Landasan Teori

DNA

DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN) merupakan

tempat penyimpanan informasi genetik. Informasi genetik tersebut disusun dalam bentuk
kodon yang berupa tiga pasang basa nukleotida dan menentukan bentuk, struktur, maupun
fisiologi suatu jasad. DNA memiliki dua fungsi yang sangat penting, yaitu sebagai autokatalis
dan heterokatalis.  DNA berfungsi sebagai autokatalis karena DNA mampu mensintesis
dirinya sendiri Sedangkan sebagai heterokatalis karena DNA mampu mensintesis molekul
kimiawi lainnya seperti RNA, protein dan lain-lain.

Struktur DNA Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan
model molekul DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal
dengan heliks ganda Watson-Crick. Berdasarkan atas foto difraksi sinar X yang dibuat oleh
Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins.  Berdasarkan atas data yang diperoleh Watson dan
Crick membuat struktrur DNA yang disebut untai ganda (double helix).  Untai ganda DNA
tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang terpilin. Kedua rantai tersebut mempunyai
orientasi yang berlawanan, yaitu rantai yang satu mempunyai orientasi 5’ ke 3’ sedangkan
yang lainnya dari 3’ ke 5’. Kedua rantai tersebut berikatan dengan adanya ikatan hidrogen
antara basa adenin dengan timin sebanyak dua ikatan dan antara guanin dan sitosin sebanyak
tiga ikatan.  Spesifisitas pasangan basa tersebut disebut sebagai komplementaritas.
Berdasarkan penemuan Watson dan Crick, diambil suatu kesimpulan, yaitu deretan
polinukleotida DNA mempunyai bentuk spiral teratur.  Spiral tersebut mempunyai diameter
kira-kira 20 Ǻ, dan lebar yang tetap. Spiral tersebut juga membuat satu putaran lengkap setiap
34 Ǻ dan tiap putaran lengkapnya terdiri dari 10 nukleotida. Spiral tersebut berbentuk duplex
dan mengandung dua deret polinukleotida.
Struktur DNA yang dikemukan Watson dan Crick adalah struktur DNA yang paling
umum ada di alam dan dapat dikelompokkan pada tipe B.  Molekul DNA tipe B mempunyai
lekukan besar dan lekukan kecil.  Dibandingkan dengan tipe A, lekukan besar pada tipe B
lebih mudah mengikat protein tertentu karena lekukan besar pada tipe A lebih dalam.  Bentuk
Tipe A lebih menyerupai konformasi bagian untai ganda molekul RNA.  Selain tipe A dan B,
DNA juga memiliki tipe lain, yaitu tipe Z.  Tipe tersebut tidak lazim pada untai ganda, karena
arah rotasinya ke kiri DNA merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun atas
polimer nukleotida yang berulang-ulang, tersusun rangkap, membentuk DNA haliks ganda
dan berpilin ke kanan.
Setiap nukleotida terdiri dari tiga gugus molekul, yaitu : - Gula 5 karbon (2-
deoksiribosa) - basa nitrogen yang terdiri golongan purin yaitu adenin (Adenin = A) dan
guanin (guanini = G), serta golongan pirimidin, yaitu sitosin (cytosine = C) dan timin
(thymine = T) - gugus fosfat Berikut susunan struktur kimia komponen penyusun DNA :
Baik purin ataupun pirimidin yang berkaitan dengan deoksiribosa membentuk suatu molekul
yang dinamakan nukleosida atau deoksiribonukleosida yang merupakan prekursor elementer
untuk sintesis DNA.
Prekursor merupakan suatu unsur awal pembentukan senyawa deoksiribonukleosida
yang berkaitan dengan gugus fosfat.DNA tersusun dari empat jenis monomer nukleotida.
Keempat basa nitrogen nukleotida di dalam DNA tidak berjumlah sama rata.Akan tetapi,
