BIOTEKNOLOGI FARMASI
”Asam Nukleat”
OLEH:
ANDREINA DEBORA DE ARAÚJO
KELAS FARMASI B/VI
Puji dan syukur kehadirat Tuhan. Karena berkat limpahan karunia-Nya Penulis
dapat menyelesaikan paper “Makalah Asam Nukleat”Ini dengan baik. Penyusunan
makalah ini untuk memenuhi tugas mata kuliah Bioteknologi Farmasi. Dalam paper ini
diberikan berbagai penjelasan mengenai Asam Nukleat. Materi yang disajikan cukup
terperinci agar mudah dipahami oleh pembaca. Kami telah berusaha semaksimal
mungkin dalam menyelesaikan makalah ini untuk mendapatkan hasil yang sebaik-
baiknya. Namun kami menyadari bahwa makalah ini jauh dari kesempurnaan. Oleh
karena itu, kami harapkan kritik dan saran dari pembaca demi kesempurnaan makalah-
makalah yang selanjutnya. Semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi para pembaca.
Kupang 2022
Penulis
i
DAFTAR ISI
BAB I Pendahuluan
1.1 Latar Belakang..........................................................................................................................1-2
1.2 Rumusan Masalah.....................................................................................................................3
1.3 Tujuan .....................................................................................................................................3
3.2 Saran......................................................................................................................................... 40
ii
BAB I
PENDAHULUAN
1
Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki peranan yang sangat
penting dalam biosintesis protein. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada
umumnya terikatpada protein yang mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel
terikat padahiston. Senyawa gabungan antara asam nukleat dengan protein ini disebut
nukleoprotein.
Molekul asam nukleat merupakan suatu polimer seperti protein, tetapi yang
menjadi monomer bukan asam amino, melainkan nukleotida.
2
1.2 Rumusan Masalah
Apa itu Asam Nukleat?
Apa saja fungsi dari Nukleotida?
Apa itu sintesis RNA dan DNA?
Apa itu Transkripsi dan Translasi?
Bagaimana struktur molekul dan komponen-komponen asam nukleat, termasuk
macam-macam ikatan kimia yang terdapat di dalamnya?
Apa sifat-sifat asam nukleat?
1.3 Tujuan
3
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan bertugas
untuk menyimpan dan mentransfer genetic, kemudian menerjemahkan informasi ini secara
tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-masing sel. Asam nukleat, jika unit-
unit pembangunnya deoksiribonukleotida , disebut asam deoksiribonukleotida (DNA) dan jika
terdiri- dari unit-unit ribonukleaotida disebut asam ribonukleaotida (RNA).
Asam Nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak nukleotida.
Bila nukleotida mengandung ribose, maka asam nukleat yang terjadi adalah RNA (Ribnucleic
acid = asam ribonukleat) yang berguna dalam sintesis protein. Bila nukleotida mengandung
deoksiribosa, maka asam nukleat yang terjadi adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam
deoksiribonukleat) yang merupakan bahan utama pementukan inti sel. Dalam asam nukleat
terdapat 4 basa nitrogen yang berbeda yaitu 2 purin dan 2 primidin. Baik dalm RNA maupun
DNA purin selalu adenine dan guanine. Dalam RNA primidin selalu sitosin dan urasil, dalam
DNA primidin selalu sitosin dan timin.
4
dipanasi dengan asam sulfat akan terbentuk furfural. Furfural ini akan memberikan warna
merah dengan anilina asetat atau warna kuning dengan p- bromfenilhidrazina. Apabila
dipanasi dengan difenilamina dalam suasana asam, DNA akan memberikan warna biru. Pada
dasarnya reaksi-reaksi warna untuk ribosa dan deoksiribosa dapat digunakan untuk
keperluan identifikasi asam nukleat.
Cara lain untuk memisahkan asam nukleat dari protein ialah menggunakan enzim
pemecah protein, misal tripsin. Ekstraksi terhadap jaringan-jaringan dengan asam
triklorasetat, dapat pula memisahkan asam nukleat. Denaturasi protein dalam campuran
dengan asam nukleat itu dapat pula menyebabkan terjadinya denaturasi asam nukleat itu
sendiri. Oleh karena asam nukleat itumengandung pentosa, makabila dipanasi dengan asam
sulfat akan terbentuk furfural. Furfural ini akan memberikan warna merah dengan anilina
asetat atau warna kuning dengan p-bromfenilhidrazina. Apabila dipanasi dengan difenilamina
dalam suasana asam, DNA akan memberikan warna biru. Pada dasarnya reaksi-reaksi warna
untuk ribosa dan deoksiribosa dapat digunakan untuk keperluan identifikasi asam nukleat.
