Urutan Sinyal (Signal sequence)

Beberapa dari segmen panjang DNA kromosom yang membawa kelompok segmen dari
gen V, gen D, dan gen tikus serta manusia telah diurutkan. Sekuens dari pasangan nukleotida
menunjukkan adanya gen V-J, V-D, dan D-J yang bergabung dengan sinyal. Urutan dari sinyal
yang sama dapat ditemukan di dekat semua segmen gen V. Selain itu, semua segmen gen J juga
memiliki urutan sinyal yang identik dan terletak dekat dengan urutan pengkodeannya. Akan
tetapi, urutan sinyal tersebut berbeda dengan urutan yang berdekatan dengan segmen gen V.
Urutan sinyal yang berdekatan juga terdapat pada segmen gen D dan C. Urutan sinyal yang
mengontrol gen V-J, V-D, dan D-J kemudian bergabung dengan 7 pasangan basa (heptamer) dan
urutan panjang dengan 9 pasangan basa (nonamer). Urutan dari heptamer dan nonamer terletak
setelah segmen gen V dan gen yang saling melengkapi terletak sebelum segmen gen V.
Urutan dari sinyal tersebut berpotensi dalam membentuk struktur “batang dan lingkaran”,
sehingga akan membawa segmen gen V untuk bergabung ke dalam penjajaran. Penggabungan
tersebut hanya terjadi ketika satu urutan sinyal terdiri dari 12 pasangan basa dan yang lainnya
terdiri dari 22 pasangan basa. Urutan sinyal yang sama akan mengontrol VH-D dan D-JH yang
bergabung, sedangkan urutan sinyal yang berbeda akan menengahi peralihan kelas.

Variable Joining & Somatic Mutation

 Gambar 1. Penggunaan Situs Alternatif Penggabungan Segmen Gen V dan J pada Tikus
(Gardner, 1991).

Selama penggabungan segmen gen VK41 dan J5’, peristiwa rekombinasi terjadi di antara
empat posisi nukleotida yang berdekatan dengan lokasi persimpangan. Peristiwa rekombinasi
tersebut menghasilkan 4 urutan nukleotida yang berbeda yang menyandikan 3 asam amino
berbeda pada posisi ke 96 dalam rantai cahaya kappa tikus. Asam amino 96 yang terjadi pada
daerah rantai antibodi yang terlibat dalam pengikatan antigen menyebabkan peristiwa
penyambungan V-J yang bergantian jenis tidak diragukan lagi untuk berkontribusi secara
signifikan terhadap keragaman besar spesifisitas antibodi yang diamati pada vertebrata.
Penggunaan dari situs alternatif tersebut akan memberikan mekanisme tambahan untuk
menghasilkan antibodi yang beragam.
Selain itu, terdapat mekanisme lain yang terlibat dalam pembentukan keragaman
antibodi. Mekanisme ini digunakan dengan membandingkan urutan pasangan nukleotida dari gen
yang diekspresikan dengan urutan segmen gen garis germ dan urutan asam amino yang
sebenarnya berasal dari rantai antibodi. Pada dasarnya, semua perubahan dihasilkan dari
substitusi pasangan nukleotida tunggal. Substitusi tersebut dapat mewakili 1-2% pasangan
nukleotida dari segmen gen yang berperan dalam mengkode daerah variabel antibodi. Substitusi
dari pasangan nukleotida ini terjadi oleh beberapa mekanisme mutasi somatik yang dibatasi pada
sekuens DNA yang mengkode berbagai kreglon rantai antibodi. Proses tersebut dinamakan
sebagai mutasi somatik karena perubahan dalam segmen variabel gen antibodi terjadi dalam
frekuensi yang tinggi. Hipermutasi somatik dapat bermanfaat bagi organisme jika berasal dari
daerah gen antibodi yang menyandikan situs pengikatan antigen.
Fusi dari suatu segmen gen antibodi menyediakan sejumlah besar keragaman antibodi.
Keragaman antibodi tersebut dapat dihasilkan melalui 2 cara yaitu dengan adanya mutasi
somatik dan variabilitas di situs di maana terjadi peristiwa penggabungan V-J, V-D, dan D-I.
Jumlah dari keragaman antibodi nampaknya tidak terbatas.
Setiap gen LH-VH mengandung promotor hulu. Namun, sebelum peristiwa penataan ulang
genom yang mengarah pada sintesis rantai berat, penambah ini berjarak lebih dari 100.000
pasangan nukleotida dari promotor LH-VH terdekat. Penambahan ini tidak dapat mengaktifkan
transkripsi dari promotor yang berada sangat jauh. Namun, peristiwa penataan ulang yang
terjadi selama diferensiasi sel B dapat memindahkan promotor segmen gen L H-VH terdekat ke
vithin yang kurang dari 2000 pasangan nukleotida dari enhancer. Enhancer tersebut dapat
mengaktifkan transkripsi dari promotor yang terletak pada aliran atas dari segmen gen LH-VH.
Proses aktivasi memerlukan adanya faktor pengaktif transkripsi yang disintesis dalam limfosit,
tetapi tidak pada jenis sel lain. Pergerakan dari promotor gen antiodi dalam kisaran pengaruh
peningkat spesifik jaringan merupakan suatu mekanisme umum dari aktivasi gen antibodi selama
peristiwa diferensiasi limfosit B.

