Adapun prosedur penggunaan mesin fMRI yaitu

1. Sebelum berbaring pada mesin terdapat beberapa persyaratan, barang yang bersifat
logam harus di tinggal seperti jam tangan, pin rambut, cincin dan lainnya dikeluarkan,
baru kemudian perlahan-lahan seorang ( subyek ) dimasukkan ke dalam ruang yang
sempit melingkar di dalam mesin fMRI. Subyek diminta untuk berbaring di ranjang
sempit dan ringan terkendali dalam mesin untuk mencegah gerakan. Hal ini sangat
penting untuk pencitraan yang baik.
2. Menunggu 15 menit sampai satu jam karena proses ini bisa berlangsung selama itu.
Beberapa subyek melaporkan perasaan klaustrofobia ringan ( klaustrofobia ialah
sebuah penyakit ketakutan/phobia terhadap tempat – tempat yang sempit dan
terjebak ) tetapi mereka dapat berkomunikasi dengan teknisi pencitraan melalui
system kecil dua arah interkom.
3. Setelah di dalam mesin fMRI, subjek diminta untuk mendengarkan suara-suara
tertentu, melakukan tugas-tugas dan kegiatan kognitif seperti melakukan tugas mental
yang membutuhkan penalaran atau mengingat kejadian masa silam. Mesin ini
kemudian mampu memetakan respon otak untuk tugas yang di berikan ke otak.
Sebagai lawan dari Elektroensefalogram (EEG), yang merupakan teknik yang
mempelajari dan mengukur arus listrik dalam otak, mesin fMRI mampu merekam
aktivitas dari seluruh wilayah otak. Gambar scannya memiliki resolusi tinggi dan
dapat setepat 1 mm. Hasil scan inilah yang banyak digunakan sebagai alat pemetaan
dan analisis otak dalam komunitas ilmu kognitif.
4. Magnetic Resonance Imaging (MRI) scan mengambil gambar dari struktur
tubuh,namun implan telinga dan koin logam dalam pembuluh darah tidak dapat
menjalani pencitraan resonansi magnetic. Kemudian fMRI scan mengambil gambar
fungsi metabolisme. Fungsi metabolisme mengacu pada semua proses yang
diperlukan untuk menjaga suatu organisme hidup, seperti mengubah makanan
menjadi energi. Mesin fMRI menciptakan gambar yang dapat benar-benar melihat
aktivitas metabolik dalam struktur tubuh. Kedua perangkat tersebut bukan tanpa
kontroversi karena terkadang dapat menghasilkan positif palsu. Hal ini terjadi ketika
hasil scan menghasilkan "positif hasil” padahal sebenarnya sebaliknya adalah salah.