Scientia Horticulturae 134 (2012) 79–87

Daftar isi tersedia di SciVerse ScienceDirect

Scientia Horticulturae

beranda jurnal: www.el sevier. com / cari / sc ihor ti

Penilaian keragaman genetik antar varietas murbei menggunakan sidik jari RAPD dan ISSR

Duraisamy Kalpana Sebuah , Si Hyuk Choi Sebuah , Tae Ki Choi Sebuah , Kalaiselvi Senthil b , Yang Soo Lee Sebuah , ∗
Sebuah Departemen Ilmu dan Teknologi Kehutanan, Institut Sains dan Teknologi Pertanian, Universitas Nasional Chonbuk, Jeonju Korea Selatan b
Departemen Biokimia, Bioteknologi dan Bioinformatika, Universitas Avinashilingam untuk Wanita, Tamilnadu India

articleinfo abstrak

Sejarah artikel: Mulberry memiliki peran penting baik dalam budidaya maupun dalam pembuatan produk makanan dan minuman. Pengetahuan dan informasi
Diterima 9 Juli 2011
tentang hubungan genetik, identitas mereka sangat penting untuk konservasi tanaman, pemanfaatan yang tepat dan pemuliaan tanaman. Morus alba,
Diterima dalam bentuk revisi 30 Oktober 2011 Diterima
dikenal sebagai murbei putih, banyak dibudidayakan untuk memberi makan ulat sutra yang digunakan dalam produksi sutra komersial. Penelitian ini
3 November 2011
dilakukan untuk memperkirakan variasi genetik dan hubungan antara empat belas M. alba dan dua Morus lhou ( ser)

Kata kunci:
koidz.dll kultivar untuk meningkatkan hasil dan kualitas buah mulberry menggunakan penanda RAPD dan ISSR dengan seperangkat 40 primer
Murbai
RAPD dan 10 primer ISSR. Polimorfisme yang ditunjukkan oleh RAPD, ISSR dan RAPD + ISSRprimer di antara enam belas sampel masing-masing
RAPD
ISSR adalah 66,67%, 55,05% dan 64,11%. Untuk mengesampingkan hubungan genetik antara varietas mulberry, koefisien ketidaksamaan genetik
Variabilitas genetik diperkirakan untuk setiap pasang aksesi. Koefisien ketidaksamaan berkisar antara 0,123-0,378 dan 0,095-0,285 masing-masing untuk penanda RAPD
Indeks polimorfik dan ISSR. Dendrogram yang dihasilkan oleh metode clustering UPGMA mengelompokkan genotipe menjadi tiga dan empat kelompok dengan sidik
jari RAPD dan ISSR masing-masing. Enchalang dan Guksang16ho ditemukan berkerabat dekat. Untuk menganalisis kesetiaan dendrogram yang
dihasilkan, koefisien korelasi kofenetik juga dihitung dan itu ditemukan signifikan. Primer OPA-6, OPA-14, OPY-15, UBC-14 dan UBC-17
memberikan nilai rata-rata indeks polimorfik yang lebih tinggi. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini juga dapat digunakan untuk karakterisasi
plasma nutfah dan pemuliaan tanaman yang lebih baik.

© 2011 Elsevier BV Semua hak dilindungi undang-undang.

1. Perkenalan
Murbei, genus Morus L., famili Moraceae dan Urticales, adalah tanaman tahunan berakar dalam
yang tumbuh cepat, dibudidayakan secara ekstensif di negara-negara di mana serikultur dipraktikkan.
Murbei terutama ditanam untuk diambil daunnya, sumber makanan utama ulat sutera, Bombyxmori,
saus, kue dan pewarna makanan. Di Korea Selatan, mulberry ditanam untuk daunnya untuk membuat teh
dan buah untuk membuat jamandwine. Lebih dari ribuan kultivar murbei telah bangkit karena
hibridisasi, pemuliaan mutasi, dan seleksi intensif dari penyerbukan terbuka ( Singhal dkk., 2010 ).
Demikian pula banyak kultivar juga muncul di Korea Selatan. Perbanyakan vegetatif dan penyerbukan
terbuka menyebabkan munculnya banyak varietas murbei, sehingga perlu dilakukan identifikasi dan
pemisahan kultivar murbei. Identifikasi genotipe dapat digunakan sebagai acuan standar untuk

tetapi hanya sedikit spesies murbei yang menyukainya Morus alba, Morus indica, Morus laevigata juga identifikasi setiap kultivar dan untuk mengontrol perbanyakan karena sebagian besar spesies pohon dibudidayakan
untuk buah yang dapat dimakan ( Aswathi et al., 2004 ). Studi oleh Koidzumi (1917) mengusulkanbuah dipropagasi secara vegetatif. Penerapan teknik yang handal dan cepat diperlukan untuk
24 spesies dan satu varietas di bawah genus Morus berdasarkan sifat stigma pada bunga jantan dan membedakan genotipe baru dan lama untuk produksi bahan tanaman bersertifikat pada spesies
panjang corak pada bunga betina. Kemudian setelah enam puluh tahun pohon buah dan kacang ( Wunsch dan Hormaza, 2002 ).

Hirano (1980) mengkategorikan 131 varietas dari tiga spesies mulberry

Morus bombycis, M. alba dan Morus latifolia menjadi tujuh kelompok berdasarkan pola elektroforesis
dari tujuh enzim dan protein getah.

Mulberry menemukan berbagai aplikasi industri di seluruh dunia terutama di industri makanan dan
industri serikultur sebagai pakan ulat sutera. Daun murbei juga digunakan untuk pembuatan teh murbei
dan sebagai agen pengendali diabetes serta pakan ternak ruminansia. Buah digunakan untuk pembuatan
teh, bubuk, selai, anggur, jeli,
Pertumbuhan teknik modern telah mengarah pada pengembangan varietas tanaman baru yang
lebih homogen. Tanaman ini menjadi rentan terhadap penyakit yang rentan dan kondisi iklim yang
berubah ( Asins dan Carbonell, 1989 ). Pengetahuan genetik tentang tetua diperlukan untuk
mengembangkan varietas baru yang tahan terhadap penyakit dan lebih mudah beradaptasi dengan
perubahan kondisi iklim. Penting juga untuk menilai keterkaitan genetik dengan kerabat yang
dibudidayakan. Genotipe lokal dalam kondisi iklim yang sama dan lokasi yang sama mudah
dimanfaatkan

∗ Penulis yang sesuai. Telp .: +82 63 270 2622; faks: +82 63 270 2631. Alamat email: ysoolee@chonbuk.ac.kr (YS
Lee).

