BAB I.

HASIL PENGAMATAN PROTEIN TFDP1

4.1 Mencari Sekuen DNA, Skuen asam amino, struktur protein, dan domain
fungsional protein.
a. Mencari nama protein TFDP1

b. Bagian Protein yang dicari

Entrez

GeneBank

OMIM
NCBI Sequence
Viewer
1

 c. Entrez Gene

d. Pathway Protein
Tampilan Pathway Protein

e. GeneBank

Coding Squence

f. Klik ID Protein, Selanjutnya klik link CDD search result.

g. Super Family

4

 h. NCBI Sequences Viewer

i. OMIM

5

 4.2 Mencari Struktur sekunder suatu protein
a. Masukkan nama protein yang akan dicari TFDP1

b. Struktur Kuartener Protein

a. Membuka situs PDB sum di www.ebi.ac.uk/thornton.srv/database/pdbsum

dimasukkan kode akses

6

 b. Muncul struktur Kuartener, tekan protein chain maka akan mucul struktur
sekunder

Sekunde
r

4.3 Mencari Transduksi Sinyal Terkait dengan Protein Tertentu

a. Membuka situs http://cgap.nci.nih.gov/pathways. Diklik pathways search,
masukkan nama protein yang akan dicari pathwaynya (protein query) pada
kolom keyword.

7

 Pilih “H” untuk manusia

b. Klik “Legend” untuk melihat pathwaynya

9

 BAB V. PEMBAHASAN PROTEIN TFDP1

5.1 Sekuen Gen atau Protein dan Daerah Promotor serta Terminator
TFDP1 (Transcription Factor Dp-1) adalah gen Protein Coding. Penyakit yang
terkait dengan TFDP1 termasuk Retinoblastoma. Protein ini dikespresikan pada
organ terutama perut, otak, hati, ginjal, saluran reproduksi pada wanita misalnya
uterus.
TFDP1 merupakan keluarga dari faktor transkripsi E2F yang berfungsi
mengatur ekspresi berbagai promotor seluler, terutama yang terlibat dalam siklus
sel. Faktor E2F berikatan dengan DNA sebagai homodimer atau heterodimer yang
berasosiasi dengan pasangan dimerisasi DP1.
Gehrke et al. (2010) berpendapat bahwa sintesis deregulasi E2F1 dan DP yang
disebabkan oleh gangguan jalur miRNA merupakan peristiwa kunci dalam
patogenesis LRRK2, menunjukkan bahwa strategi terapeutik berbasis miRNA baru
mungkin berguna untuk penyakit Parkinson.
TFDP1 /Heterodimer E2F1 telah terlibat dalam regulasi periodik seluler gen
yang sangat penting untuk transisi melalui G1 dan masuk ke fase S Hilangnya hasil
TFDP1 dalam perkembangan ekstra-embrio dapat mengakibatkan cacat dan
mematikan. Deregulasi TFDP1 / E2F1 merupakan onkogenik stres yang
meningkatkan level dan aktivitas p53 pada sebagian besar tumor manusia
5.2 Struktur Gen dan Protein beseta Motifnya
Terdapat 3 struktur protein yang berkaitan dengan TFDP1. Struktur tersebut
dilambangkan dengan sebuah kode yaitu 5TUU, 2AZE, dan 5TUV.Pada praktikum
ini praktikan memilih protein dengan kode 5TUU. Struktur sekunder dari kode
yang telah dipilih dapat dilihat dengan cara mengakses situs www.rscb.org/pdb .
Berikut ini adalah gambar struktur sekunder dari protein dengan kode 2ZOQ :

10

 Adapun motif yang dihasilkan dari struktur sekunder adalah sebagai berikut :
3 sheet, 1 beta hairpins, 5 strand, 6 helix, 8 interaksi helix, dan 6 beta turn. Selain
itu ada juga varian residu dan 144 residu pada ikatannya.

Pada saat dicek motif Beta turn didapatkan hasil bahwa motif ada yang
tidak mengandung residu Chi1. Contohnya pada ikatan antara alanin dan leusin dan
juga pada ikatan glisin dengan sistein.

