LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

“Isolasi DNA”

Disusun Oleh

Nama : Nur Fabillah Isnaini

NIM : 205040207111057
Kelas :F
Asisten : Yani Kurniawan

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2021
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
DNA atau Deoxyribonucleic acid merupakan senyawa kimia yang berperan
penting dalam makhluk hidup. DNA merupakan senyawa yang mengandung
informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi berikutnya.
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan memiliki
fungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan
secara seluler. DNA terletak pada nukleus, mitokondria, dan kloroplas. DNA
mempunyai bentuk struktur double helix atau untaian ganda yang mengandung
komponen-komponen gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan
basa.
Isolasi DNA merupakan suatu langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.
DNA dapat diisolasi baik pada manusia maupun tumbuhan. Pada umumnya,
tahapan untuk isolasi DNA dapat diawali dari tahap lisis, sentrifugasi 1,
ekstraksi, purifikasi, sentrifugasi 2, dan presipitasi. Setelah DNA mengalami
isolasi, maka DNA isolasi tersebut dapat digunakan untuk menganalisis kode
genetik yang diperlukan forensik. Namun, pada praktikum ini, isolasi DNA
digunakan untuk mengetahui kode genetik tanaman yang bertujuan untuk
memperbaiki sifat tanaman. Oleh karena itu, laporan ini dibuat agar praktikan
dapat memahami mengenai isolasi DNA.
1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari dilakukannya praktikum ini yaitu:
1. Mengetahui definisi asam nukleat
2. Mengetahui definisi isolasi DNA
3. Mengetahui struktur DNA beserta fungsinya
4. Mengetahui tahapan isolasi DNA
5. Mengetahui manfaat isolasi DNA dalam bidang pertanian
1.3 Manfaat
Adapun manfaat dari dilakukannya praktikum ini yaitu:
1. Mahasiswa dapat mengetahui dan memahami definisi asam nukleat
2. Mahasiswa dapat mengetahui dan memahami definisi isolasi DNA
3. Mahasiswa dapat mengetahui dan memahami struktur DNA beserta
fungsinya
4. Mahasiswa dapat mengetahui dan memahami tahapan isolasi DNA
5. Mahasiswa dapat mengetahui dan memahami manfaat dari isolasi DNA
dalam bidang pertanian
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Definisi Asam Nukleat
Menurut Rahmadina (2019) asam nukleat adalah biopolimer yang memiliki
bobot molekul tinggi dengan unit monomer yaitu mononukleotida. Asam
nukleat terletak di semua sel hidup dan berfungsi untuk menyimpan dan
mentransfer genetik yang kemudian diterjemahkan untuk keperluan sintesis
protein yang khas bagi masing-masing sel.
Menurut pendapat Usmar et al (2017) asam nukleat adalah makromolekul
kompleks dan disusun oleh rantai nukleotida yang mengandung informasi
genetik dari suatu makhluk hidup.
According to Adams et al (2013) nucleic acids are polymers made up of
hundreds, thousands, pr millions of nucleotides coupled together by
phosphodiester linkages. Nucleic acids are biological macromolecules
composed of nitrogenous bases, pentose groups, and phosphates. Berdasarkan
pernyataan yang dikemukakan oleh adams et al (2013) dapat dinyatakan bahwa
asam nukleat adalah polimer yang terdiri dari ratusan, ribuan, atau jutaan
nukleotida yang digabungkan oleh hubungan fosfodiester. Asam nukleat
merupakan makromolekul biologis yang tersusun dari basa nitrogen, gugus
pentosa, dan fosfat.
2.2 Definisi Isolasi DNA
Isolasi DNA merupakan teknik dasar dari bioteknologi dan biomolekuler
yang bertujuan untuk memisahkan DNA dari partikel lainnya seperti lipid,
protein, polisakarida, dan zat lainnya. Isolasi DNA berguna untuk menganalisis
molekuler dan rekayasa genetika seperti genom editing, transformasi, dan PCR
(Hariyadi et al, 2018).
According to Gupta (2019) DNA extraction (DNA isolation) is a method to
purify DNA by using physical and/or chemical methods from a sample
separating DNA from cell membranes, proteins, and other cellular components.
Berdasarkan pernyataan Gupta (2019) dapat diartikan bahwa ekstraksi DNA
(isolasi DNA) adalah suatu metode untuk memurnikan DNA dengan
menggunakan metode fisik dan/atau kimiawi dari suatu sampel yang
 memisahkan DNA dari membran sel, protein, dan komponen seluler lainnya.
2.3 Struktur DNA beserta Fungsinya
Menurut Kusuma (2010) struktur DNA terdiri dari tiga struktur. Struktur-
struktur tersebut adalah sebagai berikut:
1. Struktur Primer
DNA tersusun atas monomer-monomer nukleotida. Setiap
nukleotida terdiri dari satu basa nitrogen yang berupa senyawa purin atau
pirimidin, satu gula pentosa (2-deoksi-D-ribosa) dalam bentuk furanosa
dan satu molekul fosfat. Penulisan untuk urutan basa dimulai dari kiri yaitu
ujung 5’ bebas menuju ujung gugus 3’ (5’ 3’).
2. Struktur Sekunder
DNA memiliki salah satu sifat yang dapat menentukan fungsinya
sebagai pembawa informasi genetik berupa komposisi basa penyusun.
Pada tahun 1953, James D. Waton dan Francis H.C. Crick berhasil
menguraikan struktur sekunder DNA yang berbentuk helix ganda melalui
pola difraksi sinar X dan membangun model struktur. Helix ganda tersebut
tersusun dari dua untai polinukleotida secara antiparalel dengan arah yang
saling berlawanan (5’ 3’) lalu berputar ke kanan dan melingkari suatu
sumbu. Unit gula fosfat terletak di luar molekul DNA dengan basa-basa
komplementer yang berpasangan di dalam molekul. Ikatan hidrogen di
antara pasangan basa memegangi kedua untai helix ganda tersebut. Lalu,
kedua untai melingkar, sehingga keduanya tidak dapat dipisahkan kembali
apabila masing-masing putaran untai dibuka.