0304-4238 / $ - lihat materi depan © 2011 Elsevier BV Semua hak dilindungi undang-undang. doi: 10.1016 /
j.scienta.2011.11.002
 D. Kalpana dkk. / Scientia Horticulturae 134 (2012) 79–87
k tujuan pemuliaan daripada yang tersedia dalam jarak jauh. Hal ini menjadikan sumber daya
etik yang berharga untuk dilestarikan untuk pemuliaan tanaman ( Vijayan dkk., 2006 ).
Ekspresi gen diferensial terjadi sebagai respons terhadap kondisi lingkungan atau sesuai dengan ap
perkembangan, sehingga variabilitas genetik dari strain yang dideteksi dengan analisis
fologi dan isozim ditemukan tidak signifikan. Penerapan teknik yang andal dan cepat untuk
mbedakan genotipe baru dan lama diperlukan untuk produksi bahan tanaman bersertifikasi pada sies
pohon buah ( Wunsch dan Hormaza, 2002 ). Studi yang menggunakan penanda DNA seperti PD,
RFLP, SCAR, ISSR, SSR dan AFLP menguntungkan karena tidak terpengaruh oleh kungan. Dalam
beberapa tahun terakhir, penanda berbasis DNA digunakan banyak dan teknik PD dilakukan pada
sejumlah besar tanaman untuk menentukan keragaman genetik karena ini mudahkan penilaian cepat
perbedaan komposisi genetik individu terkait ( Bhattacharya dan Anand ade, 2001 ). Spesies murbei
yang umum adalah M. alba, Morus nigra, M.
igata, Morus rubra, dan M. indica. Di Korea Selatan banyak M. alba spesies, sedikit Morus lhou ( ser) z
dibudidayakan secara luas dan banyak kultivar ditemukan ada di berbagai provinsi. Dalam
elitian ini upaya telah dilakukan untuk menentukan keragaman genetik empat belas M. alba dan M.
lhou ( ser) koidz.dll
var yang ditanam di provinsi Jeonbuk Korea Selatan. Beberapa kultivar seperti Sukyae dan
lyangdaehae berbunga sedang dan digunakan untuk produksi buah. Banyak kultivar yang dipilih m
penelitian ini belum dieksplorasi untuk produksi buah dan daunnya serta keragaman
etiknya tidak diketahui. Banyak penelitian telah dilakukan untuk menganalisis variasi genetik yang
eda Morus
s ( Aswathi et al., 2004; Vijayan dkk., 2004, 2006 ) tetapi hanya sedikit penelitian yang berusaha emukan
keragaman antara kultivar dan khususnya kultivar Korea M. alba dan M. lhou ( ser) koidz.dll
studi saat ini dilakukan untuk menyelidiki hubungan timbal balik di antara empat belas orang
ea M. alba dan dua M. lhou ( ser) koidz.dll
var menggunakan penanda RAPD (Randomly Ampli fi ed Polymorphic DNA) dan ISSR r-Simple
Sequence Repeats). Pohon filogenetik dibangun untuk menganalisis hubungan genetik, entase
polimorfisme, indeks polimorfik, rasio multipleks dan koefisien korelasi kofenetik dihitung k
menganalisis kesesuaian penanda dalam studi keanekaragaman hayati. Morus jenis. Hasil elitian ini
berguna untuk pemilahan dan konservasi kultivar serta memanfaatkan informasi dalam uliaan
tanaman untuk menghasilkan varietas dengan kualitas daun dan buah yang lebih baik.
ahan-bahan dan metode-metode
Pengumpulan sampel
Daun dikumpulkan dari 16 tanaman mulberry terpilih yang mengandung 14 genotipe M. alba dan
notipe Morus lhou ( ser)
z.dll dari Institut Serikultural Provinsi Chonbuk, Korea Selatan. Daun yang terkumpul ditempatkan
ara terpisah dalam paket kunci udara dan disimpan di 80 ◦ C untuk ekstraksi DNA.
-
Ekstraksi DNA genom
Bahan daun yang telah diisolasi digunakan untuk ekstraksi DNA genom dengan metode Doyle
Doyle (1987) dengan beberapa modifikasi. 10mg sampel daun digiling dengan nitrogen cair m
tabung eppendorf 2ml terpisah. 500 l buffer ekstraksi yang mengandung 2% CTAB, 100mM -Hcl;
pH 8,0, 200mM EDTA; pH 8,0,
MNaCl, 1.5% PVP, 0.5% -mercaptoethanol ditambahkan dan di vortex. Tabung diinkubasi dalam
angas air pada usia 65 tahun ◦ C selama 15 menit dengan guncangan teratur setiap 5 menit. me
kloroform yang sama ditambahkan dan tabung dengan hati-hati dibalik untuk pencampuran oform
dan lapisan air. Tabung disentrifugasi pada 4 pada 12.000 × g dan 500 l alkohol isopropil Cselamadingin10menit
ditambahkan ke lapisan berair. DNA dipellet dengan sentrifugasi pada 12.000 × g
selama 10 menit pada jam 4 ◦ C dan dicuci dua kali dengan etanol 70%. Etanol benar-benar
dikeringkan dengan udara dan melarutkan DNA dalam 100 l air millipore steril. Kuantifikasi DNA
DNA dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa dan DNA diencerkan hingga konsentrasi seragam
10ng / l untuk analisis RAPD dan ISSR.
2.3. Analisis RAPD
OPA dan OPHprimer set masing-masing terdiri dari dua puluh primer yang digunakan dan urutan
primer disajikan dalam Meja 2 .
Campuran reaksi tersebut mengandung 1 × Penyangga PCR, 35mM MgCl 2,
20ng DNA genom, 20pmoles primer, 10mMNTPs (2.5mMdATP,
2.5mM dGTP, 2.5mM dTTP dan 2.5mM CTP) dan 1U Taq polymerase dengan total volume 30 l.
Penguatan dilakukan dengan denaturasi awal pada 93 ◦ C selama 5 menit, diikuti oleh 40
siklus denaturasi pada 93 ◦ C selama 30 detik, dan anil pada 36 ◦ C selama 30 detik dan perpanjangan 72
detik ◦ C selama 30 detik, dan ekstensi terakhir untuk
15 menit pada 72 ◦ C dalam ESCO Swift Maxi ® Termosikler. Produk PCR dipisahkan pada gel agarosa
1,2% pada 50V selama 2 jam menggunakan buffer 1XTAE. Gambar diambil menggunakan Sistem
Dokumentasi Gel.
2.4. Analisis ISSR
Primer ISSR UBC (University of British Columbia) set # 9 1–25 primer awalnya disaring dan
akhirnya sepuluh primer di antara primer tersebut yang memberikan reproduktifitas yang baik,
polimorfisme dipilih untuk studi lebih lanjut dan daftar primer, urutannya terdaftar di Tabel 3 .
Amplifikasi PCR DNA genom mulberry dilakukan dengan 30 l campuran reaksi yang mengandung
20ng DNA genom, 1 × Penyangga PCR, 35mMMgCl 2 10mMNTPs berisi 2.5mM dATP, 2.5mM dGTP,
2.5mM dTTP dan 2.5mM CTP
dan 1U enzim polimerase Taq. Kondisi PCR berikut dipertahankan 93 ◦ C selama 5 menit, diikuti oleh 40
siklus 93 ◦ C selama 30 detik, 60 ◦ C selama 30 detik, 72 ◦ C selama 2 menit dan ekstensi terakhir pada 72 ◦
C untuk
15 menit dan diturunkan menjadi 4 ◦ C. Elektroforesis gel agarosa dilakukan pada 50V selama 2 jam dengan
1 jam × Buffer TAE pada gel agarosa 1,2%. Gel diwarnai dengan etidium bromida dan gambar difoto.
2.5. Analisis statistik
Pola pita DNA yang dihasilkan oleh RAPD dan ISSR dinilai untuk keberadaan (1) dan untuk tidak
adanya (0) dari setiap pita yang diperkuat. Penanda dianggap polimorfik jika tidak ada produk yang
diperkuat di setidaknya salah satu kultivar yang digunakan untuk analisis. Jika produk yang diperkuat
ada di semua kultivar, mereka dianggap sebagai monomorfik. Koefisien ketidaksamaan genetik
berpasangan
dihitung kami [i ∑ ng metode ( N ∑ei (1972) ) w] yang singkat
2 2
dinyatakan sebagai d ij = - ln k (x ki · x kj) / sqrt kx · x . Analisis cluster
ki kj
Hal ini dilakukan dengan matriks ketidaksamaan menggunakan UPGMA (Unweighted Pair Group
Method using Arithmetic average), dan program clusteringNTSyspc 2.11c (Numerical Taxonomy
System), yang memampatkan pola-pola tersebut ke dalam program-program. Program dibuat
menggunakan program SAHN (Sequential agglomerative hierarchic nonoverlapping clustering). Matriks
kofenetik dihitung dari matriks pohon yang diperoleh dan dibandingkan dengan matriks ketidaksamaan
asli. Selanjutnya koefisien korelasi kofenetik dihitung menggunakan matriks ketidaksamaan genetik asli
dan matriks kofenetik dengan uji korespondensi matriks Mantel ( Mantel, 1967 ), untuk memeriksa
ketahanan dendrogram. Rasio multipleks (MR) juga dihitung ( Powell dkk., 1996 ) yang
 D. Kalpana dkk. / Scientia Horticulturae 134 (2012) 79–87 81

Tabel 1

Ciri morfologi genotipe murbei terpilih.

