BAB 2 TEKNIK
DISUSUN OLEH :
FAKULTAS KESEHATAN
2021
2.1 Polymerase chain reaction (PCR)
Adalah teknik laboratorium yang digunakan untuk membuat banyak salinan dari sebagian
DNA. Reaksi berantai polimerase memungkinkan para ilmuwan untuk membuat sejumlah besar
DNA hanya dari sebagian kecil. Wilayah DNA ini dapat berupa apa saja yang diminati oleh
peneliti. Misalnya, ini mungkin merupakan penanda genetik yang digunakan oleh ilmuwan
forensik untuk mencocokkan DNA TKP dengan tersangka. Reaksi berantai polimerase (PCR)
digunakan di banyak bidang biologi dan kedokteran, seperti penelitian biologi molekuler dan
diagnostik medis. Ada banyak langkah untuk membuat PCR, langkah-langkah ini akan dibahas
nanti di bagian ini. Pertama, kita perlu tahu apa itu Taq polimerase?
PCR membutuhkan enzim DNA polimerase yang membuat untaian DNA baru,
menggunakan untaian yang ada sebagai cetakan. DNA polimerase biasanya digunakan dalam
polimerase reaksi berantai disebut Taq polimerase, setelah bakteri tahan api dari mana ia
diisolasi (Thermus aquaticus). Thermus aquaticus hidup di sumber air panas dan ventilasi
hidrotermal. DNA polimerasenya sangat stabil terhadap panas dan lebih aktif pada sekitar 70 °
C / 70 ° C, 70 ° C, dan stabilitas termal ini membuat Taq polimerase ideal untuk PCR. Tetapi
Taq polimerase ini tidak akan mereduksi polimerase tanpa primer- Potongan pendek DNA untai
tunggal- biasanya sekitar 20 panjang nukleotida. Dua primer adalah digunakan dalam setiap
reaksi PCR, dan mereka adalah dirancang untuk mengelilingi wilayah target.
Langkah-langkah PCR:
1. Denaturasi: langkah ini harus terjadi pada (96 °C), Denaturasi berarti pemisahan,
menggunakan panas ini untuk memisahkan DNA menjadi dua untai untuk dapat mengikuti
langkah berikutnya.
2. Annealing untai DNA harus pada suhu dalam kisaran (55 ° C - 65 ° C): untuk mendinginkan
reaksi sehingga primer dapat mengikat urutannya pada untai tunggal DNA.
3. Perpanjangan suhu reaksi meningkat lagi hingga mencapai (72°C), sehingga Taq polimerase
memperpanjang primer membuat untai DNA baru.
Dalam hibridisasi molekuler, berbagai macam urutan DNA atau RNA digunakan sebagai
probe untuk menentukan kecocokan alami dari urutan dalam sampel. Disadari bahwa molekul
hibridisasi dapat digunakan untuk menemukan urutan DNA in situ. Radioaktif transkripsi untuk
sekuensing DNA ribosom dapat digunakan untuk mendeteksi komplementer Urutan DNA dalam
inti telur katak. Sejak pengamatan awal itu, beberapa perbaikan telah meningkatkan
ketidakkekalan dan sensitivitas prosedur untuk sejauh itu di situ. Label fluoresen telah
menggantikan label radioaktif di probe hibridisasi karena keamanan, stabilitas, dan kemudahan
deteksi. Memang, sebagian besar hibridisasi saat ini dilakukan in situ menggunakan prosedur
FISH.
Langkah-langkah FISH:
1. Langkah pertama adalah membuat salinan fluoresen dari urutan probe atau yang dimodifikasi
versi urutan probe yang dapat dikonversi ke gambar fluoresen nanti di prosedur.
2. Langkah kedua: pewarnaan target dan urutan sensor menggunakan panas atau bahan kimia
sebelum hibridisasi. Langkah ini diperlukan untuk ikatan hidrogen baru (seperti yang dibahas
dalam teknik PCR 2.1).
3. Langkah ketiga adalah mencampur probe dan urutan target. Probe dihibridisasi dengan urutan
komplementernya pada kromosom. Jika probe memang menyala, itu akan mungkin untuk secara
langsung mendeteksi situs hibridisasi.