Basa heterosiklik Purin dan Pirimidin. Dimana Purin tersusun dari basa nitrogen
adenine dan guanin, sedangkan Pirimidin tersusun dari basa nitrogen timin dan sitosin.
a. Gugus fosfat
b. Gula pentosa deoksiribosa (deoxyribose)
Karena adanya gugus gula pentosa deoksribosa inilah maka asam nukleat jenis disebut
sebagai Deoxyribonucleic acid (DNA) atau Asam Deksiribosa Nukleat (ADN).
5
hasil instruksi DNA yang disintesis melalui mekanisme transkripsi DNA untuk selanjutnya
ditransfer keluar dari inti sel masuk ke dalam sitoplasma. Molekul RNA merupakan untai
tunggal polinukleutida atau yang biasa di kenal dengan single stranded. Dimana nukleotida
penyusun RNA tersusun dari beberapa komponen penting yang hampir sama dengan yang
ada pada DNA, yaitu:
Basa heterosiklik Purin dan Pirimidin. Hanya saja pada pirimidin, basa nitrogen yang
menjadi penyusunnya adalah urasil dan sitosin. Sedangkan pada Purin, basa nitrogen
penyusunnya adalah sama, yaitu Adenine dan Guanin.
a. Gugus fosfat Gula pentosa
b. Ribosa sehingga di sebut sebagai Ribonucleic acid(RNA)
6
keempat basa DNA, yang diisolasi dari berbagai organisme. Kesimpulan yang diambil
dari data yang terkumpul adalah sebagai berikut :
Komposisi basa DNA bervariasi antara spesies yang satu dengan spesies yang
lain.
Sampel DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan pada spesies yang sama
mempunyai komposisi basa yang sama.
Komposisi DNA pada suatu spesies tidak berubah oleh perubahan usia, keadaan
nutrisi maupun perubahan lingkungan.
Hampir semua DNA yang diteliti mempunyai jumlah residu adenin yang sama
dengan jumlah residu timin (A=T), dan jumlah residu guanin yang sama dengan
jumlah residu sitosin (G=C) maka A+G = C+T, yang disebut aturan Charrgaff
DNA yang diekstraksi dari spesies-spesies dengan hubungan kekerabatan yang
dekat mempunyai komposisi basa yang hampir sama. Pada tahun 1953, James D.
Watson dan Francis H.C. Crick berhasil menguraikan struktur sekunder DNA yang
berbentuk heliks ganda melalui analisis pola difraksi sinar X dan membangun
model strukturnya (Darnell, et al. dalam T. Milanda, 1994). Heliks ganda tersebut
tersusun dari dua untai polinukleotida secara antiparalel (arah 5’→3’ saling
berlawanan), berputar ke kanan dan melingkari suatu sumbu. Unit gula fosfat
berada di luar molekul DNA dengan basa-basa komplementer yang berpasangan di
dalam molekul. Ikatan hidrogen di antara pasangan basa memegangi kedua untai
heliks ganda tersebut (Willbraham and Matta dalam T. Milanda, 1994). Kedua untai
melingkar sedemikian rupa sehingga keduanya tidak dapat dipisahkan kembali bila
putaran masingmasing untai dibuka. Jarak di antara kedua untai hanya
memungkinkan pemasangan basa purin (lebih besar) dengan basa pirimidin (lebih
kecil). Adenin berpasangan dengan timin membentuk dua ikatan hidrogen
sedangkan guanin berpasangan dengan sitosin membentuk tiga ikatan hidrogen.
Dua ikatan glikosidik yang mengikat pasangan basa pada cincin gula, tidak persis
berhadapan. Akibatnya, jarak antara unit-unit gula fosfat yang berhadapan
sepanjang heliks ganda tidak sama dan membentuk celah antara yang berbeda,
yaitu celah mayor dan celah minor (Marks, et al., 1996 ; Robert K. Murray, et al.,
2000).
c. Struktur Tersier
Kebanyakan DNA virus dan DNA mitokondria merupakan molekul lingkar. Konformasi
ini terjadi karena kedua untai polinukleotida membentuk struktur tertutup yang tidak
berujung. Molekul DNA lingkar tertutup yang diisolasi dari bakteri, virus dan
mitokondria seringkali berbentuk superkoil, selain itu DNA dapat berbentuk molekul
linier dengan ujung-ujung rantai yang bebas.
