A.

KONSEP DASAR MIKROBIOLOGI

1. Pendahuluan.
a. Pengertian Mikroba Jasad hidup yang ukurannya kecil sering disebut sebagai mikroba atau
mikroorganisme atau jasad renik. Jasad renik disebut sebagai mikroba bukan hanya karena
ukurannya yang kecil, sehingga sukar dilihat dengan mata biasa, tetapi juga pengaturan
kehidupannya yang lebih sederhana dibandingkan dengan jasad tingkat tinggi. Mata biasa
tidak dapat melihat jasad yang ukurannya kurang dari 0,1 mm. Ukuran mikroba biasanya
dinyatakan dalam mikron (µ), 1 mikron adalah 0,001 mm. Sel mikroba umumnya hanya
dapat dilihat dengan alat pembesar atau mikroskop, walaupun demikian ada mikroba yang
berukuran besar sehingga dapat dilihat tanpa alat pembesar.
b. Ruang lingkup Mikrobiologi Dasar Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari mikroba.
Mikrobiologi adalah salah satu cabang ilmu dari biologi, dan memerlukan ilmu pendukung
kimia, fisika, dan biokimia. Mikrobiologi sering disebut ilmu praktek dari biokimia. Dalam
mikrobiologi dasar diberikan pengertian dasar tentang sejarah penemuan mikroba, macam-
macam mikroba di alam, struktur sel mikroba dan fungsinya, metabolisme mikroba secara
umum, pertumbuhan mikroba dan faktor lingkungan, mikrobiologi terapan di bidang
lingkungan dan pertanian. Mikrobiologi lanjut telah berkembang menjadi bermacammacam
ilmu yaitu virologi, bakteriologi, mikologi, mikrobiologi pangan, mikrobiologi tanah,
mikrobiologi industri, dan sebagainya yang mempelajari mikroba spesifik secara lebih rinci
atau menurut kemanfaatannya.
c. Penggolongan mikroba diantara jasad hidup Secara klasik jasad hidup digolongkan menjadi
dunia tumbuhan (plantae) dan dunia binatang (animalia). Jasad hidup yang ukurannya besar
dengan mudah dapat digolongkan ke dalam plantae atau animalia, tetapi mikroba yang
ukurannya sangat kecil ini sulit untuk digolongkan ke dalam plantae atau animalia. Selain
karena ukurannya, sulitnya penggolongan juga disebabkan adanya mikroba yang mempunyai
sifat antara plantae dan animalia.
2. Sejarah pertemuan perkembangan mikrobiologi

SEJARAH MIKROBIOLOGI

Mikrobiologi adalah Suatu ilmu yang mempelajari makhluk hidup yang sangat kecil
(diameter kurang dari 0,1 mm) yang tak dapat dilihat dengan mata biasa tanpa bantuan suatu
peralatan khusus. Makhluk ini merupakan jasad renik dan mikroorganismeMikroorganisme
meliputi berbagai disiplin ilmu seperti bakteriologi, virologi, mikologi dan
parasitologi.Mikroorganisme berkaitan dengan penyakit infeksi dan dicari jalan bagaimana
pencegahan, penanggulangan, serta pemberantasannya.

Sebagai contoh dgn ditemukannya antibiotik kemoterapi yg mrpkan suatu kemenangan

besar bagi ilmu kedokteran dalam memerangi kuman-kuman penyebab infeksi, tidaklah berarti
bahwakuman-kuman tersebut terkalahkan, karena kenyataannya mereka mampu menimbulkan
infeksi.

Penyakit infeksi sebenarnya sudah dikenal sejak zaman dulu, orang-orang menganggap
bahwa penyakit infeksi merupakan suatu kutukan para dewa atas dosa-dosa manusia.

Kemudian muncul hipocrates dengan angapan bahwa penyebab infeksi terdiri dari dua faktor :

a. Faktor intrinsik, yang terdapat dalam tubuh penderita

b. Faktor ekstrinsik yang terdapat diluar yaitu berhubungan dengan udara yang karena
sesuatu hal yang tidak diketahui berubah menjadi buruk/rusak (malaria).
3. Kelompok Mikroorganisme

Mikrobiologi adalah kajian organisme yang sangat kecil untuk dapat dilihat dengan mata
telanjang Perkembangan mikrobiologi sebagai disiplin ilmu tergantung pada ketersediaan
mikroskop dan kemampuan untuk mengisolasi dan menumbuhkan kultur murni mikroorganisme.
Banyak penyakit disebabkan oleh infeksi virus, bakteri, jamur, dan protozoa Postulat Koch
digunakan untuk menjelaskan hubungan sebab akibat antara mikroorganisme dan penyakit.
Mikroorganisme tidak timbul secara spontan tetapi berasal dari mikroorganisme lain.
Mikroorganisme mempunyai satu dari dua tipe sel dasar yaitu prokariotik dan eukariotik.
Microorganisms are responsible for many of the changes observed in organic and inorganic
matter, such as fermentation.

a. Penemuan Mikroorganisme
Mahluk hidup yang tidak dapat dilihat diduga ada dan dianggap sebagai penyebab penyakit jauh
sebelum mahluk hidup tersebut bisa diamati.

1) Antony van Leeuwenhoek (1632-1723) mengkonstruksi mikroskop dan orang pertama

yang mengamati dan mendeskripsikan mikroorganisme secara akurat.
2) Konflik tentang  Generasi Spontan

· Usulan konsep generasi spontan meyakini bahwa organisme hidup dapat berkembang dari
materi tidak hidup atau dekomposisi.

· Francesco Redi (1626-1697) membantah konsep generasi spontan dengan menunjukkan bahwa
belatung pada daging busuk berasal dari telur lalat yang meletakkan telur pada daging
tersebut, bukan dari daging itu sendiri.

· John Needham (1713-1781) mendukung teori generasi spontan dengan menunjukkan bahwa
kaldu yang dipanaskan dalam labu dan kemudian ditutup masih dapat memunculkan
mikroorganisme.

· Lazzaro Spallanzani (1729-1799) menunjukkan bahwa labu yang ditutup dan kemudian
dididihkan tidak ada mikroorganisme yang tumbuh, dan menyatakan bahwa udara yang masuk
ke labu medium membawa benih, dan udara mungkin diperlukan untuk mendukung
pertumbuhan organisme yang sudah ada di medium.

· Louis Pasteur (1822-1895) menjebak organisme yang terbawa udara dalam kapas, dia juga
memanaskan leher labu angsa, mensteril meida, membiarkan labu terbuka; hasil percobaan
menunjukkan tidak ada pertumbuhan organisme sebab partikel debu yang membawa organisme
tidak mencapai medium; namun debu terjebak dalam leher labu; jika leher labu dipecah, debu
akan mencapai medium dan organisme akan tumbuh; dengan cara ini, Pasteur telah mematahkan
teori generasi spontan.

· John Tyndall (1820-1893) menunjukkan bahwa debu membawa mikroba dan jika debu tidak
ada, medium tetap steril, bahkan jika medium terdedah udara. Tydall juga memberikan bukti
keberadaan bakteri yang resisten panas.
 b) Mikroorganisme sebagai agen penyakit. Pengenalan hubungan antara mikroorganisme
dan penyakit

1) Agostino Bassi (1773-1856) menunjukkan bahwa penyakit ulat sutra disebabkan jamur

2) M. J. Berkeley (± 1845) menunjukkan bahwa penyakit kentang (the Great Potato Blight)
Irlandian disebabkan oleh jamur.

3) Louis Pasteur menunjukkan bahwa penyakit (péine) ulat sutra disebabkan oleh parasit
protozoa.

4) Joseph Lister (1872-1912) menunjukkan suatu sistem pembedahan yang dirancang untuk
mencegah mikroorganisme menginfeksi luka bedah, sehingga pasiensi jauh lebih sedikit yang
terinfeksi pascaoperasi;  Lister memberikan bukti tidak langsung bahwa mikroorganisme adalah
agen penyebab penyakit manusia.

5) Robert Koch (1843-1910), yang menggunakan kritetia yang dikembangkan oleh gurunya,
Jacob Henle (1809-1895), dapat menjelaskan hubungan antara Bacillus anthracis and anthrax;
kriterianya dikenal sebagai postulat Koch dan masih digunakan untuk menjelaskan hubungan
antara mikroorganisme tertentu dengan penyakit tertentu:

 Mikroorganisme harus ada di setiap kasus penyakit tetapi tidak ada pada individu sehat
 Mikroorganisme yang dicurigai (suspected) harus dapat diisolasi dan ditumbuhkan dalam
kultur murni
 Penyakit yang sama harus timbul jika mikroorganisme hasil isolasi diinokulasi tersebut
pada individu sehat.
 Mikroorganisme yang sama harus ditemukan lagi dari individu yang sakit tersebut

6) Kerja Koch dikorfirmasi secara independen oleh Pasteur.

4. Taksonomi, Nomenklatur morfologi dan struktur flora normal.

Taksonomi Nomenklatur Taksonomi/ pengklasifikasian adalah penyusunan organisme kedalam
kelompok taksonomi berdasarkan kemiripan atau hubungannya. Nomenklatur/ tata nama adalah
penamaan suatu organisme melalui aturan internasional menurut ciri khasnya.
Mikrobiologi Dalam Dunia Kebidanan Manfaat mikrobiologi dalam bidang kesehatan adalah
dalam menghasilkan antibiotika. Dan yang paling penting nyata digunakan dalam bidang
kesehatan adalah pembuatan vaksinasi dari mikroorganisme yang digunakan dalam imunisasi.
Dasar dasar klasifikasi :
a) 1.Berdasarkan persamaan yang dimiliki
b) 2.Berdasarkan perbedaan yang dimiliki
c) 3.Berdasarkan ciri morfologi yang dimiliki
d) 4.Berdasarkan ciri biokimia
e) 5.Berdasarkan manfaat

tujuannya :
a) Membedakan antara suatu kelompok dengan kelompok yang lain
b) Memudahkan dalam mengenal ciri ciri kelompok
c) Menyusun hubungan kekerabatan antara kelompok
d) .Mewujudkan tingkatan takson dalam taksonomi Metode
penamaan/nomenklatur
Morfologi dan struktur flora normal Morfologi adalah ilmu yang mempelajari
tentang bentuk organisme terutama hewan dan tumbuhan dan mencakup bagian-
bagiannya. Flora normal adalah kumpulan mikroorganisme yang secara alami mendiami
permukaan dalam dan luar dari tubuh manusia normal dan sehat.

a) Flora norma yang terdapat ditubuh manusia

1) Flora normal yang terdapat dikulit Berikut ini flora-flora norma yang ada di kulit:
  Staphyloccus epidermidis
 Streptococcus
 Diphtheroid
 Micrococcus

2) Flora norma yang terdapat di hidung:

 Staphylococcus aureus
 Streptococcus
 Micrococcus
 diphtheroid
3) Flora normal yang terdapat pada konjungtiva:

 Staphylococcus epidermidis
 Stertococcus
 Propionibacteriumacnes
 Haemophilus sp.
 Neisseria sp.
4) Flora yang terdapat di vagina Mengalami perubahan flora dengan bertambahnya usia:
 Sebelum pubertas, flora dominan adalah staphylococcous, streptococus,
diphtheroid, dan escherichia coli
 Setelah pubertas, aerophillus mendominasi,dan fermentasi glikogen oleh
bakteri berperan untuk menjaga pH asam, yang mencegah pertumbuhan
lebih dari organisme vagina lainnya.

5. Hubungan Hospes dan Lingkungan

Hubungan Kuman Dengan Hospes Dan Lingkungan Hubungan kuman dengan hospes
kebanyakan interaksi kuman-hospes tidak terwujud dalam bentuk sakit. Wujud hubungan
kuman- hospes tersebut ditentukan oleh keseimbangan antara virulensi kuman dan daya tahan
hospes. Hubungan kuman dengan lingkungan Bentuk hubungan mikroorganisme dengan
lingkungan dapat dibagi menjadi dua yaitu :
a) Hubungan kuman dengan lingkungan Biotik, meliputi :
1) Bebas Hama
2) Sintrofisme
3) Netralisme
4) Kompetisi
5) Antagonisme
6) Simbiosis
Terdapat 3 jenis simbiosis yaitu :
a) Mutualisme
b) Komensalisme
c) Parasitisme

Hubungan kuman dengan lingkungan abiotik, meliputi :

a) Suhu
b) pH ( Konsentrasi ion Hidrogen )
c) Tersedianya air dan Kelembaban Udara relatif ( RH )
d) Oksigen

6. Pengelolaan Spesimen
Spesimen adalah cara pengambilan/penyimpanan/pengiriman spesimen. Adapun tujuan
dari pemahaman cara pengelolaan spesimen tersebut adalah agar spesimen dapat memberikan
hasil yang akurat dalam pemeriksaan secara makroskopis/mikroskopis dan spesimen tidak rusak
dalam rentang waktu pengiriman ke laboratorium. Pengelolaan specimen

7. Pertumbuhan, Pembiakan dan Metabolisme

Pertumbuhan, perbiakan dan metabolisme •Pertumbuhan adalah proses pertambahan
ukuran, volume dan massa yang bersifat irreversible(tidak dapat balik) karena adanya
pembesaran sel dan pertambahan jumlah sel akibat adanya proses pembelahan sel. •Pembiakan
ialah proses biologi untuk melahirkan organisma yang baru.•Metabolisme semua reaksi kimia
yang terjadi dalam organisme hidup untuk memperoleh dan menggunakan energi, sehingga
organisme dapat melaksanakan berbagai fungsi hidup

B. KONSEP DASAR PARASITOLOGI

1. Pengertian Parasitologi.

Parasit adalah organisme yang hidupnya menumpang ( mengambil makanan dan kebutuhan
lainnya ) dari makhluk hidup lain. Organisme yang ditumpangi atau mendukung parasit tersebut
disebut Host atau inang atau tuan rumah. Parasitisme adalah hubungan timbal balik antara satu
organisme dengan organisme lain untuk kelangsungan hidupnya, dimana salah satu organisme
dirugikan oleh organisme lainnya. Parasitologi medis adalah ilmu yang mempelajari tentang
semua organisme parasit pada manusia. Parasit yang termasuk dalam parasitologi medis ialah
protozoa, cacing, dan beberapa arthropoda. Menurut tempat hidupnya di tubuh manusia, parasit
dibedakan menjadi endoparasit dan ektoparasit.

a. Endoparasit adalah parasit yang hidup di dalam tubuh manusia, misalnya : di

dalam darah, otot dan usus, contohnya Plasmodium sp.
b. Ektoparasit adalah parasit yang hidup menempel pada bagian luar kulit dan
kadang – kadang masuk ke dalam jaringan di bawah kulit, misalnya Sarcoptes
scabei.