Gambar 1: (a) Struktur Primer DNA, (b) Struktur Sekunder DNA

 Jarak di antara kedua untai hanya dapat memasangkan basa purin
dengan basa pirimidin. Adenin berpasangan dengan timin lalu membentuk
dua ikatan hidrogen. Sedangkan guanin berpasangan dengan sitosin lalu
membentuk tiga ikatan hidrogen.
Dua ikatan glikosidik yang mengikat pasangan basa pada cincin
gula, maka tidak dapat berhadapan secara persis. Oleh sebab itu, jarak
antara unit-unit gula fosfat yang berhadapan sepanjang helix ganda tidak
sama dan membentuk celah yang berbeda yaitu celah mayor dan celah
minor.
3. Struktur Tersier
Kebanyakan dari DNA virus dan DNA mitokondria adalah molekul
lingkar. Hal ini terjadi karena kedua untai polinukleotida membentuk
struktur tertutup yang tidak berujun. Molekul DNA lingkar tertutup yang
diisolasi dari bakteri, virus, dan mitokondria umumnya memiliki bentuk
superkoil. Selain itu, DNA juga memiliki bentuk molekul linier dengan
ujung-ujung rantai yang bebas.

Gambar 2: (a) Konformasi DNA Sirkular, (b) Konformasi DNA Linear

2.4 Tahapan Isolasi DNA
Menurut Faatih (2009), tahapan terjadinya isolasi DNA adalah sebagai berikut:
a. Lisis
Lisis merupakan suatu proses pemecahan dinding dan membran sel
pada proses awal dari isolasi DNA yang bertujuan untuk mengeluarkan isi
sel.
b. Sentrifugasi 1
Sentrifugasi 1 merupakan proses pemisahan hasil lisis seperti,
dinding sel dari DNA dengan kecepatan tertentu.
c. Ekstraksi
Ekstraksi merupakan suatu proses pengekstrasian yang memisahkan
 material DNA dari protein, lipid, dan bagian lainnya yang tidak
dibutuhkan dalam isolasi DNA bertujuan untuk mendapatkan ekstrak.
d. Purifikasi
Proses purifikasi bertujuan untuk memurnikan DNA dari
kontaminan seperti senyawa sekunder yaitu fenol, agar hasil ekstraksi dari
zat-zat lainnya dapat menjadi bersih.
e. Sentrifugasi 2
Proses sentrifugasi 2 dilakukan dengan memisahkan senyawa DNA
dari sisa material dengan kecepatan tertentu.
f. Presipitasi
Presipitasi merupakan suatu proses pengumpulan DNA karena
terkondensasi polimer. DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari residu
RNA dan protein yang masih tersisa. Tahap ini dilakukan dengan
meneteskan larutan presipitasi protein lalu divortex yang bertujuan agar
dapat menghomogenkan larutan.
2.5 Manfaat Isolasi DNA dalam Bidang Pertanian
Manfaat isolasi DNA dalam bidang pertanian yaitu, dapat membuat
tanaman menjadi tahan terhadap cuaca, dapat merekayasa biji untuk
mereproduksi protein, dan lain-lain. Selain itu, menurut Arumningtyas (2011)
manfaat isolasi DNA dalam bidang pertanian juga dapat memvisualisasi DNA
dengan elektroforesis gel, dapat meninjau pola fragmen DNA hasil
pemotongan secara enzimatik melalui teknik hibridisasi southern, isolasi DNA
genomik dalam rangka pembuatan pustaka genomik, dan dapat mengisolasi
DNA fage dalam prosedur rutin peminakan DNA.
 BAB III
METODOLOGI
3.1 Alat dan Bahan
a. Alat
No Alat Fungsi
1. Mortal dan Pistil Menghaluskan spesimen
pengamatan
2. Beaker glass Wadah larutan
3. Pipet tetes Mengambil larutan
4. Saringan Untuk menyaring
5. Gelas ukur Mengukur larutan