2. Ribonucleic Acid (RNA)
RNA hanya berupa rantai tunggal RNA memiliki struktur tunggal, tidak ganda seperti
DNA. RNA terbentuk atas gula ribosa, fosfat, dan basa nitrogen. (ingat bahwa gula
pembentuk DNA adalah deoksiribosa). Struktur dari molekul RNA adalah sebagai berikut.
RNA hampir sama dengan DNA, perbedannya terletak pada :
a. Basa utama RNA adalah Adenin, Guanin, Sitosin dan Urasil, dengan panjang molekul
70 sampai 10.000 pb.
b. Unit gula RNA adalah D-ribosa
7
c. Molekul RNA berupa untai tunggal, kecuali pada beberapa virus.
Struktur RNA dan DNA Basa nitrogen RNA juga digolongkan menjadi purin ydan
pirimidin. Purin tersusun atas adenin (A) dan guanin (G), sedangkan pirimidin tersusun
atas sitosin (C) dan urasil (U). Basa nitrogen timin pada DNA digandtikan oleh urasil pada
RNA. Terdapat beberapa jenis RNA dalam sel makhluk hidup. Jenis-jenis RNA adalah
sebagai berikut:
8
Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan yang berasal dari RNA ialah
ribose. Adapun basa purin dan basa pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin,sitosin dan
timin. Dari RNA akan diperoleh adenin, guanin, sitosin dan urasil.
Urasil terdapat dalam dua bentuk yaitu bentuk keto atau laktam dan bentuk enol atau
laktim.
9
Pada PH cairan tubuh, terutama urasil terdapat dalam entuk keto. Nukleosida
terbentuk dari basapurin atau pirimidin dengan ribose atau deoksiribosa. Basa purin atau
pirimidin terikat padapentosa oleh ikatan glikosidik,yaitu pada atom karbon nomor 1.
Guanosin adalah suatunukleosida yang terbentuk dari guanin dengan ribosa. Pada
pengikatan glikosidik ini sebuah molekul air yang dihasilkan terjadi dari atom hidrogen pada
atom N-9 dari basa purin dengan gugus OH pada atom C-1 dari pentosa. Untuk basa
pirimidin,gugus OH pada atom C-1 berikatandengan atom H pada atom N-1.
1. Nukleotida
Merupakan struktur pembentuk inti sel – DNA dan RNA yang penting untuk
perkembangan sel, fungsi-fungsi tubuh dan penggantian jaringan yang rusak.
Nukleotida tersebut terdapat di semua sel tubuh. Nukleotida adalah molekul yang
tersusun dari gugus basa heterosiklik, gula, dan satu atau lebih gugus fosfat. Basa
penyusun nukleotida biasanya adalah berupa purina atau pirimidina sementara
gulanya adalah pentosa (ribosa), baik berupa deoksiribosa maupun ribosa. Nukleotida
juga berperan dalam metabolisme sel. Contohnya saja nukleotida jenis Adenosin
triposphat, yang merupakan pembawa energi utama ke dalam sel tubuh. Sel tubuh
tidak akan berfungsi tanpa nukleotida ini. Nukleotida juga berfungsi untuk membantu
sintesa lemak, karbohidrat, dan protein. Secara alami terbentuk didalam tubuh,
Nuleotida khususnya terdapat di dalam jaringan tubuh yang berganti secara cepat,
misalnya: jaringan kulit, sel darah merah dan putih, dan juga dalam sistem kekebalan
tubuh. Tubuh dapat membentuk nukleotida ini di dalam hati. Selain itu juga Nukleotida
bisa didapatkan dari luar tubuh melalui makanan yang konsumsi.
2. Nukleosida
Nukleosida adalah molekul organik yang terdiri dari lima gula karbon yang melekat pada
basa nitrogen. Basa nitrogen dapat berupa basa nitrogen tergantung pada jenis
nukleosida yang akan dikembangkan. Jenis basa nitrogen yang paling umum digunakan
sebagai penyusun nukleosida adalah adenin, guanin, sitosin, timin, dll. Nukleosida dapat
dibuat menjadi nukleotida dengan hanya menempelkan satu atau lebih gugus fosfat ke
dalamnya. Analog nukleosida sangat penting dan terkenal terkait penggunaannya dalam
10
obatobatan. Mereka bekerja sebagai antikanker dan agen antivirus juga.
Sebutan lain Nukleosida merupakan bagian dari nukleotida tanpa gugus fosfat. Dengan
demikian, nukleosida tersusun dari gula ribosa atau deoksiribosa dan basa
nitrogen.Nukleosida merupakan kerangka dasar bagi terbentuknya AMP, ADP, dan ATP.