Clonal Selection
Semua antibodi yang dihasilkan oleh sel limfosit B tunggal akan memiliki pengikatan
antigen yang sama dengan sifat khusus. Namun, sel-sel yang berbeda dari limfosit B akan
mengalami pembiakan genom yang berbeda pula dan mengarah pada produksi antibodi dengan
spesifisitas yang berbeda. Oleh karena itu, pada manusia dan tikus akan menghasilkan berbagai
macam antibodi oleh populasi limfosit B. Teori Clonal Selection menyatakan bahwa pengikatan
antigen asing tertentu ke dalam antibodi pada permukaan limfosit B akan merangsang sel
tersebut untuk membelah, dan menghasilkan sejumlah besar limfosit B khusus sehingga antibodi
khusus dapat mengenali antigen asing.
Setiap limfosit B hanya dapat membuat satu jenis antibodi. Sel mamalia merupakan sel
diploid yang membawa dua set kode informasi genetik untuk setiap rantai antibodi. Hanya
terdapat satu produk penataan ulang genom dari urutan pengkodean rantai ringan dan satu
penataan ulang genom yang produktif dari urutan pengkodean rantai berat terjadi pada setiap
limfosit B. Peristiwa tersebut dinamakan alellic ex-clusion karena sa;ah satu dari alel
dikecualikan dari pengekspresian.

Gambar 2. Diagram Clonal Selection (Gardner, 1991).

