OPTIMASI KONSENTRASI AGAROSE UNTUK ISOLASI DNA GENOM

PROPOSAL KARYA TULIS ILMIAH

OLEH :

MOCHAMAD NAUVAL MAULANA

NPM: 411119094

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS (D-3)

FAKULTAS ILMU DAN TEKNOLOGI KESEHATAN
UNIVERSITAS JENDERAL ACHMAD YANI
CIMAHI
2022
 DAFTAR ISI

DAFTAR ISI........................................................................................................... i
DAFTAR TABEL..................................................................................................iii
DAFTAR GAMBAR.............................................................................................iv

BAB I PENDAHULUAN.......................................................................................1
A. Latar Belakang..............................................................................................1
B. Rumusah Masalah........................................................................................3
C. Tujuan Penelitian..........................................................................................3
D. Manfaat Penelitian........................................................................................3
1. Manfaat teoritis..........................................................................................3
2. Manfaat praktis..........................................................................................4

BAB II TINJAUAN TEORI....................................................................................5

A. DNA.............................................................................................................. 5
1. Definisi.......................................................................................................5
2. Struktur DNA.............................................................................................5
B. Isolasi DNA...................................................................................................7
1. Definisi Isolasi DNA...................................................................................7
2. Faktor yang mempengaruhi Isolasi DNA...................................................7
3. Metode Isolasi DNA...................................................................................8
C.Elektroforesis...............................................................................................10
1. Definisi elektroforesis...............................................................................10
2. Jenis jenis Elektroforesis.........................................................................10
3. Elektroforesis Agarose.............................................................................10

BAB III METODOLOGI PENELITIAN................................................................13

A. Metode Penelitian.......................................................................................13
B. Rancangan Penelitian.................................................................................13
C. Variabel Penelitian......................................................................................14
D. Definisi Operasional....................................................................................14
E. Populasi dan Sampel Penelitian.................................................................14

i
 1. Populasi...................................................................................................14
2. Sampel....................................................................................................14
F. Alat dan Bahan...........................................................................................15
1. Alat.......................................................................................................... 15
2. Bahan......................................................................................................15
3. Prosedur Penelitian.................................................................................16
4. Elektroforesis (Nurhayati & Darmayanti, 2017).......................................20
G.Pengolahan Dan Pengumpulan Data..........................................................21
H. Etika Penelitian...........................................................................................21
1. Prinsip menghormati harkat dan martabat manusia (Respect of
person)....................................................................................................21
2. Prinsip berbuat baik (Beneficial) dan tidak merugikan (Non
maleficence)............................................................................................21
3. Prinsip keadilan (Justice).........................................................................21
I. Lokasi Dan Waktu Penelitian........................................................................22
1. Lokasi Penelitian......................................................................................22
2. Waktu Penelitian......................................................................................22
DAFTAR PUSTAKA...........................................................................................23

ii
 DAFTAR TABEL

Tabel 2.1 Konsentrasi Gel Agarosa untuk berbagai range ukuran DNA........11

Tabel 3.1 Definisi Oprasional.........................................................................14

Tabel 3.2 Tabel Alat-Alat yang Digunakan Pada Penelitian...........................15

Tabel 3.3 Tabel Bahan-Bahan yang Digunakan Dalam Penelitian.................15

iii
 DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1 struktur DNA..............................................................................6

Gambar 2.2 Struktur DNA..............................................................................6

Gambar 2.3 peralatan Elektroforesis Gel Agarose.........................................11

Gambar 3.1 Skema Penelitian.......................................................................13

iv
v
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Kemajuan yang dicapai dalam bioteknologi dan teknik DNA

rekombinan telah membantu mempercepat meningkatkan berbagai

penelitian menuju arah pemahaman mengenai teknik-teknik yang dapat

dimanfaatkan dalam bidang biologi molekuler. Perkembangan tersebut

menuntut peneliti terutama dalam bidang bioteknologi untuk dapat

menguasai teknik-teknik dasar biologi molekuler (Widyastuti, 2011).

Teknik biologi molekuler sekarang ini banyak digunakan di

laboratorium untuk menunjang diagnosis. Perkembangan teknologi biologi

molekuler menjadi sebuah terobosan baru untuk mendeteksi sumber infeksi

sehingga dapat membantu dalam proses diagnosis. Metode biologi

molekuler mempunyai beberapa keunggulan diantaranya lebih sensitif, lebih

spesifik, dan lebih cepat (Khariri et al., 2020).