Proses pembentukan ketiga senyawa pembawa energi kimia ini biasanya terjadi di
mitokondria sebagai bagian dari reaksi katabolisme/respirasi.
Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu rantai
cetakan atau sense, sedangkan rantai komplemennya disebut rantai antisense. Rentangan
DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkripsi. Informasi dari DNA
untuk sintesis protein dibawa oleh mRNA. RNA dihasilkan dari aktifitas enzim RNA
polimerase. Enzim polimerasi membuka pilinan kedua rantai DNA hingga terpisah dan
merangkaikan nukleotida RNA. Enzim RNA polimerase merangkai nukleotida-nukleotida
RNA dari arah 5‟ ? 3‟, saat terjadi perpasangan basa di sepanjang cetakan DNA. Urutan
nukleotida spesifik di sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang
DNA menandai dimana transkripsi suatu gen dimulai dan diakhiri.
11
Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan),
terminasi (pengakhiran) rantai mRNA.
a. Inisiasi
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi disebut
sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana transkripsi dimulai, juga
menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.
b. Elongasi
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks ganda DNA,
sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan DNA- nya.
c. Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang
disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA yang
berfungsi sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi
biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi; yaitu, polimerase mencapai titik
terminasi sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase
terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang
lebih jauh kira-kira 10 hingga 35 nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari
enzim tersebut.
12
2. Sintesis DNA
13
Model ini memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk
berperanan sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA baru.
Model ini memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk berperanan
sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA baru.
Komponen utama Replikasi, adalah sebagai berikut :
1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.
3. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisi proses polimerisasi
nukleotida menjadi untaian DNA.
4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai
replikasi DNA.
5. Enzim pembuka ikatan untaian DNA induk, yaitu enzim helikase dan enzim lain yang
membantu proses tersebut yaitu enzim girase.
7. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung fragmen-
fragmen DNA.
14
Meknisme dasar replikasi, adalah sebagai berikut :
Sintesis untaian DNA yang baru akan dimulai segera setelah kedua
untaian DNA induk terpisah membentuk garpu replikasi Pemisahan kedua
untaian DNA induk dilakukan oleh enzim DNA helikase. Sintesis DNA
berlangsung dengan orientasi 5'-P
à 3'-OH. Oleh karena ada dua untaian DNA cetakan yang orientasinya
berlawanan, maka sintesis kedua untaian DNA baru juga berlangsung dengan
arah geometris yang berlawanan namun semuanya tetap dengan orientasi 5' à
3'.
15
Sintesis untaian DNA baru yang searah dengan pembukaan garpu
replikasi dapat berlangsung tanpa terputus (sintesis secara kontinu). Untaian
DNA yang disintesis secara kontinu semacam ini disebut sebagai untaian DNA
awal (leading strand). Sintesis untaian DNA baru yang searah dengan
pembukaan garpu replikasi dapat berlangsung tanpa terputus (sintesis secara
kontinu). Untaian DNA yang disintesis secara kontinu semacam ini disebut
sebagai untaian DNA awal (leading strand).
16
2.7 Replikasi DNA dan RNA
1. REPLIKASI DNA
Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak protein yang
masing-masing mempunyai peranan spesifik.. protein-protein yang terlibat di dalam
proses replikasi bahan genetik di kode oleh gen-gen yang terdapat di dalam bahan
genetik itu sendiri. Secara umum, replikasi bahan genetik merupakan proses
pengkopian/penggandaaan rangkaian molekul bahan genetik (DNA/RNA) sehingga
dihasilkan molekul anakan yang sangat identik. (Triwibowo Yuwono, 2002).
MODEL DNA
Watson dan Crick menyatakan bahwa setiap untai DNA dapat berperan sebagai
cetakan bagi untai komplementernya. Jika heliks ganda dapat mengurai dan memisah,
maka untai-untai yang terbentuk dapat menarik basa- basa komplementernya (seperti
dalam sintesis mRNA), dengan demikian, masing-masing untai awal itu akan berasosiasi
lagi dengan komplemennya, dan dua heliks ganda yang identikpun tercipta. Peristiwa itu
disebut sebagai replikasi semikonservatif, sebab masing-masing heliks ganda yang
terbentuk mengandung satu untai ‘induk’ dan satu untai yang baru tersintesis. (George
H. Fried, 2005) Pada tahun 1958, Matthew Meselson dan Franklin Stahl berhasil
menunjukkan secara empiris bahwa replikasi DNA berlangsung dengan mekanisme secara
semikonservatif. Meselson dan Stahl melakukan eksperimen untuk mengetahui
mekanisme replikasi DNA dengan menggunakan bekteri Escherchia coli. Hasil eksperimen
Meselson dan Stahl tersebut dengan jelas menunjukkan bahwa molekul DNA anakan
terdiri atas satu untai DNA induk dan satu untai DNA hasil sintesis baru sehingga sesuai
dengan model replikasi secara semikonservatif. (Triwibowo Yuwono, 2002)
17
Mekanisme replikasi (SINTESIS DNA)
Mekanisme DNA berlangsung dalam beberapa tahap yaitu:
(1) denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk,
(2) peng-”awal”-an/permulaan (inisiasi) sintesis DNA,
(3) pemanjangan untaian DNA,
(4) memprimerkan sintesis DNA (Ligasi fragmen-fragmen DNA), dan
(5) terminasi sintesis DNA.
