [mdash]
mekanisme dan implikasi fungsional. Ulasan Alam Genetika. 2014; 15: 221–233.
24. Edwards Stacey L, Beesley J, Prancis Juliet D, Dunning Alison M. Beyond GWASs: Illuminating
Jalan Gelap dari Asosiasi ke Fungsi. American Journal of Human Genetics. 2013;
93: 779–797. [PubMed: 24210251]
25. Sakabe NJ, Savic D, Nobrega MA. Peningkat transkripsional dalam pengembangan dan penyakit. Genom
Biol. 2012; 13: 238. [PubMed: 22269347]
26. Konsorsium GTEx. Analisis pilot Genotype-Tissue Expression (GTEx): Gen multitissue
regulasi pada manusia. Ilmu. 2015; 348: 648–660. [PubMed: 25954001] * Penelitian ini disajikan
data sekuensing RNA percontohan dari 1641 sampel di 43 jaringan dari 175 individu manusia. Ini
adalah analisis terbesar dari hubungan antara variasi genetik dan ekspresi gen hingga saat ini
27. Melé M, Ferreira PG, Reverter F, DeLuca DS, Monlong J, Sammeth M, TR Muda, Goldmann JM,
Pervouchine DD, Sullivan TJ, et al. Transkriptom manusia melintasi jaringan dan individu.
Ilmu. 2015; 348: 660–665. [PubMed: 25954002]
28. Ensiklopedia terpadu unsur-unsur DNA dalam genom manusia. Alam. 2012; 489: 57-74.
[PubMed: 22955616]
29. Brawand D, Soumillon M, Necsulea A, Julien P, Csardi G, Harrigan P, Weier M, Liechti A,
Aximu-Petri A, Kircher M, dkk. Evolusi tingkat ekspresi gen dalam organ mamalia.
Alam. 2011; 478: 343–348. [PubMed: 22012392]
30. Weirauch MT, Hughes TR. Ekspresi dilestarikan tanpa urutan peraturan dilestarikan:
semakin banyak hal berubah, semakin mereka tetap sama. Tren genetika. 2010; 26: 66–74. [PubMed:
20083321]
31. Yue F, Cheng Y, Breschi A, Vierstra J, Wu W, Ryba T, Sandstrom R, Ma Z, Davis C, Paus BD. SEBUAH
ensiklopedia komparatif unsur-unsur DNA dalam genom tikus. Alam. 2014; 515: 355-364.
[PubMed: 25409824] ** Penelitian ini menentukan transkripsi gen, hipersensitivitas DNase I,
pengikatan faktor transkripsi, dan modifikasi kromatin lintas genom tikus dalam sel yang beragam
dan tipe jaringan. Membandingkan profil ini dengan data manusia, mereka menyoroti kesamaan yang signifikan
dan perbedaan antara berbagai tingkat lanskap pengaturan tikus dan manusia.
32. Necsulea A, Kaessmann H. Dinamika evolusioner dari transkriptom pengkodean dan nonkode.
Ulasan Alam Genetika. 2014; 15: 734-748.
33. Villar D, Berthelot C, Aldridge S, Rayner TF, Lukk M, Pignatelli M, Taman TJ, Deaville R, Erichsen
JT, Jasinska AJ, dkk. Evolusi penambah di-20 spesies mamalia. Sel. 2015; 160: 554–566.
[PubMed: 25635462] * Studi ini mengkarakterisasi konservasi penambah dan promotor
aktivitas di 20 spesies mamalia yang beragam. Para penulis menunjukkan pergantian cepat di
aktivitas penambah dan stabilitas promotor yang lebih besar di seluruh mamalia.