Pemeriksaan laboratorium merupakan bagian penting dalam

pelayanan. Hasil pemeriksaan laboratorium diperlukan untuk menunjang

diagnosis suatu penyakit. Berbagai teknologi di bidang pemeriksaan

laboratorium pun terus dikembangkan guna menghasilkan suatu metode

diagnostik yang cepat dan akurat dengan tingkat spesifisitas dan sensitivitas

yang tinggi. Menyikapi hal tersebut, saat ini telah dikembangkan metode

identifikasi berbasis biologi molekuler dengan menggunakan Isolasi DNA

dan PCR kemudian divisualisasi menggunakan elektroforesis (Winarti,2017).

1
 2

Isolasi DNA merupakan tahap pertama dari berbagai teknologi

analisis DNA. DNA dapat ditemukan baik pada kromosom inti maupun pada

organel, yaitu pada mitokondria dan kloroplas. Untuk mengekstrak DNA

diperlukan langkah-langkah laboratorium untuk memecahkan dinding sel dan

membran inti, yang dilanjutkan dengan pemisahan DNA dari berbagai

komponen sel yang lain.(Ratnasari et al., n.d.). Isolasi DNA dapat dilihat

secara kualitatif dilakukan dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa

dan diperiksa di bawah UV transilluminator (Hikmayar & Royani, 2015).

Elektroforesis merupakan suatu cara analisis kimiawi yang

didasarkan pada pergerakan molekul-molekul bermuatan di dalam medan

listrik (titik isoelektrik). Pergerakan molekul dalam medan listrik dipengaruhi

oleh bentuk, ukuran, dan besar muatan dari molekul. Metode pemisahan Gel

Elektroforesis merupakan salah satu metode yang murah dan mudah untuk

dikembangkan. Metode ini biasanya digunakan untuk pemisahan DNA dan

protein (Reddy & Raju, 2014). Konsentrasi gel agarose sangat

mempengaruhi laju migrasi DNA pada proses elektroforesis dimana

konsentrasi agarose yang digunakan akan menentukan besarnya pori-pori

gel yang akan memisah-misahkan DNA. DNA yang sudah di ekstraksi

langsung di elektroforesis melalui gel agarose dimana untuk melihat dan

memperjelas ada atau tidaknya pita DNA dari sampel yang di uji (Fahlevi & ,

Darma Bakti, 2017).

Persentase agarose yang digunakan tergantung dari ukuran fragmen

yang akan diperiksa. Konsentrasi gel agarose dilihat dari persentase

agarose terhadap volume buffer (w/v), normalnya konsentrasi gel agarose

berada pada range 0,2% - 3%. Gel agarose biasa digunakan untuk
 3

memisahkan molekul DNA yang berukuran ~100 bp hingga ~20 kbp didalam

medan magnet secara tidak langsung. Semakin rendah konsentrasi gel

agarose, maka semakin cepat migrasi fragmen DNA (Nurhayati &

Darmayanti, 2017).

Berdasarkan hasil penelitian (Pakpahan, 2015) , tentang Pengujian

Konsentrasi Gel Agarosa 1% dan 1,2% pada Elektroforesiss DNA

Mycobacterium Tuberculosis. Hasil penelitian dan pengolahan data

menggunakan uji statistik deskriptif yang telah dilakukan terdapat perbedaan

hasil penelitian pengujian konsentrasi gel agarosa 1% dan 1,2% yaitu nilai

ratarata, hasil standar deviasi, nilai tertinggi (maksimum) dan nilai terendah

(minimum) pada konsentrasi gel agarosa 1% lebih tinggi dibandingkan

konsentrasi gel agarosa 1,2%. Lalu dapat dilihat pula dari hasil elektroforesis

konsentrasi gel agarosa 1% memberikan hasil elektroforesis yang lebih baik.

Berdasarkan latar belakang diatas penulis tertarik untuk melakukan

penelitian tentang Optimasi Konsentrasi Agarosa untuk Isolasi DNA Genom.

B. Rumusah Masalah

Berdasarkan latar belakang diatas maka dapat dirumuskan

permasalahan : Berapa konsentrasi agarose yang optimum untuk

elektroforesis isolat DNA Genom?

C. Tujuan Penelitian

Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui konsentrasi agarose

yang optimal untuk isolasi DNA genom.

 4

D. Manfaat Penelitian

1. Manfaat teoritis

Hasil penelitian ini diharapkan dapat menambah wawasan keilmuan

teknologi laboratorium medis terkait dengan pemeriksaan optimasi

konsentrasi agarose untuk isolasi DNA genom.

2. Manfaat praktis

Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi

mengenai prosedur yang tepat untuk konsentrasi agarose pada isolasi

DNA genom.
5
 BAB II

TINJAUAN TEORI

A. DNA

1. Definisi

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan polinukleotida untai ganda

yang memiliki karakteristik komponen penyusun antara lain gula

deoksiribosa, gugus fosfat dan basa nitrogen (adenin, guanin, timin dan

sitosin). Untai DNA tersusun dari rangkaian nukleotida yang terhubung

melalui ikatan fosfodiester yang terbentuk diantara gula pentosa dan gugus

fosfat (Nur’aini et al., 2019).