18
c. Pemanjangan Untaian DNA
Pemanjangan DNA baru pada cabang replikasi di katalis oleh enzimenzim
yang disebut DNA polimerase. Saat nukleotida-nukleotida berjejer dengan basa-basa
komplementer sepanjang untaian pola cetakan DNA nukle otida ini di tambahkan
oleh polimerase satu demi satu, ke ujung yang baru tumbuh dari untai DNA
yang baru. Laju pemanjangannya kurang lebih 500 nukleotida per detik pada
bakteri dan 50 per detik pada sel- sel manusia. (Neil A. Campbell, 2002). DNA
polimerase menambahkan nukleotida hanya pada ujung 3’ yang bebas dari untai
DNA yang sedang terbentuk, tidak pernah pada ujung 5’. Jadi, untai DNA baru dapat
memanjang hanya pada arah 5’ à 3’. Disepanjang salah satu untai cetakan, DNA
polimerase dapat mensintesis untai komplementer yang kontinu dengan
memanjangkan DNA yang baru ini dengan arah 5’ à 3’ yang bersifat wajib.
Polimerase tersebut semata-mata bersarang pada cabang replikasi dan bergerak di
sepanjang untai cetakan seiring bergeraknya cabang. Untai DNA yang dibuat
dengan metode ini disebut leading strand (untai pemimpin). Untuk
memanjangkan untai baru DNA yang lain, polimerase harus bekerja di sepanjang
cetakan jauh dari cabang replikasi. Untai DNA yang disintesis dalam arah ini disebut
lagging strand. Prosesnya analog dengan metode menjahit yang disebut stik balik.
Saat gelembung replikasi terbuka, molekul polimerase dapat bekerja jauh dari
cabang replikasi dan mensintesis segmen pendek DNA. Saat gelembung
berkembang, satu segmen pendek lagging strand lainnya dapat dibuat dengan cara
yang sama. Berbeda dengan leading strand, yang memanjang terus menerus,
lagging strandpertama kali disintesis sebagai serangkaian segmen. Potongan ini
disebut fragmen Okazaki, sesuai dengan nama saintis Jepang yang menemukannya.
Panjang fragmen-fragmen ini sekitar 100-200 nukleotida. (Neil A. Campbell, 2002)
19
e. Terminasi Sintesis DNA
Setelah dilakukan inisiasi dan polimerisasi, akhirnya proses replikasi DNA akan di
akhiri dengan proses terminasi atau pengakhiran replikasi. Pada prokaryot, replikasi
genom berbentuk lingkar akan berakhir pada waktu kedua garpu replikasi bertemu
pada satu titik. Titik tempat pengakhiran replikasi disebut sisi terminasi. Pada
eukariyot, keadaannya menjadi lain karena struktur genomnya linear sehingga ada
komplikasi terminasi replikasi pada ujung-ujung kromosom. (Triwibowo Yuwono,
2002)
2. Transkripsi RNA
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan DNA
menjadi molekul RNA. Urutan nukleotida pada salah satu untaian molekul DNA digunakan
sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul RNA yang komplementer (Triwibowo
Yuwono, 2002). Transkripsi merupakan sintesis RNA berdasarkan arahan DNA. Kedua asam
nukleat menggunakan bahasa yang sama, dan informasinya tinggal di transkripsi, atau di salin,
dari satu molekul ke molekul yang lain. Transkripsi ini menyediakan suatu cetakan untuk
penyusunan urutan nukleotida RNA. (Neil A. Campbell, 2002) Molekul RNA yang disintesis
dalam proses transkripsi pada garis besarnya dapat di bedakan menjadi 3 kelompok molekul
RNA, yaitu: mRNA (messenger RNA), tRNA(transfer RNA), dan rRNA (ribosomal RNA).