S. no. Nama dari Jenis Secara morfologi Daun Karakter spesial

Kultivar Karakter dan penggunaan tertentu

Lebar Panjangnya

M1 Sukyae M. alba Daun bulat telur, dasar daun berbentuk hati, tepi bergerigi, bagian dalam, puncak 17.2 ± 2.39 20.7 ± 2.00 Pembekuan secara teratur

apikulat, toleransi, tinggi

hasil yang berkualitas,

bunga sedang

M2 Chung-il M. alba Daun bulat telur, pangkal daun berbentuk hati, tepi bergerigi, terisi, puncak 14.3 ± 2.06 16.9 ± 2.02 Titik beku tinggi

apikulat toleransi,

resistensi terhadap empedu

pengusir hama, kualitas tinggi

dan hasil reguler,

tapi lambat tumbuh

M3 Dansang7hyung M. alba Daun bulat telur, dasar berbentuk hati, tepi bergerigi, ujung ujung yang tajam 20.1 ± 1.29 24.1 ± 1.47 -

M4 Sankum M. alba Daun bulat telur, pangkal daun berbentuk hati, tepi bergerigi, terisi, puncak 10.05 ± 0.69 18.65 ± 1.20 -

apikulat

M5 Enchalang M. alba Daun lonjong, lonjong, dasar cordate, margin lobed, 3-5 lobed, apex 10.8 ± 1.14 17.5 ± 1.35 -

akut

M6 Bulguksang M. alba Daun bulat telur, dasar berbentuk hati, tepi bergerigi, bagian dalam, ujung daun lancip 17.2 ± 1.87 20.4 ± 0.70 -

M7 Bosanghwan M. lhou ( ser) koidz.dll Daun bulat telur, dasar cordate, tepi bergerigi, entired, puncak tajam 16.65 ± 1.42 23 ± 1.49 -

M8 Bbusa M. alba Daun bulat telur, dasar cordate, tepi bergerigi, entired, puncak tajam 16.45 ± 0.96 19.15 ± 1.70 -

M9 Chumu M. alba Daun bulat telur, dasar cordate, tepi bergerigi, entired, puncak tajam 12.1 ± 2.23 15.7 ± 3.40 -

M10 Miyuriesiyu M. alba Daun bulat telur, dasar berbentuk hati, tepi bergerigi, bagian dalam, puncak bergerigi 17.4 ± 0.66 20.3 ± 0.86 -

M11 Gaelyangnosang M. alba Daun bulat telur, dasar cordate, tepi bergerigi, masuk, puncak akut 17.8 ± 1.39 20.2 ± 2.07 -

M12 Gaelyangdaehae M. alba Daun bulat telur, dasar cordate, tepi bergerigi, masuk, puncak akut 18.1 ± 2.18 20.9 ± 1.10 Toleransi pembekuan,

hasil berkualitas tinggi,

bunga sedang

M13 Sukang M. alba Daun bulat telur, dasar cordate, tepi bergerigi, masuk, puncak akut 16.55 ± 1.07 21.5 ± 1.27 -

M14 Guksang16ho M. alba Daun bulat telur, dasar cordate, tepi bergerigi, masuk, puncak akut 12.85 ± 1.42 19 ± 1.99 -

M15 Chungol M. lhou ( ser) koidz.dll Daun lonjong lonjong, dasar cordate, tepi bergerigi, berlobus 5-6, apeks 13.5 ± 1.27 21.1 ± 1.20 Titik beku tinggi

akut toleransi, tinggi

kualitas hasil tapi

penumbuh lambat

M16 Samjonjosaeng M. alba Daun lonjong lonjong, dasar cordate, margin lobed 3–5, apex apiculate 16.85 ± 2.01 19.05 ± 1.54 -

Ukuran daun direpresentasikan sebagai (mean ± SD) dari sepuluh sampel perwakilan.

didefinisikan sebagai jumlah total pita (monomorfik - m, dan polimorfik - p) yang diperkuat oleh jumlah total pengujian (kombinasi primer digunakan - n).

3. Hasil

PIC (indeks polimorfik) dari setiap penanda ∑ dihitung DNA yang diisolasi dari enam belas varietas murbei ditemukan memiliki berat molekul tinggi sebagaimana

menggunakan bentuk termodifikasi dari rumus asli PIC = 1 - ditentukan dengan elektroforesis gel agarosa 0,8%. DNA dengan berat molekul tinggi utuh ini digunakan untuk analisis

frekuensi band saya alel th ( Smith et al., 1997 ). Dalam kasus RAPD dan ISSR. Analisis RAPD dan ISSR dilakukan untuk mendapatkan gambaran yang komprehensif tentang

penanda RAPD dan ISSR PIC dihitung sebagai 1 - p variabilitas antar genotipe mulberry.

dimana p adalah frekuensi band dan q adalah frekuensi tanpa pita ( Ghislain dkk., 1999 ). Nilai PIC ini
digunakan untuk menghitung indeks primer RAPD dan indeks primer ISSR yang dihitung dengan
menambahkan semua nilai PIC dari semua marker yang diperkuat dengan primer yang sama ( Raina et
al., 2001 ) dan dibagi dengan jumlah total penanda.
3.1. Variabilitas morfologi antar varietas terpilih

Karakter morfologi tanaman terpilih dievaluasi dan disajikan pada Tabel 1 .

Variasi di puncak daun dan margin dicatat. Genotipe Sukyae, Chung-il,
Gaelyangdaehae, Chungol memiliki toleransi terhadap pembekuan, tanaman ini
memiliki hasil tinggi, kualitas daun bagus, dan berbunga sedang.

Keempat varietas ini biasanya ditanam dan direproduksi lebih banyak untuk toleransi
pembekuannya dalam menahan musim dingin.