34. Cotney J, Leng J, Yin J, Reilly SK, DeMare LE, Emera D, Ayoub AE, Rakic P, Noonan JP. Itu
evolusi kegiatan pengaturan spesifik garis keturunan di anggota tubuh embrio manusia. Sel. 2013;
154: 185–196. [PubMed: 23827682]
35. Lynch VJ, Nnamani MC, Kapusta A, Brayer K, Plaza SL, Mazur EC, Emera D, Sheikh SZ,
Grützner F, Bauersachs S. Unsur Transposabel Kuno Mengubah Regulasi Uterine
Lansekap dan Transkriptome selama Evolusi Kehamilan Mamalia. Laporan sel. 2015;
10: 551–561. [PubMed: 25640180]
36. Pombo A, Dillon N. Arsitektur genom tiga dimensi: pemain dan mekanisme. Nat Rev
Biol Sel Mol. 2015; 16: 245–257. [PubMed: 25757416]
37. Rao Suhas SP, Huntley Miriam H, Durand Neva C, Stamenova Elena K, Bochkov Ivan D,
Robinson James T, Sanborn Adrian L, Machol I, Omer Arina D, Lander Eric S, dkk. Peta 3D dari
Genom Manusia pada Resolusi Kilobase Mengungkap Prinsip Looping Chromatin. Sel.
159: 1665–1680. [PubMed: 25497547] ** Makalah ini digunakan in-situ Hi-C untuk menentukan tinggi
Simonti dan Capra
Halaman 8
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 9
resolusi (1-5 kb) peta konformasi kromatin dalam sembilan jenis sel. Peta-peta ini
menunjukkan domain kontak kromatin dengan ekspresi gen yang koheren dan pola fungsional
yang dipelihara lintas jenis dan spesies sel.
38. Dixon JR, Jung I, Selvaraj S, Shen Y, Antosiewicz-Bourget JE, Lee AY, Ye Z, Kim A, Rajagopal
N, Xie W. Reorganisasi arsitektur Chromatin selama diferensiasi sel induk. Alam. 2015;
518: 331–336. [PubMed: 25693564]
39. Peta Jalan Epigenomik C, Kundaje A, Meuleman W, Ernst J, Bilenky M, Yen A, Heravi-Moussavi
A, Kheradpour P, Zhang Z, Wang J, dkk. Analisis integratif 111 referensi manusia
epigenom. Alam. 2015; 518: 317–330. [PubMed: 25693563]
40. Zhou VW, Goren A, Bernstein BE. Memetakan modifikasi histone dan organisasi fungsional
genom mamalia. Nat Rev Genet. 2011; 12: 7–18. [PubMed: 21116306]
41. Feil R, Fraga MF. Epigenetik dan lingkungan: pola dan implikasi yang muncul. Nat Rev
Genet. 2012; 13: 97–109. [PubMed: 22215131]
42. Heard E. Martienssen Robert A. Warisan Epigenetik Transgenerasional: Mitos dan
Mekanisme Sel. 157: 95–109. [PubMed: 24679529]
43. Cantone I, Fisher AG. Pemrograman epigenetik dan pemrograman ulang selama pengembangan. Nat
Struct Mol Biol. 2013; 20: 282–289. [PubMed: 23463313]
44. Smith ZD, Meissner A. Metilasi DNA: peran dalam perkembangan mamalia. Nat Rev Genet.
2013; 14: 204–220. [PubMed: 23400093]
45. Brunet A, Berger SL. Epigenetik dari penuaan dan penyakit terkait penuaan. J Gerontol A Biol Sci Med
Sci. 2014; 69 (Suppl 1): S17 – S20. [PubMed: 24833581]
46. Hernando-Herraez I, Prado-Martinez J, Garg P, Fernandez-Callejo M, Heyn H, Hvilsom C,
Navarro A, Esteller M, AJ Sharp, Marques-Bonet T. Dinamika Metilasi DNA dalam Terbaru
Evolusi Manusia dan Kera Besar. Geno PLoS. 2013; 9: e1003763. [PubMed: 24039605]
47. Pai AA, Gilad Y. Studi perbandingan mekanisme pengaturan gen. Pendapat saat ini dalam genetika
& pengembangan. 2014; 29: 68–74. [PubMed: 25215415]
48. Zhou X, Kain CE, Myrthil M, Lewellen N, Michelini K, Davenport ER, Stephens M, Pritchard JK,
Gilad Y. Modifikasi epigenetik dikaitkan dengan variasi ekspresi gen antar spesies di
primata. Genom Biol. 2014; 15: 547. [PubMed: 25468404]
49. Ptashne M. Epigenetics: Core misconcept. Prosiding Akademi Sains Nasional.
2013; 110: 7101-7103.