(Triwibowo Yuwono, 2002) DNA membimbing sintesis mRNA dengan cara yang amat serupa
dengan cara membimbing replikasi dirinya. Enzim RNA polimerase mengikatkan diri pada situs
khusus molekul DNA dan memisahkan kedua rantai pilinan ganda. Sintesis semua molekul
RNA berlangsung menuju 5’ à 3’ perangkaian ribonukleotida membebaskan banyak sekali
energi bebas karena kedua fosfat ujung setiap prekursor nukleotida trifosfat terpisah lepas
karena nukleotida itu di tambahkan pada untaian yang bertumbuh. (John W. Kimball, 1983)
20
2.8 MEKANISME TRANSKRIPSI (SINTESIS RNA)
Terdapat 3 (tiga) tahapan transkripsi, yaitu:
Pada saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA itu terus membuka pilinan heliks ganda
tersebut, memperlihatkan kira-kira 10-20 basa DNA sekaligus untuk berpasangan
dengan nukleotida RNA. Enzim ini menambahkan nukleotida ke ujung 3’dari molekul RNA
yang sedang tumbuh begitu enzim itu berlanjut di sepanjang heliks ganda tersebut. Pada
saat sintesis RNA berlangsung, heliks ganda DNA terbentuk kembali dan molekul RNA
baru akan lepas dari cetakan DNA-nya. Transkripsi berlanjut pada laju kirakira 60
nukleotida per detik pada eukariota. Satu gen tunggal dapat di transkripsi secara
simultan oleh beberapa molekul RNA polimerase yang saling mengikuti seperti barisan
truk dalam suatu konvoi. Untai RNA yang sedang tumbuh memperlihatkan jejak dari
setiap polimerase, dengan panjang setiap untai baru yang mencerminkan sejauh mana
enzim itu telah berjalan dari titik awalnya di sepanjang cetakan tersebut. Banyaknya
molekul polimerase yang secara simultan mentranskripsi gen tunggal akan
meningkatkan jumlah molekul mRNA dan membantu suatu sel membuat protein dalam
jumlah yang lebih besar. (Neil A. Campbell, 2002)
21
3. Terminasi Transkripsi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang
disebut terminator. Terminator yang di traskripsi yakni, suatu urutan RNA berfungsi
sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Terdapat beberapa mekanisme
yang berbeda untuk terminasi transkripsi, yang perinciannya sebenarnya
masih kurang jelas. Pada sel prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat pada akhir
sinyal terminasi; ketika polimerase mencapai titik tersebut polimerase melepas RNA dan
DNA. Sebaliknya, pada sel eukariota, polimerase ini terus melewati sinyal terminasi,
suatu urutan AAUAAA di dalam pra-mRNA. Pada titik yang lebih jauh kira-kira 10-35
nukleotida, pra-mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut. (Neil A. Campbell,
2002).
22
2.9 Transkripsi dan Translasi
1. Transkripsi
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada
urutan DNA meniadi molekul RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali
ekspresi sifat-sifat genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan
nukleotida pada salah satu untaian molekul RNA digunakan sebagai cetakan
(template) untuk sintesis molekul RNA yang komptementer.
23
2. Penempelan faktor-faktor pengendali transkripsi menyebabkan terbentuknya
kompleks promoter yang terbuka (open promoter complex).
1. Prekursor untuk sintesis RNA adalah empat macam ribonukleotida yaitu 5'-
trifosfat ATP GTP CTP dan UTP (pada RNA tidak ada thymine).
2. Reaksi polimerisasi RNA pada prinsipnya sama dengan polimerisasi DNA, yaitu
dengan arah 5' à 3'.
3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh cetakannya yaitu urutan
DNA yang ditranskripsi. Nukleotida RNA yang digabungkan adalah nukleotida
yang komplementer dengan cetakannya. Sebagai contoh, jika urutan DNA yang
ditranskripsi adalah ATG, maka urutan nukleotida RNA yang digabungkan
adalah UAC.
4. Molekul DNA yang ditranskripsi adalah molekul untai-ganda tetapi yang
berperanan sebagai cetakan hanya salah satu untaiannya.
24
2. Translasi
Translasi adalah proses penerjemah urutan nucleotida yang ada pada
molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu
polipeptida atau protein. Hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan
rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan)
urutan DNA yang menyusun suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame,
kerangka baca terbuka). Molekul rRNA adalah salah satu molekul penyusun
ribosom, yakni organel tempat berlangsungnya sintesis protein, tRNA adalah
pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi rantai
polipeptida.
