PENGANTAR BIOKIMIA
Dosen Pengampu :
Wahyu Ramadhan
Disusun Oleh :
SRY RISKY
NIM : 1915201015
Istilah biokimia pertama kali diperkenalkan pada tahun 1903 oleh Karl Neuber, seorang
kimiawan Jerman. Sejak saat itu, biokimia kian berkembang, terutama sejak pertengahan abad
ke-20, dengan ditemukannya teknik-teknik baru seperti kromatografi, difraksi sinar X,
elektroforesis, RMI (nuclear magnetic resonance, NMR), pelabelan radioisotop, mikroskop
elektron, dan simulasi dinamika molekular.
Biokimia adalah bidang ilmu yang mempelajari pengetahuan tentang struktur, fungsi dan
interaksi biomolekul yang menyusun sel, mekanisme reaksi katalisis enzim, energetika dan
reaksi-reaksi metabolisme sel, proses sinyal transduksi yang terkait dengan fungsi biologis dan
fisiologis sel pada tingkat molekuler dan informasi genetik.
Ilmu Biokimia adalah ilmu yang mempelajari tentang peranan berbagai molekul dalam
reaksi kimia dan proses yang berlangsung dalam makhluk hidup. Jangkauan ilmu Biokimia
sangat luas sesuai dengan kehidupan itu sendiri. Tidak hanya mempelajari proses yang
berlangsung dalam tubuh manusia, ilmu Biokimia juga mempelajari berbagai proses pada
organisme mulai dari yang sederhana sampai yang kompleks. Untuk memberikan pemahaman
mengenai konsep-konsep dasar yang terjadi dalam berbagai proses dalam kehidupan
Dengan di manfaatkan biokimia dalam bidang kesehatan kita dapat memahami kesehatan
dan memelihara kesehatan kita agar terhindar dari berbagain penyakit yg ada. jika kita sudah
terkena penyakit kita juga bisa memahami dan melakukan penanganan suatu penyakit secara
efektif. selain itu biokimia juga dapat menjelaskan hal-hal dalam bidang farmakologi dan
toksilogi karena dua bidang ini berhubungan dengan pengaruh bahan kimia dari luar terhadap
metabolisme. lalu dalam obat-obatan biasanya mempengaruhi jalur metabolik tertentu. misalnya:
antibiotik penisilin dapat membunuh bakteri dengan menghambat pembentukan polisakarida
pada dinding sel bakteri. dengan demikian bakteri akan mati karena tak dapat membentuk
dinding sel.
Biokimia juga dapat menjelaskan hal hal Dalam Farmakologi dan Toksikologi karena
dua bidang ini berhubungan dengan pengaruh bahan kimia dari luar terhadap metabolisme. lalu
dalam obat obatan biasanya mempengaruhi jalur metabolik tertentu. misalnya: antibiotik
penisilin dapat membunuh bakteri dengan menghambat pembentukan polisakarida pada dinding
sel bakteri. dengan demikian bakteri akan mati karena tak dapat membentuk dinding sel.
Dengan mempelajari biokimia kita mengetahui tentang reaksi-reaksi kimia penting yang
terjadi dalam sel. hal ini berarti kita dapat memahami proses-proses yang terjadi dalam tubuh.
dengan demikian diharapkan kita akan mampu menghindari hal-hal dari luar yang akan
mempengaruhi proses dalam sel-sel tubuh, misalnya: kita akan dapat mengatur makanan yang
akan kita konssi sehingga kita memperoleh manfaat dari makanan secara optimal. contoh lain
kita akan mampu menghindari dampak dari suatu lingkungan yang tercemar oleh limbah yang
membahayakan kesehatan.
Tubuh manusia dapat terbagi menjadi beberapa komponen penyusun. Ada beberapa
tingkatan yang mendasari pembagian komposisi tubuh diantaranya pembagian berdasarkan atom,
molekul, sel, dan jaringan. Menurut tingkatan atom, komposisi tubuh manusia tersusun dari
oksigen, karbon, hidrogen, nitrogen, kalsium, dan atom lainnya. Menurut tingkatan molekul,
komposisi tubuh manusia tersusun dari lemak dan non lemak. Berdasarkan tingkatan sel,
komposisi tubuh manusia tersusun dari intraseluler dan ekstraseluler. Sedangkan berdasarkan
tingkatan jaringan, tubuh manusia tersusun dari beberapa jaringan seperti jaringan otot, lemak,
dan tulang.
Unsur-unsur utama penyusun tubuh adalah karbon (C), hidrogen (H), oksigen (O) dan nitrogen
(N). Selain itu masih terdapat beberapa unsur lain yaitu: kalsium (Ca), fosfor (P), kalium (K),
sulfur (S), natrium (Na), klor (Cl), magnesium (Mg), besi (Fe), mangan (Mn) dan iodium (I).
Rincian dari unsur-unsur tersebut tercantum pada Tabel 1.1.