3.2. Polimorfisme ditunjukkan oleh penanda DNA

Analisis RAPD dilakukan dengan empat puluh primer, untuk menentukan

hubungan antara enam belas primer terpilih Morus varietas. Di antara
fortyprimersOPA-1-OPA-20andOPY-1-OPY-20 digunakan untuk studi kecuali untuk
dua primer OPY-12 dan OPY-17 semua delapan belas primer lainnya menghasilkan pita
yang diperkuat. Jumlah pita yang diperoleh untuk delapan belas primer adalah 315, dari
210 pita yang ditemukan merupakan pita polimorfik dan 105 pita monomorfik. Ukuran
produk berkisar dari <500 hingga 4000bp. Jumlah maksimum 18 band diberikan oleh
OPY-16 dan 12 band diantaranya
 D. Kalpana dkk. / Scientia Horticulturae 134 (2012) 79–87

2
an nukleotida dan persentase polimorfisme yang ditunjukkan oleh primer RAPD.

ama primer Urutan 5 ′ –3 ′ % dari Nama primer Urutan 5 ′ –3 % dari

polimorfisme polimorfisme

PA-01 CAGGCCCTTC 28.6 OPY-01 GTGGCATCTC 83.3

PA-02 TGCCGAGCTG 80 OPY-02 CATCGCCGCA 60

PA-03 AGTCAGCCAC 75 OPY-03 ACAGCCTGCT 33.3

PA-04 AATCGGGCTG 76.9 OPY-04 GGCTGCAATG 44.4

PA-05 AGGGGTCTTG 66.69 OPY-05 GGCTGCGACA 66.7

PA-06 GGTCCCTGAC 100 OPY-06 AAGGCTCACC 80

PA-07 GAAACGGGTG 92.3 OPY-07 AGAGCCGTCA 80

PA-08 GTGACGTAGG 60 OPY-08 AGGCAGAGCA 53.8

PA-09 GGGTAACGCC 60 OPY-09 AGCAGCGCAC 62.5

PA-10 GTGATCGCAG 0 OPY-10 CAAACGTGGG 80

PA-11 CAATCGCCGT 57.1 OPY-11 AGACGATGGG 50

PA-12 TCGGCGATAG 50 OPY-12 AAGCCTGCGA -

PA-13 CAGCACCCAC 42.9 OPY-13 GGGTCTCGGT 87.5

PA-14 TCTGTGCTGG 100 OPY-14 GGTCGATCTG 75

PA-15 TTCCGAACCC 85.7 OPY-15 AGTCGCCCTT 87.5

PA-16 AGCCAGCGAA 44.4 OPY-16 GGGCCAATGT 66.7

PA-17 GACCGCTTGT 80 OPY-17 GACGTGGTGA -

PA-18 AGGTGACCGT 93.3 OPY-18 GTGGAGTCAG 40

PA-19 CAAACGTCGG 66.7 OPY-19 TGAGGGTCCC 33.3

PA-20 GTTGCGATCC 40 OPY-20 AGCCGTGGAA 100

l3 Tabel 4
an nukleotida, persentase konten GC dan persentase polimorfisme yang ditunjukkan oleh primer ISSR. Rasio multipleks dan nilai koefisien korelasi kofenetik diperoleh dengan analisis RAPD dan ISSR Marker.

ama primer Urutan 5 ′ –3 ′ % dari GC % dari Sidik jari Multipleks % dari Kofenetik

kandungan polimorfisme perbandingan polimorfisme korelasi

nilai( r)

BC807 AGAGAGAGAGAGT 47.1 40

BC808 AGAGAGAGAGAGAGC 52.9 42.9 RAPD 9.35 66.66 0.77

BC809 AGAGAGAGAGAGAGG 52.9 50 ISSR 10 55.06 0.64

BC810 GAGAGAGAGAGAGAGAT 47.1 45.5 RAPD + ISSR 9.48 64.10 0.76

BC814 CTCTCTCTCTCTCTCTA 47.1 80

BC815 CTCTCTCTCTCTCTCTG 52.9 55.6

BC817 CACACACACACACACAA 47.1 75 Tabel 5

BC820 GTGTGTGTGTGTGTGTC 52.9 40 Nilai indeks polimorfik diperoleh untuk penanda RAPD dan ISSR individu.

BC824 TCTCTCTCTCTCTCTCG 52.9 60

Primer PIC Primer PIC Primer PIC

BC825 ACACACACACACACACT 47.1 50

nama nama nama

C20andQBC24memproduksi sepuluh band. Polimorfisme maksimum antara enam belas varietas berry ditunjukkan oleh
primer QBC14. Profil yang diperoleh dengan primer RAPDprimer OPA-04 ISSR primer UBC-824 disajikan di Gambar. 4
mukan polimorfik. Persentase polimorfisme yang dihasilkan oleh penanda RAPD ditemukan
dan 5 .
esar 66,67%. Pita primer OPA-14 dan OPY-20 menghasilkan pita dengan polimorfisme 100% dan er
OPA-7 dan OPA-18 menunjukkan polimorfisme hingga 92,3 dan

% masing-masing. Polimorfisme yang dihasilkan oleh setiap penanda RAPD diproduksi

Di antara total 50 primer yang digunakan untuk penelitian ini, 48 primer memberikan oduktifitas yang baik dari
Meja 2 . elitian ini dilakukan dengan menggunakan sepuluh primer ISSR terpilih yang menghasilkan total 404 pita dengan 259 pita polimorfik. Polimorfisme dengan binasi RAPD dan ISSR dihitung menjadi 64,10%
total ita di antara 16 genotipe mulberry. 49 pita ditemukan polimorfik dan 40 pita monomorfik, seperti yang digambarkan pada Tabel 4 .
ghasilkan rasio polimorfik

5%. Tabel 3 menjelaskan urutan primer, kandungan GC dan polimorfisme yang ditunjukkan oleh
Divergensi genetik di antara genotipe
Rmarker. Semua primer yang diterapkan untuk penelitian ini memiliki kandungan GC sekitar 50%.
jang minimum produk <500bp dan ukuran produk maksimum berkisar antara 2000 dan 3000bp.
simal dua belas band diproduksi olehprimerQBC17. UtamaQBC7, QBC14,
Matriks ketidaksamaan dibangun menggunakan metode koefisien Nei dan Li. Matriks yang
OPA-01 0.219 OPA-18 0.339 OPY-15 0.340
eda dibangun untuk matriks RAPD
OPA-02 0.362 OPA-19 0.206 OPY-16 0,269
OPA-03 0.273 OPA-20 0.224 OPY-17 0,000
OPA-04 0,347 OPY-01 0.307 OPY-18 0.261
OPA-05 0.297 OPY-02 0.233 OPY-19 0.159
OPA-06 0.414 OPY-03 0.102 OPY-20 0.289
OPA-07 0,366 OPY-04 0,165 UBC-07 0.130
OPA-08 0.298 OPY-05 0.216 UBC-08 0.137
OPA-09 0.219 OPY-06 0.289 UBC-09 0.193
OPA-10 0,059 OPY-07 0.288 UBC-10 0.178
OPA-11 0.173 OPY-08 0.159 UBC-14 0,316
OPA-12 0,084 OPY-09 0.213 UBC-15 0.289
OPA-13 0.137 OPY-10 0,322 UBC-17 0,320
OPA-14 0.430 OPY-11 0,146 UBC-20 0.177
OPA-15 0.331 OPY-12 0,000 UBC-24 0.263
OPA-16 0.257 OPY-13 0.285 UBC-25 0.201
OPA-17 0.272 OPY-14 0.290

mengungkapkan koefisien ketidaksamaan maksimum 0,378 dan koefisien ketidaksamaan minimum 0,123
dan matriks ketidaksamaan dari sidik jari RAPD disajikan di Tabel 6 . Koefisien ketidaksamaan
maksimum 0,378 ada antara dua pasangan, satu antara Gaelyangnosang dan Bosanghwan; yang lainnya
antara Bosanghwan dan Chumu. Koefisien ketidaksamaan minimum

0,123 ditemukan antara Enchalang dan Guksang16ho diikuti oleh Bbusa dan Enchalang dengan koefisien
ketidaksamaan 0,147. Koefisien ketidaksamaan genetik yang dihasilkan oleh penanda ISSR ditemukan
antara 0,095 dan 0,284 seperti yang diberikan pada Tabel 7 . Koefisien disimilaritas genetik terkecil sebesar
0,095 diamati antara Enchalang dan Guksang16ho diikuti oleh Enchalang dan Bbus dengan nilai 0,098.
Perbedaan maksimum yang ditemukan ada antara Bosanghwan dan Chungol, Miyuriesiyu dan
 D. Kalpana dkk. / Scientia Horticulturae 134 (2012) 79–87 83

Tabel 6

Koefisien ketidaksamaan genetik di antara enam belas genotipe mulberry yang dihasilkan oleh penanda RAPD.