pada setiap molekul DNA, jumlah adenin (A) selalu sama dengan jumlah timin (T).Demikian
pula jumlah guanin (G) dengan sitisin(C) selalu sama.Fenomena ini dinamakan ketentuan
Chargaff.Adenin (A) selalu berpasangan dengan timin (T) dan membentuk dua ikatan
hidrogen (A=T), sedagkan sitosin (C) selalu berpasangan dengan guanin (G) dan membentuk
3 ikatan hirogen (C = G).
 Stabilitas DNA heliks ganda ditentukan oleh susunan basa dan ikatan hidrogen yang
terbentuk sepanjang rantai tersebut.karean perubahan jumlah hidrogen ini, tidak
mengehrankan bahwa ikatan C=G memerlukan tenaga yang lebih besar untuk
memisahkannya. DNA merupakan makromolekul yang struktur primernya adalah
polinukleotida rantai rangkap berpilin.Sturktur ini diibaratkan sebagai sebuah tangga.Anak
tangganya adalah susunan basa nitrogen, dengan ikatan A-T dan G-C.Kedua ―tulang
punggung tangganya‖ adalah gula ribosa.Antara mononukleotida satu dengan yang lainnya
berhubungan secara kimia melalui ikatan fosfodiester. DNA heliks ganda yang panjangnya
juga memiliki suatu polaritas. Polaritas heliks ganda berlawanan orientasi satu sama
lain.Kedua rantai polinukleotida DNA yang membentuk heliks ganda berjajar secara
antipararel.
Genom adalah komplemen lengkap gen-gen atau materi genetik suatu organisme dan
terorganisasi menjadi kromosom.  DNA genom adalah semua gen-gen dan semua sekuens
DNA (urutan polinukleotida) yang fungsional maupun non-fungsional dalam inti suatu
organisme.  DNA genom meliputi gen dan intergen.
            DNA terdapat dalam sel prokariot maupun eukariot.  Lokasi yang paling banyak
mengandung DNA terdapat pada bagian aktifitas genetik utama sel.  Sel prokariot, aktifitas
genetiknya terjadi di seluruh sel sehingga DNA tidak mempunyai tempat yang spesifik dalam
sel. Sebaliknya, karena aktifitas pada sel eukariot terjadi di dalam inti, maka sebagian besar
DNA terdapat dalam inti sel.  DNA pada sel prokariot berbentuk lingkaran dan hanya ada
satu unit. Oleh karena itu, prokariot bersifat monoploid karena hanya ada satu bahan genetik
utama.  DNA pada sel prokariot juga tidak dikemas dalam struktur yang jelas karena sel
prokariot tidak memiliki inti sel.  DNA pada sel eukariot berbentuk linear dan memiliki
protein histon.  Ukuran DNA eukariot juga lebih besar dibandingkan DNA prokariot dan
DNA eukariot lebih bervariasi.
Sel prokariot memiliki pula bahan genetik tambahan yang disebut DNA
plasmid.  Dalam keadaan normal, kehadiran plasmid pada umumnya tidak diperlukan oleh
sel.  Jika sel prokariot membawa plasmid, maka genom sel tersebut meliputi satu kesatuan
gen yang ada pada bahan genetik utamanya dan gen yang ada pada plasmid tersebut.
Sel eukariot memiliki DNA di dalam kromosom, yaitu di inti sel dan ada Beberapa sel
eukariot memiliki DNA di luar kromosom, yaitu DNA pada mitokondria
dan  kloroplas.  DNA nukleus berbentuk linear dan berasosiasi sangat erat dengan protein
histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular, replikasinya
berlangsung secara independen dan tidak bergantung pada replikasi kromosom, serta tidak
berasosiasi dengan protein histon. Organisasi gen mitokondria lebih mirip organisasi gen
pada bakteri. Selain itu, DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya
mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Hal ini sangat berbeda dengan DNA
nukleus yang memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua.
Replikasi DNA