T cell receptor
Sel T dapat mengenali antigen di permukaan sel dan dapat membunuh sel yang
membawa antigen tersebut seperti pada limfosit B. Oleh karena itu, respon dari sel T juga
menujukkan tingkat spesifisitas yang fenomenal. Sel T menghasilkan reseptor yang terikat
membran dan sangat mirip dengan antibodi yang dihasilkan oleh limfosit B. Sel T harus secara
bersamaan untuk mengenali antigen yang akan menganggu permukaan sel. Protein pada
permukaan sel kedua yang harus dikenali oleh sel T merupakan salah satu produk dari banyak
gen dalam kompleks bistokompatibilitas utama (MHC). Lokus MHC akan mengkodekan
sekelompok protein kompleks yang terdapat pas semua sel dalam tubuh manusia. Reseptor sel T
terdiri dari dua rantai polipeptida yaitu α dan ß. Setiap rantai tersebut dikodekan oleh gen L-V,
segmen gen D, J, dan C. Reseptor sel T memiliki daerah variabel yang membentuk situs
pengikatan antigen dan daerah konstan yang dapat mengikat reseptor pada permukaan sel. Pada
manusia, cluster segmen gen α dan ß masing-masing terletak pada kromosom 14 dan 7.
Rangkaian dari sinyal heptamer dan nonamer yang mirip dengan yang megontrol penyusunan
ulang gen antibodi juga terdapat dilokasi yang pada dasarnya sama dalam kelompok gen reseptor
sel T. Sel limfosit T memiliki beberapa tipe yang berbeda dan memiliki peran masing-masing
dalam proses respon imun seluler.
Gambar 3. a) struktur reseptor sel T di membran sel, b) daerah dari protein reseptor α dan ß yang
dibungkus oleh gen L-V, D, J, dan C (Gardner, 1991).
Pertanyaan :
1. Bagaimana peranan dari peristiwa signal sequence? (Siti Widyawati)
Jawab :
Urutan dari sinyal tersebut berperan dalam membentuk struktur “batang dan lingkaran”,
sehingga akan membawa segmen gen V untuk bergabung ke dalam penjajaran.
Penggabungan tersebut hanya terjadi ketika satu urutan sinyal terdiri dari 12 pasangan
basa dan yang lainnya terdiri dari 22 pasangan basa. Urutan sinyal yang sama akan
mengontrol VH-D dan D-JH yang bergabung, sedangkan urutan sinyal yang berbeda akan
menengahi peralihan kelas.

Sumber :
Gardner E J, Simmons M J and Snustad D P. 1991. Principles of Genetic. Eight
Edition. John Wiley and Sons, Inc. Ca nada. 649pp. IRRI. 1997. Hybrid Rice
Breeding Manual. Inte rnational Rice Research Institute. Los Banos.
Philippines. 151p.

2. Sebut dan jelaskan mekanisme yang dapat menghasilkan berbagai macam antibodi! (Siti
Widyawati)
Jawab :
a. Peristiwa rekombinasi : peristiwa rekombinasi terjadi di antara empat posisi
nukleotida yang berdekatan dengan lokasi persimpangan. Peristiwa rekombinasi
tersebut menghasilkan 4 urutan nukleotida yang berbeda yang menyandikan 3 asam
amino berbeda pada posisi ke 96 dalam rantai cahaya kappa tikus. Asam amino 96
yang terjadi pada daerah rantai antibodi yang terlibat dalam pengikatan antigen
menyebabkan peristiwa penyambungan V-J yang bergantian jenis tidak diragukan
lagi untuk berkontribusi secara signifikan terhadap keragaman besar spesifisitas
antibodi yang diamati pada vertebrata. Penggunaan dari situs alternatif tersebut akan
memberikan mekanisme tambahan untuk menghasilkan antibodi yang beragam.
b. Substitusi : mekanisme ini digunakan dengan membandingkan urutan pasangan
nukleotida dari gen yang diekspresikan dengan urutan segmen gen garis germ dan
urutan asam amino yang sebenarnya berasal dari rantai antibodi. Pada dasarnya,
 semua perubahan dihasilkan dari substitusi pasangan nukleotida tunggal. Substitusi
tersebut dapat mewakili 1-2% pasangan nukleotida dari segmen gen yang berperan
dalam mengkode daerah variabel antibodi. Substitusi dari pasangan nukleotida ini
terjadi oleh beberapa mekanisme mutasi somatik yang dibatasi pada sekuens DNA
yang mengkode berbagai kreglon rantai antibodi. Proses tersebut dinamakan sebagai
mutasi somatik karena perubahan dalam segmen variabel gen antibodi terjadi dalam
frekuensi yang tinggi. Hipermutasi somatik dapat bermanfaat bagi organisme jika
berasal dari daerah gen antibodi yang menyandikan situs pengikatan antigen.

Sumber :
Gardner E J, Simmons M J and Snustad D P. 1991. Principles of Genetic. Eight
Edition. John Wiley and Sons, Inc. Ca nada. 649pp. IRRI. 1997. Hybrid Rice
Breeding Manual. Inte rnational Rice Research Institute. Los Banos.
Philippines. 151p.