TUTORIAL MOLECULAR DOCKING MENGGUNAKAN AUTODOCK

PREPARASI LIGAN

1. Buka Chemdraw 2D- copy paste-kan ligan ke aplikasi Marvin Sketch- Menu tools- protonation-
major microspecies- ok- ok- klik kanan pada gambar struktur- save as- format (.mrv)
2. Buka file format (.mrv)- Tools- conformation- conformers- ok- file- save as- format (.pdb)
3. Buka MMV- import molecule- pilih file format (.pdb)- buka tanda + ceklis salah satu saja
(UNX_0)- import- file- export molecule- export- save as- format (ligan.mol2)

PEMILIHAN RESEPTOR

1. Kunjungi web www.rcsb.org

2. Ketikan tema penyakit pada kotak search- Go
3. Pilih reseptor- dilihat dari kolom small molecule- 2D diagram apakah ligan nya mirip dengan
ligan yang digambar sendiri atau tidak
4. Jika ya kunjungi web PDBsum EMBL EBI- ketikan kode reseptornya (4digit)- find- klik
ramachandran plot dan dilihat most favoured region harus > 50% dan disallowed region < 0,8 %
5. Jika sudah memenuhi persyaratan kunjungi rcsb kembali dan download file format PDB

PREPARASI RESEPTOR

1. Buka ADT- File- read molecule- masukan reseptor- open

2. Edit- delete water- edit- hydrogen- add
3. File- save- write PDB (file nama diganti dengan kodeREF.pdb)
4. Buka MMV- file- import molecule- masukan file kode REF.pdb- open- ceklis protein saja- import
5. File- export molecule (jika sudah protein saja)- export- format (protein.pdb)

DOCKING

1. Buka ADT- file- preference- set- startup directory- copas lokasi penyimpanan (contoh D:\2x23)-
set- dismiss
2. file- read molecule- masukan protein.pdb
3. Ligand- input- open- ligan.pdb- open
4. Ligand- torsion tree- choose torsion- done
5. Ligand- output save as pdbqt- format ligan.pdbqt
6. Flexible residues- input- choose macromolecule- pilih protein- select molecule- yes- ok
7. Select- select from string- kotak residue diisi dengan kode asam amino target- add- dismiss
8. Flexible residues- output- save rigid pdbqt ( format p_rigid.pdbqt)
9. Flexible residues- output- save flexible pdbqt ( format p_flex.pdbqt)
10. Grid- macromolecule- open- pilih p_rigid.pdbqt- open- yes- ok
11. Grid- set map types- open- ligand- pilih ligan.pdbqt
12. Grid- set map types- open flexres- pilih p_flex.pdbqt
 13. Grid- gridbox- lihat posisi asam amino target- atur XYZ sampai kotak nya masuk ke asam amino
target (catat angka XYZnya)- file- close saving current
14. Grid- output- save gpf- format a.gpf
15. Docking- macromolecule- set rigid- masukan p_rigid
16. Docking- macromolecule- set flexible- masukan p_flex
17. Docking- ligand- open- masukan ligan.pdbqt- accept
18. Docking-search parameter- genetic algorithm- accept
19. Docking- docking parameter- accept
20. Docking- output- Lamarckian GA- save format a.dpf
21. Buka aplikasi command prompt- set penyimpanan terlebih dahulu- misalnya ketikan D: lalu
enter- nama folder lalu enter- ketikan script dibawah ini
autogrid4 –p a.gpf –l a.glg & (lalu enter)
setelah running selesai ditandai dengan keluarnya nama maka ketikan script selanjutnya
autodock4 –p a.dpf –l a.dlg & (lalu enter)
22. Buka file a.dlg menggunakan aplikasi wordpad- CTRL+F- ketikan histogram- keluar table
histogram- catat nilai binding affinity, cluster, dan contanta inhibition (rank 1 saja)
23. Buka aplikasi ADT- analyze- docking- open- pilih file a.dlg
24. Analyze- macromolecule open- p_rigid.pdbqt
25. Analyze- conformation- play- klik ikon &- ganti run sesuai angka cluster- ceklis show info dan
build H bond- write complex- save as kompleks.pdb

VISUALISASI

POSEVIEW

1. Kunjungi web poseview zentrum http://protein.plus/

2. Upload file hasil docking dalam bentuk (.pdb) di bagian upload protein- klik Go
3. Klik poseview 2D- poseview- copy kode ligan disamping dan dipaste-kan di kolom yang telah
disediakan- calculate
4. Tunggu hingga calculation in progress selesai
5. Setelah gambar visualisasi didapat, save gambar dalam bentuk png

DISCOVERY STUDIO

1. Buka aplikasi MMV- file- import molecule- pilih file hasil docking ligan uji- open- ceklis ligand an
protein nya saja (water dan cofactor tidak diceklis)- import
2. File- export molecule- export- beri nama kompleks (.pdb)
3. Buka aplikasi Discovery Studio- File open- pilih file kompleks.pdb- open- receptor ligan
interaction- show 2D interaction- lihat interkasi apa saja yang terjadi antara ligand an reseptor-
file- save as- image files (png/JPEG)

UJI ADME DAN TOKSISITAS

1. Buka aplikasi Chemdraw 2D

 2. Copy pastekan struktur induk/turunan- save as dalam bentuk file (.mol)
3. Kunjungi web https://preadmet.bmdrc.kr/ - Pilih ikon ADME- pilih ikon open file
4. Buka file struktur induk/turunan (.mol) menggunakan aplikasi notepad- copy pastekan semua
tulisan nya ke kotak load molecule (web preadmet)- load- submit
5. Catat hasil analisis ADME meliputi Caco2, HIA, Plasma Protein Binding
6. Untuk uji toksisitas lakukan hal yang sama tetapi pada ikon toxicity
7. Catat hasil analisis Toksisitas meliputi amnest test, carsino mouse, carsino rat

DRUGSCAN

1. Kunjungi web http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp

2. Upload file struktur induk/turunan (.pdb/.mol) di choose file
3. Klik submit- tunggu hasilnya dan catat nilai Molecular mass, hydrogen bond donor, hydrogen
bond acceptors, LogP, dan molar refractivity