M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16

M1 0

M2 0.195 0

M3 0.214 0.172 0

M4 0,200 0.163 0.184 0

M5 0.254 0.149 0.192 0.214 0

M6 0.268 0.278 0.280 0.280 0,250 0

M7 0.336 0.344 0.291 0,314 0.358 0.250 0

M8 0.243 0.190 0.190 0.207 0.147 0.293 0,353 0

M9 0.254 0.168 0,234 0.225 0,155 0,342 0.378 0.184 0

M10 0.260 0.232 0,267 0.239 0.263 0.260 0.223 0.289 0.263 0

M11 0.206 0.223 0.239 0.239 0,204 0,304 0.378 0.222 0.227 0.274 0

M12 0.252 0.299 0.304 0.268 0.290 0.291 0.253 0,316 0,325 0.236 0.255 0

M13 0.256 0.203 0.242 0.243 0,202 0,289 0,277 0.202 0,234 0.242 0.235 0.191 0

M14 0.250 0.214 0,234 0.220 0.123 0.263 0,346 0.187 0.194 0.281 0.208 0.276 0.222 0

M15 0,234 0.260 0.251 0.215 0.192 0.315 0,329 0.211 0.236 0.282 0.251 0.257 0.211 0.177 0

M16 0.242 0,200 0,200 0.185 0,166 0,301 0,329 0.186 0.204 0.244 0.174 0.260 0.214 0.160 0.189 0

Tabel 7

Koefisien ketidaksamaan genetik di antara enam belas genotipe mulberry yang dihasilkan oleh penanda ISSR.

M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16

M1 0

M2 0.152 0

M3 0.215 0.163 0

M4 0.186 0.174 0.163 0

M5 0.141 0.133 0.170 0.130 0

M6 0.110 0.134 0.173 0.201 0,106 0

M7 0.174 0.196 0.188 0.161 0.168 0.136 0

M8 0.186 0.158 0.163 0.156 0,098 0,166 0.143 0

M9 0.197 0.134 0.192 0.183 0.156 0.194 0.207 0.115 0

M10 0.177 0.163 0.172 0.163 0.152 0.138 0.115 0.128 0.138 0

M11 0.211 0.128 0.151 0.178 0.168 0.189 0.185 0.143 0.153 0,169 0

M12 0.154 0.143 0.261 0.230 0,099 0,151 0,164 0.176 0.186 0.148 0.182 0

M13 0.138 0.144 0,169 0.196 0.212 0.171 0.185 0.161 0.136 0.151 0.149 0.129 0

M14 0.179 0.154 0.156 0.184 0,095 0,177 0.243 0.119 0.160 0.227 0.189 0.153 0.154 0

M15 0.161 0,167 0.249 0,237 0.139 0.194 0.284 0.183 0.230 0.249 0.189 0.151 0.171 0.111 0

M16 0.208 0.143 0.130 0.212 0,132 0,204 0,200 0.108 0.134 0.166 0,200 0.179 0.182 0.136 0.186 0

Tabel 8
Koefisien ketidaksamaan genetik di antara enam belas murbei yang dihasilkan dengan menggabungkan penanda RAPD dan ISSR.

M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16

M1 0
M2 0.199 0
M3 0.213 0.178 0
M4 0.210 0,164 0.182 0
M5 0.263 0.153 0.194 0.220 0
M6 0.273 0.286 0.283 0.299 0,259 0
M7 0,329 0.351 0.298 0.308 0.359 0.249 0
M8 0.254 0.193 0.188 0.216 0.150 0.299 0,348 0
M9 0.263 0.172 0.238 0.232 0,156 0,347 0,380 0.188 0
M10 0.262 0.241 0.282 0.239 0.269 0.262 0.227 0.291 0,269 0
M11 0.213 0.224 0,237 0.248 0,207 0,308 0.371 0.229 0.231 0.274 0
 M12 0.255 0.299 0.307 0.272 0.293 0.296 0.251 0,322 0,328 0.235 0.255 0
M13 0.258 0.203 0.240 0.244 0,205 0,301 0.274 0.201 0.231 0.240 0.240 0.189 0

M14 0.259 0.215 0.232 0.227 0.122 0.264 0.338 0.192 0.196 0.281 0.211 0.278 0.219 0
M15 0.243 0.263 0.249 0.223 0.194 0.319 0,320 0.217 0.240 0.282 0.257 0.257 0.207 0.186 0
M16 0.251 0,200 0.196 0.190 0,167 0,305 0,321 0.191 0.207 0.242 0.183 0.261 0.218 0.161 0.191 0

Chungol, Chungol dan Dangsang7hyung dengan koefisien perbedaan genetik masing-masing 0,284, 0,249 3.4. Analisis clustering dari genotipe

dan 0,249. Matriks ketidaksamaan gabungan dibuat menggunakan penanda RAPD dan ISSR seperti
pada Tabel 8 , menghasilkan koefisien ketidaksamaan mulai dari
0,122 hingga 0,371. Bosanghwan lebih jauh terkait dengan Gaelyangnosang dengan koefisien
ketidaksamaan genetik
Analisis clustering dilakukan dan dendrogram diperoleh dengan metode UPGMA. 16 genotipe dibagi
menjadi tiga kelompok besar yang terdiri dari lima, tujuh dan empat genotipe masing-masing oleh
RAPDmarker. Dendrogram yang diperoleh diwakili dalam Gambar 1 . Program yang diperoleh untuk
ISS Marker membagi enam belas genotipe menjadi empat kelompok utama seperti yang diberikan pada

0.371. Enchalang dan Bosanghwan memiliki koefisien ketidaksamaan genetik sebesar 0,359. Enchalang Gambar 2 . Dendrogram yang dibangun dengan menggabungkan kedua penanda RAPD dan ISSR