Ada beberapa kasus lain yang memerlukan langkah lebih lanjut untuk memvisualisasikan
probe hibrida. Badan hibrida yang terbentuk antara probe dan target kromosomnya dapat
dideteksi menggunakan mikroskop fluoresen. ada dua faktor yang harus diperhatikan diperlukan
atau tidak. faktor-faktor ini adalah sensitivitas dan resolusi. Kita harus tahu apakah sensitivitas
dan resolusi yang diperlukan untuk percobaan berada dalam batas teknis mikroskop fluoresensi.
Sensitivitas tergantung pada kemampuan mikroskop untuk mengumpulkan cahaya, sehingga
urutan target kecil, yang lebih sulit dilihat daripada urutan target besar, dapat dideteksi. Resolusi
adalah kemampuan untuk membedakan dua titik di sepanjang kromosom. Pada akhirnya,
mikroskop cahaya tidak dapat menyelesaikan objek yang dipisahkan oleh kurang dari 200-250
nm, yang merupakan batas bawah spektrum cahaya tampak. Dengan mengingat batasan-batasan
ini, para peneliti juga perlu melihat pembentukan DNA di dalam kromosom. Kromosom
metafase ribuan kali lebih padat daripada kromosom interfase, yang pada gilirannya dikompresi
setidaknya sepuluh kali lipat dari DNA telanjang. Ketika semua faktor ini dipertimbangkan
bersama-sama, peneliti biasanya berharap untuk memiliki akurasi dalam kisaran basa besar untuk
penentuan posisi pada kromosom metafase dan akurasi dalam puluhan ribu kilobase untuk
kromosom interfase.
FISH dapat menemukan urutan DNA kloning pada kromosom metafase. Urutan DNA kloning
dihibridisasi menjadi metafase normal kromosom. Pita merah adalah terdeteksi pada hibridisasi
situs pada dua homolog kromosom, yang dapat diidentifikasi oleh perbedaan pola pita. NS
pemeriksaan menunjukkan bahwa setiap merah garis terdiri dari dua titik, sesuai dengan
kromatid saudara dari kromosom mitosis.
Keunggulan FISH :
Sel-sel tidak boleh dibiakkan beberapa kali sebelum disiapkan untuk analisis. Mereka dapat
digunakan untuk menganalisis kromosom dari sampel seperti kanker padat, yang sangat penting,
namun mereka tidak dapat dibagi berulang kali, dan peneliti dapat mengamati keragaman situs
bersama-sama, menggunakan senyawa fluoresen yang berbeda.
2.3 Urutan
Sequencing Merupakan teknik yang digunakan untuk menentukan urutan nukleotida DNA.
Nukleotida digunakan untuk mengetahui gen atau genom. Ini adalah rasa malu yang berisi
perintah untuk membangun suatu organisme, dan itu adalah dasar untuk memahami fungsi
genetik dan evolusi. Akhir-akhir ini pengurutan dibuat dalam banyak tahap, sehingga
membutuhkan tenaga dan biaya yang tidak sedikit, tetapi sekarang karena teknologi yang
berkembang menjadi lebih mudah dan lebih cepat.
Pengurutan Sanger melibatkan pembuatan banyak salinan dari wilayah DNA target. Untuk
menyelesaikan urutan Sanger, Anda perlu:
enzim DNA polimerase Primer, sepotong pendek DNA beruntai tunggal, untuk mengikat
template DNA dan bertindak sebagai (starter) untuk polimerase.
Sekuensing sanger memberikan sekuens berkualitas tinggi pada jarak DNA yang relatif
jauh. Biasanya digunakan untuk mengurutkan potongan DNA individu, seperti plasmid bakteri
atau DNA yang ditranskripsi dalam PCR. Namun, pengurutan Sanger mahal dan tidak efektif
untuk proyek besar, sehingga teknologi pengurutan telah banyak dikembangkan dan sekarang
paling banyak digunakan karena lebih cepat dan lebih murah.