50. Solovieff N, Cotsapas C, Lee PH, Purcell SM, Smoller JW. Pleiotropi dalam sifat kompleks:
tantangan dan strategi. Nat Rev Genet. 2013; 14: 483–495. [PubMed: 23752797]
51. Pavlicev M, Wagner GP. Model evolusi perkembangan: seleksi, pleiotropi dan
kompensasi. Tren dalam Ekologi & Evolusi. 2012; 27: 316–322. [PubMed: 22385978]
52. Sivakumaran S, Agakov F, Theodoratou E, Prendergast James G, Zgaga L, Manolio T, Rudan I,
McKeigue P, Wilson James F, Campbell H. Pleiotropi Berlimpah dalam Penyakit Kompleks Manusia
dan Sifat. American Journal of Human Genetics. 2011; 89: 607–618. [PubMed: 22077970]
53. Wagner GP, Zhang J. Struktur pleiotropik dari peta genotipe-fenotipe: kemampuan evolusi dari
organisme yang kompleks. Nat Rev Genet. 2011; 12: 204–213. [PubMed: 21331091]
54. Hemani G, Shakhbazov K, Westra HJ, Esko T, Henders AK, McRae AF, Yang J, Gibson G,
Martin NG, Metspalu A, dkk. Deteksi dan replikasi epistasis yang mempengaruhi transkripsi di
manusia. Alam. 2014; 508: 249–253. [PubMed: 24572353]
55. AR Kayu, MA Tuke, MA Nalls, DG Hernandez, Bandinelli S, Singleton AB, Melzer D, Ferrucci
L, Frayling TM, Weedon MN. Penjelasan lain untuk epistasis jelas. Alam. 2014; 514: E3–
E5. [PubMed: 25279928]
56. Galtier N, Duret L. Adaptasi atau konversi gen yang bias? Memperluas hipotesis nol dari
evolusi molekuler. TREN dalam Genetika. 2007; 23: 273-277. [PubMed: 17418442]
57. Duret L, Galtier N. Bias konversi gen dan evolusi lanskap genom mamalia.
Tinjauan tahunan genomik dan genetika manusia. 2009; 10: 285–311.
58. Lartillot N. Pola filogenetik dari Konversi Gen Bi-GC di Mamalia Plasenta dan
Dinamika Evolusi Bentang Alam Rekombinasi. Biologi dan Evolusi Molekuler. 2013;
30: 489–502. [PubMed: 23079417]
Simonti dan Capra
Halaman 9
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 10
59. Capra JA, Hubisz MJ, Kostka D, Pollard KS, Siepel A. Analisis Model-Berbasis Berdasarkan GC-Biased
Konversi Gen pada Genom Manusia dan Simpanse. Geno PLoS. 2013; 9: e1003684.
[PubMed: 23966869]
60. Katzman S, Capra JA, Haussler D, Pollard KS. Evolusi Bias-GC yang Berkelanjutan Sedang Meluas di
Genom Manusia dan Hot Spot Reklamasi Dekat yang Diperkaya. Biologi Genom dan
Evolusi. 2011; 3: 614–626. [PubMed: 21697099]
61. Lachance J, Tishkoff SA. Konversi Bi Gen Memelototi Frekuensi Allele pada Manusia
Populasi, Meningkatkan Beban Penyakit Alel Resesif. The American Journal of Human
Genetika. 2014; 95: 408-420. [PubMed: 25279983]
62. Glemin S, PF Arndt, Messer PW, Petrov D, Galtier N, Duret L. Kuantifikasi gen bias-GC
konversi dalam genom manusia. 2014
63. Auton A, Fledel-Alon A, Pfeifer S, Venn O, Ségurel L, Jalan T, Leffler EM, Bowden R, Aneas I,
Broxholme J, et al. Peta Genetik Simpanse Skala Baik dari Sequencing Populasi. Ilmu.