berkerabat dekat dengan Guksang16 dengan koefisien ketidaksamaan genetik terendah sebesar 0,122. menggunakan UPGMA menghasilkan pembentukan empat kelompok besar dengan satu, dua lima dan
Varietas Bosanghwan dan Bulguksang juga berkerabat dekat satu sama lain di samping Enchalang dan delapan genotipe di dalamnya seperti yang digambarkan pada Gambar 3 .
Bbusa yang memiliki nilai koefisien ketidaksamaan 0,150.
 D. Kalpana dkk. / Scientia Horticulturae 134 (2012) 79–87
bar 1. Dendrogram berasal dari analisis clustering UPGMA menggunakan koefisien Nei marker RAPD.
bar 2. Dendrogram berasal dari analisis clustering UPGMA menggunakan koefisien Nei dari penanda ISSR.
bar 3. Dendrogram berasal dari analisis clustering UPGMA menggunakan koefisien Nei dari penanda RAPD dan .
iskusi
Empat belas dipilih M. alba Genotipe hanya memiliki sedikit variasi morfologi, yaitu daun
entuk bulat telur, pangkal berbentuk hati dan tepi bergerigi. Di antara empat belas genotipe
halang dan Samjonjosaeng memiliki 3-5 daun lobed dan dua belas genotipe lainnya tidak
obang. Demikian pula antara keduanya
Morus lhou ( Ser) koidz, Chungol memiliki 5-6 lobus daun sedangkan Bosanghwan tidak memiliki
lobus pada struktur daunnya. Sebelumnya klasifikasi dan evolusi Morus Dilakukan berdasarkan
ekspresi fenotipik tanaman seperti bentuk pertumbuhan, morfologi daun, sifat buah seperti warna,
panjang corak pada bunga betina dan karakter lainnya. Masalah yang terkait dengan klasifikasi
berbasis fenotipe diatasi oleh penanda molekuler yang berhasil dikembangkan selama dua dekade
terakhir. Isozim dan polimorfisme panjang fragmen restriksi digunakan sebagai penanda untuk
analisis genetik tanaman. Teknik berbasis PCR seperti Rapid Ampli fi cation of Polymorphic DNA
yang dikembangkan dalam beberapa tahun terakhir menyediakan penanda DNA yang tersebar di
seluruh genom dan lebih mudah dianalisis. Kajian tentang keterkaitan varietas secara efisien
dilakukan melalui penggunaan penanda RAPD dan ISSR. Gupta dkk., 2008; Lu et al., 2009 ). Studi
kami menggunakan total 50 primer (RAPD dan ISSR) untuk mengungkapkan kesamaan genetik
antara enam belas varietas mulberry yang dipilih.
Polimorfisme yang dihasilkan oleh primer RAPD ditemukan lebih tinggi daripada primer ISSR. Dalam
studi sebelumnya oleh Srivastava dkk. (2004) dengan M. alba kultivar tingkat polimorfisme yang lebih tinggi
dihasilkan oleh penanda ISSR, tetapi dalam penelitian kami penanda RAPD menghasilkan polimorfisme
yang lebih tinggi daripada ISSR yang bisa jadi karena penggunaan lebih banyak jumlah primer RAPD.
Persentase polimorfisme penanda tergantung pada sampel yang digunakan untuk studi, polimorfisme antara
spesies yang berbeda tinggi tetapi dalam kultivar, polimorfisme yang ditunjukkan oleh penanda kurang
dapat dibandingkan dengan spesies yang berbeda. Pencetakan jari RAPD dan ISSR dari varietas murbei
India terpilih masing-masing menghasilkan 75% dan 80,28% polimorfisme ( Vijayan dkk., 2004 ) 60,75%
dan
74,13% polimorfisme masing-masing di antara M. alba kultivar ( Srivastava et al., 2004 ). Studi saat ini
dengan RAPD dan ISSR menghasilkan 66,67% dan 55,05% polimorfisme yang relatif rendah dibandingkan
dengan penelitian di atas, yang menunjukkan bahwa lebih banyak kesamaan ada antara kultivar murbei
Korea. Variasi genetik yang terbatas dalam populasi biasa terjadi ketika ada fragmentasi habitat dan
gangguan manusia. Proses ini meningkatkan perkawinan antara individu yang secara genetik terkait erat
dan ini mengarah pada keragaman genetik tingkat rendah dalam populasi mulberry ( Zhao et al., 2007a ).
Selain itu, nilai indeks polimorfik rata-rata (PIC) yang dihitung untuk penanda individu memberikan nilai
antara 0,059 dan 0,430 untuk pencetakan jari RAPD dan antara
0.130 dan0.320 untuk sidik jari ISSR. Analisis ini menyiratkan pemanfaatan potensi primer OPA-2,
OPA-6, OPA-7, OPA-14, OPY-15, UBC-14 dan UBC-17 untuk mendeteksi polimorfisme di antara
kultivar murbei. Tabel 5 mewakili nilai PIC untuk penanda yang digunakan dalam penelitian ini.
Dendrogram yang diperoleh dengan penanda RAPD mengelompokkan genotipe menjadi tiga
kelompok berikut. Bulguksang, Bosanghwan, Miyuriesiyu, Gaelyangdaehae dan Sukang membentuk
satu kelompok, sedangkan Sukyae, Chungil, Sankum, Dangsang7hyung membentuk kelompok lain.
Kelompok utama yang terbentuk dengan tujuh genotipe terdiri dari Enchalang, Guksang16ho,
Samjonjosaeng, Bbusa, Chumu, Chungol dan Gaelyangnosang. Enchalang hampir mirip dengan
Guksang16ho yang berkelompok menjadi satu kelompok tanpa simpul di antara mereka di pohon.
Sukyae memiliki hubungan jauh dengan Sukang di kelompok pertama dan dengan Gaelyangnosang
di kelompok ketiga. Dendrogram RAPD mengelompokkan Chungol, milik M. lhou ( ser) koidz.dll dengan
kelompok kedua mengelompokkan M. alba genotipe dan Bosanghwan genotipe lain dari
M. lhou ( ser) koidz.dll dengan genotipe cluster ketiga yang mengandung M. alba kultivar. Studi sidik
jari RAPD sebelumnya pada Morus genus menghasilkan dendrogram di mana M. alba dan M. lhou berkerabat
dekat satu sama lain dibandingkan dengan spesies liar lainnya dan beberapa spesies peliharaan M. indica, M.
sinensis dan
 D. Kalpana dkk. / Scientia Horticulturae 134 (2012) 79–87

Gambar 4. Pengamplian DNA dengan PCR dari enam belas varietas murbei dengan primer RAPD OPA-04.

M. australis ( Aswathi et al., 2004 ). Genotipe Enchalang, Samjonjosaeng, Chungol yang memiliki pengatur jarak ditranskripsi internal oleh Sung et al. (2001) berbeda Morus
struktur daun berlobus tergolong dalam satu cluster. spesies mengungkapkan hubungan lebih dekat M. lhou ( ser) koidz.dll dengan M. alba dan 88%
kemiripan diamati antara M. lhou ( ser) koidz.dll

Dendrogram yang dibangun menggunakan marker ISSR membentuk empat cluster, dengan Chungol dan M. alba. Bosanghwan membentuk clade terpisah di dalam yang lain M.

sebagai cluster terpisah dan tiga cluster lainnya terdiri dari enam, tiga dan enam genotipe di dalamnya. lhou (ser) koidz.dll varietas.

Sukyae, Bulguksang, Gaelyangdaehae, Sukang, Bosanghwan dan Miyuriesiyu membentuk kelompok yang
memiliki hubungan jauh dengan Chungol. Kelompok lainnya memiliki Chung-il, Gaelyangnosang dan
Dangsang7hyung yang memiliki kesamaan dengan kelompok yang terdiri dari Enchalang, Guksang16ho,
Bbusa, Samjongsaeng dan Chumu, dan kelompok ini memiliki hubungan jauh dengan kelompok berisi
Sukyae dibandingkan dengan varietas Chungol. Dendrogram yang diperoleh secara terpisah dengan
menggunakan sidik jari RAPD dan ISSR memiliki perbedaan yang kecil dan perbedaan ini disebabkan
oleh variasi daerah amplifikasi genom. Genotipe Gaelyangdaehae, Bosanghwan, Miyuriesiyu, Bulguksang
dan Enchalang, Guksang16ho ditemukan berkerabat dekat dengan yang lain seperti yang diungkapkan
oleh kedua penanda. Chungol yang dimiliki M. lhou ( ser) koidz.dll spesies membentuk cluster terpisah,
tetapi genotipe lain Bosanghwan dari spesies yang sama membentuk cluster dengan M. alba genotipe. Studi
menggunakan
Untuk mendapatkan gambaran yang jelas dan ringkas tentang keragaman genetik di antara
program-program budaya, dibangun menggunakan data gabungan dari penanda RAPD dan ISSR, yang
mengungkapkan bahwa Enchalang dan Guksang16ho adalah varietas yang paling dekat hubungannya.
Kedua genotipe Sankum dan Sukang memiliki kerabat jauh karena mereka terbagi dalam dua kelompok
utama yang berbeda di ketiga dendrogram yang diperoleh. Genotipe paling beragam dengan pemilihan
karakteristik buah yang sama untuk disilangkan dan dikawinkan akan menghasilkan varietas mulberry
dengan produksi buah yang meningkat ( Kafkas et al., 2008 ). Enchalang dan Guksang16ho ditemukan
memiliki hubungan paling dekat seperti yang dideteksi oleh penanda RAPD dan ISSR. Kedua kultivar ini
bisa dibesarkan dari orang tua yang sama karena mereka berkumpul bersama. Jadi keragaman genetik
yang tepat antara dua kultivar tidak dapat hanya dinilai dengan penanda karena pita pada posisi yang
sama mungkin juga pita dengan ukuran yang sama dan urutan yang berbeda. Salah satu kelemahan dari
penanda RAPD adalah dalam membedakan pita dari dua alel pada