Skala Mikro: Interaksi kecil dan banyak di antaranya dapat dilakukan sekaligus pada
slide Cepat: Karena reaksi berlangsung secara paralel, hasilnya lebih cepat siap, Biaya rendah:
Pengurutan genom lebih murah daripada pengurutan Sanger Panjang lebih pendek: pembacaan
biasanya berkisar antara 50-700 nukleotida. Pengurutan generasi berikutnya adalah sejumlah
besar reaksi Sanger rantai kecil yang beroperasi secara paralel. Dengan paralelisme dan skala
kecil ini, sejumlah besar DNA dapat diurutkan lebih cepat dan dengan biaya lebih rendah
menggunakan metode generasi berikutnya dibandingkan dengan sekuensing Sanger.
2.4 Microarray
Microarray adalah salah satu perkembangan terbaru yang digunakan dalam penelitian
kanker. Ini membantu dalam farmakologis pendekatan untuk mengobati berbagai penyakit
termasuk oral lesi. Teknologi microarray membantu dalam menganalisis banyak sampel pra-
rekaman atau sampel baru; Itu bahkan membantu menguji untuk terjadinya penanda tertentu
pada tumor. Sampai Saat ini, penggunaan microarray dalam kedokteran gigi sangat terbatas,
tetapi di masa depan, seiring dengan semakin terjangkaunya teknologi, mungkin akan ada
peningkatan penggunaannya. Di sini, kami membahas berbagai teknik dan aplikasi microarray
atau segmen DNA. Untuk analisis microarray, partikel RNA messenger biasanya dikumpulkan
dari sampel eksperimental dan sampel referensi. Misalnya, sampel referensi dapat dikumpulkan
dari individu yang sehat, dan sampel eksperimental dapat dikumpulkan dari seorang individu
dengan penyakit seperti kanker.
Sampel mRNA kemudian diubah menjadi DNA komplementer (cDNA), dan setiap
sampel ditandai dengan probe fluoresen dari warna. Misalnya, cDNA eksperimental dapat diberi
label dengan tanda merah pewarna fluoresen, sedangkan cDNA referensi dapat disebut pewarna
fluoresen hijau. Kemudian kedua sampel dicampur dan dibiarkan menempel pada slide
microarray. Proses dimana molekul cDNA mengikat probe DNA pada slide disebut hibridisasi.
Setelah hibridisasi, matriks mikro diperiksa untuk mengukur ekspresi setiap gen yang dicetak
pada slide. Jika ekspresi gen lebih tinggi pada sampel eksperimental daripada sampel referensi,
maka tempat yang sesuai pada mikro-matriks ditampilkan dengan warna merah. Sebaliknya jika
ekspresi dalam sampel eksperimen lebih kecil dari pada sampel referensi, noda akan tampak
hijau. Akhirnya, jika ada ekspresi yang sama dalam dua sampel, noda akan tampak kuning.
2.5 Kultur Sel
Kultur sel adalah proses dimana sel tumbuh di bawah kondisi terkendali di luar lingkungan
alami. Setelah sel diisolasi dari jaringan hidup, sel tersebut selanjutnya dapat diawetkan dalam
kondisi yang dikontrol dengan hati-hati. Setiap jenis sel memiliki kondisi yang berbeda, tetapi
umumnya terdiri dari wadah yang sesuai dengan substrat atau media yang menyediakan nutrisi
penting (asam amino, karbohidrat, vitamin, dan mineral), faktor pertumbuhan, hormon, dan gas
(CO2, O2) , dan mengatur lingkungan fisik dan kimia (buffer pH, tekanan, Osmotik, suhu).
Kultur sel sekarang mengacu pada kultur sel yang berasal dari eukariota multiseluler, terutama
sel hewan.
Isolasi Sel
Sel dapat diisolasi dari jaringan untuk budidaya ex vivo dalam beberapa cara. Sel dapat dihapus
dari darah dengan mudah. Namun, hanya sel darah putih dapat tumbuh dalam budaya. Sel dapat
diisolasi dari jaringan padat dengan mencerna matriks ekstraseluler dengan enzim seperti
kolagenase, tripsin, atau prana sebelum memindahkan tisu untuk melepaskan sel tersuspensi.
Atau, potongan tisu dapat ditempatkan di media pertumbuhan, dan sel-sel yang tumbuh tersedia
untuk transplantasi.
