r:i:i,:.
:,:t;r:l lf
iL:li
Peter J. Kennelly,
PERAN BIOMEDIS
Ahli ilmu faal abad ke-19 Claude Bernard mengemukakan
dasar konseptual pengaturan metabolik. Ia mengamati
bahwa makhluk hidup berespons dengan cara-can yang
sesuai secara kuantitatif dan temporer sehingga makhluk
yang bersangkutan dapat bertahan hidup dalam menghadapi
beragam tantangan yang ditimbulkan oleh perubahan
baik lingkungan eksternal maupun internalnya. lValter
Cannon kemudian mengajukan istilah "homeostasis'
untuk men.jelaskan kemampuan hewan mempertahankan
lingkungan intrasel yang konstan meskipun terjadi
perubahan lingkungan eksternalnya. Kini, kita mengetahui
bahwa organisme berespons terhadap perubahan lingkungan
eksternal dan internalnya melalui perubahan laju reaksi-reaksi
metabolik tertentu yang seimbang dan terpadu. Banyak
penyakit manusia, termasuk kanker, diabetes, fibrosis kistik,
dan penyakit Alzheimer, ditandai oleh disfungsi regulatorik
yang dipicu oleh bahan patogen atau mutasi genetik.
Sebagai contoh, banyak virus onkogenik mengeluarkan
protein-tirosin kinase yang memodifikasi
regulatorik yang mengendalikan pola ekspresi gen sehingga
ikut berperan dalam inisiasi dan progresi kanker. Toksin
Vibrio cholerae (organisme penyebab kolera) melumpuhkan
jalur-jalur peka-sensor di sel epitel usus dengan melakukan
ribosilasi ADP terhadap protein pengikat GTP (protein-G)
yang menghubungkan reseptor di permukaan sel dengan
adenilil siklase. Pengaktivan siklase ini memicu aliran air
ke dalam usus, menimbulkan diare masif dan dehidrasi.
Yersinia pestis (organisme penyebab pes) mengeluarkan suatu
protein-tirosin fosfatase yang menghidrolisis gugus fosforil
di protein-protein sitoskeleton penting. Disfungsi sistem
yang bertanggung jawab untuk menguraikan protein yang
rusak atau abnormal dipercaya berperan dalam penyakit
neurodegeneratif, seperti penyakit Alzheimer dan Parkinson.
Oleh karena itu, pengetahuan tentang faktor-faktor yang
mengendalikan laju reaksi yang dikatalisis oleh enzim sangat
penting untuk memahami dasar molekular penyakit. Bab ini
menguraikan secara garis besar pola-pola pengendalian proses
metabolik serta contoh-contohnya. Bab-bab selanjutnya
akan menyajikan contoh lain.
ilrili.tiiirff
Rodwell, PhD
PENGATURAN ATIRAN METABOTIT
DAPAT BERSIFAT AKTIF ATAU PASIF
Enzim yang telah bekerja pada laju maksimal tidak dapat
berespons terhadap peningkatan konsentrasi substrat, dan
hanya dapat berespons terhadap penurunan mendadak
konsentrasi substrat. Oleh karena itu, untuk sebagian besar
enzim, konsentrasi intrasel rata-rata substrat cenderung
mendekati nilai K sehingga perubahan konsentrasi substrat
menghasilkan perubahan yang sepadan dalam aliran
metabolit (Gambar 9-1). Respons terhadap perubahan
kadar substrat mencerminkan suatu cara penting, tetapi
pasif unttk mengoordinasikan aliran metabolit dan
mempertahankan homeostasis di sei yang inaktif, Namun,
cara ini kurang fleksibel untuk menghadapi perubahan-
perubahan lingkungan. Mekanisme yang mengatur aktivitas
enzim secara ahtif sebagai respons terhadap sinyal internal
dan eksternal akan dibahas kemudian.
Aliron Merqbolit Cenderung Berlongsung ke
proses-proses Sqtu Aroh
Meskipun konsentrasi metabolit dan kadar enzim mengalami
osilasi jangka-pendek, namun sel hidup berada dalam keadaan
tetap-dinamik (dynamic stead! state), yaitu konsentrasi rata-
tara zat antara metaboiik tetap relatif konstan dalam kurun
waktu tertentu (Gambar 9-2). Meskipun hingga tahap
tertentu semua reaksi kimia bersifat reversibel, namun di
dalam sel hidup, produk-produk reaksi berfungsi sebagai
substrat untuk-dan dikeluarkan oleh-reaksi enzimatik
lain. Oleh karena itu, banyak reaksi yang secara nominal
reversibel menjadi reaksi satu-arah. Rangkaian suksesif
berbagai reaksi metabolik ini disertai perubahan keseluruhan
energi bebas yang menguntungkan aliran metabolit satu-arah
(Bab 1 1). Arus metabolit satu-arah melaiui suatu jalur dengan
penrbahan energi bebas negatif yang secara keseluruhannya
besar, analog dengan aliran air yang melalui suatu pipa yang
salah satu ujungnya terletak lebih rendah daripada yang
lain. Tekukan atau belitan di pipa sama artinya dengan
tahap-tahap reaksi enzimatik dengan perubahan kecil energi
bebas yang negatif atau positifl, Namun, aliran air melalui
78

aVe
t*
-ts
Cambar 9-l. Respons berbeda laju suatu reaksi enzimatik AV
terhadap perubahan yang sama dalam konsentrasi substrat pada
konsentrasi substrat K. (AV^) atau jauh di atas K. (AVo).
pipa tetaplah satu arah karena secara keseluruhan terdapat
perubahan tinggi yang sesuai dengan perubahan keseiuruhan
energi bebas jalur metabolik tersebut (Gambar 9-3).