b. Bahan
No Bahan Fungsi
1. Brokoli Spesimen pengamatan
2. Deterjen bubuk Memecahkan dinding sel
3. Garam Mengendapkan DNA
4. Alkohol 96% Memurnikan DNA

3.2 Cara Kerja

Siapkan Alat dan Bahan

Menimbang brokoli sebanyak 5

gram dan diulang sebanyak 3 kali

Menghaluskan brokoli sampai halus

dengan mortal dan pistil

Menambahkan brokoli dengan aquades

sebanyak 50 mL, lakukan pada masing-
masing ulangan dan dihomogenkan
 Tandai gelas dengan perlakuan A, B, dan C

Menimbang garam 0,5 gram sebanyak 1 kali

ulangan dan menimbang garam 1 gram sebanyak
2 ulangan

Menimbang deterjen 0,5 gram sebanyak 1 kali

ulangan dan menimbang deterjen 1 gram sebanyak 2
ulangan

Campurkan komposisi gelas A: 0,5 gram garam dan 1 gram

deterjen, gelas B: 1 gram garam dan 1 gram deterjen, gelas
C: 1 gram garam dan 0,5 gram deterjen dan dihomogenkan

Menyaring tiap perlakuan dan dimasukkan ke dalam

wadah lain

Ambil 2,5 mL tiap larutan dan memasukkannya ke

dalam tabung reaksi yang berbeda sesuai perlakuan A,
B, dan C

Mengambil 5 mL alkohol dan dimasukkan ke dalam

masing-masing tabung reaksi

3.3 Analisa Perlakuan

Praktikum kali ini tahap awal yang harus dilakukan adalah dengan
menyiapkan alat dan bahan. Setelah itu, menimbang brokoli sebanyak 5 gr dan
diulang sebanyak 3 kali. Kemudian, haluskan brokoli dengan menggunakan
mortal dan pistil agar mudah dijadikan larutan. Lalu, tambahkan brokoli
dengan aquades sebanyak 50 mL pada tiap larutan dan lakukan pada masing-
masing ulangan, kemudian dihomogenkan. Setelah itu, tandai tipa gelas dengan
perlakuan A, B, dan C agar memudahkan dalam pembedaan. Kemudian,
menimbang garam sebanyak 0,5 gr setiap 1 kali ulangan dan 1 gr sebanyak 2
kali ulangan. Selain itu, menimbang deterjen 0,5 gr sebanyak 1 kali ulangan
dan 1 gr sebanyak 2 kali ulangan untuk dimasukkan ke tiap perlakuan. Lalu,
campurkan komposisi gelas A: 0,5 gram garam dan 1 gram deterjen, gelas B:
1 gram garam dan 1 gram deterjen, gelas C: 1 gram garam dan 0,5 gram
deterjen dan dihomogenkan.setelah itu, saring tiap larutan untuk mendapatkan
larutan tanpa ampas brokoli. Kemudian, tiap perlakuan larutan diambil 2,5 mL
dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang berbeda sesuai perlakuan A, B,
dan C. Lalu, yang terakhir yaitu mengambil 5 mL alkohol dan dimasukkan ke
dalam masing-masing tabung reaksi untuk disterilkan.
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil dan Pengamatan
No Perlakuan (Garam : Detergen) Banyaknya Gumpalan
1 0,5 : 1 Sedang
2 1:1 Banyak
3 1 : 0,5 Sedikit