2. Struktur DNA

Mononukleotida penyusun DNA terdiri dari satu basa nitrogen

(Adenin, Guanin, Citosin, Timin), satu gula 2-deoksi-D-Ribosa, dan satu

gugus posphat, bila dirangkai menjadi polinukleotida (DNA). Strukturnya

double heliks atau double strand, strand satu dengan strand kedua bersifat

komplementer atau berpasangan. Selain itu, kedua strand tersebut juga

dihubungkan oleh ikatan hidrogen. Apabila nukleotida pada strand pertama

membawa basa Adenin, maka nukleotida tersebut akan berpasangan

dengan nukleotida yang membawa basa Timin yang terdapat pada strand

kedua. Kemudian antara kedua nukleotida tersebut akan terbentuk 2 ikatan

hidrogen yang menghubungkan antara basa Adenin dengan Timin

Gambar2.1 (Nurhayati & Darmayanti, 2017).

5
 6

Gambar 2.1 Struktur DNA Adenin dan Timin

Sumber : (Nurhayati & Darmayanti, 2017)

Bila nukleotida strand pertama membawa basa Citosin, maka

nukleotida tersebut akan berpasangan dengan nukleotida yang membawa

basa Guanin yang terdapat pada strand kedua. Kemudian antara kedua

nukleotida tersebut akan terbentuk 3 ikatan hidrogen yang menghubungkan

antara basa Citosin dengan Guanin (Gambar 2.2).

Kedua strand bersifat saling komplementer dan keduanya

dihubungkan oleh ikatan hidrogen ternyata bentuknya mirip seperti jalan

kereta api, namun tidak lurus dimana strand satu dan strand yang satunya

hanya bersanding saja, tetapi kedua strand pada DNA terpilin kekiri

(Nurhayati & Darmayanti, 2017)

Gambar 2.2 Struktur DNA Guanin dan Citosin

 7

Sumber : (Nurhayati & Darmayanti, 2017)

B. Isolasi DNA

Teknik dasar yang harus dikuasi pada saat melaksanakan penelitian

secara molekuler adalah isolasi DNA genom. Isolasi DNA bertujuan untuk

memisahkan DNA dari komponen lainnya seperti lipid, protein, dan

polisakarida. Secara umum, tahapan isolasi DNA untuk berbagai bahan

adalah sebagai berikut : lisis sel atau jaringan yang efektif, denaturasi

kompleks nukleoprotein, dan inaktivasi nuclease (Hariyadi et al., 2018)

1. Definisi Isolasi DNA

Ekstrasi atau isolasi DNA adalah salah satu teknik dasar yang

harus dikuasai dalam mempelajari teknik biologi molekuler. Tujuan dari

ekstraksi atau isolasi DNA adalah memisahkan DNA (asam nukleat) dan

membuangnya dari komponen sel lainnya seperti protein, karbohidrat dan

lemak sehingga DNA yang diperoleh dapat dianalisis dan dimodifikasi

lebih lanjut dengan teknik biologi molekuler (Puniari Eka Putri & Junitha,

2015).

Prinsip isolasi DNA terdiri dari tiga tahapan, yaitu: lisis dinding dan

membran sel, pemisahan atau purifikasi DNA, dan presipitasi DNA. DNA

dengan kualitas yang baik digunakan untuk kegiatan seperti pemanfaatan

marka molekuler, pembuatan pustaka genom,hingga sekuensing (Rizko

et al., 2020).

2. Faktor yang mempengaruhi Isolasi DNA

Menurut (Fatchiyah 2012), untuk memperoleh isolat DNA dari

sampel ada beberapa faktor yang harus dilakukan dengan benar, yaitu:

a. Pemecahan dinding sel-sel atau jaringan yang akan diisolasi DNAnya.

 8

b. Debris sel dipisahkan dari larutan DNA.

c. Presipitasi RNA dan protein agar diperoleh DNA murni.

d. Presiptasi DNA dengan etanol dingin.

e. Pemurnian DNA dari ekstrak sel dengan menggunakan salah satu

seperti fenol kloroform, isopropanol atau fenol kloroform

isoamylalkohol.

f. Selain itu untuk pemurnian DNA dari kontaminan protein digunakan

enzim protease yaitu pronase atau proteinase-k, dan kontaminan RNA

dengan menggunakan RNAse.

g. Presipitasi akhir DNA dapat dilakukan dengan menggunakan etanol

yang dingin dibawah kondisi ionok yang kuat dan dicuci dengan EtOH

70%.

h. Pellet DNA dilarutkan dengan buffer TE atau ddH2O steril.