KOMPARTEMENTASI
MEMASTIKAN EFISIENSI METABOLIK
& MENYEDERHANAKAN PENGATURAN
Pada eukariot, jalur-jalur anabolik dan katabolik yang
saling bertukar produk dapat berlangsung di kompartemen
subselular tertentu. Sebagai contoh, banyak enzim yang
menguraikan protein dan polisakarida berada di dalam
organel yang disebut lisosom. Demikian juga, biosintesis
asam lemak terjadi di sitosoi, sementara oksidasi asam
lemak berlangsung di dalam mitokondria (Bab 22 dan
23). Pemisahan jalur-jalur metabolik tertentu di dalam tipe
sel khusus juga merupakan kompartementasi fisik lebih
lanjut. Selain itu, adanya satu atau leb1h zat antard khusus
memungkinkan jalur-jaiur yang tampaknya bertentangan
berada di tempat yang sama meskipun tidak terdapat
pemisah fisik. Sebagai contoh, baik glikolisis mauPun
glukoneogenesis, meskipun memiliki banyak zat art^ta
dan enzim yang sama, secara energetis menguntungkan.
Hal ini tidak mungkin terjadi irka semua reaksinya sama.
Molekul
b6sar
Nutrien
->
Gambar 9-2. Sel ideal dalam keadaan tetap. Perhatikan bahwa
aliran metabol it bersifat satu-arah.
BAB 9: ENZIM: PENGENDALIAN AKTIVITAS /79
Gambar 9-3. Analogi hidrostatik untuk suatu jalur dengan tahapi
reaksi pembatas/penentu kecepatan (rate'limiting step) (A) dan tahap
dengan nilai AC mendekati nol (B).
Jika salah satu jaiur lebih menguntungkan dari segi energi,
yang satunya akan disertai perubahan energi bebas AG yang
besarnya sama, tetapi tandanya berlawanan. Spontanitas
simultan kedua jalur terjadi akibat digantikannya satu atau
lebih reaksi oleh reaksi berbeda yang secara termodinamis
lebih menguntungkan dalam arah y^flg berlawanan.
Enzim glikolidk fosfofruktokinase (Bab 18) diganti oleh
enzim glukoneogenik fruktosa-1,6-bisfosfatase (Bab 20).
Kemampuan enzim membedakan koenzim yang secara
struktural mirip NAD. dan NADP' juga merupakan suatu
bentuk kompartementasi karena dengan kemampuan ini
enzim dapat memisahkan elektron NADH yang ditakdirkan
untuk menghasilkan ATP dari eiektron NADPH yang ikut
serta daiam tahap-tahap reduksi di banyak jalur biosintesis.
Pengendolion Suotu Enzim
yong Mengololisis Reoksi
Pembotqs-Kecepoton okqn Mengotur
Keseluruhqn Jolur Merobolik
Sementara aliran metabolit melal"ri jalur-jalur metabolik
melibatkan katalisis oleh banyak enzim, namun kontrol aktif
homeostasis dicapai oleh pengaturan sebagian kecil enzim.
Enzim yang ideal untuk intervensi regulatorik adalah enzim
yang efisiensi katalitik atau kuantitasnya menentukan bahwa
reaksi yang dikatalisis akan relatif lebih lambat dibandingkan
semua reaksi lain dalam 1afur yang bersangkutan. Oleh
karena itu, penurunan efisiensi katalitik atau jumlah katalis
untuk reaksi pembatas-kec epatan (rate-limiting reaction,
atar " bottleneck reaction") mengurangi aliran metabolit
melalui seluruh jalur. Sebaliknya, peningkatan jumlah atau
efisiensi katalitik meningkatkan aliran melaiui jalur yang
bersangkutan secara keseluruhan. Sebagai contoh, asetil-
KoA karboksilase mengatalisis pembentukan malonil-KoA,
80 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
reaksi pertama pada biosintesis asam lemak (Bab 23). Jika
sintesis malonil-KoA dihambat, reaksi-reaksi selanjutnya
pada sintesis asam lemak akan terhenti karena tidak
tersedianya substrat. Enzim yang mengatalisis reaksi-reaksi
pembatas-kecepatan berfungsi sebagai "pengatur" alami
aliran metabolik. Karena itu, enzim-enzim ini merupakan
sasaran yang efisien bagi obat untuk melakukan intervensi
regulatorik. Sebagai contoh, inhibisi oleh obat "statin"
terhadap HMG-KoA reduktase, yang mengatalisis reaksi
pembatas-kecepatan pada kolesterogenesis, menghambat
pembentukan kolesteroi.
PENGATURAN JUMLAH ENZIM
Kapasitas katalitik reaksi pembatas-kecepatan di suatu jalur
metabolik adalah hasil dari konsentrasi molekul enzim dan
efisiensi katalitik intrinsiknya. Oleh karena itu, kapasitas
katalitik dapat dipengaruhi oleh perubahan jumlah enzim
yangada dan perubahan efisiensi katalitik intrinsiknya.
Protein Secqrq Terus-Menerus Dibentuk don
Diurqikqn
Dengan mengukur laju penyerapan asam amino berlabel
15N oleh protein dan laju kehilangan 15N dari protein,
Schoenheimer menyimpulkan bahwa protein tubuh berada
dalam keadaan "keseimbangan dinamik' karena protein-
protein tersebut secara terus menerus dibentuk dan diuraikan
proses yang disebut sebagai pergantian protein
-suatu turnoaer). Sementara konsentrasi sebagian enzim
Qtrotein
dan protein pada dasarnya tetap, atau konstitutifsepanjang
waktu; konsentrasi banyak enzim lain dipengaruhi oleh
berbagai faktor fisiologis, hormon, atau makanan.
Jumlah absolut suatu enzim mencerminkan keseimbang-
an netto antara laju sintesis dan laju penguraiannya. Pada
manusia, perubahan kadar enzim tertentu dapat disebabkan
oleh perubahan konstanta laju untuk keseluruhan proses sin-
tesis (/), penguraian (*0.*), atau keduanya.