4.2 Pembahasan
Dari data hasil praktikum tersebut, didapatkan bahwa tabung reaksi A yang
diberi perlakuan pemberian garam sebanyak 0,5 gr dan detergen sebanyak 1 gr
menghasilkan gumpalan yang sedang, sedangkan pada tabung B yang diberi
perlakuan pemberian garam dan detergen sebanyak 1 gr menghasilkan
gumpalan yang banyak, selain itu, pada tabung C yang diberi perlakuan
pemberian garam sebanyak 1 gr dan detergen sebanyak 0,5 gr menghasilkan
gumpalan yang sedikit. Maka, dapat dilihat bahwa semakin tinggi konsentrasi
garam dan detergen yang dimasukkan, semakin banyak pula gumpalan yang
akan dihasilkan. Terutama pada konsentrasi detergen yang tinggi akan
meningkatkan hasil penggumpalan larutan pada brokoli.
Hal ini didukung oleh pernyataan Yulianti (2006) yang menyatakan bahwa
detergen mengandung EDTA (Ethylenediaminetetraacetic acid) yang berguna
untuk cheating agents. Detergen juga mengandung hydranate yang mengikat
protein dan memisahkannya dari DNA dengan kekuatan ionik. Oleh karena itu,
bahan ini akan memisahkan protein dari DNA dan dapat melindungi DNA dari
kerusakan. Garam dibutuhkan untuk menjaga struktur molekul DNA dan
mengurangi jumlah air serta dapat membantu deproteinisasi. Selain itu,
menurut pernyataan Sirait et al (2018) yang menyatakan bahwa penambahan
untuk detergen dan garam sangat digunakan untuk buffer lisis sel, buffer
berperan dalam pelisisan sel yang dapat menghilangkan polisakarida.
 BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan memiliki
fungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan
secara seluler. DNA terletak pada nukleus, mitokondria, dan kloroplas. DNA
mempunyai bentuk struktur double helix atau untaian ganda yang mengandung
komponen-komponen gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan
basa.
Isolasi DNA merupakan suatu langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.
DNA dapat diisolasi baik pada manusia maupun tumbuhan. Pada umumnya,
tahapan untuk isolasi DNA dapat diawali dari tahap lisis, sentrifugasi 1,
ekstraksi, purifikasi, sentrifugasi 2, dan presipitasi.
Dari data hasil praktikum, dapat dilihat bahwa semakin tinggi konsentrasi
garam dan detergen yang dimasukkan, semakin banyak pula gumpalan yang
akan dihasilkan. Terutama pada konsentrasi detergen yang tinggi akan
meningkatkan hasil penggumpalan larutan pada brokoli. Hal ini karena
detergen mengandung EDTA (Ethylenediaminetetraacetic acid) yang berguna
untuk cheating agents. Selain itu,detergen juga mengandung hydranate yang
mengikat protein dan memisahkannya dari DNA dengan kekuatan ionik. Oleh
karena itu, bahan ini akan memisahkan protein dari DNA dan dapat melindungi
DNA dari kerusakan. Garam dibutuhkan untuk menjaga struktur molekul DNA
dan mengurangi jumlah air serta dapat membantu deproteinisasi. penambahan
untuk detergen dan garam sangat digunakan untuk buffer lisis sel, buffer
berperan dalam pelisisan sel yang dapat menghilangkan polisakarida.
5.2 Saran
Tidak ada saran dalam kegiatan praktikum kali ini. Kegiatan praktikum
dapat berjalan dengan lancar.
 DAFTAR PUSTAKA
Adams, R. L. P., Knowler, J. T., dan Leader, D. P. (2013). The Biochemistry of The
Nucleic Acids. Hongkong: Springer Science+Business Media, B.V.
Arumningtyas, E. (2011). Metdoe Ekstraksi DNA pada Jathropha spp. Tanpa
menggunakan Nitrogen Cair. Jurnal Littri 22(4), 159-166.
Faatih, M. (2009). Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian Sains
dan Teknologi Vol. 10(1), 61-67.
Gupta, N. (2019). DNA Extraction and Polymerase Chain Reaction. Journal of
Cytology Vol. 36, 116-117.
Hariyadi, S., Narulita, E., dan Rais, M. A. (2018). Perbandingan Metode Lisis
Jaringan Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus
Putih (Rattus norvegicus). Proceeding Biology Education Conference
Vol.15 (1), 689-692.
Kusuma, S. A. (2010). Makalah: PCR. Universitas Padjadjaran. Fakultas Farmasi,
1-14.
Rahmadina. (2019). Modul Ajar: Biokimia dalam Kehidupan. Fakultas Sains dan
Teknologi. Universitas Islam Negeri Sumatera Utara. Medan, 41.
Sirait, R., Mahadi, I., dan Suryawati, E. (2018). Isolasi DNA Tumbuhan Lokal
Melayu Riau Sebagai Rancangan LKPD Berbasis Pendekatan Saintifik
Pada Materi Genetik SMA Kelas XII. JOM FKIP Vol. 5(2), 1-14.
Usmar., Arfiansyah, R., dan Nainu, F. (2017). Sensor Asam Nukleat Sebagai
Aktivator Imunitas Intrinsik Terhadap Patogen Intraseluler. Jurnal Farmasi
Galenika 3(2), 174-190.
Yulianti, E. (2006). Pengembangan Teknik Isolasi DNA Tumbuhan Menggunakan
Detergen Komersial. Seminar Nasional MIPA 2006, 72-85.
LAMPIRAN