Menurut tingkat ketergantungannya, parasit dibedakan menjadi :

a. Obligat parasit adalah parasit yang tidak bisa hidup bila tidak menumpang pada host,
misalnya Plasmodium sp.
b. Fakultatif parasit adalah parasit yang dalam keadaan tertentu dapat hidup sendiri di alam,
tidak menumpang pada host, misalnya Strongyloides stercoralis.
c. Parasit tidak permanen adalah parasit yang hidupnya berpindah- pindah dalam satu tuan
rumah ke tuan rumah yang lain. Contoh : nyamuk, kutu.

Menurut derajat parasitisme, parasit dibagi menjadi :

 a. Komensalisme adalah hubungan dimana suatu organisme mendapat keuntungan jasad
lain akan tetapi organisme tersebut tidak dirugikan.
b. Mutualisme adalah hubungan dua jenis organisme yang keduanya mendapatkan
keuntungan.
c. Simbiosis adalah hubungan permanen antara dua organisme dan tidak dapat hidup
terpisah.

8. Istilah Mikrobiologi
.Eukaryot : kelompok makhluk yang sudah mempunyai
membran inti
kelompok makhluk yang tidak mempunyai
membran inti sebernarnya karena tidak ada
.Prokariot
membrane inti yang memisahkan DNA dari
sitoplasma.
penghancuran suatu jasad hidup oleh jasad
Antibiosis
hidup lainnya
senyawa yang dihasilkan oleh mikroba untuk
membunuh mikroba lain yang ada
Antibiotic disekitarnya atau bahan kemoterapeutik yang
terjadi sebagai produk sampingan kegiatan
metabolisme bakteri atau fungi
proses pengurangan jumlah mikroorganisme
Antisepsis pada kulit, selaput lendir atau jaringan tubuh
lain menggunakan anti mikroba
bahan kimia yang mencegah pertumbuhan
dengan menghambat pertumbuhan atau
Antiseptic memusnahkan mikroorganisme, digunakan
untuk bagian tubuh pada jaringan hidup
terutama kulit
archaebacteria kelompok bakteri yang secara evolusi
muncul lebih dulu (bakteri primitif) yang
hidup pada habitat yang ekstrim seperti
 sumber air panas dan telaga garam
suatu keadaan yang di dalamnya bebas dari
segala macam bentuk kehidupan
Aseptis
(mikroorganisme) yang dapat menginfeksi
atau mengkontaminasi
suatu pigmen menyerupai klorofil yang
Bakteriokhlorofil
dimiliki bakteri fotosintetik
CFU (colony organisme tertentu yang cenderung
forming unit) membentuk kelompok berantai
organisme yang dapat menggunakan oksigen
Fakultatif anaerob
bebas atau dapat tumbuh secara anaerob
perubahan pada suatu lingkungan gen dari
keadaan dimana terdapat paling tidak dua
Fiksasi
varian gen tertentu (alel) menjadi keadaan
dimana hanya ada satu alel yang tersisa
suatu teknik pewarnaan dinding sel pada
bakteri yang terdiri dari lapisan
Gram -
peptidoglycan yang tipis, lipid yang lebih
tinggi dan menghasilkan warna merah
suatu teknik pewarnaan dinding sel pada
bakteri yang terdiri dari lapisan
Gram +
peptidoglycan yang tebal, lipid yang lebih
rendah dan mengasilkan warna ungu
bakteri yang pada saat pewarnaan Gram
menampakkan warna ungu dan lainnya
merah jingga, tidak semua bakteri dapat
Gram variable secara definit diklasifikasikan oleh teknik
pewarnaan Gram sehingga membentuk
Gram variabel dan kelompok Gram tak tentu
juga
Penjagaan biakan bakteri dalam kondisi
yang menguntungkan bagi pertumbuhan atau
Inkubasi
pembiakan (kultivasi) bakteri yang
dilakukan di dalam tabung atau cawan petri
 Pemindahan sel-sel mikroorganisme dari
Inokulasi biakan ke medium steril dengan jarum atau
lingkaran inokulasi yang steril
biakan digoreskan pada permukaan medium
Inokulasi cara agar hara dengan cara yang memisahkan
gores organisme sehingga berkembang koloni
yang terisolasi.
suatu alat yang digunakan untuk menanam
mikroba pada piring biakan atau
Inokulum
mikroorganisme yang digunakan untuk
pemindahan ke dalam medium
memisahkan satu sel mikroorganisme dari
Isolasi mikroorganisme lainnya dalam media untuk
menghasilkan satu koloni.
bentuk perlakuan untuk meningkatkan
Isolate
produk
sejenis buluk cendawan bermiselium halus,
Kapang/ mold/
tidak memiliki badan buah khusus/ sejenis
fungus
jamur yang tumbuh dipermukaan roti
ragi, fungi ekasel (uniseluler) yang beberapa
jenis spesiesnya umum digunakan untuk
Khamir/ yeast membuat roti, fermentasi minuman
beralkohol dan bahkan digunakan percobaan
sel bahan bakar
suatu kumpulan
Koloni organisme/mikroorganisme/kaum yang
terdapat pada berbagai hewan tingkat rendah
teknik pemeliharaan jaringan atau sel bagian
Kultur murni
dari individu secara alami
Kultur/ biakan Pertanaman sel atau jaringan di laboratorium
atau pembudidayaan sel atau jaringan pada
medium buatan, umunya dilakukan pada
medium agar dalam tabung reaksi/ teknik
perbanyakan sel atau jaringan dengan cara
 mengisolasi eksplan.
mikroba yang dapat menimbulkan penyakit
Kuman dengan ukuran yang sangat kecil sehingga
tidak bisa dilihat dengan mata telanjang
Medium substansi hara yang digunakan untuk
menumbuhkan mikroorganisme, substansi
ini dapat berupa medium padat maupun cair
yang telah ditambahi agar atau bahan untuk
kultur bakteri, sel ataupun jaringan
tekhnik menanam dengan menyebarkan
Metode sebar suspensi bakteri dipermukaan agar supaya
diperoleh kultur murni
prosedur yang direka untuk mendapatkan
Metode tuang
koloni terpisah pada cawan agar hara
mikroorganisme yang hidup paling baik
Mikro aerofilik dengan tekanan oksigen yang dikurangi/
rendah.
Kajian tentang makhluk hidup yang
berukuran sangat kecil yang tidak bias
Mikrobiologi
dilihat dengan mata telanjang dan dengan
bantuan mikroskop
Kajian tentang makhluk hidup yang
Mikroorganisme/ berukuran sangat kecil yang tidak bias
mikroba dilihat dengan mata telanjang dan dengan
bantuan mikroskop
Cara membunuh kuman/bakteri dll dari
makanan-minuman dengan cara dipanaskan,
Pasteurisasi
kurang sedikit dari 100°C atau pada suhu
yang cukup relatif rendah
cincin DNA kecil dalam sitoplasma yang
biasa terpadat pada bakteri. Plasmid sering
Plasmid
digunakan dalam percobaan-percobaan DNA
rekombinan
Postulat Koch empat criteria yang dirumuskan Robert Koch
 pada 1884 dan disaring dan diterbitkan pada
tahun 1890
Ada kuman dalam suatu jaringan atau
kondisi medis serius dimana terjadi
Sepsis
peradangan di seluruh tubuh yang
disebabkan oleh infeksi
sesuatu yang bebas dari mikroba beserta
Steril
sporanya baik itu barang, lingkungan dsb
mematikan semua bentuk kehidupan dalam
Sterilisasi daerah tertentu agar terbebas dari berbagai
macam kuman penyakit
Sterilisasi fraksi, pendekatan terhadap uap
panas selama 30 menit setiap hari selama 3
Tyndalisasi
hari berturut-turut untuk mematikan sel-sel
vegetative
produk yang mengandung antigen, yang
terdiri atas organism pathogen yang
Vaksin dimatikan, organisme hidup yang tidak
vorulen (dilemahkan), atau eksotoksin yang
tidak diaktifkan (toksoid)
pemberian vaksin pada makhluk untuk
Vaksinasi
memberikan kekebalan terhadap penyakit
parasit intrasel obligat (aseluler) yang
Virus
menginfeksi sel organisme biologis.

9. Ruang Lingkup Parasitisme

Dalam mempelajari parasitologi diperlukan pengertian dan pendekatan ekologi serta
memahami ekologi parasit yang merupakan dasar pembahasan berbagai masalah antara lain
masuknya parasit ke dalam hospes, kepadatan parasit, inang dan sebagainya. Demikian juga
untuk memahami penyebarannya perlu dipelajari mikro distribusi parasit. Faktor-faktor yang
berpengaruh terhadap kehidupan parasit antara lain air, temperatur, sinar matahari, waktu, flora
dan fauna. Semua makhluk hidup itu bereaksi terhadap banyak faktor-faktor tersebut secara
bersama-sama, tidak terhadap faktor satu demi satu. Selanjutnya dalam mencegah dan mengobati
penyakit secara umum dengan tindakan praktis, khususnya dalam pencegahan serta
pemberantasannya. (SUMAMPOUW, & Oksfriani,J .2019)

C. KONSEP PENCEGAHAN DAN PENGENDALIAN INFEKSI.

1. Pengertian Infeksi Serta Infeksi Nosocomial
a. Infeksi
Secara umum istilah Infeksi biasa kita definisikan sebagai suatu penyakit yang diakibatkan
karena tubuh kita telah kemasukan kuman atau virus, ini benar akan tetapi pengertian infeksi
yang lebih tepatnya adalah : suatu keadaan dimana adanya suatu organisme pada jaringan tubuh
yang disertai dengan gejala klinis baik itu bersifat lokal maupun sistemik seperti demam atau
panas sebagai suatu reaksi tubuh terhadap organisme tersebut. Jika gejala demam tersebut
bersifat mendadak, maka disebabkan oleh infeksi virus. Akan tetapi jika demamnya secara
bertahap atau lambat, maka biasanya disebabkan oleh infeksi bakteri.

Secara Definisi, Infeksi adalah kolonalisasi yang dilakukan oleh spesies asing (luar) terhadap
organisme inang (tubuh), dan bersifat pilang yaitu membahayakan inang. Organisme
penginfeksi, atau patogen, menggunakan sumberdaya (sarana) yang dimiliki inang untuk dapat
memperbanyak diri dan itu merugikan inang. Patogen mengganggu fungsi normal inang
berakibat pada luka kronik, gangrene, kehilangan organ tubuh, bahkan kematian. Respons inang
terhadap infeksi disebut peradangan. Secara umum, patogen umumnya dikategorikan sebagai
organisme mikroskopik, walaupun sebenarnya definisinya lebih luas, mencakup bakteri, parasit,
fungi, virus, prion, dan viroid. Simbiosis antara parasit dan inang, di mana salah satu pihak
diuntungkan dan pihak lainnya dirugikan, digolongkan sebagai parasitisme. Cabang kedokteran
yang menitikberatkan infeksi dan patogen adalah cabang penyakit infeksi.

Secara umum infeksi ini terbagi menjadi dua golongan besar, yaitu :
 Infeksi yang terjadi karena terpapar oleh antigen dari luar tubuh
 Infeksi yang terjadi karena difusi cairan tubuh atau jaringan, seperti virus HIV, karena
virus tersebut tidak dapat hidup di luar tubuh.
Infeksi awal
Setelah menembus jaringan, patogen dapat berkembang pada di luar sel tubuh (ekstraselular)
atau menggunakan sel tubuh sebagai inangnya (intraselular). Patogen intraselular lebih lanjut
dapat diklasifikasikan lebih lanjut:
 patogen yang berkembang biak dengan bebas di dalam sel, seperti : virus dan beberapa
bakteri (Chlamydia, Rickettsia, Listeria).
 patogen yang berkembang biak di dalam vesikel, seperti Mycobacteria.
Jaringan yang tertembus dapat mengalami kerusakan oleh karena infeksi patogen, misalnya oleh
eksotoksin yang disekresi pada permukaan sel, atau sekresi endotoksin yang memicu sekresi
sitokina oleh makrofaga, dan mengakibatkan gejala-gejala lokal maupun sistemik

Infeksi yang muncul selama seseorang dirawat dan mulai menunjukkan suatu gejala selama
dirawat atau setelah dirawat disebut infeksi nosokomial. Secara umum, pasien yang masuk
rumah sakit dan menunjukkan tanda infeksi yang kurang dari 72 jam menunjukkan bahwa masa
inkubasi penyakit telah terjadi sebelum pasien masuk rumah sakit, dan infeksi yang baru
menunjukkan gejala setelah 72 jam pasien berada dirumah sakit baru disebut infeksi nosocomial.

b. Infeksi Nasocomial.
Infeksi nosokomial atau infeksi yang diperoleh dari rumah sakit adalah infeksi yang tidak
diderita pasien saat masuk ke rumah sakit melainkan setelah ± 72 jam berada di tempat
tersebut. Infeksi ini terjadi bila toksin atau agen penginfeksi menyebabkan infeksi
lokal atau sistemik. Contoh penyebab terjadinya infeksi nosokomial adalah
apabila dokter atau suster merawat seorang pasien yang menderita infeksi
karena mikroorganisme patogen tertentu kemudian mikroorganisme dapat ditularkan ketika
terjadi kontak. Selanjutnya, apabila suster atau dokter yang sama merawat pasien lainnya, maka
ada kemungkinan pasien lain dapat tertular infeksi dari pasien sebelumnya. Ada beberapa
pedoman yang dapat digunakan untuk mencegah terjadinya infeksi nosokomial, yaitu
pencegahan infeksi dari kateter untuk saluran urin, kontrol infeksi pada pekerja rumah sakit,
pencegahan infeksi intravaskuler, isolasi pencegahan di rumah sakit, pencegahan pneumonia dari
rumah sakit, serta pencegahan infeksi dari peralatan operasi. Rumah sakit merupakan suatu
tempat dimana orang yang sakit dirawat dan ditempatkan dalam jarak yang sangat dekat. Di
tempat ini pasien mendapatkan terapi dan perawatan untuk dapat sembuh. Tetapi, rumah sakit
selain untuk mencari kesembuhan, juga merupakan depot bagi berbagai macam penyakit yang
berasal dari penderita maupun dari pengunjung yang berstatus karier. Kuman penyakit ini dapat
hidup dan berkembang di lingkungan rumah sakit, seperti; udara, air, lantai, makanan dan benda-
benda medis maupun non medis. Terjadinya infeksi nosokomial akan menimbulkan banyak
kerugian, antara lain: lama hari perawatan bertambah panjang, penderitaan bertambah, biaya
meningkat.