Enzim
r.( ) *""
\/
Asam Amino
Kontrol Sintesis Enzrm
Pembentukan enzim tertentu bergantung pada keberadaan
penginduksi (inducer), biasanya substrat atau senyawa serupa
yang memulai sintesis. Sebagai contoh, Escherichia coli yang
ditumbuhkan pada glukosa hanya akan mengatabolisme
laktosa setelah penambahan suatu B-galaktosida, suatu
penginduksi yang memulai sintesis p-galaktosidase dan
galaktosida permease (Gambar 38-3) . Enzim-enzim manusia
yang dapat diinduksi antara lain triptofan pirolase, treonin
dehidrase, tirosin-c-ketoglutarat aminotransferase, enzim-
enzim siklus urea, HMG-KoAreduktase, dan sitokrom P450.
Sebaliknya, keiebihan suatu metabolit dapat menghambat
pembentukan enzim terkait melalui proses represi. Baik
induksi maupun represi melibatkan elemen-elemen cis,
sekuens DNA spesifik yang terletak di sebelah hulu gen-
gen yang diatut dan protein regulatorik yang bersifat trans
(trans-acting regulatory protein). Mekanisme molekular
induksi dan represi dibahas di Bab 38. Pembentukan enzim
lain dapat dirangsang melalui pengikatannya pada reseptor
hormon spesifik di sel dan sinyal ekstrasel lainnya. Informasi
terperinci tentang pengendalian sintesis protein sebagai
respons terhadap rangsangan hormon dapat ditemukan di
Bab 42.
Konfrol Penguroion Enzim
Pada hewan, banyak protein yang diuraikan melalui jalur
proteasom ubikuitin, yang penemuannya membuat Aaron
Ciechanover, Avram Hershko, dan Irwin Roose memperoleh
Hadiah Nobel. Proteasom 265 terdiri dari lebih 30 subunit
polipeptida yang tersusun dalam bentuk suatu silinder
berongga. Bagian aktif subunit-subunit proteolitiknya
menghadap ke bagian interior silinder sehingga tidak terjadi
penguraian tak-terkendali protein-protein sel. Protein
diarahkan ke proteasom melalui proses "ubikuitinasi", yaitu
melekatnya satu atau lebih molekul ubikuitin secara kovalen.
Ubikuitin adalah suatu protein kecil (sekitar 75 residu)
yang sangat dilindungi (highly conserued)di antara berbagai
eukariot. Ubikuitinasi dikatalisis oleh suatu famili enzim
yang disebut E3 ligase yang melekatkan ubikuitin ke gugus
amino rantai-samping residu lisil.
Jalur ubikuitin-proteasom berperan dalam penguraian
terkendali protein-protein sel tertentu, misalnya siklin,
sebagai respons terhadap sinyal spesifik intra- atau ekstrasel,
maupun dalam pembersihan spesies protein yang cacat atau
abnormal. Penyebab utama selektivitas dan keserbagunaan
sistem ubikuitin-proteasom adalah adanya variasi E3 ligase
intrasel dan kemampuan sistem ini membedakan berbagai
keadaan konformasi atau fisik protein sasaran. Akibatnya,
jalur ubikuitin-proteasom dapat secara selektif menguraikan
protein yang integritas fisik dan kompetensi fungsionalnya
telah terganggu akibat hilang atau rusaknya suatu gugus
prostetik, oksidasi residu sistein atau histidin, atau deaminasi
residu asparagin atau glutamin. Pengenaian oleh enzim
proteolitik juga dapat diatur oleh modifikasi kovalen, misalnya
fosforilasi; pengikatan substrat atau efektor alosterik; atau
pengikatan pada membran, oligonukleotida, atau protein lain.
Semakin banyak bukti yang menunjukkan bahwa disfungsi

jalur ubikuitin-proteasom ikut berperan dalam penimbunan
spesies-spesies protein yang pelipatannya abnormal yang
khas pada beberapa penyakit neurodegeneratif.
TERSEDIA BANYAK PITIHAN
UNTUK MENGATUR AKTIVITAS
KATALITIK
Pada manusia, induksi pembentukan protein merupakan
suatu proses multitahap kompleks yang biasanya memeriukan
waktu berjam-jam agar terjadi perubahan bermakna kadar
enzim secara keseluruhan. Sebaliknya, perubahan efisiensi
katalitik intrinsik yang ditimbulkan oleh pengikatan ligan
(regulasi alosterik) atau oleh modifikasi kovalen dapat
mengatur aktivitas enzim dalam bilangan detik. Perubahan
kadar protein berfungsi dalam adaptasi jangka-panjang,
sedangkan perubahan efisiensi katalitik paling cocok untuk
menghadapi perubahan fluks metabolit yang cepat dan
sesaat.
EFEKTOR ATOSTERIK MENGATUR
ENZI'I/I TERTENTU
Inhibisi umpan-baiik merujuk pada inhibisi suatu enzim
di dalam suatu jalur biosintesis oleh produk akhir jalur
tersebut. Pada contoh berikut, untuk biosintesis D dari A
yang dikatalisis oleh enzim Enz, sampai Enz.,
Enz, Enz, Enz,
A-)B+C-tD
konsentrasi D yang tinggi akan menghambat pengubahan
A menjadi B. Inhibisi terjadi bukan karena "mundurnya'
zat antara tetapi karena kemampuan D mengikat dan
menghambat Enz,. D biasanya berikatan di bagian alosterik
(allosteric site) yang secara spasial terpisah dari bagian
katalitik enzim sasaran. Oleh karena itu, inhibitor umpan-
balik adalah efektor alosterik yang biasanya sedikit atau tidak
memiliki kemiripan struktural dengan substrat enzim yang
dihambatnya. Pada contoh ini, inhibitor umpan-balik D
bekerja sebagai efektor alosterik nega.tif Enz, .