3. Metode Isolasi DNA

Menurut Surzycky (2000, dalam Nurlaely, 2016) terdapat

beberapa macam metode isolasi DNA antara lain:

a. Teknik Random Amplifed Polymorphic DNA (RAPD)

Teknik pengujian polimorfisme DNA berdasarkan pada

amplifikasi dari segmen-segmen DNA acak yang menggunakan

primer tunggal yang sekuen nukleotidanya ditemukan secara acak.

Primer tunggal ini biasanya berukuran 10 basa. PCR dilakukan

pada suhu anealing yang rendah yang memungkinkan primer

menempel pada beberapa lokus pada DNA. Aturan sederhana

unutk primer adalah terdiri atas 18-28 susunan basa dengan

persentase G+C 50-60%.

 9

b. Metode CTAB

Menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal dan dapat

memisahkan DNA dari polisakarida karena adanya perbedaan

karakteristik kelarutan (differensial of solubility). Disamping

diperoleh fragmen DNA, dengan metode CTAB juga diperoleh RNA

dengan pita tipis yang terletak jauh berada di bawah pita DNA.

Keberadaan pita RNA tergantung bahan yang diekstraksi.

c. Fenol kloroform

Menggunakan senyawa phenol-choloroform-isoamyl alcohol,

Metode standar untuk ekstraksi DNA, akhir-akhir ini ditinggalkan,

karena sifat toksik fenol.

d. Salting Out

Menggunakan garam konsentrasi tinggi (NaCL 6 M) untuk

denaturasi protein menggunakan Proteinase K untuk denaturasi

protein.

e. Guanidineisothiocyanate

Metode ini lebih cepat dibanding dua metode sebelumnya,

thiocyanate bersifat toksik, untuk lisis dinding sel, memerlukan

kloroform untuk denaturasi protein.

f. Silica Gel

Slica gel dapat mengikat DNA dengan perantara garam atau

buffer tertentu (Nacl), cepat tetapi recovery DNA kurang.

 10

C. Elektroforesis

1. Definisi elektroforesis

Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan yang

memanfaatkan medan listrik yang dihasilkan dari elektroda-elektroda

untuk memisahkan senyawa-senyawa yang memiliki muatan berupa

kation ataupun anion. Elektroforesis membutuhkan media pemisah

berupa fase diam seperti sel Agarosa yang tercampur larutan buffer untuk

menjaga kondisi keasaman sampel saat proses pemisahan. Alat ini

sangat mendukung keterbaruan penelitian khususnya dibidang teknologi

rekayasa genetika. Hasilnya akan memberikan rekam jejak berupa pita-

pita pemisahan senyawa. Kecepatan gerak molekul tergantung pada

nisbah (rasio) muatan terhadap massanya, serta tergantung pula pada

bentuk molekulnya (Harahap, 2018)

2. Jenis jenis Elektroforesis

Metode elektroforesis terbagi atas beberapa jenis berdasarkan

media yang digunakan yaitu elektroforesis kertas, gel elektroforesis dan

elektroforesis kapiler (Yahya et al., 2016).

3. Elektroforesis Agarose

Agarose gel elektroforesis adalah metode dari elektroforesis gel

digunakan dalam biokimia, biologi molekuler dan kimia klinik untuk

pemisahan campuran populasi DNA atau protein dalam matrik agarosa.

Agarose gel electroforesis digunakan untuk analisis kualitas dari sampel

DNA. Dengan menggunakan ukuran marker yang tepat, itu digunakan

untuk menaksir integritas DNA dan menghitung ukuran konsentrasi dari

berbagai fragmen DNA. Penampakan pita DNA dari elektroforesis

 11

ditentukan oleh persentase gel agarosa yang digunakan dalam

Elektroforesis (Widiyanti et al., 2014).

Gambar 2.3 peralatan Elektroforesis Gel Agarose

Sumber : (Nurhayati & Darmayanti, 2017)

Tabel 2.1 Konsentrasi Gel Agarosa untuk berbagai range ukuran

DNA (Nurhayati & Darmayanti, 2017).

Konsentrasi Agarose (%) Range ukuran DNA (BP)

0,2 5000-40000

0,4 5000-30000

0,6 3000-10000

0,8 1000-7000

1 500-5000

1,5 300-3000

2 200-1500

3 100-1000
 12

Menurut (Nurhayati & Darmayanti, 2017) dalam proses Elektroforesis

terdapat beberapa faktor yang mempengaruhi Elektroforesis, yaitu:

a. Arus Listrik

Semakin Besar arus listrik yang digunakan maka laju migrasi akan

semakin cepat Larutan buffer.

b. Ukuran Molekul

Semakin Kecil ukuran suatu molekul maka laju migrasinya akan

semakin cepat.

c. Bentuk molekul

Molekul Yang Memiliki Rasio axial tinggi memiliki laju migrasi yang

lebih lama daripada molekul berbentuk spherical.

d. Konsentrasi gel

Semakin Rendah konsentrasi gel maka laju migrasi semakin cepat

karena gesekan molekulnya berkurang.

e. komposisi larutan buffer

Larutan Buffer berkekuatan ion tinggi akan meningkatkan panas

sehingga aliran listrik dan laju migrasi molekul pun meningkat.