2. Pathogenesis Infeksi Nasokomial.

Infeksi oleh populasi kuman rumah sakit terhadap seseorang pasien yang memang sudah lemah
fisiknya tidaklah terhindarkan. Lingkungan rumah sakit harus diusahakan agar sebersih mungkin
dan sesteril mungkin. Hal tersebut tidak selalu bisa sepenuhnya terlaksana, karenanya tak
mungkin infeksi nosokomial ini bisa diberantas secara total (Yohanes,2010). Setiap langkah
yang tampaknya mungkin, harus dikerjakan untuk menekan risiko terjadinya infeksi nosokomial.
Yang paling penting adalah kembali kepada kaidah sepsis dan antisepsis dan perbaikan sikap /
perilaku personil rumah sakit (dokter, perawat) (Yohanes,2010). Pada pasien dengan daya tahan
yang kurang oleh karena penyakit kronik, usia tua, dan penggunaan imunosupresan,
mikroorganisme yang awalnya non-patogen dan hidup simbiosis berdampingan secara damai
dengan 12 penjamu, akibat daya tahan yang turun, dapat menimbulkan infeksi oportunistik.
Maka infeksi nosokomial bisa merupakan suatu infeksi oportunistik
3. Sumber Terkontaminasi

a. Terkontaminasi secara kontak Penularan ini dapat terjadi baik secara kontak
langsung, kontak tidak langsung dan droplet. Kontak langsung terjadi bila sumber
infeksi berhubungan langsung dengan penjamu, misalnya person to person pada
penularan infeksi hepatitis A virus secara fekal oral. Kontak tidak langsung terjadi
apabila penularan membutuhkan objek perantara (biasanya benda mati). Hal ini
terjadi karena benda mati tersebut telah terkontaminasi oleh sumber infeksi, misalnya
kontaminasi peralatan medis oleh mikroorganisme (Uliyah dkk, 2006; Yohanes,
2010).
b. Terkontaminasi melalui common vehicle Penularan ini melalui benda mati yang
telah terkontaminasi oleh kuman dan dapat menyebabkan penyakit pada lebih dari
satu pejamu. Adapun jenis-jenis common vehicle adalah darah/produk darah, cairan
 intra vena, obat-obatan, cairan antiseptik, dan sebagainya (Uliyah dkk, 2006;
Yohanes, 2010).
c. Terkontaminasi melalui udara dan inhalasi Penularan ini terjadi bila
mikroorganisme mempunyai ukuran yang sangat kecil sehingga dapat mengenai
penjamu dalam jarak yang cukup jauh dan melalui saluran pernafasan. Misalnya
mikroorganisme yang terdapat dalam sel-sel kulit yang terlepas akan membentuk
debu yang 10 dapat menyebar jauh (Staphylococcus) dan tuberkulosis (Uliyah dkk,
2006; Yohanes, 2010).
d. Terkontaminasi dengan perantara vektor Penularan ini dapat terjadi secara
eksternal maupun internal. Disebut penularan secara eksternal bila hanya terjadi
pemindahan secara mekanis dari mikroorganime yang menempel pada tubuh vektor,
misalnya shigella dan salmonella oleh lalat. Penularan secara internal bila
mikroorganisme masuk kedalam tubuh vektor dan dapat terjadi perubahan biologik,
misalnya parasit malaria dalam nyamuk atau tidak mengalami perubahan biologik,
misalnya Yersenia pestis pada ginjal (flea) (Uliyah dkk, 2006; Yohanes, 2010).
e. Terkontaminasi melalui makanan dan minuman Penyebaran mikroba patogen
dapat melalui makanan atau minuman yang disajikan untuk penderita. Mikroba
patogen dapat ikut menyertainya sehingga menimbulkan gejala baik ringan maupun
berat (Uliyah dkk, 2006).

4. Tanda Dan Gejala Infeksi Serta Infeksi Nasokomial

Gejala yang diderita oleh penderita infeksi nosokomial dapat bervariasi, tergantung penyakit
infeksi yang terjadi. Gejala yang dapat muncul antara lain:

a. Demam
b. Ruam di kulit
c. Sesak napas
d. Denyut nadi yang cepat
e. Tubuh terasa lemas
f. Sakit kepala
g. Mual atau muntah
Selain gejala umum yang disebutkan di atas, gejala juga bisa timbul sesuai jenis infeksi
nasokomial yang terjadi, seperti:

a. Infeksi aliran darah, dengan gejala berupa demam, menggigil, tekanan darah menurun,
atau kemerahan dan nyeri pada tempat pemasangan infus bila infeksi terjadi melalui
pemasangan infus
b. Pneumonia, dengan gejala berupa demam, sesak napas, dan batuk berdahak
c. Infeksi luka operasi, dengan gejala berupa demam, kemerahan, nyeri, dan keluarnya
nanah pada luka
d. Infeksi saluran kemih, dengan gejala berupa demam, sakit saat buang air kecil, sulit
buang air kecil, sakit perut bagian bawah atau punggung, dan terdapat darah pada urine

5. Pencegahan Infeksi Nasokomial

Langkah-langkah pencegahan infeksi nosokomial menjadi tanggung jawab seluruh orang yang
berada di rumah sakit, termasuk petugas kesehatan, seperti dokter dan perawat, pasien, dan orang
yang berkunjung. Beberapa langkah yang dapat dilakukan untuk mencegah penyebaran infeksi
ini adalah:

a. Cuci tangan

Penting bagi semua orang yang berada di rumah sakit untuk mencuci tangan dengan cara yang
benar sesuai rekomendasi WHO. Ada 5 waktu wajib untuk cuci tangan saat berada di rumah
sakit, yaitu:

a) Sebelum memegang pasien

b) Sebelum melakukan prosedur dan tindakan kepada pasien
c) Setelah terpapar dengan cairan tubuh (misalnya darah, urin, atau feses)
d) Setelah menyentuh pasien
e) Setelah menyentuh barang-barang di sekitar pasien

b. Jaga kebersihan lingkungan rumah sakit

Lingkungan rumah sakit perlu dibersihkan dengan cairan pembersih atau disinfektan. Lantai
rumah sakit perlu dibersihkan sebanyak 2–3 kali per hari, sementara dindingnya perlu
dibersihkan setiap 2 minggu.

c. Gunakan alat sesuai dengan prosedur

Tindakan medis dan penggunaan alat atau selang yang menempel pada tubuh, seperti infus, alat
bantu napas, atau kateter urine, harus digunakan dan dipasang sesuai SOP (standar operasional
prosedur) yang berlaku di tiap-tiap rumah sakit dan sarana kesehatan.

d. Tempatkan pasien berisiko di ruang isolasi

Penempatan pasien harus sesuai dengan kondisi dan penyakit yang diderita. Contohnya, pasien
dengan daya tahan tubuh yang rendah atau pasien yang berpotensi untuk menularkan penyakit ke
pasien lain akan ditempatkan di ruang isolasi.

e. Gunakan APD (alat pelindung diri) sesuai SOP

Staf dan setiap orang yang terlibat dalam pelayanan di rumah sakit perlu menggunakan alat
pelindung diri sesuai SOP, seperti sarung tangan dan masker, saat melayani pasien.

6. Pengendalian Infeksi

Pengendalian infeksi nosokomial bertujuan untuk menekan dan memindahkan

perkembangan infeksi pada penderita yang sedang dirawat di rumah sakit ataupun mengurangi
angka infeksi yang terjadi di rumah sakit. Sebagian infeksi nosokomial ini dapat dicegah dengan
strategi yang telah tersedia secara relatif murah, yaitu: a. menaati praktik pencegahan infeksi
yang dianjurkan, terutama kebersihan dan kesehatan tangan serta pemakaian sarung tangan 16 b.
memperhatikan dengan seksama proses yang telah terbukti bermanfaat untuk dekontaminasi dan
pencucian peralatan dan benda lain yang kotor, diikuti dengan sterilisasi atau desinfektan tingkat
tinggi c. meningkatkan keamanan dalam ruang operasi dan area berisiko tinggi lainnya
sebagaiman kecelakaan perlukaan yang sangat serius dan paparan pada agen penyebab infeksi
sering terjadi
 D. PEMERIKSAAN MIKROBIOLOGI
1. Perkembangan diagnostik mikrobiologi
Mikrobiologi diagnostik adalah studi tentang identifikasi mikroba. Sejak penemuan teori
kuman penyakit , para ilmuwan telah menemukan cara untuk memanen organisme
tertentu. Menggunakan metode seperti media diferensial atau sekuensing genom , dokter dan
ilmuwan dapat mengamati fungsi baru dalam organisme untuk diagnosis organisme yang lebih
efektif dan akurat. Metode yang digunakan dalam mikrobiologi diagnostik sering digunakan
untuk mengambil keuntungan dari perbedaan tertentu dalam organisme mencapai informasi
tentang spesies apa itu, seringkali melalui referensi penelitian sebelumnya. Studi baru
memberikan informasi yang dapat dirujuk kembali oleh ilmuwan lain sehingga ilmuwan dapat
memiliki pengetahuan dasar tentang organisme yang dia tangani.
2. Pemeriksaan Mikrobiologi
a) Pemeriksaan Langsung Pemeriksaan Mikroskopik langsung digunakan untuk mengamati
pergerakan, dan  pembelahan secara biner, mengamati bentuk dan ukuran sel yang alami,
yang pada saat mengalami fixasi panas serta selama proses pewarnaan mengakibatkan
beberapa perubahan. Cara yang paling baik adalah dengan membuat sediaan tetesan gantung.
Teknik pewarnaan dikelompokkan menjadi beberapa tipe, berdasarkan respon sel  bakteri
terhadap zat pewarna dan sistem pewarnaan yang digunakan.
1) Untuk pemisahan kelompok bakteri digunakan pewarnaan Gram, dan
pewarnaan acid fast /tahan asam untuk Mycobacterium.
2) Untuk melihat struktur digunakan pewarnaan flagel, pewarnaan kapsul,
pewarnaan spora, dan pewarnaan nukleus. 5 Pewarnaan Neisser atau Albert
digunakan untuk melihat granula metakromatik (volutin bodies) pada
Corynebacterium diphtheriae. Untuk semua prosedur pewarnaan
mikrobiologis dibutuhkan pembuatan apusan lebih dahulu sebelum
melaksanakan beberapa teknik pewarnaan yang spesifik. Caranya tidak sulit
tetapi membutuhkan kehati-hatian dalam  pembuatannya.

Tahap-tahap yang harus dilakukan secara hati-hati, adalah sebagai berikut :

 Menyiapkan kaca objek: menghapus lemak atau minyak untuk membersihkan

kaca dengan menggunakan air hangat atau serbuk penggosok, selanjutnya dengan
 suatu campuran air dan alkohol (alkohol 95%), kemudian kaca dikeringkan dan
disimpan di atas lap laboratorium sampai siap untuk digunakan.
 Pembuatan apusan: menghindari apusan yang tebal dan rapat adalah penting
secara mutlak. Suatu apusan yang baik merupakan selapis tipis. Apusan dapat
dibuat dari kultur kaldu atau medium kultur padat dengan berbagai cara.
 Dari kultur kaldu, pengambilan satu atau dua loop kultur sel dapat langsung
dipindahkan ke kaca objek dengan loop inokulasi steril dan sebarkan secara
merata kira-kira sebesar uang logam.
 Dari medium padat: mikroorganisme yang diambil dari medium padat
menghasilkan  pertumbuhan yang tebal dan rapat, tidak dapat langsung
dipindahkan ke atas kaca objek. Pemindahan sel dari kultur dilakukan dengan
menggunakan jarum inokulasi steril. Hanya ujung jarum yang menyentuh kultur,
untuk mencegah pemindahan sel terlalu  banyak. Pengenceran dilakukan dengan
memutar ujung jarum di atas tetesan air, sampai kelihatan semitransparan.
Sebelum proses selanjutnya , apusan dibiarkan kering. Jangan ditiup, biarkan
kering di udara.

Fiksasi panas: tanpa difiksasi, apusan bakteri akan tercuci selama memasuki prosedur
pewarnaan. Fiksasi panas dibutuhkan selama protein bakteri mengalami koagulasi dan melekat di
atas permukaan kaca objek. Fiksasi panas dilakukan dengan melalukan secara cepat apusan
kering, sebanyak dua atau tiga kali di atas lidah api bunsen

3. Macam-macam uji mikrobiologi

a). Kultur Media

1) Penyiapan biakan murni Mula-mula yang disiapkan adalah cawan petri yang
mengandung media padat (agar) atau setengah padat, berupa makanan. Jika spesimen
mengandung berupa air ludah tersebut disebarkan diatas medium tersebut. Selanjutnya
mikroorganisme akan tumbuh dan berkembang biak dan akan kelihatan membentuk
bercak-bercak atau koloni, yang akan terlihat dengan mata telanjang. Selanjutnya koloni
tersebut dapat dimurnikan lagi apabila belum murni dengan cara mengambilnya dan
 memindahkannya pada cawan petri yang lain yang mengandung medium yang
diinokulasikan.
2) Tekhnik biakan murni Untuk memperoleh mikroorganisme sebagai sumber biakan murni,
ada dua cara yang sering digunakan yaitu metode gores atau streak-plate method dan
metode tuang atau  pour plate method. Cawan petri yang mengandung medium yang
dipadatkan dengan  penambahan agar. Campuran antara zat makanan atau nutritif
tersebut disebut medium.
 Metode goresan atau streak-plate method. Disiapkan medium agar steril, selanjutnya
didinginkan sampai suhu 45oC kemudian dituang ke cawan petri steril kurang lkebih
15-20 ml dan dibiarkan sampai memadat. Setelah memadat digoreskan biakan bakteri
dengan menggunakan oce atau sangkelit steril pada permukaan medium agar. Cara
penggoresan ada beberapa cara yang  berbeda yang kesemuanya ditujukan untuk
memperoleh pertumbuhan mikroorganisme yang terpisah-pisah diatas medium
biakan.
 Metode tuang atau pour plate method Cara ini adalah menginokulasi mikroorganisme
uji yang melakukan pengenceran sesuai dengan derajat kontaminasi bahan tabung uji
yang mengandung nutrien agar cair dengan suhu 15oC. selanjutnya diisikan kedalam
cawan  –  cawan petri steril dan dihomogenkan dan dibiarkan sampai memadat.
Secara alternative biakan mikroorganisme dibuat pengenceran dari setiap hasil
pengenceran dipipet sebanyak 1 ml kedalam cawan petri steril selanjutnya
ditambahkan atau dituangi medium yang sesuai yang sementara cair pada suhu 45oC.
Kemudian dihomogenkan dan dibiarkan memadat. Selanjutnya diinkubasikan pada
suhu dan waktu tertentu.

b) Uji Kepekaan Antibiotik Menurut Waluyo (2008),

pemeriksaan kepekaan kuman terhadap antibiotika dilakukan dengan :
1) Cara Cakram (Disc Method), Menggunakan cakram kertas saring yang mengandung
antibiotika/bahan kimia lain dengan kadar tertentu yang diletakkan di atas lempeng
agar yang ditanami kuman yang akan diperiksa, kemudian di inkubasi. Apabila
tampak adanya zona hambatan  pertumbuhan kuman di sekeliling cakram antibiotik,
 maka kuman yang diperiksa sensitif terhadap antibiotik tersebut. Cara ini disebut juga
cara difusi agar, yang lazim dilakukan adalah cara Kirby-Bauer.
c) Cara Tabung (Tube Dilution Method)
Membuat penipisan antibiotik pada sederetan tabung reaksi yang berisi perbenihan cair. Ke
dalam tabung-tabung tersebut dimasukkan kuman yang akan diperiksa dengan jumlah
tertentu dan kemudian dieram. Dengan cara ini akan diketahui konsentrasi terendah antibiotik
yang menghambat pertumbuhan kuman yang disebut Konsentrasi Hambat Minimal (KHM)
atau Minimal Inhibitory Concentration (MIC).

