Margareth Cristiany Fernandez

A 181 069/Reg pagi B

Tugas Bioinformatika
Penyejajaran sequence

Pairwaise alignment and multiple alignment zika

1. Protein
Menggunakan 2 sequence protein (pairwise sequence)

Terdapat 122 asam amino pada sequence virus zika.

 Memiliki kesamaan sebesar 100%

Hasil pairwise sequence pada tcoffee

Menunjukkan hasil penyejajaran sequence bagus karena warna yang dihaislkan adalah pink
Penyejajaran sequence dengan 3 sequence protein (multiple sequence)

 Terdapat 172 asam amino

Hasil penyejajaran tcoffee

Penyejajaran sekuens yang dilakukan menghasilkan hasil yang kurang baik, ada sekuens
yang menunjukkan hasil yang buruk, ditandai dengan warna biru dan hijau , hasil
 menegah, ditandai dengan warna kuning dan hasil yang baik ditunjukkan dengan warna
Pink
Pada sekuens pertama dan kedua memiliki kesamaan sedangkan sekuense ketiga sangat
berbeda

2. NUKELOTIDA

3 sekuens (multiple sequence)

 Hasil diperoleh sequence 1 memiliki persen identity 100% , sequence 2 88,92% dan

sequence 3 sebesar 88,83% . Nilai persentase identity yang baik berkisar 75-98% kesamaan
ataupun keterkaitannya.
2 sekuens (pairwise sequence)

Penyejajaran 2 sekuens pada aplikasi tcoffee tidak dapat dilakukan, jadi saya mencoba untuk
melakukan di NCBI menggunakan BLAST. Terdapat pergantian asam amino dari alanin
menjadi glycin pada sekuens diatas. Alanin dan glycin memiliki kesamaan sifat yaitu
hidrofobik. Ada pula pergantian dari threonin menjadi cysteine, dimana threonin memiliki
sifat polar dan cysteine bersfiat alifatik .
Hasil penyejajaran sekuens didapatkan persen identitas sebesar 89% yang berarti sudah
bagus.