2012; 336: 193–198. [PubMed: 22422862]
64. Coop G, Przeworski M. Pandangan evolusi rekombinasi manusia. Nat Rev Genet. 2007;
8: 23–34. [PubMed: 17146469]
65. Hussin JG, Hodgkinson A, Idaghdour Y, Grenier JC, JP Goulet, Gbeha E, Hip-Ki E, Awadalla P.
Rekombinasi mempengaruhi akumulasi mutasi yang merusak dan terkait penyakit pada manusia
populasi. Nat Genet. 2015; 47: 400–404. [PubMed: 25685891]
66. Baudat F, Imai Y, de Massy B. Rekombinasi Meiotic pada mamalia: lokalisasi dan regulasi.
Nat Rev Genet. 2013; 14: 794–806. [PubMed: 24136506]
67. Lesecque Y, Glémin S, Lartillot N, Mouchiroud D, Duret L. Model Ratu Merah
Rekombinasi Evolusi Titik Api dalam Terang Genome Manusia Kuno dan Modern. PLoS
Genet. 2014; 10: e1004790. [PubMed: 25393762] * Makalah ini menggunakan manusia modern dan kuno
urutan genom hominin untuk memberikan dukungan bagi hipotesis Ratu Merah bahwa ada a
interaksi destruktif antara preferensi mengikat gBGC dan PRDM9 yang mendorong pergantian
hotspot rekombinasi.
68. Scally A, Durbin R. Merevisi tingkat mutasi manusia: implikasi untuk memahami manusia
evolusi. Ulasan Alam Genetika. 2012; 13: 745–753.
69. Harris K. Bukti untuk evolusi mutasi manusia pada populasi baru-baru ini dan spesifik populasi.
Prosiding Akademi Sains Nasional. 2015; 112: 3439–3444.
70. dan Analisis Konsorsium Simpanse S. Urutan awal genom simpanse dan
perbandingan dengan genom manusia. Alam. 2005; 437: 69–87. [PubMed: 16136131]
71. PH Sudmant, Huddleston J, Catacchio CR, Malig M, Hillier LW, Baker C, Mohajeri K, Kondova I,
Bontrop RE, Persengiev S. Evolution dan keragaman variasi nomor salinan pada kera besar
garis keturunan. Penelitian genom. 2013; 23: 1373–1382. [PubMed: 23825009]
72. Kloosterman WP, Francioli LC, Hormozdiari F, Marschall T, Hehir-Kwa JY, Abdellaoui A,
Lameijer EW, Moed MH, Koval V, Renkens I, dkk. Karakteristik perubahan struktural de novo
dalam genom manusia. Penelitian Genom. 2015 * Studi ini memberikan analisis de
tingkat novo indels dan variasi struktural dalam genom manusia. Mereka menemukan de novo itu
perubahan struktural memengaruhi jauh lebih banyak nukleotida per generasi daripada substitusi de novo.
73. Stankiewicz P, Lupski JR. Variasi Struktural dalam Genom Manusia dan Perannya dalam Penyakit.
Ulasan Tahunan Kedokteran. 2010; 61: 437–455.
74. Chuzhanova NA, Anassis EJ, Bola EV, Krawczak M, Cooper DN. Meta-analisis yang menyebabkan indels
penyakit genetik manusia: mekanisme mutagenesis dan peran urutan DNA lokal
kompleksitas. Mutasi manusia. 2003; 21: 28–44. [PubMed: 12497629]
75. O'Bleness M, Searles VB, Varki A, P Gagneux, Sikela JM. Evolusi genetik dan genomik
fitur unik untuk garis keturunan manusia. Nat Rev Genet. 2012; 13: 853–866. [PubMed: 23154808]
76. McLean CY, PL Reno, Pollen AA, AI Bassan, Capellini TD, Guenther C, VB India, Lim X,
Menke DB, Schaar BT. Hilangnya DNA manusia yang spesifik untuk regulasi dan evolusi manusia
sifat-sifat tertentu. Alam. 2011; 471: 216–219. [PubMed: 21390129]
77. Knowles DG, McLysaght A. Baru-baru ini berasal dari gen penyandi protein manusia. Genom
penelitian. 2009; 19: 1752–1759. [PubMed: 19726446]
Simonti dan Capra
Halaman 10
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 11
78. Zhang YE, Long M. Gen baru berkontribusi pada kebaruan genetik dan fenotipik dalam evolusi manusia.
Opini Saat Ini dalam Genetika & Pengembangan. 2014; 29: 90–96. [PubMed: 25218862]
79. Montgomery SB, Goode DL, Kvikstad E, Albers CA, Zhang ZD, Mu XJ, Ananda G, Howie B,
Karczewski KJ, Smith KS, et al. Asal, evolusi, dan dampak fungsional dari penyisipan pendek–
varian penghapusan diidentifikasi dalam 179 genom manusia. Penelitian Genom. 2013; 23: 749-761.