E. VIROLOGI DASAR.
1. Pengertian Virus

Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme

biologis. Virus dibedakan dari agen infeksius yang lain, karena ukurannya yang kecil
(dapat melewati membran filter bakteri) serta sifatnya sebagai parasit intraseluler obligat,
yang mutlak memerlukan sel inang untuk hidup, tumbuh, dan bermultiplikasi. Virus
hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan
sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi
sendiri. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat yang diselubungi
semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi
ketiganya. Genom virus menyandi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan
genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya. Virus merupakan
kesatuan yang mengandung asam nukleat DNA atau RNA dan mengandung protein
selubung (coat rotein). Kadang virus tertutup oleh envelope dari lipid, protein, dan
karbohidrat yang mengelilingi asam nukleat virus. Virus mungkin juga memiliki
membran lipid bilayer (atau kapsul) tapi diperoleh dari sel inang, biasanya dengan tunas
melalui membran sel inang. Jika terdapat membran, virus berisi satu atau lebih protein
virus untuk bertindak sebagai ligan untuk reseptor pada sel inang.

Struktur Virus Rentang ukuran virus dari diameter 20 nanometer, seperti

Parvoviridae, sampai beberapa ratus nanometer panjangnya, seperti Filoviridae. Semua
virus mengandung genom asam nukleat (RNA atau DNA) dan selaput protein
 pelindung/coat protein disebut kapsid. Asam nukleat virus berupa DNA atau RNA,
beruntai tunggal/single strand (ss), ataupun beruntai ganda/double strand (ds), sehingga
dikenal dengan kelompok virus ssRNA, dsRNA, ssDNA, dan dsDNA. Asam nukleat
virus dapat berbentuk linear maupun sirkuler. Kapsid (coat protein) adalah susunan
protein yang mengelilingi asam nukleat virus. Struktur kapsid sangat ditentukan oleh
asam nukleat virus. Kapsid tersusun atas subunitsubnit protein yang disebut kapsomer.
Genom asam nukleat ditambah selaput protein pelindung yang disebut nukleokapsid yang
mungkin memiliki ikosahedral, heliks, atau kompleks simetri.

Pada beberapa virus, kapsid ditutupi oleh sampul (envelope) yang umumnya
terdiri atas kombinasi antara lipid, protein, dan karbohidrat. Sampul atau selaput
(envelope) dapat ditutupi oleh struktur serupa paku (spike) yang merupakan kompleks
karbohidrat protein. Virus mendapatkan pembungkus dengan tunas melalui membran sel
inang. Spike berperan pada proses perlekatan virus pada sel inang. Virus dengan kapsid
yang tidak tertutup envelop disebut virus telanjang (non envelope virus). Pada virus ini,
kapsid melindungi asam nukleat virus dari enzim nuklease dalam cairan biologis inang
dan mendukung perlekatan virus pada sel inang yang peka.

2. Morfologi Virus
Terdapat beberapa tipe virus berdasarkan arsitektur kapsidnya

a). Virus heliks Subunit protein dapat berinteraksi satu sama lain dan dengan
asam nukleat membentuk melingkar, struktur seperti pita. Virus yang dipelajari dengan
heliks simetri terbaik adalah virus tanaman non-envelop, virus mosaik tembakau. Sifat
heliks virus ini cukup jelas dalam mikrograf elektron pewarnaan negatif karena virus
membentuk struktur seperti batang kaku. Bentuk heliks, icosahedral, dan kompleks pada
virus (Salvo, 2012)  Mikrobiologi dan Parasitologi Keperawatan  34

b). Virus polihedral Virus ini terdiri atas banyak sisi, kapsid berbentuk
ikosahedron, polihedron reguler dengan 20 permukaan triangular dan 20 sudut. Contoh:
adenovirus, poli virus.

c). Virus bersampul (enveloped) Virus berbentuk bulat. Bila virus heliks dan
polihedral ditutupi oleh envelope, maka virus ini disebut virus heliks bersampul atau
 virus pihedral bersampul. Contoh virus ini adalah virus influenza, virus rabies, dan virus
herpes simpleks (polihedral bersampul).

d). Virus kompleks Memiliki struktur yang kompleks, contoh bakterifage, kapsid
berbentuk polihedral dengan tail sheat berbentuk heliks dan poxovirus, kapsid berbentuk
tidak jelas dengan protein selubung (coat protein) di sekeliling asam nukleat.

3. Jenis Virus Dan Penyakit Yang Mempengaruhi Kesehatan Ibu Selama Hamil dan
Anak.

masuknya virus kedalam tubuh inang (manusia, hewan, tumbuh-tumbuhan termasuk

bakteri) melalui siklus lisis dan lisogenik sampai timbul gejala sakit. Virus dapat menginfeksi
inangnya dan menyebabkan berbagai akibat bagi inangnya. Ada yang berbahaya, namun juga ada
yang dapat ditangani oleh sel imun dalam tubuh sehingga akibat yang dihasilkan tidak terlalu
besar. Infeksi akut merupakan infeksi yang berlangsung dalam jangka waktu cepat namun dapat
juga berakibat fatal. Infeksi kronis B  Virologi 212 merupakan infeksi virus yang
berkepanjangan sehingga ada risiko gejala penyakit muncul kembali.

a) Virus yang mempengaruhi Ibu hamil

Infeksi virus juga bisa dialami bumil. Bahkan, kuman tersebut dapat memengaruhi janin
dalam perut. Karenanya, bumil perlu menjaga kekebalan tubuh dengan baik agar sehat
selalu selama kehamilan dan persalinan kelak. Bagi kamu yang sedang hamil, berikut
adalah beberapa infeksi yang perlu kamu tahu di mana dapat menyebabkan masalah
selama kehamilan.

1) Cacar air saat kehamilan

Ketahui bahaya virus cacar air saat kehamilan

Infeksi cacar pada kehamilan bisa berbahaya bagi ibu dan bayi, jadi sebaiknya kamu segera
periksa ke dokter jika merasa terkena penyakit satu ini.

Sekitar 95 persen wanita hamil kebal terhadap infeksi cacar air. Tetapi jika kamu belum
pernah menderita cacar air (atau tidak yakin apakah Anda sudah mengidapnya) dan
bersentuhan dengan anak atau orang dewasa yang melakukannya, segera hubungi dokter
umum, dokter kandungan, atau bidan. Tes darah akan mengetahui apakah kamu kebal atau
tidak.

2) Cytomegalovirus saat kehamilan

Cytomegalovirus (CMV) adalah virus umum yang merupakan bagian dari kelompok
herpes, yang juga dapat menyebabkan luka dingin dan cacar air. Infeksi CMV umum
terjadi pada anak kecil.

Infeksi ini bisa berbahaya selama kehamilan karena dapat menyebabkan masalah bagi
bayi yang belum lahir, seperti gangguan pendengaran, gangguan penglihatan atau
kebutaan, kesulitan belajar dan epilepsi.

CMV sangat berbahaya bagi bayi jika ibu yang hamil belum pernah mengalami infeksi
sebelumnya.

3) Streptokokus Grup B saat kehamilan

Streptokokus grup B (GBS, atau kelompok B strep) dibawa oleh hingga 30 persen orang
secara alamiah, tetapi jarang menyebabkan bahaya atau gejala. Pada wanita, bakteri
tersebut ditemukan di usus dan vagina.

Virus tersebut umumnya tidak menyebabkan masalah pada kebanyakan kehamilan.

Namun, dalam jumlah kecil, GBS menginfeksi bayi, biasanya tepat sebelum atau selama
persalinan, yang menyebabkan penyakit serius.

Jika kamu mengalami infeksi GBS, biasanya kamu disarankan menggunakan antibiotik
selama persalinan untuk mengurangi kemungkinan bayi kamu juga terkena infeksi. Tes
GBS bisa dilakukan hingga kehamilan tua. Diskusikan dengan dokter jika kamu memiliki
kecemasan pada satu ini.

4) Hepatitis saat kehamilan

Ada dua jenis virus Hepatitis yang menghantui bumil, yaitu Hepatitis B dan Hepatitis C.
Hepatitis B adalah virus yang menginfeksi hati. Penderita hepatitis B tidak selalu
menunjukkan tanda-tanda penyakit, tetapi mereka dapat menjadi pembawa dan dapat
menulari orang lain.

Virus ini menyebar melalui hubungan seks dengan orang yang terinfeksi tanpa
menggunakan kondom dan kontak langsung dengan darah yang terinfeksi. Jadi, jika
kamu sedang hamil dan ternyata menderita Hepatitis B, bayi ibu hamil bisa tertular.

Semua wanita hamil ditawarkan tes darah untuk hepatitis B sebagai bagian dari
perawatan antenatal mereka. Bayi yang berisiko harus diberikan vaksin hepatitis B saat
lahir untuk mencegah infeksi dan penyakit hati yang serius di kemudian hari.

Sama seperti Hepatitis B, virus hepatitis C menginfeksi hati dengan penularan yang sama.
Selain itu, Hepatitis C juga bisa menular melalui bergantian menggunakan jarum yang
terkena darah dan peralatan suntik narkoba. Hepatitis C juga dapat ditularkan dengan
menerima perawatan medis atau gigi di negara-negara di mana hepatitis C adalah umum
dan pengendalian infeksi mungkin buruk.

Jika ibu hamil menderita hepatitis C, kamu dapat menularkan infeksi ke bayi, meskipun
risikonya jauh lebih rendah dibandingkan dengan hepatitis B atau HIV. Ini tidak dapat
dicegah.

Bayi kamu dapat dites untuk hepatitis C dan, jika mereka terinfeksi, mereka dapat dirujuk
untuk penilaian spesialis.
 5) Herpes saat kehamilan

Infeksi herpes genital bisa berbahaya untuk bayi yang baru lahir. Ibu hamil bisa
mendapatkan herpes melalui kontak genital dengan orang yang terinfeksi atau dari seks
oral dengan seseorang yang memiliki cold sores (herpes oral).

Infeksi awal menyebabkan lecet atau bisul yang menyakitkan pada alat kelamin. Wabah
yang kurang parah biasanya terjadi selama beberapa tahun setelahnya.

Perawatan tersedia jika infeksi pertama terjadi pada kehamilan. Jika itu terjadi menjelang
akhir kehamilan atau selama persalinan, operasi caesar mungkin disarankan untuk
mengurangi risiko terkena herpes ke bayi.

Jika ibu hamil atau pasangan menderita herpes, gunakanlah kondom atau hindari seks
saat menderita penyakit tersebut. Seks oral juga tak disarankan.

b) Penyakit yang Sering Menyerang Anak

1) Diare

Anak dikatakan diare jika buang air besar (BAB) lebih dari tiga kali sehari, terlebih jika feses
yang dikeluarkan cenderung encer. Penyebab diare antara lain: infeksi saluran pencernaan,
keracunan atau alergi makanan, infeksi parasit, hingga penyakit iritasi usus. Saat anak diare, hal
yang bisa ibu lakukan adalah tetap memberikannya makanan dan minuman, khususnya cairan
yang mengandung garam dan elektrolit (oralit).

b) Demam

Demam merupakan gejala penyakit yang sering dialami anak. Ini karena seiring
pertumbuhannya, demam adalah respon alami tubuh terhadap perubahan yang terjadi pada anak .
Misalnya, pertumbuhan gigi. Anak dikatakan demam jika suhu tubuhnya lebih dari 37,5 derajat
celsius. Ibu bisa mengatasi demam yang dialami anak dengan mengompres air hangat,
memberikan asupan makanan dan minuman yang banyak, menutupi seluruh tubuhnya (misalnya
dengan selimut), dan memandikannya dengan air hangat. Sesuai anjuran Ikatan Dokter Anak
Indonesia, ibu baru bisa memberikan obat penurun panas jika suhu tubuhnya sudah mencapai 38
derajat celsius.

c). Radang Tenggorokan

Jika anak mengidap radang tenggorokan, ia cenderung sulit untuk menelan, sehingga akan rewel
saat hendak makan. Gejala lainnya adalah tenggorokan terasa kering dan gatal, sakit kepala,
badan terasa lelah, dan nyeri otot. Penyakit ini biasanya disebabkan oleh virus dan bakteri.
Mengonsumsi obat penghilang rasa sakit, minum banyak air, dan berkumur air garam adalah
cara yang bisa ibu lakukan untuk membantu mengurangi gejala radang tenggorokan pada  anak.

d) Eksim

Eksim adalah kelainan kulit yang ditandai dengan peradangan atau pembengkakan pada kulit,
serta kemerahan dan rasa gatal. Meski tidak menular, eksim bisa menyebabkan rasa enggak
nyaman pada bagian kulit yang terkena. Untuk mengatasi eksim, ibu bisa mengoleskan obat oles
dan pelembab sesuai anjuran dokter.

e). Infeksi Saluran Pernapasan Akut (ISPA)

ISPA adalah infeksi saluran pernapasan yang menyerang bagian atas, seperti hidung,
tenggorokan, faring, laring, dan bronkus. Penyakit ini umumnya disebabkan oleh infeksi virus
dan bakteri. Gejala yang ditimbulkan antara lain: hidung tersumbat (sering mengeluarkan ingus),
bersin, batuk, demam, sakit kepala, kelelahan, dan sakit saat menelan. Saat anak mengidap ISPA,
ibu bisa membantunya dengan membiarkan anak tidur cukup, banyak minum air, menjaga
kelembaban ruangan dalam rumah, mengoleskan petroleum jelly di bagian luar hidungnya, serta
menjauhkan dari asap rokok atau hal lain yang bisa memicu ISPA

3. Penggunaan Antivirus
a) Pencegahan Dan Terapi Infeksi Virus

1). Kemoterapi Antivirus

Tidak seperti virus, bakteri dan protozoa tidak bergantung pada perlengkapan
seluler pejamu untuk replikasi, jadi proses yang spesifik terhadap organisme ini
memberikan sasaran yang cepat untuk perkembangan Obat antibakteri dan antiprotozoa.
Oleh karena virus adalah parasit intraseluler obligat, maka agen antivirus harus mampu
secara selektif menghambat fungsi virus tanpa merusak pejamu, mengembangkan obat
yang seperti itu sangat sulit. Keterbatasan lainnya adalah banyak siklus replikasi virus
terjadi selama masa inkubasi dan virus tersebut telah menyebar sebelum munculnya
gejala, membuat sebuah obat relatif tidak efektif. Terdapat kebutuhan akan adanya obat
antiviral aktif terhadap virus yang vaksinnya tidak tersedia atau tidak cukup efektif yang
terakhir mungkin karena keragaman serotipe (mis, rhinovirus) atau karena perubahan
virus yang konstan (mis, influenza, HIV). Antivirus dapat digunakan untuk mengobati
infeksi yang terjadi ketika vaksin diprediksi tidak akan efektif.

