UTS pengantar biokimia (take home)

tanggal pengumpulan 1 november 2016

1. Asam glutamat adalah asam amino yang memiliki 3 harga pKa yaitu pKa 1= 2,5 pKa1= 3,5 pKa1= 8,7
a. Tuliskan struktur dari asam glutamat dalam setiap rentang pH dari asam ke basa.
b. hitung titik isoelektrik (Pi) dari asam glutamat.

2. protein globular cenderung melipat fold membentuk berbagai tipe struktur sekunder yang berbeda.
halangan gemetri disekitar ikatan amida (struktur primary) menyebabkan terbentunay motif struktur
sekunder. masin masing residu asam amino dalam protein memiliki sudut φ dan ψ yang khas, yang
dapat diplotkan dengan diagram Ramachandran (gambar dibawah). pada masing masing diagram, titik
mewakili asam amino individual. untuk struktur dibawah ini, identifikasi struktur secondary dari
protein dan cocokan dengan plot Ramachandran disebelah kanan.

3. segmen peptida dibawah ini merupakan struktur sekunder anti-parallel β-sheet yang diregangkan.
lanjutan dari ujung C adalah urutan residu asam amino (dari N  C) A-F-R-M-Y-A. a) gambarkan
residu dari struktur dibawah ini dengan stereokimia yang tepat dan tunjukkan pula ikatan hidrogen
yang terjadi. b) meskipun tidak digambarkan, sebutkan residu asam amino yang terdapat turn yang
menghubungkan kedua untai anti-parallel? c) jika β-sheet terletak pada bidang kertas, sisi manakah
yang diharapkan dapat menghasilkan kontak hidrofobik dengan permukaan protein? d) sisi manakah
yang diharapkan menghadap ke pelarut? beri penjelasan (<3 kalimat).
 4. seorang peneliti berhasil mengisolasi suatu peptida sederhana dari mikroorganisme. peptida tersebut
ditentukan dengan spektroskopi massa memiliki struktur sebagai berikut

a. tunjukkan ujung N (N-termini) dan ujung C (C-termini)

b. tuliskan urutan dari peptida tersebut dengan
 aturan 3 huruf
 kode 1 huruf
c. tentukan muatan total pada pH 7, 3 dan 13

5. jodohkanlah 6 kelas enzim berdasarkan mekanisme reaksinya

Reaktion Kelas Enzim Persamaan reaksi

A
Reaksi Redox Transferase 1
1
(sieheFußnote )

Mentransfer gugus fungsional B

Lyase 2
dari satu partikel satu sama lain
Pemutusan molekul kompleks C
Hydrolase 3
menjadi beberapa bagian kecil
Mengubah molekul menjadi D
Ligase 4
isomer lain
E
Pemutusan menggunakan air Oxidoreduktase 5 2
(siehe Fußnote )

Sintesis molekul besar dari F

beberapa bagian kecil dengan Isomerase 6
membutuhkan energi