Ada beberapa aspek yang perlu diketahui mengenai kode genetik, yaitu:
25
• Kode genetik bersifat tidak saling tumpang-tindih (non-overlappind kecuali pada
kasus tertentu, misalnya pada bakteriofag
• Tidak ada sela (gap) di antara kodon satu dengan kodon yang lain.
• Secara umum, kodon bersifat hampir universal karena pada beberapa organel
jasad tinggi ada beberapa kodon yang berbeda dari kodon yang digunakan
pada sitoplasm.
• Dalam proses translasi, setiap kodon berpasangan dengan antikodon yang sesuai
yang terdapat pada molekul tRNA.
• Pada waktu tRNA yang membawa asam amino diikat ke dalam sisi A pada
ribosom, maka bagian antikodonnya berpasangan dengan kodon yang sesuai
yang ada pada sisi A tersebut.
• Oleh karena itu, suatu kodon akan menentukan asam amino yang disambungkan
ke dalam polipeptida yang sedang disintesis di dalam ribosom.
26
Proses Translasi
27
Sebelum inisiasi translasi di lakukan, diperlukan molekul tRNA (aminoasil
tRNA) yang berfungsi membawa asam amino spesifik.
• Pada kasus semacam ini, ribosom akan melewati satu atau dua AUG sebelum
melakukan inisiasi translasi.
• Sekuens AUG yang dikenali sebagai kodon inisiasi adalah sekuens yang terletak
pada sekuens konsensus CCRCCAUGG (R adalah purin: A atau G).
• Pengenalan sekuens AUG sebagai kodon inisiasi banyak ditentukan oleh tRNAiMet.
28
• Perubahan antikodon pada tRNA iMet menyebabkan dikenalinya kodon lain
sebagai kodon inisiasi
Pemanjangan polipeptida
29
Di dalam kompleks ribosom, molekul fMet- tRNAiMet menempati sisi P (peptidil).
• Sisi yang lain pada ribosom, yaitu sisi A (aminoasil), masih kosong pada saat
awal sintesis protein.
30
31
Terminasi
• Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA, UGA, UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom.
• Dalam keadaan normal tidak ada aminoasil-tRNA yang membawa asam amino
sesuai dengan ketiga kodon tersebut.
• Oleh karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari ketiga kodon terminasi
tersebut, maka proses translasi berakhir
32
2.10 Struktur Molekul , Kompone-Komponen , dan Ikatan Kimia yang Terdapat di
dalamAsam Nukleat
Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N,
baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosi
klik(mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin
dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa
pirimidin hanyamempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin
terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan
antara DNA dan RNA. Kalau padaDNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T),
pada RNA tidak ada timin dan sebagaigantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda
dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin
dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.
33
Gambar : komponen-komponen asam nukleat
(a.gugus fosfat , b.gula pentosa ,dan c. basa N)
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa
N-lah yangmemungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan
(sekuens) basa N pada suatumolekul asam nukleat merupakan penentu bagi
spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asamnukleat dilakukan berdasarkan
atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkansuatu molekul
asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.
Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’, 2’, dan
seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. Posisi 1’ pada
gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin
melaluiikatan glikosidik atau glikosilik.
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada asam nukleat
terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfatyang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada
posisi 5’ gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya.
Ikatan inidinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimiagugus fosfat berada dalam bentuk diester.
Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada
nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan
tersebut. Dengan demikian,akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-
masingnukleotidanyasatu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester.
34
Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid bakteri,
rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satuujungnya berupa gugus fosfat yang
terikat pada posisi 5’gula pentosa. Oleh karena itu, ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5’. Ujung
yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3’ gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan
ujung OH atauujung 3’. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier
mempunyai arah tertentu.
Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif. Inilah
alasan pemberian nama ’asam’ kepada molekul polinukleotida meskipun di dalamnya juga
terdapat banyak basa N.Kenyataannya, asam nukleat memang merupakan anion asam kuat
ataumerupakan polimeryang sangat bermuatan negatif.
35
2.11 Sifat-sifat Asam Nukleat
Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat.
Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat, pengaruh asam, pengaruh alkali,
denaturasi kimia,viskositas, dan kerapatan apung.
Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari
100ºC, asamnukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-
komponennya. Namun, didalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan glikosidik
antara gula dan basa purin sajayang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat
apurinik .
Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan
status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan perubahan
struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut
kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan terputusnya
sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami
denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan
pada pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan deng
an DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.
Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat
pada pH netral.Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid
(COHNH2). Pada konsentrasiyang relatif tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak
ikatan hidrogen. Artinya, stabilitasstruktur sekunderasam nukleat menjadi berkurang dan
rantai ganda mengalami denaturasi
36
Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena
diameternyahanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter.
Dengan demikian,DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan
molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Karena
sifatnya itulah molekulDNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini
menimbulkan masalah tersendiriketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung
(bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat molekul
tinggi, misalnyasesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan
tersebut, yaknisekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat
tinggi, makagaram CsCl yang pekat akan bermigrasi kedasar tabung dengan membentuk
gradienkerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang
sesuaidengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan
( e q u i l i b r i u m d e n s i t y g r a d i e n t c e n t r i f u g a ti o n ) atau sentrifugasi isopiknik .
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar
tabungdan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari
protei. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan
apungDNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 +
0,098%(G + C).
37
2.11.2 Sifat-sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat
Absorpsi UV
Asam nukleat dapat mengabsorpsi sinar UV karena adanya basa nitrogen yang bersifat
aromatik;fosfat dan gula tidak memberikan kontribusi dalam absorpsi UV. Panjang
gelombang untukabsorpsi maksimum baik oleh DNA maupun RNA adalah 260 nm atau
dikatakan λ maks = 260.
38
BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Asam nukleat adalah senyawa-senyawa polimer yang menyimpan semua Informasi
genetika, yaitu seperangkat “cetak biru” tentang karakteristik aktual dan potensial yang
diterima oleh suatu organism dari generasi sebelumnya, untuk kemudian diwariskan ke
generasi berikutnya.
DNA memiliki struktur, yaitu gula pentosa (deosiribosa), fosfat dan basa nitrogen
yang meliputi basa purin (guanin dan adenin) dan basa pirimidin (timin dan sitosin) dan RNA
tersusun atas molekul-molekul, yaitu gula ribosa, fosfat, dan basa nitrogen yang terdiri atas
purin (adenin dan guanin) dan pirimidin (urasil dan sitosin).
Proses replikasi DNA dan RNA dimulai ketika enzim DNA polimerase memisahkan
dua pita DNA heliks ganda. Setiap pita DNA yang “lama” sekarang berfungsi sebagai cetakan
yang menentukan urutan nukleotida di sepanjang pita DNA komplementer baru yang
bersesuain. Nukleotida baru tersebut disambung satu sama lain untuk membentuk tulang
punggung gula fosfat pita DNA baru.
Asam nukleat memiliki fungsi, yaitu menyimpan, menstransmisi, dan mentranslasi
informasi genetik; metabolisme antara(intermediary metabolism) dan reaksi-reaksi informasi
energi; koenzim pembawa energi; koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino
dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi reduksi.
Sintesis RNA biasanya dikatalisis oleh enzim DNA-RNA polimerase- menggunakan
sebagai template, sebuah proses yang dikenal sebagai transkripsi. Inisiasi transkripsi dimulai
dengan pengikatan enzim ke urutan promotor dalam DNA (biasanya ditemukan "upstream"
dari gen).
Sintesis DNA disini dimaksud adalah replikasi DNA yaitu proses perbanyakan bahan
genetic. Pengkopian rangkaian molekul bahan genetik( DNA atau RNA) sehingga dihasilkan
molekul anakan yang sangat identik.
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan DNA
meniadi molekul RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi sifat-sifat genetik
yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida pada salah satu untaian
molekul RNA digunakan sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul RNA yang
komptementer.
Translasi adalah proses penerjemah urutan nucleotida yang ada pada molekul mRNA
menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Hanya
molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA
merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun suatu gen dalam bentuk ORF
(open reading frame, kerangka baca terbuka). Molekul rRNA adalah salah satu molekul
penyusun ribosom, yakni organel tempat berlangsungnya sintesis protein, tRNA adalah
pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida.
39
3.2 Saran
Dengan adanya makalah ini aku harapkan para pembaca dapat mengetahui lebih
banyak lagi tentang Asam Nukleat guna menambah wawasan untuk pembelajaran.
40
DAFTAR PUSTAKA
Aryulina, Diah., dkk . 2003 .Biologi Jilid 3 .Jakarta : Erlangga Campbell, N.A., dkk. 2008.
Biologi Edisi 8 Jilid I. Jakarta: Erlangga.
Campbell, Neil A. 2002. Biologi Edisi Kelima. Jakarta. Penerbit: Erlangga Fried, George
H. 2005. Biologi Edisi Kedua. Jakarta. Penerbit: Erlangga
https://www.edubio.info/2016/08/dna-dan-rna-pengertian-dan-struktur.html
41
42