Antivirus diperlukan untuk mengurangi morbiditas dan kerugian ekonomik 

Virologi 226 sehubungan dengan infeksi virus dan untuk menangani peningkatan jumlah
pasien imunosupresif yang mempunyai risiko tinggi mengalami infeksi. Penelitian
virologi molekuler berhasil mengidentifikasi fungsi spesifik virus yang dapat berperan
sebagai target untuk terapi antivirus. Stadium yang paling besar kemungkinannya
merupakan target pada infeksi virus mencakup penempelan virus ke sel pejamu;
pelepasan selubung genom virus; sintesis asam nukleat virus; translasi protein virus; dan
perakitan serta pelepasan partikel anak virus. Senyatanya, antivirus yang dapat
membedakan proses replikasi pejamu dan proses replikasi virus sangat sulit
dikembangkan. Akan tetapi, pada dekade terakhir telah dikembangkan sejumlah senyawa
yang mempunyai manfaat dalam terapi beberapa penyakit virus, terutama terhadap
herpesvirus dan infeksi HIV.

Antivirus memiliki mekanisme kerja yang bervariasi. Sering kali obat tersebut
harus diaktifkan oleh enzim di dalam sel sebelum ia dapat bertindak sebagai inhibitor
replikasi virus; Obat yang paling selektif diaktifkan oleh enzim penyandi virus pada sel
yang terinfeksi. Yang penting dilakukan pada masa mendatang adalah mempelajari
bagaimana meminimalkan munculnya varian virus yang resisten obat dan menciptakan
antivirus yang lebih spesifik berdasarkan pengetahuan molekuler dalam struktur dan
replikasi kelas virus yang beragam. (A Alcami, 2005).

2) Vaksin Virus
 Tujuan vaksin virus adalah memanfaatkan respons imun pejamu untuk mencegah
penyakit virus. Beberapa vaksin telah terbukti sangat efektif dalam menurunkan
insidens tahunan penyakit virus. Vaksinasi merupakan metode yang paling cost-
effective dalam pencegahan virus yang berbahaya.
 Prinsip umum Imunitas terhadap infeksi virus berdasarkan pada
kembangan respons imun terhadap antigen spesifik yang berlokasi
pada permukaan partikel virus atau sel-sel terinfeksi virus. Untuk virus
yang berselubung, antigen yang penting adalah glikoprotein yang ada
di permukaan. Walaupun hewan yang terinfeksi dapat
mengembangkan antibodi terhadap protein selubung virion atau
protein nonstruktural yang terlibat dalam replikasi virus, tetapi respons
imun tersebut dipercaya tidak berperan atau mempunyai peran yang
kecil dalam perkembangan resistensi terhadap infeksi.

F. MIKOLOGI

1. Pengertian Mikologi
Mikologi merupakan cabang ilmu pengetahuan yang mempelajari tentang jamur (fungi) -
banyak orang juga menyebut cendawan.
Fungi adalah nama regnum dari sekelompok besar makhluk hidup eukariotik heterotrof
yang mencerna makanannya di luar tubuh lalu menyerap molekul nutrisi ke dalam sel-selnya.
Fungi memiliki bermacam-macam bentuk. Awam mengenal sebagian besar anggota Fungi
sebagai jamur, kapang, khamir, atau ragi, meskipun seringkali yang dimaksud adalah penampilan
luar yang tampak, bukan spesiesnya sendiri.
Fungi memperbanyak diri secara seksual dan aseksual. Perbanyakan seksual dengan
cara :dua hifa dari jamur berbeda melebur lalu membentuk zigot lalu zigot tumbuh menjadi
tubuh buah, sedangkan perbanyakan aseksual dengan cara membentuk spora, bertunas atau
fragmentasi hifa. Jamur memiliki kotak spora yang disebut sporangium. Di dalam sporangium
terdapat spora. Contoh jamur yang membentuk spora adalah Rhizopus. Contoh jamur yang
 membentuk tunas adalah Saccharomyces. Hifa jamur dapat terpurus dan setiap fragmen dapat
tumbuh menjadi tubuh buah.
2. Posisi fungi dalam taksonomi
Fungi dulu dikelompokkan sebagai tumbuhan. Dalam perkembangannya, fungi dipisahkan
dari tumbuhan karena banyak hal yang berbeda. Fungi bukan autotrof seperti tumbuhan
melainkan heterotrof sehingga lebih dekat ke hewan. Usaha menyatukan fungi dengan hewan
pada golongan yang sama juga gagal karena fungi mencerna makanannya di luar tubuh
(eksternal), tidak seperti hewan yang mencerna secara internal. Selain itu, sel-sel fungi
berdinding sel yang tersusun dari kitin, tidak seperti
Fungi dapat dibedakan menjadi 5 devisio yaitu :
- Oomycotina
- Zygomycotina
- Ascomycotina
- Basidiomycotina
- Deuteromycotina

3. Penyakit Jamur Pada Manusia

Jamur memang sangat erat hubungannya dengan kehidupan manusia. Sedemikian eratnya
sehingga manusia tak terlepas dari jamur. Jenis fungi-fungian ini bisa hidup dan tumbuh di mana
saja, baik di udara, tanah, air, pakaian, bahkan di tubuh manusia sendiri.
''Jelasnya, di mana pun jamur bisa hidup, terutama di lingkungan yang cocok baginya
berkembang biak. Manusia itu termasuk salah satu tempat bagi jamur untuk tumbuh, di samping
bakteri dan virus,'' jelas pakar kesehatan kulit dan kelamin, Dr Kusmarinah Bramono dari FKUI
(RSUPN-Cipto Mangunkusumo) dalam pemaparan tentang jamur di Jakarta, beberapa waktu
lalu.
Jamur bisa menyebabkan penyakit yang cukup parah bagi manusia. Penyakit tersebut
antara lain mikosis yang menyerang langsung pada kulit, mikotoksitosis akibat mengonsumsi
toksin dari jamur yang ada dalam produk makanan, dan misetismus yang disebabkan oleh
konsumsi jamur beracun.
Pada manusia jamur hidup pada lapisan tanduk. Jamur itu kemudian melepaskan toksin
yang bisa menimbulkan peradangan dan iritasi berwarna merah dan gatal. Infeksinya bisa berupa
 bercak-bercak warna putih, merah, atau hitam di kulit dengan bentuk simetris. Ada pula infeksi
yang berbentuk lapisan-lapisan sisik pada kulit. Itu tergantung pada jenis jamur yang menyerang.
Menurut Jimmy Sutomo dari perusahaan Janssen-Cilag, sebagai negara tropis Indonesia
menjadi lahan subur tumbuhnya jamur. Karena itu, penyakit-penyakit akibat jamur sering kali
menjangkiti masyarakat.
''Kita lihat, banyak masyarakat tak menyadari bahwa dirinya terinfeksi oleh jamur.
Bahkan, jamur bisa mengenai manusia dari kepala hingga ujung kaki, dari bayi hingga orang
dewasa dan orang lanjut usia,'' ujar Jimmy. Janssen-Cilag merupakan perusahaan farmasi yang
memimpin pasaran dengan obat antijamur yang mengandung miconazole nitrate dua persen.
Jimmy menjelaskan, banyak orang meremehkan penyakit karena jamur, seperti panu atau
kurap. Padahal, penyakit ini bisa menular lewat persentuhan kulit, atau juga dari pakaian yang
terkontaminasi spora jamur. Banyak anggapan, katanya, penyakit panu atau kurap sekadar
masalah kosmetik.
Anggapan ini dibenarkan Kusmarinah. ''Kami sering menangani pasien karena jamur.
Mereka baru datang ke dokter kalau sudah merasakan gangguan kosmetik yang parah akibat
infeksi jamur. Sebelumnya, mereka tak begitu memperhatikan penyakit ini.''

KENALI JENIS INFEKSI JAMUR KULIT

a. Panu (pitiriasis versikolor): menyerang kulit, bercak putih, merah, atau hitam.
b. Kurap (dermatofitosis) yang terdiri atas Tinea Apitis menyerang kulit kepala, Tinea Korporis pada
permukaan kulit, Tinea Kruris pada lipatan kulit, Tinea Pedis pada sela jari kaki (athlete's foot),
Tinea Manus pada kulit telapak tangan, Tinea Imbrikata berupa sisik pada kulit di daerah
tertentu, dan Tinea Ungium (pada kuku). Umumnya berbentuk sisik kemerahan pada kulit atau
sisik putih. Pada kuku, terjadi peradangan di sekitar kuku, dan bisa menyebabkan bentuk kuku
tak rata permukaannya, berwarna kusam, atau membiru.
c. Ketombe (Pitiriasis Sika).
d. Infeksi Kandida (kandidosis) pada lipatan kulit, sela jari, sela paha, ketiak, bawah payudara, mulut
(sariawan), genetalia (keputihan), dan ruam popok.

FAKTOR-FAKTOR PENCETUS INFEKSI

a. Lembab dan panas dari lingkungan, dari pakaian ketat, dan pakaian tak menyerap keringat.
b. Keringat berlebihan karena berolahraga atau karena kegemukan.
c. Friksi atau trauma minor, misalnya gesekan pada paha orang gemuk.
d. Keseimbangan flora tubuh normal terganggu, antara lain karena pemakaian antibiotik, atau
hormonal dalam jangka panjang.
e. Penyakit tertentu, misalnya HIV/AIDS, dan diabetes.
f. Kehamilan dan menstruasi. Kedua kondisi ini terjadi karena ketidakseimbangan hormon dalam
tubuh sehingga rentan terhadap jamur.

G. METABOLISME MIKROORGANISME
1. Definisi Metabolisme
Mikroorganisme dalam hidupnya melakukan suatu metabolisme. Metabolisme
mikroorganisme merupakan proses-proses kimia yang terjadi di dalam tubuh
mikroorganisme. Metabolisme juga disebut reaksi enzimatis, karena metabolisme terjadi
selalu menggunakan katalisator enzim. Dalam metabolisme mikroorganisme, energi fisik
atau kimiawi dikonversi menjadi energi melalui metabolisme mikroorganisme dan
disimpan dalam bentuk senyawa kimia yang disebut adenosine 5’ triphospate (ATP).
Mikroorganisme misalnya dalam hidupnya melakukan aktivitas metabolisme. Tujuan
metabolisme agar bakteri dapat bertahan melangsungkan fungi hidupnya.
Jenis Mikroorganisme
a. Bakteri
Bakteri adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel. Organisme
ini milik prokariota dan domain yang sangat kecil (mikroskopik), dan memiliki peran
besar dalam kehidupan di bumi. Bakteri biasanya menyebabkan penyakit pada
manusia. Contoh: Salmonella, Eccerecia Coli, Staphylococcus dan Difteri bacilus.
b. Virus
Virus adalah parasit mikroskopik yang menginfeksi sel-sel dalam organisme biologis.
Virus adalah parasit obligat, itu karena virus hanya dapat bereproduksi dengan
menyerang material dan memanfaatkan sel-sel hidup karena mereka tidak memiliki
mesin selular untuk bereproduksi sendiri. Biasanya sejumlah kecil asam nukleat (DNA
atau RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang dikelilingi oleh beberapa bentuk
 bahan pelindung yang terdiri dari protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi dari
ketiganya.
c. Parasit
Parasit adalah hewan mikroskopis yang dapat mengurangi produktivitas hewan inang.
Parasit dapat menginfeksi manusia dan hewan, seperti menyerang kulit manusia.
Parasitoid adalah parasit dari organisme lain yang menggunakan jaringan untuk
kebutuhan gizi mereka sampai orang-orang yang menunggang meninggal karena
kehilangan jaringan atau nutrisi yang dibutuhkan. Parasitoid juga dikenal sebagai
necrotroph.
d. Jamur
Jamur di sini dimaksudkan adalah jamur dengan kategori jamur. Jamur ini biasanya
tidak menyebabkan penyakit, tetapi menyebabkan kerusakan makanan. Misalnya,
jamur yang ditemukan pada permukaan daging, daging dapat dibuang bagian tanpa
harus membuang semua daging.
e. Ragi
Ragi atau Fermen adalah zat yang menyebabkan fermentasi. Ragi biasanya
mengandung mikroorganisme yang memfermentasi dan media kultur untuk
mikroorganisme. Medium kultur ini bisa dalam bentuk butiran kecil atau nutrisi cair.
Ragi umumnya digunakan dalam industri makanan untuk membuat makanan dan
minuman fermentasi seperti acar, tempe, tape, roti, dan bir.
2. Metabolisme Mikrobial
Metabolisme terdiri atas dua proses, yaitu anabolisme dan katabolisme.
a. Anabolisme
Penyusunan senyawa kimia sederhana menjadi senyawa kimia atau molekul komplek
(Prawirohartono dan Hadisumarto, 1997). Pada peristiwa ini diperlukan energi dari
luar. Energi yang digunakan dalam reaksi ini dapat berupa energi cahaya ataupun
energi kimia. Energi tersebut, selanjutnya digunakan untuk mengikat senyawa-
senyawa sederhana tersebut menjadi senyawa yang lebih kompleks. Jadi, dalam proses
ini energi yang diperlukan tersebut tidak hilang, tetapi tersimpan dalam bentuk ikatan-
ikatan kimia pada senyawa kompleks yang terbentuk. Energi yang digunakan dalam
anabolisme dapat berupa energi cahaya atau energi kimia. Anabolisme yang
 menggunakan energi cahaya dikenal dengan fotosintesis, sedangkan anabolisme yang
menggunakan energi kimia dikenal dengan kemosintesis.
b. Katabolisme
Reaksi pemecahan/pembongkaran senyawa kompleks menjadi senyawa-senyawa yang
lebih sederhana dengan menghasilkan energi yang dapat digunakan organisme untuk
melakukan aktivitasnya. Fungsi reaksi katabolisme adalah untuk menyediakan energi
dan komponen yang dibutuhkan oleh reaksi anabolisme.
Mikroorganisme yang menghasilkan energi dan menggunakan oksigen sebagai
penerima transport elektron dari donor elektron disebut mempunyai metabolisme
respiratori, proses ini disebut sebagai respiratori aerob. Kebutuhan terhadap energi
akan terjadi bila ada suplai oksigen. Mikroorganisme ini juga disebut sebagai
mikroorganisme obligate aerob.
3. Transformasi Biologi Secara Aerob
a. Reaksi sederhana

b. Konversi sebagian (tidak sempurna)

c. Konversi lengkap (sempurna)