[PubMed: 23478400]
80. Peta variasi genetik terpadu dari 1.092 genom manusia. Alam. 2012; 491: 56–65.
[PubMed: 23128226]
81. Capra JA, Erwin GD, McKinsey G, Rubenstein JL, Pollard KS. Banyak wilayah dipercepat manusia
adalah peningkat perkembangan. Transaksi filosofis dari Royal Society B. Biologis
Ilmu pengetahuan. 2013; 368 20130025. * Ini studi terbesar dari fungsi daerah dipercepat manusia
menunjukkan bahwa banyak dari mereka bertindak sebagai peningkat gen pengatur perkembangan dengan pengayaan
untuk aktivitas di otak.
82. Grossman SR, Andersen KG, Shlyakhter I, Tabrizi S, S Winnicki, Yen A, Park DJ, Griesemer D,
Karlsson EK, Wong SH. Identifikasi adaptasi terbaru dalam data genom skala besar. Sel. 2013;
152: 703-713. [PubMed: 23415221]
83. Colonna V, Ayub Q, Chen Y, Pagani L, Luisi P, Pybus M, Garrison E, Xue Y. Genomik manusia
daerah dengan tingkat diferensiasi populasi yang sangat tinggi diidentifikasi dari 911 keseluruhan
urutan genom. 2014
84. Prabhakar S, Visel A, Akiyama JA, Shoukry M, Lewis KD, Holt A, Plajzer-Frick I, Morrison H,
Fitzpatrick DR, Afzal V, dkk. Keuntungan khusus fungsi manusia dalam penambah perkembangan.
Ilmu. 2008; 321: 1346–1350. [PubMed: 18772437]
85. Pollard KS, Salama SR, Lambert N, Lambot MA, Coppens S, Pedersen JS, Katzman S, King B,
Onodera C, Siepel A. Gen RNA yang diekspresikan selama perkembangan kortikal berevolusi dengan cepat di
manusia. Alam. 2006; 443: 167–172. [PubMed: 16915236]
86. Kamberov YG, Wang S, Tan J, Gerbault P, Wark A, Tan L, Yang Y, Li S, Tang K, Chen H.
Memodelkan evolusi manusia terbaru pada tikus dengan ekspresi varian EDAR yang dipilih. Sel. 2013;
152: 691–702. [PubMed: 23415220] * Studi ini memberikan salah satu yang paling komprehensif
karakterisasi eksperimental suatu wilayah yang telah mengalami seleksi positif baru-baru ini di a
populasi manusia. Menggunakan model mouse, itu menunjukkan bahwa varian EDAR kemungkinan adaptif
pada populasi Cina dan bahwa mereka mempengaruhi rambut, mamaria, dan kelenjar ekrin yang relevan
fenotip.
87. Boyd JL, Skove Stephanie L, Rouanet Jeremy P, Pilaz LJ, Bepler T, Gordan R, Wray Gregory A,
Silver Debra L. Perbedaan Manusia-Simpanse dalam Enhancer FZD8 Mengubah Dinamika Sel-Siklus
dalam Mengembangkan Neocortex. Biologi Saat Ini. 25: 772–779. [PubMed: 25702574]
88. Boyd JL, Skove SL, Rouanet JP, Pilaz LJ, Bepler T, Gordan R, Wray GA, Silver DL. Manusia-
Perbedaan Simpanse dalam Enhancer FZD8 Mengubah Dinamika Sel-Siklus dalam Berkembang
Neocortex. Biologi Saat Ini. 2015; 25: 772–779. [PubMed: 25702574] ** Penelitian ini menunjukkan
bahwa perubahan urutan penambah dapat berkontribusi pada fitur unik dari otak manusia. Itu menunjukkan
bahwa versi manusia dari wilayah penambah dipercepat manusia menghasilkan sel nenek moyang yang lebih cepat
siklus dan peningkatan ukuran neokortikal.
