Overview of Rapid Molecular NAAT

for COVID-19 Testing

Prof. Dr. Aryati, dr., MS, SpPK(K)

Ketua Umum Pengurus Pusat
Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik
(PDS PatKLIn)

Sabtu, 17 April 2021

SITUASI TERKINI

2
https://covid19.go.id/peta-sebaran-covid19 Update 15 April 2021
3
• Confirmation of a recent infection, acute and
convalescent sera must be tested using a validated
(semi) quantitative or quantitative assay.
• The first sample should be collected during the
acute phase of illness, and the second sample at
least 14 days after the initial sera was collected.
• Maximum antibody levels are expected to occur in
the 3rd/4th week after symptom onset.
• Seroconversion or a rise in antibody titres in paired
sera will help to confirm whether the infection is
recent and/or acute.
• If the initial sample tests positive, this result could
be due to a past infection that is not related to the
current illness
• Studies show that several commercial assays measuring
total Ig or IgG have performed well. Most of these
studies show no advantage of IgM over IgG, as IgM does
not appear much earlier than IgG
64
 KMK No. HK.01.07/MENKES/3602/2021
PERUBAHAN ATAS KMK NOMOR HK.01.07/MENKES/446/2021 TENTANG PENGGUNAAN RAPID
DIAGNOSTIC TEST ANTIGEN DALAM PEMERIKSAAN COVID-19

Kriteria A Kriteria B Kriteria C

Jika ada akses NAAT dan Jika ada akses NAAT tetapi pemeriksaan Jika tidak ada akses NAAT dan
pemeriksaan dapat dilakukan tidak dapat dilakukan dengan cepat pemeriksaan tidak dapat
dengan cepat (waktu pengiriman (waktu pengiriman < 24 jam DAN waktu dilakukan dengan cepat (waktu
dan waktu tunggu < 24 jam) tunggu > 24 jam) pengiriman > 24 jam DAN waktu
ATAU tunggu >48 jam)
Jika tidak ada akses NAAT tetapi
pemeriksaan dapat dilakukan dengan
cepat (waktu pengiriman >24 jam DAN
waktu tunggu ≤ 48 jam)
Pelacakan kontak NAAT Pelacakan kontak RDT-Ag Pelacakan kontak RDT-Ag
Penegakan Diagnosis NAAT Penegakan Diagnosis RDT-Ag Penegakan Diagnosis RDT-Ag
Skrining RDT-Ag Skrining RDT-Ag Skrining RDT-Ag
Konfirmasi NAAT Konfirmasi NAAT
5
NAAT (Nucleic Acid
Amplification Test)
???
 Non- Isothermal
NAAT (Nucleic Acid
Amplification Test) ? Isothermal

Sequencing
Pemeriksaan amplifikasi asam
nukleat

Mendeteksi dan mengidentifikasi

materi genetik (RNA/DNA) spesies
tertentu dari organisme patogen
(a.l. virus atau bakteri)
Yu, C.Y.; Chan, K.G.; Yean, C.Y.; Ang, G.Y., 2021
Yu, C.Y.; Chan, K.G.; Yean, C.Y.; Ang, G.Y., 2021
Perbandingan beberapa metode NAAT untuk COVID-19

Tugba Kilic, 2020 9

PCR

10
Grace Adams , 2020
RT-PCR

Meysam Rezaei, 2020

12
Target Gen

Tugba Kilic, 2020

13
 Balitbangkes menggunakan target gen N1, N2 dan RnP
(Ribonuclease P) sebagai gen kontrol internal

Indonesia
Beberapa BTKL di Indonesia menggunakan target gen yang
direkomendasikan oleh Balitbangkes, atau target gen sesuai dengan
reagen yang direkomendasikan oleh Balitbangkes dan merujuk dari
rekomendasi WHO

link pemeriksaan metode PCR yang telah mendapatkan WHO Emergency Use Listing Diagnostic In Vitro NAAT
(https://extranet.who.int/pqweb/sites/default/files/documents/210126_eul_ sars_cov2_product_list.pdf)

link pemeriksaan metode PCR yang telah mendapatkan FDA EUA Approval (https://www.fda.gov/emergency-
preparedness-andresponse/mcm-legal-regulatory-and-policy-framework/emergency-useauthorization)

Draft Panduan NAAT PDS PatKLIn, 2021 14

OPEN SYSTEM 4-8 jam

Manual Ekstraksi + master mix

PCR
Ekstraksi otomatis 15
CLOSED SYSTEM

Rapid PCR
45 Menit

qRT-PCR
3-6 Jam

16
NAAT PCR
• Tergantung insert kit alat yang
digunakan : Swab nasofaring,
Bahan swab orofaring, sputum,
pemeriksaan aspirat sal nafas bawah, BAL,
aspirat nasofaring/nasal

Penyimpanan • Tergantung insert kit alat yang

digunakan
dan Your Text Here

pengiriman You can simply impress your audience and add a unique
zing and appeal to your Presentations.

spesimen
Contoh Interpretasi NAAT PCR

Draft Panduan NAAT PDS PatKLIn, 2021

Isothermal
NAAT
 1. 3.
LAMP RPA

2. 4.
NEAR CRISPR
1. Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP)

Operating temperature:
60-65° C

Tugba Kilic, 2020

J. Kashir and A. Yaqinuddin, 2020
2. Nicking Endonuclease Amplification Reaction (NEAR)

Operating temperature : 55-59° C

Tugba Kilic, 2020

3. Recombinase Polymerase Amplification (RPA)

Operating temperature : 37-42° C

Tugba Kilic, 2020

4. Clustered Regularly Interspaced Short Polindromic Repeats (CRISPR)

Tugba Kilic, 2020

Yu, C.Y.; Chan, K.G.; Yean, C.Y.; Ang, G.Y., 2021
Yu, C.Y.; Chan, K.G.; Yean, C.Y.; Ang, G.Y., 2021
NAAT Isothermal
• Tergantung
Bahan insert kit alat
pemeriksaan yang digunakan