4. Mekanisme Penguraian Secara Aerob

Merupakan pemanfaatan aktifitas mikroba aerob dalam kondisi aerobik untuk
menguraikan zat organik yang terdapat dalam suatu lingkungan menjadi zat anorganik
yang stabil dan tidak memberi dampak pencemaran terhadap lingkungan. Penguraian
aerob ini juga merupakan reaksi katabolisme yang membutuhkan suasana aerobik
sehingga dibutuhkan oksigen, dan reaksi ini menghasilkan energi dalam jumlah besar.
Energi ini dihasilkan dan disimpan dalam bentuk energi kimia yang siap digunakan, yaitu
ATP.
5. Reaksi Dekomposisi Secara Aerob
Merupakan jenis reaksi kimia dimana senyawa dipecah menjadi komponen yang lebih
sederhana. Reaksi dekomposisi adalah kebalikan dari sintesis kimia, dimana unsur-unsur
senyawa yang relatif sederhana bergabung untuk menghasilkan satu yang lebih kompleks.
Dekomposisi aerob adalah dekomposisi yang terjadi dengn menggunakan oksigen
sehingga mikroorganisme yang hadir adalah mikroorganisme aerob dan tidak
menghasilkan metan dalam proses aerob ini.
6. Transformasi Biologi Secara Anaerob
Transformasi ini dilakukan dengan beberapa proses yaitu
a. Proses Hidrolisa yaitu pelarutan organik tak terlarut dan pemecahan organik rantai
panjang (kompleks) menjadi materi bermolekul lebih kecil atau menjadi senyawa yang
mudah larut dan berantai lebih sederhana.
b. Proses asidogenesa yaitu proses fermentasi menjadi asam-asam organik terutama asam
volatil rantai pendek (asetat, propionat, dan butirat), hidrogen (H2), karbondioksida
(CO2), alkohol, CO2, H2 dan senyawa dengan berat molekul lebih rendah lainnya.
c. Proses asetogenesa dimana asam-asam lemak berantai pendek, butirat, dan propionat
dioksidasi menghasilkan asam asetat, CO2, dan H2.
d. Proses Metanogenesa proses dimana semua hasil dari tahap sebelumnya diubah mejadi
gas CH4 dan CO2. Pada tahap ini kondisi harus anaerobic strict.
7. Mekanisme Penguraian Secara Anaerob

8. Reaksi Dekomposisi Secara Anaerob

a. Reaksi Sederhana
 b. Konversi fraksi organik dari limbah padat

c. Reaksi dekomposisi organik scr lengkap

9. Proses Fermentasi
Fermentasi adalah proses pembebasan energi tanpa oksigen. Ciri-ciri dari fermentasi
adalah:
a. Terjadi pada organisme yang tidak membutuhkan oksigen bebas.
b. Tidak terjadi penyaluran elektron ke siklus krebs dan transpor elektron.
c. Energi (ATP) yang terbentuk lebih sedikit jika dibandingkan dengan respirasi aerob
yaitu 2 molekul ATP setiap mol glukosa.
d. Jalur yang ditempuh ialah glikolisis dan pembentukan alkohol (fermentasi alkohol)
dan pembentukan asam laktat.
e. Menghasilkan produk berupa asam-asam organik, alkohol dan gas.
f. Organisme anaerobik juga menghasilkan energi, yaitu melalui reaksi-reaksi yang
disebut fermentasi yang menggunakan bahan organik sebagai donor dan akseptor
elektron.
Bakteri anaerobik fakultatif dan bakteri anaerobik obligat menggunakan berbagai macam
fermentasi untuk menghasilkan energi. Misalnya pada bakteri Streptococus lactis
menggunakan fermentasi asam laktat untuk perolehan energi yaitu dengan menguraikan
glukosa menjadi asam laktat melalui proses glikolisis, satu molekul glukosa diubah
menjadi dua molekul asam piruvat disertai dengan pembentukan dua NADH + . Asam
piruvat tersebut diubah menjadi asam laktat dalam reaksi berikut:
COOH COOH
2 C = 0 + 2NADH + 2 2H – C – OH + 2NA
C C
Jalur-jalur fermentasi
 Sebagaimana ditujukkan dalam skema di atas, selain menghasilkan asam piruvat sebagai
produk akhir juga dihasilkan 2 molekul NHDH yang harus dioksidasi. Tergantung pada
tipe mikroorganismenya asam piruvat (CH3COCOOH) dimetabolisme lebih lanjut untuk
menghasilkan produk akhir fermentasi sebagaimana ditunjukkan dalam skema berikut:
a. Fermentasi Asam homolaktat. Dilakukan oleh beberapa bakteri Streptococcus dan
Laktobacillus.
b. Fermentasi Alkohol. Dilakukan oleh Yeast.
c. Fermentasi Asam Campuran, dilakukan Escherichia coli dan beberapa bacteri anterik
lainnya.
d. Fermentasi butylen-glikol, dilakuka 0leh Enterobacter, Pseudomonas dan Bacillus.
e. Fermentasi Asam propionate. Dilakukan oleh Propioniacterium dan Veillonela. CO2
asam piruvat asam asetat 2 oksalo asetat 2CO2 enzyme bond 2 asam suksinat propionil
Co A asam propionat suksinil Co A 2 methil malonil Co A. Energi yang bergabung
dalam ikatan propiionil Co A disimpan oleh reaksi propionil Co A dengan asam ukinat
membentuk suksinil CoA dan asam propionat bebas. Selanjutnya CO2 yang
dibebaskan dari decarboksilasi metil malonil CoA tetap berikatan dengan enzim yang
mengandung biotin yang akan mentransfer CO2 kepada asam piruvat membentuk
asam aksalo asetat. Organisma ini juga dapat membentuk oksalo asetat dari reaksi PRP
(Phosphoenol piruvat) dengan CO2 bebas.
f. Fermentasi Asam Butirat, butanol dan aseton
Bakteri yang melakukan fermentasi tersebut adalah Clostridium. Dari skema tersebut
dapat diketahui bahwa berbagai macam senyawa yang dapat berperan sebagai aseptor
elektron terakhir. Jadi produk akhir dari fermentasi juga bervariasi. Dalam hal
fermentasi asam laktat atau alkohol, hanya satu macam. Pada fermentasi lain seperti
campuran asam atau asam butirat menggunakan bermacam aseptor elektron dan
produk fermentasi juga bervariasi. Tidak semua bakteri melakukan metabolisma gula
melalui jalur embden-meyerhof, tetapi ada beberapa alternatif penguraian glukosa
menghasilkan tipe fermentasi.
H. IMUNOLOGI DASAR
1. Pertahanan Tubuh Terhadap Infeksi
2. Faktor Yang Mempengaruhi Kekebalan/Imunitas
3. Respon Imun, Fagositosis
a. Imunitas seluler
1) Sel B
a) Mengenali antigen spesifik dan menghasilkan antibody spesifik
b) Antibodi bekerja dengan membungkus antigen lalu memicu sistim komplemen
c) Membungkus antigen & membuat antigen rentan terhadap fagosit
d) Ada 5 Kelas: G,A,M,D,E
2) Sel T
a) Ada 2 fungsi
Regulasi sistem imun dan membunuh sel-sel yang membawa target antigen
spesifik.
b) Setiap sel T memiliki penanda permukaan
Mis: CD3, CD4, CD8 yang membedakan antar sel
c) CD4+ merupakan sel pembantu yang mengaktivasi sel B, killer cells, dan
makrofag saat ada antigen spesifik.
d) CD8+ membunuh sel yang terinfeksi virus atau bakteri, juga sel-sel kanker
e) Mampu menghasilkan sitokin (zat kimia yang dapat membunuh sel) seperti
interferon
f) Sitokin:
Pertumbuhan sel, mengaktivasi fagosit dan menghancurkan sel target.
g) Interleukin merupakan jenis sitokin yang berperan sebagai pembawa pesan
antar sel darah putih
3) Sel fagosit
a) Terdiri atas sel makrofag, neutrophil, dendritik
b) Fungsi: menelan dan mencerna sel yang membawa partikel antigen.
c) Memulai respon imun dengan mempresentasikan antigen kepada limfosit, dan
penting sebagai regulasi respon imundan inflamasi
d) Sel dendritik, tipe lain dari fagosit, juga termasuk antigen-presenting cells
e) Neutrofil adalah fagosit granulosistik yang penting dalam respon inflamasi.
b. Antigen Humoral
Antigen
Antigen adalah suatu substansi yang dapat bereaksi dengan antibodi atau dengan sel T,
namun belum tentu dapat menstimulasi respon imun Imunogen adalah antigen yang
dapat menstimulasi respon imun.
Dengan demikian, antigen belum tentu merupakan imunogen.
Antigen (imunogen)
Karakteristik:
1) Imunogenisitas, mampu menstimulasi produksi imunitas humoral atau seluler yang
spesifik dan protektif
2) Reaksi spesifik, dapat dikenali antibodi dan sel T
3) Keasingan, mengenali tubuh sebagai non-self (semakin jauh kekerabatan maka
semakin imunogenik)
4) Ukuran, minimal 10kDa untuk dapat dikenali Ab
5) Bentuk, struktur tersier dan kuartener
6) Bahan dasar penyusun, umumnya imunogen adalah protein
7) Kemampuan untuk diproses dan dipresentasikan

Antibodi (Imunoglobulin)

Karakteristik:

1) Terdiri atas protein heterogen yang mengandung karbohidrat

2) Memiliki koefisien sedimentasi 7S—19S
3) Terdiri atas rantai polipeptida yang diikat dengan ikatan disulfide
4) Antibodi memiliki minimal 2 rantai berat indentik (heavy chain, H) dan 2 rantai
ringan identik (light chain, L)
5) Memiliki ikatan sulfida yang mengikat H-H dan L-H
6) Memiliki kemampuan untuk berikatan dengan antigen yang ditentukan oleh rantai
H dan L nya.

Imunoglobulin A (IgA)

1) Merupakan19% antibody dalam serum

2) Beratmolekul160kDa (monomer)
3) Mengandung10% karbohidrat
 4) Ditemukan pada serum, kolostrum, membrane mukosa pencernaan dan
pernapasan, dan air mata
5) Komponen imunitas yang pentingdi kulit

Imunoglobulin M (IgM)

1) Merupakan7% antibody dalam serum

2) Disebut juga makroglobulin
3) Berat molekul 900k Da
4) Mengandung15% karbohidrat
5) Antibodi pertama yang muncul pada ontogeny
6) Antibodi pertama yang ada pada respon imun primer

Imunoglobulin D (IgD)

1) Merupakan1% antibo di dalam serum

2) Berat moleku l150k Da
3) Mengandung18% karbohidrat
4) Fungsinya dalam serum belum diketahui
5) Bekerja sebagai reseptor pada permukaan sel B

Imunoglobulin E (IgE)

1) Merupakan 0,01% antibody dalam serum

2) Berat molekul 200k Da
3) Mengandung18% karbohirat
4) Terlibat dalam reaksi alergi
4. Respon Imunitas Terhadap Bakteri, Virus, Parasit
5. Imunisasi
Upaya menstimulasi respon imun
a. Untuk menghasilkan kekebalan yang protektif terhadap penyakit
b. Meningkatkan konsentrasi antibodi atau sel T yang reaktif terhadap infeksi
c. Prosedur dalam imunisasi :
Vaksinasi
 d. Agen imunisasi :
Vaksin
6. VAKSINASI