 BAB III

METODOLOGI PENELITIAN

A. Metode Penelitian

Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah metode

eksperimental. Hasil Isolasi DNA akan dilihat konsentrasinya untuk

mendapatkan hasil Isolat yang paling optimal yang dibutuhkan untuk

keperluan identifikasi molekuler selanjutnya.

B. Rancangan Penelitian

Skema penelitian dapat dilihat pada gambar 3.1 dibawah ini:

Isolasi DNA

Elektroforesis

Analisis Hasil

Kesimpulan

Gambar 3.1 Skema Penelitian

13
 14

C. Variabel Penelitian

1. Variabel terikat : Isolat DNA genom

2. Variabel bebas : Konsentrasi gel agarose

D. Definisi Operasional

Tabel 3.1 Definisi Operasional

NO Variabel Definisi Oprasional Alat Ukur Hasil Skala

Ukur Ukur

1 Isolat DNA Hasil Isolasi DNA Nano drop ng/µl Rasio

metode kit gSync

2 Konsentrasi Suatu metode Elektroforesis Pita -

pemisahan
Agarose campuran populasi DNA
DNA atau protein
dalam matrik
agarose

E. Populasi dan Sampel Penelitian

1. Populasi

Populasi pada penelitian adalah Sampel Darah Vena.

2. Sampel

Sampel yang digunakan pada peneltian ini adalah Hasil Isolat

DNA Genom dengan Konsentrasi 30-50ng/ml.

 15

F. Alat dan Bahan

1. Alat

Tabel 3.2 Tabel Alat-Alat yang Digunakan Pada Penelitian

No Alat Spesifikasi Jumlah

1 Alat Elektroforesis Cleaver 1 buah

2 Mikropipet 0,5 – 1,0 µl 1 buah

3 Tip Putih - 2 kotak

4 Kertas Parafilm - 1 buah

5 Neraca Analitik - 1 buah

6 Hot Plate - 15 cm

7 Power Supply Cleaver 1 buah

8 UV Transluminator Memmert 1 Unit

2. Bahan

Tabel 3.3 Tabel Bahan-Bahan yang Digunakan Dalam Penelitian

No Bahan Spesifikasi Jumlah

1 Agarose - 20gr

2 DNA ladder 1KB 100 µL

3 Loading dye 6X 10 µL
 16

Lanjutan Tabel 3.2

4 Buffer TAE 1X 1L

5 SYBR Safe - 100 µL

6 Aquadest - 5 L

3. Prosedur Penelitian

a. Isolasi DNA Metode Kit gSYNC (Lot No.SE22205-B)

1) Siapkan spesimen darah, ambil 300 μL masukkan pada microtube 1,5

mL

2) Ditambahkan 200 μL PBS dan 20 μL Proteinase K dan campurkan

3) dengan menggunakan mikropipet.

4) Kemudian inkubasi pada 60oC selama 5 menit

5) Setelah itu tambahkan 200 μL GBS Buffer dan campurkan dengan

vortex.

6) Sampel kemudian diinkubasi kembali pada 60oC selama 20 menit.

Microtube dibolak-balikkan setiap 5 menit. Selama inkubasi,

masukkan 200 mikron Elution Buffer ke dalam microtube 1,5 mL baru

dan inkubasi pada 60oC.

7) Ditambahkan 200 μL etanol absolut ke dalam sampel dan dicampur

dengan vortex selama 10 detik.

8) Diletakkan GS Column ke dalam collection tube.

9) Dipindahkan seluruh sampel ke dalam GS Column.

 17

10) Sentrifugasi pada 14.000 x g selama 1 menit, buang collection tube

beserta larutan di dalamnya.

11) Diletakkan GS Column ke dalam collection tube baru.

12) Ditambahkan 400 μL W1 Buffer ke dalam GS Column dan

sentrifugasi pada 14.000 xg selama 30 detik.

13) Cairan yang tertampung dalam collection tube dibuang, kembalikan

GS Column ke collection tube kembali.

14) Ditambahkan kembali W1 Buffer ke dalam GS Column sebanyak

600 μL dan sentrifugasi pada 14.000 x g selama 30 detik.

15) Cairan tertampung dalam collection tube dibuang, kembalikan GS

Column ke collection tube.