Gambar 5. Pengamplasan DNA dengan PCR dari enam belas varietas murbei dengan primer ISSR UBC-824.
 D. Kalpana dkk. / Scientia Horticulturae 134 (2012) 79–87
s homozigot dengan alel tunggal pada lokus heterozigot ( Yonemoto dkk., 2006 ). Dominasi dan elisme
mungkin mengkritisi penggunaan penanda RAPD dalam membedakan keanekaragaman populasi
tetapi telah diakui sebagai penanda garis sifat yang penting dalam tanaman hortikultura erti jambu
biji, bit gula, pisang, anggur dan juga pada kayu cendana ( Amiri et al., 2009; a-Romero dkk., 2009;
Jain dkk., 2007; Maia dkk., 2009 ). Pembuat ISSR juga mengungkapkan s hubungan yang sama
antara kedua kultivar Enchalang dan Guksang16ho ini yang mendukung
rkaitan genetik dan penanda RAPD. Pemisahan Chungol menjadi klade terpisah oleh
Rmakers mengungkapkan bahwa ISSR berpotensi digunakan dalam membedakan antar spesies
berry.
Penelitian sebelumnya tentang mulberry menyatakan bahwa lebih baik menerapkan hibridisasi r
spesies sebagai hibridisasi silang untuk meningkatkan kesuburan benih dan meningkatkan nsi hasil (
Das dan Krishnaswami, 1965; Dandin et al., 1987 ). Koefisien korelasi kofenetik untuk isis RAPD dan
ISSR diperkirakan sebagai
dan 0,64 masing-masing yang ditemukan signifikan. Koefisien korelasi kofenetik dihitung menjadi
untuk gabungan sidik jari RAPD dan ISSR. Koefisien korelasi kofenetik lebih rendah dalam
us kedua penanda tetapi ditemukan signifikan. Variasi koefisien korelasi kofenetik dapat dikaitkan gan
perbedaan jumlah primer yang digunakan untuk penelitian dan polimorfisme genetik yang teksi oleh
primer ( Belaj et al., 2003 ). Rasio multipleks dapat digunakan untuk pemilihan penanda m
menganalisis keragaman genetik kultivar. Rasio multipleks penanda ISSR dihitung sebagai 10 untuk
penanda RAPD dihitung menjadi 9,35. Rasio multipleks untuk RAPD dan AFLP ditemukan h tinggi di
antara kultivar zaitun daripada penanda SSR, tetapi rasio multipleks SSRh lebih tinggi pada RAPD
untuk kedelai ( Powell dkk., 1996; Belaj et al., 2003 ). Dalam penelitian kami dengan anda ISSR
kultivar murbei mendapat skor ransum multipleks yang lebih tinggi daripada penanda D, Hasil ini
menunjukkan bahwa penanda tertentu tidak akan menunjukkan persentase morfisme yang sama
dengan semua spesies tanaman sehingga penanda yang berbeda harus dan penanda yang menghasilkan
tingkat polimorfisme maksimum dapat digunakan untuk emukan keragaman genetik spesies tertentu.
Studi sebelumnya oleh
yan dkk. (2004, 2006) , Chatterjee et al. (2004) , Orhan dkk. (2007) , dan Zhaoet al. (2007a, b) memanfaatkanSity dalam mutan somatik anggur ( Vitis vinifera) kultivar Italia berdasarkan DNA polimorfik yang diamplifikasi
RAPD atau ISSRmarker untuk analisis kultivar murbei dan spesies murbei yang berbeda. Hanya
kit penelitian yang dilakukan dengan menggunakan dua penanda untuk mengidentifikasi
ungan antara kultivar ( Vijayan, 2003; Vijayanet al., 2004a ) jadi kami menggunakan dua penanda
D dan ISSR untuk analisis divergensi genetik di antara 16 yang dipilih M. alba genotipe dari
thKorea. Pengamatan kami mengungkapkan bahwa genotipe secara genetik serupa dan
amaan ini juga diamati lebih tinggi. Jadi lebih baik melibatkan hibridisasi antar spesies sebanyak
gkin, dan dalam kasus hibridisasi antar kultivar, pemilihan tetua yang berkerabat jauh akan
ghasilkan varietas tanaman yang lebih baik dengan potensi hasil daun dan buah yang tinggi.
esimpulan
Identifikasi varietas mulberry diperlukan untuk meningkatkan budidaya dan pengetahuan
otipe diperlukan untuk mendapatkan varietas yang baik melalui pemuliaan tanaman. Penelitian ini
gungkapkan keragaman genetik dalam kultivar berdasarkan teknik sidik jari RAPD dan ISSR dan l
Referensi
Amiri, R., Mesbah, M., Noghaddam, M., Bihamta, MR, Mohammadi, SA, Norouzi, P.,
2009. Penanda RAPD baru untuk gen resistensi virus vena kuning nekrotik bit
pada Beta vulgaris. Biol. Menanam. 53, 112–119.
Asins, MJ, Carbonell, EA, 1989. Distribusi variabilitas genetik dalam
durumwheat koleksi dunia. Teori. Appl. Genet. 77, 287–294.
Aswathi, AK, Nagaraja, GM, Naik, GV, Kanginakudru, S., Thangavelu, K., Nagaraju,
J., 2004. Keragaman genetik dan hubungan pada mulberry (genus Morus) seperti yang diungkapkan oleh
uji penanda RAPD dan ISSR. Genet BMC. 5, 1.
Belaj, A., Satovic, Z., Cipriani, G., Baldoni, L., Testolin, R., Rallo, L., Trujillo, I., 2003.
Studi komparatif tentang kemampuan membedakan penanda RAPD, AFLP SSR dan efektivitasnya
dalam membangun hubungan genetik zaitun. Teori. Appl. Genet. 107, 736–744.
Bhattacharya, E., Anand Ranade, E., 2001. Perbedaan molekuler antara varietas
murbei menggunakan profil RAPD dan DAMD. Berbagai Tanaman BMC. 1, 3.
Chatterjee, SN, Nagaraja, GM, Srivastava, PP, Naik, G., 2004. Morfologi dan variasi molekuler
Morus laevigata di India. Genetica 121, 133–143.
Das, BC, Krishnaswami, S., 1965. Beberapa pengamatan pada hibridisasi
interspesifik di murbei. Indian J. Seric. 4, 1–4.
Dandin, SB, Kumar, R., Rabindran, S., Jolly, MS, 1987. Studi crossability di
mul-berry. Indian J. Seric. 24, 1–4.
Doyle, JJ, Doyle, JL, 1987. Prosedur isolasi DNA cepat untuk sejumlah
kecil jaringan daun segar. Fitokem. Banteng. 19, 11–15.
Feria-Romero, IA, Astudillo-de laVega, H., Chavez-Soto, MA, Rivera-Arce, E., López,
M., Serrano, H., Lozoya, X., 2009. RAPDmarker terkait dengan akumulasi quercetin di Psidium guajava. Biol.
Menanam. 5, 125–128.
Ghislain, M., Zhang, D., Fajardo, D., Huamann, Z., Hijmans, RH, 1999. Penanda-
Pengambilan sampel berbantuan kentang Andes koleksi Solanum phureja dengan menggunakan
penanda RAPD. Genet. Resour. Tanaman Evol. 46, 547–555.
Gupta, S., Srivastava, M., Mishra, GP, Naik, PK, Chauhan, RS, Tiwari, SK, Kumar,
M., Singh, R., 2008. Analogi ISSR dan RAPDmarkers untuk analisis komparatif keragaman genetik antara
Jatropha curcas genotipe. Afr. J. Biotechnol. 7 (23), 4230–4243.
Hirano, H., 1980. Studi thremmetological variasi protein pada mulberry. Banteng.
Sericul. Exp. Sta. 28, 67–186.
Jain, PK, Saini, ML, Pathak, H., Gupta, VK, 2007. Analisis variasi genetik pada
pisang yang berbeda ( Musa spesies) menggunakan DNA polimorfik yang diamplifikasi acak (RAPD). Afr. J.
Biotechnol. 6 (17), 1987–1989.
Kafkas, S., Ozgen, M., Dogan, Y., Ozcan, B., Ercisli, S., Serce, S., 2008. Karakter molekuler-acterization aksesi murbei di
Turki oleh AFLPmarkers. Selai. Soc. Hort. Sci. 133 (4), 593–597.
Koidzumi, G., 1917. Taksonomi dan fitogeografi dari genus Morus, vol. 3. Banteng.
Seric. Exp. Station, Tokyo, Jepang, hlm. 1–62.
Lu, X., Lu, L., Gong, Y., Zhao, L., Song, X., Zhu, X., 2009. Identifikasi kultivar dan
analisis keragaman genetik brokoli dan spesies terkait dengan penanda RAPD dan ISSR. Sci. Hort. 122,
645–648.
Maia, SHZ, Mangolin, CA, Collet, SAO, Machado, MFPS, 2009. Penyelam genetik-
secara acak. Genet. Mol. Res. 8 (1), 28–38.
Mantel, N., 1967. Deteksi pengelompokan penyakit dan regresi umum
pendekatan. Res kanker. 27 (2), 209–220.
Nei, M., 1972. Jarak genetik antar populasi. Saya. Nat. 106, 283–292. Orhan, E., Ercisli, S., Yildrim, N., Agar, G., 2007.
Variasi genetik di antara mulberry
genotipe ( Morus alba) seperti yang diungkapkan oleh penanda Random Ampli fi ed Polymorphic DNA (RAPD).
Plant Syst. Evol. 265, 251–258.
Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S., Rafalski, A.,
1996. Perbandingan marker RFLP, RAPD AFLP dan SSR (mikrosatelit) untuk analisis plasma nutfah. Mol.
Berkembang biak. 2, 225–238.
Raina, SN, Rani, V., Kojima, T., Ogihara, Y., Singh, KP, Devarumath, RM, 2001. RAPD
dan sidik jari ISSR sebagai penanda genetik yang berguna untuk analisis keragaman genetik, identifikasi varietas
dan hubungan filogenetik pada kacang tanah ( Arachis hypogaea) kultivar dan spesies liar. Genom 44, 763–772.
penelitian ini dapat menjadi aplikasi praktis dalam pemuliaan klasik untuk menghasilkan varietas g lebih baik
dengan karakter unggul.
gakuan
Penulis berterima kasih kepada Dinas Kehutanan Korea yang telah memberikan dukungan angan
(Hibah No. S-121010L130120).
Singhal, BK, Khan, MA, Dhar, A., Baqual, FM, Bindroo, BB, 2010. Pendekatan
eksploitasi industri buah murbei (Mulberry so.). J. Ornamen Buah. Pabrik Res. 18 (1), 83–99.