Vaksinasi :

a. Pemberian antigen untuk menstimulasi respon imun

b. Menginduksi sel atau molekul efektor system imun

Vaksin :

a. Substansi immuno-biological
b. Menghasilkan pertahanan spesifik
c. Antigenik tetapi tidak patogenik
I. NUTRISI MIKROORGANISME
1. Mikronutrient Dan Makronutrient
Berdasarkan zat hara yg diperlukan mikroorganisme dibagi menjadi : fototrop, kemotrop,
ototrof atau heterotrof.
a. Sumber energi :
Kemotrofik : energi dari bahan kimia
Fototrofik : energi dari sinarmatahari
b. Sumber elektron :
Lithotrofik : sumber elektron dari senyawa anorganik
Organotrofik : sumber elektron dari senyawa organik.
c. Sumber karbon :
Ototrofik : CO2 sebagai satu-satunya sumber karbon.
Heterotrofik : Senyawa organik sebagai sumber karbon
2. Transport Nutrisi
a. Zat makanan
Berdasarkan peranannya dlm metabolisme.
1) Donor hidrogen.
Semua organisme khemosinthetik memerlukan sumber energi dlm bentuk donor H
( yaitu subtrat yg dioksidasi).
2) Penerima Hidrogen.
Penerima H yg diperlukan dlm reaksi oksidasi – reduksi yg melepas energi.
Mikroba aerop : O2 dlm bentuk gas.
Mikrobva anaerop : Zat anorganik ( sulfat, nitrat, karbonat )
b. Sumber karbon
Organisme fotosintetik & litotropik : CO2 satu-satunya sebagai sumber karbon.
 Organisme-2 lainnya menggunakan sumber energi organik sbg sumber karbon
( organisme heterotrop ).
c. Sumber nitrogen
Banyak sebagian sel, terutama protein(mengandung N) Pd kuman ±10 % dr berat
kering.
Nentuk nitrogen yg dibutuhkan tergantung pd kemampuan reduksi enzim organisme
tersebut.
Misal : bila sumber N ialah R – NH2 : organisme menggunakan dg cara diaminasae
menjadi NH3 yg kemudian dipakai dlam senyawa nitrogen.
d. Mineral-mineral.
Belerang : ada yg butuh dr zat sel organik ( - SH); belerang organik ( R – SH ) dalam
protein. Ada juga mikroba yg dpt mereduksi sulfat ( SO42-) krdalam bentuk organik
( sebagian besar kuman ).
Fosfor : Fosfat ( PO43- ) untuk komponen ATP, As. Nukleat dan koenzim
seperti NAD, NADF dan Flafin
Aktivator enzim :
Mg2+ (ion magnesium ) dan ion besi : pada porrfirin.
Ion Ca : utk diding sel Gram +. Mg2+ dan K+ utk fungsi integritas ribosom. Fe 2+
: Pd koenzim sitokrom dan peroksidase.
3. Tipe – Tipe Nutrisi Pada Bakteri
a. Carbon
Sebagai sumber C dpt digunakan berbagai gula, pati, glicogen.
Gula di urai mol. Kekil digunakan untuk bahan dasar protein, polisakarida, lipid dan
asam nukleat.
b. Nitrogen.
Sebagai bhn dasar utk protein, asam nukleat dan vitamin.
N berupa : NH4Cl; N anorganik; Na No3; pepton
c. Vitamin & faktor pertumbuhan.
Vitamin : Thiamin, riboflavin, as. Nukleat, as. Pentenoat, biotin.
Berfungsi sebagai koenzym atau bagian lain dr bahan dasar sel
Faktor pertumbuhan : seperti pemula ( precursor ) protein dan bahan-2 lainnya.
Contoh :
1) As. Pimelat : pemula biotin.
2) Beta alanine : pemula as pantotenat.
3) Purin atau Purinidine : untuk sintesis asam Nukleat.
4) Ada bakteri memerlukan faktor pertumbuhan khusus,. Misalnya : Hemophilus
influenzae : bhn dari HB selain NAD ( Niktonin adenin dinukletida ).
5) Lactobacillus : butuh Vitamin B 12.
d. Garam mineral
Sulfur ( dlm bentuk ) Nh4So4, S : Utk koenzim, as. Amino, komponen sel lainnya.
P ( Dlm bentuk ) Untuk: Asam Nukleat, fosfolipit & ATP.
K, Mg, Mn, Fe & Ca : Sbg. Kofaktor dlm berbagai enzim & utk pertumbuhan.
 Unsur kecil kebutuhannya a,l : Kobal, Zn & Cu : bag enzim ttt.
e. Air : ± 80 %. Utk pertumbuahan.
4. Media Pertumbuhan Bakteri
a. Asal media :
Non sintetik (dr alam ). Misal : pepton, ekstrak daging; ekstrak ragi dll.
Sintetik : diketahui secara rinci komponennya
Mikroba heterotrop : menggunakan media non sintetik dr bhn mentah ( pepton,
ekstrak daging , ektrak ragi ) + pemadat
b. Berdasarkan penggunaannya :
Media umum. Cont : NA, BA (Blood agar).
Media deferensial : media yg menunjang kehidupan beberapa bakt, juga dpt
membedakan berbagai kelompok bakteri.
Contoh Agar darah : mengetahui gol kuman yg melisiskan eritrosit.
Media Selektif : media yg dapat menghambat pertumbuhan bakteri ttt dan juga bisa
menumbuhkan bakteri ttt. Media ini untuk keperluan isolasi.
Bahan penghambat :kristal violet; eosin Y; biru metilen dan Brillian green yaitu untuk
menghambat bakteri Gram positif.
Media selektif defrensial : media yg bersifat selektif dan bisa digunakan untuk
identifikasi.
Media penyubur ( enrichment media ) : media yg memberikan keempatan /
mempercepat pertumbuhan mikroba ttt.
Selektif enrichment : selain memberi zat hara, juga ditambahkan pula bhn
penghambat mikroba yg lain.
Selain zat penghambat, juga bisa ditambahkan indikator.
J. MEDIA KULTUR MIKROORGANISME
1. Definisi
Di alam populasi mikroba tidak terpisah dari bahan lain. Di dalam laboratorium populasi
bakteri inidapat diisolasi menjadi kultur murni yang terdiri dari satu jenis yang dapat
dipelajari morfologi, sifat dan kemampuan biokimiawinya. Untuk mencari tahu jenis
suatu isolat bakteri, maka hal pertama yang dilakukan adalah mengamati ciri-ciri
morfologi koloni, morfologi sel dan sifat gramnya.
Sebelum melakukan semua pastikan isolat yang akan diuji adalah kultur murni.
Kultur murni : suatu biakan yang terdiri dari sel-sel dari satu spesies atau satu galur
mikroba, dengan cara menggoreskan kultur ke medium padat
Biakan murni diperoleh melalui isolasi berulang.

2. Metode Kultur
Kultur mikrobiologi, adalah suatu metode memperbanyak mikrob pada media kultur
dengan pembiakan di laboratorium yang terkendali. Microbial cultures atau kultur
mikrobiologi digunakan untuk menentukan jenis dari organisme tersebut,
keberlimpahannya, atau keduanya. Ini adalah metode diagnostik utama dari mikrobiologi
dan digunakan sebagai alat untuk menentukan penyebab dari penyakit infeksi dengan
 membiarkannya berkembangbiak di medium tertentu. Sebagai contoh, kultur tenggorokan
mengambil contoh dengan menyapu bagian ujung dalam tenggorokan dengan cotton bud
yang panjang dan membiakkannya pada cawan petri dengan agar, sehingga dapat
diketahui mikrob yang berbahaya, misalnya Streptococcus pyogenes, yang menyebabkan
penyakit strep throat. Selanjutnya, terma kultur lebih umum digunakan secara tak resmi
untuk "pengembangbiakan secara selektif (selectively growing)" mikrob tertentu di
laboratorium.

Kultur mikrobiologi adalah metode dasar yang banyak digunakan sebagai alat riset pada
biologi molekular. Seringkali berguna untuk mengisolasi kultur murni dari mikrob.
Kultur murni (atau axenic) adalah populasi dari sel-sel atau organisme multisel yang
tumbuh tanpa kehadiran yang lainnya. Kultur murni dapat dimulai dari satu sel atau satu
organisme, jadi akan terjadi genetic clones dari yang laiinnya.

Untuk kegunaan kultur mikrobiologi digunakan agar yang berasal dari rumput laut. Yang
lebih murah adalah guar gum, dan bisa digunakan untuk mengisolasi dan memelihara
thermophiles.
3. Media Kultur
Media berfungsi untuk menumbuhkan mikroba, isolasi, memperbanyak jumlah, menguji
sifat fisiologi dan perhitungan jumlah mikroba, dimana dalam proses pembuatannya
harus disterilisasi dan menerapkan metode aseptis untuk menghindari kontaminasi pada
media. Berikut ini beberapa media yang sering digunakan secara umum dalam
mikrobiologi.
a. Lactose Broth
Lactose broth digunakan sebagai media untuk mendeteksi kehadiran koliform dalam
air, makanan, dan produk susu, sebagai kaldu pemerkaya (pre-enrichment broth) untuk
Salmonellae dan dalam mempelajari fermentasi laktosa oleh bakteri pada umumnya.
Pepton dan ekstrak beef menyediakan nutrien esensial untuk memetabolisme bakteri.
Laktosa menyediakan sumber karbohidrat yang dapat difermentasi untuk organisme
koliform. Pertumbuhan dengan pembentukan gas adalah presumptive test untuk
koliform.
Lactose broth dibuat dengan komposisi 0,3% ekstrak beef; 0,5% pepton; dan 0,5%
laktosa.

b. EMBA (Eosin Methylene Blue Agar)

Media Eosin Methylene Blue mempunyai keistimewaan mengandung laktosa dan
berfungsi untuk memilah mikroba yang memfermentasikan laktosa seperti S. aureus,
P. aerugenosa, dan Salmonella. Mikroba yang memfermentasi laktosa menghasilkan
koloni dengan inti berwarna gelap dengan kilap logam. Sedangkan mikroba lain yang
dapat tumbuh koloninya tidak berwarna. Adanya eosin dan metilen blue membantu
mempertajam perbedaan tersebut. Namun demikian, jika media ini digunakan pada
tahap awal karena kuman lain juga tumbuh terutama P. Aerugenosa dan Salmonella sp
 dapat menimbulkan keraguan. Bagaiamanapun media ini sangat baik untuk
mengkonfirmasi bahwa kontaminan tersebut adalah E.coli.
c. Agar EMB (levine) merupakan media padat yang dapat digunakan untuk menentukan
jenis bakteri coli dengan memberikan hasil positif dalam tabung. EMB yang
menggunakan eosin dan metilin bklue sebagai indikator memberikan perbedaan yang
nyata antara koloni yang meragikan laktosa dan yang tidak. Medium tersebut
mengandung sukrosa karena kemempuan bakteri koli yang lebih cepat meragikan
sukrosa daripada laktosa. Untuk mengetahui jumlah bakteri coli umumnya digunakan
tabel Hopkins yang lebih dikenal dengan nama MPN (most probable number) atau
tabel JPT (jumlah perkiraan terdekat), tabel tersebut dapat digunakan untuk
memperkirakan jumlah bakteri coli dalam 100 ml dan 0,1 ml contoh air.

d. Nutrient Agar

Nutrien agar adalah medium umum untuk uji air dan produk dairy. NA juga digunakan
untuk pertumbuhan mayoritas dari mikroorganisme yang tidak selektif, dalam artian
mikroorganisme heterotrof. Media ini merupakan media sederhana yang dibuat dari
ekstrak beef, pepton, dan agar. Na merupakan salah satu media yang umum digunakan
dalam prosedur bakteriologi seperti uji biasa dari air, sewage, produk pangan, untuk
membawa stok kultur, untuk pertumbuhan sampel pada uji bakteri, dan untuk
mengisolasi organisme dalam kultur murni.
Untuk komposisi nutrien adar adalah eksrak beef 10 g, pepton 10 g, NaCl 5 g, air
desitilat 1.000 ml dan 15 g agar/L. Agar dilarutkan dengan komposisi lain dan
disterilisasi dengan autoklaf pada 121°C selama 15 menit. Kemudian siapkan wadah
sesuai yang dibutuhkan.

e. Nutrient Broth
Nutrient broth merupakan media untuk mikroorganisme yang berbentuk cair. Intinya
sama dengan nutrient agar. Nutrient broth dibuat dengan cara sebagai berikut.
1) Larutkan 5 g pepton dalam 850 ml air distilasi/akuades.
2) Larutkan 3 g ekstrak daging dalam larutan yang dibuat pada langkah pertama.
3) Atur pH sampai 7,0.
4) Beri air distilasi sebanyak 1.000 ml.
5) Sterilisasi dengan autoklaf.

f. MRSA (deMann Rogosa Sharpe Agar)

MRSA merupakan media yang diperkenalkan oleh De Mann, Rogosa, dan Shape
(1960) untuk memperkaya, menumbuhkan, dan mengisolasi jenis Lactobacillus dari
seluruh jenis bahan. MRS agar mengandung polysorbat, asetat, magnesium, dan
mangan yang diketahui untuk beraksi/bertindak sebagai faktor pertumbuhan bagi
Lactobacillus, sebaik nutrien diperkaya MRS agar tidak sangat selektif, sehingga ada
 kemungkinan Pediococcus dan jenis Leuconostoc serta jenis bakteri lain dapat
tumbuh. MRS agar mengandung:
1) Protein dari kasein 10 g/L
2) Ekstrak daging 8,0 g/L
3) Ekstrak ragi 4,0 g/L
4) D (+) glukosa 20 g/L
5) Magnesium sulfat 0,2 g/L
6) Agar-agar 14 g/L
7) Dipotassium hidrogen phosphate 2 g/L
8) Tween 80 1,0 g/L
9) Diamonium hidrogen sitrat 2 g/L
10) Natrium asetat 5 g/L
11) Mangan sulfat 0,04 g/L

g. Trypticase Soy Broth (TSB)

TSB adalah media broth diperkaya untuk tujuan umum, untuk isolasi, dan
penumbuhan bermacam mikroorganisme. Media ini banyak digunakan untuk isolasi
bakteri dari spesimen laboratorium dan akan mendukung pertumbuhan mayoritas
bakteri patogen.
Media TSB mengandung kasein dan pepton kedelai yang menyediakan asam amino
dan substansi nitrogen lainnya yang membuatnya menjadi media bernutrisi untuk
bermacam mikroorganisme. Dekstrosa adalah sumber energi dan natrium klorida
mempertahankan kesetimbangan osmotik. Dikalium fosfat ditambahkan sebagai buffer
untuk mempertahankan pH.

h. Plate Count Agar (PCA)

PCA digunakan sebagai medium untuk mikroba aerobik dengan inokulasi di atas
permukaan. PCA dibuat dengan melarutkan semua bahan (casein enzymic hydrolisate,
yeast extract, dextrose, agar) hingga membentuk suspensi 22,5 g/L kemudian
disterilisasi pada autoklaf (15 menit pada suhu 121°C). Media PCA ini baik untuk
pertumbuhan total mikroba (semua jenis mikroba) karena di dalamnya mengandung
komposisi casein enzymic hydrolisate yang menyediakan asam amino dan substansi
nitrogen komplek lainnya serta ekstrak yeast mensuplai vitamin B kompleks.