Replikasi adalah peristiwa sintesis DNA.Saat suatu sel membelah secara mitosis, tiap-
tiap sel hasila pembelahan mengandung DNA penuh dan identik seperti induknya.Dengan
demikian, DNA harus secara tepat direplikasi sebelum pembelahan dimulai.Replikasi DNA
dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama.Proses
komplementasi pasangan basa menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan
molekul DNA lama sebagai cetakan.Kemungkinan terjadinya replikasi dapat melalui tiga
model. Model pertama adalah model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak
berubah, berfungsi sebagai cetakan untuk dua dua rantai DNA baru. Model kedua disebut
model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintesis dengan
prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama tersebut.Model ketiga adalah
model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan sebgai cetakan
untuk sintesis rantai DNA baru.

Berikut adalah gambaran replikasi yang terjadi terhadap DNA : Dari ketiga model
replikasi tersebut, model semikonservatif merupakan model yang tepat untuk proses replikasi
DNA.Replikasi DNA semikonservatif ini berlaku bagi organisme prokariot maupun
eukariot.Perbedaan replikasi antara organisme prokariot dengan eukariot adalah dalam hal
jenis dan jumlah enzim yang terlibat, serta kecepatan dan kompleksitas replkasi DNA.Pada
organisme eukariot, peristiwa replikasi terjadi sebelum pembelahan mitosis, tepatnya pada
fase sintsis dalam siklus pembelahan sel.

Isolasi DNA
DNA terdapat pada seluruh jaringan dan cairan tubuh. Oleh karena itu DNA genom
dapat diisolasi dari semua bahan biologis yang mengandung sel berinti, seperti darah, semen,
rambut, tulang, liur dan lain-lain. Bahan yang paling sering digunakan untuk tujuan isolasi
DNA adalah darah dan rambut beserta akarnya, karena kedua bahan tersebut relatif mudah
diperoleh.
DNA dari sel prokariot maupun eukariot dapat diperoleh dengan cara mengisolasi
DNA yang terdapat di dalam sel. Isolasi DNA adalah teknik yang dilakukan untuk
memisahkan DNA dari zat yang lain di dalam sel. Fungsi dari pengisolasian DNA adalah
mendapatkan DNA murni dari dalam sel yang akan digunakan untuk penganalisisan genotip
suatu organisme.
    DNA yang diisolasi dari sel manusia disebut DNA genom manusia.  DNA manusia dapat
diisolasi melalui darah.  Darah adalah modifikasi jaringan dengan matriks cair yang disebut
plasma. Darah manusia terdiri atas plasma darah, globulus lemak, substansi kimia
(karbohidrat, protein dan hormon), dan gas (oksigen, nitrogen dan karbon dioksida). Plasma
darah terdiri atas eritrosit (sel darah merah), leukosit (sel darah putih) dan trombosit
(platelet). Plasma darah mengisi lebih dari setengah volume darah yang terdiri atas 90 % air
dan 10 % garam-garaman, protein, dan substansi – substansi lain yang terangkut
darah.  Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih. Untuk mengisolasi DNA dari
darah dan sumsum tulang, sel darah merah yang tidak mengandung DNA genom harus
dilisiskan dahulu agar dapat dipisahkan dari sel darah putih. Sel-sel darah putih yang sudah
dipisahkan kemudian dilisiskan dengan bantuan bahan pengawet DNA yaitu, deterjen anionik
yang dapat melarutkan komponen seluler. Bahan pengawet DNA juga dapat mengurangi
aktivitas Dnase yang terdapat di dalam sel. Bila perlu dapat ditambahkan Rnase untuk
menyingkirkan kontaminasi RNA. Selanjutnya dengan presiitasi garam, DNA genom
dipisahkan dari protein plasma dan inti. Akhirnya DNA genom diisolasi dengan presipitasi
dengan alkohol dan pelarutan kembali endapan yang terbentuk dari larutan dapar yang
mengandung suatu bahan pengawet DNA. Hasil isolasi DNA dikatakan baikapabila
didapatkan DNA yang murni dan utuh. DNA juga dapat diisolasi dari tumbuhan dan
khamir,  pada tumbuhan misalnya bawang merah (Allium cepa) dan pada pisang (Musa sp.)
sedangkan pada khamir misalnya Candida parapsilosis
DNA genom yang diisolasi dapat digunakan untuk identifikasi DNA suatu
organisme, baik dengan metode PCR (polymerase chain reaction) atau menggunakan enzim
endonuklease restriksi ("DNA fingerprinting"). Hasil pemeriksaan dari kedua teknik tersebut
kemudian dapat digunakan untuk diagnosis penyakit infeksi yang disebabkan oleh virus atau
bakteri, mendeteksi adanya mutasi gen yang menimbulkan penyakit keganasan, penyakit
herediter, menentukan jenis kelamin prenatal serta sebagai alat bantu forensik dalam bidang
kedokteran.
Langkah-langkah yang harus diikuti dengan jaringan apapun adalah:
1. Pengumpulan/panen sel-sel (cell harvest)
2. Pemecahan sel-sel (cell lysis)
3. Pencernaan protein agar asam nucleat dilepaskan (protein digestion)
4. Pengendapanan DNA (DNA precipation)