Pada ;'alur biosintesis yang bercabang, reaksi-reaksi awal
ikut serta dalam membentuk beberapa produk. Gambar 9-4
memperlihatkan hipotesis suatu jaiur biosintesis bercabang;
tanda panah melengkung menunjukkan kerja inhibitor
umpan-balik pada enzim sasarannya. Rangkaian Sr+A,
Sn-B, Sr-C, dan S,+->p masing-masing mewakili
rangkaian reaksi linier yang dihambat secara umpan-balik
oleh produk-produk akhirnya. Jalur biosintesis nukleotida
(Bab 33) merupakan contoh spesifik untuk ini.
Kinetika inhibisi umpan-balik dapat bersifat kompetitif,
nonkompetitif, kompetitif parsial, atau camPuran. Inhibitor
umpan-balik yang sering merupakan molekul kecil penyusun
BAB 9: ENZIM: PENGENDALIAN AKTIVITAS /8t
t'-ffi
\,t* { -n-
s +g +r4*r { _
Cambar 9-4. Tempat-tempat inhibisi umpan-balik pada jalur
biosintetik bercabang. S,-S, adalah zat antara dalam biosintesis
produk akhir A-D. Tanda panah lurus mewakili enzim yang
mengatal isis perubahan yang ditunjukkan. Tanda panah melengkung
mewakili lengkung umpan-balik dan menunjukkan tempat-tempat
inhibisi umpan-balik oleh produk akhir tertentu.
makromolekul (mis. asam amino untuk protein, nukleotida
untuk asam nukleat), biasanya menghambat tahap pertama
rangkaian biosintesis tefientu. Contoh yang banyak diteliti
adalah inhibisi aspartat transkarbamoilase bakteri oleh CTP
(lihat bawah dan Bab 33).
Lengkung umpan-balik multipel dapat menyempur-
nakan kontrol. Sebagai contoh, seperti diPerlihatkan di
Gambar 9-5, adanya produk B yang berlebihan m€nurun-
kan kebutuhan akan substrat Sr. Namun, S, juga diperlukan
untuk membentuk A, C, dan D. Oleh karena itu, kelebihan
B seharusnya juga menghambat sintesis keempat produk
akhir. Untuk mengatasi kesulitan potensial ini, masing-ma-
sing produk akhir biasanya hanya menghambat aktivitas
katalitik secara parsial. Efek kelebihan dua atau lebih produk
akhir mungkin semata-mata aditif atau mungkin lebih be-
sar daripada efek masing-masing (inhibisi umpan-balik koo-
peratif).
Asportot Tronskorbomoilose Adqloh Suqtu
Model Enzim Aloslerik
Aspartat transkarbamoilase (ATCase), katalis untuk reaksi
pertama yang khas pada biosintesis pirimidin (Gambar
33-7), dthambat secara umpan-balik oleh sitidin trifosfat
,.K
S + S. ----J
-r
{
*;*t-r;
Gambar 9-5. lnhibisi umpan-balik multipel pada jalur biosintesis
bercabang. Diperlihatkan tumpang tindih lengkung umpan-balik
sederhana (tanda panah melengkung terputus-putus) dan lengkung
umpan-balik multipel (tanda panah melengkung solid) yang
mengatur enzim-enzim yang dipakai bersama untuk biosintesis
beberapa produk akhir.
82 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
(CTP) dan adenosin trifosfat. CTII suatu produk akhir jalur
biosintetik pirimidin, menghambat enzim, sementara ATP
mengaktifkan enzim. Selain itu, ATP kadar tinggi dapat
mengatasi hambatan oleh CTP sehingga sintesis pirimidin
nukleotida dapat berlanjut ketika kadar nukleotida purin
meningkat.
Bogion Alosterik & Korolirik Terpisoh
Secqrq Sposiol
Tidak adanya kemiripan struktur antara inhibitor umpan-
balik dan substrat untuk enzim yang aktivitasnya diatur
oleh inhibitor tersebut mengisyaratkan bahwa efektor
ini tidak isosterik dengan substrat, tetapi alosterik
("menempati ruang yang lain"). Oleh karena itu, Jacques
Monod mengajukan keberadaan bagian/tempat alosterik
yang berbeda dari tempat katalitik. Enzim alosterik adalah
enzim dengan aktivitas di bagian aktif dapat dimodulasi oleh
keberadaan efektor di bagian alosterik. Hipotesis ini telah
banyak dibuktikan, termasuk dengan kristalografi sinar X
dan s ite-dire cted mutagenes is yang memperlihatk an adanya
bagian-bagian aktif dan alosterik yang terpisah di berbagai
enzim. Sebagai contoh, ATCase Escherichia coli adalah suatu
dodekamer yang terdiri dari enam subunit katalitik dan
enam subunit regulatorik yang mengikat nukleotida trifosfat
yang memodulasi aktivitas enzim tersebut. Secara umum,
pengikatan suatu regulator alosterik memicu perubahan
konformasi enzim yang meliputi bagian-bagian aktifnya.
Perubahan ini dapat berdampak pada efisiensi katalitik
enzim (enzim seri-$, afinitas enzim terhadap substratnya
(enzim seri-K), atau baik katalisis maupun afinitas substrat.
Efek Alosferik Mungkin podo K-
otou oodo
r Vmox
Menyebut kinetika inhibisi alosterik sebagai "kompetitif"
atau "nonkompetidf" dengan substrat akan menimbulkan
dampak mekanistik yang menyesatkan. Oleh karena itu,
dalam pengaturan ini kita merujuk pada adanya dua kelas
enzim: seri K dan seri V Untuk enzim alosterik seri-K,
kinetika saturasi substrat bersifat kompetitif dalam arti
bahwa K meningkat tanpa efek pada 7 *. Untuk enzim
alosterik seri-V inhibitor alosterik menurunkan 7 ,_ tanpa
memengaruhi K . Perubahan pada K^ atau 7 * mungkin
terjadi akibat perubahan konformasi di bagian katalitik
yang dipicu oleh telikatnya efektor alosterik bagian alosterik
enzim. Untuk enzim alosterik seri-K, perubahan konformasi
ini mungkin melemahkan ikatan antara substrat dan residu
pengikat-substrat. Untuk enzim alosterik seri-V efek primer
mungkin adalah perubahan orientasi atau muatan residu
katalitikyang menurunkan I/.*. Namun, mungkin dijumpai
efek antara padz K^ dan V^* akibat perubahan konformasi
ini.