i. APDA
Media APDA berfungsi untuk menumbuhkan dan menghitung jumlah khamir dan
yeast yang terdapat dalam suatu sampel. Khamir dan yeast akan tumbuh dengan
optimal pada media yang sesuai. Adanya asam tartarat dan pH rendah maka
pertumbuhan bakteri terhambat. APDA dibuat dengan merebus kentang selama 1
jam/45 menit, agar dilelehkan dalam 500 ml air. Campurkan ekstrak kentang dalam
agar lalu ditambahkan glukosa dan diaduk rata. Pada APDA jadi ini juga ditambah
asam tartarat.
 j. Potato Dextrose Agar (PDA)
PDA digunakan untuk menumbuhkan atau mengidentifikasi yeast dan kapang. Dapat
juga digunakan untuk enumerasi yeast dan kapang dalam suatu sampel atau produk
makanan. PDA mengandung sumber karbohidrat dalam jumlah cukup yaitu terdiri dari
20% ekstrak kentang dan 2% glukosa sehingga baik untuk pertumbuhan kapang dan
khamir tetapi kurang baik untuk pertumbuhan bakteri. Cara membuat PDA adalah
mensuspensikan 39 g media dalam 1 liter air yang telah didestilasi. campur dan
panaskan serta aduk. Didihkan selama 1 menit untuk melarutkan media secara
sempurna. Sterilisasi pada suhu 121°C selama 15 menit. Dinginkan hingga suhu 40-
45°C dan tuang dalam cawan petri dengan pH akhir 5,6+0,2.

k. VRBA (Violet Red Bile Agar)

VRBA dapat digunakan untuk perhitungan kelompok bakteri Enterobactericeae. Agar
VRBA mengandung violet kristal yang bersifat basa, sedangkan sel mikroba bersifat
asam. Bila kondisi terlalu basa maka sel akan mati. Dengan VRBA dapat dihitung
jumlah bakteri E.coli. Bahan-bahan yang dibutuhkan untuk membuat VRBA adalah
yeast ekstrak, pepton, NaCl, empedu, glukosa, neutral red, kristal violet, agar). Bahan-
bahan tersebut kemudian dicampur dengan 1 liter air yang telah didestilasi. Panaskan
hingga mendidih sampai larut sempurna. Dinginkan hingga 50-60°C. Pindahkan dalam
tabung sesuai kebutuhan, pH akhir adalah 7,4. Campuran garam bile dan kristal violet
menghambat bakteri gram positif. Yeast ekstrak menyediakan vitamin B-kompleks
yang mendukung pertumbuhan bakteri. Laktosa merupakan sumber karbohidrat.
Neutral red sebagai indikator pH. Agar merupakan agen pemadat.

l. PGYA
Media ini berfungsi untuk isolasi, enumerasi, dan menumbuhkan sel khamir. Dengan
adanya dekstrosa yang terkandung dalam media ini, PGYA dapat digunakan untuk
mengidentifikasi mikroba terutama sel khamir. Untuk membuatnya, semua bahan
dicampur dengan ditambah CaCO3 terlebih dahulu sebanyak 0,5 g lalu dilarutkan
dengan akuades. Kemudian dimasukkan dalam erlenmeyer dan disumbat dengan kapas
lalu disterilisasi pada suhu 121°C selama 15 menit.
4. Teknik Kultur
Untuk mencegah tercemarnya biakan murni, perl diadakan teknik aseptis pada waktu
memindahkan mikroba. perlakuan aseptik ialah perlakuan yang bertujuan terbebas dari
mikroorhanisme. aseptik diimbangi dengan sterilisasi yang merupakan upaya
menghilangkan kontaminasi mikroorganisme yang menempel pada alat atau bahan yang
akan dipergunakan untuk analisa selanjutnya.
Sebelum benar-benar dilakukan proses kultur mikroorganisme, pertama kali kita harus
mempertimbangkan bagaimana agar tidak terjadi kontaminasi. Mikroorganisme ada
dimana-mana, karena ukurannya sangat kecil mereka mudah lepas dalam udara dan
permukaan. Maka dari itu, kita harus mensterilisasikan medium kultur secepatnya setelah
 preparasi untuk pemindahan mikroorganisme siap dikontaminasikan. Hal penting untuk
tindakan pencegahan sampai penanganan berikutnya medium kultur harus tetap steril.
Teknik yang digunakan dalam pencegahan kontaminasi hingga kultur manipulasi dan
media kultur steril disebut teknik aseptik. Keunggulannya yaitu keberhasilan dalam
laboratorium mikrobiologi, dan salah satu cara belajar dengan pendamping mikrobiologi.
Kontaminasi udara paling sering menjadi masalah karena udara selalu kontak dengan
partikel debu dan umumnya banyak kontaminasi mikroorganisme di dalamnya. ketika
wadah dibuka segeraa ditangani agar tidak terkontaminasi dengan udara sekitar. Trasfer
aseptik pada kultur dari salah satu medium ke medium yang lain harus lihai dengan loop
inokulasi atau jarum yang harus disterilkan oleh pembakaran pada nyala api. dalam
pertumbuhan kultur dibutuhkan tempat yang mudah dipindahkan ke permukaan datar,
dimana pertumbuhan suatu koloni berasal dari pertumbuhan dan pembelahan sel tunggal.

K. PERTUMBUHAN MIKROORGANISME
1. Pengertian Pertumbuhan Mikroorganisme
Pertumbuhan pada mikroorganisme diartikan sebagai penambahan jumlah atau total
massa sel yang melebihi inokulum asalnya. Pertumbuhan merupakan suatu proses
kehidupan yang irreversible artinya tidak dapat dibalik kejadiannya. Pertumbuhan
didefinisikan sebagai pertambahan kuantitas konstituen seluler dan struktur organisme
yang dapat dinyatakan dengan ukuran, diikuti pertambahan jumlah, pertambahan ukuran
sel, pertambahan berat atau massa dan parameter lain. Sebagai hasil pertambahan ukuran
dan pembelahan sel atau pertambahan jumlah sel maka terjadi pertumbuhan populasi
mikroba. Umur sel ditentukan segera setelah proses pembelahan sel selesai, sedangkan
umur kultur ditentukan dari waktu dan lamanya inkubasi. Ukuran sel tergantung dari
kecepatan pertumbuhannya. Semakin baik zat nutrisi di dalam subtrat tempat tumbuhnya,
mengakibatkan pertumbuhan sel semakin cepat dan ukuran sel semakin besar.
Fase pertumbuhan mikroorganisme merupakan fase pembelahan sel bakteri yang melalui
beberapa fase yaitu, Fase lag, Fase Logaritma atau Exponensial, Fase Stasioner dan Fase
Kematian.
2. Perbedaan Antara Pertumbuhan Individu dan Koloni dalam Mikroorganisme
Pertumbuhan individu dalam mikroorganisme adalah bertambahnya ukuran tubuh seperti
panjang, luas, berat, volume maupun kandungan tertentu. Kuantitas atau ukuran
pertumbuhan dapat diukur dari segi pertambahan dimensi satu, misalnya: panjang,
diameter, jari – jari, dan jumlah sel. Segi pertambahan dimensi dua, misalnya: luas. Segi
pertambahan dimensi tiga, misalnya: volume, berat segar, dan berat kering.
 Pertumbuhan koloni dalam mikroorganisme adalah bertambahnya kuantitas individu
dalam suatu populasi atau bertambahnya ukuran koloni. Pada umumnya bakteri dapat
memperbanyak diri dengan pembelahan biner, yaitu dari satu sel membelah menjadi dua
sel baru. Maka dari itu, pertumbuhan dapat diukur dari bertambahnya jumlah sel.
3. Fase - Fase Dalam Pertumbuhan Mikroorganisme
Fase pertumbuhan mikroorganisme merupakan fase pembelahan sel bakteri yang melalui
beberapa fase yaitu, Fase lag, Fase Logaritma/Exponensial, Fase Stasioner dan Fase
Kematian.
a. Fase Lag (Fase Penyesuaian)
Fase Lag merupakan fase penyesuaian bakteri dengan lingkungan yang baru. Lama
fase lag pada bakteri sangat bervariasi, tergantung pada komposisi media, pH, suhu,
aerasi, jumlah sel pada inokulum awal dan sifat fisiologis mikro organisme pada media
sebelumnya. Ketika sel telah menyesuaikan diri dengan lingkungan yang baru maka
sel mulai membelah hingga mencapai populasi yang maksimum. Fase ini disebut fase
logaritma atau fase eksponensial. Pada fase ini tidak ada pertambahan populasi, sel
mengalami perubahan dalam komposisi kimia dan bertambah ukuran, substansi
intraseluler bertambah.
b. Fase Logaritma (Exponensial)
Fase Logaritma (eksponensial) ditandai dengan terjadinya periode pertumbuhan yang
cepat. Setiap sel dalam populasi membelah menjadi dua sel. Variasi derajat
pertumbuhan bakteri pada fase eksponensial ini sangat dipengaruhi oleh sifat genetik
yang diturunkannya. Selain itu, derajat pertumbuhan juga dipengaruhi oleh kadar
nutrien dalam media, suhu inkubasi, kondisi pH dan aerasi. Ketika derajat
pertumbuhan bakteri telah menghasilkan populasi yang maksimum, maka akan terjadi
keseimbangan antara jumlah sel yang mati dan jumlah sel yang hidup.
c. Fase Stasioner
Fase stasioner terjadi pada saat laju pertumbuhan bakteri sama dengan laju
kematiannya.Sehingga jumlah bakteri keseluruhan bakteri akan tetap. Keseimbangan
jumlah keseluruhan bakteri ini terjadi karena adanya pengurangan derajat pembelahan
sel. Hal ini disebabkan oleh kadar nutrisi yang berkurang dan terjadi akumulasi produk
toksik sehingga mengganggu pembelahan sel. Fase stasioner ini dilanjutkan dengan
 fase kematian yang ditandai dengan peningkatan laju kematian yang melampaui laju
pertumbuhan, sehingga secara keseluruhan terjadi penurunan populasi bakteri.
d. Fase Kematian
Fase Kematian merupakan fase dimana laju kematian lebih besar.
4. Faktor - Faktor yang Dapat Mempengaruhi Pertumbuhan Mikroorganisme
a. Suhu
Berdasarkan kisaran suhu aktivitasnya, bakteri dibagi menjadi 3 golongan:
Bakteri psikrofil, yaitu bakteri yang hidup pada daerah suhu antara 0°– 30°C, dengan
suhu optimum 15°C.
Bakteri mesofil, yaitu bakteri yang hidup di daerah suhu antara 15° — 55°C, dengan
suhu optimum 25° — 40°C.
Bakteri termofil, yaitu bakteri yang dapat hidup di daerah suhu tinggi antara 40° —
75°C, dengan suhu optimum 50–65°C
Pada tahun 1967 di Yellow Stone Park ditemukan bakteri yang hidup dalam sumber
air panas bersuhu 93° — 500°C.
b. Kelembapan
Pada umumnya bakteri memerlukan kelembapan yang cukup tinggi, kira-kira 85%.
Pengurangan kadar air dari protoplasma menyebabkan kegiatan metabolisme terhenti,
misalnya pada proses pembekuan dan pengeringan.
c. Cahaya
Cahaya sangat berpengaruh pada proses pertumbuhan bakteri. Umumnya cahaya
merusak sel mikro organisme yang tidak berklorofil. Sinar ultraviolet dapat
menyebabkan terjadinya ionisasi komponen sel yang berakibat menghambat
pertumbuhan atau menyebabkan kematian. Pengaruh cahaya terhadap bakteri dapat
digunakan sebagai dasar sterilisasi atau pengawetan bahan makanan.
Jika keadaan lingkungan tidak menguntungkan seperti suhu tinggi, kekeringan atau
zat-zat kimia tertentu, beberapa spesies dari Bacillus yang aerob dan beberapa spesies
dari Clostridium yang anaerob dapat mempertahankan diri dengan spora. Spora
tersebut dibentuk dalam sel yang disebut endospora.
Endospora dibentuk oleh penggumpalan protoplasma yang sedikit sekali mengandung
air. Oleh karena itu endospora lebih tahan terhadap keadaan lingkungan yang tidak
 menguntungkan dibandingkan dengan bakteri aktif. Apabila keadaan lingkungan
membaik kembali, endospora dapat tumbuh menjadi satu sel bakteri biasa. Letak
endospora di tengah-tengah sel bakteri atau pada salah satu ujungnya.
d. Zat kimia
Zat kimia, antibiotik, logam berat dan senyawa-senyawa kimia tertentu dapat
menghambat bahkan mematikan bakteri.
e. Nutrisi
Semakin banyak nutrisi maka semakin meningkat pertumbuhan dari bakteri dalam hal
melakukan pembelahan
L. KERAGAMAN MIKROORGANISME
1. Perbedaan Bakteri Gram Positif
a. Kelompok organisme yang tidak memiliki membrane intisel (prokariotik)
b. Bersel-tunggal
c. Bereproduksi dengan cara pembelahan biner.
d. Bentuk sel: Coccus, Basil, Spiral
e. Klasifikasi berdasarkan pewarnaan gram : bakteri gram positif dan gram negative

Dinding Sel Gram Positif

a. Ketebalan sekitar 20-80 nm

b. Melekat pada permukaan membran sel
c. Menyusun sekitar 60-90% dinding sel

Protoplasma : Bakteri Gram positif yang dinding selnya tidak lagi mengandung
peptidoglikan : sel dengan membran sel tanpa dinding sel.
2. Karakteristik Umum
Klasifikasi berdasarkan pewarnaan gram:
a. Gram-positif adalah bakteri yang mempertahankan zat warna Kristal violet sewaktu
proses pewarnaan Gram sehingga akan berwarna biru atau ungu dibawah mikroskop.
b. Bakteri gram-negatif akan berwarna merah atau merah muda.
c. Perbedaan keduanya didasarkan pada perbedaan struktur dinding sel yang berbeda dan
dapat dinyatakan oleh prosedur pewarnaan Gram.
d. Prosedur ini ditemukan pada tahun 1884 oleh ilmuwan Denmark bernama Christian
Gram dan merupakan prosedur penting dalam klasifikasi bakteri.
3. Tanda dan Gejala
Morfologi dan Identifikasi S. aureus

Ciri –ciri :
a. Occus berbentuk buah anggur
b. Menghasilkan pigmen kuning keemasan
c. Gram positif anaerobik yang terjadi secara tunggal, berpasangan, dan cluster
irregulular
d. Menggumpalkan plasma (koagulase positif)
e. Memfermentasi manitol
4. Diagnosis
S. aureus tumbuh dengan baik dalam kaldu biasa pada suhu 37 oC. Batas-batas suhu
pertumbuhannya ialah 15 -40oC, sedangkan suhu pertumbuhan optimum 37 oC. Bersifat
anaerob fakultatif, tumbuh baik pada suasana aerob. PH optimum : 7,4.
Diagnosis didasarkan pada melakukan tes dengan koloni. Tes untuk faktor
penggumpalan, koagulase, hemolisin, dan deoksiribonuklease termostabil secara rutin
digunakan untuk mengidentifikasi S aureus. Tes aglutinasi lateks komersial tersedia.
Identifikasi S epidermidis dikonfirmasi oleh kit biotip komersial.