Penyimpanan • Tergantung
dan insert kit alat
pengiriman yang digunakan
spesimen Insert kit ID NOW Your Text Here
You can simply impress your audience and add a unique
zing and appeal to your Presentations.
Rapid Molecular NAAT / Tes Cepat
Molekuler (TCM)
Meysam Rezaei, 2020
30
POC testing enables an increased screening and detection capacity in a cost-effective
manner, which can aid a government to control the current and emerging pandemics
Meysam Rezaei, 2020 31
J. Kashir and A. Yaqinuddin, 2020
 TCM
• Tes diagnostik berbasis molekuler (PCR atau Isothermal)
yang relatif mudah dan cepat
• Tidak membutuhkan peralatan yang banyak
• Dilakukan secara otomatis sesuai petunjuk insert kit
• Kapasitas tes tergantung insert kit (biasanya tidak
banyak)→ relatif cocok untuk setting pasien yang tidak
banyak
TCM PCR

34
 TCM Isothermal

NEAR
3-15 menit

35
Meysam Rezaei, 2020 36
Meysam Rezaei, 2020 37
Yu, C.Y.; Chan, K.G.; Yean, C.Y.; Ang, G.Y., 2021 38
Yu, C.Y.; Chan, K.G.; Yean, C.Y.; Ang, G.Y., 2021 39
link alat TCM isotermal point of care berdasarkan approval dari:

- Emergency Used Listing (EUL) WHO

(https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019)

- Emergency Used Authorization (EUA) US-FDA

(https://www.fda.gov/emergency-preparedness-and-response/mcm-
legalregulatory-and-policy-framework/emergency-use-authorization)

Draft Panduan NAAT PDS PatKLIn, 2021 40

 Pertimbangan dalam memilih NAAT TCM
• Jenis spesimen
• Jumlah spesimen
• Metode
• Target gen
• Kompleksitas alat
• Instrumen dan kebutuhan peralatan penunjang
• TAT
• Performa alat (LOD, Sn, Sp, cross reactivity)
• Biaya
Kasus :
TCM Isothermal dengan target gen RT-PCR
RdRP

Px 1 Negatif (27-2-21) Positif (28-2-21)

Gen Helicase CT 37,3

Px 2 Negatif (9-3-21) Positif (10-3-21)

Gen Helicase CT 35,35 dan RdRP
36,13

Px 3 Negatif (9-3-21) Positif (9-3-21)

Gen E CT 33 dan RdRP 35,0

Px 4 Negatif (14-3-21) Positif (14-3-21)

Gen Helicase CT 36,64 dan RdRP
38,89

Px 5 Positif (6-4-2021) Negatif (6-4-2021) gen N1, N2→

Positif (7-4-2021) RdRP, E, N, S
42
ID NOW™ COVID-19
Post-Authorization Study Data
• Studi pasca otorisasi telah mengevaluasi 1,003
orang pada 2 kondisi, acute-care dan in-patient care
• Overall performance ID NOW, sensitivitas adalah
93.3% dan spesifisitas 98.4%, pada Ct<33,
sensitivitas 97.0%
• Performa ID NOW adalah sensitivitas 95.0% dan
spesifisitas 97.9% dalam tujuh hari mulai bergejala,
pada Ct<33, sensitivitas 98.4%
• Performa ID NOW adalah sensitivitas 94.6% dan
Ukuran: 20x14x19cm spesifisitas 97.6% pada orang bergejala
(simtomatik). Pada pasien Ct<33 sensitivitas 97.8%
Prinsip pemeriksaan Amplifikasi asam nukleat isothermal
(NEAR)
Target gen Deteksi gen RdRP virus SARS-CoV-2
Limit of Detection (LoD) 125 copies/mL
Hasil Test Kualitatif
Waktu pemeriksaan 5-13 menit
43
Rekomendasi FDA EUA
44
 Penting
untuk
mengetahui
informasi
dalam insert
kit masing-
masing alat

Bohn et al, 2020 45

 Tes Cepat Molekular SARS-CoV-2 Yang Beredar di Indonesia

Xpert Xpress SARS-CoV-2 Abbott ID Now POCKIT WizDxTM COVID-19

CrystalMix PCR Kit
Metode real time RT-PCR NEAR iiPCR real time RT PCR
Target Gen N2, E RdRP Orf1ab RdRP, E
LoD 0,02 PFU/mL (user manual) 125 copies/mL 3 x 104 copies/mL 10 copies/uL
250 copies/mL (Goldenberger
et al, 2020)
Batas Cut Off 45 - - 40

Waktu Preparasi - - 10 menit

Waktu Pengerjaan 45 menit 5-13 menit 1 jam 40 menit 50 menit
46
TAKE HOME MESSAGES

1. Pemeriksaan NAAT TCM COVID-19 diperlukan untuk pemeriksaan

cepat dalam tatalaksana COVID-19
2. NAAT TCM terdiri dari PCR dan Isothermal (LAMP, NEAR, RPA,
CRISPR)
3. Perlu memperhatikan kit insert masing2 NAAT TCM antara lain
metode, TAT, target gen, sensitivitas dan spesifisitas, LOD,
keterbatasan pemeriksaan
4. Pertimbangan dalam memilih NAAT TCM antara lain jenis spesimen,
jumlah spesimen, metode, target gen, kompleksitas alat, instrumen
dan kebutuhan peralatan penunjang, TAT, performa alat (LOD, SnSp
dll), biaya
47
TERIMA KASIH

48