Interferensi RNA (RNAi) adalah proses biologis di mana molekul RNA mencegah ekspresi gen,
atau translasi, dengan menetralkan molekul mRNA target. RNAi dikenal akurat, efektif, stabil,
dan lebih baik daripada pengobatan anti-alergi untuk penekanan gen. Ada dua jenis molekul
RNA kecil yang menjadi titik fokus interferensi RNA. RNA adalah produk langsung dari gen,
dan RNA kecil ini dapat mengarahkan kompleks enzim untuk memecah molekul RNA (mRNA)
dan dengan demikian mengurangi aktivitasnya dengan menghalangi translasi, dengan
membungkam gen setelah transkripsi. Selain itu, transkripsi dapat dihambat oleh mekanisme
pembungkaman pra-transkripsi dari interferensi RNA, di mana kompleks enzim menginduksi
metilasi DNA pada lokus genomik yang melengkapi siRNA atau miRNA kompleks. Interferensi
RNA menjadi peran penting dalam pertahanan sel terhadap urutan nukleotida parasit - virus dan
transposon.
Jalur RNAi ditemukan di banyak eukariota, termasuk hewan, dan diprakarsai oleh enzim Dicer,
yang memecah molekul dsRNA panjang menjadi fragmen untai ganda pendek. (ssRNA), untai
sanggurdi, dan untai pemandu. Untaian sanggurdi Setiap siRNA didekode menjadi dua RNA
untai tunggal didegradasi dan untai pemandu digabungkan ke dalam RNA-induced silencing
complex (RISC). Hasil yang paling banyak dipelajari adalah pembungkaman gen pasca-
transkripsi, yang terjadi ketika untai pemandu dipasangkan dengan sekuens komplementer dalam
molekul RNA pembawa pesan dan menginduksi pembelahan oleh Argonaut 2 (Ago2),
komponen katalitik RISC. Pada beberapa organisme, proses ini meluas secara sistematis,
meskipun pada awalnya konsentrasi molar siRNA terbatas. Teknik interferensi RNA (RNAi) Ini
adalah proses pembungkaman gen yang bergantung pada RNA yang dikendalikan oleh kompleks
pembungkaman yang diinduksi RNA (RISC) dan diprakarsai oleh molekul RNA untai ganda
pendek di sitoplasma sel, di mana mereka berinteraksi dengan komponen katalitik Argonaut
RISC. Ketika dsRNA eksogen, RNA diimpor langsung ke sitoplasma dan dipecah menjadi
bagian-bagian pendek oleh Dicer. Inisiator dsRNA juga dapat berasal dari sel, seperti pada pra-
mikroRNA yang diekspresikan dari gen pengkode RNA dalam genom. Salinan utama dari gen-
gen ini pertama-tama diproses untuk membentuk struktur loop batang pra-miRNA yang khas di
dalam nukleus, dan kemudian diekspor ke sitoplasma. Jadi, dua jalur dsRNA, eksternal dan
internal, bertemu di RISC. dsRNA eksternal memulai RNAi dengan mengaktifkan Dicer RNA,
yang mengikat dan memotong RNA untai ganda (dsRNA) pada tumbuhan, atau RNA berambut
pendek (shRNA) pada manusia, untuk menghasilkan fragmen Rantai ganda 20-25 pasangan
basa. Fragmen pendek beruntai ganda ini disebut RNA kecil yang saling mengunci (siRNA).
SiRNA ini kemudian dipisahkan menjadi untai tunggal dan digabungkan menjadi RISC aktif,
oleh kompleks RISC-Loading (RLC). Faktor pengikat protein 11 (TAF11) terikat TATA
mengumpulkan RLC dengan memfasilitasi tetramerisasi Dcr-2-R2D2, meningkatkan afinitas
pengikatan siRNA sebanyak 10 kali lipat. Menghubungkan dengan TAF11 akan mengubah
kompleks R2-D2-Initator (RDI) menjadi RLC. R2D2 membawa domain pengikat RNA untai
ganda berdampingan untuk mengenali ujung impeler ganda siRNA yang stabil secara
termodinamik, sedangkan Dicer-2 adalah ujung lain yang kurang stabil. Pemuatan tidak simetris:
domain MID dari Ago2 mengenali ujung siRNA yang stabil secara termodinamika. Oleh karena
itu, benang (sanggurdi) yang kelima ujungnya dibuang oleh MID, sedangkan benang yang
ditahan (pemandu) bekerja sama dengan Kejaksaan untuk membentuk RISC.