11

5.3 Jalur Pathway
Perkembangan siklus sel dilakukan melalui urutan kejadian yang dapat
direproduksi, replikasi DNA (fase S) dan mitosis (fase M) yang dipisahkan secara
temporal oleh celah yang dikenal sebagai fase G1 dan G2. Cyclin-dependent
kinases (CDKs) adalah enzim pengatur utama, masing-masing terdiri dari subunit
CDK katalitik dan subunit cyclin aktif. CDK mengatur perkembangan sel melalui
fase-fase siklus sel dengan memodulasi aktivitas substrat kunci. Target selanjutnya
CDK termasuk faktor transkripsi E2F dan regulatornya Rb. Aktivasi yang tepat dan
inaktivasi CDK pada titik-titik tertentu dalam siklus sel diperlukan untuk
pembelahan sel yang teratur. Inhibitor Cyclin-CDK (CKI), seperti p16Ink4a,
p15Ink4b, p27Kip1, dan p21Cip1, terlibat dalam regulasi negatif kegiatan CDK,
sehingga menyediakan jalur yang dilalui siklus sel yang diatur secara negatif. Sel
eukariotik merespons kerusakan DNA dengan mengaktifkan jalur sinyal yang
mempromosikan penangkapan siklus sel dan perbaikan DNA. Menanggapi
kerusakan DNA, checkpoint kinase ATM memfosforilasi dan mengaktifkan Chk2,
yang pada gilirannya langsung memfosforilasi dan mengaktifkan protein penekan
tumor p53. p53 dan target transkripsionalnya memainkan peran penting di kedua
pos pemeriksaan G1 dan G2. Degradasi protein ATR-Chk1-dimediasi protein
fosfatase Cdc25A juga merupakan mekanisme pemberian aktivasi pos pemeriksaan
intra fase S.

12

 Soal Latihan
1. Apa yang dimaksud dengan DNA, gen, dan genom ?
DNA dalah sejenis biomolekul yang menyimpan dan menyandi instruksi-
instruksi genetika setiap organisme. Sedangkan gen yaitu bagian dari
kromosom atau salah satu kesatuan kimia (DNA) dalam kromosom yaitu
dalam lokus yang mengendalikan ciri-ciri genetis dari suatu makhluk hidup.
Gen diturunkan atau diwariskan oleh satu individu kepada keturunannya,
yaitu melalui suatu proses reproduksi. Genom yaitu
2. Apa yang dimaksud dengan Dogma Sentral dalam bioteknologi ? Jelaskan !
Dogma sentral biologi menjelaskan mengenai proses perubahan gen dari
DNA menjadi RNA, dan RNA menjadi protein. Dogma ini menjelaskan
bagaimana proses pembacaan materi genetik menjadi protein yang berperan
di setiap tahap metabolisme di dalam tubuh suatu organisme.

3. Bagaimana proses perubahan yang terjadi dari DNA hingga menjadi protein
?
Pada mulanya terjadi proses transkripsi yang mengubah DNA menjadi
mRNA yang terjadi di dalam inti sel. Kemudian mRNA keluar dari protein
menuju ribososm untuk melakukan proses translasi. Proses translasi ini yang
akan mengubah mRNA menjadi protein.

13

 BAB VI PENUTUP
5.1 Kesimpulan
• Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari tentang penerapan teknik
komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis.
• DNA merupakan sejenis biomolekul yang menyimpan dan menyandi
instruksi-instruksi genetika setiap organisme. Untuk mengetahui deskripsi
suatu gen secara tepat dapat dilihat pada situs www.genename.org
• Start codon pada sekuen gen adalah atg dan stop codonnya adalah tga.
Promoternya adalah acttcatgtg taacagcagc tgtgtagggg dan SREnya adalah
ggc

14

 DAFTAR PUSTAKA

- Azhar, Tauhid Nur. 2008. Dasar-dasar Biologi Molekuler. Widya Padjajaran.

Bandung.
- Bawa, Wayan. 1991. Dasar-Dasar Biologi Sel. Cetakan Pertama. IKAYANA.
Denpasar
- Lodish, Berk, Matsudaira, Kaiser, Krieger, Scott et al., 2003. Molecular cell biology.
5th Ed. New York: W H Freeman & Co. P 1-29.
- Murray, R. K., Granner, D. K., & Rodwell, V. W. 2009. Biokimia harper (27 ed.).
Jakarta: Buku Kedokteran EGC
- Miftakhunnafisah, W. D. (2010). Pengenalan NCBI untuk Analisis DNA, Protein,
dan Senyawa Kimia. Malang: Universitas Brawijaya.
- Tamsin, A. H. (2013). Dalam Pengumpulan Sekuen DNA Menggunakan Algoritme
Single Link dan Feature Vectors. Bogor: Institut Pertanian Bogor.
- Utama, A. (2003). Peranan Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran. Artikel Populer
Ilmu Komputer

15