PENGATURAN UMPAN.BALIK
TIDAK SINONIM DENGAN INHIBISI
UMPAN.BATIK
Padasel mamaliadan bakteri, produkakhir memberi "umpan-
balik" dan mengontrol sintesisnya sendiri, pada banyak
kasus melalui inhibisi umpan-balik pada enzim biosintetik
awal. Namun, kita harus membedakan antara pengaturan
umpan-balik, yakni suatu istilah fenomenologik yang tidak
memiliki dampak mekanistik, dan inhibisi umpan-balik,
yakni suatu mekanisme pengaturan aktivitas enzim. Sebagai
contoh, sementara kolesterol dalam makanan menurunkan
sintesis kolesterol oleh hati, namun pengaturan umpan-
balik ini tidak melibatkan inhibisi umpan-balik. HMG-KoA
reduktase, enzim pembatas kecepatan pada kolesterologenesis,
terpengaruh, tetapi kolesterol tidak menghambat secara
umpan-balik aktivitasnya sendiri. Pengaturan sebagai
respons terhadap kolesterol dalam makanan melibatkan
penghambatan ekspresi gen yang mengode HMG-KoA
reduktase oleh kolesterol atau metabolit kolesterol (represi
enzim) (Bab 26).
BANYAK HORMON BEKERJA MEIAIUI
SECOND MESSENEER ATOSTERIK
Impuls saraf-dan pengikatan hormon ke reseptor di
permukaan sel-memicu perubahan iaju reaksi yang
dikatalisis oleh enzim di dalam sel sasaran dengan menginduksi
pembebasan atau pembentukan efektor alosterik khusus yang
disebut second messenger. Perantara primer, atau "pertamd'
adalah molekul hormon atau impuls saraf. Second messenger
mencakup 3',5'-cAMP yang disintesis dari AIP oleh enzim
adenilil siklase sebagai respons terhadap hormon epinefrin,
dan Ca2- yang disimpan di dalam retikulum endoplasma
sebagian besar sel. Depolarisasi membran akibat impuls
saraf membuka suatu kanal di membran yang membebaskan
ion kalsium ke dalam sitoplasma, tempat ion ini mengikat
dan mengaktifkan enzim-enzim yang berperan dalam
pengendalian kontraksi dan mobilisasi simpanan glukosa
dari glikogen. Glukosa kemudian memenuhi peningkatan
kebutuhan energi dari kontral.<si otot. Perantara kedua lainnya
adalah 3',5'-cGMP dan polifosfoinositol, yang dihasilkan
melalui hidrolisis fosfolipid inositol oleh fosfolipase yang
diatur hormon.
MODIFIKASI KOVALEN REGULATORIK
DAPAT BERSIFAT REVERSIBET
ATAU IREVERSIBET
Pada sel mamalia, dua bentuk modifikasi kovalen paling
umum adalah proteolisis parsial dan fosforilasi. Karena

1+15
ffi
Gambar 9-6. Proteolisis selektif dan perubahan konformasi terkait membentuk bagian aktif kimotripsin
yang mencakup trias katalitik Asp102-His57-Ser1 95. Proteolisis yang berurutan membentuk
prokimotripsin (pro-CT), r-kimotripsin (n-CT), dan akhirnya cr-kimotripsin (cr-CT), suatu protease aktif
yang ketiga peptidanya tetap berkaitan melalui ikatan disulfida antar-rantai kovalen.
sel tidak memiliki kemampuan untuk menyatukan
kembali dua bagian dari satu protein yang dihasilkan oleh
hidrolisis suatu ikatan peptida, proteolisis menjadi suatu
modifikasi ireversibel. Sebaliknya, fosforilasi adalah proses
modifikasi reversibel. Fosforilasi protein pada residu seril,
treonil, atau tirosil yang dikatalisis oleh protein kinase,
secara termodinamis lebih menguntungkan. Hal yang juga
menguntungkan adalah pengeluaran gugus-gugus fosforil
ini secara hidrolitik oleh enzim-enzim yang disebut protein
fosfatase. Aktivitas protein kinase dan protein fosfatase itu
sendiri diatua jika tidak maka kerja keduanya akan tidak
produktif baik secara termodinamis maupun biologis.
PROTEASE DAPAT DISEKRESIKAN
SEBAGAI PROENZIM YANG SECARA
KATATITIS INAKTIF
Protein tertentu disintesis dan disekresikan sebagai protein
prekursor inaktif yang dikenal sebagai proprotein.
Proprotein enzim disebut proenzim atau zimogen.
Proteolisis selektif mengubah suatu proprotein, melalui satu
atau lebih "pemutusan" proteolitik berturut-turut, menjadi
bentuk yang memperiihatkan aktivitas khas protein matang.
misalnya aktivitas enzimatiknya. Protein yang disintesis
sebagai proprotein antara lain adalah hormon insulin
(proprotein = proinsulin), enzim pencernaan pepsin, tripsin,
dan kimotripsin (proprotein masing-masing = pepsinogen,
tripsinogen, dan kimotripsinogen), beberapa faktor
pembekuan darah dan kaskade pencairan bekuan darah
BAB 9: ENZIM: PENGENDALIAN AKTIVITAS le3
149 245
W"-cr
(lihat Bab 50), dan protein jaringan ikat kolagen (proprotein
= prokolagen).
