Resume Diskusi PCR dan Elektroforesis

Kelompok :2
Anggota : Ahmad Darisa (190341621669)

Nadya Rosma Anggi C. K (190341621603)

Risza Nuril Samsiyah (190341621627)

 Pertanyaan 1
Nama : Chyntia Eki Deamita
NIM : 190341621654
Pertanyaan
Dari beberapa jenis PCR yang sudah dijelaskan, jenis manakah yang digunakan untuk
mendeteksi seseorang terinfeksi covid-19 dan bagaimanakah prosedur kerjanya sehingga
bisa menunjukkan hasil postif/negatif penyakit covid-19?

Jawaban
Nama : Ahmad Darisa
NIM : 190341621669
Izin mewakili kelompok 2 untuk menjawab pertanyaan dari saudari Chyntia
baik saya ingin menjawab pertanyaan dari sudari Chyntia. jadi dalam mendeteksi bahwa
orang tersebut terkena virus Covid-19 adalah dengan menggunakan terknik RT-PCR
mengapa menggunakan teknik ini hal ini dikarenakan Teknik RT-PCR real time sangat
sensitif dan spesifik dan dapat memberikan diagnosis yang dapat diandalkan hanya
dalam tiga jam, meskipun laboratorium membutuhkan waktu rata-rata antara enam dan
delapan jam. Dibandingkan dengan metode isolasi virus lain yang tersedia, RT-PCR real
time secara signifikan lebih cepat dan memiliki potensi kontaminasi atau kesalahan yang
lebih rendah, karena seluruh proses dapat dilakukan dalam tabung tertutup. dan ini
menjadi metode paling akurat yang tersedia untuk mendeteksi virus COVID-19. Namun,
RT-PCR tidak dapat digunakan untuk mendeteksi infeksi masa lalu. kemudian RT-PCR
memiliki langkah tambahan transkripsi reverse RNA ke DNA, atau RT, untuk
memungkinkan amplifikasi. Ini berarti R-T PCR digunakan untuk patogen, seperti virus
yang mengandung RNA yang perlu ditranskripsi ke DNA untuk amplifikasi.
Cara kerja :
Ada tiga langkah penting untuk tes PCR COVID-19:
1. Pengumpulan sampel: Penyedia layanan kesehatan menggunakan swab untuk
mengumpulkan bahan pernapasan yang ditemukan di hidung Anda. Setelah mendapat
sampel, swab disegel dalam tabung dan kemudian dikirim ke laboratorium.
2. Ekstraksi: Ketika seorang ilmuwan laboratorium menerima sampel, mereka
mengisolasi (mengekstraksi) materi genetik dari sisa materi dalam model.
3. PCR: Langkah PCR kemudian menggunakan bahan kimia dan enzim khusus, dan
mesin PCR yang disebut thermal cycler. Setiap siklus pemanasan dan pendinginan
meningkatkan (memperkuat) jumlah materi genetik yang ditargetkan dalam tabung
reaksi. Setelah banyak siklus, jutaan salinan sebagian kecil materi genetik virus SARS-
 CoV-2 hadir dalam tabung reaksi. Salah satu bahan kimia dalam tabung menghasilkan
lampu neon jika ada SARS-CoV-2 dalam sampel. Setelah cukup diperkuat, mesin PCR
dapat mendeteksi sinyal ini. Para ilmuwan menggunakan perangkat lunak khusus untuk
menafsirkan sinyal sebagai hasil tes positif.

Tambahan
Nama : Nabilla Rosha Mayyori
NIM : 190341621623
Izin menambahkan jawaban dari pertanyaan Chyntia. Jenis PCR yang digunakan untuk
mendeteksi Covid-19 yaitu RT-PCR. Prosedur dari pemeriksaan ini yaitu alat yang
digunakan diusapkan ke area nasofaring untuk mengambil sampel. Kemudian sampel
dianalisis. Virus penyebab Covid-19 bermateri genetik RNA, sehingga perlu adanya
konversi menjadi DNA. Proses konversi ini dibantu oleh enzim reverse-transcriptase.
Maka dari itu, jenis PCR untuk mendeteksi Covid-19 adalah RT-PCR (Reverse
Transcription Polymerase Chain Reaction). Proses berlanjut, setelah diubah menjadi
DNA, alat PCR akan melakukan perbanyakan materi genetik sehingga dapat terdeteksi.
Jika alat PCR mendeteksi materi genetik virus Corona, maka hasilnya akan positif.
Untuk proses pemeriksaan PCR secara rinci telah disampaikan oleh kelompok
presentator, dengan tahap denaturasi, annealing, dan elongasi. Terima kasih.

 Pertanyaan 2
Nama : Delia Mandandari
NIM : 190341621610
Pertanyaan
Diantara kedua jenis metode elektroforesis yang telah dipaparkan, jenis mana yang
sering digunakan dan apa kelebihannya dibandingkan dengan jenis elektroforesis yang
lainnya? Terimakasih

Jawaban
Nama : Nadya Rosma Anggi Cinta Kumala
NIM : 190341621603
Izin mewakili kelompok 2 untuk menjawab pertanyaan dari saudari Delia.
Menurut beberapa sumber yang kami baca,
Metode elektroforesis terbagi atas beberapa jenis berdasarkan media yang digunakan
yaitu elektroforesis kertas, gel elektroforesis dan elektroforesis kapiler.
Metode elektroforesis yang sering digunakan adalah gel elektroforesis. Gel elektroforesis
banyak digunakan untuk penentuan suatu protein maupun asam amino.