Unsur-unsur penyusun tubuh sebagaimana disebutkan di atas banyak yang membentuk molekul-
molekul besar yang kompleks di dalam tubuh. Di antara biomolekul-biomolekul kompleks
tersebut yang merupakan biomolekul kompleks utama adalah DNA, RNA, protein, polisakarida
dan lipid. Biomolekul kompleks tersusun atas molekul-molekul sederhana, seperti terinci pada
Ikatan kimia
Molekul di dalam tubuh baik yang sederhana sampai dengan yang kompleks dapat terbentuk
karena adanya ikatan kimia. Ikatan kimia digolongkan menjadi 2 yaitu ikatan kovalen dan ikatan
non kovalen. Selanjutnya ikatan non kovalen terdiri atas ikatan ionik, ikatan hidrogen dan ikatan
Van Der Waals.
1. Ikatan kovalen
Ikatan kovalen adalah ikatan yang terbentuk oleh valensi dari masing-masing atom. Anda
dapat mempelajari lagi tentang valensi dengan membaca buku-buku kimia umum, atau
pelajaran kimia di SMA. Contoh dari ikatan kovalen adalah CO 2. Dalam hal ini valensi C
adalah 4 dan valensi O adalah 2.
2. Ikatan ionik
Ikatan ionik adalah ikatan antara dua gugus dengan muatan berlawanan. Contohnya adalah
ikatan antara substrat dan enzim. Jarak optimal ikatan ini adalah 28 Angstrom.
3. Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah pengikatan satu atom hidrogen oleh dua atom lain yang berbeda.
Ikatan ini dapat dibentuk di antara molekul-molekul tidak bermuatan maupun molekul-
molekul bermuatan. Atom yang mengikat hidrogen lebih kuat disebut donor hidrogen sedang
lainnya dinamakan akseptor hidrogen.
Air
Air merupakan produk akhir utama dari metabolisme oksidatif makanan. Dalam reaksi-reaksi
metabolik, air berfungsi sebagai reaktan tetapi juga sebagai produk. Air juga menjadi pelarut
biologis yang ideal. Air sangat mempengaruhi semua interaksi molekuler dalam sistem biologi.
Air mempunyai 2 sifat penting secara biologis yaitu sifat polar dan sifat kohesif.
Secara tiga dimensi, air merupakan molekul tetrahedron tak beraturan dengan oksigen pada
bagian pusatnya. Dua buah ikatan dengan hidrogen diarahkan ke dua sudut tetrahedron,
sementara elektron-elektron yang tidak dipakai bersama pada kedua orbital terhibridasi sp 3
menempati 2 sudut sisanya. Molekul air membentuk molekul bipolar (dua kutub). Sisi
oksigen yang berlawanan dengan dua atom hidrogen cenderung bermuatan negatif karena
mengandung lebih banyak elektron. Sedangkan disisi hidrogen cenderung bermuatan negatif.
2. Air bersifat sangat kohesif
Molekul-molekul air yang berdekatan memiliki afinitas yang tinggi satu sama lainnya.
Daerah bermuatan positif dan satu molekul air cenderung akan mengarahkan diri kepada
daerah bermuatan negatif pada salah satu molekul didekatnya. Air beku mempunyai struktur
kristal yang sangat teratur di mana seluruh ikatan hidrogen potensial memang terbentuk. Air
cair mempunyai struktur yang setengah teratur dengan kelompok-kelompok molekul
berikatan hidrogen yang secara terus menerus terbentuk dan terpecah.
Air merupakan pelarut yang sangat baik bagi molekul-molekul polar. Air sangat memperlemah
iakatan ionik dan ikatan hidrogen antara molekul-molekul polar dengan cara bersaing daya tarik.
Perhatikan contoh pada Gambar 1.3. Atom-atom hidrogen air mengantikan atom hidrogen amida
(-NH) sebagai donor ikatan hidrogen, dan atom oksigen air menggantikan atom oksigen karbonil
(-CO) sebagai akseptor. Maka ikatan hidrogen yang kuat antara –NH dan –CO terjadi jika tidak
ada air.
Sintesis
Sintesis adalah proses pembentukan suatu molekul yang lebih besar, dari molekul-molekul yang
lebih kecil. Sebagai contoh, protein adalah molekul yang sangat besar. Protein ini disintesis dari
asam-asam amino dengan mekanisme yang sangat rumit.
Contoh lainnya adalah DNA suatu rantai deoksiribonukleotida yang sangat panjang. Setiap mata
rantai merupakan satu unit deoksiribonukleotida. Deoksiribonukleotida tersebut terbentuk oleh
deoksiribonukleosida dan fosfat, demikian seterusnya sampai dengan komponen yang lebih
kecil.
Degradasi
Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwell VW, 2003, Biokimia Harper, Edisi XXV,
Penerjemah Hartono Andry, Jakarta: EGC
Stryer L, 1996, Biokimia, Edisi IV, Penerjemah: Sadikin dkk (Tim Penerjemah Bagian Biokimia
FKUI), Jakarta: EGC