Proenzim Mempermudoh Mobilisqsi
Aktivitqs Secqrq Cepot Sebogoi Respons
Ierhodop Kebutuhon Fisiologik
Pembentukan dan sekresi protease sebagai proenzim yang
secara katalitis inaktif, melindungi jaringan asal (mis.
pankreas) dari autodigesti, seperti yang dapat terjadi pada
pankreatitis. Proses fisiologi tertentu, misalnya pencernaan,
berlangsung intermiten, tetapi cukup teratur dan dapat
diperkirakan. Proses lainnya, seperti pembekuan darah,
pencairan (disso lution) bekuan darah, dan perbaikan jaringan
"diaktifkan" hanya sebagai respons terhadap kebutuhan
fisiologis atau patofisiologis mendesak. Proses pembekuan
darah dan pencairannya jelas harus dikoordinasikan secara
temporer untuk mencapai homeostasis. Enzim-enzim yang
diperlukan secara intermiten, tetapi cepat sering disekresikan
dalam bentuk yang awalnya inaktifkarena proses sekresi atau
sintesis baru protein tersebut mungkin kurang cepat untuk
memenuhi tuntutan patofisiologis yang mendesak, misalnya
perdarahan (lihat Bab 50).
Aktivosi Prokimotripsin Memerlukqn
Proteolisis Selektif
Proteolisis selektif melibatkan satu atau lebih pemutusan
proteolitik sangat spesifik yang mungkin disertai atau tanPa
84 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
disertai pemisahan peptida-peptida yang terbentuk. Hal yang
lebih penting, proteolisis selektif seringkali menyebabkan
perubahan konformasi yang "menciptakan" bagian katalitik
suatu enzim. Perhatikan bahwa sementara I{is 57 dan Asp
102 berada di peptida B cr-kimotripsin, sedangkan Ser 195
berada di peptida C (Gambar 9-6). Perubahan konformasi
yang menyertai proteolisis selektif pada prokimotripsin
(kimotripsinogen) menyatukan ketiga residt charge-relay
network ini, membentuk bagian katalitik. Perhatikan juga
bahwa residu katalitik dan kontak dapat terletak di rantai
peptida yang berbeda, tetapi masih cukup berdekatan
dengan substrat.
MODIFIKASI KOVALEN REVERSIBET
MENGATUR ENZIM-ENZIM
KUNCI MAMALIA
Protein mamalia merupakan target dari berbagai proses
modifikasi kovalen. Modifikasi, seperti prenilasi, giikosilasi,
hidroksilasi, dan asilasi asam lemak memasukkan fitur
struktural unik ke dalam protein yang baru disinresis yang
cenderung menetap seumur hidup protein tersebut. Di antara
berbagai modifikasi kovalen yang mengatur fungsi protein
(mis. metilasi, adenililasi) yang tersering sejauh ini adalah
fosforilasi-defosforilasi. Protein kinase memfosforilasi
protein dengan mengatalisis pemindahan gugus fosforil
terminal pada AIP ke gugus hidroksil residu seril, treonil,
atau tirosil, yang masing-masing membentuk residu O-
fosfoseril, O-fosfotreonil, atau O-fosfotirosil (Gamb ar 9 -7).
Sebagian protein kinase menyerang rantai samping residu
histidil, 1isil, arginil, dan aspartil. Bentuk protein yang belum
dimodifikasi dapat dihasilkan kembali melalui pengeluaran
gugus fosforil secara hidrolitik yang dikatalisis oleh protein
fosfatase.
Sel mamalia biasanya mengandung ribuan prorein
terfosforilasi dan beberapa ratus protein kinase dan protein
fosfatase yang mengatalisis interkonversi protein-protein
tersebut. Mudahnya interkonversi enzim antara bentuk fosfo-
dan defosfonya ikut berperan terhadap sering digunakannya
ATP ADP
@- -W-..
oH.__----_(il:sD *o
- Po.
><
* f i0q{4l4$El ,*
P H.O
Gambar 9-7, Modifikasi kovalen suatu enzim oleh fosforilasi
defosforilasi sebuah residu seril.
proses fosforilasi-defosforilasi sebagai mekanisme untuk
meiakukan kontrol. Fosforilasi-defosforilasi memungkinkan
sifat fungsional enzim diubah hanya selama dibutuhkan.
Setelah kebutuhannya terpenuhi, enzim dapat diubah
kembali ke bentuknya semula, bersiap untuk berespons
terhadap rangsangan berikutnya. Faktor kedua yang
mendasari luasnya pemakaian proses fosforilasi-defosforilasi
adalah sifat kimia gugus fosforil itu sendiri. Untuk mengubah
sifat fungsional suatu enzim, setiap modifikasi struktur
kimia enzim tersebut harus memengaruhi konfigurasi tiga-
dimensi protein tersebut. Tingginya densitas muatan gugus
fosforil yang terikat pada protein-umumnya -2 pada pH
fisiologis-dan kecenderungannya untuk membentuk
jembatan garam dengan residu arginil, menyebabkan gugus
ini menjadi agen yang poten untuk memodifikasi struktur
dan fungsi protein. Fosforilasi umumnya mengenai asam-
asam amino yang jauh dari bagian kataiitik itu sendiri.
Perubahan konformasi yang terjadi kemudian memengaruhi
efisiensi katalitik inuinsik atau sifat lain enzim.
Modifikqsi Kovqlen
Mengofur Aliron Metobolir
Pada banyak aspek, tempat fosforilasi protein dan modifikasi
kovalen lainnya dapat dianggap sebagai bentuk lain dari
tempat alosterik. Namun, dalam hal ini, "ligan alosterik'
berikatan secara kovalen ke protein. Baik fosforilasi-
defosforilasi maupun inhibisi umpan-balik mengendalikan
secara reversibel dan jangka-pendek aliran metabolit sebagai
respons terhadap sinyal fisiologik tertentu. Keduanya bekerja
tanpa mengubah ekspresi gen. Keduanya bekerja pada enzim-
enzim awal rangkaian metabolik yang panjang dan seringkali
bersifat biosintetik, dan keduanya bekerja umumnya pada
bagian alosterik daripada katalitik. Namun, inhibisi umpan-
balik melibatkan satu protein dan tidak memiliki gambaran
hormonal dan saraf. Sebaliknya, pengaturan enzim mamalia
oleh fosforilasi-defosforilasi melibatkan beberapa protein
dan ATB serta berada di bawah kontrol langsung saraf dan
hormon.