Cara kerja: Gel elektroforesis menggunakan matrik/gel yang berfungsi untuk

meminimalisir konveksi, sebagai tempat bergeraknya molekul dan sebagai penyaring
ukuran molekul.

Keuntungan dari metode gel elektroforesis adalah harga yang relatif murah dan dalam
satu kali analisis bisa digunakan untuk beberapa sampel tergantung dari ukuran lebar gel
yang digunakan.
 Gel elektroforesis dibagai menjadi dua macam, yaitu Gel Agarosa dan gel
poliakrilamida.
1. Gel Agarosa lebih mudah dan sederhana laju pemisahannya lebih cepat membentuk
fragmen-fragmen dan tidak bersifat toksik. kelemahannya Gel Agarosa memiliki
sensitifitas tinggi dan mudah rusak sehingga memerlukan ketelitian dan kehati-hatian
pada proses pengerjaannya.
2. gel poliakrilamida. Gel ini memiliki memiliki resolusi tinggi pada hasil pemisahannya.
Membutuhkan tegangan listrik yang tinggi pada pengerjaannya dan dilakukan pada
medan listrik vertical. Persiapan pengerjaan membutuhkan waktu relatif lama, mahal dan
memiliki laju pemisahan yang lebih lambat dibandingkan gel Agarosa

Tambahan
Nama : Veronica Niaftan Septa Viana
NIM : 190341621645
Saya setuju dengan jawaban dari kelompok penyaji. Dan disini saya izin menambahkan
mengenai kelebihan dan kekurangan dari dua jenis gel dalam elektroforesis gel yaitu
agarosa dan poliakrilamida.
Kelebihan elektroforesis gel agarosa diantaranya:
1. Teknik yang digunakan sederhana
2. Preparasi gel lebih cepat dilakukan karena pembuatan gel agarosa lebih mudah dan
bersifat non toksik
3. Laju pemisahan lebih cepat sehingga fragmen DNA pun lebih cepat terbentuk
4. Dapat memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan ukurannya
5. Elektroforesis gel agarosa ini dapat dilakukan pada suhu kamar.
Kekurangan dari gel agarosa ini yaitu:
1. Lebih mudah rusak oleh tangan sehingga membutuhkan kehati-hatian
2. Bands yang dihasilkan dapat berkabut dan menyebar agak jauh.

Kelebihan gel poliakrilamid:

1. Gel poliakrilamid dapat menampung jumlah DNA yang lebih besar daripada gel
agarosa.
2. Gel poliakrilamid lebih murni serta dapat digunakan untuk aplikasi lainnya.
Kekurangan gel poliakrilamid:
1. Pembuatannya lebih sulit dibanding gel agarosa, karena biasanya digunakan
poliakrilamid dengan resolusi yang tinggi
2. Membutuhkan biaya yang lebih mahal serta preparsi yang lebih lama
3. Gel poliakrilamid bersifat toksik sehingga harus lebih berhati-hati dalam
penanganannya

Dengan mengetahui karakteristik gel yang akan digunakan diharapkan elektroforesis

DNA, RNA, atau protein berhasil dilakukan sehingga kesalahan dalam proses
elektroforesis dapatdikurangi.

 Pertanyaan 3
Nama : Ifalda Farantika
NIM : 190341621672
Pertanyaan
Mengapa dalam penggunaannya, elektroforesis harus menggunakan media? Apakah
media yang digunakan hanya berupa kertas dan gel saja? Terima kasih

Jawaban
Nama : Risza Nuril Samsiyah
NIM : 190341621627
Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan
negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju kutub positif (anoda),
sedangkan partikel-partikel bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub
negatif (katoda). Komponen utama elektroforesis adalah larutan elektrolit yang berfungsi
sebagai pembawa komponen, media pemisah merupakan tempat proses pemisahan
terjadi, elektroda yang berfungsi sebagai penghubung arus listrik dengan media pemisah
dan baterai atau arus listrik sebagai sumber energi (source) pada rangkaian alat.
Mengingat media merupakan komponen utama dari elektroforensis, maka keberadaannya
penting dalam proses ini. Jika media tidak ada proses pemisahan fragman tidak dapat
berlangsung karena membutuhkan sesuatu yang berpori untuk menghambat pergerakan
partikel pada media gel dan kertas. Kami menemukan sumber lain yang mana dapat
menggunakan media nata de coco sebagai pengganti media gel dalam elektroforesis.
Selain itu, juga terdapat media kapiler yang digunakan untuk memisahkan asam amino,
protein, lipid, karbohidrat, dan nukleotida dengan resolusi tinggi yang dilakukan pada
pipa kapiler berisi buffer.