1.

Berdasarkan kasus mutasi varian baru virus Covid 19, bukti evolusi apakah yang
dapat dipakai bahwa nenek moyang virus covid 19 tersebut mengalami evolusi?
Jelaskan.

2. Secara garis besar, jelaskan kemungkinan jenis mutasi yang terjadi pada virus
covid 19 varian baru tersebut. Jelaskan. 

1. Telah banyak bukti yang mendukung adanya evolusi pada virus COVID-19, salah
satunya adalah adanya lonjakan tingkat transmisi yang tinggi dengan waktu yang
lebih singkat dari biasanya (Oosterhout et al., 2021). bukti sekarang ini diketahui
varian baru B.1.1.7 dengan daya transmisi meningkat sekitar 36-75% (WHO, 2021).
Varian ini memiliki interaksi yang lebih baik dengan sel inang reseptor yang
mengakibatkan laju peningkatan penularan lebih tinggi dibandingkan dengan garis
keturunan virus COVID-19 sebelumnya. Selain varian ini juga ditemukan varian baru
lain seperti B.1.351 (1,5 kali lebih menular), B.1.1.28., dan N439K yang diperkirakan
memiliki tingkat infeksi yang lebih parah dan resisten terhadap beberapa antibodi
monoklonal. Varian-varian COVID-19 melibatkan mutasi genetik dari protein
lonjakan (spike protein) yang berbeda sehingga mempengaruhi efektifitas vaksin
COVID-19 sekarang ini. Hal ini cukup membuktikan adanya evolusi dari virus
COVID-19 (WHO, 2021; Thomson et al., 2021).
2. Ditemukannya varian baru Covid-19 dapat disebabkan beberapa kemungkinan.
kemungkinan pertama, yaitu terjadi mutasi yang mengakibatkan perubahan serta
fungsi protein sehingga virus menjadi lebih banyak menular, meningkatkan
keparahan penyakit atau mempengaruhi kemanjuran diagnostik, terapeutik atau
vaksin. Mutasi merupakan cara normal bagi virus berevolusi. Evolusi ini juga
didukung oleh banyak keadaan dimana semakin banyak infeksi dalam suatu
populasi kemungkinan virus bermutasi juga meningkat seiring sifat alamiah virus
yang ingin bertahan hidup. Begitu juga mutasi virus dapat didorong karena adanya
respon dari paparan antibiotik, paparan suhu di daerah tertentu sehingga sifat
mereka yang semakin adaptif. jenis mutasi yang mungkin terjadi yaitu, mutasi
missense, menurut Teng et al (2021),ditemukan varian missense virus yang
diidentifikasi secara eksperimental telah terjadi di 325 posisi (25,5%) dari total 1273
asam amino SARS-Cov-2 protein S panjang penuh. Sehingga mutasi virus ini
memiliki efek kuat dan 11,8% mutasi memiliki destabilisasi sedang efek pada protein
S. Kemudian dimungkinkan mutasi delesi, diketahui 69-70 mutasi delesi terjadi
setelah mutasi RBM dan kemudian dipertahankan di semua varian berikutnya.
Mutasi delesi ini yg terjadi seiring mutasi pada RBM virus akan memungkinkan
peningkatan penularan yang lebih tinggi lagi (Thomson et al., 2021). Selain mutasi,
kemungkinan Kedua yaitu varian-varian virus COVID-19 mungkin sejak awal
memang sudah ada, namun baru meningkat jumlahnya karena kondisi lingkungan
yang mendukung. Contohnya varian N439K yang diperkirakan memiliki gen yang
mengekpresikan resisten terhadap antibodi,dimana gen ini tidak dimiliki oleh
keturunan yang sebelumnya (Thomson et al., 2021). Kemungkinan kedua ini sesuai
dengan teori lederberg expreriment dimana “Bakteri yang resisten penisilin sudah
ada dalam populasi mereka sebelum terpapar oleh antibiotik”.
Osterhaout, C. V., N. Hall., H. Ly., K. M. Tyler. 2021. COVID-19 evolution during the
pandemic – Implications of new SARS-CoV-2 variants on disease control and public
health policies. Virulence. Vol 12 (1).
Teng,S., A. Sobitan., R. Rhoades., D. Liu., Q. Tang. 2021. Systemic effects of
missense mutations on SARS-CoV-2 spike glycoprotein stability and receptor-
binding affinity. Briefings in Bioinformatics. Vol.22 (2)
Thomson, E. C., L.E. Rosen., J. G. Shepherd., D. Corti., D. L. Robertson., G. Snell.
2021. ArticleCirculating SARS-CoV-2 spike N439K variantsmaintain fitness while
evading antibody-mediatedimmunity. Cell. 184
WHO, 2021. An update on SARS-CoV-2 virus mutations & variants. Coronavirus
Update 47. Diakses 29 maret 2021. EPI-WIN Update47_Variants of SARS-CoV-
2.pdf[20].pdf (who.int)