Setelah fusi ke RISC, pasangan basa siRNA menjadi mRNA targetnya sendiri dan
memperbaikinya, sehingga mencegah penggunaannya sebagai template terjemahan. Tidak seperti
siRNA, kompleks RISC yang dimuat miRNA memindai mRNA sitoplasma untuk kemungkinan
integrasi. Alih-alih pembelahan destruktif (oleh Ago2), miRNA malah menargetkan 3 wilayah
(UTR) mRNA yang tidak diterjemahkan di mana mereka biasanya berasosiasi dengan integrasi
yang tidak lengkap, sehingga mencegah ribosom mencapai terjemahan. Sebuah dsRNA eksogen
terdeteksi dan terkait dengan protein responsif, yang dikenal sebagai RDE-4 di C. elegans dan
R2D2 di Drosophila, yang menginduksi penjudi aktivitas. Mekanisme yang menghasilkan
panjang spesifik ini tidak diketahui dan protein ini hanya mengikat dsRNA panjang.
Pengeditan genom adalah teknik yang digunakan untuk memodifikasi DNA secara akurat
dan efisien di dalam sel, yan mana melibatkan pemotongan urutan DNA tertentu menggunakan
enzim yang disebut (nuklease rekayasa). Pengeditan genom dapat digunakan untuk menambah,
menghapus, atau mengubah DNA dalam genom. Dengan mengedit genom, sifat-sifat sel atau
organisme dapat diubah.
Pengeditan genom dapat digunakan:
- Untuk penelitian: Pengeditan genom dapat digunakan untuk mengubah DNA dalam sel atau
organisme untuk memahami biologinya dan cara kerjanya.
- Untuk mengobati penyakit: Pengeditan genom telah digunakan untuk memodifikasi sel darah
manusia yang kemudian dikembalikan ke tubuh untuk mengobati kondisi seperti leukemia dan
AIDS.
- Ini juga dapat digunakan untuk mengobati infeksi lain (seperti MRSA) dan kondisi genetik
kecil (seperti distrofi otot dan hemofilia).
- Untuk bioteknologi: Pengeditan genom memiliki telah digunakan dalam pertanian untuk
memodifikasi secara genetic tanaman untuk meningkatkan hasil dan melawan penyakit dan
kekeringan, serta memodifikasi secara genetik ternak yang tidak bertanduk.
Jika ada kerusakan pada satu salinan DNA, sel memperbaiki kerusakan tersebut
menggunakan salinan lainnya sebagai cetakan. Proses ini memastikan bahwa dua salinan DNA
dicocokkan lagi dan disebut (perbaikan diarahkan homologi.) Dengan pengeditan genom,
dimungkinkan untuk memanfaatkan ini Sistem perbaikan DNA untuk mengelabui sel agar
memasukkan sepotong dari DNA. Enzim nuklease dirancang untuk memotong di lokasi tertentu
dalam DNA. Setelah memotong DNA, potongan DNA yang dimodifikasi seperti urutannya
dimasukkan ke tempat pemotongan. Sel menggunakan potongan DNA yang dimodifikasi sebagai
cetakan untuk memperbaiki fraktur, mengisi pemisah dengan salinan DNA baru. Sistem
Pengeditan Genom Ada beberapa jenis nuklease rekayasa yang digunakan dalam penyuntingan
genom. Semua mengandung bagian nuklir untuk memotong DNA dan bagian yang menargetkan
DNA untuk mengidentifikasi urutan DNA yang mereka potong.
- Berbasis RNA Berisi urutan pendek RNA yang mengikat DNA target yang akan dipotong.
- Protein : Berisi protein yang mengenali dan mengikat DNA target yang akan dipotong
misalnya, untuk memperbaiki mutasi titik, Dalam gen.