FOSFORILASI PROTEIN SANGAT
MUTTIGUNA
Fosforilasi-defosforilasi protein adalah proses yang sangat
multiguna dan selektif. Tidak semua protein dapat mengalami
fosforilasi, dan dari banyak gugus hidroksil di permukaan
suatu protein, hanya satu atau sebagian kecil yang menjadi
sasaran. Sementara fungsi enzim yang paling sering terkena
adalah efisiensi katalitik protein, namun fosforilasi juga
dapat mengubah lokasi protein di dalam sel, kerentanan
terhadap penguraian proteolitik, atau responsivitas terhadap
regulasi oleh ligan alosterik. Fosforilasi dapat meningkatkan
 BAB 9: ENZIM: PENGENDALIAN AKTIVITAS / 85

Tabel 9-1 . Contoh enzim mamalia yang aktivitas s€rta melalui pengikatan ligan alosterik. Fosforilasi-
katal iti knya diubah oleh fosfori lasi-defosfori las i defosforilasi di suatu bagian protein dapat dikatalisis oleh
kovalen berbagai protein kinase atau protein fosfatase. Banyak
protein kinase dan sebagian besar protein fosfatase bekerja
pada lebih dari satu protein dan protein-protein sendiri
mengalami interkonversi antara bentuk aktif dan inaktif
A*eti l-KoA k*boksi lose rP t nrelalui pengikatan ke zat second messenger atau modifikasi
kovalen dengan fosfbr-ilasidefosforilasi.
Glikooeis$tor;",' " EP E
: Hubungan timbal-balik antara protein kinase dan
Piruvot dehidro0enose EP r protein fosfatase, antara konsekuensi fungsional fosforilasi
HMG-KoAre$u! se EP r di tempat yang berbeda, atau antara tempat fosforilasi dan
c! en fotforilose,. , E EP tempat alosterik merupakan dasar jaringan regulatorik yang
. ,

$ltrsi Jib$e': ,' : ' "1" r ''1' l

E EP
memadukan berbagai sinyal input dari lingkungan untuk
:
menghasilkan respons selular terkoordinasi yang sesuai. Di
E EP
+dilb,kinose
HAAG-KoA red*ktase kinose E EP
jaringan reguiatorik yang canggih ini, masing-masing enzim
berespons terhadap sinyal lingkungan yang berbeda. Sebagai
rE, defosfoenzim; EP, fosfbenzim. contoh, jika suatu enzim dapat difosforilasi di satu tempat
oleh lebih dari satu protein kinase, enzim ini dapat diubah
efisiensi katalitik enzim, mengubah suatu protein menjadi dari bentuk yang secara kataiitis efisien menjadi bentuk yang
bentuk aktif, sementara fosforilasi pada protein yang lain inefisien (inaktif), atau sebaliknya, sebagai respons terhadap
mengubahnl'a menjadi bentuk 1'ang secara intrinsik inefisien salah satu dari beberapa sinyal. Jika protein kinase diaktifkan
atau inaktif (Thbel 9-1). sebagai respons terhadap sinyal yang berbeda dari sinyal
Banyak protein dapat difosforilasi di banyak tempat atau yang mengaktifkan protein fosfatase, fosfoprotein yang
menjadi subyek pengaturan melalui fosforilasi-defosforiiasi terbentuk menjadi penentu. Efek fungsional yang umumnya

Sinar UV radiasi pengion, dsb.

--TTIIT-l-J-o*o
ArMknase
(naKlt) :Ilffi_f DNA(rusak)

@@ l@
V ATIVi kinase
iutttlt terdisostasi)
6il)
"\ Siklus sel
I Yfe)
qY-9 AII1) CHK1,2 krnase
iarttr

f-l 6
ffi Wm$;:?i:""
(inaktii)

v,c
ffi@ ffi@ i#itr'on
Gambar 9-B. Cambar sederhana gardu-pemeriksaan lcheckpoinf) C, ke S pada siklus sel eukariot.
Lingkaran memperlihatkan berbagai tahap dalanr siklus sel eukariot. Cenom mengalami replikasi
selama fase S, sedangkan dua salinan genom dipisahkan dan pembelahan sel terjadi selama fase
M. Masing-masing fase ini dipisahkan oleh fase C, atau fase pertumbuhani yang ditandai oleh
peningkatan ukuran sel dan akumulasi berbagai prekursor yang diperlukan untuk menl'usun kompleks
makromolekul yang terbentuk selama iase S dan M.
86 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
berupa aktivitas katalitik, mencerminkan keadaan fosforilasi.
Keadaan atau derajat fosforilasi ditentukan oleh aktivitas
relatif protein kinase dan protein fosfatase, suatu cerminan
dari keberadaan dan kekuatan relatif sinyal lingkungan yang
bekerja melalui masing-masing enzim.
Kemampuan banyak protein kinase dan protein fosfatase
untuk bekerja pada lebih dari satu protein menjadi suatu
cara bagi sinyal lingkungan untuk mengatur berbagai proses
metabolik secara terkoordinasi. Sebagai contoh, enzim 3-
hidroksi-3-metilglutaril-KoA reduktase dan asetil-KoA
karboksilase-masing-masing merupakan enzim penentu
kecepatan untuk biosintesis kolesterol dan asam lemak
dan diinaktifkan oleh protein kinase yang
-difosforilasi
diaktifkan oleh AMP. Ketika protein kinase ini diaktifkan
melalui fosforilasi oleh protein kinase lain atau sebagai
respons terhadap pengikatan aktivator alosteriknya 5'-AMB
kedua jalur utama yang berperan dalam pembentukan lemak
dari asetil-KoA terhambat.