Smith, JSC, Chin, ECL, Shu, H., Smith, OS, Wall, SJ, Senior, ML, Mitchel, SE,
Kresorich, S., Tiegle, J., 1997. Evaluasi kegunaan lokus SSR sebagai penanda molekuler pada
jagung ( Zea mays): perbandingan dengan data dari RFLP dan silsilah. Teori. Appl. Genet. 95,
163–173.

Srivastava, PP, Vijayan, K., Aswathi, AK, Saratchandra, B., 2004. Analisis genetik
Morus alba melalui penanda RAPD dan ISSR. Ind. J. Biotechnol. 3, 527–532. Sung, GB, Ryu,
KS, Kim, HR, Nam, HW, Goo, TW, Cho, SY, 2001. Analisis ITS
urutan nukleotida dalam DNA ribosom spesies Morus. J. Seric dari Korea. Sci. 43 (1), 1–8.

Vijayan, K., 2003. Hubungan genetik murbei Jepang dan India ( Morus
spp.) genotipe yang terungkap melalui sidik jari DNA. Plant Syst. Evol., Doi: 10 1007 / s00606-003-0078-7.

Vijayan, K., Kar, PK, Tikader, A., Srivastava, PP, Awasthi, AK, Thangavelu, K.,
Saratchandra, B., 2004. Evaluasi molekuler variabilitas genetik pada populasi murbei liar ( Morus serrata Roxb.).

Jenis Tanaman. 123, 568–572.

Vijayan, K., Awasthi, AK, Srivastava, PP, Saratchandra, B., 2004a. Analisis genetik ysis dari
varietas murbei India melalui penanda molekuler. Hereditas 141, 8–14.

Vijayan, K., Tidaker, A., Kar, PK, Srivatava, Aswathi, AK, Thangavelu, K., Saratchan-dra,
2006. Pengkajian hubungan genetik antara liar dan budidaya
 D. Kalpana dkk. / Scientia Horticulturae 134 (2012) 79–87

murbei ( Morus) spesies menggunakan penanda berbasis PCR. Genet. Resour. Tanaman Evol. Zhao, W., Wang, Y., Chen, T., Jia, G., Wang, X., Qi, J., Pang, Y., Wang, S., Li, Z., Huang, Y.,
53, 873–882. Pan, Y., Yang, YH, 2007a. Struktur genetik mulberry dari ekotipe yang berbeda diungkapkan oleh ISSRs di Cina:

Wunsch, A., Hormaza, JI, 2002. Identifikasi kultivar dan sidik jari genetik
spesies pohon buah beriklim sedang menggunakan penanda DNA. Euphytica 125, 59–67. Yonemoto, Y.,
Chowdhury, AK, Kato, H., Macha, MM, 2006. Identifikasi kultivar
dan hubungan genetik mereka dalam Dimocarpus longan subspesies berdasarkan penanda RAPD. Sci. Hort.
109, 147–152.
implikasi untuk konservasi varietas murbei lokal. Sci. Hort. 115, 47–55.
Zhao, W., Tingting, C., Yang, Y., Le, PY, 2007b. Analisis awal aseksual
variabilitas genetik pada mulberry seperti yang diungkapkan oleh penanda ISSR. Int. J. Agric. Biol. 9 (6), 928–930.