89. Albert FW, Kruglyak L. Peran variasi pengaturan dalam sifat kompleks dan penyakit. Nat Rev
Genet. 2015; 16: 197–212. [PubMed: 25707927]
90. Erwin GD, Oksenberg N, Truty RM, Kostka D, Murphy KK, Ahituv N, Pollard KS, Capra JA.
Mengintegrasikan beragam dataset meningkatkan prediksi penambah perkembangan. Komputasi PLoS
biologi. 2014; 10: e1003677. [PubMed: 24967590]
91. Pertempuran A, Khan Z, Wang SH, Mitrano A, Ford MJ, Pritchard JK, Gilad Y. Dampak regulasi
variasi dari RNA ke protein. Ilmu. 2014 1260793.
92. Stranger BE, Stahl EA, Raj T. Kemajuan dan Janji Studi Asosiasi Genome-Wide untuk
Genetika Karakter Kompleks Manusia. Genetika. 2011; 187: 367-383. [PubMed: 21115973]
93. Bush WS, Moore JH. Bab 11: Studi asosiasi genome. PLoS Comput Biol. 2012;
8: e1002822. [PubMed: 23300413]
94. McCarty CA, Chisholm RL, Chute CG, Kullo IJ, GP Jarvik, Larson EB, Li R, Masys DR, Ritchie
MD, Roden DM. Jaringan eMERGE: konsorsium biorepositori yang terkait dengan elektronik
Simonti dan Capra
Halaman 11
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 12
data catatan medis untuk melakukan studi genom. Genomik medis BMC. 2011; 4:13.
[PubMed: 21269473]
95. Denny JC, Bastarache L, Ritchie MD, Carroll RJ, Zink R, Mosley JD, Field JR, Pulley JM,
Ramirez AH, Bowton E, dkk. Perbandingan sistematis studi fenome-wide asosiasi
data rekam medis elektronik dan data studi asosiasi genome-lebar. Nat Biotech. 2013;
31: 1102–1111. * Studi ini menetapkan kelayakan studi asosiasi fenome-lebar
(PheWAS) menggunakan catatan kesehatan eletronic, dengan menunjukkan bahwa PheWAS mereplikasi mayoritas
dari asosiasi yang diketahui diuji dan mengidentifikasi asosiasi gen-fenotip novel.
96. Patwardhan RP, Hiatt JB, DM Tertulis, Kim MJ, Smith RP, D Mei, Lee C, Andrie JM, Lee SI,
Cooper GM, dkk. Diseksi fungsional paralel besar peningkat mamalia in vivo. Nat
Bioteknologi. 2012; 30: 265–270.
97. Sander JD, Joung JK. Sistem CRISPR-Cas untuk mengedit, mengatur dan menargetkan genom. Nat
Bioteknologi. 2014; 32: 347–355.
98. Brucker RM, Bordenstein SR. Hologenome yang luas. Ilmu hewan. 2013; 116: 260–261.
[PubMed: 24035647]
99. Karlsson EK, Kwiatkowski DP, Sabeti PC. Seleksi alam dan penyakit menular pada manusia
populasi. Ulasan Alam Genetika. 2014; 15: 379–393.
100. Barrick JE, Lenski RE. Dinamika genom selama evolusi eksperimental. Ulasan Alam
Genetika. 2013; 14: 827–839.
Simonti dan Capra
Halaman 12
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Halaman 13
Gambar 1.
Banyak bidang penelitian genomik yang sedang berlangsung belum sepenuhnya diintegrasikan ke dalam model
evolusi genom. Pada artikel ini, kita membahas bagaimana mempelajari beberapa topik yang muncul (tebal) di
konteks evolusi akan memperkaya pemahaman kita tentang evolusi manusia.
Simonti dan Capra
Halaman 13
Curr Opin Genet Dev . Naskah penulis; tersedia di PMC 2016 01 Desember.
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis
Naskah Penulis

Teks asli
1Vanderbilt Genetics Institute, Vanderbilt University, Nashville, TN, 37235, USA
Sumbangkan terjemahan yang lebih baik