Enzirn yang dapat saling bertukar dan enzim yang
bertanggung jawab terhadap pertukaran tersebut tidaksekadar
bekerja sebagai "tombol hidup-mati" tanpa bergantung satu
sama lain. Enzim-enzim tersebut merupakan satuan dasar
dari jaringan regulatorik yang mempertahankan homeostasis
di dalam sel yang melaksanakan proses metabolik rumit
yang harus diatur sebagai respons terhadap beragam faktor
lingkungan.
Contoh yang paling banyak diteliti tentang jaringan
regulatorik semacam ini adalah siklus sel eukarotik yang
mengontrol pembelahan sel. Setelah keluar dari keadaan
inaktif (quiescent), atatt Go, proses pembelahan sel yang
sangat rumit berlanjut melalui serangkaian fase spesifik yang
disebut Gp S, G2, dan M (Gambar 9-8). Sistem pemantauan
yang disebut gardu-pemeriksaan (chechpoint), menilai
indikator-indikator kunci kemajuan untuk menjamin bahwa
tidak ada fase siklus yang dimulai sebelum fase sebelumnya
selesai. Gambar 9-8 menjelaskan secara garis besar sebagian
dari gardu-periksa yang mengontrol inisiasi replikasi DNA
yang disebut fase S. Suatu protein kinase yang dinamai ATM
berkaitan dengan genom. Jika DNA mengandung kerusakan
di kedua untainya, perubahan konformasi kromatin yang
terjadi akan mengaktilkan AIM. Jika diaktifkan, salah satu
subunit dimer ATM yang diaktifkan tersebut akan terlepas
dan memicu serangkaian (kaskade) proses fosforilasi-
defosforilasi protein yang diperantarai oleh CHKl dan CHK2
protein kinase, Cdc25 protein fosfatase, dan akhirnya suatu
kompleks antara siklin dan protein-kinase dependen-siklin
atau Cdk. Pengaktivan kompleks Cdk-siklin menghambat
transisi G, menjadi S sehingga replikasi DNA yang rusak
dapat digagalkan. Kegagalan di gardu-pemeriksaan ini dapat
menyebabkan mutasi DNAyang dapat menimbulkan kanker
atau penyakit lain. Masing-masing langkah dalam kaskade
tersebut merupakan jalan untuk memantau indikator-
indikator lain status sel sebelum memasuki fase S.
RINGKASAN
Homeostasis berkaitan dengan pemeliharaan lingkungan
intrasel dan intra-organ yang relatif konstan meskipun
terjadi fluktuasi tajam dalam lingkungan eksternal
melalui perubahan-perubahan yang sesuai dalam laju
reaksi biokimia sebagai respons terhadap kebutuhan
fisiologis.
Substrat bagi kebanyakan enzim biasanya terdapat dalam
konsentrasi yang mendekati K . Hal ini mempermudah
kontroi pasiflaju pembentukan produk sebagai respons
terhadap perubahan kadar zat-zat antara metabolik.
Kontrol aktif aliran (fluks) metabolit melibatkan
perubahan konsentrasi, aktivitas katalitik, atau keduanya
dari suatu enzim yang mengatalisis reaksi penentu/
pembatas-kec epaan (rate- limiting reactio n) .
Proteolisis selektif proenzim yang secara katalitis inaktif
memicu perubahan konformasi yang membentuk bagian
aktif enzim. Sekresi einzimsebagai suatu proenzim
inaktif mempermudah mobilisasi aktivitas enzim secara
cepat sebagai respons terhadap cedera atau kebutuhan
fisiologis dan dapat melindungi jaringan asal enzim
(mis. autodigesti oleh protease).
Pengikatan metabolit dan second messenger pada tempat-
tempat tertentu di bagian katalitik enzim memicu
perubahan konformasi yang mengubah I/-"- atat K^.
Fosforilasi residu seril, treonil, atau tirosil spesifik oleh
protein kinase-dan defosforilasinya oleh protein fosfa-
tase-mengatur aktivitas banyak enzim pada manusia.
Protein kinase dan fosfatase yang ikut serta dalam kas-
kade pengendali yang berespons terhadap sinyal hormon
atau second messenger merupakan jaringan regulatorik
yang dapat memproses dan memadukan informasi ling-
kungan yang kompleks untuk menghasilkan respons sel
yang sesuai dan terpadu.
REFERENSI
Bray D: Protein molecules as computational elements in living
cells. Nature 1995;37 6:307.
CiechanoverA, Schwartz AL: The ubiquitin system: Pathogenesis
of human diseases and drug targeting. Biochim Biophys Acta
2004;1695:3.
Graves DJ, Martin BL, \Vang JH: Co- and Post-translational
Modification of Proteins: Chemical Principles and Biological
Effects. OxfordUniv Press, 1994.
Johnson LN, Lewis RJ: Structural basis for control by phosphoryla-
tion. Chem Rev 2001;101:2209.
 BAB 9: ENZIM: PENGENDATIAN AKTIVITAS / eZ

Pilkis SJ et al: 6-Phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphos- Stieglitz K et al: Monitoring the transition from the T to the R state
phatase: A metabolic signaling enzyme. Annu Rev Biochem in E. coli asparrate transcarbamoylase by x-ray crystallography:
1995;64:799. Crystal structures of the E50A mutent enzyme in four distinct
Scriver CR et al (editors): The Metabolic and Mohcakr Bases of allostericstates.JMolBiol 2004;341:853.
I4herited Dbease, 8th ed. McGraw-Hill, 2000. \feber G (editofl: Aduances in Enzyme Reguhtion. Pergamon Press,
Sitaramayya A (editor): Innoduction to Cellukr Signal Tiansducion. 1963 to the present.
Birkhauser, 1999.
Stadtman ER, Chock PB (editors): Current Tbpics in Celluhr
Reguktion. Academic Press, 1969 to the present.