16) Sentrifugasi GS Column pack pada 14.000 x g selama 3 menit.

17) Dipindahkan GS Column ke microtube 1,5 mL baru.

18) Ditambahkan 40 μL Elution Buffer ke bagian tengah column.

19) Inkubasi pada suhu ruang selama 3 menit, setelah itu sentrifugasi

kembali pada 14.000 x g selama 3 menit.

20) DNA berhasil diisolasi dan dapat disimpan pada suhu -20oC.

b. Pembuatan Gel Agarose (Nurhayati & Darmayanti, 2017)

1) Pembuatan Gel agarose 1,2%

a) Buat 250 mL larutan buffer TAE 1x dengan cara mencampurkan 5

ml TAE 50x ke dalam 245 ml Aquadest.

b) Buat gel agarose 1,2% dengan cara menimbang 0,6 gram gel

agarose kemudian.larutkan dalam 50 ml buffer TAE 1x dan

didihkan hingga larut sempurna.

 18

c) Siapkan baki Elektroforesis, lekatkan selotip di tiap ujung baki

elektroforesis.(Pastikan bahwa selotip melekat kuat dan tidak ada

lubang pada masing-masing ujung baki).

d) Pasang sisir elektroforesis di salah satu ujung baki dengan posisi

hamper menyentuh dasar baki.

e) Periksalah suhu larutan agarose dengan cara menempelkan

erlenmeyer ke tangan, jika suhunya sudah turun hingga sekitar

60°C, tuangkan larutan agarose ke dalam baki elektroforesis,

biarkan hingga larutan berubah menjadi gel yang padat.

f) Ambil sisir dengan hati-hati, lepaskan selotip dari ujung-ujung

baki.

2) Pembuatan gel Agarose 0,4%

1) Buat 250 mL larutan buffer TAE 1x dengan cara mencampurkan

5 ml TAE 50x ke dalam 245 ml Aquadest.

2) Buat gel agarose 0,4% dengan cara menimbang 0,2 gram gel

agarose kemudian.larutkan dalam 50 ml buffer TAE 1x dan

didihkan hingga larut sempurna.

3) Siapkan baki elektroforesis, lekatkan selotip di tiap ujung baki

elektroforesis.(Pastikan bahwa selotip melekat kuat dan tidak ada

lubang pada masing-masing ujung baki).

4) Pasang sisir Elektroforesis di salah satu ujung baki dengan posisi

hamper menyentuh dasar baki.

5) Periksalah suhu larutan agarose dengan cara menempelkan

erlenmeyer ke tangan, jika suhunya sudah turun hingga sekitar

 19

60°C, tuangkan larutan agarose ke dalam baki elektroforesis,

biarkan hingga larutan berubah menjadi gel yang padat.

6) Ambil sisir dengan hati-hati, lepaskan selotip dari ujung-ujung

baki.

3) Pembuatan Gel Agarose 0,6%

a) Buat 250 mL larutan buffer TAE 1x dengan cara mencampurkan

5 ml TAE 50x ke dalam 245 ml Aquadest.

b) Buat gel agarose 0,6% dengan cara menimbang 0,3 gram gel

agarose kemudian.larutkan dalam 50 ml buffer TAE 1x dan

didihkan hingga larut sempurna.

c) Siapkan baki Elektroforesis, lekatkan selotip di tiap ujung baki

elektroforesis.(Pastikan bahwa selotip melekat kuat dan tidak ada

lubang pada masing-masing ujung baki).

d) Pasang sisir elektroforesis di salah satu ujung baki dengan posisi

hamper menyentuh dasar baki.

e) Periksalah suhu larutan agarose dengan cara menempelkan

erlenmeyer ke tangan, jika suhunya sudah turun hingga sekitar

60°C, tuangkan larutan agarose ke dalam baki elektroforesis,

biarkan hingga larutan berubah menjadi gel yang padat.

f) Ambil sisir dengan hati-hati, lepaskan selotip dari ujung-ujung

baki.

4) Pembuatan Gel Agarose 0,8%

a) Buat 250 mL larutan buffer TAE 1x dengan cara mencampurkan

5 ml TAE 50x ke dalam 245 ml Aquadest.

 20

b) Buat gel agarose 0,8% dengan cara menimbang 0,4 gram gel

agarose kemudian.larutkan dalam 50 ml buffer TAE 1x dan

didihkan hingga larut sempurna.

c) Siapkan baki Elektroforesis, lekatkan selotip di tiap ujung baki

elektroforesis.(Pastikan bahwa selotip melekat kuat dan tidak ada

lubang pada masing-masing ujung baki).

d) Pasang sisir elektroforesis di salah satu ujung baki dengan posisi

hamper menyentuh dasar baki.

e) Periksalah suhu larutan agarose dengan cara menempelkan

erlenmeyer ke tangan, jika suhunya sudah turun hingga sekitar

60°C, tuangkan larutan agarose ke dalam baki Elektroforesis,

biarkan hingga larutan berubah menjadi gel yang padat.

f) Ambil sisir dengan hati-hati, lepaskan selotip dari ujung-ujung

baki.

5) Pembuatan Gel Agarose 1,0 %

a) Buat 250 mL larutan buffer TAE 1x dengan cara mencampurkan

5 ml TAE 50x ke dalam 245 ml Aquadest.

b) Buat gel agarose 1,0% dengan cara menimbang 0,5 gram gel

agarose kemudian.larutkan dalam 50 ml buffer TAE 1x dan

didihkan hingga larut sempurna.

c) Siapkan baki elektroforesis, lekatkan selotip di tiap ujung baki

Elektroforesis.(Pastikan bahwa selotip melekat kuat dan tidak ada

lubang pada masing-masing ujung baki).

d) Pasang sisir elektroforesis di salah satu ujung baki dengan posisi

hamper menyentuh dasar baki.

 21

e) Periksalah suhu larutan agarose dengan cara menempelkan

erlenmeyer ke tangan, jika suhunya sudah turun hingga sekitar

60°C, tuangkan larutan agarose ke dalam baki Elektroforesis,

biarkan hingga larutan berubah menjadi gel yang padat.

f) Ambil sisir dengan hati-hati, lepaskan selotip dari ujung-ujung

baki.

4. Elektroforesis (Nurhayati & Darmayanti, 2017)

 Prinsip : berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan

negative (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju kutub

positif (anoda), sedangkan partikel-partikel bermuatan positif (kation) akan

bergerak menuju kutub negatif (anoda).

1. Dimasukkan baki yang berisi gel agarose ke dalam tangki

elektroforesis yang telah diisi dengan sisa larutan bufer TAE 1x.

(Pastikan bahwa gel agarose terendam seluruhnya dalam TAE).

2. Disiapkan sekitar 5 cm kertas parafilm di dekat tangki elektroforesis.

3. Pipet sebanyak 6 μL sampel DNA, 6 μL DNA marker, dan 6 μL

aquades (Kontrol negatif), kemudian masing-masing tambahkan 1

μLloading dye 6x. Homogenkan di atas kertas parafilm, kemudian

masukkan ke dalam sumuran gel agarose.

4. Dihubungkan kabel dari sumber arus ke tangki elektroforesis

(pastikan bahwa kabel yang tersambungkan ke kutub negatif

 22

berada di dekat sumuran, sedang kabel yang tersambung ke kutub

positif berada jauh dari sumuran; jika tidak demikian, ubahlah posisi

baki/gel ke arah sebaliknya).

5. Dinyalakan sumber arus, aturlah voltase dan waktu running hingga

diperoleh angka 70 volt dan 50 menit.

6. Dijalankan elektroforesis (lakukan running) dengan cara menekan

tombol run pada sumber arus.

7. Elektroforesis akan berhenti apabila waktu yang ditetapkan sudah

habis, yang ditandai oleh adanya bunyi alarm. Matikan sumber arus

dan angkatlah baik dari tangki Elektroforesis.

G. Pengolahan Dan Pengumpulan Data

Data berasal dari data primer hasil Elektroforesis gel agarose.

H. Etika Penelitian

Pada penelitian diterapkan prinsip-prinsip etik penelitian sebagai

berikut (CIOMS 2016):

1. Prinsip menghormati harkat dan martabat manusia (Respect of

person)

Subjek dalam penelitian ini adalah manusia yang bersedia untuk

menjadi responden, dengan cara memberikan lembar persetujuan. Jika

responden setuju untuk diambil sampel yang akan diuji dalam penelitian

ini, maka responden menandatangani. Tidak semua subjek bersedia

untuk dijadikan bahan penelitian.

 23

2. Prinsip berbuat baik (Beneficial) dan tidak merugikan (Non

maleficence)

Prinsip etik berbuat baik merupakan kewajiban untuk membantu

orang lain dengan mengupayakan manfaat maksimal dengan kerugian

minimal. Prinsi berbuat baik dan tidak merugikan dalam penelitian ini

bertujuan untuk tercapainya tujuan tanpa merugikan pihak manapun.

3. Prinsip keadilan (Justice)

Prinsip etik keadilan terutama menyangkut keadilan merata yang

menghasilkan keuntungan bagi dua pihak yaitu bagi peneliti dan bagi ahli

forensik, bahwa terdapat sampel lain dalam isolasi DNA yang bisa

menjadi salah satu penunjang identifikasi forensik. Seluruh pembiayaan

yang terkait dengan penelitian ini sepenuhnya menjadi tanggung jawab

peneliti.

I. Lokasi Dan Waktu Penelitian

1. Lokasi Penelitian

Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Universitas

Jenderal Achmad Yani Cimahi.

2. Waktu Penelitian

Penelitian ini akan dilaksanakan pada bulan Februari – April 2022.

24
 DAFTAR PUSTAKA

Fahlevi, M. R., & , Darma Bakti, S. F. S. (2017). Karakterisasi

MolekulerElaeidobius kamerunicusFaust. (Coleoptera: Curculionidae) Asal
Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified Fragment Length
Polymorphism (AFLP). Jurnal Agroekoteknologi FP USU, 5(4), 941–953.

Harahap, M. R. (2018). Elektroforesis : Analisis Elektronika Terhadap Biokimia

Genetika. 2(1), 21–26.

Hariyadi, S., Narulita, E., & Rais, M. A. (2018). Perbandingan metode lisis
jaringan hewan dalam proses isolasi DNA genom pada organ liver tikus
putih ( Rattus norvegicus ). Proceeding Biology Education Conference,
15(1), 689–692.

Hikmayar, & Royani. (2015). Isolasi dan Amplifikasi DNA keladi Tikus
(Thyponium flagelliform) untuk Identifikasi keragaman genetik. 2, 42–48.

Khariri, Amalia, N., Nursofiah, S., Muna, F., & Rukminiati, Y. (2020). Akankah
Perkembangan Metode Deteksi Biomolekuler Era 4 . 0 Mampu
Menggantikan Pemeriksaan Laboratorium Bakteri Secara Konvensional ?
Seminar Nasional Riset Kedokteran (SENSORIK), 380–385.

Nur’aini, S., Mukaromah, A. S., & Muhlisoh, S. (2019). Pengenalan

Deoxyribonucleic Acid (DNA) Dengan Marker-Based Augmented Reality.
Walisongo Journal of Information Technology, 1(2), 91.
https://doi.org/10.21580/wjit.2019.1.2.4531

Nurhayati, B., & Darmayanti, S. (2017). BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER.

KEMENKES RI.

Pakpahan, S. E. (2015). Pengujian Konsentrasi gel agarose 1% dan 1,2% pada

elektroforesis DNA Mycobacterium Tuberculosis. Jurnal Kesehatan
Rajawali, 5(9), 19–23.

Puniari Eka Putri, N. putu, & Junitha, I. K. (2015). Pada Besi Dan Kayu Yang
Disimpan Dalam Kurun Waktu Berbeda Quality and Quantity of Dna From
Dried Blood on Iron and Wood , Stored in Different Period of Time. Jurnal
Biologi, 19(1), 21–24.

Ratnasari, Y. A., Faridah, I. N., & M.Sc. (n.d.). OTIMASI METODE ISOLASI DNA
SAMPEL FTA CARDS MENGGUNAKAN PURELINK ® GENOMIC DNA
KITS DAN CHELEX-100 OPTIMIZATION OF FTA CARDS SAMPLE DNA
ISOLATION METHOD USING PURELINK ® GENOMIC DNA KITS AND.

Reddy, P. R., & Raju, N. (2014). Gel-Electrophoresis and Its Applications. April
2012. https://doi.org/10.5772/38479

Rizko, N., Kusumaningrum, H. P., Siti Ferniah, R., Pujiyanto, S., Erfianti, T.,

25
 26

Nurunnisa Mawarni, S., Tri Rahayu, H., & Khairunnisa, D. (2020). Isolasi
DNA Daun Jeruk Bali Merah ( Citrus maxima Merr .) dengan Metode Doyle
and Doyle dengan penambahan CTAB yang digunakan pada penelitian
bertujuan untuk memudahkan dalam ektraksi DNA tanaman . Keunggulan
metode Doyle and Doyle adalah mudah , biaya mu. Jurnal Berkala
Bioteknologi, 3(2), 1–7.

Widiyanti, N. L. P. M., Maryam, S., Parwata, I. P., & Mulyadiharja, S. (2014).

Perbandingan tampilan pita penanda DNA (Deoxyribonucleic Acid) standar
penentuan panjang DNA kromosom pada pemisahan dengan menggunakan
media berbeda. Seminar Nasional FMIPA UNDIKSHA, 4(1), 306–310.

Widyastuti, D. A. (2011). Isolasi DNA Kromosom Salmonella sp . dan

Visualisasinya pada Elektroforesis Gel Agarosa. 311–317.

Yahya, L. A., Ulfin, I., & Kurniawan, F. (2016). Pemanfaatan Nata de Coco
sebagai Media Gel Elektroforesis Pada Zat Warna Remazol : Pengaruh pH ,
Waktu dan Aplikasi Pemisahan Gelatin. 5(2).